الوسم المحفوظات: الجينوم

تلميح فيديو للأسبوع: تغييرات كبيرة على الموارد في الجينوم NCBI


نكبي تم إنشاؤه في 1988 وحافظت بنك الجينات قاعدة بيانات لسنوات. كما أنها توفر العديد من الموارد الحاسوبية ونظم استرجاع البيانات لأنواع عديدة من البيانات البيولوجية. على هذا النحو أنهم يعرفون جيدا مدى سرعة البيانات التي جمع علماء البيولوجيا قد تغيرت وتوسعت. كما وضعت يستخدم لأنواع البيانات المختلفة, أصبح من الواضح أن أنواع المعلومات الجديدة (مثل التعريف الموسع) يجب أن يتم جمعها, ويتطلب طرقا جديدة للمعالجة البيانات.

وقد NCBI التكيف مع هذه الاحتياجات على مر السنين ، ومؤخرا تم تكييف الموارد الجينوم. وسوف يستند تلميح اليوم على بعض هذه التغييرات. الفيديو الخاص بي وسوف تركز على “أعيد تصميمها بالكامل الجينوم موقع”, الذي توالت مؤخرا ، وأعلن في أحدث نشرة NCBI. لم أجد منشور يصف التغييرات, لكن النشرة يذهب الى بعض التفاصيل و الإعلان عن العثور على الجزء العلوي من موقع الجينوم (& أود أن أشير إلى أن في شريط الفيديو) وتفاصيل مفيدة للغاية حول التغييرات.

كما سترى في الاعلان, و الجينوم الموارد ليس من الموارد ذات الصلة الوحيدة التي شهدت مؤخرا تغييرات, بما في ذلك إعادة تصميم مشروع الجينوم في الموارد Bioproject الموارد ، وإنشاء العينة البيولوجية مورد. وأنا ليس لدي الوقت للذهاب الى التفاصيل حول تلك الموارد اثنين ولكن في نهاية منصبي سوف تصل إلى منشورين NCBI الأخيرة التي خرجت في أبحاث الأحماض النووية هذا الشهر – هذه هي موارد جيدة لقراءة المزيد من المعلومات عن BioProject, العينة البيولوجية, وعلى NCBI ككل. لمنظور تاريخي أنا أيضا الربط مع الإشارة الجينوم الأصلي, الذي هو في المعلوماتية الحيوية وخالية حاليا للوصول إلى.

بعض التغييرات مثيرة جدا للاهتمام, بما في ذلك “سجلات الجينوم واحدة تمثل الآن كائن حي وليس عزل جينوم واحد.” النشرة الدول التي NCBI “تحسينات رئيسية تشمل تنظيم أكثر طبيعية على مستوى الكائن الحي لبروكاريوتيك, حقيقية النواة, والجينوم الفيروسي. تتضمن التقارير معلومات حول توفر الجينوم الابتدائي النووية أو بدائية ، وكذلك العضيات والبلازميدات. ” هناك أيضا ملاحظة أن “وبسبب إعادة التنظيم إلى نظام تصنيف الطبيعي, معرفات الجينوم القديمة لم تعد صالحة. عادة لم يتعرضوا هذه المعرفات الجينوم في النظام السابق ، وكانت تستخدم أساسا من أجل الوصول البرمجي. ” هذا يجعلني أتساءل ما هي التغييرات التي سيقوم هذا تفويض لموارد NCBI الأخرى, فضلا عن الموارد الخارجية. أنا لم أر أي إعلانات على ذلك حتى الآن, لذا فإنني سوف يكون لمجرد البقاء ضبطها & حول الاختيار في كثير من الأحيان.

يتمتع غيض & دعونا, أو NCBI, أعرف ما رأيك في التغييرات الخاصة بهم! :)

روابط سريعة:

NCBI الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez الجينوم الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

المراجع:

مرجع تاريخي Entrez الجينوم: Tatusova, ت., Karsch - مزراحي, I., & Ostell, J. (1999). الجينوم الكامل في Entrez WWW: تمثيل البيانات وتحليلها المعلوماتية الحيوية, 15 (7), 536-543 دوى: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

باريت, ت., كلارك, ك., GevorgyanGorelenkov, ر., Gorelenkov, خامسا, Gribov, E., Karsch - مزراحي, I., Kimelman, م., بروت, ك., Resenchuk, س., Tatusova, ت., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject العينة البيولوجية وقواعد البيانات في NCBI: القبض على تسهيل وتنظيم البيانات الوصفية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1163

