Archivo de la etiqueta: GenBank

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Viernes SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. También, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. También, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ datos del genoma. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, hay grandes medios de comunicación sobre el artículo ADN reidentificación de Venter,,en,pero también hay retroceso significativo en ese,,en,Una serie de tweets allí llega a ese,,en,De otra manera,,en,más de las otras cosas interesantes en la genómica en torno a las herramientas disponibles y alrededor de otras especies,,en,Feliz de anunciar que nuestra herramienta de diseño de la pantalla de CRISPR agrupada,,en,GUÍAS,,en,Ahora se publica,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,genómica hibridación y la historia especiación con introgresión medidas a través de los genomas de todos los gansos,,en,ornitología,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identificación de individuos por predicción rasgo utilizando todo el genoma,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,En realidad soy un autor en este documento y que era una de las razones por las que dejé HLI,,en–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day in August. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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https://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Primero, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli datos, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, y el establecimiento de normas para la información de las muestras no cultivadas de organismos y de los datos personales,,en,Durante la semana nos encontramos con una gran cantidad de,,en,Puede votar por,,en,Realmente, tratar de imaginar el último par de décadas sin ella,,en,dx.doi.org/10.1086/658657,,en,www.geneontology.org/,,en,github.com/sanger-pathogens/Artemis/blob/master/uk/ac/sanger/artemis/components/genebuilder/BasicGeneBuilderFrame.java,,en,manos,,en,¿Cómo puedo convertir 23andMe Raw Genoma de,,en,o FAST,,sv,Lo tengo en el archivo a.txt pero no se puede utilizar el formato de los programas reales bio,,en,¿Alguien sabe cómo puedo CONVERT.TXT a FASTA,,en,- someashole,,en,Aunque por lo general Biostar alberga las preguntas de la gente que es un poco más avanzado en su,,en,GRCh38 está siendo procesada por,,en,Estamos despiertos toda la noche para,,en,importación que se necesita de la primera ronda,,en.


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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Realmente–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Después de que, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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Días de campo en Peligro: Las abejas, Los mosquitos y las hormigas Zombie!

Mi marido le encanta pasar tiempo en la terraza & mosquitos encanta pasar tiempo de mascar en mí. Tal vez por eso he estado tomando nota de investigación sobre la “Errores de Verano” un poco más últimamente. O tal vez es sólo un montón más de él en este momento, pero he visto lo que parece ser un número inusualmente grande de artículos sobre las abejas, los mosquitos, e incluso "las hormigas zombi".

Es un hecho que tengo que comenzar con las hormigas zombi. Me refiero a, mirar la cantidad de tráfico de los CDC "Apocalipsis Zombie" generado. El artículo se titula "Mecanismos de comportamiento y síntomas morfológicos de las hormigas zombi morir a causa de una infección por hongos"Y es en el de mayo 9ª tema de la BMC Ecología, que es de libre acceso & por lo tanto libre de leer. (nota al margen divertido es que el anuncio en la página del resumen cuando miré era de Terminix.) El artículo es un "fenotipo extendido" estudio en el que las hormigas (Camponotus Leonardi) infectadas por un hongo (Ophiocordyceps unilateralis S.L.) mostrar fenotipos alterados - es decir, que descienden de un dosel de la selva tropical de Tailandia, morder venas de las hojas, y luego morir de bloqueo con la boca abierta en la vena. Los autores explican su uso de los zombies plazo:

"Las hormigas zombi plazo subraya que, mientras que el individuo manipulado puede parecer como una hormiga, que representa un genoma de hongos que expresan el comportamiento de hongos a través del cuerpo de una hormiga."

Los autores siguieron 21 zombies, todos con casos confirmados de infecciones por hongos, y los cambios observados en la actividad y los cambios morfológicos en las cavidades de la cabeza. Por lo general no leen la investigación ecológica, pero creo que he visto el proceso aparece en los programas de la naturaleza que he visto & el papel lo explicó bien. Me gustaría leer más investigaciones sobre los cambios en la expresión génica, etc. que ayudarían a completar la historia del proceso de.

He sido consciente de los problemas de abejas, como el trastorno del colapso de colonias, desde hace un tiempo - es difícil a no ser que incluso popular de la televisión como el Dr.. Que referencia a él -, pero fue un artículo en una revista de antiguos alumnos que realmente me interesa el tema. Resulta que el pasado otoño una tornado azotó Ohio Ohio State Agrícola Centro de Investigación y Desarrollo (OARDC) y no miles de dólares en daños al inventario del programa de abeja de la miel y el equipo, incluyendo una colección completa de la colmena y la producción de abejas reina cajas. Hoy me encontré con un artículo que describe la Miel de abeja PeptidAtlas. He mencionado la PeptideAtlas como un elemento de una Viernes SNPets mensaje, pero no entró en lo más. El artículo está en BMC Genomics, es libre de leer, y tiene el título: "Una abeja de la miel (Apis mellifera L.) PeptideAtlas cruce de las castas y los tejidos."Ha sido un tiempo que no pasó mucho tiempo con un genoma que no se asocia con un proteoma bastante bien establecida, pero que era el estado (de acuerdo con los autores) del genoma de la abeja antes de que construyeran el PeptidAtlas abeja. Los autores han construido los PeptideAtlas miel de abeja en la columna vertebral de los PeptideAtlas, que describen como proporcionar

