الوسم المحفوظات: الجينوم

نحن أحياء والمهووسين الحقيقي

ونحن نحب الكائنات نموذجنا! وديتي قليلا عن أبو شوكة من مختبر:

حزب التحرير: Pharyngula

مهلا, ضريبة, إذا كنت تريد أن ترى ما هي عليه حول الغناء, تحقق من جينوم أبو شوكة سمك شائك لطيف قليلا في UCSC, Ensembl, أو قراءة أكثر قليلا :).

مثل سمك السلور الجينوم اطلاق النار في برميل

تعلمون, عند اكتمال الجينوم القرموط, والتي ستكون إضافة باردة لدينا “آخر الجينوم” المشاركات (الذي يجب أن أقوم بإجراء سلسلة منتظمة أو تحديث بعض في مكان ما). حتى الجينوم هو كامل, يمكنك عرض وتحليل البيانات الجينومية سمك السلور في cBARBEL, وذكرت في هذا التقدم أسابيع الوصول NAR: سمك السلور المربي والباحث المعلوماتية الحيوية دخول الموقع. من بين الأدوات الأخرى والمخطط, يستخدمونها GBrowse (نحن لا يملك حرر التعليمي ;) لمقارنة البيانات إلى الجينوم اسماك الزرد.

علامة قاعدة البيانات هذه (كما هو الحال مع العديد من الآخرين) باعتبارها واحدة تم إنشاؤها المختصرات التي لتتناسب مع اسم. باربيلق هي شعيرات على سمك السلور وتقف على cBARBEL “مربي سمك السلور والموقع باحث بيوينفورمتيك الدخول.” انظر, كنت أفكر أكثر على غرار “مربي سمك السلور والموقع باحث إدخال البحوث” أو سمك السلور برميل, ولكن هذا هو أيضا غامضة محددة ثقافيا وليس هو? cBARBEL جيدة :D.

جميع تمزح جانبا, انها بداية عظيمة لقاعدة بيانات أخرى هامة النموذج الحي زراعيا.

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم للتمتع الخاص بك…

  • مجموعة المعلوماتية الحيوية الكوبية التحديثات يعلن Cytoscape بهم في المكونات. “عملية تحديث قاعدة بيانات جديدة من SysBiomics مستعد. SysBiomics يحتوي على بيانات التغذية عملية بناء شبكة BisoGenet; تم تحديثه مؤخرا مع معظم إصدارات مصادر البروتين تفاعلات البروتين (DIP, BIOGRID, HPRD, النعناع وسليمة), GO وKEGG قواعد البيانات وكذلك على أحدث المعلومات حول جينات البروتينات شكل Entrez الجينات وUniprot.” المعلوماتية الحيوية المجموعة المتشعب://bio.cigb.edu.cu / بارد–أعتقد أن هذا هو الأداة الأولى وأنا أعلم عن من كوبا. [ماري]
  • “فى اكتوبر عام “طبيعة علم الوراثة”, وعادل في الوقت المناسب لصنع فطيرة: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …ولكن أين هي الجينات التي تغنيك عن الطبيب?” [تراي, via a colleague’s email :) ]
  • موقع جديد على تبريد تاريخ اللقاحات. غيض قبعة لتارا في السببيات. [ماري]
  • RT @ kshameer: RT: @ suganthibala: 200 exomes resequenced, العديد من النادر العثور على nonsyn النيوكلوتايد http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 ## الجينوميات المعلوماتية الحيوية [ماري]

نحن جميعا الآن النياندرتال, وأستطيع أن نحلل…

إذا لم تكن قراءة الأخبار, تسلسل مشروع نندرتل (أم هو الإنسان البدائي, والتدقيق الإملائي لا تأخذ السابق) صدر ونشر في العلوم توداو. هناك الكثير من الاشياء الرائعة هناك. أنها لا تزال القراءة. طبعا الأخبار الكبيرة, thats الاشياء تتطاير في الأخبار, هي غير افريقية والجينوم 1-4% النياندرتال. هذا يبدو لتسوية هذه المسألة بشكل قاطع أنه نعم, نحن قليلا النياندرتال ونحن لم تحل محلها, استيعابها ونحن منهم مع بعض التهجين. ربما ليس تماما حتى أن بعض الخلط ولكن بالتأكيد يدور. كما Razib التعبير الجيني يشير, انها رائعة لمراقبة مدى سرعة, في وجه من البيانات, تحول نموذج. (عظيم آخر والمناقشة, وينبغي قراءتها).

