الوسم المحفوظات: GBrowse

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include something unusual: bioinformatics software becoming a mainstream discussion. A recent NYT piece about Zika genomics included a Bandage software-based illustrations, and a subsequent explainer piece in SciAm covered it. Zika was big this week. بالطبع, we covered Bandage months ago…. A reprise and riff of Tardigate was good reading. Also this week: GBrowse for peanut, FireBrowse for the Broad, updates to GeneMania, المجرة record hit, and the opposite of update: UCSC متصفح الجينوم in ASCII. Impersonal genomics made me laugh.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


غيض من الأسبوع الفيديو: الياك الجينوم قاعدة البيانات


تلميح لفيديو هذا الأسبوع من الأسبوع سنقوم استكشاف الياك الجينوم قاعدة البيانات. بصراحة لم أكن توقع الاسبوع حيث أتحدث عن الجينوم Sasquatch, و البغيضة ثلج (حقا, وكان ورقة الطبيعة), والياك. ولكن علم الجينوم هو البرية جميلة في هذه الأيام.

بعض الناس يحصلون على المتراخية حول الجينوم جديدة كل يوم يبدو أننا الحصول على–دعا كارل زيمر ذلك YAGS: “آخر الجينوم متلازمة” بضع سنوات مضت بالفعل. ولكن أنا سعيد في كل مرة أرى الجينوم جديدة. بالتأكيد البيانات الصحفية وزيادة مبيعات النتائج في كثير من الحالات. ومع ذلك, كما يشير أيضا إلى كارل:

ما تبقى مثيرة حقا هو نوع من البحث يبدأ بعد والخرائط الوراثية: اكتشاف جينات ما تفعل, رسم الشبكات في الجينات التي تتعاون, وإعادة بناء التاريخ العميق للحياة.

وأنا أتفق تماما مع هذا. ومع ذلك, أعتقد أن فرق البحث يستحقون قليلا من توتينغ في القرن عندما طرح ورقتهم التسلسل. مؤسسة المستقبل للعمل يجب القيام به, ويحتاج لتصبح متاحة مع بعض التحليل الأولي. ثم أن تصبح متوفرة للآخرين لاتخاذ المزيد من العمل ولهذا الفريق أن يواصل لمعرفة المزيد.

والشيء الآخر العظيم في تخفيض الأسعار في تسلسل وصول مجموعات بحثية الجديد هو مجموعة من الأنواع نراه الآن على طول القادمة. الفطر. البتولا أشجار. بويرتو ريكو الببغاوات. بطيخ. موز (مع مخطط فين أفضل في ورقات الجينوم حتى الآن). بعض هذه الأنواع هي أن الجماعات الصغيرة فقط البحث ركزت على قبل. ولكن البيانات تسلسل يؤدي إلى المستجدات المحتملة كثيرة في فهمنا للمكانها المناسب البيولوجية. هذا هو الحال مع الياك.

الياك وربما ليس على رادار الكثير من الباحثين الأميركيين. ولكن هذا هو المهم الأنواع الزراعية للتبت. كما أن لديها المناخ التعديلات التي هي مفيدة لفهم. إذا واصلنا لمواجهة التغيرات المناخية المحتملة السريع, هناك الكثير من الأشياء التي سوف تريد أن تعرف حول كيفية التكيف مع الأنواع سيناريوهات مختلفة. قد نحتاج للمساعدة في حمايتهم من مسببات الأمراض الناشئة. قد نحتاج للمساعدة في اقناع بعض لدورات تربية مختلفة. والمزيد من البيانات لدينا عن تلك الأنواع, كلما كان ذلك أفضل.

ومع ذلك, و “كبير” الجينوم مراكز البيانات ليست دائما قادرة على استيعاب أنواع جديدة وتدعمها بسرعة أقل. انهم مسائل التمويل والموارد المحدودة التركيز جدا. لذلك فان هذه الجماعات الأنواع وغالبا ما تكون تلك الذين لديهم لتسليم أنفسهم وصول الجينوم. غالبا ما اراه هذه المجموعات تقوم بإعداد تركيب GBrowse. لذلك يمكن فهم كيفية التفاعل مع هذا البرنامج أن يكون مفيدا حقا وأنت تنظر لرؤى جديدة من الجينوم جديدة.

لذلك أقدم لكم قاعدة بيانات الجينوم ياك:

استخدمنا متصفح الجينوم عام (GBrowse) وضعت كجزء من المشروع النموذجي الكائن قاعدة البيانات عام (GMOD; المتشعب://gmod.org / ويكي / GMOD) لتصور الجينوم من الياك [7]. وبالإضافة إلى ذلك, وتوقع الجينات, النوكليوتيدات واحد الخيارين (SNVs), يمكن لأنواع متعددة من مجموعات RNA ويكرر الواردة في YGD يمكن تصور استخدام Gbrowse.

لديهم تصفح حول الجينوم الياك. في ورقة متصفح أنها تسلط الضوء على الجينات الصفحة ARG2 في الشكل 1, ومنطقة مستقبلات GPR125 يقترن G-البروتين في الشكل 2. سوف تظهر في شريط الفيديو الذي فضلا.

