Tag Archives: génomes

Comme génomes silure tir dans un baril

Vous savez, lorsque le génome silure est terminée, qui sera un ajout à notre fraîcheur “Pourtant, un autre génome” messages (que je devrais faire une série régulière ou quelques jour, quelque part). Jusqu'à ce que le génome est terminée, vous pouvez visualiser et analyser les données génomiques au silure cBARBEL, rapportés dans cet accès semaines à l'avance NAR: Catfish Eleveur Et chercheur en bioinformatique Localisation Entrée. Parmi les autres outils et un schéma, ils utilisent GBrowse (nous avons un tutoriel gratuit ;) de comparer les données du génome de poisson zèbre.

Marquer cette base de données (comme avec beaucoup d'autres) que celui dont les acronymes ont été créés pour répondre au nom. Barbeaus sont les moustaches sur un poisson-chat et cBARBEL signifie “Eleveur et Catfish Situation Entrée Chercheur Bioinformatic.” Voir, Je pensais plus à l'instar de “Eleveur silures et Situation Entrée Chercheur de recherche” Barrel Catfish ou, mais qui est trop obscur et culturellement spécifiques n'est-il pas? cBARBEL est bon :D.

Blague à part, c'est un bon début vers une autre base organisme modèle agricole que constitue le.

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Durant la semaine, nous rencontrons beaucoup de liens et de lire que nous estimons intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • Un groupe cubain bioinformatique mises à jour de leur annonce Cytoscape plug-in. “Une nouvelle mise à jour de la base de données est prête SysBiomics. SysBiomics contient l'alimentation des données BisoGenet processus de construction du réseau; il a été mis à jour avec les versions plus récente de sources d'interactions protéine-protéine (DIP, BioGRID, HPRD, MINT et intact), GO et KEGG bases de données ainsi que les dernières informations sur les gènes des protéines sous forme Entrez une génique et Uniprot.” Bioinformatique http://bio.cigb.edu.cu / Cool–Je pense que c'est le premier outil que je sais de Cuba. [Mary]
  • “En Octobre de “Nature Genetics”, et juste à temps pour Pie-faire: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …mais où est le gène qui éloigne le médecin?” [Trey, via a colleague’s email :) ]
  • Refroidir nouveau site sur la Histoire de vaccins. Pointe du chapeau à Tara à Etiologie. [Mary]
  • RT @ Kshameer: RT: @ Suganthibala: 200 exomes reséquencés, trouve de nombreuses espèces rares SNP nonsyn http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #génomique # bioinformatique [Mary]

Nous sommes tous désormais de Neandertal, et je peux analyser ce…

Si vous n'avez pas lu les nouvelles, la séquence projet de Neandertal (ou est-il de Neandertal, vérification orthographique ne prendra pas l'ancien) a été libéré et publiée dans Science todaet. Il ya un tas de trucs fascinants là-bas. Pourtant la lecture. Bien sûr, les grandes nouvelles, les trucs des thats volant à travers les nouvelles, sont non-africains sont génomes 1-4% Néandertal. Cela semble régler la question de façon concluante que oui, nous sommes un peu de Neandertal et nous n'avons pas les remplacer, nous les avons absorbé avec certains croisements. Peut-être pas aussi complètement que cela, mais certainement quelques adjuvant passe. Comme Razib l'expression des gènes souligne, c'est fascinant de voir à quelle vitesse, dans le visage de données, le paradigme a changé. (grand poste et de discussion, devrait le lire).

Comme Razib souligne, et comme vous pouvez lire l'annonce à l'UCSC, l' UCSC Genome Browser a maintenant les données du projet dans l'assemblage du génome hg18. Comme les le codage des différences alléliques région des données, des données de balayage sélectif, etc. Avec les données de Neandertal maintenant dans le navigateur de génome UCSC et d'autres sources de données, nous pouvons séparer les données, l'analyser.. (et tu sais que je vais mettre mon génome personnel dans une bonne voie comparative lorsque j'ai jamais l'obtenir. Juste curieux tu sais).

(TVA, il ya une photo intéressante, copyright… je ne vais pas poster ici, vous pourriez vouloir vérifier. Il ya une histoire intéressante, comment nos illustrations de Neandertal ont évolué au fil des années pour être plus «humaniser’ que nous apprenons qu'ils ont fabriqué des outils, a la culture et maintenant… font partie de nos ancêtres…”)

Je suis une démangeaison d'aller jouer là-bas et voir ce que je vois, je suis sûr que beaucoup de scientifiques sont. Il est également fascinant d'être dans ce monde d'énormes quantités de données provenant rapidement. Je pense que beaucoup de paradigmes seront déplacer pendant un moment.

