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Freitag SNPpets

In dieser Woche SNPpets sind etwas Ungewöhnliches: Bioinformatik-Software zu einem Mainstream-Diskussion. Eine kürzlich NYT Stück über Zika Genomik enthalten ein Bandage softwarebasierte Abbildungen, und eine nachfolgende Erklärer Stück in SciAm bedeckt es. Zika war groß in dieser Woche. Natürlich, wir bedeckt Bandage Monate vor…. Eine Reprise und Riff von Tardigate war gut lesen. Auch in dieser Woche: GBrowse für Erdnuss, FireBrowse für die Broad, Aktuelles zu GeneMania, Galaxy Rekord-Hit, und das Gegenteil von Aktualisierungs: UCSC Genome Browser in ASCII. Unpersönliche Genomik hat mich zum Lachen.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


Video Tipp der Woche: Yak Genome Database


Für diese Woche das Video Tipp der Woche werden wir erkunden die Yak Genome Database. Ehrlich gesagt, ich würde nicht eine Woche, wo ich reden über die Sasquatch Genom vorhergesagt, der abominable snowman (wirklich, es war eine Zeitschrift Nature), und Yaks. Aber Genomik ist ziemlich wild in diesen Tagen.

Einige Leute werden immer jaded über das neue Genom wir jeden Tag zu sein scheinen immer–Carl Zimmer nannte es Lehnen: “Noch ein weiterer Genom Syndrom” ein paar Jahren schon. Aber ich bin jedes Mal, wenn ich ein neues Genom freuen. Sicherlich sind die Pressemitteilungen sind overselling die Ergebnisse in vielen Fällen. Allerdings, Als Carl auch darauf hin,:

Was bleibt wirklich spannend ist die Art von Forschung beginnt nach die Genome sequenziert werden: entdecken, was Gene tun, Kartierung der Netze, in denen Gene zusammenarbeiten, und die Rekonstruktion und die Geschichte des Lebens.

Und ich stimme völlig mit dieser. Allerdings, Ich denke, die Forschungsteams verdienen ein bisschen horn-Tuten, wenn sie ihre Sequenzierung Papierrollen. Das Fundament für die künftige Arbeit getan werden muss, und es braucht, um sich mit einigen anfänglichen Analyse zur Verfügung. Dann wird es für andere verfügbar, um diese Arbeit weiter gehen und für das Team weiter um mehr zu erfahren.

Die andere große Sache über die Preissenkung in Sequenzierung und den Zugang von neuen Arbeitsgruppen ist das Spektrum der Arten, die wir jetzt sehen, kommen zusammen. Pilze. Birken. Puerto Rican Papageien. Wassermelone. Bananen (mit den besten Venn-Diagramm in der Genom-Papiere so weit). Einige von ihnen sind Arten, die nur kleine Arbeitsgruppen haben, bevor konzentriert. Aber die Sequenzdaten führt zu so vielen potenziellen Neuheiten in unserem Verständnis ihrer biologischen Nische. Dies ist der Fall mit Yak.

Yaks sind wahrscheinlich nicht auf dem Radar von vielen amerikanischen Forschern. Aber dies ist eine wichtige landwirtschaftliche Pflanzenarten für Tibet. Es hat auch Klima Anpassungen, die nützlich zu verstehen sind. Wenn wir weiterhin potenziell schnellen Klima Veränderungen konfrontiert, es gibt eine Menge Dinge, die wir gehen zu wollen, wie Arten, unterschiedliche Szenarien anzupassen wissen, sind. Möglicherweise müssen wir helfen, schützen sie vor auftauchende Krankheitserreger. Möglicherweise müssen wir helfen, Koax einige verschiedene Fortpflanzungszyklen. Und je mehr Daten wir über die Arten, desto besser.

Allerdings, der “groß” Genom Rechenzentren sind nicht immer in der Lage, neue und weniger unterstützten Arten schnell aufnehmen. Sie haben die Finanzierung Schwerpunktthemen und begrenzten Ressourcen zu. So sind diese Arten-Gruppen sind oft diejenigen, die zu liefern Genom Zugang selbst haben. Meist Ich sehe diese Gruppen die Einrichtung einer Installation von GBrowse. So verstehen, wie man mit dieser Software interagieren kann wirklich hilfreich sein, wie Sie nach neuen Erkenntnissen zu sehen von neuen Genome.

