Tag Archives: GenBank

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Freitag SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Heute ist der letzte Tag,,en,Abstimmen erneut,,en,Und merke dir,,en,Und denken Sie daran, wie Ressourcen wie GenBank uns Grundlagen für andere wichtige Ressourcen lassen und,,en,Es gibt neue Ressourcen in dieser SNPpets Woche, die auf jeden Fall sind,,en. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. Auch, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. Auch, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ Genom-Daten. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, mehr der anderen coolen Sachen in der Genomik um die Werkzeuge zur Verfügung, und um andere Arten,,en,Glücklich, dass unsere gepoolt CRISPR Screen-Design-Tool ankündigen,,en,GUIDES,,en,ist erschienen,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,Hybridization Genomik und Speziation Geschichte mit Einkreuzungen über Genome aller Gänse gemessen,,en,Vogelkunde,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identifizierung von Personen durch Merkmal Vorhersage unter Verwendung des gesamten Genoms,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,Ich bin eigentlich ein Autor auf diesem Papier und es war einer der Gründe, warum ich HLI links,,en,‚S hier Ziel war es, Informationen zu teilen zu verhindern,,en,Jason Piper,,en,@piper_jason,,en,Preprints Umformung Biologie Verlags,,en,Papier in PNAS bei,,en,entlarvt durch,,en,in bioRxiv vor,,en,twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136,,en.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–Sie können jeden Tag in August zu GenBank abstimmen,,en,Der Schnitt wird in Kürze,,en,so gehen stimmen wieder,,en,In anderen,,en,In anderen Nachrichten in dieser Woche,,en,Eine Geschichte über große Datenmengen für die biologische Vielfalt in Zeit und Raum Beurteilung,,en,Und ein großes Foto,,en,Whole-Genom-Sequenzierung in der Grundversorgung,,en. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–Noch nicht fertig,,en,CRISPR Ethik,,en,Tierzucht,,en,Pflanzen Bioinformatik,,en,und HGT die Woche abrunden,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Noch früh Vorteile des ganzen erzählen,,en,Grundversorgung,,en,Studie fand heraus, vernachlässigbare Verbesserung,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,EXCELLENT Stück,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein auf Notwendigkeit für Nicht-Experten über CRISPR Ethik zu sprechen,,en,Tierzucht und Genetik genetische,,en,Statistik Prinzipien, die verantwortlich Tierzucht ermöglichen,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Core Facilities,,en,Horizontal Erworbene Gene sind oft zwischen eng verwandten Bakterienarten Gemeinsamer,,en. #CRISPR ethics–Noch nicht fertig,,en,CRISPR Ethik,,en,Tierzucht,,en,Pflanzen Bioinformatik,,en,und HGT die Woche abrunden,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Noch früh Vorteile des ganzen erzählen,,en,Grundversorgung,,en,Studie fand heraus, vernachlässigbare Verbesserung,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,EXCELLENT Stück,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein auf Notwendigkeit für Nicht-Experten über CRISPR Ethik zu sprechen,,en,Tierzucht und Genetik genetische,,en,Statistik Prinzipien, die verantwortlich Tierzucht ermöglichen,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Core Facilities,,en,Horizontal Erworbene Gene sind oft zwischen eng verwandten Bakterienarten Gemeinsamer,,en. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Erste, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli Daten, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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Diese Woche gibt es einen tatsächlichen Aufruf zum Handeln in der Tweets,,en,wieder für den Käse und pomegranite Genom,,en,Faszinierendste Geschwätz war diese Woche das alte Pflanzengenom Material an der Unterseite,,en,Ich versuche den Leuten zu sagen, wie weit vor der Landwirtschaft in der Genomik-Anwendungen,,en,menschliche Forscher,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Ein massives neues Projekt zielt darauf ab, zu sequenzieren,,en,Pflanzengenome in,,en,Wir müssen über Gentechnik auf Diskussion über,,en,@Kommentar,,en,Intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,wurde auf eine Weise arbeiten zu visualisieren,,en,Bearbeitungen mit,,en,ggjoy,,no,und paarweise Alignments,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service nach Amerika Auszeichnung und GenBank nominiert,,en,Sie können jeden Tag abstimmen,,en,Der Rest der interessanten Tweets der Woche umfassen Hefe Vielfalt,,en,Britische historische Vielfalt,,en,nicht-kodierenden regulatorischen Sachen,,en,Computer-kodierenden DNA-Hacker,,en,und Festlegung von Standards für Informationen,,en–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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Diese Woche gibt es einen tatsächlichen Aufruf zum Handeln in der Tweets,,en,wieder für den Käse und pomegranite Genom,,en,Faszinierendste Geschwätz war diese Woche das alte Pflanzengenom Material an der Unterseite,,en,Ich versuche den Leuten zu sagen, wie weit vor der Landwirtschaft in der Genomik-Anwendungen,,en,menschliche Forscher,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Ein massives neues Projekt zielt darauf ab, zu sequenzieren,,en,Pflanzengenome in,,en,Wir müssen über Gentechnik auf Diskussion über,,en,@Kommentar,,en,Intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,wurde auf eine Weise arbeiten zu visualisieren,,en,Bearbeitungen mit,,en,ggjoy,,no,und paarweise Alignments,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Wirklich–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Danach, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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Picknick in Peril: Bees, Mücken und Ameisen Zombie!

