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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include something unusual: bioinformatics software becoming a mainstream discussion. A recent NYT piece about Zika genomics included a Bandage software-based illustrations, and a subsequent explainer piece in SciAm covered it. Zika was big this week. Por supuesto, we covered Bandage months ago…. A reprise and riff of Tardigate was good reading. Also this week: GBrowse for peanut, FireBrowse for the Broad, updates to manía generada, Galaxia record hit, and the opposite of update: UCSC Genome Browser in ASCII. Impersonal genomics made me laugh.


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


Vídeo punta de la semana: Yak Genome Database


Por punta vídeo de esta semana de la semana vamos a explorar la Yak Genome Database. Honestamente yo no habría predicho una semana donde hablo sobre el genoma Sasquatch, la muñeco de nieve abominable (realmente, se trataba de un artículo de Nature), y yaks. Pero la genómica es bastante salvaje en estos días.

Algunas personas son cada vez hastiado sobre el genoma nuevo cada día parece que estamos consiguiendo–Carl Zimmer lo llamó Yags: “Todavía otro genoma síndrome” un par de años ya. Pero estoy encantado cada vez que veo un nuevo genoma. Ciertamente, los comunicados de prensa están exagerando los resultados en muchos casos. Sin embargo, como Carl también señala:

Lo que queda verdaderamente emocionante es el tipo de investigación que se inicia después los genomas están secuenciados: descubrir lo que hacen los genes, mapeo de las redes en las que los genes cooperan, y la reconstrucción de la historia profunda de la vida.

Y estoy completamente de acuerdo con este. Sin embargo, Creo que los equipos de investigación que merecen un poco de cuerno tooting cuando ruedan a cabo su papel de secuenciación. La base para el trabajo futuro que hay que hacer, y es necesario que se disponga en un análisis inicial. Entonces se convierte en disponible para que otros tomen ese trabajo adicional y para que el equipo para continuar aprendiendo más.

La otra gran cosa acerca de la reducción de precios en la secuenciación y el acceso de nuevos grupos de investigación es la variedad de especies que ahora vemos venir a lo largo de. Hongos. Los árboles de abedul. Cotorra puertorriqueña. Sandía. Plátanos (con el diagrama de Venn mejor en los documentos del genoma hasta ahora). Algunas de ellas son especies que sólo pequeños grupos de investigación se han centrado en antes. Sin embargo, los datos de la secuencia conduce a posibles novedades tantos en nuestra comprensión de su nicho biológico. Tal es el caso con los yacs.

Yaks probablemente no en el radar de muchos investigadores americanos. Pero esto es una especie importante agrícolas para el Tíbet. También tiene adaptaciones climáticas que son útiles para entender. Si continuamos enfrentando las alteraciones climáticas potencialmente rápidos, hay un montón de cosas que vamos a querer saber acerca de cómo las especies se adaptan a los diferentes escenarios. Tal vez tengamos que ayudar a protegerlos de los agentes patógenos emergentes. Tal vez tengamos que ayudar a convencer a algunos a diferentes ciclos de reproducción. Y cuanto más datos que tenemos sobre las especies, el mejor.

Sin embargo, la “grande” genoma de los centros de datos no siempre son capaces de absorber nuevas especies y apoyado por menor rapidez. Han financiación problemas de enfoque y recursos limitados también. Así que estos grupos de especies a menudo son los que tienen que ofrecer acceso genoma se. Muy a menudo veo a estos grupos son la creación de una instalación de GBrowse. Por lo tanto la comprensión de cómo interactúan con el software puede ser muy útil al buscar nuevas ideas de nuevos genomas.

Por eso te ofrecemos la Base de Datos del Genoma Yak:

Se utilizó el Generic Genome Browser (GBrowse) desarrollado como parte del proyecto de base de datos Tipo general del Organismo (GMOD; http://gmod.org / wiki / GMOD) de visualizar el genoma de la yak [7]. Además, genes predichos, variantes de nucleótidos simples (SNVS), múltiples tipos de conjuntos de ARN y repeticiones contenidas dentro de la YGD puede ser visualizado utilizando GBrowse.

