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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include something unusual: bioinformatics software becoming a mainstream discussion. A recent NYT piece about Zika genomics included a Bandage software-based illustrations, and a subsequent explainer piece in SciAm covered it. Zika was big this week. Bien sûr,, we covered Bandage months ago…. A reprise and riff of Tardigate was good reading. Also this week: GBrowse for peanut, FireBrowse for the Broad, updates to GeneMania, Galaxy record hit, and the opposite of update: UCSC Genome Browser in ASCII. Impersonal genomics made me laugh.


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


Astuce Vidéo de la semaine: Yak Genome Database


Pour pointe vidéo de cette semaine de la semaine, nous allons explorer la Yak Genome Database. Honnêtement, je n'aurais pas prédit une semaine où je parle du génome Sasquatch, l' abominable homme des neiges (vraiment, c'était un article de Nature), et les yaks. Mais la génomique est assez sauvage de nos jours.

Certaines personnes deviennent blasés sur le génome de nouveau chaque jour nous semblent devenir–Carl Zimmer a appelé YAG: “encore un autre syndrome génome” un il ya quelques années déjà. Mais je suis très heureux à chaque fois que je vois un nouveau génome. Certes, les communiqués de presse sont survendre les résultats dans de nombreux cas. Cependant, comme Carl souligne également:

Ce qui reste vraiment intéressant, c'est le genre de recherche commence après les génomes sont séquencés: découvrir quels gènes ne, la cartographie des réseaux dans lesquels les gènes coopèrent, et la reconstruction de l'histoire profonde de la vie.

Et je suis entièrement d'accord avec cette. Cependant, Je pense que les équipes de recherche méritent un peu de corne sonnant quand ils roulent sur leur papier séquençage. La fondation pour le futur travail qui doit être fait, et il doit devenir disponible avec une analyse initiale. Il devient alors disponible pour d'autres à prendre que d'autres travaux et pour que l'équipe de continuer à en apprendre davantage.

L'autre grand chose à propos de la réduction de prix dans le séquençage et l'accès des nouveaux groupes de recherche est le nombre d'espèces que nous voyons maintenant venir le long. Champignons. Bouleaux. Puerto Rican perroquets. Melon d'eau. Bananes (avec le diagramme de Venn mieux dans les documents du génome jusqu'à présent). Certaines d'entre elles sont des espèces que seuls petits groupes de recherche ont porté sur avant. Mais les données de séquence conduit à tant de nouveautés potentiels dans notre compréhension de leur niche biologique. Tel est le cas avec yak.

Les yaks sont probablement pas sur le radar de beaucoup de chercheurs américains. Mais cela est une espèce importante agricoles pour le Tibet. Il a également des adaptations climatiques qui sont utiles pour comprendre. Si nous continuons à faire face à des modifications climatiques potentiellement rapides, il ya beaucoup de choses que nous allons vouloir savoir comment les espèces s'adaptent à différents scénarios. Nous pouvons être amenés à les protéger contre les agents pathogènes émergents. Nous pourrions avoir besoin pour aider à amadouer certains cycles de reproduction de différentes. Et plus les données dont nous disposons sur ces espèces, le mieux.

Cependant, l' “grande” génome centres de données ne sont pas toujours en mesure d'absorber de nouvelles espèces et moins rapidement pris en charge. Ils ont des problèmes de financement et les ressources limitées de discussion trop. Ainsi, ces groupes d'espèces sont souvent ceux qui ont à fournir un accès génome eux-mêmes. Le plus souvent je vois ces groupes mettent en place une installation de GBrowse. Ainsi, comprendre comment interagir avec ce logiciel peut être vraiment utile que vous recherchez de nouvelles idées de nouveaux génomes.

Donc, je vous propose la base de données du génome Yak:

Nous avons utilisé le Genome Browser Générique (GBrowse) développé dans le cadre du projet de base de données du modèle générique organisme (GMOD; http://gmod.org / wiki / GMOD) de visualiser le génome de la yak [7]. En outre, gènes prédits, simples variants nucléotidiques (SNVs), plusieurs types d'ensembles d'ARN et de répétitions contenues dans la YGD peuvent être visualisées à l'aide Gbrowse.

