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주의 비디오 도움말: NCBI의 게놈 자원에 큰 변화


NCBI 에서 만들어진 1988 와를 유지하고 있습니다 GenBank 년간 데이터베이스. 또한 생물 학적 데이터의 여러 유형에 대한 다양한 전산 자원 및 데이터 검색 시스템을 제공합니다. 생물학이 수집하는 데이터가 변경 및 확장이 얼마나 빨리 같은 그들은 모두 너무 잘 알고. 다양한 데이터 유형에 대한 사용은 개발되었습니다대로, 그것은 분명한되고있다 정보 새로운 유형의 (이러한 확장 메타 데이터로) 수집해야, 및 처리 데이터의 새로운 방법이 필요합니다.

NCBI는 수년에 걸쳐 이러한 요구에 적응되었으며, 최근 게놈 자원을 적응되었습니다. 오늘의 팁은 이러한 변화의 일부를 기반으로합니다. 내 동영상에 초점을 맞출 것이다 “완전히 새로 디자인된 게놈 사이트”, 최근에 밖으로 압연 및 발표되었던 가장 최근의 NCBI 뉴스 레터. 나는 변화를 설명하는 간행물을 찾지 못한, 하지만 뉴스 레터 몇 가지 세부로갑니다 게놈 사이트의 상단에서 찾을 발표 (& 나는 비디오에서 연결되는) 변경 사항에 대한 세부 사항을 매우 도움이되었습니다.

당신은 이번 발표에서 볼 수 마찬가지로, the 게놈 자원 최근에받은 변경 사항이 유일한 관련 리소스 없습니다, 에 게놈 프로젝트 리소스의 재설계를 포함하여 BioProject 리소스와 창조 BioSample 리소스. 나는 그 두 리소스에 대한 세부 사항에 갈 시간이되지 않습니다하지만 내 게시물의 끝에 저는 이번 달에 핵산 연구에서 온 두 대의 최근 NCBI 출판물로 연결됩니다 – 이들은 BioProject에 대한 자세한 내용은 읽기 좋은 리소스입니다, BioSample, 그리고 전반적으로 NCBI에. 역사적인 관점에 대한 또 원래 게놈 참조에 대한 링크, 이는 액세스 현재 무료로 생물 정보학에 있으며.

변경 사항 중 일부는 매우 흥미 롭, 그것을 포함 “단일 게놈 기록 지금은 유기체를 나타내는 하나를 위해 게놈이 분리.” NCBI 뉴스 레터 의하면 “주요 개선 prokaryotic에 대한 유기체의 수준에서 더 자연스러운 조직을 포함, 진핵세포, 그리고 바이러스 genomes. 보고서는 핵 무 기나 prokaryotic 기본 genomes의 가용성에 대한 정보뿐만 아니라 organelles과 plasmids 포함. ” 메모도있다는 걸 “때문에 자연 분류 시스템 개편의, 이전 게놈 식별자가 더 이상 유효하지 않습니다. 일반적으로 이러한 게놈 식별자는 이전 시스템에 노출되지 않은 및 프로그래밍 방식의 액세스에 대한 주로 사용되었다. ” 그래서 내가이 다른 NCBI의 리소스에 위임합니다 변경하는지 궁금합니다, 뿐만 아니라 외부 리소스. 내가 아직에 대한 공지 사항을 보지 못했어요, 그래서 그냥 계속 지켜봐야만 & 자주 주위를 확인.

즐겨 팁 & 우리를 보자, 또는 NCBI, 당신이 그들의 변화를 생각하는지 알아요! :)

빠른 연결:

NCBI 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez 게놈 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

참고 문헌:

역사 참조 Entrez 게놈: Tatusova, 토니, Karsch - Mizrachi, 나, & Ostell, Kokocinski. (1999). WWW Entrez에 완료 genomes: 데이터 표현 및 분석 생물 정보학, 15 (7), 536-543 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

바렛, 토니, 클락, 사장님, GevorgyanGorelenkov, 기철, Gorelenkov, 브이, Gribov, 이봐요, E., Karsch - Mizrachi, 나, Kimelman, 엠, 프륏, 사장님, Resenchu​​k, 미국, Tatusova, 토니, Yaschenko, 이봐요, E., & Ostell, Kokocinski. (2011). NCBI에서 BioProject 및 BioSample 데이터베이스: 촉진 캡처 및 메타 데이터의 조직 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1163