So biete ich Ihnen die Yak Genome Database:

Wir nutzten die Generika Genome Browser (GBrowse) entwickelt als Teil des Generic Model Organism Database-Projekt (GMOD; http://gmod.org / wiki / GMOD) das Genom des yak visualisieren [7]. Darüber hinaus, vorhergesagten Gene, Einzel-Nukleotid-Varianten (SNVs), mehrere Arten von RNA-Sets und Wiederholungen innerhalb der YGD enthaltenen visualisiert mit gbrowse sein.

Haben Sie eine browse um die yak Genom. Im Browser Papier, das sie unterstreichen die ARG2 Gens in Abbildung 1, und der Bereich des GPR125 G-Protein gekoppelten Rezeptor in Abbildung 2. Ich werde das in dem Video zu zeigen, wie gut.

 

Quick-Link:

Yak Genome Database: http://me.lzu.edu.cn/yak/

Referenzen:

Hu, Q., Aber, T., Wang, K., XuK.span>, Z., Sanders-Lorenz, E., Axen, S., Kim, E., Johns, M., Scott, K., & Kerfeld, C. (2010). Einbeziehung Genomik und Bioinformatik über die Life Sciences Curriculum PLoS Biology, 8 (8) DOI: 10,1371 / journal.pbio.1000448, T., Liu, J., & Qiu, Q. (2012). Die Yak-Genom-Datenbank: eine integrative Datenbank für Studium yak Biologie und Höhen-Anpassung BMC Genomics, 13 (1) DOI: 10.1186/1471-2164-13-600

Qiu, Q., Zhang, G., Aber, T., Qian, W., Wang, J., Ihr, Z., Hoch, C., Hu, Q., Kim, J., Larkin, D., Auvil, L., Capitanu, B., Aber, J., Lewin, H., Qian, X., Lang, Y., Zhou, R., Wang, L., Wang, K., Xia, J., Liao, S., Pfanne, S., Lesen, X., Halten, H., Wang, Y., Song, X., Yin, Y., Aber, H., Zhang, J., Wang, Z., Zhang, Y., Zhang, D., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Zhong, Y., Liu, W., Zhang, Y., Huang, Z., Zhang, S., Lange, R., Yang, H., Wang, J., Lenstra, J., Cooper, D., Wu, Y., Wang, J., Shi, P., Wang, J., & Liu, J. (2012). Der Yak Genom und Anpassung an das Leben in großer Höhe Nature Genetics, 44 (8), 946-949 DOI: 10.1038/ng.2343

Krug, L. (2002). Der Generic Genome Browser: Ein Baustein für ein Model Organism System Database Genomforschung, 12 (10), 1599-1610 DOI: 10.1101/gr.403602

Video Tipp der Woche: Browsing Schmetterlinge mit GBrowse und Ensembl

Ein paar Monate zurück, wenn der Heliconius (Briefträger) Schmetterlings-Genom Papier wurde veröffentlicht, bekamen wir ein anderes Beispiel dafür, wie die neuen Technologien Sequenzierung geben uns Zugang zu mehr und mehr Genomdaten sehen–bei Arten, die nicht die wichtigsten Modellorganismen. Monarchfalter Genomdaten hatte vor, dass freigelassene sowie. Und Sie wissen vielleicht nicht, dass es einen riesigen Aufwand, um Tausende von Insekten-Genome erhalten–das Projekt i5k. Ich denke, das ist mein Favorit, was ungefähr wo wir heute stehen: Wir können mehr Arten genauer zu untersuchen, als wir jemals zuvor. Nicht nur, dass wir interessante Details aus der Genomsequenz Rahmen, aber interessante Infos über Art evolutionären Beziehungen, und faszinierende Biologie und neuartige Funktionen können ebenso erforscht werden. Ich meine,–das menschliche Genom und seine Variationen sind groß–aber Monarchfalter eine Sonnenkompass! Wie cool ist das??

