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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include something unusual: bioinformatics software becoming a mainstream discussion. A recent NYT piece about Zika genomics included a Bandage software-based illustrations, and a subsequent explainer piece in SciAm covered it. Zika was big this week. 물론 이죠, we covered Bandage months ago…. A reprise and riff of Tardigate was good reading. Also this week: GBrowse for peanut, FireBrowse for the Broad, updates to GeneMania, 은하 record hit, and the opposite of update: UCSC 게놈 브라우저 in ASCII. Impersonal genomics made me laugh.


SNPpets_2오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…


금주의 비디오 팁: 야크 게놈 데이터베이스


금주의 금주의 비디오 팁 우리는을 찾아 보죠 야크 게놈 데이터베이스. 솔직히 말해서 나는 '새 스콰 치'의 게놈에 대해 이야기 일주일에 예측하지 않았을, the 히말라야 설인 (정말, 이 자연 종이 였어), 그리고 yaks에게. 그러나 게놈 요즘은 꽤 거친 것입니다.

일부 사람들은 우리가 되가는 것 같아 보이는 새로운 게놈 매일 대해 진저리지고–칼 짐머는 전화를 YAGS: “또 다른 게놈 증후군” 몇 년 전에 이미. 하지만 내가 새로운 유전자를 볼 때마다 기쁩니다. 물론 보도 자료는 많은 경우에 결과를 overselling 아르. 그러나, 칼은 지적으로:

어떤 진정으로 흥미 진진한 유지하는 것은 연구의 종류가 시작됩니다 genomes는 순서가 아르: 무엇 유전자 발견, 유전자 협력하는 네트워크를 매핑, 과 삶의 깊은 역사를 재구성.

그리고 완전히 동의. 그러나, 난 그들이 자신의 순서 종이를 시작할 때 연구 팀이 뿔 tooting의 비트를 가질 자격이 있다고 생각 해요. 미래 일에 기초해야 될 일, 그리고 일부 초기 분석과 사용할 수 있어야. 그럼 다른 사람들이 더 그 작업을하기 위해 사용할 수있게하고 해당 팀에 자세한 내용을 보려면 계속.

시퀀싱의 가격 인하 및 새로운 연구 그룹의 액세스에 대한 또 다른 좋은 점은 우리가 지금 함께 오는 것을 볼 종의 범위. 버섯. 자작 나무 나무. 푸에르토 리코의 앵무새. 수박. 바나나 (게놈 논문에서 가장 벤 다이어그램으로 지금까지). 이들 중 일부는 작은 연구 그룹은 이전에 초점을 맞춘 한 종 아르. 그러나 시퀀스 데이터는 생물학적 틈새 시장에 대한 우리의 이해에 많은 잠재적 못하던로 연결. 그러한 야크 경우가 있습니다.

Yaks은 미국 연구자의 많은의 레이더에있을 수 없습니다. 그러나 이것은 티벳의 중요한 농업 종입니다. 또한 이해하기 유용 기후 적응이 있습니다. 우리는 잠재적으로 급속한 기후 변경에 직면가 계속되면, 우리가 종가 다른 시나리오에 적응하는 방법에 대해 알고 싶은 거예요 많은이 있습니다. 우리는 새로운 병원균에서 그들을 보호해야 할 수도 있습니다. 우리는 다른 번식주기에 일부 살살 밀어 수 있도록해야 할 수도 있습니다. 그리고 더 많은 데이터가 우리가 그 생물에 대해이, 더 나은.

그러나, the “큰” 게놈 데이터 센터는 항상 신속하게 새로운 적은 지원 종을 흡수 할 수 없습니다. 그들은 너무 초점 문제와 한정된 자원을 자금이. 따라서 이러한 종 그룹은 종종 게놈 액세스 스스로를 제공해야 할 것들입니다. 대부분의 자주이 그룹의 설치를 설정 표시됩니다 GBrowse. 해당 소프트웨어와 상호 작용하는 방법을 이해하는 것은 여러분이 새로운 genomes의 새 통찰력에 보면 정말 도움이 될 수 있도록.

그래서 당신에게 웃음의 게놈 데이터베이스를 제공합니다:

우리는 일반 게놈 브라우저를 사용하여 (GBrowse) 일반 모델 생물 데이터베이스 프로젝트의 일환으로 개발 (GMOD; HTTP를://gmod.org / 위키 / GMOD) 웃음의 게놈을 시각화하는 방법 [7]. 또한, 예측 유전자, 단일 염기 변형 (SNVs), YGD 내에 포함 된 RNA 세트와 반복의 여러 유형의 시각화를 사용 Gbrowse 할 수 있습니다.

야크 게놈 주위에 찾아보기가. 브라우저 논문에 그들은 그림에서 ARG2 유전자 페이지를 강조 1, 그리고 그림의 GPR125 G-단백질 결합 수용체의 지역 2. 나는 비디오에서 해당 표시뿐만 아니라합니다.

