Archivo de la etiqueta: genomas

Al igual que los genomas de bagre en un tonel

Usted sabe, cuando el genoma del bagre es completa, que será una adición fresca a nuestro “Sin embargo, otro del genoma” Mensajes (que tendría que hacer una serie regular o actualizar algunos en alguna parte). Hasta que el genoma es completa, usted puede ver y analizar datos genómicos del bagre en cBARBEL, se informa en este acceso por adelantado semanas NAR: Catfish Criador e investigador Bioinformática ubicación de entrada. Entre otras herramientas y el esquema, que utilizan GBrowse (tenemos un tutorial gratis ;) para comparar los datos con el genoma del pez cebra.

Marcar esta base de datos (como en muchos otros) como uno de cuyos acrónimos se han creado para adaptarse a la denominación. Barbos son los bigotes de un bagre y cBARBEL representa “Criadero de bagre y ubicación Investigador entrada Bioinformática.” Ver, Yo estaba pensando más en la línea de “Bagre criador y ubicación Investigador Investigación entrada” o bagre barril, pero que es demasiado oscura y culturalmente específicos que no se? cBARBEL es bueno :D.

Bromas aparte, es un gran comienzo de otra base de datos modelo de organismo de importancia agrícola.

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • Un grupo cubano bioinformática anuncia cambios a su Cytoscape plug-in. “Una nueva actualización de la base de datos SysBiomics está listo. SysBiomics contiene la alimentación de datos BisoGenet proceso de construcción de la red; se ha actualizado con la última versión de las fuentes de interacciones proteína-proteína (DIP, BIOGRID, HPRD, MINT y INTACTO), GO KEGG y bases de datos, así como la información más reciente sobre los genes de un formulario de proteínas Entrez Gene y Uniprot.” Grupo de Bioinformática http://bio.cigb.edu.cu / Fresco–Creo que es la primera herramienta que sé sobre de Cuba. [María]
  • “En octubre de “Nature Genetics”, y justo a tiempo para el pastel de decisiones: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …pero ¿dónde está el gen que mantiene alejado al médico?” [Trey, via a colleague’s email :) ]
  • Sitio nuevo y genial en el La historia de las vacunas. Sombrero de punta a Tara en Etiología. [María]
  • RT @ Kshameer: RT: @ Suganthibala: 200 exomes resequenced, encuentran muchas especies raras SNPs nonsyn http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #bioinformática genómica # [María]

Todos estamos ahora Neanderthal, y puedo analizar que…

Si usted no ha estado leyendo las noticias, el proyecto de secuencia del Neandertal (o es hombre de Neandertal, El corrector ortográfico no se llevará a la antigua) fue lanzado y publicado en Science Today. Hay un montón de cosas fascinantes allá. Aún así la lectura. Por supuesto, la gran noticia, las cosas eso es volar a través de las noticias, no son africanos genomas son 1-4% Neanderthal. Esto parece poner punto final a la pregunta de que sí, estamos un poco neandertal y no los sustituirá, les absorbe con algunos mestizaje. Tal vez no sea tan completa como eso, pero sin duda alguna mezcla pasando. Como Razib de la expresión génica señala, Es fascinante ver con qué rapidez, en la cara de los datos, el paradigma ha cambiado. (gran post y el debate, deben leerlo).

Como Razib señala, y como se puede leer en el anuncio de la UCSC, la UCSC Genome Browser ahora tiene los datos de proyecto en la asamblea hg18 genoma. Al igual que el codificación de las diferencias alélicas región datos, de datos selectiva de barrido, etc. Con los datos de Neanderthal ahora en la UCSC Genome Browser y otras fuentes de datos, podemos separar los datos, analizarla.. (y usted sabe que va a poner mi genoma personal en una pista comparativa cuando alguna vez lo harán. Sólo por curiosidad ¿sabes).

(IVA, hay una foto interesante, derechos de autor… así que no voy a publicar aquí, es posible que desee ver. Hay una historia interesante que, cómo nuestras ilustraciones de Neanderthal han evolucionado a lo largo de los años para ser más "humanizar’ como nos enteramos de que se fabricaron herramientas, tenía la cultura y ahora… son parte de nuestros ancestros…”)

Estoy con ganas de ir a jugar allí y ver lo que puedo ver, como estoy seguro que muchos científicos están. También es fascinante estar en este mundo de enormes cantidades de datos viene pronto. Creo que muchos de los paradigmas se cambio por un tiempo.