Mein Mann liebt viel Zeit auf unserer Terrasse & Mücken lieben viel Zeit Kauen auf mich. Vielleicht ist das der Grund, warum ich habe zur Kenntnis zu nehmen Forschungen über die “Bugs of Summer” ein bisschen mehr in letzter Zeit. Oder vielleicht gibt es nur ein paar mehr davon im Moment, aber ich habe gesehen, was scheint wie eine ungewöhnlich große Zahl von Artikeln über Bienen, Mücken, und sogar "Zombie Ameisen".

Es ist eine Tatsache, dass ich habe, mit dem Zombie-Ameisen beginnen. Ich meine,, schauen, wie viel Verkehr die CDC "Zombie Apocalypse" generiert. Der Artikel trägt den Titel "Behavioral Mechanismen und morphologischen Symptome von Zombie-Ameisen sterben Pilzinfektion"Und es ist in der Mai- 9th Ausgabe von BMC Ecology, die Open-Access- & daher frei zu lesen. (amüsante Randnotiz ist, dass die Anzeige auf der Abstract-Seite, wenn ich sah für Terminix war.) Der Artikel ist eine "erweiterte Phänotyp"-Studie, in der Ameisen (Camponotus Leonardi) infiziert durch einen Pilz (Ophiocordyceps unilateralis SL.) Anzeige veränderten Phänotypen - nämlich sie stammen von einem thailändischen regen Baumkronen, Biss Blattadern, und dann sterben lock-jawed auf die Vene. Die Autoren erklären ihre Verwendung des Begriffs Zombies:

"Der Begriff Zombie Ameisen unterstreicht, dass, während das manipulierte Individuum kann wie eine Ameise Blick, es stellt eine Pilzgenom Ausdruck Pilz Verhalten durch den Körper einer Ameise."

Die Autoren orientieren sich 21 Zombies, alle mit bestätigten Pilzinfektionen, und beobachteten Veränderungen in ihrer Aktivität und morphologischen Veränderungen im Kopf Hohlräume. I in der Regel nicht lesen Ökologie Forschung, aber ich glaube, ich habe gesehen, den Prozess featured in der Natur-Programme, die ich beobachtete, & das Papier erklärt es gut. Ich möchte weitere Untersuchungen über die Veränderungen in der Genexpression lesen, usw.. das würde helfen, die Geschichte beenden des Prozesses.

