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Video Tipp der Woche: Big Änderungen NCBI Genome Ressourcen


NCBI wurde in erstellt 1988 und hat die gepflegt GenBank Datenbank für die Jahre. Sie bieten auch viele Rechenressourcen und Daten-Retrieval-Systeme für viele Arten von biologischen Daten. Als solche sind sie wissen nur zu gut, wie schnell die Daten, die Biologen sammeln hat sich verändert und erweitert. Als Einsatzmöglichkeiten für verschiedene Datentypen sind entwickelt worden,, ist deutlich geworden, dass neue Arten von Informationen (wie erweiterte Metadaten) müssen gesammelt werden, und neue Wege im Umgang mit Daten erforderlich.

NCBI hat auf diese Bedürfnisse wurden Anpassung im Laufe der Jahre und vor kurzem wurde die Anpassung seines Genoms Ressourcen. Der heutige Tipp wird auf einige dieser Veränderungen beruhen. Mein Video wird auf den Schwerpunkt “komplett überarbeitet Genome site”, das erst kürzlich ausgerollt und kündigte in der jüngsten NCBI Newsletter. Ich habe nicht eine Publikation beschreibt die Veränderungen gefunden, aber der Newsletter geht in einigen Details und die Ankündigung auf der Oberseite des Genome Seite gefunden (& dass ich darauf hinweisen, in dem video) hat eine sehr hilfreiche Details über die Änderungen.

Wie Sie in der Ankündigung siehe, der Genome Ressource ist nicht der einzige Zusammenhang Ressource erlebt die letzten Änderungen haben, einschließlich der Neugestaltung der Genome Project-Ressource in der BioProject Ressourcen und die Schaffung des BioSample Ressource. Ich werde keine Zeit haben, um ins Detail über diese beiden Ressourcen gehen, aber am Ende meines Posts werde ich zwei neuere NCBI Publikationen, die in Nucleic Acids Research kam in diesem Monat verlinken – das sind gute Quellen für weitere Informationen über BioProject lesen, BioSample, und auf der NCBI als Ganzes. Für eine historische Perspektive, die ich auch auf die ursprüngliche Genome Referenz Link, die in der Bioinformatik und derzeit frei zugänglich.

Einige der Änderungen sind sehr interessant, einschließlich “Einzel-Genom Aufzeichnungen stellen nun einen Organismus und nicht ein Genom für ein Isolat.” Die NCBI Newsletter besagt, dass “Wesentliche Verbesserungen sind eine natürliche Organisation auf der Ebene des Organismus für prokaryotische, eukaryotischen, und viralen Genomen. Die Berichte enthalten Informationen über die Verfügbarkeit von Nuklear-oder prokaryotischen primäre Genome sowie Organellen und Plasmide. ” Es gibt auch einen Hinweis, dass “Aufgrund der Reorganisation zu einer natürlichen Klassifikation, älteren Genom Kennungen sind nicht mehr gültig. Typischerweise sind diese Genom-IDs wurden nicht in das bisherige System ausgesetzt und wurden hauptsächlich für den programmgesteuerten Zugriff verwendet. ” Das macht mich fragen, was ändert dies an andere NCBI Ressourcen Mandat, sowie externer Ressourcen. Ich habe keine Ankündigungen diesbezüglich noch nicht gesehen, also werde ich nur noch stay tuned & Check rund um häufig.