كما يشير Razib, وكما يمكنك أن تقرأ في الاعلان في UCSC, و متصفح الجينوم UCSC لديها الآن بيانات مشروع حتى في الجمعية الجينوم hg18. مثل ترميز الخلافات المنطقة الأليلي البيانات, بيانات اكتساح انتقائية, الخ. مع البيانات النياندرتال يجري الآن في متصفح الجينوم UCSC وغيرها من مصادر البيانات, يمكننا أن مزق تلك البيانات, تحليلها.. (وكنت أعرف أنني سأكون وضع الجينوم الشخصية في مسار المقارنة عندما أحصل على أي وقت مضى. تعرف يا عادل الغريب).

(ضريبة, هناك صورة مثيرة للاهتمام, حقوق الطبع والنشر… لذا فإنني لن آخر هنا, قد ترغب في التحقق من. هناك قصة مثيرة للاهتمام هناك, كيف تطورت الرسوم التوضيحية لدينا من الإنسان البدائي على مر السنين لتكون أكثر "أنسنة’ ونحن نعلم أن الأدوات التي قطعتها, كان للثقافة ، والآن… هي جزء من أسلافنا…”)

أنا الحكة للذهاب اللعب هناك ونرى ما أستطيع أن أرى, وأنا متأكد من العديد من العلماء. كما انها رائعة ليكون في هذا العالم من كميات هائلة من البيانات القادمة بسرعة. اعتقد ان الكثير من النماذج وسيتم تحويل لفترة من الوقت.

UCSC الموقع الرئيسي: http://genome.ucsc.edu وانقر على زر نندرتل من اليسار الملاحة.

ضيف آخر: انتزاع, جناح للعلم الجينوم المقارن – اريك ليون

هذه المشاركة اللاحقة في استمرارنا شبه منتظمة ضيف آخر سلسلة هو من ليون اريك, من انتزاع في جامعة كاليفورنيا, بيركلي. إذا كنت مقدم حرة, علم الجينوم وسيلة متاحة للجمهور, قاعدة البيانات أو الموارد ، وأود أن أنقل شيئا للمستخدمين على ضيفنا ميزة آخر, لا تتردد في الاتصال بنا على AT wlathe openhelix دوت كوم.

شكرا لكل من قبل آخر CoGe (علما المحررين: a غيض من اسبوع على GoGe) والدعوة إلى الكتابة قليلا عن CoGe. وبما أن معظم الناس ربما لم تكن مألوفة مع CoGe, اسمحوا لي أن أبدأ مع كيفية تصميمه:

CoGe في العمارة والفلسفة: حل مشكلة مرة واحدة

CoGe هو الإنترنت منطلقا لعلم الجينوم المقارن ، ويتألف من العديد من الأدوات على شبكة الإنترنت مترابطة. يتم التوصيل النظام بأكمله تصل إلى قاعدة البيانات التي يمكن تخزين أي نسخة من أي الجينوم في أي دولة من الجمعية من أي كائن حي (~ حاليا 9000 الجينوم من الكائنات 8000 ~). تم تصميم كل من الأدوات للقيام CoGe مهمة واحدة (مثل مصاريف. بحث وعرض المعلومات عن الجينوم, المقارنة بين الجينوم وتوليد dotplots syntenic, ابحث عن أي عدد من تسلسل الجينوم للمشابهة, إدارة قائمة من الجينات, إلخ), وترتبط مع بعضها البعض. وهذا يعني أنه لا يوجد تحليل سير العمل المعرفة مسبقا. بدلا من, يمكن للناس أن تبدأ استكشاف جينوم الفائدة, قارنه إلى ما يريدون, العثور على شيء مثير للاهتمام, أن يستكشف, العثور على شيء آخر, أن يستكشف, إلخ) يمكن للناس في أي مكان في العالم إجراء تحليلات مكثفة حسابيا من خلال النقر على بضعة أزرار على صفحة على شبكة الانترنت, وترك خوادمنا أزمة بعيدا عن أي الجينوم لدينا حاليا تحميل في نظامنا . لأن كل أداة هو على شبكة الإنترنت, وتستخدم وصلات للانتقال من أداة إلى أداة التي تخلق وسيلة سهلة لحفظ تحليلا للعمل في المستقبل أو لإرسالها إلى زميل. هذا كما أنه يعود بالنفع علينا تطوير وسائل جديدة لحل مشكلة معينة, يمكننا التعميم الحل, والمكونات إلى قاعدة بيانات CoGe وتوصيله إلى مجموعة أداتها موجودة مسبقا. شامل, يسمح هذا طريقة سهلة بالنسبة لنا لتوسيع وظائف في CoGe.