Ich habe bewusst Biene Fragen, wie Colony Collapse Disorder, für eine Weile jetzt - es ist schwer, nicht zu sein, wenn auch beliebten TV wie Dr.. Wer verweisen - aber es war ein Artikel in ein Alumni-Magazin, das mich wirklich interessiert am Thema. Stellt sich heraus, letzten Herbst eine Tornado getroffen Ohio State Ohio Agricultural Research and Development Center (OARDC) und hat Tausende von Dollar an Schäden an der Honigbiene Programm das Inventar und Ausrüstung, einschließlich einer umfassenden Sammlung von Bienen und Bienenköniginnen Produktion Boxen. Heute stieß ich auf einen Artikel der Beschreibung der Honey Bee PeptidAtlas. Ich erwähnte die PeptideAtlas als ein Element in einer Freitag SNPets Beitrag, aber nicht in sie weiter gehen. Der Artikel ist in BMC Genomics, ist kostenlos zu lesen, und hat den Titel: "Eine Honigbiene (Apis mellifera L.) PeptideAtlas Kreuzung Kasten und Geweben."Es war eine lange Zeit her, seit ich viel Zeit damit verbracht mit einem Genom, die nicht mit einer recht gut etabliert Proteom verbunden ist, aber das war der Staat (nach Ansicht der Autoren) der Biene Genom, bevor sie gebaut die Biene PeptidAtlas. Die Autoren haben die Honey Bee PeptideAtlas auf dem Rückgrat der PeptideAtlas gebaut, die sie beschreiben, wie die Bereitstellung

"eine zentrale, stabile Ressource für die Massenspektrometrie-Daten unterstützen Proteinidentifizierung Informationen für mehrere Arten. "

Sie sammelten eine große Menge von MS / MS-Daten aus Ein. mellifera, abgestimmt Gipfel zu Peptiden & Peptide zu einem umfassenden Set von Protein zusammengestellt RefSeq, GenBank und Gnomon Prognosen. Der Atlas wurde dann gebaut & funktionelle Vorhersagen wurden mit BLAST2GO. Der Honey Bee PeptideAtlas enthält über 3000 Proteine ​​und 27,000 Peptide, und sollte eine wertvolle Ressource für proteogenomic Studien werden.

Die dritte "Bug of Summer", die Mücke, ist eines, das erlebe ich oft, aber nicht gut verstehen. Mein Mann & Ich kann nebeneinander sitzen & Er kann offenbar nicht einen einzigen Bissen, während ich mit großen juckende Beulen am abgedeckt - warum mögen sie mich so gut? Ich habe immer davon ausgegangen, dass es wegen der Temperatur wurde - meine Haut fühlt sich oft wärmer als seine. Nach zwei Artikeln in Nature: "Malaria: Mücken bamboozled" (Editor Zusammenfassung) und "Ultra-längerer Aktivierung von CO2-Sensing-Neuronen desorientiert Mücken" (beide benötigen ein Abonnement), Es mag ein weiterer Grund sein - Kohlendioxid. Offenbar ausgeatmete Kohlendioxid ist das wichtigste Stichwort für die Führung des Fern-Host-seeking Flug von blutsaugenden weiblichen Mücken, so vielleicht meine Atmung irgendwie schafft eine höhere CO2-Trail. Die Autoren verwendeten Drosophila melanogaster als Modell-Organismus zu studieren Verbindungen, die die CO2-Erkennung Maschinen in Mücken könnte verhindern. Sie konnten einen Cocktail von Verbindungen, die so überaktiviert die CO2-Sensing-Neuronen von drei krankheitserregenden Mücken zu identifizieren (Anopheles gambiae, Ein. aegypti und Culex quinquefasciatus) dass es stark reduziert ihre Fähigkeit, die CO2-Zug, um eine mögliche Blutmahlzeit navigieren. Leider nach Ansicht der Autoren der flüchtigen Geruchsstoffe berichtet in der Zeitung

"... Unerwünschte Sicherheitsprofil bei hohen Konzentrationen und sind nicht ideal für den menschlichen Gebrauch ohne weitere Prüfung."

Ich denke auch, wie "long range" Repellents müssen mit näher-Bereich Effektoren sowie gepaart werden. Sie können Sie durch die CO2 finden in Atem, aber sobald sie in Reichweite scheinen sie nicht mehr benötigen, die Cue und werden Sie überall beißen, dass wird massiv jucken - wie etwa Ihre Zehennägel, auf Handgelenk & auf der Rückseite Ihrer Knie - ich bin vielleicht aus Erfahrung, obwohl voreingenommen sein ...

