Archivo de la etiqueta: genoma

Vídeo Consejo de la semana: Grandes cambios al genoma NCBI Recursos


NCBI fue creado en 1988 y ha mantenido la GenBank base de datos para los años. También ofrecen muchos recursos computacionales y sistemas de recuperación de datos para muchos tipos de datos biológicos. Como tales, saben muy bien lo rápido que los datos que recogen los biólogos se ha modificado y ampliado. Como los usos de distintos tipos de datos se han desarrollado, se ha hecho evidente que los nuevos tipos de información (como los metadatos ampliado) deben ser recogidos, y nuevas formas de manejo de datos son necesarios.

NCBI se ha ido adaptando a las necesidades de estos a lo largo de los años y recientemente se ha ido adaptando sus recursos genoma. Punta de hoy se basa en algunos de esos cambios. Mi video se centrará en la “Genoma completamente rediseñado sitio”, que se extendió recientemente y publicada en el más reciente boletín NCBI. No he encontrado una publicación que describe los cambios, pero el boletín entra en algunos detalles y la El anuncio en la parte superior de la página del Genoma (& que señalo en el video) Tiene detalles muy útiles acerca de los cambios.

Como se verá en el anuncio, la Genoma de los recursos no es el único recurso que tienen relación con cambios que ha experimentado recientemente, incluyendo el rediseño de los recursos del Proyecto del Genoma en la BioProject de recursos y la creación de la Muestra biológica de recursos. No voy a tener tiempo para entrar en detalles sobre los dos recursos, pero al final de mi post que unirá a dos recientes publicaciones Revista que salió en Nucleic Acids Research este mes – estos son un buen recurso para leer más información sobre BioProject, Muestra biológica, y en la Revista como un todo. Para una perspectiva histórica que también enlazan con la referencia del genoma original de, que es en Bioinformática y en la actualidad libre acceso.

Algunos de los cambios son muy interesantes, incluyendo la “Registros individuales del genoma representan en la actualidad un organismo y no aislar el genoma de uno.” El NCBI boletín afirma que “Las mejoras más importantes son una organización más natural a nivel del organismo de procariotas, eucariotas, y genomas virales. Los informes incluyen información sobre la disponibilidad de los genomas nuclear primaria o procariotas, así como los organelos y plásmidos. ” También hay una nota que “Debido a la reorganización de un sistema de clasificación natural, mayores identificadores de genoma ya no son válidas. Normalmente, estos identificadores genoma no fueron expuestos en el sistema anterior y se utiliza principalmente para el acceso programático. ” Eso me hace preguntarme qué cambios que esto mandato de otros recursos del NCBI, así como los recursos externos. No he visto ningún anuncio de que aún, así que voy a tener que permanecer atentos & comprobar a menudo en torno a.

Disfrute de la punta & vamos a, o NCBI, saber lo que piensa de los cambios! :)

Enlaces rápidos:

Revista Página de Inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genoma de Recursos Página de inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Página de recursos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referencias:

Histórico Entrez Genoma de referencia: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Genomas completos en la WWW Entrez: de representación de datos y análisis Bioinformática, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., GevorgyanGorelenkov, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject muestra biológica y bases de datos en el NCBI: captura de la facilitación y organización de los metadatos Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feolo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Enloquecer, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Molinero, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Jerez, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., B.ng, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Os, J. (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Vídeo Consejo de la semana: Datos de la variación de Ensembl

Trey me presentó a este “decente colección de tutoriales en vídeo ” de Ensembl, pero él y María se encuentran actualmente en Marruecos la enseñanza de un taller de 3 días bioinformática & luego asistir a la conferencia (sí, Soy envidioso!). Por lo tanto, voy a crear el consejo de esta semana sobre la base de los tutoriales que Trey me señaló. En el consejo de hoy voy a paralelo un tutorial disponible en Ensembl en la información SNP para ambos: 1) demostrar que haw puede acceder a la información y la variación de Ensembl 2) comparar haciendo uso de estos pasos Ensembl 64 (aquí en este video) y el uso de Ensembl 54 (archivados) (en el video Ensembl).

Bioscience recursos a menudo están siendo continuamente desarrollado y mejorado & puede ser difícil de mantener videos y la documentación al día. Es por eso que aquí en OpenHelix, trabajamos continuamente para mantener a nuestros materiales están al día, con consejos semanales sobre las nuevas características y tutoriales actualizados los sitios actualizados estén estables.