 

ربط سريع:

الياك الجينوم قاعدة البيانات: http://me.lzu.edu.cn/yak/

المراجع:

هو جين تاو, Q., لكن, ت., وانغ, ك., شو, ت., ليو, ج., & تشيو, س. (2012). قاعدة بيانات الجينوم ياك: قاعدة بيانات متكاملة لدراسة علم الأحياء الياك والتأقلم على ارتفاع عال علم الجينوم BMC, 13 (1) دوى: 10.1186/1471-2164-13-600

تشيو, Q., تشانغ, غ., لكن, ت., تشيان, دبليو., وانغ, ج., انتم, ز., ارتفاع, C., هو جين تاو, Q., كيم, ج., اركن, د., Auvil, L., Capitanu, ب., لكن, ج., لوين, ه., تشيان, عاشرا, طويل, Y., تشو, ر., وانغ, L., وانغ, ك., شيا, ج., لياو, س., مقلاة, س., لو, عاشرا, عقد, ه., وانغ, Y., أغنية, عاشرا, يين, Y., لكن, ه., تشانغ, ج., وانغ, ز., تشانغ, Y., تشانغ, د., يونيزاوا, ت., هاسيغاوا, م., تشونغ, Y., ليو, دبليو., تشانغ, Y., هوانغ, ز., تشانغ, س., طويل, ر., الذي, ه., وانغ, ج., Lenstra, ج., كوبر, د., وو, Y., وانغ, ج., شي, P., وانغ, ج., & ليو, J. (2012). الجينوم الياك والتكيف مع الحياة على علو شاهق طبيعة علم الوراثة, 44 (8), 946-949 دوى: 10.1038/ng.2343

شتاين, L. (2002). مستعرض الجينوم عام: لبنة في بناء نظام قاعدة بيانات نموذج الكائن بحوث الجينوم, 12 (10), 1599-1610 دوى: 10.1101/gr.403602

تلميح فيديو للأسبوع: تصفح الفراشات مع GBrowse وEnsembl

وقبل بضعة شهور عندما Heliconius (ساعي البريد) وأطلق سراح فراشة الجينوم ورقة, وصلنا لرؤية مثال آخر على كيفية الاستفادة من التكنولوجيا الجديدة والتسلسل مما يساعدنا على الوصول إلى بيانات الجينوم أكثر وأكثر–في الأنواع التي ليست من الكائنات نموذج الرئيسي. وكان تم الافراج عن العاهل فراشة بيانات الجينوم قبل ذلك أيضا. وربما لا تعرف أن هناك جهدا كبيرا للحصول على آلاف الجينوم الحشرات–وi5k مشروع. أعتقد أن هذا شيء مفضل لي عن ما نحن فيه اليوم: يمكننا فحص أكثر الأنواع بتفصيل أكبر مما لدينا من أي وقت مضى. ليس فقط لم نحصل على تفاصيل مثيرة للاهتمام من إطار تسلسل الجينوم, لكن معلومات مثيرة للاهتمام حول أنواع العلاقات التطورية, ويمكن استكشاف ملامح البيولوجيا فضول وكذلك رواية. أعني–الجينوم البشري والتغيرات التي هي كبيرة–لكن الفراشات لديها بوصلة أحد! كيف هو أن تبرد??

ومثل معظم الصحف الجينوم اليوم, سوى جزء ضئيل من البيانات التي تم الحصول عليها في الجزء الرئيسي من ورقة. و “أمثلة مقنعة” قد تكون هناك. ولكن من “12,699 وتوقع البروتين ترميز الجينات” من Heliconius الجينوم, وتعالج في الواقع سوى عدد قليل في النص. وحفنات قليلة في بعض الشخصيات. فراشة مونارك في وقت سابق ورقة سلمت “مجموعة من 16,866 البروتين ترميز الجينات” (و 10 ملاحق وراء ورقة!). لكن للوصول إلى البيانات نفسك وقارن بين الجينات الخاصة بك، والأنواع ذات الأهمية تحتاج إلى اللجوء إلى برامج التصفح التي تصاحب أوراق.

في هذه الحالة لديك خياران للأنماط المتصفح: و Heliconius الجينوم اتحاد (الكتاب من ورقة) الحفاظ على تركيب GBrowse في اجتماعهم Butterflygenome.org موقع. المجموعة العاهل له في GBrowse MonarchBase. وبالإضافة إلى ذلك, وأيضا بيانات عن كل من وشملت الآن في Ensembl وذلك اعتبارا من تموز 2012 إطلاق 15. [مذكرة: راجع التفاصيل الإدارية في هذه التعليقات - مم]

لقمة هذا الاسبوع نحن تحلق حولها من GBrowsers أنواع محددة للمجموعات التي تم جمعها في Ensembl. انه لشيء رائع أن يكون للمواقع أنواعا معينة من الحيوانات لعمق المعلومات حول المشاريع والموارد, لكنه أيضا من الجميل أن يكون لأدوات إضافية ويعرض من المتصفحات أكبر الجينوم. ويمكن تقديم برامج التصفح مجتمع البيانات الحالية للغاية والجديدة التي قد لا بعد أن تدرج في برامج التصفح الفائقة, ويجوز للمتصفحات فائقة توفير أدوات إضافية، والبنية التحتية التي لا يتوفر من المتصفحات المجتمع. أفضل رهان هو أن تكون على علم على حد سواء, وللحصول على راحة مع ميزات البرنامج الرئيسية ونقاط القوة والضعف.

