标记档案: GBrowse

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星期五SNPpets

This week’s SNPpets include something unusual: bioinformatics software becoming a mainstream discussion. A recent NYT piece about Zika genomics included a Bandage software-based illustrations, and a subsequent explainer piece in SciAm covered it. Zika was big this week. 当然, we covered Bandage months ago…. A reprise and riff of Tardigate was good reading. Also this week: GBrowse for peanut, FireBrowse for the Broad, updates to GeneMania, 星系 record hit, and the opposite of update: UCSC基因组浏览器 in ASCII. Impersonal genomics made me laugh.


SNPpets_2欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…


一周的视频提示: 牦牛基因组数据库


这个星期的视频头的一周中,我们将探讨 牦牛基因组数据库. 老实说,我没有预料到一个星期,我谈论的大脚基因组, 的 雪人 (真的, 这是一个自然“杂志的论文), 和牦牛. 但是,基因组学是太疯狂.

有些人的新的基因组每天疲惫的我们似乎越来越–卡尔·齐默把它称为 YAGS: “但另一个基因组综合征” 一对夫妇几年前就已经. 不过,我很高兴我每次看到一个新的基因组. 当然,新闻稿超卖的结果,在许多情况下,. 不过, 卡尔还指出,:

仍然是真正令人兴奋的是什么样的研究开始 基因组测序: 发现哪些基因, 映射的网络中,基因合作, 深厚的历史和重建生活.

我完全同意这. 不过, 我的研究小组认为值得喇叭吹的有点,当他们推出自己的排序纸. 该基金会今后的工作需要做, 它需要成为一些初步的分析. 然后它变成为他人提供进一步的工作,该团队继续学习更多.

降价,新的研究组的测序和访问其他伟大的事情是我们现在看到的未来沿繁多的品种. 蘑菇. 桦树. 波多黎各鹦鹉. 西瓜. 香蕉 (在基因组论文与最好的维恩图到目前为止). 其中的一些物种,只有小的研究组把重点放在前. 但序列数据导致这么多潜在的新事物在我们的理解他们的生物利基. 就是这样的情况下,牦牛.

牦牛也有可能不是很多美国的研究人员在雷达上的一个. 但是,这是一个重要的农业物种的西藏. 它也有气候的适应,是有用的了解. 如果我们继续面临潜在的快速气候改变, 有很多的事情,我们想知道的物种如何适应不同的场景. 我们可能需要帮助,保护他们免受新出现的病原体. 我们可能需要帮助哄一些不同的养殖周期. 而更多的数据,我们对这些物种, 更好.

不过, 的 “大” 基因组的数据中心并不总是能够迅速吸收新的品种少支持. 他们资助的重点问题和有限的资源. 因此,这些物种群往往是那些谁拥有自行提供基因组的访问. 大多数情况下,我看到这些团体设置安装 GBrowse. 因此,了解如何与该软件可以真正帮助你寻找新的见解,新的基因组.

所以,我给你的牦牛基因组数据库:

我们使用的通用基因组浏览器 (GBrowse) 开发的通用模式生物数据库项目的一部分 (全球媒体点播; 銈://gmod.org /维基/ GMOD) 可视化的牦牛基因组 [7]. 此外, 预测基因, 单核苷酸变异 (SNVs), 可以可视化的YGD内包含的多种类型的RNA集和重复使用Gbrowse.

牦牛基因组大约有浏览器. 在浏览器文件中,他们突出ARG2基因页图 1, 和该区域的GPR125图的G-蛋白偶联受体 2. 我将表明,在视频以及.