세이어, 이봐요, E., 바렛, 토니, 벤슨, 디, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, 미국, Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, 디, DiCuccio, 엠, Federhen, 미국, Feolo, 엠, Fingerman, 나, 기어, 실은, Helmberg, 더블유, Kapustin, Y를, Krasnov, 미국, 촌뜨기, 디, Lipman, 디, 루, 조디악, 미치게하다, 토니, Madej, 토니, Maglott, 디, Marchler - 바우, 대답 :, 제분업자, 브이, Karsch - Mizrachi, 나, Ostell, 제이, Panchenko, 대답 :, 판티엣, 실은, 프륏, 사장님, 슐러, 샷, Sequeira, 이봐요, E., 셰리주, 미국, 셤웨이, 엠, Sirotkin, 사장님, Slotta, 디, Souvorov, 대답 :, Starchenko, 샷, Tatusova, 토니, 와그너, 실은, 왕, Y를, 윌버, 더블유, Yaschenko, 이봐요, E., & 예, Kokocinski. (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

주의 비디오 도움말: Ensembl에서 변동 데이터

트레이는이 날 소개 “비디오 자습서 상당한 모음 ” Ensembl에서, 하지만 그 사람과 마리아의 현재 모로코는 3 일 생물 정보학 워크샵을 가르치고 & 다음 회의 참석 (예, 나는 질투 오전!). 그래서 저는 트레이가 나에게 지적하는 튜토리얼에 따라 이번주의 팁을 작성하고. 오늘의 팁에서 나는 모두 순서대로 SNP 정보에 Ensembl에서 사용할 수있는 자습서를 병렬 예정: 1) 당신이 Ensembl의 변화 정보에 액세스할 수 있고 산사나무의 열매보기 2) 를 사용하여 다음 단계를 수행하고 비교 Ensembl 64 (여기 동영상에서) 및 사용 Ensembl 54 (보관된) (Ensembl 동영상).

Bioscience 자원은 종종 지속적으로 개발되고 개선되고있다 & 그것은 비디오 및 설명서 최신을 유지하기 어려울 수 있습니다. 그것 OpenHelix에서 우리가 지속적으로 최신의 자료를 유지하기 위해 노력 이유 여기, 새로운 기능 및 업데이트된 튜토리얼에 매주 도움말 업데이트 사이트가 안정되는대로 함께.

Ensembl 비디오 (SNPs 및 기타 유사 – 1 의 2) 꽤 괜찮지 & 내 짧은 영화에서 실제 Ensembl 데이터 내가 얘기하는 것보다 대한 자세한 정보를 제공합니다, 하지만 그것은 Ensembl의 이전 버전에서 몇 년 전에 이루어졌다. 이후 자원이 업데이 트되었습니다, 그리고 데이터의 여러 가지 새로운 버전을 통해 간. 당신이 변화의 어떤 예제를 볼 수 있도록 Ensembl SNP 자습서의 일환 하나에 수행하는 동일한 단계를 수행거야 & 무엇이 꽤 많이 동일합니다. 당신이 변화의 어떤 좋은 생각을 다시 - 투 - 다시 모두 동영상을 감상하시기 바랍니다 거라고, 및 유사 정보를 어떤 종류의 Ensembl에서 구할 수 있습니다. 그 기초부터 난 당신이 Ensembl의 두 번째 SNP 비디오를 볼 수있을 거예요 & 많은 문제없이 Ensembl의 현재 버전을 사용하는 그것을 적용. 자세한 내용은 당신은 NAR 데이터베이스 문제에 가장 최근의 Ensembl 논문을 참조 할 수 있습니다, 이것은 전체적으로뿐 아니라 유사 정보지만 Ensembl을 설명합니다.

빠른 링크:

Ensembl 브라우저: http://www.ensembl.org/index.html

레거시 Ensembl 브라우저 (공개 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl 자습서, 부분 1 의 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl 자습서, 부분 1 의 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl 자습서 자료: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl 자습서 목록: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

참조:
Flicek, 추신, AkenBeal, B를, Ballester, B를, Beal, 사장님, Bragin, 이봐요, E., 브렌트, 미국, 첸, Y를, 클랩햄으로, 추신, Coates, 샷, Fairley, 미국, 피츠제랄드, 미국, 페르난데즈 - Banet, 제이, 고든, 실은, 카운트, 미국, Haider, 미국, 하몬드, 엠, 하우, 사장님, Jenkinson, 대답 :, 존슨, 북아 일, Kahari, 대답 :, 키프, 디, 키넌, 미국, Kinsella, 기철, Kokocinski, F., K 대답 : cielny, 샷, Kulesha, 이봐요, E., 로손, 디, Longden, 나, 매싱햄, 토니, 매클래런, 더블유, 가다, 사장님, Overduin, B를, Pritchard, B를, 리오스, 디, Ruffier, 엠, 슈스터, 엠, 쥐며 느리, 샷, 스매들리, 디, Spudich, 샷, 꽝하고 울리게하다, Y를, Trevanion, 미국, Vilella, 대답 :, 새, 제이, 화이트, 미국, 와일더, 미국, Zadissa, 대답 :, Birney, 이봐요, E., 커닝햄, F., 던햄, 나, Durbin, 기철, 페르난데즈 - 수아 레즈, 엑스, Herrero, 제이, 허바드, 토니, 파커, 대답 :, 대리인, 샷, 스미스, 제이, & Searle, S. (2009). Ensembl의 열번째 년 핵산 연구, 38 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkp972