 

빠른 링크:

야크 게놈 데이터베이스: http://me.lzu.edu.cn/yak/

참고 문헌:

후, 질문, 하지만, 토니, 왕, 사장님, Xu사장님span>, 조디악, Sanders-Lorenz, E., Axen, S., 김, E., 존스, 엠, Scott, K., & Kerfeld, C 조. (2010). Incorporating Genomics and Bioinformatics across the Life Sciences Curriculum PLoS 생물학, 8 (8) 간접 자원부: 10.1371/journal.pbio.1000448, 토니, 리우, 제이, & 키우, Q. (2012). 웃음의 게놈 데이터베이스: 야크 생물학 높은 고도 적응을 공부하기위한 통합 데이터베이스 BMC는 유전체학, 13 (1) 간접 자원부: 10.1186/1471-2164-13-600

키우, 질문, 장, 샷, 하지만, 토니, 키안, 더블유, 왕, 제이, 예, 조디악, 높은, C., 후, 질문, 김, 제이, 라킨, 디, Auvil, 실은, Capitanu, B를, 하지만, 제이, Lewin, 반장님, 키안, 엑스, 긴, Y를, Zhou, 기철, 왕, 실은, 왕, 사장님, 쌰, 제이, 리아, 미국, 팬, 미국, 루, 엑스, 보유, 반장님, 왕, Y를, 노래, 엑스, 음, Y를, 하지만, 반장님, 장, 제이, 왕, 조디악, 장, Y를, 장, 디, 요 네자와, 토니, 하세가와, 엠, 종, Y를, 리우, 더블유, 장, Y를, 후앙, 조디악, 장, 미국, 긴, 기철, 동양 철학의 양, 반장님, 왕, 제이, Lenstra, 제이, 쿠퍼, 디, 우, Y를, 왕, 제이, 시, 추신, 왕, 제이, & 리우, Kokocinski. (2012). 높은 고도에서 웃음의 게놈과 생활 적응 자연 유전학, 44 (8), 946-949 간접 자원부: 10.1038/ng.2343

맥주잔, 패. (2002). 일반 게놈 브라우저: 모델 생물 시스템 데이터베이스에 대한 빌딩 블록 게놈 연구, 12 (10), 1599-1610 간접 자원부: 10.1101/gr.403602

주의 비디오 도움말: GBrowse 및 Ensembl과 브라우징 나비

두어 달 돌아올 때 Heliconius (우편 집배원) 나비 게놈 논문 발표되었습니다, 우리는 새로운 시퀀싱 기술이 점점 더 게놈 데이터에 저희에게 액세스 권한을 부여하는 방법의 다른 예제를 만났습니다–메인 모델 생물없는 수종의. 바둑 나비 게놈 데이터뿐만 아니라 그 이전에 출시 된. 그리고 당신은 곤충 genomes의 수천을 얻을 수있는 엄청난 노력이 알고하지 않을 수 있습니다–i5k 프로젝트. 내 생각 엔 우리가 오늘의 위치에 대한 그건 내 좋아하는 것: 우리는 이제까지 것보다 우리가 더 자세히 더 많은 종을 검사 할 수. 뿐만 아니라 우리는 게놈 시퀀스 프레임 워크에서 흥미로운 내용을받을 수 있나요, 종 진화 관계에 대한하지만 재미있는 정보, 그리고 흥미로운과 소설 생물학 기능은 물론 탐색 할 수 있습니다. 내 말은–인간 게놈과 변화가 아주 좋아요–하지만 군주 나비는 태양 나침반을 가지고! 얼마나 멋있니??

그리고 대부분의 게놈 서류와 같은 오늘, 획득 된 데이터의 일부만이 논문의 주요 몸에. The “매력적인 예제” 가있을 수 있습니다. 그러나의 “12,699 예측 단백질 코딩 유전자” 의 Heliconius 게놈, 만 소수는 정말 텍스트에서 설명하는. 일부 수치에 몇 줌. 제공 이전에 바둑 나비 종이 “일련의 16,866 단백질 코딩 유전자” (및 10 종이 이외의 보충!). 하지만 데이터를 직접 액세스하고 관심 유전자와 종에 비교하면 신문을 동반 해당 브라우저에 사용하도록 설정해야합니다.