Tener una navegación alrededor del genoma yak. En el documento de navegador que destacar la página gen ARG2 en la figura 1, y la región del receptor GPR125 acoplado a proteína G en la figura 2. Voy a demostrar que en el vídeo, así.

 

Enlace rápido:

Yak Genome Database: http://me.lzu.edu.cn/yak/

Referencias:

Hu, Q., Pero, T., B.ng, K., Xu, T., Liu, J., & Qiu, Q. (2012). La base de datos del genoma Yak: una base de datos integral para el estudio de la biología de yak y adaptación a gran altitud BMC Genomics, 13 (1) DOI: 10.1186/1471-2164-13-600

Qiu, Q., Zhang, G., Pero, T., Qian, W., B.ng, J., Os, Z., Alto, C., Hu, Q., Kim, J., Larkin, D., Auvil, L., Capitanu, B., Pero, J., Lewin, H., Qian, X., LARGO, Y., Zhou, R., B.ng, L., B.ng, K., Xia, J., Liao, S., Pan, S., Lu, X., Mantener, H., B.ng, Y., Canción, X., Yin, Y., Pero, H., Zhang, J., B.ng, Z., Zhang, Y., Zhang, D., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Zhong, Y., Liu, W., Zhang, Y., Huang, Z., Zhang, S., Largo, R., Yang, H., B.ng, J., Lenstra, J., Tonelero, D., Wu, Y., B.ng, J., Shi, P., B.ng, J., & Liu, J. (2012). El genoma de yak y la adaptación a la vida en la altura Nature Genetics, 44 (8), 946-949 DOI: 10.1038/ng.2343

Stein, L. (2002). El Genoma del navegador genérico: Un bloque de construcción para una base de datos de modelo del sistema Organismo De Investigación del Genoma, 12 (10), 1599-1610 DOI: 10.1101/gr.403602

Vídeo Consejo de la semana: Mariposas navegando con GBrowse y Ensembl

Un par de meses atrás, cuando el Heliconius (Cartero) Mariposa de papel del genoma fue puesto en libertad, llegamos a ver otro ejemplo de cómo las nuevas tecnologías de secuenciación nos están dando acceso a los datos del genoma de más y más–en especies que no son los principales organismos modelo. Mariposa Monarca datos del genoma había sido puesto en libertad antes que a su vez. Y puede que no sepa que hay un gran esfuerzo para conseguir que miles de genomas de insectos–el proyecto i5k. Creo que eso es lo que más me gusta de donde estamos hoy: podemos examinar más especies con más detalle de lo que nos encontramos ante. No sólo tenemos datos interesantes del marco secuencia del genoma, pero información interesante acerca de las especies relaciones evolutivas, y las características de la biología interesantes y novedosas se pueden explorar y. Me refiero a–el genoma humano y sus variaciones son grandes–pero las mariposas monarca tienen una brújula solar! ¿No es genial??

Y al igual que la mayoría de los trabajos del genoma de hoy, sólo una fracción de los datos que se obtuvo en el cuerpo principal del documento. La “ejemplos convincentes” podría estar allí. Pero del “12,699 predijo la codificación de proteínas de los genes” de los Heliconius genoma, sólo un puñado son realmente cuenta en el texto. A puñados más en algunas cifras. El documento anterior de la mariposa monarca entregado “un conjunto de 16,866 la codificación de proteínas de los genes” (y 10 suplementos más allá del papel!). Pero para acceder a los datos por sí mismo y comparar a los genes y especies de interés que necesita para convertir a los navegadores que acompañan a los periódicos.