البق قادمون–والآلاف منهم. يكون جاهزا. وإياك: ابحث عن حق خارقة

لاحظ: لقد كنت غير قادر على تحديد موقع الجينوم Mothra وهذا ما كان كل atwitter لاليومين الماضيين.

وصلات سريعة:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Metazoa: http://metazoa.ensembl.org/

i5k الحشرات وغيرها من المفصلية مبادرة تسلسل الجينوم http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

إذا جاء هل تبحث عن صور فراشة, جرب هذا: http://www.butterfliesandmoths.org/ هذا هو أيضا موقع العلم مواطن حيث يمكنك أن تقدم مشاهد الخاصة بك–لقد فعلت ذلك في الماضي.

المراجع:

Dasmahapatra, K.K., والترز, J.R., بريسكو, بعد الميلاد, ديفي, J.W., Whibley, أ., نادو, N.J., زيمين, A.V., هيوز, D.S.T., فيرغسون, L.C., مارتن, S.H. & (2012). فراشة الجينوم يكشف عن تبادل لاأخلاقي من التعديلات محاكاة بين الأنواع, طبيعة, دوى: 10.1038/nature11041

زان, س., ميرلين, C., Boore, J. & Reppert, S. (2011). المجين فراشة مونارك مدخلا لمعرفة طريقة لمسافات طويلة للهجرة, الخلية, 147 (5) 1185. دوى: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, M. & هانسون, B. (2011). الجينوم وبما يليق العاهل, الخلية, 147 (5) 972. دوى: 10.1016/j.cell.2011.11.009

Kersey, P.J., ستينز, D.M., لوسون, د., Kulesha, E., Derwent, P., همفري, J.C., هيوز, D.S.T., كينان, س., Kerhornou, أ., Koscielny, G. & (2011). Ensembl خريطة جينوم: موردا تكاملية لالجينوم على نطاق البيانات من غير الأنواع الفقارية, أبحاث الأحماض النووية, 40 (D1) D97. دوى: 10.1093/nar/gkr895

نصيحة الأسبوع: MaizeGDB الجينوم متصفح & غيرها من أشرطة الفيديو


أحيانا نحن نصائح الفيديو للغاية والدروس من مواقع أخرى. اليوم أود أن أشير لك MaizeGDB. العام الماضي في الناس وأبرز MaizeGDB دروس الفيديو الخاصة بهم في قاعدة البيانات, كما يذكر في الملخص بهم:

دروس الفيديو هي وسيلة فعالة للباحثين لتتعلم بسرعة كيفية استخدام أدوات الإنترنت التي توفرها قواعد البيانات البيولوجية.

نحن بوضوح توافق هنا في OpenHelix. لدينا أكثر من 100 كامل الدروس و 200 نصائح في اتفاق :D.

جزءا لا يتجزأ من أعلاه هو البرنامج التعليمي على استخدام متصفح الجينوم MaizeGDB (V2). لديهم 7 دروس إضافية على مواردها مثل كيفية العثور على خريطة وراثية موقف من موضع والقيام بحث النمط الظاهري. في تلك الصفحة من الدروس لديهم أيضا وصلات إلى الدروس أخرى مختلفة عن الآخرين في مجال البحوث الذرة وMaizeGDB.

يمكنك معرفة المزيد عن MaizeGDB من بلوق لدينا. وأبرز نحن MaizeGDB في وظائف عدة من السنوات القليلة الماضية بشكل مزمن لها الانتقال إلى GBrowse, انه نجاح و تجربتهم.

وصلات مفيدة:
MaizeGDB
دروس MaizeGDB
GBrowse
OpenHelix GBrowse تعليمي
هاربر LC, شيفر ML, الشوك J, غاردينر JM, Andorf CM, كامبل DA, مدفع EK, براون BL, بيركيت SM, لورانس CJ, & سين TZ (2011). في متصفح الجينوم MaizeGDB التعليمي: مثال واحد من الوصول إلى قاعدة بيانات علماء الأحياء عن طريق الفيديو. قاعدة بيانات : مجلة قواعد البيانات البيولوجية وcuration, 2011 PMID: 21565781

الاعلان عن المواد التعليمية حدثت: UniProt, نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم, وجولة حول العالم للموارد

كما يعلم الكثيرون منكم, OpenHelix متخصصة في مساعدة الناس من الوصول والاستفادة من منجم للذهب العلوم الحيوية من البيانات العامة من أجل إجراء مزيد من البحوث. واحدة من السبل التي يمكننا القيام بذلك هو من خلال خلق المواد اللازمة لتدريب الناس – الباحثين, الأطباء, المكتبات, والمهتمين في مجال العلوم - حول مكان العثور على البيانات التي ترغب في, وكيفية الوصول إلى البيانات في قواعد البيانات العامة وخاصة مستودعات البيانات. لقد حصلنا على أكثر من 100 مثل هذه الدروس على كل شيء من مجلات إلى وظيفية عبارة غليكوميكس (المزيد عن هذا لاحقا).