이 경우에는 브라우저 스타일 두 가지 선택을 할: the Heliconius 게놈 컨소시엄 (종이 저자) 자신의 GBrowse 설치를 유지 Butterflygenome.org 사이트. 바둑 그룹에서 GBrowse이 MonarchBase. 또한, 모두를위한 데이터는 이제에 포함되어 있습니다 Ensembl 7 월 현재 2012 공개 15. [참고: mm - 댓글에서 관리 세부 정보를 볼]

이번 주 팁 우리는 Ensembl에서 수집 한 세트로 종 별 GBrowsers에서 주변을 날아. 이 프로젝트 리소스에 대한 정보의 깊이에 대한 종 - 특정 사이트가 좋아요, 하지만 더 큰 게놈 브라우저의 추가 도구와 디스플레이를 가지고도 좋아요. 지역 사회 브라우저는 아직 수퍼 - 브라우저에 포함되지 않을 수 있습니다 매우 현재와 새 데이터를 제공 할 수 있습니다, 그리고 수퍼 브라우저는 지역 사회 브라우저에서 사용할 수 없습니다 추​​가 도구 및 인프라를 제공 할 수 있습니다. 가장 좋은 방법은 모두 알고 있어야하는 것입니다, 와 주요 소프트웨어 기능 및 강점과 약점을 갖춘 편안한 받아.

버그이오고있다–그 중 수천. 준비. 그리고 조심: 찾아 오른쪽 슈퍼 히어로

참고: 나는 지난 2 ~ 3 일 동안 모든 atwitter 있었 Mothra의 게놈을 찾을 수 없습니다되었습니다.

빠른 링크:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Metazoa: http://metazoa.ensembl.org/

i5k의 곤충 및 기타 Arthropod 게놈 장면 이니셔티브 http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

당신은 나비 사진을 찾으러 온 경우, 이것을 시도: http://www.butterfliesandmoths.org/ 이것은 또한 자신의 목격을 제출할 수 시민 과학 사이트입니다–제가 저지른 그 과거.

참고 문헌:

Dasmahapatra, K.K., 월터스, J.R., 브리 스코, 기원후, 데비, J.W., Whibley, 대답 :, Nadeau, N.J., Zimin, 시청각, 휴즈, D.S.T., 퍼거슨, LC,, 흰털 발 제비, S.H. & (2012). 버터플라이 게놈, 종족 간의 흉내 adaptations의 난잡한 교류를 보여, 자연, 간접 자원부: 10.1038/nature11041

Zhan, 미국, 멀린, C., Boore, Kokocinski. & Reppert, S. (2011). 장거리 마이 그 레이션에 바둑 나비 게놈 수확량의 인사이트, 세포, 147 (5) 1185. 간접 자원부: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, M. & 한손, B 조. (2011). 어울리는 게놈 바둑, 세포, 147 (5) 972. 간접 자원부: 10.1016/j.cell.2011.11.009

커지, P.J., Staines, D.M., 로손, 디, Kulesha, 이봐요, E., Derwent, 추신, 험프리, J.C., 휴즈, D.S.T., 키넌, 미국, Kerhornou, 대답 :, K 대답 : cielny, G 조. & (2011). Ensembl Genomes: 비 척추 동물의 종 게놈 규모의 데이터에 대한 통합 자원, 핵산 연구, 40 (D1) D97. 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr895

금주의 팁: MaizeGDB 게놈 브라우저 & 다른 동영상


다른 사이트의 경우에 우리는 고도로 비디오 팁 및 자습서. 오늘 너희를 가리 키도록하고 싶습니다 MaizeGDB. 작년에 가족 MaizeGDB는 데이터베이스에 자신의 비디오 자습서를 강조, 그들은 추상에서 도시로:

비디오 자습서 신속하게 생물 학적 데이터베이스에서 제공하는 온라인 도구를 사용하는 방법은 연구자를위한 효과적인 방법입니다.

우리 명백하게 동의 여기 OpenHelix에서. 우리는 이상이 100 전체 자습서 및 200 계약의 팁 :디.

위의 임베디드 것은 MaizeGDB의 게놈 브라우저를 사용하여 자신의 튜토리얼입니다 (V2). 그들이 그들의 자원에 일곱 추가 자습서 예를 찾는 방법 등 현장의 유전자지도 위치 그리고 일을 표현형 검색. 자습서의 페이지에서 그들은 또한 옥수수 연구와 MaizeGDB에 다른 사람으로부터 다양한 다른 자습서에 대한 링크가.

당신은 우리의 블로그에서 MaizeGDB에 대해 자세히 알아볼 수 있습니다. 우리는 만성 지난 몇 년 동안 여러 게시물 MaizeGDB를 강조 자신의 GBrowse로 이동, 그것은 성공입니다그들의 경험.