무슨 대답이야? 열기 스레드 (GWAS genotyping)

Biostar 질문에 대한 사이트입니다, 응답 및 생물 정보학 질문에 대해 논의. 우리는 지역 사회의 구성원이며 아주 유용한 찾아. 자주 질문과 답변은 우리의 독자들에게 밀접한 관계가있는 것을 BioStar에서 발생하는 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 목요일은 우리가이 스레드 여기에 그 질문 중 하나이며, 답변을 강조합니다. 당신이이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 BioStar에 참가할 수.

주의 질문:

GWAS에 의해 얼마 게놈의를 캡처합니다?

이 질문에 두 가지 큰 답변, 첫 번째에서 인용. 더 위의 링크를 클릭하십시오.

인간 게놈은 인코딩 1 SNP/100-300bp; ~ 3기가바이트 순서 ~ 10million SNPs. 그것은 몇 가지 제한 요인으로 인해 데이터와 같은 큰 숫자를 분석하는 것은 불가능하다. 이 문제를 해결하기 위해 우리는 연동 Disequilibrium을 사용할 수 있습니다 (학습장애야) 매핑 (D '에 대한 섹션을 참조하십시오, 재조합 속도), Haplotype, Haplotype 블록Haplotype 태그 SNPs (tagSNPs). (HapMap 프로젝트에 대해 알아보기 여기에). 대신에 모든 10M SNPs를 genotyping의 우리는 haplotype 블록에 tagSNPs을 유전자형 수. 이것은 높은 LD와 염색체의 특정 지역에서 대표적인 SNP입니다. 이것은 모든 10M SNPs를 genotyping 않고 유전자 변이를 찾을 수있게. 이전 연구는 0.5 M - 1M SNPs와 칩을 genotyping하는 것이 좋은 GWAS위한 충분한 것으로 표시.

네이키드 몰 랫, 다른 일, 다른 게놈

The 완료하는 최신 게놈 그 벌거벗은 뒤쥐입니다 (Heterocephalus의 glaber). 지금, 쿨러가있을 수 있습니다 (추악한면) 지구상의 동물? 그것은 세계에서 두 진정한 eusocial 포유류 중 하나, 그것은 살고 28 오랜 세월 (내 딸의 쥐, 전혀 관계 없습니다, 단 살았 3 년) 질병의 많은 놀랍게도 강한.

그래서, 이상할 것도 없지 게놈가 합성되었다. 어쩌면 우리 사회 행동과 장수에 대한 몇 가지 것들을 배울 수.

물론 그것을위한 자원에있다 http://www.naked-mole-rat.org/ 그것은 기본적으로 그냥 폭발 서버 일부 다운로드의 생각. 나는 하루 카운트 다운입니다 그것은에서 구할 수있어 UCSC 또는 Ensembl :디. 나는 비교에 관심이있어 몇 가지 유전자를.

금주의 팁: 변환의 게놈 좌표

이 한 2 년 전에 팁 그리고 좀 더 정보를 오늘 다시 방문 오전, SciVee에 (그럼 공유 가능한이야) 및 최대 최신. 나는 우리를 업데이 트 했어요 갤럭시 튜토리얼 그 팁을가 가장 중 하나 tweeted을했습니다, 우리가 해치운 공유 및 방문 도움말 (아니 가장, 단 하나의), 그래서 지금 그것을 다시 방문하는 좋은 시간이 아닐까 생각. 이 단서로 이동합니다 갤럭시 도구 에 “liftover” 게놈은 어셈블리와 genomes 사이의 좌표. 당신은 또한 당신이 그토록 같은 게놈 어셈블리 사이의 게놈 좌표를 변환할 수있는 몇 가지 다른 도구와 장소를 방문하실 수 있습니다 UCSC 게놈 브라우저 Liftover 유틸리티 (해당 링크를에서 액세스 “유틸리티” 전면 페이지에 메뉴, 그것은 사용 체인 변환 파일), FlyBase (용 디. melanogaster 게놈), 메이커 (어셈블리 변환 도구가 포함되어 있습니다 GMOD에서 주석 도구), Ensembl 어셈블리 변환기, 나는 다른 사람이있다 확신. 어떤보고 드릴? 아래의 댓글은 우리를 알려줍로, 도 있습니다 NCBI의 새로운 매핑 서비스 있는 어셈블리 사이에 매핑 (종 이내) 그리고 refseq 시퀀스와 어셈블리 사이.