القائلون, E., باريت, ت., بينسون, د., بولتون, E., براينت, س., Canese, ك., الفصل ت. فيرنين, خامسا, كنيسة, د., DiCuccio, م., Federhen, س., Feolo, م., Fingerman, I., الجير, L., Helmberg, دبليو., كابوستين, Y., كراسنوف, س., الفلاح, د., ليبمان, د., لو, ز., غيظ, ت., ماديج, ت., Maglottقاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184, د., Marchler باور, أ., طحان, خامسا, Karsch - مزراحي, I., Ostell, ج., Panchenko, أ., بهان, L., بروت, ك., شولر, غ., سكويرا, E., خمرة, س., شموي, م., Sirotkin, ك., Slotta, د., سوفوروف, أ., Starchenko, غ., Tatusova, ت., فاغنر, L., وانغ, Y., ويلبر, دبليو., Yaschenko, E., & انتم, J. (2011). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184

تلميح فيديو للأسبوع: بيانات الاختلاف من Ensembl

قدم لي في هذا تراي “جمع لائق من دروس الفيديو ” من Ensembl, لكنه ومريم هي حاليا في المغرب ورشة عمل تدريس المعلوماتية الحيوية لمدة 3 أيام & ثم حضور المؤتمر (نعم, أنا حسود!). ولذلك فإنني خلق غيض هذا الاسبوع استنادا إلى الدروس التي تري أشار لي إلى. في تلميح اليوم وانا ذاهب الى موازية تعليمي المتاحة من Ensembl على المعلومات SNP من أجل كل: 1) تظهر لك الخمان يمكنك الحصول على المعلومات من التباين وEnsembl 2) قارن بين هذه الخطوات القيام به Ensembl 64 (هنا في هذا الفيديو) واستخدام Ensembl 54 (أرشفة) (في شريط الفيديو Ensembl).

موارد العلوم الحيوية غالبا ما يجري تطويرها بشكل مستمر وتحسين & قد يكون من الصعب للحفاظ على أشرطة الفيديو والوثائق تصل إلى التاريخ. لهذا السبب نحن هنا في OpenHelix العمل مستمر لحفظ المواد لدينا ما يصل إلى التاريخ, مع نصائح الأسبوعية على ميزات جديدة وتحديث البرامج التعليمية والمواقع المحدثة تصبح مستقرة.

الفيديو Ensembl (النيوكلوتايد والاختلافات الأخرى – 1 من 2) هو لطيف جدا & يوفر المزيد من التفاصيل حول البيانات الفعلية Ensembl مما أستطيع في فيلمي القصير, لكنها لم تفعل ذلك منذ بضع سنوات على نسخة قديمة من Ensembl. منذ ذلك الحين تم تحديث المورد, ومرت عدة إصدارات جديدة من البيانات. انا ذاهب الى اتباع نفس الخطوات التي تتم في الجزء الأول من البرنامج التعليمي SNP Ensembl بحيث يمكنك أن ترى أمثلة على ما الذي تغير & ما هو الى حد كبير نفس. فما استقاموا لكم فاستقيموا أقترح عليك مشاهدة أشرطة الفيديو على حد سواء للعودة إلى الخلف للحصول على فكرة جيدة عن ما الذي تغير, وماذا عن أنواع المعلومات المتوفرة من التباين Ensembl. من هذا المنطلق أنا متأكد أنك سوف تكون قادرة على مشاهدة الفيديو Ensembl في الحزب الوطني الاسكتلندي second & تطبيقه على استخدام الإصدار الحالي من دون الكثير من المتاعب Ensembl. لمزيد من التفاصيل يمكنك الرجوع إلى ورقة Ensembl الأخيرة في مسألة قاعدة البيانات NAR, المعلومات التي تصف ليس فقط ولكن الاختلاف Ensembl ككل.

وصلات سريعة:

Ensembl المستعرض: http://www.ensembl.org/index.html

إرث Ensembl المستعرض (إطلاق 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

المواد OpenHelix Ensembl التعليمي: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl ملف قائمة: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

مرجع:
Flicek, P., آخن, ب., بالستر, ب., بيل, ك., براغين, E., برنت, س., تشن, Y., كلافام, P., كوتس, غ., فيرلي, س., فيتزجيرالد, س., فيرنانديز Banet, ج., غوردون, L., عد, س., حيدر, س., هاموند, م., هوي, ك., جينكينسون, أ., جونسون, ن., Kahari, أ., كيفي, د., كينان, س., كينسيلا, ر., Kokocinski, ف., Koscielny, غ., Kulesha, E., لوسون, د., Longden, I., Massingham, ت., ماكلارين, دبليو., انتقل, ك., Overduin, ب., بريتشارد, ب., ريوس, د., روفييه, م., شوستر, م., مسقف, غ., سميدلي, د., Spudich, غ., مسحة, Y., Trevanion, س., Vilella, أ., طائر, ج., أبيض, س., وايلدر, س., Zadissa, أ., Birney, E., كننغهام, ف., دنهام, I., دوربين, ر., فيرنانديز سواريز, عاشرا, حداد, ج., هوبارد, ت., باركر, أ., راقب, غ., سميث, ج., & سيرل, S. (2009). Ensembl في العام 10 أبحاث الأحماض النووية, 38 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkp972