유용한 링크:
MaizeGDB
MaizeGDB 자습서
GBrowse
OpenHelix GBrowse 자습서
하퍼 LC, 쉐퍼가 상대역과 베드신 ML, 엉겅퀴 J, 가디 JM, Andorf CM, 캠벨 검사, 캐논 EK, 브라운 BL, Birkett SM, 로렌스 CJ, & 센의 TZ (2011). MaizeGDB의 게놈 브라우저 자습서: 동영상을 통해 생물학에 대한 데이터베이스 아웃리치 한 예. 데이터베이스 : 생물 학적 데이터베이스와 curation의 저널, 2011 PMID: 21565781

업데이트 튜토리얼 자료 발표: UniProt, 게놈 브라우저의 개요, 자원과 세계 투어

로 많은 알고, OpenHelix 추가 연구를 위해 사람들이 공공의 생명 과학 데이터의 금광에 접근하고 활용할 수 있도록 전문. 우리는이 작업을 수행하는 방법 중 하나는 기차 사람들에게 자료를 만드는 것입니다 – 연구자, 임상, 사서, 누구나 과학에 관심 - 그들이 관심있는 데이터를 찾을 수있는 위치에, 특히 공공 데이터베이스와 데이터 저장소의 데이터에 액세스하는 방법. 우리는 이상 있어요 100 에서 모든에 이런 튜토리얼 PubMed기능 Glycomics 게이트웨이 (더 많은 것을 나중에).

이 튜토리얼을 만들뿐만 아니라, 우리는 또한 그들에게 정확하고 최신 상태로 유지하기 위해 많은 시간을 보내고. 이것은 도전이 될 수 있습니다, 데이터베이스 또는 리소스의 많은 모두 같은시기에 주요 자료를 가지고 특히. 우리 팀은 지속적으로 평가하고 업데이트합니다 우리의 자료를이 글에서 나는 우리의 튜토리얼의 세 가지로 최근에 출시 된 업데이트를 발표 할 행복: UniProt, 월드 투어, 그리고 게놈 브라우저의 개요.

우리 소개 UniProt 자습서 어떻게 사용자를 보여줍니다: 관련 단백질 정보를 UniProt의에서 텍스트 검색을 수행, 시작 지점으로 시퀀스 검색, 다른 유형의 이해 UniProt 기록, 및 CLUSTAL를 사용하여 단백질 레코드의 다중 서열 정렬을 만들.

우리 게놈 브라우저의 개요 소개에 사용자를 소개합니다 Ensembl, 지도 뷰어, UCSC 게놈 브라우저, the 통합 미생물 Genomes (그림) 브라우저, 및 GBrowse 소프트웨어 시스템. 우리는 또한에 터치 WebGBrowse, JBrowse, the 통합 유전체학 뷰어 (IGV), the 아르고 게놈 브라우저, the 통합 게놈 브라우저 (IGB)거위떼, 그리고 원형 게놈 뷰어, 또는 CGView.

우리 게놈 자원의 월드 투어 무료로 등록하지 않고 액세스할 수 있습니다. 그것은 예를 들어 자원의 투어를​​ 포함, 같은 카테고리로 구성 알고리즘과 분석 도구, 표현 리소스, 게놈 브라우저 (모두 진핵세포미생물 / Prokaryotic) , 문학 및 텍스트 마이닝 자원, 및 자원에 집중 세포핵, 단백질, 경로, 질환과 유사. 이 메인 토론 후 무료로 리소스를 찾을 수있는 방법에 대한 논의로 이어질 것입니다 OpenHelix 자료 검색 포털, OpenHelix 자습서와 리소스를 사용하는 학습에 의해 다음, 과 자원에 대한 학습의 추가 방법을 논의.

빠른 연결:

OpenHelix 기초 UniProt 튜토리얼 스위트: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

게놈 브라우저 자습서 제품군에 OpenHelix 개요: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

지노 믹스 자원 튜토리얼 제품군 무료 OpenHelix 세계 투어: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


당신의 게놈의 전망을 저장: Ensembl (와 UCSC 게놈의 브라우저, 기타)

Ensembl의 최신 업데이 트를, 개발자 구성을 저장하는 기능을 추가. 이것은 당신이 특정 구성으로 추적보기 및 분석을 설정하고 나중에 해당 구성을로드 할 수 있습니다. 블로그 게시물은 이전에 연결된 (또는 여기에) 당신이 저장하고 돌아올 수 있습니다 자신의 구성을 작성하는 단계를 설명합니다. 앞으로 그들은 동료 및 다른 연구자와 구성을 공유하는 기능을 추가하는 것입니다.

UCSC들은 세션을 호출 비슷한 기능을 가지고. 당신에 대한 자세한 내용을보실 수 있습니다 여기에 우리의 블로그에 또는로 이동 UCSC에서 세션 사용자 가이드.

내가 아는 한은, NCBI의지도 뷰어 같은 기능이 없습니다 (내가 틀렸다면 정정 해줘하시기 바랍니다).

GBrowse세션을 저장하는 기능, 하지만 오픈 소스 프로그램이기 때문에, 그것은 그 기능을 사용할 수 있는지 여부에 특정 설치에 따라 달라집니다.