En este caso tienes dos opciones para los estilos de tu navegador: la Heliconius Consorcio del Genoma (autores del trabajo) mantener una instalación GBrowse en su Butterflygenome.org sitio. El grupo Monarca tiene una GBrowse a MonarchBase. Además, los datos tanto también se incluyen ahora en Ensembl como del julio 2012 liberación 15. [nota: ver los detalles administrativos en los comentarios - mm]

Para la punta de esta semana que vuelan alrededor de los GBrowsers específicas de cada especie a los grupos recogidos en Ensembl. Es muy bueno tener los sitios específicos de la especie para la profundidad de la información sobre los proyectos y recursos, pero también es bueno tener las herramientas adicionales y las pantallas de los navegadores más grandes del genoma. Navegadores de la comunidad pueden ofrecer datos muy actuales y nuevos que aún no se podrían incluir en los navegadores super-, y los navegadores super-pueden ofrecer herramientas adicionales y de infraestructura que no se dispone de los navegadores de la comunidad. Su mejor apuesta es ser consciente de ambos, y para sentirse cómodo con las características principales del software y sus fortalezas y debilidades.

Los errores están viniendo–y muchas de ellas. Estar preparado. Y ten cuidado: buscar la superhéroe de la derecha

Nota: He sido incapaz de localizar el genoma Mothra que ha estado toda la atwitter en el último par de días.

Enlaces rápidos:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Metazoa: http://metazoa.ensembl.org/

i5k insectos y otros artrópodos Iniciativa de Secuenciación del Genoma http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

Si usted vino a buscar fotos de mariposas, tratar este: http://www.butterfliesandmoths.org/ Este es también un sitio de ciencia ciudadana, donde usted puede enviar sus propias observaciones–Yo lo he hecho en el pasado.

Referencias:

Dasmahapatra, K.K., Walters, J.R., Briscoe, DC, Davey, J.W., Whibley, A., Nadeau, N.J., Zimin, A.V., Hughes, D.S.T., Ferguson, L.C., Martin, S.H. & (2012). Mariposa del genoma revela el intercambio promiscuo de adaptaciones mimetismo entre las especies, Naturaleza, DOI: 10.1038/nature11041

Zhan, S., Esmerejón, C., Boore, J. & Reppert, S. (2011). La mariposa monarca produce comprensión del genoma en migración de larga distancia, Célula, 147 (5) 1185. DOI: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, AbT.l. & Hansson, B. (2011). Como corresponde a un genoma de un Monarca, Célula, 147 (5) 972. DOI: 10.1016/j.cell.2011.11.009

Kersey, P. J., Staines, D.M., Lawson, D., KULESHA, E., Derwent, P., Humphrey, Jesús Cristo, Hughes, D.S.T., Keenan, S., Kerhornou, A., Koscielny, G. & (2011). Genomas Ensembl: un recurso de integración de datos a escala del genoma de especies de vertebrados no-, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D97. DOI: 10.1093/nar/gkr895

Consejo del la Semana: MaizeGDB Genoma Browser & otros videos


Ocasionalmente altamente consejos y tutoriales de vídeo de otros sitios. Hoy me gustaría señalar que MaizeGDB. El año pasado la gente de MaizeGDB destacaron sus tutoriales en vídeo en la base de datos, Como afirman en el resumen:

Tutoriales en vídeo son una forma efectiva para que los investigadores aprenden rápidamente cómo utilizar las herramientas en línea que ofrece bases de datos biológicas.

Nosotros obviamente estar de acuerdo aquí en OpenHelix. Tenemos más de 100 tutoriales completos y 200 Consejos de acuerdo :D.

Integrado por encima de es su tutorial sobre el uso del Genoma del navegador MaizeGDB (v2). Ellos han siete tutoriales adicionales sobre sus recursos tales como la forma de encontrar una posición del mapa genético de un locus y haciendo un fenotipo de búsqueda. En esa página de tutoriales que también tienen enlaces a varios otros tutoriales de otros en la investigación del maíz y MaizeGDB.

Usted puede aprender más acerca de MaizeGDB de nuestro blog. Destacamos MaizeGDB en varios posts de los últimos años de su crónica pasar a GBrowse, es el éxito y su experiencia.

