الوسم المحفوظات: بنك الجينات

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. أيضا, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. أيضا, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ بيانات الجينوم. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, هناك وسائل الاعلام كبير على مادة DNA إعادة تحديد الهوية فنتر,,en,ولكن هناك أيضا رد فعل سلبي كبير على أن,,en,سلسلة من التغريدات في وجود يحصل على ذلك,,en,غير ذلك,,en,أكثر من الأمور الأخرى باردة في علم الجينوم حول الأدوات المتاحة وحول الأنواع الأخرى,,en,سعيد أن نعلن أن لدينا كريسبر المجمعة أداة تصميم الشاشة,,en,خطوط إرشاد,,en,ونشرت الآن,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,نيفيل سانجانا,,en,nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,علم الجينوم التهجين والتاريخ أنواع جديدة مع انجبال داخلي قياس عبر جينومات كل الاوز,,en,علم الطيور,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,ornithomics,,en,التعرف على الأشخاص من خلال التنبؤ سمة باستخدام كامل الجينوم,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen في مجال التكنولوجيا الحيوية,,en,أنا فعلا المؤلف على هذه الورقة، وكان واحدا من الأسباب تركت HLI,,en–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

HTTPS://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–يمكنك التصويت لصالح بنك الجينات يوميا في أغسطس,,en,قطع قريبا,,en,لذلك يذهب التصويت مرة أخرى,,en,في أخبار أخرى هذا الأسبوع,,en,قصة عن بيانات كبيرة لتقييم التنوع البيولوجي عبر الزمان والمكان,,en,وصور كبيرة,,en,تسلسل كامل الجينوم في الرعاية الصحية الأولية,,en,ليست مستعدة بعد,,en,الأخلاق كريسبر,,en,تربية الحيوان,,en,المعلوماتية الحيوية النباتية,,en,ونقل الجينات الأفقي جولة خارج الأسبوع,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,لا يزال من المبكر معرفة فوائد كله,,en,الرعاية الصحية الأولية,,en,وجدت الدراسة زيادة ضئيلة,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,مات فيشر,,fr,Matt_R_Fisher,,en,قطعة ممتاز من قبل,,en,CookDeegan,,so,جاين مايينشاين على الحاجة إلى غير الخبراء للحديث عن الأخلاق كريسبر,,en,تربية الحيوان وعلم الوراثة الجينية,,en,المبادئ الإحصائية التي تمكن تربية الحيوانات مسؤولة,,en,edxonline,,uz,mooc,,cs,المرافق الأساسية,,en,الجينات المكتسبة أفقيا غالبا ما تكون مشتركة بين الأنواع البكتيرية وثيقة ذات علاقة,,en. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. الأول, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. القولونية البيانات, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. حقا–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. بعد ذلك, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


نزهات في خطر: النحل, البعوض والنمل الكسول!

زوجي يحب قضاء الوقت على سطح السفينة لدينا & البعوض يحب قضاء الوقت في مضغ لي. ربما لهذا السبب لقد تم اتخاذ إشعار البحوث بشأن “البق للصيف” أكثر قليلا في الآونة الأخيرة. أو ربما هناك فقط حفنة أكثر من ذلك الآن, ولكن رأيت ما يبدو وكأنه عدد كبير غير معتاد من المقالات حول النحل, البعوض, و "النمل غيبوبة" حتى.

انها تعطى بعد أن حصلت على أن تبدأ مع النمل غيبوبة. أعني, كم تبدو حركة المرور في مركز السيطرة على الأمراض "نهاية العالم الكسول" ولدت. يحق للمقال "آليات سلوكية وأعراض المورفولوجية من النمل غيبوبة الموت من عدوى فطرية"وكان في مايو 9ال قضية BMC البيئة, وهو النفاذ المفتوح & ولذلك لقراءة حرة. (الطريف ملاحظة جانبية غير أن الإعلان على الصفحة مجردة عندما نظرت كان لTerminix.) المقالة هو "تمديد النمط الظاهري" الدراسة التي النمل (Camponotus ليوناردي) مصابة بنوع من الفطريات (Ophiocordyceps الوحيد الجانب S.L.) عرض الظواهر تغيير -- أي أنها تنحدر من الغابات المطيرة المظلة التايلندية, عضة عروق نبات, ويموت ثم قفل جاويد على الوريد. ويفسر الباحثون استخدامها لمصطلح الكسالى:

"النمل غيبوبة يؤكد أن مصطلح, في حين قد تبدو وكأنها فرد التلاعب نملة, فهو يمثل الجينوم الفطرية معربا عن سلوك فطري من خلال الجسم من نملة."