주의 비디오 도움말: Mitochondrial transcriptome GBrowser

자막: 데이터는 신문에되지 않습니다 이상. 다시. 그리고 다시.

데이터 홍수가 계속으로, 이들 차세대 시퀀싱의 설정 및 실험실은 점점 더 많은 데이터를 크랭크 계속, 자세한 내용은 더 이상 신문에서 캡처한 수 없습니다. 그들은 수 없습니다. 저자는 주요 연구 결과를 요약 수 있습니다, 뛰어난 예제와 대표 작품을 보여. 하지만 그들은 단순히 더 이상 주어진 프로젝트에서 전체 oeuvre 구성되어 데이터의 볼륨을 보여줄 수 없습니다.

이것은 우리가 망치질 유지 포인트입니다. 효과적으로 저장하고 표시하는이 데이터를 이제 처음부터 출판물을 읽는 방법을 학습만큼 중요하다는 것을 소프트웨어를 사용하는 방법을 아는. 석기 시대에 나는 학교를 마치고에있을 때, 당신이 종이에서 파악하는 필요한 물건 대부분은 본체에있는 텍스트와 숫자 안에 있었어요. 그 시절이 게놈에 사라졌습니다, 그리고 그들은 다시는 돌아오지 않을 아르. 그러나, 소프트웨어도 제한 사항이 있습니다. 나중에 얘기하자…

저는 구글 에서이 흥미로운 종이에 의해 경고했다 로버트 웨스트 (그러나 특정 항목 unlinkable되었습니다, 죄송합니다). 연구는 인간 mitochondrial transcriptome 분석을 포함. 평가 1에서 정렬은 흥미로운했을 때에 어떤. 하지만이 그룹은 이상의 열 조직 및 세포 라인에서 transcriptome을 평가. 데이터가 많아요.

그리고 종이 주요 하이라이트를 요약–transcriptome은 조직에 따라 다를 수 않는다는 사실이 같은. 심장 근육은 다른 에너지 요구 사항을 가지고 있고 그것은 성적 증명서를 풍요의 수준에서 자신의 mitochondria에 반영하는 것. 그리고 훌륭한가 Circuses 도표 (그림 1) 그들은 어떤 검사를 많이 요약 및 매핑.

하지만: 당신은 전통적인 간행물에 그 결과를 모두 전달하는 방법은 없다. 에. 방법. 그리고 예, 내가 거기에 있는지 깨닫습니다 6 이 문서에 첨부된 대용량 보조. 그러나 아직 충분하지.

저는이 데이터의 큰 소수를 위해 제공하는 전체 게놈 브라우저가있다는 것을보고 기쁘게 생각합니다: http://mitochondria.matticklab.com . 그게 다 폭탄이다, IMHO.

그래서 일주일 이번주의 팁에있는 사용자 지정이 논문에서 데이터를보고하는 방법을 보여줍니다 GBrowse 그것이 신문에 지어진. 우리는 당신이 탐구하고자하는 트랙을 표시하는 방법에 대해 좀있을 겁니다.

이 특별한 브라우저처럼 위대, 그래도, 본 논문은 이와 표현의 한계 알려주게 만든. 연구원의 팀은 mitochondrial 단백질 또한 핵 인코딩 유전자에 관심. 또한 흥미로운 생각–당신은 또한 mitochondria의 기능에 영향을 핵 유전자 발현 주위 조직에 특정한 문제를 상상할 수 있기 때문에. 그러나이 브라우저에서 할 수없는 것은 레이어는 그. 내 말은, 내가 함께 kludge하는 방법을 상상할 수, 사실. 당신은 선형 표현의 한쪽 끝을 이러한 유전자를 추가할 수 있습니다, 일부 스페이서와 함께, 가짜 그것 및 정렬 밖으로. 내 흉내 말은 이런이 참조 시퀀스입니다:

=== 핵 gene1 === === 핵 핵 gene2 gene3 === mitochondrial의 게놈 ===

그리고 모두 함께 그들을 비교할 수 있습니다. 그러나 실제 복잡한 시각화보다는 해결 방법 확실히의. 우리는 더 나은 시각화 도구가 필요. (나는 여기에있는 사용자 지정 생각 Caleydo 작업 것입니다, 하지만 너무 다른 아이디어에 흥미가 있지 않을까).

그래서 제 생각은 이래요, 요약하기: 데이터는 신문에 안; 당신은 소프트웨어에로 숙달해야하는 것은 당신이 읽고에 있습니다; 우리는 더 좋은 시각화 도구가 필요. 그러나 이것은 모든 중 하나 멋진 예를되었습니다, 결과 플러스 매우 근사하고 유익한 세트. 내가 읽은 이후로 한동안 이것에 대해 생각을 해 봤는데. 그리고 저것은 제가 제일 좋아하는 서류야–제가 여러 가지를 전체 집단에 대해 생각하게하는 것들.

