标记档案: GenBank中

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. 还, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. 还, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ 基因组数据. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, 更多的其他很酷的事情在周围可用的工具基因组学和周围的其他物种,,en,高兴地宣布,我们汇集CRISPR屏幕设计工具,,en,GUIDES,,en,现已发布,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,内维尔桑姜纳,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,在所有的鹅基因组杂交测定基因组学和形态的历史与渗入,,en,鸟类学,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,采用全基因组的个体的鉴定特征预测,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen生物技术,,en,实际上,我在本文的作者,这是我离开挡拆的原因之一,,en,的来这里的目的是为了防止信息共享,,en,杰森·派珀,,en,@piper_jason,,en,预印本重塑生物学出版,,en,纸在PNAS,,en,通过揭穿,,en,在bioRxiv前,,en,twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136,,en.


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通过https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

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This week I left the “call to action” tweet at the top–你可以在八月每天投给基因库,,en,切割即将到来,,en,所以要再次投票,,en,其他,,en,在本周其他新闻,,en,关于大数据的故事跨越了时间和空间的评估生物多样性,,en,和一个大照片,,en,在初级保健全基因组测序,,en. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. 第一, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and é. 大肠杆菌 数据, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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通过https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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本星期在鸣叫行动的实际通话,,en,见史蒂文·萨尔茨堡的有关鸣叫,,en,服务于美国获奖,,en,您可以投票选出基因库,,en,试着想象,,en,试着想象一下在过去的几十年中没有它,,en,而且这一次在公众面前庆祝政府科学,,en,进入投票,,en,回来,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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本星期在鸣叫行动的实际通话,,en,见史蒂文·萨尔茨堡的有关鸣叫,,en,服务于美国获奖,,en,您可以投票选出基因库,,en,试着想象,,en,试着想象一下在过去的几十年中没有它,,en,而且这一次在公众面前庆祝政府科学,,en,进入投票,,en,回来,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. 真的–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. 之后,, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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野餐处于危险中: 蜜蜂, 蚊子和僵尸蚂蚁!

我的丈夫爱我们的甲板上花费时间 & 蚊子爱花时间,我咀嚼. 也许这就是为什么我一直在研究的通知 “夏季的错误” 更多最近一个位. 也许有只是一堆它现在, 但我看到一个不寻常的大文章对蜜蜂的数量似乎什么样子, 蚊子, 甚至“僵尸蚂蚁”.

这是一个给定的,我已经开始了与僵尸蚂蚁. 我的意思, 看起来多少流量CDC的“僵尸启示录” 产生. 这篇文章题为“僵尸蚂蚁的行为机制和形态症状死于真菌感染“,它是在5月 9 发行 BMC的生态, 这是开放式访问 & 因此,免费阅读. (有趣的一面注意的是,抽象的页面上的广告时,我看着Terminix。) 这篇文章是“延长表型”的研究中,蚂蚁 (弓背莱奥纳尔迪) 真菌感染 (Ophiocordyceps unilateralis sl的.) 显示改变表型 - 即他们从泰国雨林的树冠下降, 咬叶脉, 然后死于静脉锁定下巴. 作者解释他们长期僵尸使用:

长期的僵尸蚂蚁强调,, 而操纵的人可能看起来像一只蚂蚁, 它代表着一种真菌的基因组表达通过一只蚂蚁的身体真菌的行为.

作者跟随 21 僵尸, 所有确诊的真菌感染, 观察他们的活动在他们的头腔的变化和形态的变化. 我一般不读生态学的研究,但我认为我见过的过程中性质的方案的功能,我看了 & 文件解释,以及. 我想读的进一步研究,在基因表达的变化, 等. 这将有助于完成过程中的故事.