Enlaces de interés:
MaizeGDB
MaizeGDB tutoriales
GBrowse
OpenHelix GBrowse Tutorial
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Cannon EK, Braun BL, Birkett SM, Lawrence CJ, & Sen TZ (2011). El genoma MaizeGDB Browser tutorial: un ejemplo de base de datos de alcance a los biólogos a través de video. Base de datos : la revista de bases de datos biológicos y la preservación, 2011 Palabras: 21565781

Anuncio de materiales didácticos Actualizado: UniProt, Resumen de navegadores del genoma, La Vuelta al Mundo y de los Recursos

Como muchos de ustedes saben, OpenHelix se especializa en ayudar a las personas a acceder y utilizar la mina de oro de datos públicos biociencia para futuras investigaciones. Una de las maneras en que podemos hacerlo es mediante la creación de materiales para capacitar a las personas – los investigadores, los médicos, bibliotecarios, y cualquier persona interesada en la ciencia - sobre dónde encontrar los datos que están interesados ​​en, y la forma de acceder a los datos en determinadas bases de datos públicas y repositorios de datos. Tenemos más de 100 tutoriales como en todo, desde PubMed a la Funcionales de puerta de enlace Glicómica (lo veremos más adelante).

Además de la creación de estos tutoriales, nosotros también pasamos mucho tiempo para mantenerlos precisa y al día. Este puede ser un desafío, especialmente cuando muchas de las bases de datos o recursos tienen grandes lanzamientos al mismo tiempo. Nuestro equipo evalúa y actualiza continuamente nuestros materiales y en este post estoy feliz de anunciar actualizaciones publicadas recientemente a tres de nuestros tutoriales: UniProt, La Vuelta al Mundo, y visión general de los navegadores del genoma.

Nuestro Introductorio UniProt tutorial muestra a los usuarios cómo: realizar búsquedas de texto en UniProt proteína para obtener información relevante, búsqueda con secuencias como un punto de partida, entender los diferentes tipos de UniProt archivos, y crear múltiples alineamientos de secuencias de proteínas utilizando Clustal registros.

Nuestro Resumen de navegadores del genoma introduce a los usuarios a introducir Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, la Genomas microbianos integrado (IMG) navegador, y el sistema de software GBrowse. Igualmente se aborda en WebGBrowse, JBrowse, la Visor de Genómica Integrativa (IGV), la ARGO Genome Browser, la Genoma del navegador integrado (IGB)Manada, y el Circular del Genoma Visor, o CGView.

Nuestro La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica es gratuita y accesible sin necesidad de registro. Se incluye un recorrido por los recursos ejemplo, organizados por categorías tales como Algoritmos y herramientas de análisis, recursos de la expresión, genoma navegadores (ambos Eucariotas y Procariotas / Microbial) , La literatura y el texto los recursos mineros, y recursos enfocados en nucleótidos, proteínas, vías, la enfermedad y la variación. Esta discusión principal se llevará a una discusión sobre cómo encontrar los recursos con el libre OpenHelix Recursos Búsqueda en el portal, seguida de aprender a utilizar los recursos con tutoriales OpenHelix, y una discusión de nuevos métodos de aprendizaje sobre los recursos.

Enlaces rápidos:

OpenHelix introductoria UniProt tutorial conjunto: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix general a la habitación tutorial Genoma navegadores: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

OpenHelix Free Tour Mundial de la suite de Genómica tutorial Recursos: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Ahorro de sus puntos de vista del genoma: Ensembl (y UCSC Genome Browser, otros)

En el última actualización de Ensembl, los desarrolladores añade la posibilidad de guardar configuraciones. Esto le permite establecer sus puntos de vista de pista y análisis para una configuración específica y cargar esa configuración en un momento posterior. La entrada en el blog vinculado previamente (o aquí) explica los pasos para crear sus propias configuraciones se pueden guardar y volver a. En el futuro se va a añadir la posibilidad de compartir las configuraciones con los colegas y otros investigadores.

UCSC tiene una función similar que convocar a sesiones. Usted puede leer más al respecto aquí en nuestro blog o ir a la sesiones guía del usuario en la UCSC.

Que yo sepa, NCBI Map Viewer no tiene la misma funcionalidad (por favor, corríjanme si me equivoco).