Und wie die meisten Genom Papiere heute, nur ein Bruchteil der Daten, die erhalten ist im Hauptkörper des Papiers. Das “überzeugende Beispiele” könnte es sein,. Aber der “12,699 vorhergesagte Protein kodierenden Genen” der Heliconius Genom, nur eine Handvoll wirklich im Text angesprochen. Ein paar weitere Handvoll in einigen Zahlen. Der frühere Monarch-Schmetterling Papier geliefert “ein Satz von 16,866 Protein-kodierenden Genen” (und 10 Ergänzungen über das Papier!). Aber für den Zugriff auf die Daten selbst und vergleichen Sie Ihre Gene und Arten von Interesse müssen Sie den Browser machen, die sie begleiten die Papiere.

In diesem Fall haben Sie zwei Möglichkeiten für die Browser-Stile: der Heliconius Genome Consortium (Autoren des Artikels) Aufrechterhaltung eines gbrowse Installation bei ihrer Butterflygenome.org Site. Der Monarch Gruppe hat eine gbrowse am MonarchBase. Darüber hinaus, die Daten für beide ist auch jetzt in inbegriffen Ensembl Als der Juli- 2012 Freigabe 15. [beachten: siehe administrativen Details in den Kommentaren - mm]

Für diese Woche Tipp, den wir fliegen um von den artspezifischen GBrowsers zu den gesammelten Mengen an Ensembl. Es ist großartig, die Spezies-spezifische Seiten für Tiefe von Informationen über die Projekte und Ressourcen, aber es ist auch schön, die zusätzliche Werkzeuge und Anzeigen der größeren Genom Browser haben. Gemeinschaft Browser bieten sehr aktuelle und neue Daten, die noch nicht in den Super-Browser aufgenommen werden könnten, und die super-Browser bieten zusätzliche Werkzeuge und Infrastruktur, die nicht von der Gemeinde Browser verfügbar. Ihre beste Wette ist, um sich bewusst sein, sowohl, und sich bequem mit den wichtigsten Software-Features und ihre Stärken und Schwächen.

Die Bugs Are Coming–und Tausende von ihnen. Bereit sein. Und hüte dich: suchen Sie nach der Recht Superhelden

Note: Ich war unfähig, die Mothra Genom, das war alles in heller Aufregung ist für die letzten paar Tage zu lokalisieren.

Quick-Links:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Metazoa: http://metazoa.ensembl.org/

i5k Insekten und anderen Arthropoden Genome Sequencing-Initiative http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

Wenn Sie kamen auf der Suche nach Fotos Schmetterling, try this: http://www.butterfliesandmoths.org/ Dies ist auch ein Bürger der Wissenschaft Website, wo Sie Ihren eigenen Sichtungen einreichen können–Ich habe getan, dass in der Vergangenheit.

Referenzen:

Dasmahapatra, K.K., Walters, J.R., Briscoe, N.Chr., Davey, J.W., Whibley, A., Nadeau, N.J., Zimin, A.V., Hughes, D.S.T., Ferguson, L.C., Martin, S.H. & (2012). Schmetterlings-Genoms offenbart Promiscuous Austausch von Mimikry Anpassungen zwischen den Arten, Nature, DOI: 10.1038/nature11041

Zhan, S., Merlin, C., Boore, J. & Reppert, S. (2011). Die Monarch Butterfly Genome Renditen Einblicke in Long-Distance Migration, Zelle, 147 (5) 1185. DOI: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, M. & Hansson, B. (2011). Ein Genom eher zu einem Monarch, Zelle, 147 (5) 972. DOI: 10.1016/j.cell.2011.11.009

Kersey, P.J., Staines, DM, Lawson, D., Kulesha, E., Derwent, P., Humphrey, J.C., Hughes, D.S.T., Keenan, S., Kerhornou, A., Koscielny, G. & (2011). Ensembl Genomes: eine integrative Ressource für genomweite Daten aus Nicht-Wirbeltierarten, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D97. DOI: 10.1093/nar/gkr895

Tipp der Woche: MaizeGDB Genome Browser & andere Videos


Gelegentlich werden wir höchst Video Tipps und Tutorials von anderen Seiten. Heute möchte ich euch zeigen MaizeGDB. Im vergangenen Jahr die Leute bei MaizeGDB hervorgehoben ihre Video-Tutorials in Datenbank, Wie sie sagen, in ihrer abstrakten:

Video-Tutorials sind eine effektive Möglichkeit für Forscher, schnell zu lernen, wie man Online-Tools von biologischen Datenbanken angeboten verwenden.

Wir offensichtlich zustimmen hier bei OpenHelix. Wir haben über 100 voller Tutorien und 200 Tipps im Einvernehmen :D.