ما هو الرد? فتح الموضوع (GWAS التنميط الجيني)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا أسئلة وأجوبة تنشأ في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

مسألة أسبوع:

كم من الجينوم يتم التقاطها بواسطة GWAS?

إجابتان كبيرة لهذه الأسئلة, اقتبس من أول واحد. اضغط على الرابط أعلاه لمزيد من.

الجينوم البشري بترميز 1 SNP/100-300bp; ~ ~ 3GB تسلسل 10million النيوكلوتايد. فمن المستحيل لتحليل مثل هذا العدد الكبير من البيانات نظرا لعدة عوامل تحد من. للتعامل مع هذه القضية يمكننا استخدام اختلال التوازن الربط (LD) رسم الخرائط (انظر القسم الخاص ب "D, معدل إعادة التركيب), النمط الفرداني, كتل النمط الفرداني و النمط الفرداني العلامات النيوكلوتايد (tagSNPs). (قرأت عن مشروع هاب ماب هنا). بدلا من التنميط الجيني للجميع النيوكلوتايد 10M يمكننا الوراثي tagSNPs في كتلة النمط الفرداني. هذا هو ممثل الحزب الوطني الاسكتلندي في منطقة معينة من الجينوم دينار مع ارتفاع. وهذا سيمكن للعثور على الاختلاف الجيني دون التنميط الجيني للجميع النيوكلوتايد 10M. وأشارت دراسات سابقة أن التنميط الجيني مع رقائق النيوكلوتايد M - 1M 0.5 سوف يكون كافيا لGWAS جيدة.

عارية فأر الخلد, يوم آخر, آخر الجينوم

و أحدث الجينوم يستكمل هو فأر الخلد عارية (متباين الرأسين glaber). الآن, يمكن أن يكون هناك أكثر برودة (إذا القبيح) الثدييات على كوكب الأرض? انها واحدة من اثنين فقط من الثدييات eusocial حقا في العالم, يعيش ما يصل الى 28 سنوات طويلة (ابنتي الفئران, لا علاقة, عاش فقط 3 سنة) والمدهش هو مقاومة لكثير من الأمراض.

هكذا, لا عجب كان تسلسل الجينوم. ربما نستطيع تعلم بعض الاشياء عن السلوك الاجتماعي وطول العمر.

بالطبع هناك موردا لذلك في http://www.naked-mole-rat.org/ على الرغم من انها في الاساس مجرد خادم الانفجار وبعض التنزيلات. ابن العد التنازلي ليوم انها متوفرة في UCSC أو Ensembl :D. لدي بعض الجينات أنا مهتم بمقارنة.

نصيحة الأسبوع: تحويل الإحداثيات الجينوم

أنا فعلت هذا تلميح قبل أكثر من عامين وأنا مع إعادة النظر في ذلك اليوم أكثر قليلا من المعلومات, على SciVee (لذلك فمن وللمشاركة) وتصل إلى التاريخ. لقد تم تحديث موقعنا مجرة التعليمي وكانت تلك نصيحة واحدة من أكثر تويتد, المشتركة وزار نصائح فعلناه (لا أكثر, واحد فقط من), يعتقد حتى الآن سيكون الوقت المناسب لإعادة النظر في ذلك. وهذا غيض من خلال الانتقال مجرة أداة إلى “liftover” الجينوم ينسق بين الجمعيات والجينوم. قد ترغب أيضا لزيارة عدد قليل من الأدوات الأخرى ، والأماكن التي يمكن تحويل الاحداثيات الجينوم الجينوم بين الجمعيات مثل متصفح الجينوم UCSC Liftover فائدة (الوصول التي تصل من “المرافق” القائمة على صفحتها الاولى, فإنه يستخدم سلسلة ملفات التحويل), القاعدة الجوية (إلى D. melanogaster الجينوم), صانع (أداة من الشرح GMOD يتضمن أداة تحويل التجمع), Ensembl الجمعية تحويل, وأنا متأكد من أن هناك آخرين. أي أن يقدم تقريرا? كما يخبرنا التعليق أدناه, هناك أيضا NCBI الجديد الخارطه الخدمة الخرائط التي بين الجمعيات (داخل الأنواع) وبين متواليات refseq والجمعيات.