GBrowse tiene la posibilidad de guardar sesiones, pero ya que es un programa de código abierto, que dependerá de la instalación específica de si esa función está disponible.

Vídeo Consejo de la semana: Mitocondrial transcriptoma GBrowser

Subtitulado: los datos no están en los periódicos ya. Otra vez. Y de nuevo.

A medida que el diluvio de datos sigue, y las configuraciones de secuenciación de próxima generación y laboratorios continúan poner hacia fuera más y más datos, los detalles no pueden ser capturados en los periódicos más. Ellos simplemente no pueden. Los autores pueden resumir las principales conclusiones, y mostrar ejemplos convincentes y piezas representativas. Pero simplemente no puede mostrar el volumen de datos que comprende la obra completa de un determinado proyecto más.

Este es un punto seguimos martillando sobre. Saber cómo utilizar con eficacia el software que almacena y muestra estos datos es ahora tan importante como aprender a leer las publicaciones en el primer lugar. En la edad de piedra cuando estaba en la escuela de posgrado, la mayor parte de lo que usted necesita para comprender a partir de un documento estaba dentro del texto y las figuras en el cuerpo principal. Esos días han pasado de la genómica, y nunca van a volver. Sin embargo, el software también tiene sus limitaciones. Voy a llegar a que más tarde…

Yo estaba alertado de este interesante artículo en Google por Robert West (pero el tema específico fue unlinkable, triste). La investigación incluye el análisis del transcriptoma mitocondrial humano. Que incluso como una especie 1-off de la evaluación hubiera sido interesante. Pero este grupo evaluó el transcriptoma en los tejidos más de una docena y las líneas celulares. Eso es un montón de datos.

Y el artículo resume puntos destacados–como el hecho de que el transcriptoma varía por el tejido. Corazón y los músculos tienen diferentes necesidades de energía y parece que se refleja en sus mitocondrias en el nivel de abundancia de transcripción. Y hay un excelente Circos diagrama (Figura 1) para resumir mucho de lo que se examinó y se asigna.

Sin embargo,: no hay manera de transmitir en una publicación tradicional de todos los resultados. No. Forma. Y sí, Me doy cuenta de que hay 6 suplementos grandes adjunta al presente documento. Pero eso todavía no es lo suficientemente bueno.

Estoy encantado de informar que no es un navegador de genoma completo prevista una gran parte de estos datos: http://mitochondria.matticklab.com . Que se da bomb, En mi humilde opinión.

Así, en la punta de esta semana de la semana le mostrará cómo ver los datos de este trabajo en la costumbre GBrowse que fue construido para este trabajo. Vamos a echar un vistazo a cómo se muestran las pistas que desea explorar.

Tan grande como este navegador especial, aunque, este papel me hizo consciente de la limitación de esta representación, así. El equipo de investigadores también estaba interesado en codificada en el núcleo genes de las proteínas mitocondriales. También es intrigante pensar en–porque también se puede imaginar el tejido cuestiones específicas en torno a la expresión de genes nucleares que afectan las funciones de las mitocondrias. Pero lo que no se puede hacer en este navegador es la capa que en. Me refiero a, Me puedo imaginar una forma de chapuza que, en conjunto, de hecho,. Se podría añadir a los genes en un extremo de la representación lineal, con algunos separadores, y una especie de falsa hacia fuera. Como esto me refiero pretenden que ésta es la secuencia de referencia:

=== === Nuclear gene1 nuclear gene2 === nuclear gene3 === === genoma mitocondrial

Y entonces usted podría comparar todos juntos. Pero sin duda es un trabajo en torno más que una visualización compleja reales. Necesitamos mejores herramientas de visualización. (He aquí un pensamiento que una costumbre Caleydo que el trabajo, pero yo estaría interesado en otras ideas también).

Así que eso es lo que pienso, para resumir: los datos no sale en los periódicos; tiene que ser tan expertos en software que se encuentran en la lectura; y que necesitamos más y mejores herramientas de visualización. Pero esto era un ejemplo fresco de todos los que, además de un conjunto muy bueno e informativo de los resultados. He estado pensando en esto por un tiempo desde que lo leí. Y esas son mis papeles favoritos–los que me hacen pensar en un montón de cosas diferentes.