 

快速链接:

牦牛基因组数据库: http://me.lzu.edu.cn/yak/

参考文献:

胡锦涛, 问:, 但, 吨, 王, 光, Xu光span>, Z., Sanders-Lorenz, E., Axen, S., 金, E., 约翰斯, 米, 斯科特, K., & Kerfeld, ç. (2010). 结合基因组学和生命科学上的生物信息学课程 PLoS生​​物学, 8 (8) 分类号: 10.1371/journal.pbio.1000448, 吨, 刘, j的, & 邱, Q. (2012). 牦牛基因组数据库: 牦牛生物学研究和高海拔适应的综合数据库 BMC的基因组学, 13 (1) 分类号: 10.1186/1471-2164-13-600

邱, 问:, 张, 克, 但, 吨, 钱, 瓦特, 王, j的, 叶, z的, 高, 三, 胡锦涛, 问:, 金, j的, 拉金, 四, Auvil, 属, Capitanu, 二, 但, j的, 勒温, 阁下, 钱, 十, 龙, 华, 周, 河, 王, 属, 王, 光, 夏, j的, 廖, 学, 泛, 学, 阅读, 十, 按住, 阁下, 王, 华, 宋, 十, 阴, 华, 但, 阁下, 张, j的, 王, z的, 张, 华, 张, 四, 米泽, 吨, 长谷川, 米, 钟, 华, 刘, 瓦特, 张, 华, 黄, z的, 张, 学, 龙, 河, 杨, 阁下, 王, j的, 刘stra, j的, 库珀, 四, 吴, 华, 王, j的, 施, 体育, 王, j的, & 刘, Ĵ. (2012). 在高海拔地区牦牛基因组和适应生活 自然遗传学, 44 (8), 946-949 分类号: 10.1038/ng.2343

斯坦, L. (2002). 通用基因组浏览器: 大厦A座为模式生物系统数据库 基因组研究, 12 (10), 1599-1610 分类号: 10.1101/gr.403602

一周的视频提示: GBrowse和Ensembl浏览蝴蝶

数个月回来的时候 Heliconius (邮差) 蝴蝶基因组文件发布, 我们看到了如何在新的测序技术使我们获得了越来越多的基因组数据的另一个例子–是不是主要模式生物的物种,. 帝王蝶的基因组数据已被释放,以及在此之前,. 你可能不知道,有一个巨大的努力,得到成千上万的昆虫基因组–i5k项目. 我认为这是我最喜欢的事情,我们今天所处的: 我们可以更详细的检查更多的物种比我们之前曾经有. 我们不仅得到有趣的细节,从基因组序列框架, 但有趣的信息关于物种的进化关系, 有趣和新颖的生物学功能,可探索. 我的意思–人类基因组及其变化是巨大的–但黑脉金斑蝶有太阳罗盘! 散热效果如何??

像今天大多数基因组论文, 只有小部分获得的数据是在纸张的主体. 该 “引人注目的例子” 但有可能会. 但是, “12,699 预测蛋白质编码基因” 的 Heliconius 基因组, 只有极少数是真正在文字处理. 在一些数字的几个捧. 早期的君主蝴蝶纸传递 “一组 16,866 蛋白质编码基因” (和 10 纸以外的补充!). 但是,访问自己的数据和比较你的基因和物种的利益,你需要打开浏览器,陪文件.

在这种情况下,你有两个选择浏览器的样式: 的 Heliconius 基因组联盟 (纸张的作者) 保持在他们的GBrowse安装 Butterflygenome.org 网站. 君主组在GBrowse MonarchBase. 此外, 双方的数据,现在也包括在 Ensembl 在7月 2012 释放 15. [注意:: 见行政细节的意见 - 毫米]

对于本周的尖端我们四处飞从的物种特异性GBrowsers的,收集的套在Ensembl人类. 这是伟大的项目和资源信息的物种特异性位点的深度, 但它也很高兴有较大的基因组浏览器的附加工具,并显示. 社区浏览器可以提供现有的和新的数据可能还没有被包括在超级浏览器, 和超级浏览器可能会提供额外的工具和基础设施,是无法从社会的浏览器. 最好的办法是要注意两个, 舒适与主要的软件功能和自己的长处和短处.

错误–成千上万的人. 就绪. 和提防: 寻找 正确的超级英雄

注意:: 我一直无法定位的最后几天的所有atwitter的的Mothra的基因组.