Genießen Sie die Spitze & lassen Sie uns, oder NCBI, wissen, was Sie von deren Veränderungen denken! :)

Quick Links:

NCBI Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genome Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referenzen:

Historische Referenz Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Komplette Genome in WWW Entrez: Darstellung der Daten und Analysen Bioinformatik, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feola, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lesen, Z., Madden, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suworow, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Ihr, J. (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Video Tipp der Woche: Variation von Daten aus Ensembl

Trey hat mich mit diesem “anständige Sammlung von Video-Tutorials ” von Ensembl, aber er und Mary sind derzeit in Marokko Lehre einem 3-tägigen Workshop Bioinformatik & dann an der Konferenz teilnehmen (ja, Ich bin neidisch!). Ich freue mich daher die Schaffung dieser Woche Trinkgeld auf den Tutorials, die Trey mich darauf. In der heutigen Tipp werde ich ein Tutorial ab Ensembl auf SNP Informationen parallel um sowohl: 1) Ihnen zeigen, haw Sie können Variation Informationen aus Ensembl Zugang und 2) vergleichen tut diese Schritte mit Ensembl 64 (hier in diesem Video) und mit Ensembl 54 (archivierte) (in der Ensembl Video).

Bioscience Ressourcen oft werden ständig weiterentwickelt und verbessert & es kann schwierig sein, Videos und Dokumentationen up-to-date zu halten. Deshalb ist hier bei OpenHelix wir kontinuierlich zu halten, unsere Materialien up-to-date Arbeit, mit wöchentlichen Tipps zu neuen Funktionen und aktualisierten Tutorials als aktualisierte Websites werden stabil.

Die Ensembl Video (SNPs und andere Variationen – 1 von 2) ist ganz nett & enthält weitere Einzelheiten über die tatsächliche Ensembl Daten, als ich in meinem kurzen Film, aber es war vor ein paar Jahren auf eine ältere Version von Ensembl getan. Seitdem ist die Ressource wurde aktualisiert, und durch mehrere neue Versionen der Daten verschwunden. Ich werde die gleichen Schritte, die in Teil eins der Ensembl SNP Tutorial fertig sind folgen, so dass Sie Beispiele dafür, was sich geändert hat sehen können & Was ist so ziemlich das gleiche. Ich würde vorschlagen, Sie schauen beide Videos back-to-back, um eine gute Idee, was sich geändert hat bekommen, und welche Arten von Variation Informationen sind aus Ensembl verfügbar. Von dieser Basis bin ich sicher, du wirst in der Lage sein Ensembl der zweiten SNP Video zu sehen & wenden sie auf die aktuelle Version von Ensembl ohne viel Mühe. Für weitere Informationen können Sie auf die neueste Ensembl Papier in der NAR-Datenbank Ausgabe beziehen, die beschreibt, nicht nur Informationen, sondern Variation Ensembl als Ganzes.

Quick-Links:

Ensembl Browser: http://www.ensembl.org/index.html

Legacy-Ensembl Browser (Freigabe 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl Tutorial, Teil 1 von 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl Tutorial, Teil 1 von 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl Tutorial Materialien: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl Tutorial Liste: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

Referenz:
Flicek, P., Aachen, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernandez-Banet, J., Gordon, L., Graf, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., Kähäri, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., Kulesha, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., Gehen, K., Overduin, B., Pritchard, B., Rios, D., Ruffier, M., Schuster, M., Schieferdecker, G., Smedley, D., Spudich, G., Tang, Y., Trevanion, S., Vilella, A., Vogel, J., Weiß, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernandez-Suarez, X., SCHMIED, J., Hubbard, T., Parker, A., Proktor, G., Smith, J., & Searle, S. (2009). Ensembl das 10. Jahr Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp972

Was ist die Antwort? Offene Themen (GWAS Genotypisierung)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Frage der Woche:

Wie viel des Genoms wird durch eine GWAS erfasst?

Zwei große Antworten auf diese Fragen, ein Zitat aus dem ersten. Klicken Sie auf den obigen Link für mehr.