Embedded oben ist ihr Lernprogramm zur Verwendung des MaizeGDB Genome Browser (v2). Sie haben sieben weitere Tutorials auf ihre Ressourcen wie, wie man eine finden genetischen Karte Position eines Locus und dabei ein Phänotyp Suche. Auf dieser Seite des Tutorials haben sie auch Links zu verschiedenen anderen Tutorials von anderen auf Mais-Forschung und MaizeGDB.

Sie können mehr über MaizeGDB aus unserem Blog erfahren. Wir hervorgehoben MaizeGDB in mehreren Beiträge von den letzten Jahren ihre chronisch bewegen, um GBrowse, es ist Erfolg und ihre Erfahrung.

Nützliche Links:
MaizeGDB
MaizeGDB Tutorials
GBrowse
OpenHelix GBrowse Tutorial
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Kanone EK, Braun BL, Birkett SM, CJ Lawrence, & Sen TZ (2011). Die MaizeGDB Genome Browser Tutorial: Ein Beispiel für Datenbank Hilfsangebote für Biologen per Video. Database : The Journal of Biological Datenbanken und Kuration, 2011 PMID: 21565781

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Speichern Sie Ihre Genom views: Ensembl (und UCSC Genome Browser, andere)

In der neueste Update von Ensembl, Die Entwickler fügte die Möglichkeit, Konfigurationen zu speichern. Dies ermöglicht Ihnen, Ihr Blick auf die Rennstrecke und Auswertung auf eine bestimmte Konfiguration eingestellt und laden Sie diese Konfiguration zu einem späteren Zeitpunkt. Der Blog-Eintrag verknüpft zuvor (oder hier) erläutert die Schritte zur Erstellung eigener Konfigurationen, die Sie speichern und Rückkehr zur. In der Zukunft werden sie um die Möglichkeit, um Ihre Konfigurationen mit Kollegen und anderen Wissenschaftlern Aktien.

UCSC hat eine ähnliche Funktion nennen sie Sitzungen. Sie können mehr darüber lesen hier auf unserem Blog oder unterwegs Sitzungen Anleitung an UCSC.

Soweit ich weiß,, NCBI Map Viewer hat nicht die gleiche Funktionalität (bitte korrigiert mich wenn ich falsch liege).

GBrowse hat der Fähigkeit, Sitzungen speichern, aber da es ein Open-Source-Programm, es wird auf die spezifischen Installation auf, ob diese Funktion verfügbar ist abhängig.

Video Tipp der Woche: Mitochondriale Transkriptom GBrowser

Subtitled: die Daten nicht in der Zeitung mehr. Wieder. Und wieder.

Wie die Datenflut weiter, und die Next-Gen-Sequenzierung Setups und Labors weiterhin Kurbel mehr und mehr Daten, Einzelheiten können nicht in den Zeitungen erobert mehr sein. Sie können einfach nicht. Autoren können eine Zusammenfassung der wichtigsten Ergebnisse, und zeigen überzeugende Beispiele und repräsentative Stücke. Aber sie können einfach nicht zeigen, das Volumen der Daten, die das Gesamtwerk umfaßt ein bestimmtes Projekt mehr.

Dies ist ein Punkt, den wir halten Hämmern auf. Wissen, wie man effektiv nutzen die Software, speichert und zeigt diese Daten ist jetzt genauso wichtig wie das Lernen, wie man Publikationen in erster Linie lesen. In der Steinzeit, als ich in der Schule grad, das meiste, was man brauchte, um aus einem Papier zu erfassen war im Text und Zahlen in den Hauptteil. Diese Tage sind in der Genomik gegangen, und sie sind nie wieder. Allerdings, die Software stößt an ihre Grenzen zu. Ich werde dazu später…

Ich war zu dieser interessanten Arbeit über Google alarmiert durch Robert West (aber die spezifischen Produkt wurde Unverknüpfbarkeit, traurig). Die Forschung beinhaltet die Analyse der menschlichen mitochondrialen Transkriptom. Welche auch als 1-off Art von Beurteilung wäre interessant gewesen,. Aber diese Gruppe das Transkriptom in über einem Dutzend Geweben und Zelllinien untersucht. Das ist eine Menge von Daten.