بالإضافة إنشاء هذه الدروس, نحن أيضا تنفق الكثير من الوقت للحفاظ على دقة وتصل إلى تاريخ. هذا يمكن أن يكون تحديا, وخصوصا عندما الكثير من قواعد البيانات أو الموارد وجميع النشرات الرئيسية في نفس الوقت تقريبا. فريق العمل لدينا ويقيم باستمرار وتحديث المواد لدينا في هذا المنصب وانا سعيد بان يعلن التحديثات التي تم إصدارها مؤخرا لثلاثة من الدروس لدينا: UniProt, جولة حول العالم, ونظرة عامة على برامج التصفح الجينوم.

لنا استهلالي UniProt التعليمي ويبين كيفية المستخدمين: إجراء عمليات بحث النص على UniProt للحصول على معلومات البروتين ذات الصلة, بحث مع تسلسل كنقطة انطلاق, فهم أنواع مختلفة من UniProt السجلات, وخلق التحالفات متعددة تسلسل من السجلات باستخدام بروتين كلوستال.

لنا نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم يقدم للمستخدمين إدخال Ensembl, خريطة عارض, UCSC متصفح الجينوم, و خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة (IMG) المتصفح, و نظام GBrowse البرمجيات. نحن أيضا أتطرق إلى WebGBrowse, JBrowse, و علم الجينوم التكاملية عارض (IGV), و آرغو الجينوم المستعرض, و الجينوم المتكاملة المستعرض (مجلس الحبوب العراقي)نقنق, و التعميم الجينوم عارض, أو CGView.

لنا جولة في عالم الموارد جينوم مجاني ويمكن الوصول إليها من دون تسجيل. وهي تشمل جولة الموارد سبيل المثال, نظمتها فئات مثل خوارزميات وأدوات التحليل, التعبير الموارد, مستعرضات الجينوم (على حد سواء حقيقية النواة و بروكاريوتيك / الميكروبية) , الموارد الأدب والنصوص والتعدين, وركز على الموارد النيوكليوتيدات, البروتينات, مسارات, المرض والاختلاف. وسوف تؤدي هذه المناقشة الرئيسي ثم إلى مناقشة كيفية إيجاد موارد مع مجانا OpenHelix الموارد بوابة البحث, تليها تعلم استخدام الموارد مع الدروس OpenHelix, ومناقشة وسائل إضافية للتعلم حول الموارد.

روابط سريعة:

OpenHelix تمهيدية UniProt جناح تعليمي: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

نظرة عامة OpenHelix إلى جناح تعليمي الجينوم المتصفحات: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

جولة حول العالم مجانا OpenHelix للجينوم جناح تعليمي الموارد: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


إنقاذ الآراء الجينوم الخاص: Ensembl (ومتصفح الجينوم UCSC, آخرون)

في التحديث الأخير من Ensembl, المطورين واضاف القدرة على حفظ تكوينات. هذا يسمح لك لتحديد المسار الخاص بك وجهات النظر والتحليل لتكوين محدد وتحميل ذلك التكوين في وقت لاحق. ربط بلوق وظيفة سابقا (أو هنا) تشرح الخطوات لخلق تكوينات الخاصة بك يمكنك حفظ والعودة إلى. في المستقبل سوف تكون مضيفا ان القدرة على حصة تكوينات الخاص مع الزملاء وغيرهم من الباحثين.

UCSC لديه وظيفة مماثلة يسمونه الدورات. يمكنك قراءة المزيد عن ذلك هنا على بلوق أو اذهب إلى دليل المستخدم الدورات في UCSC.

بقدر ما أعرف, NCBI خارطة عارض ليس لديها نفس وظيفة (يرجى تصحيح لي إذا كنت مخطئا).

GBrowse لديه القدرة على حفظ الدورات, ولكن نظرا لأنه هو برنامج مفتوح المصدر, وسوف تعتمد على التثبيت محددة بشأن ما إذا كان ذلك وظيفة متاحة.

تلميح فيديو للأسبوع: الميتوكوندريا transcriptome GBrowser

مترجمة: البيانات ليست في ورقات بعد الآن. ثانية. ومرة أخرى.

كما يستمر طوفان البيانات, وتلك الاجهزة التسلسل التالي جنرال والمختبرات تواصل كرنك بيانات أكثر وأكثر, لا يمكن التقاط التفاصيل في الصحف بعد الآن. انهم فقط لا يمكن. يمكن للمؤلفين تلخيص النتائج الرئيسية, وتظهر أمثلة مقنعة وقطع ممثل. لكنها ببساطة لا يمكن أن تظهر حجم البيانات التي تضم أيوفر الكامل من مشروع معين بعد الآن.