Allez donc parcourir autour du génome de yak. Dans le document de navigateur ils mettent en lumière la page ARG2 gène dans la figure 1, et la région du récepteur GPR125 couplé à une protéine G dans la figure 2. Je vais vous montrer que dans la vidéo, ainsi.

 

Quick link:

Yak Genome Database: http://me.lzu.edu.cn/yak/

Références:

Hu, Q., Mais, T., Wang, K., Xu, T., Liu, J., & Qiu, Q. (2012). La base de données du génome Yak: une base de données intégrée pour étudier la biologie de yak et de haute altitude adaptation BMC Genomics, 13 (1) DOI: 10.1186/1471-2164-13-600

Qiu, Q., Zhang, G., Mais, T., Qian, W., Wang, J., Vous, Z., Haute, C., Hu, Q., Kim, J., Larkin, D., Auvil, L., Capitanu, B., Mais, J., Lewin, H., Qian, X., Longue, Y., Zhou, R., Wang, L., Wang, K., Xia, J., Liao, S., Pan, S., Lu, X., Tenez, H., Wang, Y., Song, X., Yin, Y., Mais, H., Zhang, J., Wang, Z., Zhang, Y., Zhang, D., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Zhong, Y., Liu, W., Zhang, Y., Huang, Z., Zhang, S., Longue, R., YH.g, H., Wang, J., Lenstra, J., Cooper, D., Wu, Y., Wang, J., Shi, P., Wang, J., & Liu, J. (2012). Le génome de yak et de l'adaptation à la vie en haute altitude Nature Genetics, 44 (8), 946-949 DOI: 10.1038/ng.2343

Stein, L. (2002). Le navigateur de génome générique: Un bloc de construction pour une base de données système modèle Organisme Genome Research, 12 (10), 1599-1610 DOI: 10.1101/gr.403602

Astuce Vidéo de la semaine: Papillons parcourant avec Gbrowse et Ensembl

Un couple de mois en arrière lorsque le Heliconius (Facteur) Papillon génome document a été publié, nous avons pu voir un autre exemple de la façon dont les nouvelles technologies de séquençage nous donnent accès à des données génomiques de plus en plus–des espèces qui ne sont pas les principaux organismes modèles. Monarch butterfly données sur le génome avaient été libérés avant que ainsi. Et vous ne pouvez pas savoir qu'il ya un énorme effort pour obtenir des milliers de génomes d'insectes–le projet i5k. Je pense que c'est ce que je préfère savoir où nous en sommes aujourd'hui: nous pouvons examiner davantage d'espèces de façon plus détaillée que jamais nous avons devant. Non seulement pouvons-nous obtenir des détails intéressants du cadre de la séquence du génome, mais des informations intéressantes sur les espèces relations évolutives, et les caractéristiques de biologie intrigantes et nouvelles peuvent être explorées ainsi. Je veux dire–le génome humain et ses variations sont très–mais les monarques ont un compas solaire! C'est pas cool ça??

Et comme la plupart des documents du génome d'aujourd'hui, seule une fraction des données qui ont été obtenus dans le corps principal de l'article. L' “exemples convaincants” peut-être là. Mais de l' “12,699 prédites gènes codant des protéines” de l' Heliconius génome, seule une poignée est réellement abordé dans le texte. Quelques poignées plus en quelques chiffres. Le document Monarch tôt papillon livrés “un ensemble de 16,866 gènes codant des protéines” (et 10 suppléments au-delà du papier!). Mais pour accéder aux données vous-même et par rapport à vos gènes et des espèces d'intérêt dont vous avez besoin de se tourner vers les navigateurs qui accompagnent les documents.

Dans ce cas, vous avez deux choix pour les styles de votre navigateur: l' Heliconius Genome Consortium (auteurs de l'article) maintenir une installation Gbrowse à leur Butterflygenome.org site. Le groupe dispose d'un monarque à Gbrowse MonarchBase. En outre, les données à la fois est également désormais inclus dans Ensembl à compter de la Juillet 2012 communiqué 15. [Remarque: voir les détails administratifs dans les commentaires - mm]

Pour la pointe de cette semaine nous voler autour des GBrowsers spécifiques à l'espèce des ensembles recueillies à Ensembl. Il est bon d'avoir des sites spécifiques aux espèces pour la profondeur de l'information sur les projets et les ressources, mais il est également agréable d'avoir les outils supplémentaires et les expositions des navigateurs du génome grandes. Navigateurs communautaires peuvent offrir des données très actuelles et nouvelles qui pourraient ne pas encore être inclus dans les navigateurs super-, et les navigateurs super-peut offrir des outils supplémentaires et une infrastructure qui n'est pas disponible dans les navigateurs de la communauté. Votre meilleur pari est d'être conscient à la fois de, et de se familiariser avec les fonctionnalités principales du logiciel et leurs forces et faiblesses.

