标记档案: 星系

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星期五SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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This week’s SNPpets include a dinoflagellate genome; artificial base pairs in use; the relative joy of entrepreneurship graphed; 隐藏 星系 功能; free image resources from NIH; new and updated tools for various purposes–一如既往; a trait-matching challenge; and veterans who continue to do service by offering their DNA to researchers. Oddest thing: an ear built with van Gogh’s DNA. 而更多的….


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本周SNPpets包括从FlyBook FlyBase; 云上的深层思考; “序列医学表型” 软件; DNA.land重新推出; 参考基因组信息; 在更新功能 EXAC; 法律看着 “秘密的DNA计算机源代码” 和秘密的DNA阻挠艺术theives; 兔Turds在 星系 (真的); 糟糕的文档的行为. 遗传咨询师还不错传播行为. 而更多的….


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Everybody was full of vim and vigor this week, and a lot of great things were going around. Oddest thing was “fitbit cages for laboratory mice”. But I can see the value. Most heated post will probably be “Myths of Bioinformatics Software.” Other things included recommended data repositories from @PLOS journals, sequencing kids’ 基因组, non-coding variants affecting drug activity, a new LD tool, DNA contamination issues, cancer data challenge, microbial databases (包括 IMG that we love), 星系 会谈, 多.


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This week’s SNPpets include mining disease genes with PPI and co-regulation networks, DNA and the law, great posts on germline genetic engineering moratorium discussions, a bioinformatics “middle class”, new human genome assembly models, 多….


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一周的视频提示: 基因组组装和#Docker

去年秋天,有一个 小费我做泊坞窗, 这是开始回暖了不少数落身边的genoscenti. 它开始看起来像一些的再现性的问题,一个很好的解决方案,并在基因组重新使用的软件–containerize它. 框起来, 把它关闭. 有肯定是一个很大的兴趣,并在社会上呼吁, 但仍有一些问题需要解决与推出泊坞窗无处不在. 不过, 我的印象是,多克尔团队和社会似乎在不断变化的工具感兴趣,并积极为尽可能广泛有用.

所以,当这条推文通过轧制 #生物信息学 在我的TweetDeck的微博专栏, 我很高兴地看到,这次谈话由迈克尔·巴顿 (谁拥有在该领域最好的Twitter的手柄: @生物信息学). 它是如何泊坞窗,可以针对一些在生物信息学工具空间的问题一个很好的例子. 这不是唯一的选择, 或课程. 有些工作流程的资源,如 星系 可覆盖基因组学研究等功能’ 需要. 但作为一个通用的解决方案比较的软件和分发完整的工作集装箱的问题, 泊坞似乎发展成为一个非常有用的策略.

这里的视频:

虽然这是比我们的典型长 “提示”, 我建议你​​能开出一些时间来观看,如果你是新的泊坞窗的想法. 如果你没有时间,现在的谈话, 这里有一个总结. 用于第一 10 分钟, 有一个温柔的引进非基因组学的书呆子的是什么样的测序现在. 那么迈克尔介绍如何汇编作品的文学–与有关债权完成 “更好” 汇编为每个新文件走来. 这包括问题,装配试图解决不同战略类型的样本.

周围14分钟, 我们开始看到是什么感觉是谁需要访问一些汇编软件研究员. 然后,他介绍如何不同的实验组–像偏远岛屿–今天可以瞬间周围的出货数据序列. 但生物学家都喜欢 “码头工人的数据”: 他们必须卸载, 解压, 安装, 试图让所有正确的碎片拼凑起来,使其在新的实验室工作. 我们正在做 “散杂货” 科学现在. 这是发挥国家的真正了不起的评估, 我以为.

如果你确定与其他作品, 你可以跳到16分钟左右, 在这里我们得到了解的泊坞的益处为这种类型的研究的具体例. 迈克尔接着描述了如何泊坞窗已帮助他建立一个系统来分类和评估各种装配. 他开发了一种名为项目 nucleotid.es (发音一样 “核苷酸”), 他接着描述. 它提供了有关各种装配细节, 其中已投入容器,很容易访问和使用,以比较不同的软件. 有基准的例子, 但你也可以使用这些容器自己组装的目的. 你可以浏览这个网站的更多细节和大量的数据对他们已经汇编比较. 原因做这方面的一个很好的概述,也可以在博客中发现那边: 为什么要使用集装箱科学软件?

在约25分钟, 一些限制和问题,因为它们被指出. 配件泊坞窗到现有基础设施, 和incentivising开发人员创建泊坞窗容器, 可问题. 但结局–具有比传统出版物重复性更好的策略, 有持续访问软件, 和 “痛苦的重复数据删除” 似乎是值得研究, 为确保. deduplication_of_agony 随后巴顿描述管道可能是什么样子的研究员与一些新的序列–你可以使用数据免遭各种装配,使有关如何进行决策, 而不是在翻看报纸或只是使用的是什么实验室隔壁做. 如果你有一个新的汇编, 您可以使用此设置为基准它,以及.