Enlaces rápidos:

Navegador humanos transcriptoma mitocondrial: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

De referencia:
Mercer, T., Neph, S., Dinger, M., Crawford, J., Herrero, M., SJ.arwood, A., Haugen, E., Helecho, C., Rackham, O., Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., y Mattick, J. (2011)., E., Helecho, C., Rackham, O., Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., & Mattick, J. (2011). El transcriptoma mitocondrial humano Célula, 146 (4), 645-658 DOI: 10.1016/j.cell.2011.06.051

Consejo de la semana: CompaGB software para comparar el genoma del navegador

Aquí en OpenHelix pensamos mucho sobre las diferencias entre el software nominalmente similar que cumplirá una tarea determinada. Por ejemplo, en nuestros talleres a menudo nos preguntan sobre las diferencias entre los navegadores del genoma. Aunque UCSC patrocina los talleres y materiales de capacitación en su navegador, sabemos que no son el genoma navegador sólo por ahí y se puede hablar de todos ellos–de hecho,, que es una de las mejores cosas de ser separados de la UCSC o un proveedor de herramientas de software específicas / donación–podemos hablar de todo el mundo! Y nuestra respuesta es generalmente algo como esto:

El fundamento básico de la “secuencia de referencia oficial” suele ser el mismo en todos los principales navegadores. Sin embargo, de elegir la forma de organizar la pantalla, las herramientas para mostrar / ocultar los datos de anotación, y la consulta personalizada y opciones de visualización varían. Pero en general todos tienen algún mecanismo de esta. Para mí, por lo general la elección se reduce a lo que los datos que necesito para ver–y cómo las herramientas de software que se me muestra que ya me permite interactuar con él.

Sé que es en gran medida el punto de vista del usuario final, pero eso es lo que es asistir a nuestros talleres. Recuerdo que hablando con un chico en nuestro stand de la conferencia que sólo quería usar un genoma navegador con la pantalla de secuencia de referencia organizados verticalmente. Yo le di Map Viewer. Algunas personas necesitan una determinada especie–y no importa lo bueno que el software es, si la especie no está en la investigación no, que simplemente no importa…. He visto super-usuarios en Twitter se quejan de la mirada de los antecedentes en un navegador u otro. Que no tiene mucho que ver con mi elección–pero tengo que decir que me odian “oculto” los menús y las funciones que han de flotar y cavar para encontrar, en general. Lo que no vemos es simplemente imposible saber lo que un usuario final.

Pero, francamente, cuando estoy en busca de algunos detalles en una región determinada para un uso de la investigación, A menudo explorar todos los navegadores que conocemos por sus diferencias en la pantalla y los datos disponibles para mostrar–para asegurarse de que no me falta nada. No se necesita tanto tiempo para usarlos todos (si usted sabe su manera alrededor de, y creo que puedo hacer…).

Sin embargo, un grupo ha tratado de cuantificar las diferencias entre las herramientas de software de una manera estandarizada con con indicadores específicos. Un grupo de INRA ha reunido y evaluado diversas características de los navegadores del genoma, y ha desarrollado una base de datos donde se puede ver lo que ha comisariado. Se llama CompaGB.

Usted puede evaluar las características de uno de estos perfiles: biólogo, biólogo computacional, o informático en este momento. En este tip de la semana voy a explorar la interfaz CompaGB, desde una perspectiva biólogo del usuario final. Voy a elegir un par de navegadores para comparar, y podemos ver el tipo de cosas que el equipo anota CompaGB para darle un sentido de lo que puedes encontrar. Para los desarrolladores verás que hay diferentes métricas y que debe volver y explorar así los.

