Tag Archives: GenBank

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SNPpets vendredi

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. Aussi, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. Aussi, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ les données du génome. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day in August. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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https://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Première, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli des données, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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Cette semaine, il y a un appel à l'action réelle dans les tweets,,en,Voir tweet de Steven Salzberg sur le,,en,Service d'accorder l'Amérique et GenBank est nommé,,en,vous pouvez voter tous les jours,,en,Le reste des tweets intrigantes de la semaine comprennent la diversité des levures,,en,diversité historique britannique,,en,aspects réglementaires non codantes,,en,les pirates de l'ADN codant pour ordinateur,,en,et l'établissement de normes pour information,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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Cette semaine, il y a un appel à l'action réelle dans les tweets,,en,Voir tweet de Steven Salzberg sur le,,en,Service d'accorder l'Amérique et GenBank est nommé,,en,vous pouvez voter tous les jours,,en,Le reste des tweets intrigantes de la semaine comprennent la diversité des levures,,en,diversité historique britannique,,en,aspects réglementaires non codantes,,en,les pirates de l'ADN codant pour ordinateur,,en,et l'établissement de normes pour information,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service d'accorder l'Amérique,,en,Vous pouvez voter pour GenBank,,en,essayez d'imaginer les deux dernières décennies sans elle,,en,Et il est temps de célébrer la science du gouvernement devant le public,,en,aller voter,,en,revenir pour le fromage et le génome pomegranite,,en,bavardage le plus intriguant cette semaine était l'ancienne substance du génome de la plante au fond,,en,Je continue à essayer de dire aux gens à quel point l'agriculture est avant dans les applications de la génomique,,en,chercheurs humains,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,GenBank a été l'un des plus grands succès et utile,,en,Un énorme projet vise à séquencer,,en,génomes de plantes dans,,en,Nous devons parler de génie génétique via,,en,@Commentaire,,en,intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,travaille sur un moyen de visualiser,,en,les modifications effectuées via,,en,ggjoy,,no,et alignements par paires,,en. You can vote for Genbank. Vraiment–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Après que les, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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Pique-nique en Péril: Abeilles, Les moustiques et les fourmis Zombie!

Mon mari aime passer du temps sur notre terrasse & moustiques aiment passer du temps à mâcher sur moi. Peut-être c'est pourquoi je prends avis de recherche sur les “Bugs de l'été” un peu plus tardivement. Ou peut-être il ya juste un tas plus de lui en ce moment, mais j'ai vu ce qui semble être un nombre inhabituellement élevé d'articles sur les abeilles, les moustiques, et même "zombie fourmis".

C'est une donnée que je dois commencer par les fourmis zombies. Je veux dire, regarde combien de trafic "Zombie Apocalypse" de la CDC généré. L'article est intitulé "Mécanismes comportementaux et les symptômes morphologique des fourmis zombies meurent d'une infection fongique»Et il est en mai 9e question de la Écologie BMC, qui est l'accès ouvert & donc libre à lire. (note côté amusant, c'est que l'annonce sur la page du résumé a été quand j'ai regardé pour la Terminix.) L'article est un "phénotype étendu" étude dans laquelle les fourmis (Camponotus Leonardi) infectés par un champignon (Ophiocordyceps Unilateralis S.L.) Affichage des phénotypes modifiés - à savoir qu'ils descendent d'une canopée de la forêt de pluie thaïlandaise, mordent les nervures des feuilles, puis mourir lock-bée sur la veine. Les auteurs expliquent leur utilisation du terme de zombies:

"Les fourmis zombies terme souligne que, alors que l'individu manipulé peut ressembler à une fourmi, il représente un génome fongique exprimer le comportement des champignons à travers le corps d'une fourmi."

Les auteurs ont suivi 21 zombies, tous avec confirmés infections fongiques, et les changements observés dans leur activité et des changements morphologiques dans leurs cavités tête. Je ne lisent généralement pas de recherche en écologie, mais je crois que j'ai vu le processus en vedette dans les programmes de la nature que j'ai regardé & le papier c'est bien expliqué. Je voudrais lire des recherches supplémentaires sur les changements dans l'expression des gènes, etc. qui aideraient à compléter l'histoire du processus de.

J'ai été au courant des problèmes des abeilles, tels que Colony Collapse Disorder, pendant un certain temps maintenant - il est difficile de ne pas être quand même de télévision populaires telles que le Dr. Qui y faire référence - mais il avait un article dans un magazine des anciens qui m'a vraiment intéressé par le sujet. Il s'avère que l'automne dernier une tornade a frappé l'Ohio State en Ohio Agricultural Research and Development Center (OARDC) et fait des milliers de dollars de dommages à l'inventaire du programme d'abeille et de l'équipement, dont une collection complète de la ruche et la production des boîtes reine des abeilles. Aujourd'hui, je suis tombé sur un article décrivant les Honey Bee PeptidAtlas. J'ai mentionné le PeptideAtlas comme un élément dans un SNPets vendredi après, mais ne pas entrer dans les autres. L'article est en BMC Genomics, est libre de lire, et a le titre: "Une abeille (Apis mellifera L.) PeptideAtlas castes de passage et les tissus."Il a été depuis longtemps, j'ai passé beaucoup de temps avec un génome qui n'est pas associée à un protéome assez bien établi, mais ce fut l'état (selon les auteurs) du génome de l'abeille avant ils ont construit le PeptidAtlas abeille. Les auteurs ont construit les PeptideAtlas de l'abeille sur l'épine dorsale des PeptideAtlas, qu'ils décrivent comme offrant