UCSC Página principal: http://genome.ucsc.edu y haga clic en el botón izquierdo del Neandertal a partir de la navegación.

Invitado Mensaje: CoGe, La suite de Genómica Comparada – Eric Lyons

Este mensaje siguiente en nuestra continua semi-regular Invitado series post es de Eric Lyons, de CoGe en la Universidad de California, Berkeley. Si usted es un proveedor de una sociedad libre, herramienta genómica a disposición del público, base de datos o de los recursos y me gustaría transmitir algo a los usuarios de nuestra función de puesto de invitado, por favor no dude en contactar con nosotros en wlathe openhelix EN PUNTO com.

Gracias tanto para el puesto antes de COGE (Nota de los editores: una punta de la semana en Goge) y la invitación a escribir un poco acerca COGE. Como la mayoría de la gente probablemente no están familiarizados con COGE, Permítanme comenzar con la forma en que está diseñado:

Coge la arquitectura y la filosofía: Resolver un problema de una vez

Coge es una plataforma basada en web para la genómica comparativa y se compone de muchas interconectadas herramientas basadas en web. Todo el sistema está conectado a una base de datos que puede almacenar cualquier versión de cualquier genoma en cualquier estado de reunión de cualquier organismo (Actualmente ~ 9000 ~ 8000 genomas de los organismos). Cada una de las herramientas COGE está diseñado para realizar una tarea (g. buscar y mostrar información sobre el genoma, comparar dos genomas y generar gráficas de puntos syntenic, buscar cualquier número de genomas de secuencia similar, administrar una lista de genes, etc.), y están vinculados el uno al otro. Esto significa que no hay flujo de trabajo de análisis predefinidas. En lugar, la gente puede comenzar a explorar el genoma de interés, compararlo con lo que ellos quieren, encontrar algo interesante, explorar que, encontrar otra cosa, explorar que, etc.) Personas en todo el mundo puede realizar un análisis computacional intenso, haga clic en algunos botones en una página web, y dejar que nuestros servidores crisis lejos de lo que los genomas que hemos cargado en nuestro sistema . Dado que cada herramienta está basado en web, enlaces se utilizan para mover de una herramienta a la que se crea una manera fácil de ahorrar un análisis para el trabajo futuro o para enviar a un colega. Esto también tiene la ventaja de que a medida que desarrollamos nuevas herramientas para resolver un problema específico, se puede generalizar la solución, y conectarlo a la base de datos COGE y conectarlo a su conjunto de herramientas pre-existentes. Total, Esto permite una manera fácil para nosotros para ampliar la funcionalidad del COGE.

Seguir leyendo

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestro enlace de descarga Viernes característica: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

10,000 Genomas de vertebrados

genome10kvía The Long Now y los proyectos de nueva publicación en el Diario de la herencia, la 10K genoma proyecto tiene como objetivo:

para montar un zoo, una colección de secuencias genómicas de ADN que representan a los genomas de 10,000 especies de vertebrados, aproximadamente una por cada género de vertebrados. La trayectoria de reducción de costes en la secuenciación del ADN sugiere que este proyecto será posible en unos pocos años. La captura de la diversidad genética de las especies de vertebrados que crear un recurso sin precedentes para las ciencias de la vida y los esfuerzos de conservación en todo el mundo.

10,000 genomas de vertebrados. Eso es un montón. De hecho, eso es 50 veces mayor número de que está actualmente en curso (esa lista es chordata, en 208, incluyendo varios genomas forma una especie, los seres humanos), y casi 500 veces el número de genomas completos de vertebrados disponibles. Un objetivo ambicioso para decir lo menos. La los participantes son multitud incluyendo los coordinadores de David Haussler (Howard Hughs del Instituto Médico, UCSC), Stephen O'Brien (Laboratorio de Diversidad Genómica, Instituto Nacional del Cáncer) y Oliver Ryder (Instituto de Investigación de la Conservación, San Diego Zoo).

Los tres coordinadores’ institutos de sugerir algunos de los beneficios particulares que se esperan obtener de este proyecto: los datos médicos, los datos de la evolución, los esfuerzos de conservación. Yo creo que este proyecto traerá en realidad muchos de los beneficios. Recuerdo 20 años atrás las discusiones sobre el Proyecto Genoma Humano (demasiado caro, demasiado ambicioso, beneficios no se compadecen, la ciencia que hacen que los de la investigación básica). Creo que es discutible que los peores temores no se realizaron y que se han producido una serie de beneficios ya y próximamente. 10k genomas de vertebrados que ahora parece factible y beneficioso.