所以,如果你已经听到泊坞窗, 而一直关注周围的基因组数据和软件的访问和可重复性的问题, 看看这个视频. 它很好地介绍了我们所面临的问题, 和一个可能的解决方案, 用一个具体的例子. 可能有其他有用的方法,以及–就像提供一个中央门户网站用来访问多个工具, 像AutoAsssemblyD描述了–但是这是真正为用户的不同子集. 但对于软件比较的更一般的问题, 标杆, 并获得生物信息学工具, 泊坞似乎提供一个有用的策略. 我做了一个快速考研检查,看看是否泊坞窗是通过传统的出版系统尚未渗透, 并发现它是. 我发现, ballaxy (“一 星系-基于工作流的工具包的结构生物信息学”) 提供一个码头工人形象, 这意味着,有泊坞窗的把握前进可能真的是对软件用户非常有用,而迅速….

快速链接:

nucleotid.es: 銈://nucleotid.es

泊坞窗: 銈://www.docker.com

参考文献 (并且在这种情况下,滑动台):



从这篇文章和其他有用的和相关物品:

自动选择过程中的基因组汇编, JGI科学亮点. 十月 17, 2014. http://jgi.doe.gov/automating-selection-process-genome-assembler/

Veras A., 帕伯罗·Sá, 瓦斯科·阿泽维多, 阿图尔·席尔瓦, 隆美尔拉莫斯, 生物科学研究所, 联邦大学帕拉, 伯利恒, 帕拉 & 巴西 (2013). AutoAssemblyD: 一个图形用户界面系统的一些基因组装配, 生物信息学, 9 (16) 840-841. 分类号: 銈://dx.doi.org/10.6026/97320630009840

希尔德布兰特A. K., ð. Stockel, ñ. M. 渔, L. 德拉加尔萨, Ĵ. 克鲁格, S. 尼克尔斯, M. Rottig, ç. 锐, M. 舒曼, P. 泰尔 & H.-P. Lenhof & (2014). ballaxy: 对于结构生物信息学网络服务, 生物信息学, 31 (1) 121-122. 分类号: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu574

答案是什么? (Biostars的F1 x银河版本!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

原来Biostars网站的后代, 银河Biostars取代了他们的支持邮件列表.

一般每个星期,我们突出一个帖子从 主要Biostars网站, 它回答了一些问题,或提供的生物信息学工具的讨论或跨越许多领域分析. 但这个星期,我想给你看看映泰的后代–映泰银河!

我打电话给它Biostars x的F1 星系, 而不是性别 “银河的儿子”. 有一个较后在银河映泰支持网站描述远离其传统的邮件列表的支持过渡到这种新格式. 我会在这里连接的那部分, 但它的长,所以你应该去阅读整个事情在那边.

论坛: 欢迎来到银河映泰

亲爱的银河社区,
银河已经与映泰建立在银河的用户支持论坛 通过https://biostar.usegalaxy.org!

我们要创建那里的研究人员使用的空间 星系 能走到一起,分享双方的科学建议和实用的工具帮助. 无论是在 usegalaxy.org, 一 Cloudman 例, 或任何其他银河 (公众当地), 如果你有话要说 用银河, 这是做它的地方!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

詹妮弗·希尔曼杰克逊

正如我指出的那边, 我一直在使用邮件列表愉快很长一段时间,因为这是我们不得不. 但我认为这是一个伟大的方式过渡到现在的支持,而不是电子邮件列表. 去检查出来!

 

一周的视频提示: 与疾病相关的基因的列表

我目前在巴拉斯港, 在智利的欧洲分子生物学基因组学研讨会. 这次研讨会主要是针对研究生和导师都, 大部分, 在博克群校友. 我给了一个教程,关于基因组学数据库.

无论如何, 研讨会的最后两天是一个挑战, 在团队 3-4 由教员建议, 学生发展与癫痫相关基因的清单. 明显, 这可能是一个简单的任务, 刚去 OMIM多孔的组分 抢列表. 但这一挑战,需要他们去背后并使用现有的数据并作出预测. 我的团队尝试, 在我的建议, 一些头脑风暴技巧,以确保更有创意的解决方案,比他们有单独或刚刚跳进正常组动力上来. 它似乎工作, 他们的解决方案是颇有创意,我们今天将了解如何工作的.

那是我长的方式说, 在这个过程中,我们遇到的基因疾病的信息许多数据库. 上面你会发现大鼠基因疾病关联的视频从 含RGD, 经常使用当然是要研究人类基因疾病协会.