快速链接:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl人类后生动物: http://metazoa.ensembl.org/

i5k昆虫和其他节肢动物基因组测序计划 http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

如果您来寻找蝴蝶的照片, 试试这个: http://www.butterfliesandmoths.org/ 这也是一个公民的科学网站,在这里你可以提交你自己的踪迹–我已经做了,在过去的.

参考文献:

Dasmahapatra, K.K., 沃尔特斯, J.R., 布里斯科, 公元, 戴维, J.W., 惠布利, 答:, 纳多, 位于新泽西州, 子敏, A.V., 休斯, D.S.T., 弗格森, L.C., 马丁, S.H. & (2012). 蝴蝶物种之间的基因组揭示淫乱交换的模仿改编, 自然, 分类号: 10.1038/nature11041

詹, 学, 梅林, 三, Boore, Ĵ. & 里珀特, S. (2011). 帝王蝶长途迁徙的基因组产量洞察, 细胞, 147 (5) 1185. 分类号: 10.1016/j.cell.2011.09.052

stensmyr, M. & 汉森, 乙. (2011). 基因组适合君主, 细胞, 147 (5) 972. 分类号: 10.1016/j.cell.2011.11.009

kersey, P.J., 斯坦斯, D.M., 劳森, 四, Kulesha, 大肠杆菌, 德温特, 体育, 汉弗莱, J.C., 休斯, D.S.T., 基南, 学, Kerhornou, 答:, Koscielny, Ğ. & (2011). Ensembl人类基因组: 无脊椎动物物种的基因组大规模数据的综合资源, 核酸研究, 40 (D1) D97. 分类号: 10.1093/nar/gkr895

提示的周: MaizeGDB基因组浏览器 & 其他视频


有时,我们高度视频技巧和教程从其他网站. 今天,我想指出 MaizeGDB. 去年在乡亲 MaizeGDB强调数据库中的视频教程, 作为他们说出他们的抽象:

视频教程快速学习如何使用生物资料库所提供的在线工具的研究人员的有效途径.

我们 显然 同意 在这里OpenHelix. 我们有超过 100 和全教程 200 一致的提示 :ð.

嵌入式以上是他们在利用MaizeGDB基因组浏览器的教程 (V2). 他们有 七其资源的额外教程 如如何找到一个 一个位点的遗传图谱位置 并做了 型搜索. 教程页上,他们也有其他各种教程的链接,别人对玉米的研究和MaizeGDB.

你可以从我们的博客更多关于MaizeGDB. 我们强调,在长期的最后几年中的几个职位MaizeGDB其 移动到GBrowse, 它的成功他们的经验.

有用的链接:
MaizeGDB
MaizeGDB教程
GBrowse
OpenHelix GBrowse教程
哈珀立法会, 谢弗毫升, 蓟J, 加德纳JM, andorf厘米, 坎贝尔的DA, 景隆克朗, 布劳恩“基本法”, birkett SM, 劳伦斯CJ-, & 森雅轩 (2011). MaizeGDB基因组浏览器教程: 生物学家通过视频数据库推广的一个例子. 数据库 : 生物数据库和策展杂志, 2011 PMID: 21565781

更新的教程资料的公告: UniProt, 基因组浏览器概述, 和世界旅游资源

正如你们许多人知道, OpenHelix 专门帮助人们获取和利用公众的生命科学数据,以便进一步研究金矿. 我们这样做的方法之一是通过创建材料火车的人 – 研究人员, 医生, 馆员, 和对科学感兴趣的人 - 在哪里可以找到他们感兴趣的数据, 以及如何访问数据在特定的公共数据库和数据存储库. 我们已经得到了 100 一切从教程 PubMed的功能糖组学网关 (后来).

除了创建这些教程, 我们还花了大量的时间,让他们准确和最新. 这可以是一个挑战, 特别是当大量的数据库或资源都在同一时间附近的主要发行版. 我们的团队不断评估和更新我们的材料和在这篇文章中,我很高兴地宣布最近发布的更新我们的三个教程: UniProt, 世界巡回演唱会, 概述基因组浏览器.