مواصلة القراءة

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة الجمعة تفريغ الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

10,000 خريطة جينوم الفقريات

genome10kمن خلال لونج الآن ونشر في مشاريع جديدة مجلة الوراثة, و الجينوم 10K يهدف المشروع:

لتجميع الجينوم الحيوان مجموعة من تسلسل الحمض النووي التي تمثل جينومات 10,000 الأنواع الفقارية, واحد تقريبا لكل جنس الفقاريات. مسار تخفيض التكاليف في تسلسل الحمض النووي يوحي بأن هذا المشروع سوف يكون ممكنا في غضون بضع سنوات. والاستيلاء على التنوع الوراثي للأنواع الفقريات تهيئة الموارد غير مسبوقة لعلوم الحياة وجهود الحفظ في جميع أنحاء العالم.

10,000 الفقاريات الجينوم. هذا كثير. في الواقع, هذا 50 أضعاف عدد أكبر مما هو حاليا في التقدم (هذه القائمة هي الحبليات, في 208, الجينوم متعددة بما في ذلك شكل واحد الأنواع, البشر), وقرابة 500 أضعاف عدد الفقاريات الجينوم الكامل متاح. هدفا طموحا وأقل ما يقال. و المشاركون هم كبير بما في ذلك ديفيد هاوسلر المنسقين (هوارد Hughs المعهد الطبي, UCSC), ستيفن اوبراين (مختبر التنوع الجينومي, المعهد الوطني للسرطان) وأوليفر رايدر (معهد بحوث صيانة, حديقة حيوان سان دييغو).

ثلاثة منسقين’ معاهد تشير بعض فوائد خاصة انهم يأملون في الخروج من هذا المشروع: البيانات الطبية, التطورية البيانات, جهود الحفظ. أعتقد مثل هذا المشروع سيجلب بالفعل العديد من هذه الفوائد. أتذكر 20 منذ سنوات الحجج عن مشروع الجينوم البشري (غالية جدا, طموحة جدا, سوف لا تكون الفوائد رثى, علم دفع كبيرة من البحوث الأساسية). اعتقد انه يمكن القول ان لم تتحقق أسوأ المخاوف وأنه كانت هناك عدد من الفوائد وبالفعل سرعان ما يأتي. 10ك جينومات الفقاريات يبدو الآن ممكنا ومفيدا.

بالطبع, ويمكن للمرء أن يأمل أن يكون هناك مانع مشروع مصنع ومشروع اللافقارية أسفل رمح?

و, غني عن القول, إذا كنت تعتقد هناك قاعدة التمويل, إمكانية الوصول, سهولة الاستخدام, قضايا الخ الآن…

نصيحة الأسبوع: الجينومية موسوعة البكتيريا & العتيقة (جبع)