En su papel en el que describe su inspiración para este proyecto–que es QSOs. La calificación y selección de proyectos de software abierto Fuentes ofrece un modelo y un marco para estandarizar la descripción de las características del software disponible. El marco de QSOs se ilustra en este gráfico en su página de bienvenida:

En breve, han 4 pasos: la definición de marcos de referencia adecuados para la herramienta de software; evaluar las características; calificar las características de un mecanismo de ponderación, y seleccionar la herramienta adecuada.

Usted puede ver cómo el equipo CompaGB integrado estas ideas en su base de datos de las comparaciones de genoma navegador. Que le permiten elegir los criterios que usted está interesado en, y ofrece una pantalla gráfica de radar, así como una representación tabular de los resultados así que usted puede considerar la visión de conjunto o detalles de la.

Hay decenas de “completo, limitada / media, y los pobres” pero no un montón de detalles en que. Los investigadores evaluaron las herramientas de 4 secciones: (1) rasgos técnicos, (2) los datos contenidos, (3) Interfaz gráfica de usuario, y (4) edición de anotación y la creación. Aparentemente no hay competencia del traje de baño. Abajo.

El documento dice que 4 diferentes evaluadores examinaron las herramientas (en este momento 7 genoma navegador diferente: Mugen, GBrowse, UCSC, Ensembl, Artemis, JBrowse, Frivolidad). Ellos tienen números de versión–por ejemplo, se puede comparar la 2 ampliamente utilizado versiones GBrowse ahora. ¿Con qué frecuencia éstos se re-evaluado no sé. Y la manera de comparar las diferentes instalaciones de GBrowse en diferentes lugares no es claro para mí–que puede variar mucho por lo que el equipo del proyecto quiere y necesita para poner en práctica.

Un evaluador hizo cada herramienta en la mayoría de los casos. Y se dice que los resultados fueron enviados a los proveedores de bases de datos para el control de. No tengo ni idea de lo que fue enviado a la UCSC en el tema de capacitación… [*tos * Tengo problemas con los detalles de puntuación de la UCSC formación, por ejemplo ... Sí, hacemos talleres y también lo hace la UCSC. Un montón de talleres en todo el mundo, hemos diapositivas y ejercicios ... te voy a mostrar en la punta, donde lo vi.] Ellos animan a los usuarios comentar o sugerir en su sitio web si usted tiene información adicional–Yo lo desea, puede añadir algunos detalles más adelante ;) Y parece posible crear nuevos elementos y conservar, pero yo no lo he probado. También dicen que son re-improvisando el proceso de evaluación en el futuro para simplificarlo.

Sin embargo,…esta declaración en su artículo me ha sorprendido:

El navegador UCSC nativa muestra una amplia gama de anotaciones humanos, incluyendo comparaciones entre especies. Estrategia subyacente navegador UCSC se centra en la centralización de datos en los servidores de la UCSC y, por lo que sabemos, ningún laboratorio externo ha instalado de forma local con el propósito de almacenar y navegar por sus propios datos.

Ummm–en. Hablamos con la gente por todo el lugar que mantienen las instalaciones locales de la UCSC. Muy a menudo en situaciones hospitalarias donde la privacidad de datos de pacientes es un tema importante que se instala locales; algunas empresas que han. Pero hay otros, así–entre ellos un montón de espejos en todo el mundo. Hay una lista completa de correo por separado donde la gente hablar de sus problemas con sus propias instalaciones. Pero también hemos visto la infraestructura de la UCSC utilizado para otras especies que no es compatible con la UCSC como VIH, malaria, fago navegadores, y más. Tal vez esta configuración inusual del software en la UCSC Epigenética Hub Visualización Sería interesante tener en cuenta. Y sabemos que el equipo UCSC consulta con los grupos y ayuda a que lo hagan. Y, por cierto–Mencionamos en nuestros tutoriales y talleres que hemos hecho en todo el mundo que las demás instalaciones son posibles y disponibles. Y sabemos que los materiales que ofrecemos se utilizan en muchos países a hacer capacitaciones locales, así.