我们的 初级UniProt教程 显示用户如何: 执行文本搜索的UniProt蛋白质相关信息, 寻找序列作为一个起点, 理解不同类型的 UniProt 记录, 创建多序列蛋白质记录使用应用Clustal.

我们的 基因组浏览器概述 用户介绍引进 Ensembl, 地图查看器, UCSC基因组浏览器, 的 综合微生物基因组 (IMG) 浏览器, 并 GBrowse软件系统. 我们也接触 WebGBrowse, JBrowse, 的 查看器中西医结合基因组学 (导叶), 的 ARGO计划基因组浏览器, 的 综合基因组浏览器 (IGB)鹅群, 和 通告基因组浏览器, 或CGView.

我们的 世界旅游资源的基因组学 和未经注册是免费的访问. 它包括参观例如资源, 举办​​类别,如 算法和分析工具, 表达资源, 基因组浏览器 (既 真核原核/微生物) , 文学和文本挖掘资源, 和资源集中于 核苷酸, 蛋白质, 途径, 疾病和变异. 这主要的讨论,然后带领讨论如何找到免费资源 OpenHelix资源搜索门户, 其次是学习使用OpenHelix教程资源, 和额外资源学习方法的讨论.

快速连结:

OpenHelix入门UniProt教程套件: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix概述基因组浏览器教程套件: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

免费OpenHelix基因资源教程套件的世界巡回赛: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


保存您的基因组的意见: Ensembl (和加州大学圣克鲁兹分校基因组浏览器, 其他)

最新更新的Ensembl, 开发商 增加保存配置的能力. 这允许您设置您的轨道的观点和分析一个特定的配置,并加载该配置在以后的时间. 联系以前的博客文章 (或在这里) 解释了创建您自己的配置步骤,你可以保存并返回. 在未来,他们将增加的能力,与同事和其他研究人员共享的配置.

加州大学圣克鲁兹分校有类似的功能,他们呼叫会话. 你可以阅读更多关于它 在这里我们的博客 或到 加州大学圣克鲁兹分校的会话的用户指南.

据我所知, NCBI的地图查看器 不具有相同的功能 (如果我错了,请大家指正).

GBrowse保存会话能力, 但因为它是一个开放源码程序, 这将取决于具体的安装,功能是否可用.

一周的视频提示: 线粒体转录GBrowser

字幕: 数据是不是在报纸上 再. 再次. 并再次.

由于海量数据继续, 这些下一代测序设置和实验室继续曲柄越来越多的数据, 细节不能再在报纸上捕捉. 他们不能. 作者可以总结的主要结果。, 并显示出令人信服的例子和代表作品. 但他们根本无法显示的数据量从一个给定的项目,包括了完整的全部作品.

这是一个点,我们保持锤击. 知道如何有效地使用该软件,存储和显示这个数据是现在学习如何阅读摆在首位的出版物一样重要. 在石器时代,当我在读研究生, 你需要掌握从文件大部分是在主体中的文本和数字. 那些日子已经一去不复返了在基因组学, 他们从来没有回来. 不过, 该软件也有它的局限性. 后来我去拿…

我注意到这个有趣的纸在谷歌 罗伯特西 (但在具体项目unlinkable, 抱歉). 这项研究涉及分析人类线粒体转录. 哪些本来有趣甚至作为评估1排序. 但本组评估在十多个组织和细胞系的转录. 这是一个大量数据.

和纸张的主要亮点总结–如转录并组织不同. 心脏和肌肉有不同的能源需求,这似乎是反映在他们的线粒体转录丰度水平. 是一个了不起的 马戏团 图 (图 1) 总结了他们的研究和映射.

但: 有没有办法让你在传统的出版物传达所有这些结果. 在. 方式. 是的, 我知道有 6 附于本文件的大补充. 但是,这还不够好.