UCSC Site principal: http://genome.ucsc.edu et cliquez sur Neandertal de la navigation bouton gauche.

Guest Post: Prenez, La Suite pour la génomique comparative – Eric Lyons

Ce message suivant dans notre poursuite semi-régulière Invité Message séries est de Eric Lyons, des Prenez à l'Université de Californie, Berkeley. Si vous êtes un fournisseur d'une société libre, disposition du public d'outils de génomique, base de données ou de ressources et tient à transmettre quelque chose aux utilisateurs sur notre fonctionnalité après invités, S'il vous plaît, n'hésitez pas à nous contacter à wlathe AT openhelix DOT com.

Merci à la fois pour le poste avant la COGE (Note aux rédacteurs: une astuce de la semaine sur Goge) et l'invitation d'écrire un peu sur COGE. Comme la plupart des gens ne sont probablement pas familiers avec COGE, laissez-moi commencer par la façon dont elle est conçue:

Prenez la philosophie et l'architecture: Résoudre un problème une fois

COGE est une plate-forme Web pour la génomique comparative et se compose de nombreuses interconnectés outils Web. L'ensemble du système est relié à une base de données qui permet de stocker toute version d'un génome dans un état d'assemblage à partir de n'importe quel organisme (actuellement ~ 9000 ~ 8000 génomes de organismes). Chacun des outils de COGE est conçu pour faire une tâche (g. recherche et afficher des informations sur un génome, comparer deux génomes et de générer dotplots synténiques, Rechercher n'importe quel nombre de génomes d'séquence similaire, gérer une liste de gènes, etc), et sont reliés les uns aux autres. Cela signifie qu'il n'ya pas de flux de travail d'analyse prédéfinie. Au lieu de cela, les gens peuvent commencer à explorer le génome d'intérêt, le comparer à ce qu'ils veulent, trouver quelque chose d'intéressant, explorer cette, trouver autre chose, explorer cette, etc) Les gens partout dans le monde peut effectuer des analyses de calculs intenses en cliquant sur quelques boutons sur une page web, et de laisser nos serveurs crunch loin sur ce que les génomes que nous avons actuellement chargés dans notre système . Étant donné que chaque outil est basé sur le Web, liens sont utilisés pour déplacer d'un outil à qui crée un moyen facile d'enregistrer une analyse pour les travaux futurs ou pour envoyer à un collègue. Cela a aussi l'avantage que nous développons de nouveaux outils pour résoudre un problème spécifique, on peut généraliser la solution, et branchez-le dans la base COGE et le connecter à son ensemble d'outils pré-existants. Globalement, cela permet une manière facile pour nous d'étendre les fonctionnalités du COGE.

Continuer la lecture

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre décharge vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

10,000 Génomes de vertébrés

genome10kvia La Long Now et la publication de nouveaux projets dans le Journal de l'hérédité, l' Génome 10K projet vise:

pour assembler un zoo, une collection de séquences génomiques d'ADN représentant les génomes de 10,000 espèces de vertébrés, environ un pour chaque genre de vertébrés. La trajectoire de réduction des coûts dans le séquençage d'ADN suggèrent que ce projet sera réalisable dans quelques années. Capturer la diversité génétique des espèces de vertébrés créerait une ressource inégalée pour les sciences du vivant et pour les efforts de conservation dans le monde entier.

10,000 génomes de vertébrés. C'est beaucoup. En fait,, c'est 50 fois plus grand nombre que ce qui est actuellement en cours (cette liste est Chordata, à 208, y compris les génomes de plusieurs espèces forment un, les humains), et près de 500 plier le nombre de génomes complets disponibles vertébrés. Un objectif ambitieux pour le moins. L' les participants sont multiples y compris les coordonnateurs de David Haussler (Howard Hughs Medical Institute, UCSC), Stephen O'Brien (Laboratoire de Génomique diversité, Institut national du cancer) et Oliver Ryder (Institut de Recherche sur la conservation, Zoo de San Diego).