كلمة حول المنهجية, على النحو المذكور في الفقرة الأولى, أداة الجينوم UCSC المتصفح liftover يستخدم ملفات تحويل سلسلة. أنا متأكد من المنهجية المستخدمة في غالاكسي على الرغم من أنني أفترض انها مشابهة. لدي التحقيق في وسيتم تحديث هذه الصفحة عندما كنت أعرف الجواب.

بل هو. تلقيت جوابا لطيفة من فريق الدعم غالاكسي:

برنامج liftOver وملف رسم الخرائط الأساسية تأتي من UCSC ، ويستند على “سلسلة / صافي” خوارزميات الجينوم المقارن.

البيانات تمثل مناطق الجينوم syntenic لاثنين من المراجع المعنية الجينومات. جينات مماثلة مع الشرح, بين الأنواع ذات الصلة الوثيقة, وجدت داخل هذه المناطق لديها احتمال syntenic جيدة لorthologs, ولكن لا يعتبر وظيفة الجين بواسطة خوارزمية ويجب أن يتم تقييم مستقل لتأكيد orthology.

وهذه المناقشة القائمة البريدية في متصفح UCSC مشروع الجينوم يكون مكانا جيدا لمعرفة التفاصيل:
https://lists.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2008-March/015810.html
الاتصال فريق مباشرة في genome@ucsc.edu هو أيضا خيار إذا كان لديك سؤال محدد حول خوارزمية.

نأمل أن يساعد هذا!

الرومي الجينوم

لأولئك منكم الذين ليسوا مراقبين الشكر الأمريكية, وتركيا هي الطبق الرئيسي في الاختيار بالنسبة لمعظم الأميركيين لهذا العيد موسم الحصاد. منذ عامين وذكرت ماري الجينوم تركيا على انها وسيلة. جيد, انها بالمناسبه أن تركيا الجينوم هو كامل تقريبا (بلوس من ورقة في سبتمبر) وعلى استعداد لعيد الشكر هذا العام!

يم, يم.

A علم الجينوم الحالية BMC ورقة يكشف أن هناك إعادة ترتيب تأشب داخل متعددة بين جينوم تركيا والدواجن من. أعتقد أنه يمكن القول بأن تركيا هي مجرد دجاجة وهذا ما كان ممتلىء? (hattip: تفحص يوميا)

مع هذه المنشورات, كنت قد حصلت على بعض الأعلاف über بين العبقري غريب الأطوار لاثبات لعائلتك ان كنت حقا البيولوجيا الطالب الذي يذاكر كثيرا.

متحدثا من الدجاج والديوك الرومية… عندما عشت في كوريا 1980 وكان أصدقائي الأمريكيين ولدي صعوبة في العثور على تركيا (الفكر الكوريين كانوا القبيح). أخيرا وجدنا مزرعة رفعها للجنود الأمريكيين والمغتربين. ذهبنا هناك والتقطت أكبر لديهم, كان لرئيس القبيح فوق بقية. اتخذنا ذلك, حي, في مربع على 1 ركوب الحافلة ساعة الى السوق القريب من منزلنا مع الكوريين يحدق في مربع القبيح التي ترأسها لدينا كما لو كنا مجانين (ربما كان علينا?). اتخذنا ذلك إلى جزار الدجاج مرتاب ، وعندما عدنا لتركيا أرسلت لنا وdeheaded, تولى ترأف بنا وقدم لنا دجاجتين كبيرة. عندما رأينا تركيا مثير للشفقة, فهمنا لماذا أصر على الإهداء جزار لنا دجاجتين: في تركيا, كبيرة كما كان, لم يكن اللحم عليه.

جيد, تفحم نحن دجاجتين التي الشكر (وأدلى فطيرة اليقطين من اليقطين وجدناه في السوق.. ممون من الفكر الذي كنا مجنون لتناول اليقطين, كانت للزينة!).

Anyhoo, حكاية طويلة أن يذهب فقط لاظهار أنه ربما لا تكفي دجاجة بل لأنها مجرد إعادة ترتيب الطيور (على الرغم من أنني أتساءل أين رئاسة تركيا جاءت من على الدجاج?)