我很高兴地报告,有一个全基因组浏览器提供此数据的很大一部分: http://mitochondria.matticklab.com . 这是DA炸弹, 恕我直言.

因此,在本周的一周提示会告诉你如何从本文的数据看,在自定义 GBrowse 本文建. 我们将看看如何显示你想探索的轨道.

这个特殊的浏览器是, 虽然, 本文使我意识到了这个表象的限制以及. 线粒体蛋白质的研究小组在核编码基因也感兴趣. 另外有趣的思考–因为你也可以想像组织的具体问题,围绕核基因表达,影响线粒体的功能. 但你不能在此浏览器是层上. 我的意思, 我能想象的方式一起kludge, 事实上. 您可以添加这些基因的线性表示的一端, 一些垫片, 和排序假货. 像这样我的意思是假装这是参考序列:

===核gene1 ===核gene2 ===核gene3 ===线粒体基因组===

然后你可以比较它们放在一起,. 但它肯定是一个变通,而不是一个真正的复杂的可视化. 我们需要更好的可视化工具. (我有一个想到这里,一个自定义 Caleydo 会工作, 但我会在其他的想法太有兴趣).

所以这就是我觉得, 总结: 没有数据的文件; 你必须善于在软件你在阅读; 我们需要更多和更好的可视化工具. 但是,这是所有的酷例如, 加的结果非常凉爽和翔实的设置. 我一直在想了一会儿,因为我读了关于此. 而这些都是我最喜欢的论文–那些使我思考不同的事情一大堆.

快速链接:

人类线粒体转录浏览器: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

参考:
默瑟, 吨, Neph, 学, 迪杰, 米, 克劳福德, j的, 史密斯, 米, 答,豪根< - 答:一个 - >,大肠杆菌,蕨菜,三,, 答:, 豪根,大肠杆菌,蕨菜,三,拉克姆,澳,Stamatoyannopoulos,J.,Filipovska,A.,&Mattick,J., 大肠杆菌, 蕨菜, 三, 拉克姆, 澳, Stamatoyannopoulos, j的, Filipovska, 答:, & Mattick, Ĵ. (2011). 人类线粒体的转录 细胞, 146 (4), 645-658 分类号: 10.1016/j.cell.2011.06.051

提示的一周: CompaGB为比较基因组浏览器软件

在这里我们想了很多关于名义上同类软件之间的差异,将完成一些特定的任务OpenHelix. 例如, 在我们的车间,我们经常被问到的基因组浏览器之间的差异. 虽然加州大学圣克鲁兹分校赞助我们的研讨会和培训材料,在他们的浏览器, 我们知道他们是不是唯一的基因组浏览器有,我们可以谈论他们所有–事实上, 从加州大学圣克鲁兹分校或一个特定的软件工具供应商/授予分开的最酷的事情之一–我们每个人都可以谈! 我们的回答通常是这样的东西:

的基本基础 “官方参考序列” 通常是在所有主要浏览器相同. 不过, 他们选择的方式来组织显示, 显示/隐藏批注数据的工具, 和自定义查询和显示选项​​各不相同. 但他们一般都有一些这种机制. 对我来说, 通常的选择归结我需要看什么样的数据–一个给定的软件工具,以及如何显示我,让我与它进行交互.

我知道这很大程度上是一个最终用户的角度, 但谁是参加我们的工作坊. 我记得交谈的家伙,他们只是想使用垂直组织与参考序列显示基因组浏览器在我们的会议展位. 我给他 地图查看器. 有些人需要一个特定的物种–和再好的软件, 如果你的研究物种都不会在那里, 它只是无所谓…. 我见过的超级用户在twitter上抱怨在浏览器或其他有关的背景看. 这不我的选择上有很大轴承–但我不得不说我真的很讨厌 “隐藏” 你有悬停和挖掘,以找到的菜单和功能, 一般. 你看不到是不可能知道最终用户.