Les bugs sont à venir–et beaucoup d'entre eux. Soyez prêt. Et méfiez-vous: chercher le super-héros à droite

Remarque: J'ai été incapable de localiser le génome a été Mothra que tous les atwitter pour le couple des derniers jours.

Liens rapides:

Heliconius Gbrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Métazoaires: http://metazoa.ensembl.org/

insectes et autres i5k Génome arthropodes Initiative de séquençage http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

Si vous êtes venu la recherche de photos de papillons, Essayez cette: http://www.butterfliesandmoths.org/ C'est aussi un site science citoyenne où vous pouvez soumettre vos propres observations–Je l'ai fait dans le passé.

Références:

Dasmahapatra, K.K., Walters, J.R., Briscoe, Après Jésus-Christ, Davey, J.W., Whibley, A., Nadeau, N.J., Zimin, A.V., Hughes, D.S.T., Ferguson, L.C., Martin, S.H. & (2012). Papillon génome révèle échange promiscuité des adaptations de mimétisme chez les espèces, Nature, DOI: 10.1038/nature11041

Zhan, S., Merlin, C., Boore, J. & Reppert, S. (2011). Les rendements de papillon de monarque Génome Regards sur longue distance de migration, Cellulaire, 147 (5) 1185. DOI: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, M. & Hansson, B. (2011). Un génome Comme il convient à un monarque, Cellulaire, 147 (5) 972. DOI: 10.1016/j.cell.2011.11.009

Kersey, P.J., Staines, D.M., Lawson, D., Kulesha, E., Derwent, P., Humphrey, J.C., Hughes, D.S.T., Keenan, S., Kerhornou, A., Koscielny, G. & (2011). Génomes Ensembl: une ressource d'intégration pour l'échelle du génome des données de non-vertébrés espèces, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D97. DOI: 10.1093/nar/gkr895

Astuce de la semaine: MaizeGDB Génome navigateur & d'autres vidéos


Occasionnellement, nous conseils et des didacticiels vidéo hautement provenant d'autres sites. Aujourd'hui, je tiens à signaler à votre MaizeGDB. L'année dernière, les gens de MaizeGDB souligné leurs tutoriels vidéo dans la base de données, Comme ils l'affirment dans leur résumé:

Des tutoriaux vidéos sont un moyen efficace pour les chercheurs d'apprendre rapidement comment utiliser les outils en ligne offerts par les bases de données biologiques.

Nous bien évidemment accepter ici à OpenHelix. Nous avons plus de 100 tutoriaux complets et 200 conseils, en accord :D.

Embarqué ci-dessus est leur tutoriel sur l'utilisation du Genome Browser MaizeGDB (v2). Ils ont sept autres tutoriels sur leurs ressources comme la façon de trouver un position de la carte génétique d'un locus et de faire un Recherche phénotype. Sur cette page de tutoriels ils ont aussi des liens vers divers autres tutoriels à partir d'autres sur la recherche du maïs et du MaizeGDB.

Vous pouvez en apprendre davantage sur MaizeGDB de notre blog. Nous avons souligné dans MaizeGDB plusieurs postes de ces dernières années leur chronique déplacer vers Gbrowse, c'est le succès et leur expérience.