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة الجمعة تفريغ الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

نصيحة الأسبوع: ومقارنة الجينوم GeVo

gevo_thumbنصيحة اليوم من الأسبوع بتقديم جديد (لنا) أداة للمقارنات الجينوم. صادفنا هذه الأداة القراءة بلوق وظيفة في جيمس والذرة العملاق (عظيم بلوق) حول الرقم من الاقتراح أبحاثه. انظر, هناك أسباب لقراءة بلوق :D. انه يستخدم أداة لخلق هذا الرقم والتحليل GeVo في انتزاع الذي العديد من الأدوات المفيدة ، بالإضافة إلى GeVo. في تلميح اليوم من الأسبوع, سوف نلقي نظرة سريعة على جيمس’ المسرودة في Gevo ويدخل المسكة. التحقق منها, تبدو أدوات مفيدة للغاية. (وبينما كنت في ذلك, تحقق من جيمس’ بلوق. ومثل هذه الحكايات مناقشات مثيرة للاهتمام جعله يستحق ذلك جيدا.)

RetroDogs

nr_Bassett-Dachshundكان لدي كلب الصيد الباسط يشبون. كان اسمه غير مجدية, S عديمة الفائدة. أرض. جيد, في الواقع كان رسميا أوليسيس S. منح وذلك لأن الولايات المتحدة نادي بيت الكلب لا يقبل S عديمة الفائدة. نخر كاسم لأنها شعرت أنها مهينة للغاية. ليس متأكدا مما اذا شعروا انها مهينة للكلب أو للرئيس, ولكن هذا لا هنا ولا هناك هو?

هكذا,تسأل, ما جعلني أفكر في أن الكلب طويلة مرت الحلو الذي واجه أكثر من ذلك في آذان طويلة جدا مع انها قصيرة جدا الساقين? هذا تبين أن وجدوا ما كان هناك سبب وراثي لأولئك قصير الساقين في كلاب الصيد الباسط (والكلاب الألمانية والسلالات الأخرى).

كما تنص NHGRI في بيان صحفي:

في دراسة نشرت في طبعة الانترنت من قبل مجلة العلوم, الباحثون بقيادة أوستراندر الين في NHGRI, دكتوراه, فحص عينات من الحمض النووي من 835 الكلاب, بما في ذلك 95 بأرجل قصيرة. على مسح شمل أكثر من 40,000 كشفت مؤشرات الاختلاف الجيني DNA توقيع الحصري لأرجل قصيرة السلالات. تسلسل الحمض النووي من خلال المتابعة والتحليلات الحسابية, يحدد الباحثون الكلاب’ ويمكن تتبع أطرافه قصيرة على نحو غير متناسب على حدث واحد طفرية في جينوم الكلاب – والحمض النووي الإدراج – التي وقعت في وقت مبكر من تطور الكلاب المنزلية.

الإدراج تبين أن يكون retrogene, وهو بالطبع أجد للاهتمام أيضا في أنني درست العناصر retrotransposable. الناسخ العكسي لديه هذا الحمض النووي الريبي عكس العادة من الكتابة في الحمض النووي الذي يمكن ان تحصل إعادة إدراجها مرة أخرى في الجينوم (وبالتالي معالجة الكاذبة بالطبع).

هذه الدراسة مثيرة للاهتمام لسببين (غير أنه كان لدي كلب الصيد الباسط ودرس تطور retroelements ;), أنه يعطينا فكرة عن مزيد من التطور في الأحداث التي تؤدي إلى تغييرات كبيرة في التشكل ودور retrotranscription وهذا يعطينا فكرة عن الإنسان في ظروف ممكنة.

لمزيد من المعلومات عن الجينوم الكلب, يمكنك أن تقرأ ليالي لديناeveral المشاركات حول جينوم الكلب, انتقل إلى NCBI منزل الكلب الجينوم موقع (أو UCSC أو Ensembl وغيرها من المتصفحات) و قراءة ورقة (تحتاج إلى الاشتراك في الدورة, انها في العلوم). انها قراءة مثيرة للاهتمام حتى الآن (أريد أن أجد بعض الوقت لقراءتها بشكل كامل, وربما عديم الجدوى لا ترقى إلى اسمه.. وقال انه حتى ذلك الحين لا حقا :D).

الجينوم الباردة

coldvirusمؤخرا, نحن نتعلم الكثير عن فيروس البرد. في كثير من الجينوم وقد تم الآن التسلسل (هذا هو تقرير العلوم الاشتراك المطلوبة, يمكنك قراءة المزيد عن تقرير هنا).

يمكنك العثور على مزيد من المعلومات الجينومية في picornaviridae.com في يدخل في خريطة جينوم NCBI وبعض المعلومات في الهيكلية MMDB. (مجرد ملاحظة جانبية, ويصنف الآن فيروسات الانف والمعوي).