但是坦率地说,当我正在寻找在某一地区的一些细节的研究使用, 我经常探讨所有的浏览器,我知道,因为他们之间的分歧在显示和可用的数据显示–以确保我不缺什么. 它并不需要,长期使用它们 (如果你知道你的方式,围绕, 我想我…).

但一组试图量化,以标准化的方式与具体指标软件工具之间的差异. 从自然资源研究所的一个小组已收集和评估各种特性的基因组浏览器, 并开发了一个数据库,在那里你可以看看他们有什么策划. 它的所谓CompaGB.

您可以评估的功能,这些配置文件之一: 生物学家, 计算生物学家, 或计算机科学家在这个时候. 在这个技巧的一周笔者探索CompaGB的接口, 从最终用户的生物学家的角度来看. 我会选择的浏览器进行比较, 我们可以看的东西CompaGB球队成绩给你什么你可以找到感. 对于开发人员,你会看到有不同的衡量标准,你应该回去和探索,以及那些.

在他们的论文中,他们为这个项目的描述他们的灵感–这是 类星体. 公开来源软件项目的资格和选择提供了一个模式和框架,以规范可用软件功能的描述. 类星体框架是在这个图形说明 他们欢迎“页面上:

总之, 他们有 4 步骤: 确定适合的软件工具的参考帧; 评估的特点; 资格加权机制的特点, 并选择适当的工具.

你可以很容易地看到CompaGB团队如何综合这些想法,在他们的基因组浏览器比较数据库. 他们让你选择你有兴趣的准则, 并提供一个雷达图显示以及表格表示的分数,因此可以考虑整体的观点或细节.

对分数 “全, 有限公司/中, 和差” 但不是很多,详细. 他们评估的工具 4 节: (1) 技术特点, (2) 数据内容, (3) GUI, 和 (4) 注释编辑和创作. 显然没有泳装比赛. 向下.

白皮书说, 4 不同的评估检查的工具 (在这个时候 7 不同的基因组浏览器: 木根, GBrowse, UCSC的, Ensembl, 阿蒂米斯, JBrowse, 调戏). 他们有版本号–例如,你可以比较 2 广泛应用于GBrowse现在的版本. 多久将得到重新评估我不知道. 如何比较在不同的地点不同的安装GBrowse我并不清楚–他们可以改变很多项目团队想要什么,需要实现.

一个评估并在大多数情况下,每个工具. 据说结果被送到数据库供应商检查. 我有没有什么培训问题上,被送往加州大学圣克鲁兹分校的想法… [*咳嗽*我的UCSC的培训得分细节问题, 例如... ...呀, 我们讲习班等不加州大学圣克鲁兹分校. 世界各地的很多讲习班, 我们的幻灯片和练习... ...我会告诉你在我看到它的提示。] 他们鼓励用户在其网站上发表评论或建议,如果你有补充资料–我可能要添加一些细节后 ;) 它似乎可以创建新的项目鉴定和, 但我没有试过这种. 他们还表示,他们重新vamping评估过程中向前发展,以​​简化.

但…这一说法在他们的论文让我吃惊:

UCSC的浏览器本身显示了人类注释的广泛, 包括跨物种比较. UCSC的浏览器的基本战略的重点,并呼吁加州大学圣克鲁兹分校的服务器上的集中数据, 据我们所知, 没有外部的实验室已经安装在本地为他们自己的数据存储和浏览目的.

–在. 我们交谈过的地方的人保持UCSC的地方安装. 常常在医院的情况下,病人的数据隐私是一个主要问题有地方安装; 某些公司有他们. 但也有其他人也–其中 一群在世界各地的镜子. 有一个 整个独立的邮件列表 人们讨论他们的问题与自己的设施. 但我们也看到了加州大学圣克鲁兹分校的基础设施,为其他物种,不支持,如加州大学圣克鲁兹分校 艾滋病毒, 疟疾, 噬菌体的浏览器, 多. 也许这不寻常的UCSC的软件设置 表观遗传学的可视化集线器 会很有趣,以做到心中有数. 而我们知道,加州大学圣克鲁兹分校的团队咨询组,并帮助他们这样做. 并顺便–我们提 在我们的教程和讲习班 我们已经做了世界各地的其他设施是可能的,可. 而我们知道,在许多国家使用的材料,我们提供当地培训以及做.