빠른 링크:

인간 mitochondrial transcriptome 브라우저: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

참조:
머서, 토니, Neph, 미국, Dinger, 엠, 크로퍼드, 제이, 스미스, 엠, Shearwood, 대답 :, Haugen <- 대답 : ->, 이봐요, E., 고사리, C., Rackham, 오, Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., & 매틱, Kokocinski., 이봐요, E., 고사리, C., Rackham, 오, Stamatoyannopoulos, 제이, Filipovska, 대답 :, & 매틱, Kokocinski. (2011). 인간 Mitochondrial Transcriptome 세포, 146 (4), 645-658 간접 자원부: 10.1016/j.cell.2011.06.051

주의 팁: 게놈 브라우저 소프트웨어를 비교 CompaGB

여기 OpenHelix에서 우리는 명목상 유사한 소프트웨어 간의 차이점에 대한 많은 어떤 주어진 작업을 수행 할 것이라고 생각. 예를 들어, 우리의 워크샵에서 우리는 종종 게놈 브라우저 사이의 차이점에 대해 질문 있습니다. UCSC는 브라우저에서 우리의 워크샵 및 교육 자료를 후원 있지만,, 우리는 그들이 거기있는 유일한 게놈 브라우저 아니 잖아 우리는 그들을 모두 이야기 할 수–사실, 그 UCSC 또는 특정 소프트웨어 도구 제공 / 부여와는 별도 것에 대해 최고의 물건 중 하나–우리는 모두 이야기 할 수! 그리고 우리 대답은 대개 이런 게있다:

의 기본 토대 “공식 참조 시퀀스” 일반적으로 모든 주요 브라우저에서 동일합니다. 그러나, 그들이 디스플레이를 구성하는 선택 방법, 주석 데이터를 표시 / 숨기기 위해 도구, 그리고 사용자 정의 쿼리 및 디스플레이 옵션은 다릅니다. 그러나 그들은 일반적으로이 몇 가지 메커니즘을 가지고. 날 위해서, 일반적으로 선택은 아래 제가 볼 필요 데이터를 제공–어떻게 주어진 소프트웨어 도구는 내가 그것과 상호 작용 저것 수 나를 보여줍니다.

나는 주로 최종 사용자 관점의 알고, 하지만 우리의 워크샵에 참석 누구인지. 난 단지 수직 조직 참조 시퀀스 디스플레이 게놈 브라우저를 사용하려고 우리의 회의 부스에서 한 남자 이야기 기억. 내가 그에게 준 지도 뷰어. 어떤 사람들은 특정 종족이 필요–그리고 소프트웨어가 얼마나 좋은 상관이 없지, 연구 종 거​​기에되지 않은 경우, 그냥 상관하지 않습니다…. 한 브라우저 또는 다른에서 배경의 모양에 대해 불만을 트위터에 슈퍼 사용자 봤어요. 그 많은 내 선택에 베어링이 없습니다–하지만 난 정말 싫어한다고해야하나요 “숨겨진” 당신이 가져가 찾기 위해 발굴해야 메뉴 및 기능, 일반적으로. 당신이 볼 수없는 것은 최종 사용자로 알고 그냥 불가능.

하지만, 솔직히 나는 연구 사용하기 위해 특정 지역에 어떤 내용을 찾고있을 때, 나는 종종 보여주기 때문에 나는 그들의 표시의 차이와 사용 가능한 데이터가 아는 모든 브라우저를 탐험–확인 아무것도없는 아니에요. 그것은 그들 모두를 사용하도록 오래 걸리지 않습니다 (당신은 주변 방법을 안다면, 그리고 내가 생각…).

그러나 그룹은 구체적인 통계와 함께 표준화된 방식으로 소프트웨어 도구의 차이점을 계량하기 위해 노력하고 있습니다. INRA의 그룹은 게놈 브라우저의 다양한 특성을 수집하고 평가했다, 그리고 그들이 curated 것을 볼 수있는 데이터베이스를 개발했습니다. 그것은 CompaGB라고.

당신이 프로필의 하나로서 기능을 평가할 수: 생물 학자, 전산 생물학, 이 시간에 컴퓨터 과학자 또는. 주의이 끝에서 나는 CompaGB 인터페이스를 탐색, 최종 사용자 생물학의 관점에서. 나는 비교하는 브라우저의 몇 가지를 선택 겁니다, 그리고 우리는 CompaGB 팀 점수는 당신이 찾을 수있는 감각을주는 것들의 종류를 볼 수. 개발자를위한 당신은 다른 통계가있다는 걸 아실 겁니다 당신은 돌아가뿐만 아니라 그를 탐험해야합니다.