El vídeo Ensembl (SNPs y otras variaciones – 1 de 2) es bastante agradable & proporciona más detalles sobre los datos reales Ensembl de lo que puedo en mi cortometraje, pero se hizo hace unos años en una versión anterior de Ensembl. Desde entonces, el recurso ha sido actualizado, y ha pasado por varias versiones nuevas de los datos. Voy a seguir los mismos pasos que se llevan a cabo en la primera parte del tutorial Ensembl SNP de modo que usted puede ver ejemplos de lo que ha cambiado & lo que es casi lo mismo. Te sugiero que ver los dos videos de back-to-back para obtener una buena idea de lo que ha cambiado, y qué tipo de información están disponibles a partir de la variación Ensembl. Desde esa base, estoy seguro de que será capaz de ver el video del segundo Ensembl SNP & aplicarlo a la utilización de la versión actual de Ensembl sin muchos problemas. Para más detalles puede consultar el documento de Ensembl más reciente en la edición de la base de datos NAR, que describe no sólo información, sino Ensembl variación en su conjunto.

Enlaces rápidos:

Ensembl navegador: http://www.ensembl.org/index.html

Legado Ensembl navegador (liberación 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl materiales didácticos: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl Lista de Tutoriales: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

De referencia:
Flicek, P., Aachen, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernández-Banet, J., Gordon, L., Graf, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., Kahari, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., KULESHA, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., Ir, K., Overduin, B., Pritchard, B., Ríos, D., Ruffier, M., Schuster, M., Pizarrero, G., Smedley, D., Spudich, G., Espiga, Y., Trevanion, S., Vilella, A., AVE, J., Blanco, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernández-Suárez, X., Herrero, J., Hubbard, T., Parker, A., Procurador, G., Herrero, J., & Searle, S. (2009). 10 º año de Ensembl Nucleic Acids Research, 38 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkp972

¿Cuál es la respuesta? Abrir un mensaje (GWAS genotipado)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la comunidad y les resulta muy útil. A menudo preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Pregunta de la Semana:

¿Qué parte del genoma es capturado por un GWAS?

Dos grandes respuestas a esta pregunta, una cita de la primera. Haga clic en el enlace anterior para obtener más.

Genoma humano codifica 1 SNP/100-300bp; ~ ~ 3GB secuencia de 10 millones de SNPs. Es imposible analizar un número tan grande de datos debido a varios factores que limitan. Para hacer frente a este problema podemos utilizar el desequilibrio de ligamiento (LD) cartografía (Vea la sección en D ', recombinación tasa), Haplotipo, Bloques de haplotipos y Haplotipo etiqueta SNPs (tagSNPs). (Lea sobre el proyecto HapMap aquí). En lugar de genotipado todos los SNPs 10M podemos genotipo tagSNPs en un bloque de haplotipos. Se trata de un SNP representante de una región determinada del genoma de alto LD. Esto le permitirá encontrar las variaciones genéticas sin genotipado todos los SNPs 10M. Estudios previos indicaron que el genotipo fichas con 0.5 M-1M SNPs será suficiente para una buena GWAS.

Rata topo desnuda, otro día, otro genoma

La última del genoma que se complete es la rata topo desnuda (Heterocephalus glaber). Ahora, ¿Podría haber un refrigerador (si fea) mamíferos en el planeta? Es uno de los dos únicos mamíferos realmente eusociales en el mundo, que está a la altura 28 largos años (mi hija de rata, sin ninguna relación, vivía solo 3 años) y es sorprendentemente resistente a muchas enfermedades.

Así que, No sorprende que el genoma se secuenció. Tal vez podamos aprender algunas cosas sobre el comportamiento social y la longevidad.

Por supuesto que es un recurso para que en http://www.naked-mole-rat.org/ aunque es básicamente un servidor de la explosión y descargas de algunos. Estoy contando hasta el día que está disponible en UCSC o Ensembl :D. Tengo unos genes que estoy interesado en comparar.