Und das Papier fasst die wichtigsten Highlights–wie die Tatsache, dass das Transkriptom von Gewebe ist unterschiedlich. Herz und Muskeln haben unterschiedliche Energiebedarf und es scheint, in ihren Mitochondrien auf der Ebene der Transkription Fülle zum Ausdruck kommen. Und es ist eine tolle Zirkusse Diagramm (Abbildung 1) eine Menge, was sie untersucht zusammenzufassen und kartiert.

Aber: es gibt keine Möglichkeit für Sie, in einem traditionellen Publikation vermitteln all diese Ergebnisse. In. Weg. Und ja, Ich weiß, es gibt 6 große Ergänzungen im Anhang zu diesem Papier. Aber das ist noch nicht gut genug.

Ich freue mich, berichten, dass es eine ganze Genom-Browser für einen großen Teil dieser Daten zur Verfügung gestellt: http://mitochondria.matticklab.com . Das ist da bomb, IMHO.

So in dieser Woche Tipp der Woche wird zeigen, wie man an die Daten aus diesem Papier in den Custom-Look GBrowse das war für dieses Papier gebaut. Wir werden einen Blick auf, wie man die Spuren, die Sie erforschen möchten Display haben.

So groß wie dieses spezielle Browser, obwohl, dieses Papier wurde mir bewusst, der eine Beschränkung dieser Darstellung sowie. Das Team von Forschern interessierte sich auch für Atom-kodierten Gene für mitochondriale Proteine. Auch interessant zu denken–denn man kann sich auch vorstellen, Gewebe-spezifische Fragen rund um nukleare Genexpression beeinflussen die Funktionen der Mitochondrien. Aber was kann man nicht in diesem Browser tun, ist Schicht, die auf. Ich meine,, Ich kann mir vorstellen, dass ein Weg, um gemeinsam kludge, in der Tat. Sie könnten diese Gene zu einem Ende der linearen Darstellung hinzufügen, mit einigen Spacern, und Art fake it out. Wie Damit meine ich behaupten, das ist die Referenz-Sequenz:

=== Nuklearen gene1 === nuklearen gene2 === nuklearen gene3 === mitochondrialen Genoms ===

Und dann könnte man sie alle zusammen zu vergleichen. Aber es ist sicherlich ein work-around, anstatt eine wirkliche komplexe Visualisierung. Wir brauchen bessere Visualisierungstools. (Ich habe einen Gedanken hier, dass eine benutzerdefinierte Caleydo funktionieren würde, aber ich würde in anderen Ideen interessiert sein zu).

Also das ist was ich denke, zusammenfassen: die Daten nicht in der Zeitung; Sie müssen so geschickt im Software sind Sie beim Lesen; und wir brauchen mehr und bessere Visualisierungs-Tools. Aber das war eine coole Beispiel alle, dass, plus eine sehr coole und informative Reihe von Ergebnissen. Ich habe darüber nachgedacht eine Weile her seit ich es gelesen. Und das sind meine Lieblings-Papiere–diejenigen machen, die mich über eine ganze Reihe verschiedener Dinge denken.

Quick-Links:

Menschliche mitochondrialen Transkriptom-Browser: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

Referenz:
Mercer, T., Neph, S., Dinger, M., Crawford, J., Smith, M., ShJ.rwood, A., Haugen, E., Adlerfarn, C., Rackham, O., Stamatoyannopoulos, J., Filipovska, A., & Mattick, J. (2011). Die menschliche mitochondriale Transkriptom Zelle, 146 (4), 645-658 DOI: 10.1016/j.cell.2011.06.051

Tipp der Woche: CompaGB für den Vergleich von Genom-Browser-Software

Hier bei OpenHelix wir denken viel über die Unterschiede zwischen nominell ähnliche Software, wird einige bestimmte Aufgabe erfüllen. Zum Beispiel, in unseren Werkstätten sind wir oft über die Unterschiede zwischen Genom Browsern gefragt. Obwohl UCSC sponsert unsere Workshops und Schulungsunterlagen in ihrem Browser, Wir wissen, dass sie nicht die einzigen Genom-Browser da draußen, und wir können über sie reden–in der Tat, das ist eines der coolsten Dinge über getrennt von UCSC oder eine bestimmte Software-Tool-Anbieter / grant–können wir über alle reden! Und unsere Antwort ist in der Regel etwas:

Das Fundament der “offizielle Referenz-Sequenz” ist in der Regel die gleichen in allen wichtigen Browsern. Allerdings, die Art, wie sie wählen, um die Anzeige zu organisieren, die Werkzeuge für das Anzeigen / Ausblenden Annotationsdaten, und die benutzerdefinierte Abfrage und Anzeige-Optionen variieren. Aber sie in der Regel alle haben einen Mechanismus für diese. Für mich, in der Regel die Wahl kommt es auf welche Daten ich sehen müssen–und wie eine bestimmte Software-Tools zeigt mir, dass und lässt mich mit ihr zu interagieren.