그들의 논문에서 그들은이 프로젝트에 대한 자신의 영감을 설명–어느쪽이야? QSOS. 오픈 소스 소프트웨어 프로젝트의 자격 및 선정은 가능한 소프트웨어 기능에 대한 설명을 표준화하기 위해 모델과 프레임 워크를 제공. QSOS 프레임 워크는이 그래픽에 그림입니다 자신의 시작 페이지에서:

한마디로, 그들이 가지고 4 단계: 소프트웨어 도구에 적절한 참조를 보려면, 프레임을 정의; 기능을 평가; 가중치 메커니즘과 기능을 한정, 하고 해당 도구를 선택.

CompaGB 팀이 게놈 브라우저 비교 자신의 데이터베이스에서 이러한 아이디어를 통합하는 방법을 쉽게 볼 수 있습니다. 그들은 당신이 관심있는 기준을 선택할 수, 당신이 전반적으로 보거나 자세한 내용을 고려 수 있도록하고 레이더 플롯 디스플레이뿐만 아니라, 점수의 표 형식의 표현을 제공합니다.

에 대한 점수가 없습니다 “완전한, 중간 / 제한, 가난” 하지만 거기에 세부 아니 많이. 그들의 도구를 평가 4 섹션: (1) 기술 기능, (2) 데이터 컨텐츠, (3) GUI, 및 (4) 주석 편집 및 생성. 어떤 수영복 경쟁이 분명히 없습니다. 아래로.

논문에 의하면 4 다른 평가자의 도구를 조사 (이 시간에 7 다른 게놈 브라우저: Mugen, GBrowse, UCSC, Ensembl, 아르테 미스, JBrowse, 희롱). 그들은 버전 번호를 가지고–예를 들어, 당신은을 비교할 수 있습니다 2 지금 널리 사용 GBrowse 버전. 이들이 다시 평가받을 것입니다 얼마나 자주 모르겠어요. 그리고 어떻게 다른 사이트에 GBrowse의 다른 설치를 비교하는 것은 나에게 정말 명확하지 않습니다–그들은 프로젝트 팀이 원하는 의해 많은 차이가 구현해야 할 수.

한 계산은 대부분의 경우 각각의 도구를 한. 그리고 보도에 따르면 결과는 검사에 대한 데이터베이스 공급 업체에 보내진. 나는 교육 문제에 UCSC로 보내는지 모르겠어요… [*내가 UCSC 교육 점수 세부 문제가 *을 기침, 예를 들면 ... 그래, 우리는 워크샵을하고 그래서 UCSC을 수행. 전세계 워크샵 많은, 우리는 슬라이드와 연습을 가지고 ... 나는 그것을보고 일각에 게재됩니다.] 그들은 당신이 보충 정보가있는 경우 사용자가 웹 사이트에 의견이나 제안을 권장하지–나중에 몇 가지 세부 사항을 추가할 수 있습니다 ;) 그리고 새 항목을 만들고 부젓가락 수 표시, 하지만이 시도하지 않은. 그들은 또한 그들이 다시 vamping 평가 프로세스를 단순화하기 위해 앞으로거야라고.

하지만…그들의 신문이 문장은 나를 놀라게:

UCSC 브라우저는 기본적으로 인간의 주석의 광범위한 표시, 간 종 비교를 포함하여. UCSC 브라우저의 기본 전략은 UCSC 서버에 모으고 데이터에 초점을 맞추고, 우리가 아는 한, 외부 연구소는 자신의 데이터를 저장하고 검색하기위한 목적으로 로컬 설치 않았어요.

Ummm–에. 우리는 UCSC의 로컬 설치를 유지 사방에 사람 이야기. 꽤 자주 병원 상황에서 환자의 데이터 보호가 중요한 문제가 어디에 로컬 설치가 없습니다; 특정 기업이 가지고. 그러나 다른 사람뿐만 아니라있다–그 중 세계의 거울 속으로. 가 전체 별도의 메일링리스트 사람들은 자신의 설치와 함께 자신의 문제를 논의 어디에. 그러나 우리는 UCSC 같은 지원하지 않는 다른 종족에 대한 사용 UCSC 인프라를 봤어요 에이즈, 말라리아, 파지 브라우저, 더. 에서 UCSC 소프트웨어의 아마도이 특이한 설정 Epigenetics 시각화 허브 주의 흥미로울 것입니다. 우리는 UCSC 팀 그룹과 상담하고 그것을 할 수 있습니다 알고. 그건 그렇고–우리가 언급 우리 자습서 및 워크샵에 우리는 다른 설치가 가능하고 사용할 수있는 세계했던 것을. 그리고 우리는 우리가 제공하는 자료는 물론 지역의 교육을 수행하는 많은 국가에서 사용되는 것을 알고.