Liens utiles:
MaizeGDB
Tutoriaux MaizeGDB
GBrowse
OpenHelix Gbrowse Tutoriel
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Cannon EK, Braun BL, Birkett SM, Laurent CJ, & TZ Sen (2011). Le tutoriel MaizeGDB Genome Browser: un exemple de base de données de sensibilisation aux biologistes via vidéo. Base de données : la revue des bases de données biologiques et la conservation, 2011 PMID: 21565781

Annonce des matériaux Tutoriel Mise à jour: UniProt, Vue d'ensemble des Navigateurs Génome, et le Tour du Monde des Ressources

Comme beaucoup d'entre vous le savez, OpenHelix se spécialise à aider les gens accèdent et utilisent la mine d'or de données biosciences publics afin de poursuivre les recherches. Une des façons que nous faisons c'est par la création de matériaux pour former des gens – chercheurs, cliniciens, bibliothécaires, et quiconque s'intéresse à la science - sur où trouver les données qui les intéressent, et comment accéder aux données à particulier bases de données publiques et les référentiels de données. Nous avons plus de 100 tutoriels sur tout, de telles PubMed à l' Fonctionnelle Passerelle Glycomics (plus sur cela plus tard).

En plus de créer ces tutoriels, Nous passons aussi beaucoup de temps à les garder exacts et à jour. Ce peut être un défi, en particulier lorsque les lots de bases de données ou de ressources ont toutes les versions majeures à la même époque. Notre équipe évalue continuellement et met à jour nos matériaux et dans ce post, je suis heureux d'annoncer les mises à jour publiées récemment pour trois de nos tutoriels: UniProt, Le Tour du Monde, et aperçu des Navigateurs Génome.

Notre Introduction UniProt tutoriel montre aux utilisateurs comment: effectuer des recherches de texte à UniProt des informations de protéine d'intérêt, recherche avec des séquences comme point de départ, comprendre les différents types d' UniProt les dossiers, et de créer des alignements multiples séquences à partir d'enregistrements de protéines en utilisant Clustal.

Notre Vue d'ensemble des Navigateurs Génome présente aux utilisateurs d'introduire Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, l' Génomes microbiens intégré (IMG) navigateur, et à le système logiciel GBrowse. Nous touchons aussi sur WebGBrowse, JBrowse, l' Integrative Genomics Viewer (IGV), l' ARGO Génome Browser, l' Navigateur intégré Génome (IGB)Troupeau, et le Circulaire du génome Viewer, ou CGView.

Notre Tour du monde des ressources en génomique est gratuit et accessible sans inscription. Il comprend une visite de ressources par exemple, organisé par catégories telles que Algorithmes et outils d'analyse, les ressources d'expression, navigateurs génome (deux Eucaryotes et Procaryotes / microbienne) , Ressources minières littérature et le texte, et des ressources axés sur nucléotides, protéines, voies, la maladie et de la variation. Cette discussion principale conduira ensuite à une discussion sur la façon de trouver des ressources avec le logiciel gratuit OpenHelix Resource Portal Search, suivie d'apprendre à utiliser les ressources avec des tutoriels OpenHelix, et une discussion des méthodes d'apprentissage supplémentaire sur les ressources.

Liens rapides:

OpenHelix introduction UniProt tutoriel Suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

Aperçu OpenHelix à la suite tutoriel Génome Navigateurs: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Free Tour du Monde de la suite OpenHelix tutoriel Genomics Ressources: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Enregistrement de vos points de vue du génome: Ensembl (et le navigateur du génome UCSC, autres)

Dans le dernière mise à jour des Ensembl, les développeurs ajouté la possibilité d'enregistrer des configurations. Cela vous permet de définir vos points de vue et analyses voie à une configuration spécifique et chargez cette configuration à une date ultérieure. Le blog liées préalablement (ou ici) explique les étapes pour créer vos propres configurations, vous pouvez enregistrer et revenir à. Dans l'avenir, ils seront en ajoutant la possibilité de partager vos configurations avec des collègues et d'autres chercheurs.

UCSC a une fonction similaire qu'ils appellent séances. Vous pouvez lire plus à ce sujet ici sur notre blog ou aller à la sessions mode d'emploi à l'UCSC.

Autant que je sache, NCBI Map Viewer ne pas avoir les mêmes fonctionnalités (S'il vous plaît corrigez-moi si je me trompe).

GBrowse a l' possibilité d'enregistrer des sessions, mais puisque c'est un programme open-source, cela dépendra de l'installation spécifique de savoir si cette fonction est disponible.

Astuce Vidéo de la semaine: Mitochondrial transcriptome GBrowser

Sous-titré: les données ne sont pas dans les journaux plus. Encore une fois. Et encore.