我已经知道蜜蜂问题, 如蜂群衰竭失调, 一段时间 - 这是很难不被当即便 流行电视节目,如医生. 谁 参考 - 但它是在一个校友杂志“的一篇文章,真的让我感兴趣的主题. 原来,去年秋天一个 龙卷风击中俄亥俄州的俄亥俄农业研究与发展中心 (OARDC) 并没有蜜蜂方案的存货和设备损坏数千美元, 包括全面地收集了蜂巢,蜂王生产箱. 今天我碰到一个描述的文章 蜂蜜蜜蜂PeptidAtlas. 我所说的 PeptideAtlas 作为在一个项目 周五SNPets后, 但没有进一步进入. 文章在BMC基因组学, 免费阅读, 标题: “蜜蜂 (意大利蜜蜂L.) PeptideAtlas过路种姓和组织.“这已经很长一段时间,因为我花太多的时间与一个不相关的一个相当完善的蛋白质组与基因组, 但国家 (根据作者) 蜜蜂基因组之前,他们建立了蜜蜂PeptidAtlas. 作者已经建立了蜜蜂PeptideAtlas的对PeptideAtlas的骨干, 他们形容为提供

中央, 稳定的资源支持几个品种的蛋白质识别信息的质谱数据。“

他们收集了MS / MS数据大集 一. 意大利蜜蜂, 以肽的匹配峰 & 一个全面的蛋白肽集编译 的RefSeq, GenBank中 和时针预测. 当时修建该图集 & 使用功能预测 BLAST2GO. 蜂蜜蜜蜂PeptideAtlas包含了超过 3000 蛋白质和 27,000 肽, 应该是一种宝贵的资源,是proteogenomic研究.

第三个“错误”夏季, 蚊子, 我的经验通常,但不明白的是一个. 我的丈夫 & 我可以坐在旁边 & 显然不是他可以得到一个单一的咬,而我与大发痒颠簸覆盖 - 为什么他们喜欢我这么好? 我一直认为,这是由于温度 - 我的皮肤经常感觉比他的温暖. 据在“自然”的两篇文章: “疟疾: 蚊子bamboozled“ (编者的总结) 和“超长时间激活的二氧化碳传感神经元disorients蚊子“ (既需要订阅), 有可能是另一个原因 - 二氧化碳. 显然呼出的二氧化碳是最重要的提示,指导长途主机寻找吸血的雌蚊飞行, 所以也许我的呼吸却创建了一个更高的二氧化碳足迹. 作者用 果蝇 作为一种模式生物研究的化合物,有可能抑制蚊子二氧化碳检测机械. 他们能够识别的化合物,overactivated三个蚊子致病的二氧化碳传感神经元的鸡尾酒 (按蚊, 一. 埃及伊蚊 致倦库蚊) 它大大降低了他们的导航能力的二氧化碳列车一个潜在的血粉. 不幸的是,根据作者的挥发性气味的文件报道

“... ...在高浓度时有不良的安全性,不适合人类使用没有进一步的测试。”

我也觉得这样的“远距离”驱虫剂将需要与接近的范围效应以及配对. 他们在你的呼吸,你可能会发现通过二氧化碳, 但一旦他们在范围内,他们似乎不再需要该提示,并会咬你的任何地方,将大规模痒 - 喜欢你的脚趾甲周围, 你的脚踝 & 在你的膝盖背面 - 我可能是偏颇的经验,但... ...

聚苯乙烯, 这里的另一个文件为你的蚊子: 解剖在蚊子的基因表达

PSS, 有谁知道的化学品,商业治疗 “蚊子去除” 公司使用伤害“好细菌”, 蜂鸟, 等? 查询, 关注 & 发痒的头脑想知道...

为了获得良好的结果, 尝试多个数据库

只是想指出最近发表在BMC基因组学文: 集成多个基因组注释数据库我… [BMC的基因组学. 2010]

我们经常要求我们的培训或数据库是最好的注解. 我们的股票,, 坦率地说, 准确的答案是,它为你在找什么取决于, 您的个人喜好和更. 本文结论, 至少在涉及到斑马鱼的成绩单数据, 来自多个数据库的拉动,而不是一加能力得到充分的数据说明. 听起来明显一些, 但它总是很好看的数据。. 并指出来.

提示的周: NCBI的改头换面!