所以这是一个有趣的尝试测量软件功能, 我明白为什么他们企图, 但它似乎具有挑战性的规模和维护. 和打捞战略将要考虑评估数据时,. 这些都是可以解决的的,如果项目的收益超出了这个早期的浏览器和分支机构设置其他类型的开放源码软件. 这真的是很难知道什么值得花费你的时间, 我承认. 这就是为什么我们希望最终用户看看我们的培训材料得到引入到特定的站点,看看是否适合他们需要的, 他们可以踢轮胎演习.

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快速链接

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

类星体: http://www.qsos.org/

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参考
拉克鲁瓦, 吨, Loux, V, Gendrault, 答:, Gibrat, j的, & Chiapello, ħ. (2011). CompaGB: 一个开放的框架,为基因组浏览器比较 BMC研究笔记, 4 (1) 分类号: 10.1186/1756-0500-4-133

GMOD社区会议上宣布

快速仅供参考–刚刚在我的收件箱中:

你好,

我很高兴正式宣布为即将到来的全球媒体点播的社区会议,将采取地方十月预先登记 12-13 在多伦多, 安大略, 加拿大, 安大略省癌症研究学会主办.

会议的网页是在这里: 銈://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

并同时它仍在建设, 注册页面应该下周结束, 随着主讲的信息(与) 和酒店等物流. 在平均时间, 我劝你去会议页面,并添加相应部分的建议议题和会谈.

最后, 会议本身的规模将是有限, 所以,当登记, 我恳请您尽快注册, 因为我可能需要关闭注册,当我们全.

感谢和我期待着看到你在多伦多, 斯科特

链接到在全球媒体点播的信announce邮件列表归档.

全球媒体点播 2011 春天宣布培训; 应用程序可用

从醚,是来自于全球媒体点播春季培训字. 我听到这些的人多么宝贵同行的​​是谁的通用模式生物的工具是一样的工作 GBrowse, 阿波罗, 茶道, 从安装更加/配置的角度. (我们的培训重点放在最终用户。) 这一次,他们还列出 星系 作为一种工具,他们将培训! 下面是全文, 与链接,了解更多:

现正接受申请的 2011 全球媒体点播春训
当然, 为期五天的实际操作,旨在对学校在教学上的新全球媒体点播
管理员如何安装, 流行的配置和整合全球媒体点播
组件. 该课程将于3月 8-12 在美国国家
进化合成中心 (NESCent) 在达勒姆, 北卡罗莱纳州, 作为
美洲的一部分,全球媒体点播 2011.

链接:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

这些组件将被覆盖:
* 阿波罗 – 基因组注释的编辑
* 茶道 – 生物数据库模式
* 星系 – 工作流系统
* GBrowse – 基因组观众
* GBrowse_syn – 同线性观众
* GFF3 – 基因组注释的文件格式和工具
* InterMine – 生物数据挖掘系统
* JBrowse – 新一代基因组浏览器
* 壶 – 基因组注释管道
* Tripal – Web前端茶道数据库

申请的截止日期是星期五结束, 一月 7, 2011.
入场有竞争力,是建立在实力基础
应用, 特别是声明的利益. 该 2010 学校有
关于 60 申请人为 25 插槽. 后收到的任何应用程序
截止日期将被自动放置在轮候名单.

本课程要求为前提的一些Linux知识. 该
挂号费 $265 (只 $53 每一天!). 将有一
数量有限的奖学金.

这可能是唯一在全球媒体点播学校提供 2011. 如果你是
有兴趣, 强烈建议您申请一月 7.

谢谢,

戴夫克莱门茨