방법론에 대한 단어, 로 첫 번째 단락에서 언급한, UCSC 게놈 브라우저의 liftover 도구 체인 변환 파일을 사용. 내가의 유사한 겠지하지만 나는 갤럭시에 사용되는 방법의 확실하지 오전. 나는에 질문을하고 그 답을 알고 때이 페이지를 업데이 트합니다.

사실 그렇습니다. 난 은하계 지원팀에서 좋은 답변을 받았다:

liftOver 프로그램과 기본 맵핑 파일은 UCSC에서 나온 그들을 기반으로 “체인 / 네트” 비교 게놈 알고리즘.

데이터는 관련된 두 참조 genomes에 대한 syntenic 게놈 영역을 나타냅니다. 유사한 주석과 유전자, 밀접하게 관련 종 사이, 이러한 syntenic 영역 orthologs되는 좋은 가능성을 가지고 내에서 발견, 하지만 유전자 기능은 알고리즘에 의해 간주되지 않으며 orthology을 확인 독립적으로 평가되어야 할 것입니다.

UCSC의 게놈 브라우저 프로젝트에서이 메일링리스트 논의의 세부 사항에 대해 배울 좋은 곳이 될:
https://lists.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2008-March/015810.html
직접 팀에 문의 genome@ucsc.edu 당신이 알고리즘에 대한 특정 질문이있는 경우도 방법입니다.

바라건대이 도움이!

거블러 게놈

미국의 추수 감사절 관계자 모르는 사람, 칠면조는 추수 축제에 가장 미국인에 대한 선택의 기본 코스입니다. 2 년 전 메리는 칠면조 게놈가의 길에보고. 음, 그것의 것과 바꾸 그 터키 게놈은 거의 완료 (9 월 PLoS 용지 출력) 그리고 올해의 추수 감사절 잔치를위한 준비!

냠, 냠.

A 현재 BMC의 지노 믹스 종이는 칠면조와 닭 게놈 사이의 여러 intrachromosomal rearrangements 있었을 것을 공개. 하나는 칠면조 그냥 재조정 닭이라고 말할 수 있을것 같아요? (hattip: 매일 스캔)

이 간행물과 함께, 당신은 참으로 괴상한 생물 것을 가족에게 증명하기 위해 일부 동네짱 - 엽기 사료 있어요.

병아리와 칠면조의 말하기… 나는 한국에 살 때 1980 내 미국 친구와 나는 칠면조를 찾는 힘든 시간을 보냈습니다 (한국인들이 못생겼다고). 우리는 마침내 미국의 군인과 외국인들을 제기 농장을 발견. 우리가 가서 그들이 가진 가장 큰 포착, 그것은 나머지 위의 추한 머리를했습니다. 우리는 그것을했다, 살다, 에 상자에 1 우리가 미친 것처럼 시간 버스는 한국인의 추악한 머리 상자를 쳐다보고과 함께 집 근처 시장에 다시 타고 (아마도 우리가되었습니다?). 우리는 믿지 닭 푸줏간에 데리고 우리 파견하여 deheaded 칠면조에 대한 반환시, 그가 우리를 불쌍히했고 우리에게 두 가지 큰 병아리를 줬어. 우리는 한심한 칠면조를 보았을 때, 우리는 정육점이 우리에게 두 가지 닭 gifting을 고집했는지 이해: 칠면조, 생각만큼 큰, 그것에는 고기가 없었.

음, 우리는 두 닭 볶은 것을 추수 감사절 (우리가 시장에서 찾을 호박에서 호박 파이했다.. 의 취급은 우리가 호박을 먹고 미쳤다고 생각, 그들은 장식을위한되었습니다!).

Anyhoo, 그들이 단지 재배열 조류이기 때문에 아마 닭을 실제로 충분 않는다는 것을 보여주가는 긴 일화 (나는 칠면조의 머리는 닭고기에 어디에서 나왔는지 궁금해하지만?)