Ich weiß, dass im Wesentlichen eine Sicht des Endbenutzers, aber das ist, wer die Teilnahme an unseren Workshops. Ich kann zu einem Kerl an unserer Konferenz-Stand, die wollten nur ein Genom-Browser mit der Referenz-Sequenz-Display organisiert vertikal nutzen erinnern reden. Ich gab ihm Map Viewer. Manche Leute brauchen eine bestimmte Art–und egal wie gut die Software ist, Wenn Ihre Forschung Spezies ist nicht drin, es funktioniert einfach nicht egal…. Ich habe super-Nutzer auf Twitter gesehen beschweren sich über das Aussehen des Hintergrunds in einem Browser oder einem anderen. Das hat nicht viel Einfluss auf meine Wahl–aber ich muss sagen, ich hasse “versteckt” Menüs und Funktionen, die Sie haben zu schweben und zu graben, um zu finden, im Allgemeinen. Was Sie nicht sehen, ist einfach unmöglich, wie ein End-Benutzer wissen,.

Aber ganz ehrlich, wenn ich für einige Details in einer bestimmten Region suchen für ein Forschungsprojekt verwenden, Ich habe oft zu erkunden allen Browsern weiß ich, wegen ihrer Unterschiede in Darstellung und verfügbaren Daten zeigen,–um sicherzustellen, dass ich nichts verpasst. Es ist nicht so lange dauern, sie alle nutzen (Wenn Sie kennen sich aus, und ich denke, ich weiß…).

Aber eine Gruppe hat versucht, die Unterschiede zwischen Software-Tools in einem standardisierten Weg mit spezifischen Kennzahlen quantifizieren. Eine Gruppe von INRA hat gesammelt und verschiedene Eigenschaften der Genom-Browser beurteilt, und verfügt über eine Datenbank, wo Sie an, was sie haben kuratiert aussehen können entwickelt. Es heißt CompaGB.

Sie können die Funktionen wie eines dieser Profile zu bewerten: Biologe, Bioinformatiker, oder Informatiker zu diesem Zeitpunkt. In diesem Tipp der Woche Ich entdecke die CompaGB Schnittstelle, von einem Endbenutzer-Biologe Perspektive. Ich werde wählen, ein paar von Browsern zu vergleichen, und wir können auf die Art der Dinge zu sehen, dass die CompaGB Mannschaft punktet, um Ihnen ein Gefühl dafür, was finden Sie. Für Entwickler du wirst sehen, es gibt verschiedene Metriken und sollten Sie zurück und erkunden Sie diese ebenfalls.

In ihrem Papier beschreiben sie ihre Inspiration für dieses Projekt–was QSOs. Die Prüfung und Auswahl von Open Sources Software-Projekt stellt ein Modell und Rahmenbedingungen, um Beschreibungen der verfügbaren Software-Features zu standardisieren. Die QSOs Rahmen ist in dieser Grafik dargestellt auf ihrer Seite Willkommen:

Kurzum, sie haben 4 Schritte: Definition Bezugsrahmen geeignet für das Software-Tool; Bewertung der Merkmale; qualifizieren die Eigenschaften mit einer Gewichtung Mechanismus, und wählen Sie das entsprechende Werkzeug.

Sie können leicht sehen, wie die CompaGB Team diese Ideen in ihrer Datenbank der Genom-Browser Vergleiche integriert. Sie lassen Sie Kriterien, die Sie sich interessieren, und bieten eine radarplot Display sowie eine tabellarische Darstellung der Partituren, so dass Sie den Überblick oder die Details kann prüfen.