يتبع الكتاب 21 الكسالى, جميع المصابين بالأمراض الفطرية واكد, ولاحظ التغيرات في النشاط وتغيرات شكلية في تجاويف رؤوسهم. أنا عادة لا يقرأون البحوث البيئة ولكن أعتقد أنني رأيت عملية مميزة في برامج الطبيعة التي شاهدت & وأوضحت الورقة جيدا. وأود أن أقرأ المزيد من البحوث بشأن التغيرات في التعبير الجيني, الخ. من شأنها أن تساعد القصة كاملة لعملية.

لقد كنت على بينة من القضايا النحل, مثل اضطراب انهيار المستعمرة, لفترة من الوقت الآن -- فإنه من الصعب ألا تكون حتى عندما شعبية التلفزيون مثل الدكتور. الذي مرجع ذلك -- ولكنه كان مقالا في مجلة الخريجين التي حصلت لي حقا مهتمة بهذا الموضوع. تبين سقوط الماضي ضرب اعصار ولاية اوهايو في ولاية أوهايو الزراعية مركز البحوث والتنمية (OARDC) ولم الآلاف من الدولارات من الأضرار لحصر البرنامج عسل النحل والمعدات, بما في ذلك مجموعة شاملة من خلية وصناديق النحل ملكة الانتاج. اليوم جئت عبر مقال يصف عسل النحل PeptidAtlas. أشرت إلى PeptideAtlas كبند في الجمعة SNPets آخر, ولكنه لم يذهب إلى أكثر من ذلك. مقالة في علم الجينوم BMC, هو حر في قراءة, وعنوان: "وعسل النحل (أبيس mellifera L.) PeptideAtlas عبور الطوائف والأنسجة."لقد مضى وقت طويل منذ قضيت الكثير من الوقت مع الخريطة الوراثية البشرية التي لا ترتبط مع بروتيوم جيدا المنشأة, ولكن هو أن الدولة (وفقا للكتاب) للجينوم نحلة قبل بنوا PeptidAtlas النحل. بنينا المؤلفون PeptideAtlas عسل النحل على العمود الفقري للPeptideAtlas, التي تنص على ما يصفون

"مركزية, مستقر من الموارد لدعم البيانات الطيف الكتلي معلومات عن هوية البروتين لأنواع عديدة. "

جمعوا مجموعة كبيرة من MS / MS البيانات من A. mellifera, المتطابقة قمم لالببتيدات & جمعت مجموعة الببتيد لبروتين شاملة من RefSeq, بنك الجينات عقرب ساعة الشمس والتنبؤات. ثم شيد الأطلس & أدلى به التنبؤات الفنية BLAST2GO. وعسل النحل يحتوي على أكثر من PeptideAtlas 3000 والبروتينات 27,000 الببتيدات, وينبغي أن يكون مصدرا قيما للدراسات أن proteogenomic.

الثالثة "من الشوائب الصيف", البعوضة, أنا واحد هو أن التجربة في كثير من الأحيان ولكن لا نفهم جيدا. زوجي & يمكنني أن أكون جالسا بجانب بعضها البعض & يمكن على ما يبدو انه لم يحصل لدغة واحدة في حين انني مغطى مع المطبات حاك كبيرة -- لماذا هم مثلي على ما يرام? لقد افترض دائما ان كان ذلك بسبب درجة الحرارة -- جلدي وغالبا ما يشعر به أكثر دفئا من. وفقا للمادتين في الطبيعة: "ملاريا: bamboozled البعوض" (ملخص التحرير) و"المتطرف لفترة طويلة تفعيل CO2 الاستشعار البعوض disorients الخلايا العصبية" (كلاهما يتطلب اشتراك), قد يكون هناك سبب آخر -- ثاني أكسيد الكربون. الزفير على ما يبدو ثاني أكسيد الكربون هو أهم جديلة لتوجيه المضيف يسعى الطيران لمسافات طويلة من الدماء التي تتغذى إناث البعوض, ربما حتى التنفس بلدي يخلق نوعا ما أعلى درب CO2. الكتاب يستخدم ذبابة الفاكهة السوداء البطن باعتباره النموذج الحي لدراسة المركبات التي قد تحول دون الكشف عن آلية CO2 في البعوض. انهم كانوا قادرين على التعرف على مزيج من المركبات التي overactivated ذلك الخلايا العصبية CO2 الاستشعار من البعوض المسببة للمرض three (الأنوفيلة الغامبية, A. بعوض و الباعضة الخماسية) انها خفضت بشكل كبير من قدرتهم على التنقل في القطار CO2 لتناول وجبة الدم المحتملة. للأسف وفقا للكتاب وذكرت odorants المتقلبة في ورقة

"... وملامح غير مرغوب فيه على سلامة وتركيزات عالية ليست مثالية للاستخدام البشري دون إجراء مزيد من التجارب".