Por supuesto, uno podría esperar que habría un proyecto de la planta y un proyecto de invertebrados pronto al mercado?

Y, no hace falta decir, Si usted pensaba que eran la base de datos de financiamiento, accesibilidad, la facilidad de uso, temas, etc ahora…

Consejo del la Semana: Enciclopedia Genómica de Bacterias & Archaea (Puede)


Siendo el verano, una conexión extraña lentitud y algunos otros factores, Yo soy una charla incorporación de Doug Ramsey (publicado en SciVee) en el proyecto de GEBA en JGI (en lugar de hacer una punta de mí :). La GEBA proyecto reconoce que muchos, si no la mayoría, de los genomas de bacterias y arqueas que se han secuenciado hasta la fecha tienen alguna relevancia para las enfermedades humanas o de interés humano. Esto por supuesto es razonable, sino que también conduce a grandes lagunas en nuestro conocimiento de la evolución bacteriana y la genómica, conocimientos que nos ayuden a entender mejor los genomas que se estimen pertinentes y el conocimiento que de por sí puede ser muy interesante y potencialmente útil. Ver la charla para conocer más acerca de este proyecto para secuenciar 100 genomas de bacterias y Archaea filogenéticamente diversas.
También estoy publicando esto como una introducción a la JGI Adoptar un genoma proyecto. Este proyecto permite a los grupos de estudiantes a adoptar y el estudio de una bacteria en el proyecto de GEBA y espero que añaden a nuestro conocimiento y anotaciones del genoma, mientras que el aprendizaje. Los estudiantes pueden realizar anotaciones en el genoma adoptada mediante el uso de IMG-ACT.

"Brillante" Hongos

2850480540103830173s600x600q85Hmm, que suena como hongos mágicos. Pero eso no es lo que estoy hablando :).

Recientemente, Tuve la oportunidad de dar un breve taller de Genética y Genómica de la conferencia de Enfermedades Infecciosas en Singapur. Me fue bien, y he aprendido mucho. Después, mi familia salió a SE Asia para unas vacaciones, pero debido a que forma de millas de viajero frecuente son, Tuve 5 días de tiempo libre. Borneo malayo, aquí vengo! Pasé tres días de excursión por la selva de Sarawak con un amigo inglés new-found. Fue fascinante. Uno de los aspectos más fascinantes para mí fueron las estrellas en mis pies.

Seguir leyendo

Genomas antiguos: Neanderthal

Así que, Ayer fue el 200º aniversario del nacimiento de Darwin. Muchas fiestas e historias NPR rodean ese día incluyendo algunos anuncios como el UCSC anunciar su navegador v200th código de un día de anticipación a fin de coincidir (que no pudo resistir la coincidencia :)). Otro anuncio que fue a propósito fue el anuncio de que los investigadores de la Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva tener terminado el proyecto de secuencia del genoma del Neandertal. Ya que sólo 63% del genoma es realmente cubiertos (3.7 millones de bps cubierta de la 3.2 mil millones de pares de bases del genoma, con duplicaciones), cuando se anuncia una “borrador” puede ser un poco arbitrario, por lo que el 200 aniversario de la del hombre que escribió “El origen del hombre, y la selección en relación al sexo” es un momento tan bueno como cualquier otro. Y estamos aprendiendo algunas cosas como, Neanderthal pudo haber tenido la capacidad física para el lenguaje, pero no podía soportar la leche en la edad adulta (no estaba de acuerdo con su digestión). Se espera un proyecto de investigación y se publicará a finales de este año. Informaremos acerca de que, por supuesto,, y enlace a cualquier navegador que podría ser la creación de :D. Genomas antiguos nos están enseñando algunas cosas.

Hablando de lo cual, el Exploratorium, un museo de la ciencia excelente en mi hermosa ciudad, tiene una gran exposición (en el sitio y en línea) en el cómo 'sabemos que las cosas’ y cómo funciona la ciencia. Esta exposición es específicamente sobre los orígenes del ser humano y el ADN neandertal y la investigación en el Max Planck ocupa un lugar destacado.