下面你会发现一些优秀的数据库和资源列表找到类似的清单:

基因关联数据库 http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

疾病 銈://diseases.jensenlab.org /

多孔的组分 http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

几个NCBI资源 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

UCSC基因组浏览器的轨道疾病和表型 銈://genome.ucsc.edu

有几个人我敢肯定,, 如果你有最喜欢的不是这个名单上, 请发表评论.

参考RGD:
Laulederkind S.J.F., 海曼G.T., 王S.J., J.R.史密斯, 洛瑞T.F., Nigam的R。, Petri网五, J.庞斯, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). 鼠基因组数据库2013–数据, 工具和用户, 在生物信息学简报, 14 (4) 520-526. 分类号:

一周的视频提示: MetaPhlAn和银河

CPB使用银河 2银河项目 关于 VIMEO.

装载和使用的数据类型和 OpenHelix银河教程 为获得熟悉银河界面和用法.

宏基因组学分析可以是一个有点吓人,有时, 但也有工具了好多个都来协助研究员分析. 综合微生物基因组 在JGI有一些优秀的工具,如 IMG / M期IMG HMP M. (OpenHelix 教程) 还有,我建议你看看其他的优秀的工具. QIIME 是一个极好的工具也.

但上面没有本身一个宏基因组学教程, 相反,它是一个如何使用银河接口加载数据和数据类型的一些短截屏. 为什么? 因为一个极好的工具集用于宏基因组分析 MetaPhlAn 从Huttenhower实验室在哈佛.

该MetaPhlan工具可以下载和“离线”使用, 但他们也有一个很好的 银河界面的工具. 如果你通过自己走路 在其网站上MetaPhlAn教程, 包括他们的银河模块1, 与银河上述熟悉自己后, 这应该可以帮助您在一些优秀的宏基因组学分析开始.

要获得这些感觉和其他的工具和工作流程, 你可能想浏览这个优秀的幻灯片从苏里亚萨哈设置, 研究助理在康奈尔大学, 从去年.

快速连结:

星系

尼古拉Segata, 列维沃尔德伦, 安娜丽莎Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, 奥利维尔Jousson & 柯蒂斯Huttenhower (2012). 采用独特的类群特异性标记基因的宏基因组微生物群落分析 自然方法 (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

一周的视频提示: TrioVis家庭的基因组数据集

我一直感兴趣的新战略,以数据可视化. 所以当我看到一个工具来帮助分析家庭基因组数据的讨论, 我去看看. TrioVis是一个新的软件工具,可以提供不错的可视化和过滤策略探讨父母与子女三人数据集. 家庭寻求未知的医疗情况下,可能会影响他们的孩子的信息,这些数据集将变得越来越普遍. 但是,他们正在广泛使用已经在许多的研究现状.

TrioVis 依赖于共同 VCF或Variant调用格式 所产生的测序数据的文件. 你可以看看他们携带的信息类型 1000 基因组计划 网站. 每个家长和孩子在一个三人的情况下创建这些文件, 然后是可视化与TrioVis以这种方式:

用户界面由五个部分: 的主要表 (无花果. 1一), 全球变种数条形图 (无花果. 1乙), 变异频率滑块 (无花果. 1ç), 覆盖滑块 (无花果. 1ð) 直方图视图 (无花果. 1é). 每节三人数据集中在一个特定的方面,并提供具体的互动功能校准阈值. 父亲, 母亲和儿童是绿色颜色编码, 橙色和蓝色, 分别.

你可以阅读报纸,他们的目标和战略的更多细节. 他们还指出,一些 1000 基因组项目的样本数据,你可以用它来运行他们的工具.

但我也希望到赞扬TrioVis的乡亲把一个截屏工具在他们的抽象权利. 因此,他们的视频是什么,我想您可以查看本周提示的周:

TrioVis酒井良 关于 VIMEO.

现在还没有一个Web界面来使用, 但我注意到在他们的论文,他们计划整合成 星系. 我认为这是另一个伟大的想法,对他们的一部分.

所以,如果你发现自己探索家庭三人数据集, 考虑在TrioVis看看.

贾斯汀约翰逊吸引了我的注意,这种纸和资源的帽尖.

快速链接:

TrioVis软件: https://bitbucket.org/biovizleuven/triovis/wiki/Home

TrioVis视频: http://vimeo.com/user6757771/triovis

参考:

树脂, 河, Sifrim, 答:, 范德默勒, 答:, & Aerts, Ĵ. (2013). TrioVis: 一个可视化的方法过滤父子三人的基因变种 生物信息学 分类号: 10.1093/bioinformatics/btt267