PS, hier ist eine andere Mücke Papier für Sie: Dissecting Genexpression in Mücke

PSS, Wer weiß, wenn die Chemikalien, die kommerzielle Behandlung “Mücke Entfernung” Unternehmen nutzen harm "gute Fehler", Kolibris, usw.? Fragend, besorgt & itchy Verstand würde gerne wissen ...

Für gute Ergebnisse, versuchen mehrere Datenbanken

Ich wollte nur darauf hinweisen, dieses Papier vor kurzem in BMC Genomics veröffentlicht: Die Integration mehrerer Genomannotation Datenbanken i… [BMC Genomics. 2010]

Oft in unseren Schulungen werden wir gefragt, welche Anmerkungen oder Datenbanken am besten. Unser Lager-und, offen, genaue Antwort ist, dass es auf das, was du suchst, hängt, Ihre persönlichen Präferenzen und mehr. Dieses Papier kommt zu dem Schluss, zumindest dann, wenn es darum geht, Transkript Daten Zebrafisch, dass das Ziehen Anmerkungen aus mehreren Datenbanken statt einer Erhöhung der Fähigkeit zur vollständigen Daten zu erhalten. Konnte offensichtlich klingen, einige, aber es ist immer gut, um die Daten zu sehen.. und Stelle aus.

Tipp der Woche: NCBI Makeover!

NCBI_interface_movieDie beiden frühesten webbasierte Bioinformatik Ressourcen, die ich erinnere unter Berufung auf in meiner Karriere kann waren Pedro Liste und NCBI. (Für diejenigen von Ihnen, ein wenig Nostalgie Reise benötigen, können Sie sehen, eine Kopie des Pedro der Liste hier.) Es gibt viele Nachkommen von Pedro-Liste in verschiedenen Formen–einschließlich unserer kürzlich gestarteten Ressource Suchwerkzeug. Aber das National Center for Biotechnology Information (NCBI) Schnittstelle hat irgendwie schon…gut…beruhigend stabil–für eine wirklich lange Zeit. Ich schaute in die Wayback Machine zu sehen, was die älteren Schnittstellen aussehen. Ich war in der Lage, eine Variante aus finden 1997 das hatte ich etwa vergessen, bis ich es sah. Aber dann habe ich immer auf der Suche und fand die Version, die ich am meisten vertraut ab 1999. Wenn Sie vergleichen 1999 auf 2009 Sie sehen im Wesentlichen das gleiche Layout. Hier ist ein Vergleich der bisherigen Schnittstellen, und dann die neue:

NCBI interfaces through the years

NCBI-Schnittstellen im Laufe der Jahre

ncbi_new_2009

Nun, das ist alles ändert sich jetzt! Das NCBI tut eine Generalüberholung der Schnittstellen. Sie können prüfen, die Homepage Blick auf die Preview Site hier (Link kann brechen, wenn sie über die Produktion zu bewegen mit ihr), und Sie können das Aussehen PubMed Änderungen hier, und sogar beginnen mit der PubMed Vorschau-Seite hier.

Das ist ein großer Bruch mit der Vergangenheit, und wie alle neuen Schnittstellen wird ein wenig Zeit nehmen, um zu gewöhnen. Aber ich muss ich sagen, wie die Organisation. Die linke Navigation wird das Auffinden der Werkzeuge einfacher. Das “Beliebt” Box einen schnellen Zugriff auf die am häufigsten verwendeten Elemente werden. Highlights und News sind immer noch so gut. Es gibt einige Dinge, die ich vermissen werde. Uns gefiel die Sitemap-Layout um die Funktionen im Überblick Art und Weise erklären,, und der Vorschau-Seite bezieht sich nicht auf diesen Link–es Links zu der alphabetischen Liste. Könnte sich ändern, obwohl.