NCBI_interface_movie最早的两个基于网络的生物信息资源,依靠在我的职业生涯中,我还记得是佩德罗的名单和NCBI. (对于那些你们谁需要一点怀旧之旅,你可以看到一个副本 佩德罗的名单在这里.) 有不少的佩德罗的各种形式的列表后裔–包括我们最近推出 资源搜索工具. 但国家生物技术信息中心 (NCBI的) 界面已经有点被…好…令人欣慰的稳定–很长一段时间. 我看着在 韦巴克机 看什么使用旧接口的样子. 我能够找到一个变种 1997 我已经忘记了,直到我看到了它. 但后来我一直在寻找和发现的版本,我最熟悉的开始 1999. 如果你比较 1999 到 2009 你会看到基本相同的布局. 这里是一个比较前面的接口, 然后将新:

NCBI interfaces through the years

通过几年NCBI的接口

ncbi_new_2009

嗯, 这一切都正在改变! 在NCBI做大修的接口,. 您可以检查看看上面的主页 预览网站 这里 (链接可能打破时,他们搬过来与生产), 你可以看一下对 这里是期刊的变化, 甚至开始使用PubMed的 预览网站 这里.

这是一个巨大的突破与过去, 像所有的新接口将需要一些时间来习惯. 但我不得不说,我喜欢组织. 左侧导航将使查找的工具,更容易. 该 “热门” 框将快速访问使用最频繁的项目. 可仍然还有亮点和新闻. 有一些事情我会想念. 我们很喜欢 站点地图布局 概述排序的方式来解释的特点, 预览页面没有链接到该–它链接到的字母列表. 可能会改变, 虽然.

无论如何–我认为新的面貌是好的,有效的. 当然,我们必须更新我们的所有NCBI教程与新拍摄的接口. 但它看起来像底层工具的概念上没有多大变化–但他们可能会移动的物品的位置 (如期刊过滤器). 所以尽快界面成为主要的网站,似乎是稳定,我们会让我们的变化.

这个简短的提示的周短暂引入了新的界面,让你开始思考如何来浏览周围. 检查出来!

NCBI的: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

树是在布鲁克林条码

Figure 1 of the Plant Barcoding paper滚动通过一些我经常播客的跨越本关于生物信息学的珍闻的一天,我在纽约增长 (除其他事项, 或课程!):

条码植物DNA (我希望嵌入音频文件的工程, 第一次,我想,…)

这是一个与医生讨论. 达蒙小, 从生物信息学的馆长 纽约植物园. 的讨论焦点是最近出版的CBOL植物工作组已落户的地区,将用于植物条形码.

如果你不熟悉条码努力, 你可以看看 詹妮弗的前职位 一些背景和伟大的链接. 本质上是一个小片段的DNA序列是用来 (希望) 唯一地识别一个给定的物种. 这可以被存储在数据库中–博士. 纽约植物园的小,是指 GenBank中NCBI的, 但也有其他站点. 我只是读有关的Web界面条形码称为 iBarcode.org 这种数据分析和管理.

生活工厂工作组条形码联盟 可以发现总结这项工作的新闻稿 这里. 的论文,描述的工作是开放存取 国家科学院院刊这里. 本文介绍了基因考生的条形码, 被选中的 (rbcL基因 + 远足). 他们描述他们检查了该系列的引物的选择和测序结果. 他们评估哪些符合条形码标准,并提供​​选择. 他们使用 检查序列比对.

在许多方面,这是一个极好的努力. 只是评估和生物多样性编目本身是有用的, 但是这也可以帮助识别植物,声称用于食品或医药产品看,如果这是真的在那里. 它可以帮助打击偷猎受保护物种–例如, 它可以识别木材采伐木材的,不应该被采取.

高兴地看到这项工作向前迈进,并在公众面前!

相关链接

播客直接页面: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

条码博客: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

“科学美国人”上的主题文章: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

生命条形码联盟 (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

参考文献
CBOL厂工作组 (2009). 一个陆地上的植物DNA条形码 国家科学院院刊, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/美国国家科学院院刊.0905845106

歌手, 克, & Hajibabaei, M. (2009). iBarcode.org: 基于Web的分子生物多样性分析 BMC的生物信息学, 10 (增刊 6) 分类号: 10.1186/1471-2105-10-S6 - S14

埃德加, ř. (2004). 肌: 具有精度高和高吞吐量的多序列比对 核酸研究, 32 (5), 1792-1797 分类号: 10.1093/nar/gkh340