"un centro de, estable de recursos para los datos de espectrometría de masas de información de apoyo para la identificación de proteínas de diversas especies. "

Recogieron un gran conjunto de MS / MS datos de A. mellifera, coincide con los picos de los péptidos & péptidos de una proteína integral de conjunto compilado RefSeq, GenBank y las predicciones de Gnomon. El atlas fue construido después & predicciones funcionales se realizaron con Blast2GO. La abeja de la miel contiene más de PeptideAtlas 3000 proteínas y 27,000 péptidos, y debe ser un recurso valioso para los estudios se proteogenomic.

El tercer "Bug del verano", el mosquito, es una experiencia que a menudo, pero no entiendo bien. Mi marido & Puedo estar sentado junto a la otra & que no puede parecer conseguir un solo bocado mientras estoy cubierto de grandes ronchas y picazón - ¿por qué me gusta tanto? Siempre he supuesto que era a causa de la temperatura - la piel a menudo se siente más caliente que su. De acuerdo con dos artículos en Nature: "Malaria: Los mosquitos engañados" (Resumen del editor) y "Ultra-prolongada activación de CO2 con sensor de mosquitos desorienta a las neuronas" (ambos requieren de una suscripción), no puede ser otra razón - el dióxido de carbono. Al parecer, el dióxido de carbono exhalado es la señal más importante para guiar la máquina de búsqueda de larga distancia de vuelo de los mosquitos hembra se alimentan de sangre, así que tal vez mi respiración de alguna manera crea un rastro de CO2 más altos. Los autores utilizaron Drosophila melanogaster como un organismo modelo para estudiar los compuestos que podrían inhibir el mecanismo de detección de CO2 en los mosquitos. Ellos fueron capaces de identificar un cóctel de compuestos que lo sobreactiva las neuronas de CO2 con sensor de tres mosquitos que causan enfermedades (Anopheles gambiae, A. aegypti y Culex quinquefasciatus) que reduce considerablemente su capacidad para navegar por el tren de CO2 a una comida de sangre potenciales. Desafortunadamente, según los autores del odorantes volátiles informó en el documento

"... Tienen un perfil de seguridad indeseables en altas concentraciones y no son ideales para uso humano, sin más pruebas."

También creo que como "largo alcance" Los repelentes se deben estar vinculados con cerca de gama efectores, así. Se le puede encontrar a través del CO2 en el aliento, pero una vez que están en el rango parece que ya no necesita esa señal y va a morder en cualquier lugar que se pica de forma masiva - como alrededor de las uñas, en los tobillos & en la parte posterior de sus rodillas - me podría estar sesgada por la experiencia, aunque ...

PS, aquí hay otro papel para que los mosquitos: Gen de expresión en la disección de mosquitos

PSS, Alguien sabe si los químicos que el tratamiento comercial “eliminación de los mosquitos” las empresas utilizan mal "insectos buenos", colibríes, etc? Indagando, preocupado & mente picazón gustaría saber ...

Para obtener buenos resultados, tratar varias bases de datos

Sólo quería señalar este artículo recientemente publicado en BMC Genomics: La integración de múltiples bases de datos de la anotación del genoma i… [BMC Genomics. 2010]

A menudo, en nuestros entrenamientos nos pide que las anotaciones o bases de datos son los mejores. Nuestras acciones y, francamente, respuesta correcta es que depende de lo que está buscando, sus preferencias personales y más. Este documento concluye, al menos cuando se trata de pez cebra transcripción de datos, que tirar de las anotaciones de varias bases de datos en lugar de un aumento de la capacidad de obtener datos completos. Puede parecer obvio para algunos, pero siempre es bueno ver los datos.. y para señalar.

Consejo del la Semana: Revista Makeover!

NCBI_interface_movieLos dos primeros recursos bioinformáticos basados ​​en la web que puedo recordar confiando en mi carrera fueron Lista y NCBI de Pedro. (Para aquellos de ustedes que necesitan un poco de nostalgia viaje se puede ver una copia de Lista de Pedro está aquí.) Hay un montón de descendientes de la lista de Pedro en diversas formas–incluyendo nuestro reciente lanzamiento herramienta de búsqueda de recursos. Sin embargo, el Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (NCBI) interfaz ha sido un poco…así…confortablemente estables–desde hace mucho tiempo. Me miré en el Wayback Machine para ver lo que las interfaces antiguas utilizadas para parecerse. Tuve la oportunidad de encontrar una variante de 1997 que me había olvidado hasta que lo vi. Pero seguí buscando y encontré la versión que estoy más familiarizado con el inicio de 1999. Si se compara 1999 a 2009 verá esencialmente el mismo diseño. Aquí es una comparación de las interfaces anteriores, y el nuevo:

NCBI interfaces through the years

Revista de interfaces a través de los años

ncbi_new_2009

Bueno, todo eso está cambiando ahora! El NCBI está haciendo una revisión a fondo de las interfaces. Usted puede examinar el aspecto de la página de inicio Vista previa del sitio aquí (vínculo se puede romper cuando se desplazan a la producción con él), y se puede ver en la PubMed cambios aquí, e incluso empezar a usar el PubMed vista previa del sitio aquí.