هذه هي نقطة نحافظ على الطرقه. معرفة كيفية الاستخدام الفعال للبرنامج الذي يقوم بتخزين هذه البيانات ويعرض الآن لا يقل أهمية عن تعلم كيفية قراءة المنشورات في المقام الأول. في العصر الحجري عندما كنت في المدرسة غراد, وكان معظم ما كنت في حاجة لفهم من ورقة داخل النص والشخصيات الرئيسية في الجسم. لقد ولت تلك الأيام في علم الجينوم, وهم يعودون أبدا. ومع ذلك, البرمجيات لديه أيضا القيود. سوف أحصل على ذلك لاحقا…

ونبهت إلى هذه الورقة مثيرة للاهتمام بشأن Google عن طريق روبرت الغربية (ولكن كان عنصر معين unlinkable, آسف). البحث ينطوي على تحليل transcriptome في الميتوكوندريا الإنسان. الذي فرز حتى 1 - الخروج من التقييم ان كانت مثيرة للاهتمام. لكن هذه المجموعة بتقييم transcriptome في أكثر من اثني عشر الأنسجة وخطوط الخلايا. أن الكثير من البيانات.

وتلخص الورقة الضوء على مفتاح–مثل الحقيقة التي لا تختلف عن الأنسجة transcriptome. القلب والعضلات لديها متطلبات الطاقة المختلفة ، ويبدو أن ينعكس في الميتوكوندريا لها على مستوى وفرة نص. وهناك رائع سيرك رسم بياني (شخصية 1) لتلخيص الكثير من ما درست وتعيينها.

لكن: ليس هناك طريقة لنقل في النشر التقليدية عن تلك النتائج. في. طريق. ونعم, وأنا أدرك أن هناك 6 ملاحق كبيرة تعلق على هذه الورقة. ولكن هذا لا تزال غير جيدة بما فيه الكفاية.

ويسرني أن أعلن أن هناك متصفح الجينوم المنصوص عليها جزء كبير من هذه البيانات: http://mitochondria.matticklab.com . هذا هو دا قنبلة, IMHO.

لذلك سوف طرف في هذا الاسبوع من الاسبوع تبين لكم كيف أن ننظر إلى البيانات من هذه الورقة في العرف GBrowse وقد بنيت هذه الورقة التي ل. لن يكون لدينا نظرة على كيفية عرض المسارات التي تريد استكشاف.

عظيم مثل هذا المتصفح خاص, رغم أن, قدمت هذه الورقة لي علم وجود قيود على هذا التمثيل وكذلك. وكان فريق من الباحثين في المجال النووي مهتمة ايضا الجينات المشفرة للبروتينات الميتوكوندريا. فضول أيضا أن نفكر–لأنه لا يمكن لك أن تتخيل أيضا الأنسجة حول قضايا محددة التعبير الجيني النووية التي تؤثر على وظائف في الميتوكوندريا. ولكن ما لا يمكن القيام به في هذا المتصفح هو أنه في طبقة. أعني, يمكنني تخيل وسيلة لأنه حل أهوج لمشكلة معا, في الواقع. يمكنك إضافة تلك الجينات إلى واحدة من نهاية التمثيل الخطي, مع بعض الفواصل, وفرزها وهمية بها. مثل هذا يعني التظاهر هذا هو تسلسل المرجعية:

=== === النووية gene1 النووية gene2 === النووية gene3 جينوم الميتوكوندريا === ===

ثم هل يمكن مقارنتها بين جميع. لكنه بالتأكيد عمل حول التصور بدلا من مجمع الحقيقي. نحن بحاجة إلى أدوات أفضل التصور. (لدي هنا أن الفكر مخصص Caleydo ستعمل, لكن يهمني ان تكون مهتمة في أفكار أخرى أيضا).

وهذا ما أعتقد, لتلخيص: البيانات ليست في ورقات; عليك أن تكون ماهرا كما في البرامج وأنت في القراءة; ونحن بحاجة إلى أدوات التصور أكثر وأفضل. ولكن هذا مثال واحد بارد من كل ذلك, بالإضافة إلى مجموعة بارد جدا ومفيدة للنتائج. لقد كنت أفكر في هذا لبعض الوقت منذ قرأته. وتلك هي الأوراق المفضلة–تلك التي تجعلني أفكر في مجمله مجموعة من الأشياء المختلفة.