Es gibt Punkte für “voll, begrenzt / medium, und schlechte” aber nicht viele Details über die. Sie beurteilten die Werkzeuge in 4 Abschnitte: (1) technischen Features, (2) Dateninhalt, (3) GUI, und (4) Annotation Bearbeitung und Erstellung. Es ist offenbar kein Badeanzug Wettbewerb. Nach unten.

Das Papier besagt, dass 4 verschiedene Evaluatoren untersucht die Werkzeuge (zu diesem Zeitpunkt 7 verschiedenen Genom-Browser: Mugen, GBrowse, UCSC, Ensembl, Artemis, JBrowse, Tändelei). Sie haben Versionsnummern–zum Beispiel können Sie vergleichen die 2 weit verbreiteten GBrowse Versionen jetzt. Wie oft werden diese neu bewertet zu bekommen, weiß ich nicht. Und wie die verschiedenen Installationen von GBrowse an verschiedenen Standorten zu vergleichen, ist nicht wirklich für mich klar,–sie kann sehr unterschiedlich von dem, was das Projektteam Wünsche und Bedürfnisse zu realisieren.

Ein Gutachter hat jedes Werkzeug in den meisten Fällen. Und Berichten zufolge waren die Ergebnisse in die Datenbank-Anbieter für die Prüfung geschickt. Ich habe keine Ahnung, was mit UCSC auf dem Thema Ausbildung geschickt… [*hust * Ich habe Probleme mit dem UCSC Ausbildung Partitur Details, zum Beispiel ... Yeah, wir tun, Workshops und so tut UCSC. Viele Workshops rund um die Welt, haben wir Dias und Übungen ... Ich werde dich in die Spitze, wo ich sah, es zu zeigen.] Sie ermutigen Benutzer zu kommentieren oder auf ihrer Website vorschlagen, wenn Sie zusätzliche Informationen haben–Ich kann wollen einige Details später hinzufügen ;) Und es scheint möglich, neue Objekte zu erstellen und zu kuratieren, aber ich habe nicht versucht, diese. Sie sagen auch, sie sind wieder vamping der Auswertung nach vorne gehen, um es zu vereinfachen.

Aber…diese Aussage in ihrem Papier hat mich überrascht:

Die UCSC Browser nativ zeigt ein breites Spektrum an menschlichen Anmerkungen, einschließlich cross-species Vergleiche. UCSC Browser zugrunde liegenden Strategie konzentriert sich auf die Zentralisierung von Daten auf Servern und UCSC, soweit wir wissen,, kein externes Labor hat es lokal für den Zweck der Speicherung und das Surfen ihre eigenen Daten installiert.

Ummm–auf. Wir sprechen mit Menschen auf der ganzen Ort, die lokalen Installationen von UCSC halten. Oft im Krankenhaus Situationen, in denen Patienten Datenschutz ein wichtiges Thema ist, gibt es lokale Installationen; Manche Unternehmen haben sie. Aber es gibt auch andere–darunter eine Reihe von Spiegeln auf der ganzen Welt. Es gibt eine ganze separaten Mailing-Liste wo die Menschen über ihre Probleme mit ihren eigenen Anlagen. Aber wir haben auch die UCSC Infrastruktur für andere Arten verwendet gesehen, dass UCSC nicht unterstützt, wie HIV, Malaria, Phagen-Browser, und mehr. Vielleicht diese ungewöhnliche Einrichtung des UCSC Software an die Epigenetik Visualisierung Hub wäre interessant zu wissen,. Und wir wissen, dass die UCSC Team berät Gruppen und hilft ihnen, es zu tun. Und übrigens–wir erwähnen, in unseren Tutorials und Workshops dass wir auf der ganzen Welt gemacht, dass andere Anlagen möglich und verfügbar sind. Und wir wissen, dass die Materialien, die wir in vielen Ländern verwendet werden, um lokale Trainings als gut tun.

So war es ein interessanter Versuch, Software-Features zu messen, und ich verstehe, warum sie es versucht, aber es scheint schwierig zu skalieren und zu pflegen. Und die Kuration Strategie wird in Betracht gezogen werden bei der Auswertung der Daten. Diese sind feststellbar, wenn das Projekt läuft über diesen frühen Reihe von Browsern und verzweigt sich auf andere Arten von Open-Source-Software. Es ist wirklich schwer zu wissen, was lohnt sich Ihre Zeit auf, Ich gebe zu,. Und deshalb hoffen wir, die Endnutzer einen Blick auf unsere Schulungsunterlagen zu einem bestimmten Ort eingeführt zu bekommen und sehen, ob es ihren Bedürfnissen entspricht, und sie können die Reifen mit den Übungen Kick.