Comme le déluge de données continue, et ceux des configurations séquençage de prochaine génération et les laboratoires continuent à manivelle de données de plus en plus, les détails ne peuvent être capturés dans les journaux plus. Ils ne peuvent pas. Les auteurs peuvent résumer les principales conclusions, et montrer des exemples convaincants et des pièces représentatives. Mais ils ne peuvent simplement pas montrer le volume de données qui comprend l'oeuvre complète d'un projet donné plus.

C'est un point nous continuons à marteler le. Savoir comment utiliser efficacement le logiciel qui stocke et affiche ces données est maintenant aussi important que d'apprendre à lire les publications en premier lieu. Dans l'âge de pierre quand j'étais à l'école de diplômé, la plupart de ce que vous aviez besoin de saisir à partir d'un document a été dans le texte et les figures dans le corps principal. Ces jours sont révolus en génomique, et ils ne reviendront jamais. Cependant, le logiciel a des limites trop. Je vais prendre cela plus tard…

J'ai été alerté à ce document intéressant sur Google par Robert West (mais l'élément spécifique a été impossibles à corréler, Désolé). La recherche porte sur l'analyse du transcriptome mitochondrial humain. Qui même comme une sorte 1-off de l'évaluation aurait été intéressant. Mais ce groupe a évalué le transcriptome dans une douzaine de tissus et des lignées cellulaires. Cela fait beaucoup de données.

Et le document résume les faits saillants–comme le fait que le transcriptome ne varient selon les tissus. Cœur et les muscles ont des besoins énergétiques différents, et il semble se refléter dans leurs mitochondries au niveau de l'abondance des transcriptions. Et il ya une formidable Cirque Diagramme (Figure 1) pour résumer beaucoup de ce qu'ils ont examiné et cartographié.

Mais: il n'y a aucun moyen pour vous faire passer dans une publication traditionnelle tous ces résultats. Dans. Way. Et oui, Je sais qu'il ya 6 suppléments grandes jointe au présent document. Mais ce n'est pas encore assez.

Je suis ravi de signaler qu'il ya un navigateur génome entier fourni pour une fraction importante de ces données: http://mitochondria.matticklab.com . C'est da bomb, IMHO.

Donc, en bout de cette semaine de la semaine va vous montrer comment regarder les données de ce papier dans la coutume GBrowse qui a été construit pour cet article. Nous allons jeter un oeil à la façon d'afficher les titres que vous voulez explorer.

Aussi grand que ce navigateur spécial est, si, ce papier m'a fait prendre conscience d'une limitation de cette représentation, ainsi. L'équipe de chercheurs s'est aussi intéressé dans le nucléaire codées des gènes de protéines mitochondriales. Aussi fascinant de penser à–parce que vous pouvez aussi imaginer tissu-spécifique des questions autour de l'expression des gènes nucléaires impact des fonctions de la mitochondrie. Mais ce que vous ne pouvez pas faire dans ce navigateur est couche sur le. Je veux dire, Je peux imaginer un moyen de bidouille qui, ensemble,, en fait,. Vous pouvez ajouter ces gènes à une extrémité de la représentation linéaire, avec quelques entretoises, et une sorte de fausse it out. Comme cela, je veux dire faire semblant que c'est cette séquence de référence:

=== === Nucléaires gene1 nucléaires gene2 === === mitochondrial nucléaire gene3 génome ===

Et puis on pourrait les comparer tous ensemble. Mais c'est certainement un travail autour plutôt que d'une visualisation réelle complexité. Nous avons besoin d'outils de visualisation de mieux. (J'ai une pensée ici que d'une coutume Caleydo travaillerait, mais je serais intéressé à d'autres idées trop).

C'est donc ce que je pense, pour résumer: les données n'est pas dans les journaux; vous avez besoin d'être aussi habile à logiciels sont que vous êtes à la lecture; et nous avons besoin d'outils de visualisation plus et mieux. Mais ce n'était qu'un exemple de tous les frais de cette, plus un ensemble très cool et instructif des résultats. J'ai réfléchi à ce sujet pendant un moment depuis que je l'ai lu. Et ce sont mes papiers favorites–ceux qui me font penser à un tas de choses différentes.