Consejo del la Semana: Genoma Conversión de Coordenadas

Hice esto punta de más de dos años y lo estoy revisando hoy en día con un poco de información, en SciVee (por lo que es compartible) y hasta al día. He estado actualizando nuestro Galaxy tutorial y que la punta ha sido uno de los más Twitter, consejos compartidos y visitados que hemos hecho (no es el más, sólo uno de los), así que pensé que ahora sería un buen momento para volver a. Este consejo va a través de la Galaxy herramienta a “liftover” genoma de coordenadas entre las asambleas y genomas. Es posible que también desee visitar algunas herramientas y otros lugares donde usted puede convertir las coordenadas del genoma entre asambleas del genoma, tales como la UCSC Genome Browser Liftover utilidad (de acceso que enlace desde “empresas de servicios públicos” menú en la página principal, se utiliza un los archivos de la cadena de conversión), FlyBase (de D. melanogaster genoma), Fabricante (una herramienta de anotación de GMOD que incluye una herramienta de conversión de montaje), Ensembl Asamblea conversor, y estoy seguro que hay otros. ¿Alguno de informe? Como el comentario a continuación nos informa, también hay Revista de la nueva reasignación de servicios que se asigna entre las asambleas (dentro de las especies) y entre las secuencias refseq y asambleas.

Una palabra acerca de la metodología, como se menciona en el párrafo primero, Herramienta UCSC Genome Browser es liftover utiliza los archivos de la cadena de conversión. No estoy seguro de la metodología utilizada en el Galaxy, aunque asumo que es similar. Tengo una pregunta y actualizar esta página cuando sé la respuesta.

De hecho, es. He recibido una respuesta muy bien desde el equipo de apoyo Galaxy:

El programa liftOver y el archivo de asignación subyacente proviene de la UCSC, y se basa en su “Cadena / red” algoritmos comparativo del genoma.

Los datos representan las regiones del genoma syntenic de los dos genomas de referencia involucrados. Genes con la anotación similares, entre especies estrechamente relacionadas, encuentra dentro de estas regiones syntenic tienen una buena probabilidad de ser orthologs, pero la función del gen no es considerado por el algoritmo y que tendría que ser evaluada de forma independiente para confirmar orthology.

Esta discusión lista de correo en el navegador de proyectos UCSC Genoma sería un buen lugar para aprender acerca de los detalles:
https://lists.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2008-March/015810.html
Ponerse en contacto con el equipo directamente al genome@ucsc.edu También es una opción si usted tiene una pregunta específica sobre el algoritmo.

Esperemos que esto ayuda a!

Gobbler genoma

Para aquellos de ustedes que no son estadounidenses observadores de Acción de Gracias, el pavo es el plato principal de la elección para la mayoría de los estadounidenses para que la fiesta de la cosecha. Hace dos años María informó el genoma del pavo estaba en camino. Bueno, Es a propósito que el Turquía está casi completa del genoma (PLoS a cabo en septiembre de papel) y listo para la fiesta de Acción de Gracias de este año!

Yum, mmm.

A actual BMC Genomics documento revela que ha habido múltiples reordenamientos intracromosomal entre el genoma del pavo y el pollo un. Supongo que se podría decir que un pavo es sólo un pollo que se ha reconfigurado? (hattip: Todos los días de escaneo)

Con estas publicaciones, tienes un poco de forraje uber-geek a demostrar a su familia que usted es un nerd de la biología.

Hablando de pollos y pavos… cuando vivía en Corea 1980 mis amigos americanos y tenía dificultades para encontrar un pavo (Los coreanos pensaban que eran feos). Finalmente encontramos una granja que han sido formuladas por los soldados estadounidenses y los extranjeros. Fuimos allí y cogió el más grande que había, se trataba de una horrible cabeza por encima del resto. Nos lo tomamos, en vivo, en una caja en un 1 horas en autobús camino de regreso al mercado cerca de nuestra casa con los coreanos mirando a nuestra fea cabeza de caja como si estuviéramos locos (tal vez se?). La llevamos a un carnicero incrédulo y cuando volvimos de nuestro pavo enviados y descabezado, se compadeció de nosotros y nos dio dos pollos grandes. Cuando vimos el pavo patético, hemos entendido por qué el carnicero insistió en donde tendremos dos pollos: el pavo, tan grande como lo fue, no tenían carne en ella.