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 덤프: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

금주의 팁: GeVo과 게놈 비교

gevo_thumb주의 오늘의 팁 소개 새 (우리에게) 게놈 비교를위한 도구. 우리의 블로그 게시물을 읽고이 도구를 통해 온 제임스와 거대한 옥수수 (멋진 블로그) 에 대한 그의 연구 제안의 그림. 보기, 이유는 블로그를 읽을 수 없습니다 :디. 그는이 수치 및 분석을 만드는 데 사용하는 도구입니다 GeVo잡아 이는 GeVo 이외에 몇 가지 유용한 도구를 가지고. 주의 오늘의 팁 있음, 우리는 제임스에 신속하게 살펴 보도록 하죠’ Gevo에 나열하고 가져가를 소개합니다. 그들을 체크 아웃, 그들은 매우 유용한 도구처럼. (당신은 그것을 동안, 제임스 체크 아웃’ 블로그. 이런 Tidbits과 흥미로운 토론 그것은 잘 가치가합니다.)

RetroDogs

nr_Bassett-Dachshund내가 성장 배셋 사냥개 있었. 그의 이름은 쓸모가 없었습니다, 쓸모 S. 바닥. 음, 실제로 공식적으로했다 율리시즈 S. 부여 미국 켄넬 클럽은 소용 S를 받아들이지 않아서. 이름으로 툴툴 거리는 소리들이 너무 비열하다는 느꼈어요로. 무슨 말인지 모르겠 그들은 개 또는 대통령에게 비열하다는 듯이 느껴졌다면, 하지만 그것도 둘 다 여기에있다 그것?

그래서,물어, 내게는 너무 짧은 다리의과 너무 긴 귀가있어 걸려 넘어 그 긴 전달 달콤한 개를 생각했다? 그건 그들은 그 짧은 다리에 있었는지 원인 유전자가 알아낸 사실이 밝혀졌 바셋 저희 독자에 (그리고 Dachshunds 및 기타 품종).

NHGRI의 보도 상태로:

저널의 사전 온라인 판 사이언스에 발표된 연구에서, NHGRI의 일레인 Ostrander가 이끄는 연구진, 박사, 검사 DNA 샘플에서 835 개, 포함 95 짧은 다리. 더 이상 그들의 설문 조사 40,000 DNA가 유사 표식 유전자 서명을 짧은 다리 품종에 단독으로 밝혀. 후속의 DNA 시퀀싱 및 전산 분석을 통해, 연구자들은 개를 결정’ 불균형 짧은 팔다리는 개과의 게놈에 한 mutational 이벤트에 추적될 수 – DNA를 삽입 – 그게 국내 개들이의 진화에 초기 발생.

삽입 retrogene로 밝혀지, 어느 물론 나 또한 그런 걸 내가 retrotransposable 요소를 공부 흥미로운 발견. transcriptase는 게놈로 다시 다시 삽입 할 수의 DNA로 알 엔 해석을 반대로이 버릇이 역 (금후 처리 pseudogenes 물론).

이번 연구는 두 가지 이유 때문에 흥미 롭 (난 배셋 사냥개를 않았기 때문에 공부 retroelements의 발전 이외의 ;), 그것은 우리에게 형태에 큰 변화와 retrotranscription의 역할로 이어질 진화 이벤트로 추가 실마리를 제공하고 그것이 우리에게 가능한 인간의 조건에 실마리를 제공합니다.

강아지에 대한 자세한 게놈을 보려면, 당신은 우리의 글을 읽을 수 있습니다개 게놈에 대한 everal 게시물, 로 이동 NCBI의 개 게놈 홈 사이트 (또는 UCSC 또는 Ensembl 및 기타 브라우저) 및 신문을 읽고 (물론 가입을 필요로, 그것은 과학에있어). 그것은 흥미가 지금까지 읽을 수있어 (좀 더 완벽하게 그것을 읽을 시간을 찾고 싶어요, 어쩌면 쓸모없는 그의 이름에 살고 있지 않습니다.. 그는 정말 그렇다하더라도 안 :디).

콜드 genomes

coldvirus최근에, 우리가 감기 바이러스에 대해 많이 배우고. 대부분의 genomes 이 지금 순서가되었습니다 (가입 필수 과학 보고서입니다, 여기에 보고서에 대한 자세한 내용을보실 수 있습니다).

당신은에서 더 많은 게놈 정보를 찾을 수 picornaviridae.comNCBI의 Entrez의 Genomes 그리고 몇몇 구조적인 정보에 MMDB. (그냥 보조 노트, 리노 바이러스는 이제 enterovirus로 분류된).