Liens rapides:

Homme navigateur transcriptome mitochondrial: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

Référence:
Mercer, T., Neph, S., Dinger, M., Crawford, J., Smith, M., SheJ.wood, A., Haugen, E., Fougère, C, Rackham, O., Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., & Mattick, J. (2011)., E., Fougère, C., Rackham, O., Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., & Mattick, J. (2011). Le transcriptome mitochondrial humain Cellulaire, 146 (4), 645-658 DOI: 10.1016/j.cell.2011.06.051

Astuce de la semaine: CompaGB pour comparer le logiciel de navigation génome

Ici, à OpenHelix nous pensons beaucoup sur les différences entre les logiciels nominalement similaire qui permettra d'accomplir une tâche donnée. Par exemple, dans nos ateliers, nous sommes souvent posé des questions sur les différences entre les navigateurs de génome. Bien UCSC parraine nos ateliers et du matériel de formation sur leur navigateur, nous savons qu'ils ne sont pas les seuls navigateur génome là-bas et nous pouvons parler de tous–en fait,, c'est une des choses les plus cool d'être séparé de UCSC ou un fournisseur de logiciels spécifiques outil / subventions–nous pouvons parler de tout le monde! Et notre réponse est habituellement quelque chose comme ceci:

La fondation de base de la “séquence de référence officiels” est généralement le même dans tous les principaux navigateurs. Cependant, la façon dont ils choisissent d'organiser l'affichage, les outils pour montrer / cacher les données d'annotation, et la requête personnalisée et des options d'affichage varient. Mais ils ont généralement tous ont un mécanisme pour cette. Pour moi, généralement le choix se résume à ce données dont j'ai besoin pour regarder–et comment un des outils logiciels m'a donné montre que et me permet d'interagir avec elle.

Je sais que c'est largement une perspective de l'utilisateur final, mais ce qui participe à nos ateliers. Je me souviens de parler à un gars à notre kiosque qui ne voulait que d'utiliser un navigateur génome avec l'affichage de la séquence de référence organisées verticalement. Je lui ai donné Map Viewer. Certaines personnes ont besoin d'une espèce particulière–et peu importe la qualité du logiciel est, Si votre recherche ne sont pas les espèces là, il n'a pas d'importance…. J'ai vu des super-utilisateurs sur Twitter plaindre le look de l'arrière-plan à un navigateur ou un autre. Cela n'a pas beaucoup de rapport avec mon choix–mais je dois dire que je déteste vraiment “cachés” les menus et les fonctionnalités que vous avez à planer et creuser pour trouver, en général,. Ce que vous ne voyez pas est tout simplement impossible de savoir que l'utilisateur final.

Mais franchement, quand je suis à la recherche de certains détails dans une région donnée pour une utilisation de recherche, J'ai souvent explorer tous les navigateurs je sais à cause de leurs différences dans l'affichage et les données disponibles pour montrer–pour m'assurer que je ne suis pas rien manquer. Il ne prend pas autant de temps pour utiliser tous (Si vous connaissez votre chemin, et je pense que je ne…).

Mais un groupe a tenté de quantifier les différences entre les outils logiciels d'une manière standardisée avec des métriques spécifiques. Un groupe de l'INRA a collecté et évalué diverses caractéristiques des navigateurs génome, et a développé une base de données où vous pouvez regarder ce qu'ils ont organisée. C'est ce qu'on appelle CompaGB.

Vous pouvez évaluer les caractéristiques comme l'un de ces profils: biologiste, biologiste de calcul, ou chercheur en informatique à cette époque. Dans cette astuce de la semaine, j'explore l'interface CompaGB, dans une perspective biologiste de l'utilisateur final. Je vais choisir un couple de navigateurs pour comparer, et nous pouvons regarder le type de choses que l'équipe marque CompaGB pour vous donner une idée de ce que vous pouvez trouver des. Pour les développeurs, vous verrez qu'il ya des paramètres différents et vous devriez revenir en arrière et d'explorer ainsi les.