وصلات سريعة:

الإنسان المتصفح transcriptome الميتوكوندريا: http://mitochondria.matticklab.com

GBrowse: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

مرجع:
البزاز تاجر الأقمشة, ت., Neph, س., Dinger, م., كروفورد, ج., سميث, م., ج. earwood, أ., هاوجين <--! أ ثمة --> هاء ، أجمة سرخس ، C. ، راكهام ، O. ، Stamatoyannopoulos ، J. ، Filipovska ، A. ، وMattick ، ​​J. (2011)., E., أجمة سرخس, C., راكهام, O., Stamatoyannopoulos, ج., Filipovska, أ., & Mattick, J. (2011). وTranscriptome الإنسان الميتوكوندريا الخلية, 146 (4), 645-658 دوى: 10.1016/j.cell.2011.06.051

نصيحة الأسبوع: CompaGB لمقارنة الجينوم برنامج المتصفح

هنا في OpenHelix نفكر كثيرا حول الاختلافات بين برامج مماثلة أبعاده التي سوف تنجز بعض المهام نظرا. مثلا, في ورش العمل لدينا في كثير من الأحيان يطلب منا حول الاختلافات بين المتصفحات الجينوم. على الرغم من UCSC مقدمي ورش العمل ومواد التدريب لدينا على المستعرض الخاص بهم, ونحن نعلم أنهم ليسوا فقط متصفح الجينوم هناك ويمكن ان نتحدث عن كل منهم–في الواقع, ان واحدة من أروع الأشياء عن كونها منفصلة عن UCSC أو أداة محددة مزود البرمجيات / منحة–يمكن أن نتحدث عن الجميع! وردنا هو عادة شيء من هذا القبيل:

الركيزة الأساسية لل “مرجع رسمي تسلسل” عادة ما يكون هو نفسه في جميع المتصفحات الرئيسية. ومع ذلك, الطريقة التي تختار لتنظيم العرض, الأدوات لإظهار / إخفاء البيانات الشرح, والاستعلام العرف وتختلف خيارات العرض. لكنهم جميعا عموما بعض الآليات لهذا. بالنسبة لي, وعادة ما يأتي الى اختيار ما هي البيانات ولست بحاجة للنظر في–وكيف يمكن لأدوات البرمجيات نظرا يظهر لي أن يسمح لي والتفاعل معه.

أنا أعرف أن هذا إلى حد كبير وجهة نظر المستخدم النهائي, ولكن هذا هو الذي يحضر ورش العمل. أستطيع أن أتذكر يتحدث الى شخص واحد في كشك مؤتمرنا الذين يريدون فقط لاستخدام مستعرض الجينوم مع الاشارة عرض تسلسل منظم عموديا. أعطيته خريطة عارض. بعض الناس بحاجة إلى أنواع معينة–ومهما كانت جيدة والبرنامج, إذا كان لديك أنواع الأبحاث ليست في وجود, انها مجرد لا يهم…. رأيت فائقة للمستخدمين على تويتر يشكو مظهر الخلفية في واحدة أو متصفح آخر. أن لا يكون لها تأثير كبير على خياري–ولكنني يجب أن أقول أنني أكره حقا “مخفي” القوائم والميزات التي يجب أن تحوم وحفر للعثور, بشكل عام. ما لم تشاهد من المستحيل أن نعرف فقط باعتباره المستخدم النهائي.

ولكن بصراحة عندما أنا أبحث عن بعض التفاصيل في منطقة معينة لاستخدام الأبحاث, أنا غالبا استكشاف جميع المتصفحات أعرف بسبب خلافاتهما في العرض والبيانات المتاحة لاظهار–للتأكد من أنني لست في عداد المفقودين أي شيء. لأنها لا تأخذ هذا الوقت الطويل على استخدام كل منهم (إذا كنت تعرف طريقك نحو, وأعتقد أن أفعل…).

ولكن حاولت مجموعة واحدة لقياس الفروق بين أدوات البرامج بطريقة موحدة مع مع المقاييس المحددة. وجمعت مجموعة من INRA وتقييم الخصائص المختلفة من متصفحات الجينوم, وقد وضعت قاعدة بيانات حيث يمكنك نظرة على ما لديهم من تنسيق. انه دعا CompaGB.

يمكنك تقييم ميزات باعتبارها واحدة من هذه التشكيلات: الأحياء, الحسابية الأحياء, أو عالم الكمبيوتر في هذا الوقت. في هذا غيض من الأسبوع الأول استكشاف واجهة CompaGB, من منظور علم الأحياء للمستخدم النهائي. سأختار زوجين من المتصفحات للمقارنة, ويمكن أن ننظر إلى نوع من الأشياء التي العشرات فريق CompaGB لتعطيك إحساسا ما يمكنك أن تجد. للمطورين سترى هناك مقاييس مختلفة ، ويجب أن نعود واستكشاف تلك فضلا.

في ورقتهم يصفون إلهامهم لهذا المشروع–وهو QSOS. والتأهيل واختيار مشروع البرمجيات المفتوحة المصدر توفر نموذجا وإطارا لتوحيد أوصاف ميزات البرنامج متاح. ويوضح الإطار QSOS في هذا الرسم مرحبا بكم في الصفحة الخاصة بهم:

باختصار, لديهم 4 خطوات: تحديد الأطر المرجعية المناسبة لأداة برمجية; تقييم الميزات; تأهل الميزات مع آلية الترجيح, واختيار الأداة المناسبة.