وأعتقد أيضا "طويلة المدى" مثل هذه المواد الطاردة ستحتاج إلى أن تقرن أقرب المدى فضلا المستجيبات. فإنها قد تجد لك من خلال CO2 في أنفاسك, ولكن بمجرد وجودهم في مجموعة يبدو أنها لم تعد بحاجة إلى ذلك جديلة وسيكتب لها النجاح في أي مكان من شأنها أن حكة على نطاق واسع -- مثل حول أظافرك, على الكاحلين & في الجزء الخلفي من الركبتين -- قد أكون متحيزة ابن من التجربة على الرغم من...

PS, هنا ورقة أخرى من البعوض لك: تشريح التعبير الجيني في البعوض

PSS, أي شخص معرفة ما إذا كانت المواد الكيميائية التي المعاملة التجارية “إزالة البعوض” الشركات استخدام الضرر "البق جيدة", أزيز الطيور, الخ? تستفسر, قلق & وحكة في عقول تريد أن تعرف...

لتحقيق نتائج جيدة, حاول العديد من قواعد البيانات

أردت فقط أن أشير إلى هذه الورقة التي نشرت مؤخرا في جينوم BMC: دمج عدة قواعد بيانات الجينوم شرح ط… [علم الجينوم BMC. 2010]

في كثير من الأحيان في التدريبات لدينا هي التي طلبنا شروح أو قواعد البيانات هي الأفضل. ومخزوننا, بصراحة, الجواب الدقيق هو أنه يعتمد على ما كنت تبحث عن, التفضيلات الشخصية وأكثر. وتختتم هذه الورقة, على الأقل عندما يتعلق الأمر الزرد البيانات نص, ان سحب الشروح من عدة قواعد بيانات بدلا من زيادات أحد القدرة على الحصول على البيانات الكاملة. قد يبدو واضحا لبعض, لكنه دائما جيدة لرؤية البيانات.. والإشارة بها.

نصيحة الأسبوع: NCBI مكيوفر!

NCBI_interface_movieوكانت أقرب الموارد المعلوماتية الحيوية على شبكة الإنترنت اللذين أستطيع أن أتذكر الاعتماد على في مسيرتي قائمة بيدرو وNCBI. (لأولئك منكم الذين يحتاجون إلى رحلة الحنين إلى الماضي قليلا يمكنك أن ترى نسخة من بيدرو قائمة هنا.) هناك الكثير من المتحدرين من قائمة بيدرو في أشكال مختلفة–بما في ذلك أطلقت مؤخرا لدينا الموارد أداة بحث. لكن المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (نكبي) وقد واجهة كيندا…جيد…مستقرة ومريحة–لفترة طويلة حقا. نظرت في ايباك آلة لنرى ما هي الواجهات القديمة المستخدمة لتبدو وكأنها. وكنت قادرا على العثور على متغير واحد من 1997 التي كنت قد نسيت حول حتى رأيت ذلك. ولكن بعد ذلك ظللت أبحث وجدت نسخة وأنا أكثر الناس دراية ابتداء من عام 1999. إذا قارنت 1999 إلى 2009 سترون في الأساس نفس التخطيط. هنا هو المقارنة بين الواجهات السابقة, ثم واحدة جديدة:

NCBI interfaces through the years

واجهات NCBI خلال السنوات

ncbi_new_2009

جيد, أن تغير جميع الآن! وNCBI تقوم بعمل إصلاح جذري للواجهات. يمكنك فحص نظرة على موقع معاينة موقع هنا (قد تصل الشوط الاول عندما ينتقلون الى انتاج معها), ويمكنك إلقاء نظرة على هنا التغييرات في PubMed, وحتى تبدأ باستخدام موقع PubMed معاينة موقع هنا.

هذا هو فاصل كبير مع الماضي, ومثل جميع واجهات جديدة سوف يستغرق قليلا من الوقت لتعتاد على. ولكن يجب أن أقول أنا مثل منظمة. فإن التنقل الأيمن جعل العثور على أدوات أسهل. و “شعبي” وسوف يكون مربع الوصول السريع إلى العناصر الأكثر استخداما. ويسلط الضوء على أخبار متوفرة يزال كذلك. هناك بعض الأشياء التي كنت سوف تفوت. نود نحن خريطة الموقع تخطيط لشرح ميزات في المرتبة محة عامة عن الطريقة, وصفحة المعاينة لا صلة لذلك–لأنه يربط إلى القائمة الأبجدية. قد تتغير, رغم أن.