Dans leur article, ils décrivent leur source d'inspiration pour ce projet–qui est QSOS. La qualification et la sélection des projets logiciels Open Sources fournit un modèle et un cadre pour normaliser la description des fonctionnalités du logiciel disponibles. Le cadre QSOS est illustré dans ce graphique sur leur page d'accueil:

En bref, ils ont 4 étapes: définir des cadres de référence appropriés pour l'outil logiciel; évaluer les caractéristiques; qualifier les caractéristiques d'un mécanisme de pondération, et en sélectionnant l'outil approprié.

Vous pouvez facilement voir comment l'équipe intégrée de CompaGB ces idées dans leur base de données de comparaisons navigateur génome. Ils vous permettent de choisir les critères qui vous intéresse, et offrent un affichage graphique de radar ainsi que d'une représentation tabulaire des scores afin que vous puissiez considérer la vue d'ensemble ou des détails.

Il ya des dizaines d' “complète, limitée / moyen, et les pauvres” mais pas beaucoup de détails sur cette. Ils ont évalué les outils de 4 sections: (1) caractéristiques techniques, (2) contenu des données, (3) GUI, et (4) édition annotation et la création. Il n'y a apparemment pas de compétition de maillot de bain. Hélas.

Le document affirme que 4 différents évaluateurs ont examiné les outils de (à ce moment 7 navigateur génome différent: Mugen, GBrowse, UCSC, Ensembl, Artemis, JBrowse, Badinage). Ils ont des numéros de version–Par exemple vous pouvez comparer les 2 versions GBrowse largement utilisé en ce moment. Combien de fois ces obtiendrez réévalué Je ne sais pas. Et comment comparer différentes installations de GBrowse différents sites n'est pas vraiment clair pour moi–ils peuvent varier beaucoup en ce que l'équipe du projet veut et doit mettre en œuvre.

Un évaluateur n'a chaque outil dans la plupart des cas. Et les résultats auraient été envoyés à des fournisseurs de bases de données pour vérifier. Je n'ai aucune idée ce qui a été envoyé à l'UCSC sur la question de la formation… [*cough * J'ai des problèmes avec les détails UCSC score de la formation, par exemple ... Ouais, Nous organisons des ateliers et fait UCSC. Beaucoup d'ateliers autour du monde, nous avons des diapositives et des exercices ... Je vais vous montrer à la pointe où je l'ai vu.] Ils ne inciter les utilisateurs à commenter ou suggérer sur leur site web si vous avez des informations complémentaires–Je veux ajouter quelques détails plus tard ;) Et il semble possible de créer de nouveaux éléments et d'organiser les, mais je n'ai pas essayé cette. Ils disent aussi qu'ils sont re-vamping le processus d'évaluation à l'avenir afin de le simplifier.

Mais…cette déclaration dans leur papier m'a surpris:

Le navigateur affiche UCSC nativement un large éventail d'annotations humaines, y compris les comparaisons inter-espèces. Stratégie sous-jacente navigateur UCSC se concentre sur la centralisation des données sur des serveurs et des UCSC, aussi loin que nous savons, pas de laboratoire externe a installé localement à des fins de stockage et de navigation sur leurs propres données.

Ummm–dans. Nous parlons aux gens un peu partout qui entretiennent les installations locales de UCSC. Assez souvent dans des situations où le patient d'hôpital confidentialité des données est un enjeu majeur il ya installe locales; certaines entreprises ont. Mais il existe d'autres aussi–parmi eux un tas de miroirs à travers le monde. Il ya une toute liste de diffusion séparée où les gens discutent de leurs problèmes avec leurs propres installations. Mais nous avons aussi vu les infrastructures UCSC utilisé pour d'autres espèces qui ne supporte pas UCSC tels que VIH, le paludisme, navigateurs phage, et plus. Peut-être que cette configuration inhabituelle du logiciel UCSC à l' Hub visualisation épigénétique serait intéressant d'être au courant des. Et nous savons que l'équipe UCSC consulte les groupes et les aide à le faire. Et en passant–nous mentionnons dans nos tutoriaux et des ateliers que nous avons fait dans le monde que d'autres installations sont possibles et disponibles. Et nous savons que les matériaux que nous fournissons sont utilisés dans de nombreux pays pour faire des formations locales ainsi.