Sowieso–Ich denke, der neue Look ist schön und effektiv. Natürlich müssen wir alle unsere NCBI Tutorials mit neuen Aufnahmen der Schnittstellen aktualisieren. Aber es sieht aus wie die zugrunde liegenden Werkzeuge nicht viel ändern, konzeptionell–aber sie können Sie die Position der Elemente (wie die PubMed-Filter). Also, sobald die Schnittstelle der Hauptort wird und scheint stabil zu sein wir machen unsere Änderungen.

Dieser kurze Tip der Woche stellt die neue Schnittstelle kurz, um Sie fangen an, über wie man rund um navigieren denken. Check it out!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Ein Baum ist in Brooklyn Barcoded

Figure 1 of the Plant Barcoding paperBlättern durch einige meiner regelmäßigen Podcasts den anderen Tag, als ich über diese Leckerbissen über Bioinformatik kam immer in New York (unter anderem, oder natürlich!):

Barcoding Plant DNA (Ich hoffe, die Einbettung der Audio-Datei funktioniert, ersten Mal versuche ich, dass…)

Es ist eine Diskussion mit Dr.. Damon Kleine, Kurator der Bioinformatik aus der New York Botanical Garden. Der Schwerpunkt der Diskussion ist die jüngste Veröffentlichung des CBOL Pflanze Arbeitsgruppe, die auf den Gebieten niedergelassen hat, die für die Barcode-Pflanzen verwendet werden.

Wenn Sie nicht vertraut sind mit Barcode-Bemühungen noch, Sie können herausfinden, Jennifer vorheriger Beitrag mit einigen Hintergrundinformationen und eine gute Anbindung. Im Grunde ein kleiner Ausschnitt aus DNA-Sequenz wird verwendet (hoffentlich) eindeutigen Identifizierung einer bestimmten Art. Dies kann in einer Datenbank gespeichert werden,–Dr. Wenig von der NY Botanical Garden bezieht sich auf GenBank bei NCBI, aber es gibt andere Standorte sowie. Ich las gerade über die Web-Schnittstelle für Barcodes genannt iBarcode.org für die Analyse und Verwaltung dieser Art von Daten.

Das Konsortium für die Barcode of Life Pflanzen Working Group Zusammenfassung Pressemitteilung der Arbeit gefunden werden kann hier. Das Papier, das die Arbeit beschreibt, ist Open Access in PNAS hier. Das Papier beschreibt die Gene, die schon Kandidaten für den Barcode hatte, und diejenigen, die ausgewählt wurden (rbcL + MATK). Sie beschrieben Primer Auswahl und Sequenzierung Ergebnisse für die Serie sie untersucht. Sie bewerten, welche die Standard-Barcode-Kriterien erfüllen und die Auswahl. Sie nutzen MUSCLE die Sequenzvergleiche untersuchen.

Dies ist eine hervorragende Aufwand an vielen Fronten. Gerade die Bewertung und Katalogisierung der biologischen Vielfalt ist nützlich, sich, dies kann aber auch dazu beitragen, Pflanzen, die angeblich in der Nahrung oder in der Medizin-Produkte verwendet werden, um zu sehen sind, zu identifizieren, wenn das ist, was wirklich drin. Es kann helfen, zu bekämpfen Wilderei von geschützten Arten–zum Beispiel, es kann zu identifizieren Holz geerntet, die nicht für Bauholz hätte berücksichtigt werden müssen.

Schön zu sehen, diese Arbeit voran und raus vor die Öffentlichkeit!

Related Links

Podcast direkten Seite: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

Barcode blog: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

Scientific American Artikel zum Thema: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

Konsortium für die Barcode of Life (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

Referenzen
CBOL Werk Working Group (2009). Ein DNA-Barcode für Landpflanzen PNAS, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/PNAS.0905845106

Sänger, G., & Hajibabaei, M. (2009). iBarcode.org: web-basierte molekulare Biodiversität Analyse BMC Bioinformatics, 10 (Suppl 6) DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S14

Edgar, R. (2004). MUSCLE: multiples Sequenz-Alignment mit hoher Genauigkeit und hohem Durchsatz Nucleic Acids Research, 32 (5), 1792-1797 DOI: 10.1093/nar/gkh340