Menschlichen Genoms codiert 1 SNP/100-300bp; ~ 3GB-Sequenz ~ 10 Millionen SNPs. Es ist unmöglich, eine so große Anzahl von Daten durch mehrere limitierende Faktoren zu analysieren. Zur Bewältigung dieses Problems können wir Kopplungsungleichgewicht (LD) Abbildung (Siehe Abschnitt über D ', Rekombinationsrate), Haplotyp, Haplotyp-Blöcke und Haplotyp Tag SNPs (tagSNPs). (Lesen Sie mehr über HapMap Projekt hier). Statt Genotypisierung alle 10M SNPs können wir tagSNPs in einem Haplotyp Block Genotyp. Dies ist eine repräsentative SNP in einer bestimmten Region des Genoms mit hoher LD. Dies wird es ermöglichen, genetische Variation, ohne Genotypisierung alle 10M SNPs zu finden. Frühere Studien zeigten, dass die Genotypisierung Chips mit .5 M-1M SNPs werden ausreichend für eine gute GWAS.

Nacktmull, an einem anderen Tag, ein anderes Genom

Das neuesten Genoms abgeschlossen werden ist der Nacktmull (Heterocephalus glaber). Jetzt, Könnte es einen Kühler (wenn hässlich) Säugetier auf dem Planeten? Es ist eines von nur zwei wirklich eusozialen Säugetieren der Welt, sie lebt bis zu 28 langen Jahren (meiner Tochter Ratte, keine Beziehung, lebte nur 3 Jahr) und ist überraschend resistent gegen viele Krankheiten.

So, Kein Wunder, das Genom sequenziert wurde. Vielleicht können wir einige Dinge über das soziale Verhalten und Langlebigkeit lernen.

Natürlich gibt es eine Ressource für sie bei http://www.naked-mole-rat.org/ obwohl es im Grunde nur eine BLAST-Server und einige Downloads. Ich zähle auf den Tag ist es unter UCSC oder Ensembl :D. Ich habe einige Gene Ich interessiere mich für den Vergleich.

Tipp der Woche: Konvertieren Genomkoordinaten

Ich tat dies, Tipp vor über zwei Jahren und am Neubetrachtung es heute mit ein bisschen mehr Informationen, auf SciVee (so ist es shareable) und up-to-date. Ich habe die Aktualisierung unserer Galaxy-Tutorial und dass die Spitze hat eine der am meisten getwittert wurde, geteilt und besuchte Tipps wir getan haben (nicht die, nur eine von), so dachte jetzt wäre ein guter Zeitpunkt, um es erneut zu. Dieser Tipp wird durch die go Galaxy-Tool auf “Ladekante” Genom Koordinaten zwischen Baugruppen und Genome. Vielleicht möchte auch ein paar andere Werkzeuge und Orte, wo man Genom Koordinaten zwischen Genom Baugruppen wie die konvertieren kann unter UCSC Genome Browser Liftover Nutzen (Zugriff, die Verbindung von “Versorgungsunternehmen” Menü auf der Titelseite, Es verwendet eine Umrüst-Dateien), FlyBase (für D. melanogaster Genom), Hersteller (eine Annotation Tool von GMOD, dass eine Assembly Konvertierungstool umfasst), Ensembl Assembly-Konverter, und ich bin sicher, es gibt andere. Hat jemand zu berichten,? Wie der Kommentar unten informiert uns, gibt es auch NCBI neue Remapping-Service die Karten zwischen den Baugruppen (innerhalb der Arten) und zwischen RefSeq Sequenzen und Baugruppen.

Ein Wort zur Methodik, wie im ersten Absatz genannten, UCSC Genome Browser ist liftover Tool verwendet Umrüst-Dateien. Ich bin unsicher über die Methodik bei Galaxy verwendet, obwohl ich vorausgesetzt, es ist ähnlich bin. Ich habe eine Anfrage in und werden diese Seite aktualisieren, wenn ich die Antwort weiß.

Tatsächlich ist es. Ich erhielt eine nette Antwort von der Galaxy-Support-Team:

Die liftOver Programm und die zugrunde liegende Mapping-Datei stammt aus UCSC und ist auf der Grundlage ihrer “Chain / Net” vergleichende Genom-Algorithmen.