Il était donc une tentative intéressante pour mesurer les caractéristiques du logiciel, et je comprends pourquoi ils l'ont essayé, mais il semble difficile d'échelle et de maintenir. Et la stratégie de curation devront être considérés lors de l'évaluation des données. Ce sont réparables si le projet passe au delà de ce premier ensemble de navigateurs et se ramifie à d'autres types de logiciels open source. Il est vraiment difficile de savoir ce que vaut passer votre temps sur, J'avoue. Et c'est pourquoi nous espérons que les utilisateurs finaux ont un oeil à notre matériel de formation pour vous initier à un site spécifique et voir si elle convient à leurs besoins, et ils peuvent lancer des pneus avec les exercices.

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Liens rapides

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

QSOS: http://www.qsos.org/

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Référence
Lacroix, T., Loux, V., Gendrault, A., Gibrat, J., & Chiapello, H. (2011). CompaGB: Un cadre ouvert pour les navigateurs de comparaison du génome BMC Research Notes, 4 (1) DOI: 10.1186/1756-0500-4-133

Réunion de la communauté gmod annoncé

Un rapide FYI–viens de tomber sur ma boîte de réception:

Bonjour,

Je suis heureux d'annoncer officiellement pré-inscription pour la réunion de la communauté à venir gmod qui aura lieu Octobre 12-13 à Toronto, L'Ontario, Canada, organisé par l'Institut ontarien de recherche sur le cancer.

La page Web de la Réunion est ici: http://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

et tandis qu'il est encore en construction, la page d'inscription devrait être disponible d'ici la fin de la semaine prochaine, avec des informations sur le conférencier d'honneur(avec) et logistique comme les hôtels. Dans le même temps, Je vous exhorte à aller à la page de réunion et d'ajouter des thèmes proposés et des entretiens à la section appropriée.

Enfin, la réunion elle-même sera limité en taille, alors quand l'inscription est ouverte, Je vous invite à vous inscrire dès que possible, depuis que j'ai peut-être besoin de fermer l'inscription lorsque nous sommes pleinement.

Merci et j'ai hâte de vous voir à Toronto, Scott

Lien vers la lettre dans le gmod annoncer Mailing List Archive.

GMOD 2011 Formations Spring annoncée; applications disponibles

De la vient éthers parole de l'formations printemps gmod. J'entends combien précieuses elles sont pour les gens qui travaillent avec des outils génériques comme organisme modèle GBrowse, Apollo, Chado, et plus de la perspective d'installation / configuration. (Nos formations se concentrer sur les utilisateurs finaux.) Et cette fois ils sont aussi dans la liste Galaxy comme l'un des outils dont ils auront une formation sur les! Voici le texte intégral, avec les liens pour en savoir plus:

Les demandes sont maintenant acceptées pour le 2011 Formation Printemps gmod
bien sûr, une pratique de cinq jours scolaires visant à enseigner de nouvelles gmod
administrateurs comment installer, configurer et intégrer gmod populaires
composants. Le cours aura lieu Mars 8-12 à l'US National
Centre synthèse évolutive (NESCent) à Durham, Caroline du Nord, que
partie du continent américain gmod 2011.

Liens:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

Ces composants seront couverts:
* Apollo – éditeur de l'annotation du génome
* Chado – schéma de base de données biologiques
* Galaxy – système de workflow
* GBrowse – génome spectateur
* GBrowse_syn – synténie spectateur
* I3 – format de fichier de génome d'annotation et d'outils
* InterMine – biologiques du système de data mining
* JBrowse – la prochaine génération de navigateur génome
* MAKER – pipeline d'annotation du génome
* Tripal – frontal Web aux bases de données Chado

La date limite pour s'inscrire est le vendredi fin de, Janvier 7, 2011.
L'admission est compétitif et est basé sur la force de la
demande, en particulier la déclaration d'intérêt. L' 2010 école avait
sur 60 les candidats pour la 25 fentes. Toute candidature reçue après
date limite sera automatiquement placé sur la liste d'attente.

Le cours requiert une certaine connaissance de Linux comme une condition préalable. L'
frais d'inscription seront $265 (seulement $53 par jour!). Il y aura une
nombre limité de bourses disponibles.

Cela peut être la seule école gmod offerts dans 2011. Si vous êtes
intéressés, vous êtes vivement encouragés à postuler en Janvier 7.

Merci,

Dave Clements