Tag Archives: Genome

Wie Schießen Wels Genome in einem Fass

Sie wissen,, wenn der Wels Genoms ist abgeschlossen, das wird eine coole Ergänzung unseres werden “Ein weiterer Genome” Beiträge (die ich sollte eine regelmäßige Reihe oder einige update irgendwo machen). Bis das Genom ist komplett, Sie können anzeigen und analysieren Wels genomischen Daten cBARBEL, berichtet in dieser Woche NAR Voraus Zugang: Catfish Züchter und Forscher Bioinformatik Eintrag Location. Unter anderem Werkzeuge und Schema, sie verwenden GBrowse (wir haben eine kostenlose Nachhilfestunde ;) Für den Vergleich der Daten an das Zebrafisch-Genom.

Mark dieser Datenbank (wie bei vielen anderen) als einer, dessen Abkürzungen wurden geschaffen, um den Namen fit. Barbes sind die Barthaare auf einem Wels und cBARBEL steht für “Catfish Züchter und Forscher Bioinformatic Eintrag Location.” Siehe, Ich dachte eher nach dem Vorbild der “Catfish Züchter und Forscher Forschung Eintrag Location” oder Catfish Barrel, aber das ist auch kulturell dunkel und spezifisch ist es nicht? cBARBEL ist gut :D.

Spaß beiseite, es ist ein toller Start in einem anderen landwirtschaftlich wichtiger Modellorganismus Datenbank.

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • Eine kubanische Bioinformatik-Gruppe kündigt Updates für ihre Cytoscape Plug-in. “Ein neues Update von SysBiomics Datenbank ist fertig. SysBiomics enthält die Daten Fütterung BisoGenet Netzwerk Bauprozess; es war mit zuletzt Versionen von Protein-Protein Interaktionen Quellen aktualisiert (DIP, BIOGRID, HPRD, MINT und intakt), GO und KEGG Datenbanken sowie die neuesten Informationen über Gene eine Proteine ​​bilden Entrez Gene und UniProt.” Bioinformatik-Gruppe http://bio.cigb.edu.cu / Cool–Ich denke, das ist das erste Tool, das ich wissen aus Kuba. [Mary]
  • “Im Oktober ist “Nature Genetics”, und just in time für Kuchen-Herstellung: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …aber wo ist das Gen, das den Arzt fernhält?” [Trey, via a colleague’s email :) ]
  • Cool neuen Standort auf der Geschichte der Impfstoffe. Hat Spitze zu Tara auf Ätiologie. [Mary]
  • RT @ Kshameer: RT: @ Suganthibala: 200 exomes resequenced, finden viele seltene nonsyn SNPs http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #Genomik # Bioinformatik [Mary]

Wir sind alle Neandertaler jetzt, und ich kann analysieren, dass…

Wenn Sie nicht die Nachrichten zu lesen, des Genoms des Neandertalers (oder ist es Neanderthal, Rechtschreibprüfung wird nicht an die ehemaligen) veröffentlicht wurde und in der Wissenschaft toda veröffentlichtund. Es gibt eine Menge faszinierender Sachen dort. Noch lesen. Natürlich ist die große Neuigkeit, das Zeug das ist über die Nachricht fliegen, sind nicht-afrikanischen Genomen sind 1-4% Neandertaler. Dies scheint schlüssig regeln die Frage, die ja, wir sind ein bisschen Neandertaler und wir wussten nicht ersetzen, Wir absorbiert sie mit einigen Kreuzungen. Vielleicht nicht so ganz wie das aber definitiv einige Beimischung los. Als Razib der Genexpression weist darauf hin,, Es ist faszinierend zu beobachten, wie schnell, in das Gesicht von Daten, das Paradigma hat sich verschoben. (großen Beitrag und Diskussion, lesen sollte es).

Als Razib weist darauf hin,, und als Sie können in der Ankündigung auf UCSC lesen, der UCSC Genome Browser verfügt nun über den Entwurf von Daten bis in die HG18 Genom Montage. Wie die kodierende Region allelischen Unterschiede Daten, Selektionsschub Daten, usw.. Mit dem Neanderthal-Daten jetzt in der UCSC Genome Browser und anderen Datenquellen, können wir auseinander ziehen, dass die Daten, analysieren.. (und du weißt, ich werde Putting meine persönliche Genom in einer vergleichenden Spur, wenn ich es jemals. Einfach nur neugierig ya know).

(Mehrwertsteuer, gibt es eine interessante Foto, urheberrechtlich geschützt… so werde ich nicht hier posten, möchten Sie vielleicht Besuche. Es ist eine interessante Geschichte gibt es, wie unsere Abbildungen von Neanderthal haben im Laufe der Jahre entwickelt zu sein 'Humanisierung’ wie wir erfahren, dass sie Werkzeuge aus, hatte Kultur und jetzt… sind Teil unserer Vorfahren…”)

Ich bin Juckreiz gehen dort spielen und sehen, was ich sehen kann, da ich sicher bin, viele Wissenschaftler sind. Es ist auch faszinierend, in dieser Welt der große Mengen an Daten, die schnell. Ich denke, eine Menge von Paradigmen für eine Weile zu verlagern.