Die Daten stellt das syntenischen Genombereiche für die beiden Referenz-Genome beteiligt. Gene mit ähnlichen Annotation, zwischen nahe verwandten Arten, gefunden in diesen syntenischen Regionen eine gute Wahrscheinlichkeit, Orthologe haben, aber Gen-Funktion ist nicht durch den Algorithmus berücksichtigt und müssten unabhängig evaluiert werden, um Orthologie bestätigen.

Diese Mailing-Liste Diskussion auf der UCSC Genome Browser-Projekt wäre ein guter Ort, um über die Details lernen:
https://lists.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2008-March/015810.html
Kontaktaufnahme mit dem Team direkt am genome@ucsc.edu ist auch eine Option, wenn Sie eine spezifische Frage über den Algorithmus haben.

Hoffentlich hilft!

Gobbler Genom

Für diejenigen unter Ihnen, die nicht amerikanischen Thanksgiving Beobachter, Die Türkei ist das Hauptgericht der Wahl für die meisten Amerikaner für das Erntefest. Vor zwei Jahren Mary berichtete die Türkei Genom wurde auf dem Weg. Nun, es ist apropos, dass die Truthahn Genom ist fast vollständig (PLoS Papier im September) und bereit für den diesjährigen Thanksgiving-Fest!

Yum, yum.

Ein aktuelle BMC Genomics Papier zeigt, dass es mehrere intrachromosomale Umlagerungen zwischen den Truthahn Genom und das Huhn gewesen. Ich schätze, man könnte sagen, dass ein Truthahn ist nur ein Huhn, das neu konfiguriert ist? (hattip: Täglich Scan)

Mit diesen Publikationen, Sie haben einige geeky Futter, um Ihre Familie zu beweisen, dass Sie tatsächlich ein Biologie Nerd.

Apropos Hühner und Puten… wenn ich lebte in Korea in 1980 meine amerikanischen Freunde und ich hatten eine harte Zeit der Suche nach einem Truthahn (Koreaner dachte, sie seien hässlich). Wir fanden schließlich eine Farm, die sie für die amerikanischen Soldaten und Ausländer erhöht. Wir waren dort und nahm das größte hatten sie, es war ein hässliches Haupt über dem Rest. Wir nahmen es, live, in einer Kiste auf einem 1 Stunde mit dem Bus zurück fahren, um den Markt in der Nähe unserer Heimat mit Koreanern starrte unser hässliches-köpfigen Feld, wie wir verrückt waren (Vielleicht waren wir?). Wir haben es zu einem ungläubigen Huhn Metzger und als wir zurückkamen für unsere versandt und ohne Kopf Türkei, er hatte Mitleid mit uns und gab uns zwei große Hühner. Als wir sahen, den pathetischen Türkei, verstanden wir, warum der Metzger auf gifting uns zwei Hühner bestanden: der Truthahn, so groß, wie es war, hatte kein Fleisch auf sie.

Nun, wir gerösteten zwei Hühner, die Thanksgiving- (und machte einen Kürbiskuchen aus einem Kürbis wir auf dem Markt gefunden.. der Lieferant von denen wir dachten, waren verrückt zu einem Kürbis essen, sie waren für die Dekoration!).

Anyhoo, eine lange Anekdote, geht nur um zu zeigen, dass vielleicht ein Huhn in der Tat ausreichend, da sie gerade neu Vögel (aber ich frage mich, wo die Türkei den Kopf aus der das Huhn gekommen?)