"une centrale, ressource stable pour les données de spectrométrie de masse soutenir les informations d'identification de protéines pour de nombreuses espèces. "

Ils ont recueilli un large ensemble de MS / MS à partir de données Une. mellifera, des pics correspondant aux peptides & peptides à une protéine ensemble complet compilé à partir RefSeq, GenBank gnomon et prédictions. L'atlas a été ensuite construit & prédictions fonctionnelles ont été apportées à l'aide BLAST2GO. Le Honey Bee PeptideAtlas contient plus de 3000 les protéines et les 27,000 peptides, et devrait être une ressource précieuse pour être des études proteogenomic.

Le troisième "Bug de l'été", le moustique, est une expérience que je souvent mais ne comprennent pas bien. Mon mari & Je peux être assis à côté de l'autre & Il ne semble pas pouvoir obtenir une seule bouchée alors que je suis couvert avec de grandes bosses qui démangent - pourquoi ont-ils m'aiment tellement bien? J'ai toujours supposé que c'était à cause de la température - ma peau se sent souvent plus chaudes que son. Selon deux articles parus dans Nature: "Paludisme: Les moustiques embobiner" (Résumé de l'éditeur) et "Ultra-longue activation de CO2 de détection de moustiques désoriente neurones" (nécessitent tous deux un abonnement), il peut y avoir une autre raison - le dioxyde de carbone. Dioxyde de carbone exhalé Apparemment est le signal le plus important pour guider la recherche d'un hôte à distance de vol de se nourrissant de sang des moustiques femelles, donc peut-être ma respiration crée en quelque sorte une plus grande piste de CO2. Les auteurs ont utilisé Drosophila melanogaster comme un organisme modèle pour étudier des composés qui pourraient inhiber les mécanismes de détection de CO2 chez les moustiques. Ils ont pu identifier un cocktail de composés qui sorte suractivation des neurones de CO2 de détection de trois pathogènes moustiques (Anopheles gambiae, Une. aegypti et Culex quinquefasciatus) qu'il considérablement réduit leur capacité à naviguer dans le train de CO2 pour un repas de sang potentiels. Malheureusement, selon les auteurs les odorants volatiles indiqué dans le document

«... Ont des profils de sécurité indésirables à des concentrations élevées et ne sont pas idéales pour l'usage humain sans essais supplémentaires."

Je pense aussi que ces "longue portée" répulsifs aura besoin d'être jumelé avec près de gamme ainsi que les effecteurs. Ils peuvent vous trouver par le biais du CO2 dans votre souffle, mais une fois qu'ils sont à portée, ils semblent ne plus besoin que de repère et va vous mordre n'importe qui démangent massivement - comme autour de vos ongles, sur vos chevilles & à l'arrière de vos genoux - je suis peut-être biaisé par l'expérience si ...

PS, voici un autre document de moustiques pour vous: L'expression des gènes dans la dissection des moustiques

PSS, quelqu'un sait si les produits chimiques que le traitement commercial “l'enlèvement des moustiques” entreprises utilisent mal »les bons insectes", colibris, etc? Curieux, concernés & les esprits des démangeaisons voudrais savoir ...

Pour de bons résultats, essayez plusieurs bases de données

Je voulais juste souligner ce papier récemment publié dans BMC Genomics: Intégration des bases de données multiples annotation du génome i… [BMC Genomics. 2010]

Souvent, dans nos formations nous sommes demandé ce qui les annotations ou les bases de données sont les meilleurs. Notre stock et, franchement, réponse précise, c'est que cela dépend de ce que vous recherchez, vos préférences personnelles et plus. Ce document conclut, au moins quand il s'agit de poisson zèbre données transcription, que tirer les annotations de plusieurs bases de données au lieu d'une augmente la capacité d'obtenir des données complètes. Peut sembler évident pour certains, mais il est toujours bon de voir les données.. et pour le signaler.

Astuce de la semaine: NCBI Makeover!