Esto supone una ruptura con el pasado, gran, y como todas las nuevas interfaces se llevará un poco de tiempo para acostumbrarse a. Pero tengo que decir que me gusta la organización. La navegación de la izquierda hará que la búsqueda de las herramientas más fáciles. La “Popular” cuadro será el acceso rápido a los elementos más utilizados. Puntos destacados y noticias están disponibles aún así. Hay algunas cosas que voy a extrañar. Nos gustó la diseño del mapa del sitio para explicar las características de un tipo general de manera, y la página de vista previa no se vincula a la–se vincula a la lista alfabética. Podría cambiar, aunque.

De todos modos–Creo que el nuevo aspecto es agradable y eficaz. Por supuesto que tendremos que actualizar todos nuestros tutoriales NCBI con nuevas tomas de las interfaces. Pero parece que los instrumentos subyacentes no cambian mucho conceptualmente–pero puede cambiar la ubicación de los elementos (como los filtros de PubMed). Así que tan pronto como la interfaz se convierte en el sitio principal y parece ser estable vamos a hacer nuestros cambios.

Este breve Consejo de la semana una breve introducción de la nueva interfaz para que usted empezando a pensar en cómo navegar por. Échale un vistazo!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Un árbol es con código de barras en Brooklyn

Figure 1 of the Plant Barcoding paperDesplazarse a través de algunos de mis podcasts regulares, el otro día me encontré con este chisme sobre bioinformática creciente en Nueva York (entre otras cosas, o un curso!):

Código de barras del ADN vegetal (Espero que el integrar el archivo de audio de las obras, primera vez que estoy tratando de que…)

Se trata de una discusión con el Dr.. Damon Little, un curador de la bioinformática de la New York Botanical Garden. El foco de la discusión es la reciente publicación del Grupo de Trabajo Planta CBOL que se ha asentado en las regiones que se utilizará para el código de barras plantas.

Si usted no está familiarizado con los esfuerzos de los códigos de barras sin embargo,, puedes echar un vistazo Mensaje antes de Jennifer con algunos antecedentes y buenas conexiones. Esencialmente un pequeño fragmento de la secuencia de ADN se utiliza para (con suerte) identificar de forma única una especie dada. Esto se puede almacenar en una base de datos–Dr.. Poco del Jardín Botánico de Nueva York se refiere a GenBank en NCBI, pero hay otros sitios, así. Estaba leyendo acerca de la interfaz web de código de barras llamado iBarcode.org para el análisis y la gestión de este tipo de datos.

La Consorcio para el Código de Barras de la Vida del Grupo de Trabajo Planta comunicado de prensa de resumen de este trabajo se puede encontrar aquí. El documento que describe el trabajo es de acceso abierto en PNAS aquí. El documento describe los genes que habían sido candidatos para el código de barras, y los que fueron seleccionados (rbcL + matK). Describieron la primer selección y secuenciación de los resultados de la serie se examinaron. Ellos evalúan cuáles cumplen con los criterios estándar de códigos de barras y proporcionan las selecciones. Utilizan MUSCULAR para examinar la secuencia de alineaciones.

Este es un excelente esfuerzo en muchos frentes. Sólo la evaluación y catalogación de la biodiversidad es útil en sí, pero esto también puede ayudar a identificar las plantas que son reclamados para ser utilizados en los productos alimenticios o medicamentos para ver si eso es lo que realmente está allí. Puede ayudar a combatir la caza furtiva de especies protegidas–por ejemplo, se puede identificar la madera cosechada que no se han tomado para la madera.

Me alegra ver que este trabajo adelante y salir delante de la pública!

Enlaces relacionados

Podcast directa página: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

Código de barras de blog: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

El artículo de Scientific American sobre el tema: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

Consorcio para el Código de Barras de la Vida (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

Referencias
CBOL Grupo de Trabajo Planta (2009). Un código de barras de ADN para las plantas terrestres PNAS, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/PNAS.0905845106

Cantante, G., & Hajibabaei, AbT.l. (2009). iBarcode.org: basado en la web de análisis molecular la biodiversidad BMC Bioinformatics, 10 (Supl 6) DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S14

Edgar, R. (2004). MUSCULAR: la alineación de secuencias múltiples con alta precisión y alto rendimiento Nucleic Acids Research, 32 (5), 1792-1797 DOI: 10.1093/nar/gkh340