يمكنك بسهولة رؤية كيف يمكن للفريق CompaGB دمج هذه الأفكار في قاعدة البيانات الخاصة بهم من المقارنات متصفح الجينوم. أنها تتيح لك اختيار معايير كنت مهتما, وتقترح عرض مؤامرة الرادار ، فضلا عن تمثيل جدولي الدرجات حتى تتمكن من النظر في وجهة النظر العامة أو التفاصيل.

هناك العشرات لل “كامل, المحدود / المتوسطة, والفقراء” ولكن ليس الكثير من التفاصيل بشأن هذه. تقييمهم الأدوات في 4 المقاطع: (1) الميزات التقنية, (2) بيانات المحتوى, (3) واجهة المستخدم الرسومية, و (4) تحرير الشرح وخلق. هناك على ما يبدو عدم وجود منافسة السباحة. للأسف.

وتقول الصحيفة ان 4 درست مختلف الأدوات المقيمون (في هذا الوقت 7 الجينوم مختلفة المتصفح: موغن, GBrowse, UCSC, Ensembl, أرتميس, JBrowse, مداعبة). لديهم أرقام إصدار–على سبيل المثال يمكنك مقارنة 2 إصدارات GBrowse المستخدمة على نطاق واسع في الوقت الراهن. عدد المرات التي سوف تحصل على إعادة تقييم هذه لا أعرف. وكيفية مقارنة منشآت مختلفة من GBrowse في مواقع مختلفة ليست واضحة بالنسبة لي–يمكن أن تختلف كثيرا من قبل فريق المشروع ما يريد ويحتاج الى تنفيذ.

لم كل أداة واحدة المقيم في معظم الحالات. ويقال أنه تم إرسال النتائج إلى قاعدة بيانات مقدمي الخدمات للتدقيق. ليس لدي أي فكرة عما تم إرسالها إلى UCSC بشأن قضية التدريب… [** السعال لدي مشاكل مع تفاصيل التدريب درجة UCSC, على سبيل المثال... نعم, ورش عمل نقوم به وحتى لا UCSC. الكثير من ورش العمل في جميع أنحاء العالم, لدينا شرائح وتمارين... سأريكم في الطرف حيث رأيت.] يفعلون تشجيع المستخدمين على تعليق أو اقتراح على موقع الويب الخاص بها ، إذا كان لديك معلومات تكميلية–قد أريد أن أضيف بعض التفاصيل لاحقا ;) ويبدو من الممكن لإنشاء عناصر جديدة وحفظها, ولكن لم أحاول هذا. ويقولون ايضا انهم يعيدون الترقيع عملية التقييم للمضي قدما لتبسيطها.

لكن…فاجأ هذا البيان في ورقتهم لي:

المستعرض UCSC يعرض أصلا طائفة واسعة من الشروح الإنسان, بما في ذلك عبر الأنواع مقارنات. استراتيجية UCSC المتصفح الأساسي يركز على مركزية البيانات على خوادم وUCSC, بقدر ما نعلم, قامت بتركيب أي مختبر خارجي محليا لغرض تخزين البيانات والتصفح الخاصة بهم.

Ummm–في. نتحدث إلى الناس في كل مكان الذين يحافظون على المنشآت المحلية UCSC. في كثير من الأحيان في حالات المريض المستشفى حيث البيانات الخصوصية هي مسألة رئيسية هناك بتثبيت المحلية; بعض الشركات يكون لهم. ولكن هناك آخرين أيضا–فيما بينها مجموعة من المرايا في جميع أنحاء العالم. هناك كلها قائمة بريدية منفصلة حيث كان الناس مناقشة قضاياهم مع المنشآت الخاصة بها. ولكن شاهدنا أيضا البنية التحتية المستخدمة لUCSC الأنواع الأخرى التي UCSC لا يدعم مثل فيروس نقص المناعة البشرية, ملاريا, مستعرضات بالعاثية, وأكثر. ربما هذا الإعداد غير عادية من البرنامج في UCSC علم التخلق التصور المحور سيكون من المثير للاهتمام أن تكون على علم. ونحن نعرف فريق UCSC يتشاور مع الجماعات ويساعدهم على القيام بذلك. وبالمناسبة–نذكر في دروس وورش العمل أن فعلناه في جميع أنحاء العالم أن منشآت أخرى ممكنة ومتاحة. ونحن نعرف أن المواد التي نقدمها وتستخدم في كثير من البلدان للقيام الدورات التدريبية المحلية وكذلك.

لذا كان من المثير للاهتمام أن محاولة قياس ميزات البرنامج, وأنا أفهم لماذا حاولوا ذلك, ولكن يبدو تحديا للحفاظ على نطاق و. وستتضمن الاستراتيجية curation يتعين أخذها في الاعتبار عند تقييم البيانات. هذه يمكن حلها إذا كان المشروع تتجاوز عائدات هذه المجموعة في وقت مبكر من المستعرضات وفروع خارج لأنواع أخرى من البرمجيات مفتوحة المصدر. فمن الصعب أن تعرف حقا ما يستحق الإنفاق وقتك على, أعترف. وهذا هو السبب في أننا نأمل المستخدمين النهائيين لدينا نظرة على مواد التدريب لدينا للحصول على عرض لموقع معين ومعرفة ما اذا كان يناسب احتياجاتهم, ويمكن ان ركلة الإطارات مع التمارين.