Les trois coordinateurs’ instituts de suggérer quelques avantages particuliers dont ils espèrent sortir de ce projet: données médicales, données évolutives, les efforts de conservation. Je ne pense d'un tel projet va en effet apporter beaucoup de ces avantages. Je me souviens 20 ans les arguments au sujet du Projet Génome Humain (trop cher, trop ambitieux, prestations ne seront pas s'apitoyer sur, Big Science poussant la recherche fondamentale). Je pense que c'est défendable que les pires craintes ne se réalisèrent et qu'il ya eu un certain nombre d'avantages déjà et bientôt à venir. 10k génomes de vertébrés semble maintenant possible et bénéfique.

Bien sûr,, on pouvait espérer qu'il y aurait un projet d'usine et un projet d'invertébrés bas du brochet?

Et, il va sans dire, si vous pensé qu'il y avait un financement de base de données, l'accessibilité, convivialité, questions etc désormais…

Astuce de la semaine: Encyclopédie génomique des bactéries & Archaea (GEBA)


Être l'été, une connexion lente et étrangement certains autres facteurs, Je suis intégrant une conférence de Doug Ramsey (affichés sur SciVee) sur le projet GEBA au JGI (au lieu de faire un bout moi :). L' GEBA projet reconnaît que de nombreux, sinon la plupart des, des génomes bactériens et archées qui ont été séquencés à ce jour ont une certaine pertinence pour les maladies humaines ou d'autres intérêts humains. Bien sûr, cela est raisonnable, mais il conduit également à de grandes lacunes dans notre connaissance de l'évolution bactérienne et de la génomique, connaissances qui pourraient nous aider à mieux comprendre les génomes que nous trouvons pertinentes et des connaissances qui en soi peut être très intéressante et potentiellement utiles. Voir le discours pour en apprendre davantage sur ce projet de séquençage 100 phylogénétiquement diverses génomes bactériens et les Archaea.
Je suis aussi affiché comme une introduction à l'Institut Jane Goodall Adopter un génome projet de. Ce projet permet à des groupes d'étudiants à adopter et l'étude d'une bactérie dans le projet GEBA et j'espère ajouter à nos connaissances et les annotations du génome tout en apprenant. Les élèves peuvent alors annoter le génome adoptée par l'aide IMG-ACT.

"Glowing" Champignons

2850480540103830173s600x600q85Hmm, qui sonne comme champignons magiques. Mais ce n'est pas ce dont je parle :).

Récemment,, J'ai eu l'occasion de donner une atelier de courte durée à la génétique et de génomique de la conférence des maladies infectieuses à Singapour. Ça s'est bien passé, et j'ai beaucoup appris. Ensuite, ma famille est venue vers l'Asie du Sud pour des vacances, mais à cause de leur façon miles de fidélisation sont, J'ai eu 5 jours de temps libre. Malaisienne de Bornéo, Je viens ici! J'ai passé trois jours de marche à travers la jungle de Sarawak avec un ami britannique retrouvée. Il était fascinant. Un des aspects les plus fascinants pour moi ont été les étoiles à mes pieds.

Continuer la lecture

Génomes antique: Néandertal

Alors, Hier, c'était le 200e anniversaire de la naissance de Darwin. Beaucoup de festivités et d'histoires NPR entourant ce jour-là, y compris quelques annonces, comme UCSC annonçant leur navigateur v200th Code un jour plus tôt de manière à coïncider (ils ne pouvaient pas résister à la coïncidence :)). Une autre annonce qui a été à propos a été l'annonce que des chercheurs de l' Institut Max Planck d'anthropologie évolutive ont a terminé la séquence préliminaire du génome de Neandertal. Comme seulement 63% du génome est effectivement couverte (3.7 milliards bps couverte du 3.2 milliards pb du génome, avec des duplications), quand on annonce un “projet” peut être un peu arbitraire, de sorte que le 200e anniversaire de la de l'homme qui a écrit “The Descent of Man, et la sélection liée au sexe” est aussi bon moment que tout. Et nous apprenons quelques petites choses comme des, Neandertal a pu avoir la capacité physique pour la langue, mais ne pouvait pas supporter le lait que les adultes (pas d'accord avec leur digestion). Il est prévu un projet et la recherche seront publiés à la fin de cette année. Nous allons rendre compte que bien sûr, et un lien vers tous les navigateurs qu'ils pourraient être mise en place :D. Génomes antique nous apprennent certaines choses.

Parlant de ce qui, l'Exploratorium, un musée des sciences excellent dans ma ville équitable, a une grande exposition (sur le site et en ligne) sur la façon dont «nous savons que les choses’ et comment fonctionne la science. Cette exposition est spécialement sur les origines de l'être humain et l'ADN de Néandertal et la recherche au Max-Planck figure en bonne place.