UCSC Hauptseite: http://genome.ucsc.edu und klicken Sie auf Neandertal von links Navigationstaste.

Guest Post: Greifen, Die Suite für Comparative Genomics – Eric Lyons

Die nächste Stelle in unserer fortschreitenden semi-reguläre Gastbeitrag Serie von Eric Lyons, von Greifen an der Universität von Kalifornien, Berkeley. Sie sind Anbieter eines kostenlosen, öffentlich zugänglich Genomik Werkzeug, Datenbank oder eine Ressource und möchte etwas zu den Benutzern unserer Bewertung der Post Feature vermitteln, wenden Sie sich bitte an uns wlathe Kontakt AT openhelix DOT com.

Dank sowohl für die vor COGE Beitrag (Anm. d. Red.: ein Tipp der Woche auf Göge) und die Einladung, ein bisschen über COGE schreiben. Da die meisten Menschen sind wahrscheinlich nicht vertraut mit coge, Lassen Sie mich mit, wie es soll beginnen:

Schnappen Sie die Philosophie und Architektur: Lösen Sie ein Problem einmal

COGE ist eine web-basierte Plattform für vergleichende Genomik und besteht aus vielen miteinander verbundenen Web-basierten Tools. Das gesamte System ist bis zu einer Datenbank, die eine beliebige Version von einem Genom in einem Zustand der Montage speichern können aus einem beliebigen Organismus süchtig (derzeit ~ 9000 Genome von Organismen ~ 8000). Jeder von COGE-Tools ist so konzipiert, um eine Aufgabe zu tun (g. Suche und Anzeige von Informationen über das Genom, Vergleich zweier Genome und erzeugen syntenischen dotplots, Suche eine beliebige Anzahl von Genomen für ähnliche Sequenz, Verwalten einer Liste von Genen, usw.), und sind miteinander verbunden. Dies bedeutet, dass es keine vordefinierten Workflow-Analyse. Stattdessen, Menschen können zu erforschen anzufangen einem Genom von Interesse, vergleichen Sie es mit, was sie wollen, finden etwas Interessantes, zu erkunden, die, Suche nach etwas anderem, zu erkunden, die, usw.) Menschen überall auf der Welt können rechenintensive Analysen, indem Sie ein paar Tasten auf einer Web-Seite führen, und lassen unseren Servern entfernt crunch welchem ​​Genome haben wir derzeit in unserem System geladen . Da jedes Tool ist webbasiert, Links werden verwendet, um von Werkzeug zu Werkzeug zu bewegen, die eine einfache Möglichkeit, eine Analyse für die künftige Arbeit zu speichern oder an einen Kollegen senden schafft. Dies hat auch den Vorteil, dass wir neue Instrumente entwickeln, um ein bestimmtes Problem zu lösen, können wir verallgemeinern die Lösung, und stecken Sie es in COGE Datenbank und verbinden Sie es mit ihrer bereits vorhandenen Tool-Set. Gesamt-, Dies ermöglicht eine einfache Möglichkeit für uns, COGE die Funktionalität erweitern.

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Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Link Dump: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

10,000 Wirbeltiere Genome

genome10kdurch The Long Now und die Projekte neue Publikation in der Journal of Vererbung, der Genome 10K Projekt zielt darauf ab:

zu einer genomischen zoo-eine Sammlung von DNA-Sequenzen, die die Genome von Montage 10,000 Wirbeltierarten, etwa eine für jedes Wirbeltier Gattung. Die Flugbahn der Kostenreduzierung bei der DNA-Sequenzierung lässt vermuten, dass dieses Projekt werden in wenigen Jahren möglich. Capturing die genetische Vielfalt der Wirbeltierarten würde eine beispiellose Ressource für die Life Sciences und für die weltweite Erhaltung Bemühungen erstellen.

10,000 Wirbeltiere Genome. Das ist eine Menge. In der Tat, das ist 50 fach größere Anzahl als es derzeit im Gange (diese Liste ist chordata, bei 208, einschließlich mehrerer Genome bilden eine Art, Menschen), und fast 500 fach die Anzahl der vollständigen Genome Wirbeltiere zur Verfügung. Ein ehrgeiziges Ziel, gelinde gesagt,. Das Teilnehmer sind zahlreiche einschließlich der Koordinatoren David Haussler (Howard Hughs Medical Institute, UCSC), Stephen O’Brien (Laboratory of Genomic Diversity, National Cancer Institute) und Oliver Ryder (Institute of Conservation Forschung, San Diego Zoo).