على أي حال–أعتقد أن نظرة جديدة لطيفة وفعالة. بالطبع سيكون لدينا لتحديث كل من الدروس NCBI مع لقطات جديدة من واجهات. لكنها تبدو مثل الأدوات الأساسية لا تتغير كثيرا من الناحية المفاهيمية–ولكنها قد نقل موقع من البنود (مثل الفلاتر في PubMed). لذلك حالما تصبح واجهة الموقع الرئيسي ويبدو أن تكون مستقرة اننا سنحقق التغييرات التي أجريناها.

هذا غيض قصيرة من الأسبوع يقدم واجهة جديدة لفترة وجيزة لتحصل على البدء في التفكير في كيفية التنقل في جميع أنحاء. التحقق من ذلك!

نكبي: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

هو Barcoded شجرة في بروكلين

Figure 1 of the Plant Barcoding paperالتمرير من خلال بعض دبليو بي العادية في اليوم الآخر جئت عبر هذا نبأ سار حول المعلوماتية الحيوية المتنامية في نيويورك (من بين أمور أخرى, أو سير!):

المتوازية DNA النباتية (وآمل أن تضمين لملف الصوت يعمل, لأول مرة أحاول أن…)

بل هو نقاش مع الدكتور. دامون ليتل, أمينة متحف في المعلوماتية الحيوية من نيويورك الحديقة النباتية. محور المناقشة هو منشور صدر مؤخرا عن مجموعة النباتات CBOL العمل التي استقرت في المناطق التي سيتم استخدامها لالمتوازية النباتات.

إذا كنت لم تكن مألوفة حتى الآن مع الجهود المتوازية, يمكنك المغادرة جنيفر لآخر قبل مع بعض خلفية وروابط كبيرة. أساسا يتم استخدام قصاصة صغيرة من تسلسل الحمض النووي ل (أمل) تحديد نوع معين فريد. وهذا يمكن أن يتم تخزينها في قاعدة البيانات–الدكتور. قليلا من الحديقة النباتية NY يشير إلى بنك الجينات في نكبي, ولكن هناك مواقع أخرى كذلك. كنت أقرأ للتو عن واجهة الويب لالمتوازية يسمى iBarcode.org لتحليل وإدارة هذا النوع من البيانات.

و كونسورتيوم لالباركود المجموعة النباتية الحياة العامل ويمكن الاطلاع على ملخص نشرة صحفية صادرة عن هذا العمل هنا. الورقة التي تصف هذا العمل هو المجال المفتوح في PNAS هنا. وتصف الورقة الجينات التي كان مرشحا للالباركود, وتلك التي تم تحديدها (rbcL + matK). ووصفوا اختيار التمهيدي ونتائج التسلسل لسلسلة فحصوا. انهم تقييم تلك التي تفي بالمعايير القياسية المتوازية وتوفير التحديدات. يستخدمونها MUSCLE لبحث التحالفات تسلسل.

هذا هو جهد ممتاز على العديد من الجبهات. مجرد تقييم والتنوع البيولوجي الفهرسة مفيد نفسها, ولكن هذا يمكن أن يساعد أيضا على تحديد النباتات التي ادعى لاستخدامها في المنتجات الغذائية أو الدواء لمعرفة ما إذا كان هذا هو ما هو حقا في وجود. ويمكن أن تساعد في مكافحة الصيد غير المشروع من الأنواع المحمية–مثلا, فإنه يمكن تحديد الخشب المقطوع التي لم يكن ينبغي اتخاذها من أجل الأخشاب.

سعيد لرؤية هذا العمل إلى الأمام ، والخروج أمام الجمهور!

روابط ذات صلة

بودكاست الصفحة مباشرة: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

الباركود بلوق: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

أمريكا المادة العلمية حول هذا الموضوع: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

كونسورتيوم لالباركود الحياة (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

المراجع
CBOL الفريق العامل النبات (2009). والباركود الحمض النووي للنباتات الأرض PNAS, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/PNAS.0905845106

مطرب, غ., & Hajibabaei, M. (2009). iBarcode.org: التحليل القائم على الشبكة العالمية للتنوع البيولوجي الجزيئي BMC المعلوماتية الحيوية, 10 (ملحق 6) دوى: 10.1186/1471-2105-10-S6 - S14

إدغار, R. (2004). MUSCLE: المحاذاة متعددة التسلسل مع دقة عالية وسرعة عالية أبحاث الأحماض النووية, 32 (5), 1792-1797 دوى: 10.1093/nar/gkh340