Así que fue un interesante intento de medir las características del software, y entiendo por qué lo intento, pero parece difícil de escala y mantener. Y la estrategia de curación tendrán que ser considerados al evaluar los datos. Estos se pueden corregir si el proyecto avanza más allá de este conjunto de principios de los navegadores y se ramifica a otros tipos de software de código abierto. Realmente es difícil saber lo que vale la pena gastar su tiempo en, Admito. Y es por eso que esperamos los usuarios finales tener una mirada en nuestros materiales de formación para introducirse en un sitio específico y ver si se adapta a sus necesidades, y pueden patear los neumáticos con los ejercicios.

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Enlaces rápidos

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

QSOs: http://www.qsos.org/

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De referencia
Lacroix, T., Loux, V, Gendrault, A., Gibrat, J., & Chiapello, H. (2011). CompaGB: Un marco abierto para la comparación del genoma navegadores BMC Apuntes de investigación, 4 (1) DOI: 10.1186/1756-0500-4-133

Reunión de la comunidad anunció GMOD

Un rápido FYI–sólo llegó a mi bandeja de entrada:

¡Hola,

Me complace anunciar formalmente pre-inscripción para la próxima reunión de la comunidad GMOD que tendrá lugar en octubre 12-13 en Toronto, Ontario, Canadá, organizado por el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer.

La página web de la reunión está aquí: http://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

y mientras que todavía está en construcción, la página de registro debe estar disponible a finales de la próxima semana, junto con información sobre el orador principal(con) y la logística como hoteles. Por el momento, Les insto a ir a la página de la reunión y agregar temas propuestos y habla con la sección correspondiente.

Finalmente, la reunión en sí será limitada en tamaño, así que cuando el registro está abierto, Les insto a que se inscriban lo antes posible, ya que podría tener que cerrar el registro cuando estamos llenos.

Gracias y espero verlos en Toronto, Scott

Enlace a la carta en el archivo GMOD anunciar la lista de correo.

GMOD 2011 Entrenamientos de Primavera anunció; aplicaciones disponibles

De los éteres viene la palabra de los entrenamientos de primavera GMOD. He oído lo valioso que estos son para la gente que está trabajando con las herramientas genéricas de organismos modelo como GBrowse, Apolo, Chado, y más desde la perspectiva de instalación / configuración. (Nuestros entrenamientos se centran en los usuarios finales.) Y esta vez también se lista Galaxia como una de las herramientas que serán de formación en! He aquí el texto completo, con los enlaces para obtener más información:

Las solicitudes están siendo aceptadas para la 2011 GMOD los entrenamientos de primavera
curso, una práctica en cinco días los centros educativos para la enseñanza de nuevas GMOD
los administradores cómo instalar, configurar e integrar GMOD populares
componentes. El curso se llevará a cabo de marzo 8-12 en el Nacional de EE.UU.
Centro de Síntesis Evolutiva (NESCent) en Durham, Carolina del Norte, como
parte de América GMOD 2011.

Enlaces:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

Estos componentes serán cubiertos:
* Apolo – genoma editor de anotaciones
* Chado – esquema de la base biológica
* Galaxia – flujo de trabajo del sistema
* GBrowse – genoma espectador
* GBrowse_syn – synteny espectador
* GFF3 – la anotación del genoma archivo de formato y herramientas
* internacionales mina – biológica de datos del sistema minero
* JBrowse – la próxima generación del navegador del genoma
* MAKER – genoma de tuberías anotación
* Tripal – Web front-end para bases de datos de Chado

La fecha límite para solicitar es el final del viernes, De enero 7, 2011.
La admisión es competitiva y está basada en la fuerza de la
aplicación, especialmente la declaración de interés. La 2010 escuela había
encima 60 los solicitantes de la 25 ranuras. Cualquier solicitud recibida después de
plazo se coloca automáticamente en la lista de espera.

El curso requiere un cierto conocimiento de Linux, como requisito previo. La
cuota de inscripción se $265 (sólo $53 por día!). Habrá un
número limitado de becas disponibles.

Esto puede ser la única escuela que ofrece en GMOD 2011. Si usted está
interesado, se le recomienda encarecidamente a aplicar en enero 7.

Gracias,

David Clements