+++++++++++++++++++++++

وصلات سريعة

CompaGB: http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/

QSOS: http://www.qsos.org/

+++++++++++++++++++++++

مرجع
لاكروا, ت., Loux, خامسا, Gendrault, أ., Gibrat, ج., & Chiapello, H. (2011). CompaGB: إطارا مفتوحا للمقارنة الجينوم المتصفحات BMC ملاحظات بحثية, 4 (1) دوى: 10.1186/1756-0500-4-133

أعلن GMOD الاجتماع المجتمع

وسريعة لمعلوماتك–خرج للتو عبر البريد الوارد:

مرحبا,

ويسرني أن أعلن رسميا التسجيل المسبق للاجتماع القادم GMOD المجتمع الذي سيعقد أكتوبر 12-13 في تورونتو, أونتاريو, كندا, التي استضافها معهد أونتاريو للبحوث السرطان.

في صفحة الويب اجتماع هنا: المتشعب://gmod.org/wiki/October_2011_GMOD_Meeting

وعلى الرغم من أنه لا يزال تحت الانشاء, يجب أن صفحة التسجيل يكون متاحا بحلول نهاية الاسبوع المقبل, جنبا إلى جنب مع معلومات حول المتحدثين الرئيسيين(مع) والخدمات اللوجستية مثل الفنادق. في الوقت نفسه, وأحثكم على أن تذهب إلى صفحة إضافة الاجتماع والموضوعات المقترحة والمحادثات الى القسم المناسب.

أخيرا, وستقتصر الجلسة نفسها في حجم, حتى عندما فتح التسجيل, وأحثكم على التسجيل في أقرب وقت ممكن, منذ قد أحتاج إلى إغلاق التسجيل عندما نكون الكامل.

الشكر وأتطلع إلى رؤيتكم في تورونتو, سكوت

تصل إلى هذه الرسالة في الأرشيف GMOD يعلن قائمة بريدية.

GMOD 2011 أعلن تدريبات الربيع; التطبيقات المتاحة

من الأثيرات تأتي كلمة تدريبات الربيع GMOD. أسمع كيف قيمة هذه هي لأولئك الذين يعملون مع أدوات مثل نموذج الكائنات عام GBrowse, أبولو, Chado, وأكثر من منظور التثبيت / التكوين. (لدينا دورات تدريبية تركز على المستخدمين النهائيين.) وهذه المرة أنها قائمة أيضا المجرة باعتبارها واحدة من الأدوات التي سوف يكون التدريب على! هنا النص الكامل, مع روابط لمعرفة المزيد:

وتقبل الطلبات حاليا لل 2011 GMOD الربيع التدريب
مسار, التدريب العملي على خمسة ايام تهدف الى مدرسة جديدة للتدريس GMOD
مسؤولي كيفية تثبيت, تكوين وإدماج GMOD شعبية
مكونات. وستعقد الدورة مارس 8-12 في المركز القومي الامريكي
تطورية مركز تجميع (NESCent) في دورهام, نورث كارولينا, كما
جزء من الأمريكتين GMOD 2011.

الروابط:
* http://gmod.org/wiki/2011_GMOD_Spring_Training
* http://gmod.org/wiki/GMOD_Americas_2011
* http://www.nescent.org/

وسيتم تغطية هذه المكونات:
* أبولو – الجينوم شرح المحرر
* Chado – مخطط قاعدة البيانات البيولوجية
* المجرة – نظام سير العمل
* GBrowse – الجينوم المشاهد
* GBrowse_syn – تصاحب جيني المشاهد
* GFF3 – الجينوم تنسيق ملف الشرح والأدوات
* الدولية لإزالة الألغام – نظام استخراج البيانات البيولوجية
* JBrowse – الجيل القادم متصفح الجينوم
* MAKER – الجينوم الشرح خط أنابيب
* Tripal – الشبكة الأمامية إلى قواعد البيانات Chado

الموعد النهائي لتطبيق هو نهاية يوم الجمعة, كانون الثاني / يناير 7, 2011.
القبول تنافسي ويستند إلى قوة
تطبيق, ولا سيما بيان الفائدة. و 2010 كان مدرسة
حول 60 المتقدمين لل 25 فتحات. تلقت أي طلب بعد
سيكون الموعد النهائي تلقائيا وضعت على قائمة الانتظار.

وبالطبع يتطلب بعض المعرفة كشرط مسبق لينكس. و
وسوف تكون رسوم التسجيل $265 (فقط $53 يوميا!). وسوف يكون هناك
عدد محدود من المنح الدراسية المتاحة.

قد تكون هذه هي المدرسة الوحيدة المتاحة في GMOD 2011. إذا كنت
مهتم, ويشجع بقوة على تطبيق بحلول يناير 7.

شكرا,

ديف كليمنتس