Bueno, asamos dos pollos que Acción de Gracias (e hizo un pastel de calabaza en una calabaza que nos encontramos en el mercado.. el proveedor de los cuales pensaban que estábamos locos de comer una calabaza, fueron para la decoración!).

Anyhoo, una anécdota que siempre viene a demostrar que tal vez un pollo en efecto, es suficiente, ya que son aves sólo reorganizado (aunque me pregunto donde la cabeza del pavo provenía de la gallina?)

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestro enlace de descarga Viernes característica: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Consejo del la Semana: Gevo y Genoma Comparativa

gevo_thumbPunta de hoy en día de la semana presenta una nueva (a nosotros) herramienta para la comparación genómica. Nos encontramos con esta herramienta de lectura de una entrada de blog en James y el Maíz Gigante (gran blog) alrededor de un la figura de su propuesta de investigación. Ver, hay razones para leer blogs :D. La herramienta que utiliza para crear esta figura y el análisis Gevo en CoGe que cuenta con varias herramientas útiles, además de Gevo. En la punta de hoy en día de la semana, vamos a echar un vistazo rápido a Santiago’ figura en Gevo e introducir COGE. Échales un vistazo, se ven como herramientas muy útiles. (y mientras estás en ello, echa un vistazo a James’ Blog. Cositas así y discusiones interesantes hacer que bien vale la pena.)

RetroDogs

nr_Bassett-DachshundTuve un Basset Hound creciendo. Su nombre era inútil, Inútil S. Gruñido. Bueno, en realidad fue formalmente Ulises S. Conceder porque los EE.UU. Kennel Club no acepta S Inútil. Gruñir como un nombre, ya que consideraban que era demasiado degradante. No estoy seguro si ellos sentían que era degradante para el perro o el presidente, pero eso no viene al caso es?

Así que,pedir, lo que me hizo pensar en que el perro dulce largo pasado que se tropezó con las orejas demasiado largas, con sus piernas demasiado cortas? Lo Resulta que se enteraron de lo que causa genética no había para los patas cortas en Basset Hounds (y Dachshunds y otras razas).

Como la prensa del NHGRI Estados liberación:

En un estudio publicado en la edición en línea anticipada de la revista Science, los investigadores dirigidos por Elaine Ostrander del NHGRI, Ph.D., examinaron muestras de ADN de 835 perros, incluso 95 con las piernas cortas. Su estudio de más de 40,000 marcadores de variación del ADN descubrió una característica genética exclusiva de las razas de patas cortas. A través de la secuenciación del ADN de seguimiento y análisis computacional, los investigadores determinaron que los perros’ extremidades desproporcionadamente cortas se puede remontar a un evento mutacional del genoma canino – Inserción de ADN – que se produjeron temprano en la evolución de los perros domésticos.

La inserción resulta ser un retrogene, que, por supuesto, también me parece interesante en el que he estudiado los elementos retrotransposable. Transcriptasa inversa tiene el hábito de invertir en la transcripción de ARN del ADN que puede conseguir reinsertarse de nuevo en el genoma (por lo tanto pseudogenes procesados por supuesto).

El estudio es interesante por dos razones: (que no porque tenía un Basset Hound y estudió la evolución de los retroelementos ;), que nos da una pista más en los eventos evolutivos que llevan a grandes cambios en la morfología y la función de retrotranscripción y nos da una pista sobre los posibles condiciones humanas.

Para más información sobre el genoma del perro, usted puede leer nuestro sMensajes arios sobre el genoma del perro, ir a Casa NCBI genoma del perro sitio (o UCSC o Ensembl y otros navegadores) y leer el periódico (necesita una suscripción, por supuesto,, es en la ciencia). Es una lectura interesante hasta el momento (Quiero encontrar algo de tiempo para leerlo con más detalle, tal vez inútil, no está a la altura de su nombre.. que en realidad no, incluso después :D).

Genomas de frío

coldvirusRecientemente, estamos aprendiendo mucho sobre el virus del resfriado. Los genomas de muchos Ya se han secuenciado (que es un informe publicado en Science por suscripción requerida, Puedes leer más sobre el informe aquí).

Usted puede encontrar más información genómica a la picornaviridae.com al Ingrese NCBI Genomas y alguna información estructural a MMDB. (sólo un lado nota, rinovirus es ahora clasificado como enterovirus).