NCBI_interface_movieLes deux premières ressources bioinformatiques Web dont je me souviens en s'appuyant sur de ma carrière étaient la liste et NCBI de Pedro. (Pour ceux d'entre vous qui ont besoin d'un voyage peu de nostalgie, vous pouvez voir une copie de Pedro énumérer ici.) Il ya beaucoup de descendants de la liste de Pedro, sous diverses formes–y compris notre lancée récemment outil de recherche de ressources. Mais le National Center for Biotechnology Information (NCBI) interface a été un peu…ainsi…réconforter stables–pour un temps très long. J'ai regardé dans le Wayback Machine pour voir ce que les anciennes interfaces utilisées pour ressembler. J'ai pu trouver une variante de 1997 que j'avais oublié jusqu'à ce que je l'ai vu. Mais ensuite, j'ai continué à regarder et j'ai trouvé la version que je suis plus familier avec départ en 1999. Si vous comparez 1999 à 2009 vous verrez essentiellement la même disposition. Voici une comparaison des interfaces précédentes, et puis le nouveau:

NCBI interfaces through the years

NCBI interfaces à travers les années

ncbi_new_2009

Eh bien, c'est tout en train de changer! Le NCBI fait une refonte des interfaces. Vous pouvez examiner l'apparence de la page d'accueil à l' Aperçu du site ici (lien peut se casser quand ils se déplacent plus à la production avec elle), et vous pouvez regarder le PubMed changements ici, et même commencer à utiliser la PubMed site de prévisualisation ici.

C'est une rupture avec le passé d'énormes, et comme toutes les nouvelles interfaces prendra un peu de temps pour s'habituer à. Mais je dois dire que j'aime l'organisation. La navigation de gauche permettra de trouver plus facilement les outils. L' “Populaire” boîte sera accéder rapidement aux éléments les plus fréquemment utilisés. Faits saillants et nouvelles sont disponibles toujours aussi bien. Il ya certaines choses vont me manquer. Nous avons apprécié le mise en page plan du site d'expliquer les caractéristiques dans une sorte de passage aperçu, et la page de prévisualisation n'est pas lié à celui–elle est liée à la liste alphabétique. Pourrait changer, si.

De toute façon–Je pense que le nouveau look est sympa et efficace. Bien sûr, nous devrons mettre à jour l'ensemble de nos tutoriels NCBI avec de nouveaux clichés des interfaces. Mais il semble que les outils sous-jacents ne changent pas beaucoup conceptuellement–mais ils peuvent se déplacer l'emplacement des articles (comme les filtres PubMed). Donc dès que l'interface devient le site principal et semble stable, nous allons faire nos changements.

Cette petite astuce de la semaine présente la nouvelle interface brièvement pour vous de commencer à réfléchir à la façon de naviguer dans. Check it out!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Un arbre est Barcoded à Brooklyn

Figure 1 of the Plant Barcoding paperDéfilement dans certains de mes podcasts réguliers, l'autre jour je suis tombé sur cette friandise au sujet bioinformatique croissante à New York (entre autres choses, ou le cours!):

Barcoding ADN végétal (J'espère que le embed de fichier audio fonctionne, première fois que je tente…)

C'est une discussion avec le Dr. Damon Petit, un conservateur de la bioinformatique à partir du New York Botanical Garden. L'objectif de la discussion est la publication récente du Groupe de travail de l'usine CBOL qui s'est déposée sur les régions qui seront utilisés pour les codes-barres des plantes.

Si vous n'êtes pas familier avec les efforts barcoding encore, vous pouvez vérifier Poste avant de Jennifer avec une certaine expérience et d'excellentes liaisons. Essentiellement un petit extrait de la séquence d'ADN est utilisée pour (j'espère) identifier de manière unique une espèce donnée. Il peut être stocké dans une base de données–Dr. Petit du Jardin botanique de New York se réfère à GenBank à NCBI, mais il ya d'autres sites ainsi. Je viens de lire sur l'interface web pour codes-barres appelé iBarcode.org d'analyser et de gérer ce genre de données.

L' Consortium pour le code barre de Plant Group Working Life communiqué de presse synthèse de ces travaux peuvent être trouvés ici. Le document qui décrit le travail est le libre accès à PNAS ici. Le document décrit les gènes qui avaient été candidats pour le code-barres, et ceux qui ont été sélectionnés (rbcL + matK). Ils ont décrit la sélection des amorces et les résultats de séquençage pour la série ils ont examiné. Ils évaluent celles qui répondent aux critères standards codage à barres et de fournir les sélections. Ils utilisent MUSCLE d'examiner les alignements de séquences.

C'est un excellent effort sur plusieurs fronts. Juste l'évaluation et la biodiversité catalogage est utile même, mais cela peut aussi aider à identifier les plantes qui sont réclamés pour être utilisé dans des produits alimentaires ou des médicaments pour voir si c'est ce qui est vraiment là-dedans. Il peut aider à lutter contre le braconnage d'espèces protégées–par exemple,, il peut identifier le bois récolté qui ne doit pas avoir été prise pour le bois.

Heureux de voir ce travail avancer et de sortir en face du public!

Liens connexes

Podcast Page directs: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

Blog Barcode: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

Scientifique article américain sur le sujet: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

Consortium pour le Barcode of Life (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

Références
Groupe de travail des végétaux CBOL (2009). Un code-barres ADN pour les plantes terrestres PNAS, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/PNAS.0905845106

Chanteur, G., & Hajibabaei, M. (2009). iBarcode.org: Web-analyse basée sur la biodiversité moléculaire BMC Bioinformatics, 10 (Suppl 6) DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S14

Edgar, R. (2004). MUSCLE: alignement de séquences multiples avec une grande précision et un débit élevé Nucleic Acids Research, 32 (5), 1792-1797 DOI: 10.1093/nar/gkh340