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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include a dinoflagellate genome; artificial base pairs in use; the relative joy of entrepreneurship graphed; 숨겨진 은하 특징; free image resources from NIH; new and updated tools for various purposes–언제나처럼; a trait-matching challenge; and veterans who continue to do service by offering their DNA to researchers. Oddest thing: an ear built with van Gogh’s DNA. 그리고 더 많은….


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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include a FlyBook from FlyBase; deep thoughts on the cloud; “Sequence to Medical Phenotypes” 소프트웨어; DNA.land relaunching; reference genomes info; updated feature in 정확히는; legal looking at “secret DNA computer source code” and secret DNA to thwart art theives; Rabbit Turds at 은하 (정말); bad documentation behavior. Also good communication behavior for genetic counselors. 그리고 더 많은….


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금요일 SNPpets

Everybody was full of vim and vigor this week, and a lot of great things were going around. Oddest thing was “fitbit cages for laboratory mice”. But I can see the value. Most heated post will probably be “Myths of Bioinformatics Software.” Other things included recommended data repositories from @PLOS journals, sequencing kids’ genomes, non-coding variants affecting drug activity, a new LD tool, DNA contamination issues, cancer data challenge, microbial databases (포함 그림 that we love), 은하 회담, 더.


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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include mining disease genes with PPI and co-regulation networks, DNA and the law, great posts on germline genetic engineering moratorium discussions, a bioinformatics “middle class”, new human genome assembly models, 더….


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주의 비디오 도움말: 게놈 어셈블러와 #Docker

지난 가을 있었다 내가 도커에 한 팁, genoscenti 주위에 잡담을 많이 선택하기 시작 하였다. 그것은 재현성의 문제 중 일부에 대한 좋은 해결책처럼 보이기 시작과 유전체학 소프트웨어의 재사용되었다–그것을 containerize. 그것을 상자, 그것을 넘겨. 이 많은 관심은 확실히 그리고 지역 사회에 호소, 하지만 사방 도커을 출시와 함께 해결하기 위해 여전히 몇 가지 문제가 있습니다. 그러나, 내 인상은 도커 팀과 지역 사회가 가능한 한 광범위하게 유용 할 수있는 도구를 발전에 관심과 적극적인 것 같다입니다.

그래서이 트윗을 압연 할 때 #생물 정보학 내 트윗 덱에 트위터 칼럼, 마이클 바턴하여이 이야기를보고 흥분했다 (누가 분야에서 최고의 트위터 핸들이: @ 생물 정보학). 그것은 도커은 생물 정보학 도구 공간의 문제들을 겨냥 될 수있는 방법의 예가 훌륭한. 그것은 유일한 옵션이 아니다, 또는 코스. 일부 워크 플로우 자원 등 은하 게놈 연구의 다른 기능을 커버 할 수있다’ 요구. 하지만 완전한 작업 용기 소프트웨어를 비교하고 분배 문제 일반적인 해결책으로, 고정 표시기 매우 유용한 전략으로 개발하는 것.

여기 동영상입니다:

이것은 우리의 전형적인 이상이지만 “도움말”, 난 당신이 도커의 아이디어를 처음 사용하는 경우 시청을 시간을 개척하는 것이 좋습니다 것. 경우에 당신은 이야기를 들어 지금은 시간이 없어, 여기에 요약이다. 첫번째의 경우 10 분, 무엇을 시퀀싱하는 것은 지금처럼에 대한 비 게놈 바보를위한 부드러운 소개가있다. 그리고 마이클은 어떻게 어셈블러 문학 작품 설명–대한 완료 주장에 “더” 어셈블러 각각의 새로운 종이가 따라 온다. 이 어셈블러는 다른 전략으로 해결하고자하는 문제 유형의 샘플을 포함.