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Link Dump: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Tipp der Woche: GEVO und Genome Vergleich

gevo_thumbDer heutige Tipp der Woche wird ein neues (uns) Werkzeug für die genomische Vergleiche. Wir stießen auf dieses Tool liest einen Blog-Post auf James and the Giant Corn (große Blog) über ein Figur aus seiner Forschung Vorschlag. Siehe, Es gibt Gründe, um Blogs zu lesen :D. Das Tool nutzt er diese Zahl und Analyse erstellen Gevo bei Greifen die hat mehrere nützliche Tools neben Gevo. In der heutigen Tipp der Woche, werfen wir einen kurzen Blick auf James’ Figur an Gevo und einzuführen COGE. Überprüfen Sie sie heraus, sie sehen aus wie ganz nützliche Tools. (und während Sie gerade dabei sind, Besuche James’ Blog. Tidbits wie diese und interessante Gespräche es lohnt sich.)

RetroDogs

nr_Bassett-DachshundIch hatte einen Basset Hound aufwachsen. Sein Name war nutzlos, Nutzlos S. Ground. Nun, eigentlich war es offiziell Ulysses S. Grant weil die US-Kennel Club nicht akzeptieren würde Useless S. Grunt als Name, als sie fühlte, war es zu erniedrigend. Nicht sicher, ob sie meinten, es war, den Hund oder den Präsidenten erniedrigend, aber das ist weder hier noch dort ist es?

So,Sie fragen, was mich denken, dass langfristig weitergegeben süßen Hund, der über sie zu lange Ohren ist mit seiner zu kurzen Beine gestolpert? Es stellt sich heraus, dass sie herausfanden, was genetische Ursache gab es für die kurzen Beine in Basset Hounds (und Dackel und andere Rassen).

Als NHGRI Pressemitteilung Staaten:

In einer Studie im Voraus online-Ausgabe der Zeitschrift Science veröffentlicht, die Forscher um Elaine Ostrander NHGRI geführt, Ph.D., untersuchten DNA-Proben von 835 Hunde, einschließlich 95 mit kurzen Beinen. Deren Umfrage unter mehr als 40,000 Marker der DNA-Variation entdeckt eine genetische Signatur exklusiv für kurzbeinige Rassen. Durch Follow-up-DNA-Sequenzierung und Computer-Analysen, Die Forscher bestimmten die Hunde’ unverhältnismäßig kurzen Gliedmaßen können zu einem Mutationsereignis in das Hunde-Genom zurückgeführt werden – DNA-Insertion – aufgetretenen früh in der Evolution von Haushunden.

Das Einsetzen entpuppt sich als retrogene werden, was ich natürlich auch interessant, dass ich retrotransposable Elemente untersucht. Reverse Transkriptase hat diese Angewohnheit, reverse Transkription RNA in DNA, die zurück in das Genom wieder eingesetzt bekommen (daher verarbeitet Pseudogene natürlich).

Die Studie ist aus zwei Gründen interessant (außer, weil ich hatte einen Basset Hound und studierte die Entwicklung der Retroelementen ;), Er gibt uns eine weitere Spur in evolutionärer Ereignisse, die zu großen Veränderungen in der Morphologie und der Rolle der retrotranscription führen, und es gibt uns einen Hinweis zu möglichen menschlichen Bedingungen.

Weitere Informationen über Hundegenom, können Sie unsere siele Beiträge über den Hund Genom, gehen Sie zu NCBI ist Hundegenom Hause Site (oder UCSC oder Ensembl und andere Browser) und Zeitung lesen (muss ein Abonnement natürlich, es ist in der Wissenschaft). Es ist eine interessante Lektüre so weit (Ich will etwas Zeit, um es vollständig gelesen zu finden, vielleicht Useless nicht leben bis zu seinem Namen.. er nicht wirklich selbst dann :D).

Kalte Genome

coldvirusKürzlich, Wir lernen eine Menge über die Erkältungsviren. Die Genome von vielen wurden nun sequenziert (das ist ein Abonnement-Bedarf Science Report, Sie können mehr über den Bericht lesen Sie hier).

Sie können mehr Information über das Genom in das zu finden picornaviridae.com an der Geben Sie NCBI Genome und einige strukturelle Informationen unter MMDB. (nur eine Randnotiz, Rhinovirus wird nun als Enterovirus klassifiziert).