그래서 소프트웨어 기능을 측정하는 흥미로운 시도했습니다, 그들은 그것을 시도한 이유와 이해, 하지만 규모와 유지 관리 도전 보인다. 데이터를 평가할 때 그리고 curation 전략으로 간주합니다. 프로젝트가 오픈 소스 소프트웨어의 다른 유형 브라우저와 지류의 초기 설정 이후 진행하는 경우 이들은 고칠수 아르. 정말 귀하의 시간을 보낼만큼 가치있는 일인지 알고 어렵습니다, 내가 인정. 우리는 최종 사용자가 특정 사이트에 소개 얻을 우리의 교육 자료에서 모습을 볼 수 있고 희망 이유는 그것이 자신의 요구에 맞는다면 그게, 그리고 그들은 연습으로 타이어를 걷어차 수.

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빠른 링크

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

QSOS: http://www.qsos.org/

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참조
라끄로와, 토니, Loux, 브이, Gendrault, 대답 :, Gibrat, 제이, & Chiapello, H 조. (2011). CompaGB: 게놈 브라우저 비교를위한 오픈 프레임 워크 BMC 연구 노트, 4 (1) 간접 자원부: 10.1186/1756-0500-4-133

GMOD 커뮤니티 모임 발표

참고 빠른–내받은 편지를 발견 했어요:

안녕하세요,

나는 공식적 October 장소를 취할 것입니다 다가오는 GMOD 커뮤니티 모임을위한 사전 등록을 발표하게 된 것을 기쁘게 오전 12-13 토론토, 온타리오, 캐나다, 암 연구를위한 온타리오 연구소 주최.

회의 웹 페이지는 여기: HTTP를://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

그리고 그것은 공사중 계속되는 동안, 등록 페이지는 다음 주 말까지 사용할 수 있어야, 기조 연설자에 대한 정보와 함께(와) 호텔과 같은 물류. 그 동안, 당신이 회의 페이지로 이동하고 해당 섹션에 제안된 주제와 협상을 추가하는 촉구.

최종적으로, 회의 자체는 크기로 제한됩니다, 등록 열려 있으므로 때, 당신이 가능한 한 빨리 등록을 촉구, 나는 우리가 가득 때 등록을 닫을 필요가 있습니다 이후.

감사합니다 그리고 토론토에서 뵙기를 기대합니다, 스콧

GMOD에있는 문자 링크 메일링리스트 아카이브를 발표.

GMOD 2011 스프링 트레이닝을 발표; 응용 프로그램을 사용할 수

에테르에서 GMOD 스프링 훈련의 단어를 오는. 난이 같은 일반 모델 생물체 도구로 작업하는 사람에 얼마나 가치있는 소리 GBrowse, 아폴로, Chado, 그리고 설치에서 더 많은 / 구성 관점. (우리의 교육은 최종 사용자에 초점을 맞춘다.) 그리고 이번에는 그들은 또한 목록 아르 은하 도구의 하나로서 그들은 훈련에있을거야! 여기에 전체 텍스트의, 링크를 찾아 더 많은:

응용 프로그램은 이제 위해 허용되고 있습니다 2011 GMOD 봄 교육
물론, 이 5 일간의 손이 학교에 새로운 GMOD을 가르치는 목적으로
관리자는 설치하는 방법, 구성 및 인기 GMOD를 통합
구성 요소. 코스는 월 개최됩니다 8-12 국가별 미국에서
진화 합성 센터 (NESCent) 더럼에, 노스 캐롤라이나, 로
GMOD 아메리카의 일부 2011.

링크:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

이러한 구성 요소는 커버됩니다:
* 아폴로 – 게놈 주석 편집기
* Chado – 생물 학적 데이터베이스 스키마
* 은하 – 워크플로우 시스템
* GBrowse – 게놈 뷰어
* GBrowse_syn – synteny 뷰어
* GFF3 – 게놈 주석 파일 형식 및 도구
* InterMine – 생물 학적 데이터 마이닝 시스템
* JBrowse – 차세대 게놈 브라우저
* 제조 업체 – 게놈 주석 파이프라인
* Tripal – Chado 데이터베이스에 웹 프런트 엔드

신청 마감일은 금요일의 종말이다, January 7, 2011.
입학은 경쟁이 치열의 강도를 기반으로
응용 프로그램, 관심 특히 성명. The 2010 학교가 있었
에 대해 60 지원자 25 슬롯. 모든 응용 프로그램은받은
마감 시간은 자동으로 대기자 명단에 배치됩니다.

이 과정은 전제 조건으로 리눅스의 일부 지식이 필요합니다. The
등록비는 것입니다 $265 (만 $53 하루에!). 있을 것입니다
장학금 제한된 수의 사용 가능한.

이것은 수있는 유일한 GMOD 학교에서 제공 2011. 당신이있다면
관심, 당신이 강하게 년 1 월 적용하는 것이 좋습니다 7.

고마워,

데이브 Clements