Die drei Koordinatoren’ Institute schlagen einige von besonderem Nutzen, dass sie hoffen, sich aus diesem Projekt: medizinischer Daten, evolutionären Daten, Schutzbemühungen. Ich glaube, ein solches Projekt wird in der Tat bringen viele dieser Leistungen. Ich erinnere mich an 20 Jahren die Auseinandersetzungen um das Human Genome Project (zu teuer, zu ehrgeizig, Vorteile werden nicht bemitleiden, big science Herausdrücken Grundlagenforschung). Ich denke, es ist fraglich, ob die schlimmsten Befürchtungen nicht realisiert wurden und dass es eine Reihe von Vorteilen schon und bald kommen schon. 10k Wirbeltiere Genome scheint nun machbar und vorteilhaft.

Natürlich, Man könnte hoffen, es würde eine Pflanze Projekt und eines wirbellosen Projekt auf der Hecht?

Und, ist es selbstverständlich,, Wenn Sie dachten, es gab Datenbank Finanzierung, Zugänglichkeit, Nutzbarkeit, etc Themen jetzt…

Tipp der Woche: Genomic Encyclopedia of Bacteria & Archaea (Können)


Als im Sommer, eine seltsam langsame Verbindung und einige andere Faktoren, Ich bin Einbettung einen Vortrag von Doug Ramsey (posted on SciVee) auf dem GEBA-Projekt am JGI (anstatt das zu tun einen Tipp mich :). Das GEBA-Projekt erkennt an, dass viele, wenn nicht die meisten, der Bakterien und Archaea Genomen, dass bis heute wurden sequenziert haben einige Relevanz für die menschliche Krankheit oder andere menschliche Interesse. Das ist natürlich sinnvoll, aber es führt auch zu großen Lücken in unserem Wissen von bakteriellen Evolution und Genomik, Wissen, das uns helfen besser zu verstehen, die Genome, die wir finden würden relevant und Kenntnisse, die an und für sich recht interessant sein kann und potenziell nützliche. Sehen Sie sich die Diskussion um mehr über dieses Projekt zu sequenzieren lernen 100 phylogenetisch diversen Bakterien und Archaeen Genome.
Ich bin auch dieses Posting als Einführung in die JGI Adopt a Genome Projekt. Dieses Projekt ermöglicht Schülergruppen zu verabschieden und studieren ein Bakterium in der GEBA-Projekt und hoffentlich zu unserem Wissen und Anmerkungen des Genoms add beim Lernen. Die Schüler können dann kommentieren Sie die angenommen Genom durch IMG-ACT.

"Glowing" Pilze

2850480540103830173s600x600q85Hmm, das klingt nach Magic Mushrooms. Aber das ist nicht das, was ich rede :).

Kürzlich, Ich hatte die Gelegenheit, einen geben Kurz-Workshop an der Genetik und Genomik of Infectious Disease-Konferenz in Singapur. Es ist gut gelaufen, und ich habe viel gelernt. Danach, meine Familie kam nach Südostasien für einen Urlaub, sondern wegen der Art und Weise sie Vielflieger-Meilen sind, Ich hatte 5 Tage der freien Zeit. Malaysian Borneo, hier komme ich! Ich verbrachte drei Tage Wanderung durch den Dschungel Sarawak mit einem neu entdeckten britischen Freund. Es war faszinierend. Einer der faszinierendsten Aspekte waren für mich die Sterne zu meinen Füßen.

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Alte Genome: Neandertaler

So, gestern war der 200Jubiläum von Darwins Geburt. Viele Feste und NPR Geschichten rund um diesen Tag mit ein paar Ansagen wie UCSC Bekanntgabe ihrer v200th Browser Code einen Tag zu früh, um zusammen (sie konnte nicht widerstehen, den Zufall :)). Eine weitere Ankündigung, dass apropos war die Ankündigung, dass Forscher an der Max-Planck-Institut für evolutionäre Anthropologie haben beendete den Entwurf Sequenz des Neandertaler-Genoms. Da nur etwa 63% des Genoms ist tatsächlich abgedeckt (3.7 Milliarden bps der abgedeckten 3.2 Milliarden bp Genom, mit Verdoppelungen), wenn man kündigt eine “Entwurf” kann ein wenig willkürlich, so den 200. Jahrestag der des Mannes, der schrieb “The Descent of Man, und die Auswahl in Bezug auf Sex” ist ein guter Zeitpunkt, als jeder. Und wir lernen ein paar Dinge, wie, Neandertalers hätten möglicherweise dazu geführt körperliche Fähigkeit zur Sprache, aber konnte es nicht ertragen Milch als Erwachsene (nicht mit ihrer Verdauung einverstanden). Es wird erwartet, einen Entwurf und Forschung an der Ende dieses Jahres veröffentlicht werden. Wir werden uns auf, dass natürlich berichten, und Link zu einem Browser sie auch sein mögen Einrichtung :D. Alte Genome lehren uns einige Dinge.

Apropos, das Exploratorium, ein hervorragendes wissenschaftliches Museum in meiner schönen Stadt, hat eine große Ausstellung (vor Ort und online) auf das "Wie wir wissen, was’ und wie Wissenschaft funktioniert. Diese Ausstellung ist speziell auf die Ursprünge des Menschen und Neandertaler-DNA und die Forschung am Max-Planck prominent.