يجري الصيف, اتصال بطيء الغريب وبعض العوامل الأخرى, أنا تضمين حديث من رمزي دوغ (نشرت على SciVee) على المشروع في جبع JGI (بدلا من القيام تلميح نفسي :). و جبع المشروع يعترف بأن العديد من, إن لم يكن معظمهم, من الجينوم البكتيري وarchaeal التي تم التسلسل حتى الآن بعض الأمراض التي تصيب الإنسان ذات الصلة أو مصلحة البشرية الأخرى. هذا طبعا غير معقول, ولكنه يؤدي أيضا إلى وجود ثغرات كبيرة في معرفتنا للتطور وعلم الجينوم البكتيري, المعرفة التي من شأنها أن تساعدنا على فهم أفضل لتلك العوامل الوراثية التي نجدها ذات الصلة والمعرفة التي في حد ذاتها يمكن أن تكون مثيرة للاهتمام للغاية ويمكن أن تكون مفيدة. عرض نقاش لمعرفة المزيد عن هذا المشروع لتسلسل 100 phylogenetically متنوعة الجينوم البكتيري وArchaeal.
أنا أيضا نشر هذا كمقدمة لJGI لل اعتماد الجينوم مشروع. يسمح هذا المشروع مجموعات الطلاب على اعتماد ودراسة البكتيريا في المشروع جبع ونأمل إضافة إلى معرفتنا وشروحه للجينوم في حين تعلم. يمكن للطلاب تعليم ثم الجينوم الذي اعتمده به IMG - ACT.

"متوهجة" الفطر

2850480540103830173s600x600q85HMM, يبدو أن سحر الفطر. ولكن هذا ليس ما أتحدث عنه :).

مؤخرا, لقد أتيحت لي الفرصة لإعطاء ورشة عمل قصيرة في علم الوراثة وعلم الجينوم مؤتمر الأمراض المعدية في سنغافورة. ذهبت جيدا, وتعلمت الكثير. بعد ذلك, جاءت عائلتي إلى جنوب شرق آسيا لقضاء عطلة, ولكن نظرا لأنها الطريقة كيلومتر المسافر الدائم هي, كان لي 5 أيام من وقت الفراغ. بورنيو الماليزية, لقد جئت هنا! قضيت ثلاثة أيام المشي لمسافات طويلة عبر الغابة ساراواك مع صديق البريطانية الجديدة التي حصلنا عليها. كانت رائعة. كانت واحدة من أكثر الجوانب الرائعة بالنسبة لي النجوم في قدمي.

مواصلة القراءة

خريطة جينوم القديمة: النياندرتال

هكذا, وكان امس 200الذكرى الرابعة لميلاد داروين. الكثير من الاحتفالات والقصص NPR المحيطة ذلك اليوم بما في ذلك بعض الإعلانات مثل UCSC معلنا متصفحها v200th رمز يوميا في وقت مبكر وذلك ليتزامن (لم يتمكنوا من مقاومة صدفة :)). وكان آخر اعلان الذي تم الاعلان بالمناسبه ان باحثين في معهد ماكس بلانك لعلم الإنسان التطوري وقد الانتهاء من تسلسل الجينوم مشروع النياندرتال. منذ فقط 63% وتتناول الواقع الجينوم (3.7 مليار بت في الثانية لتغطية 3.2 غليان مليار الجينوم, مع الازدواجية), عند واحد يعلن “مسودة” يمكن أن يكون قليلا التعسفي, وبالتالي فإن الذكرى 200 لهذا الرجل الذي كتب “وأصل الانسان, والاختيار في ما يتعلق الجنس” هو جيد كوقت كأي. ونحن نتعلم بضعة أشياء مثل, ربما كان الإنسان البدائي والقدرة المادية للغة, إلا أنه لم يستطع الوقوف حليب الكبار (لم نتفق مع الهضم بهم). ومن المتوقع أنه سوف يتم نشر مسودة والبحوث في نهاية هذا العام. سنقوم في هذا التقرير بالطبع, وتصل إلى أي متصفحات أنها قد تكون إقامة :D. الجينوم القديمة تعلمنا بعض الأشياء.

من الذي يتكلم, والاستكشاف, متحف العلوم ممتازة في مدينتي العادلة, وقد معرضا كبيرا (على موقع على الانترنت و) على كيف 'نحن نعرف الأشياء’ وكيف يعمل العلم. هذا المعرض هو على وجه التحديد أصل البشر والحمض النووي النياندرتال والبحوث في معهد ماكس بلانك شخصيات بارزة.