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Quick-Links

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

QSOs: http://www.qsos.org/

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Referenz
Lacroix, T., Loux, V, Gendrault, A., Gibrat, J., & Chiapello, H. (2011). CompaGB: Ein offener Rahmen für die Genom-Browser Vergleich BMC Research Notes, 4 (1) DOI: 10.1186/1756-0500-4-133

GMOD Community-Treffen angekündigt

Eine schnelle FYI–kam gerade über meinem Posteingang:

Hallo,

Ich freue mich, offiziell verkünden Vorregistrierung für die kommende GMOD Community-Treffen, die stattfinden Oktober wird 12-13 in Toronto, Ontario, Kanada, veranstaltet von der Ontario Institute for Cancer Research.

Das Treffen Web-Seite ist hier: http://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

und während es noch im Aufbau, die Registrierungs-Seite sollten bis Ende nächster Woche verfügbar, zusammen mit Informationen über die Keynote-Speaker(mit) und Logistik wie Hotels. In der Zwischenzeit, Ich fordere Sie auf, um das Treffen Seite und fügen vorgeschlagenen Themen und Vorträge auf den entsprechenden Abschnitt.

Schließlich, der Sitzung selbst wird in der Größe begrenzt werden, so, wenn die Anmeldung ist, Ich fordere Sie auf, so bald wie möglich anmelden, da ich eventuell die Registrierung zu schließen, wenn wir voll sind.

Dank und ich freue mich auf Ihren Besuch in Toronto, Scott

Link zu dem Brief in der GMOD Announce-Mailingliste Archiv.

GMOD 2011 Spring Trainings angekündigt; Anwendungen zur Verfügung

Aus dem Äther kommt Wort des GMOD Frühjahr Trainings. Ich höre, wie wertvoll diese für Leute, die mit dem Generic Model Organism Tools arbeiten wie sind GBrowse, Apollo, Chado, und mehr aus der Installation und Konfiguration Perspektive. (Unsere Trainings auf die Endverbraucher konzentrieren.) Und dieses Mal sind sie auch Inserat Galaxy als eines der Werkzeuge, die sie dann auf sein Training! Hier ist der vollständige Text, mit den Links um mehr zu erfahren:

Die Anträge werden derzeit für die anerkannten 2011 GMOD Spring Training
Natürlich, Fünf-Tage-Hands-on-Schule am Unterricht neue GMOD Ziel
Administratoren zur Installation von, Konfiguration und Integration beliebt GMOD
Komponenten. Der Kurs wird gehalten März werden 8-12 bei der US National
Evolutionäre Synthese Center (NESCent) in Durham, North Carolina, wie
Teil GMOD Amerika 2011.

Links:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

Diese Komponenten werden abgedeckt:
* Apollo – Genomannotation Editor
* Chado – biologische Datenbank-Schema
* Galaxy – Workflow-System
* GBrowse – Genom Betrachter
* GBrowse_syn – Syntenie Betrachter
* GFF3 – Genomannotation Dateiformat und Werkzeuge
* InterMine – Data-Mining-System biologischen
* JBrowse – nächsten Generation Genom-Browser
* MAKER – Genomannotation Pipeline
* Tripal – Web-Frontend zu Chado Datenbanken

Die Frist für die Beantragung ist das Ende vom Freitag, Januar 7, 2011.
Der Eintritt ist wettbewerbsfähig und basiert auf der Stärke der Basis
Anwendung, vor allem die Aussage des Interesses. Das 2010 Schule hatte
über 60 Bewerber für die 25 Schlitze. Anträge, die nach
Termin wird automatisch auf die Warteliste gesetzt werden.

Der Kurs erfordert einige Kenntnisse von Linux als Voraussetzung. Das
Anmeldegebühr wird $265 (nur $53 pro Tag!). Es wird eine
begrenzte Anzahl von Stipendien zur Verfügung.

Dies kann nur GMOD Schule angeboten 2011. Sie sind
interessiert, Sie werden dringend aufgefordert, bis Januar gelten 7.

Dank,

Dave Clements