14min 약, 우리는 어떤 어셈블러 소프트웨어에 액세스하는 데 필요한 연구원 수 등 무엇을보고 시작. 그리고는 어떻게 다른 실험실 그룹을 설명합니다–낙도 등–즉시 주위에 오늘 자신의 시퀀스 데이터를 제공 할 수 있습니다. 그러나 생물 학자들은 같다고 “데이터에 대한 항만 노동자”: 그들은 언로드해야, 풀다, 설치, 이 새로운 실험실에서 작동하도록 모두 함께 오른쪽 조각을 얻으려고. 우리는 일을 “브레이크 벌크” 과학 지금. 즉 놀이의 상태의 정말 훌륭한 평가했다, 내 생각.

당신은 다른 조각으로 확인하는 경우, 당신은 16min 주위에 건너 뛸 수 있습니다, 우리는 이러한 유형의 연구를위한 도커의 이점의 구체 예를 알게 어디에. 마이클은 도커는 카탈로그 및 다양한 조립을 평가하는 시스템을 구축하기 위해 그를 도왔다 방법을 설명하기 위하여 계속. 그는라는 프로젝트를 개발 nucleotid.es (단지로 발음 “세포핵”), 그는 그렇게 설명에 간다. 그것은 다양한 어셈블러에 대한 세부 정보를 제공합니다, 액세스 할 다른 소프트웨어를 비교하는 데 사용하는 쉬운 용기에 넣어 가지고있는. 벤치 마크의 사례가있다, 하지만 당신은 자신의 조립을 위해 이러한 컨테이​​너를 사용할 수 있습니다. 당신은 그들이 이미 가지고있는 어셈블러 비교에 대한 자세한 사항에 대한 사이트와 많은 양의 데이터를 탐색 할 수 있습니다. 이렇게하는 이유의 좋은 개요는 저기 블로그 게시물에서 찾을 수 있습니다: 왜 과학적인 소프트웨어에 대한 사용 용기?

약 25 분에서, 제약과 몇 가지 문제들이 지적된다. 기존 인프라에 피팅 도커, 와 개발자 인센티브를하는 것은 도커 컨테이너를 만들 수 있습니다, 문제가 될 수 있습니다. 그러나 결과–재현성 기존의 출판물보다 더 좋은 전략을 가지고, 소프트웨어에 대한 지속적인 액세스를 갖는, 그리고 “고통의 중복 제거” 조사 가치가있을 것 같다, 확실히. deduplication_of_agony 그 다음 바톤은 파이프 라인이 새로운 순서로 연구원에 대한 어떤 모습으로 변할 설명–당신이 진행하는 방법에 대한 결정을 내릴 어셈블러의 다양한 데이터를 사용할 수 있습니다, 오히려 실험실 옆에 무슨 짓을 논문을 통해 선별하거나 사용하는 것보다. 그리고 당신은 새로운 어셈블러가있는 경우, 당신은뿐만 아니라 벤치 마크에이 설정을 사용할 수 있습니다.

그래서 만약 당신이 도커에 대해 들었어요, 및 유전체 데이터와 소프트웨어 주위에 액세스 및 재현성 문제에 대해 우려하고있다, 이 비디오를 보라. 그것은 잘 우리가 직면 한 문제를 제시, 하나의 가능한 솔루션, 구체적인 예와 함께. 뿐만 아니라 다른 유용한 방법이 될 수있다–중앙 포털을 제공하고 같은 용도는 여러 도구에 액세스하려면, AutoAsssemblyD 설명 것처럼–하지만 사용자의 다른 부분 집합에 대해 정말로. 그러나 소프트웨어 비교 더 일반적인 문제, 벤치마킹, 생물 정보학 도구에 액세스, 고정 표시기는 유용한 전략을 제공하는 것. 그리고 빠른 PubMed의는 도커 아직 전통적인 출판 시스템을 통하여 침출되어 있는지 확인 않았다, 그것이 것을 발견. 나는 것을 발견 ballaxy (“a 은하-구조 생물 정보학 기반의 워크 플로우 툴킷”) 도커 이미지로 제공됩니다, 이는 향후 부두 노동자의 이해를 갖는 것은 정말 오히려 빠르게 소프트웨어 사용자에게 유용 할 수 있음을 의미….

빠른 링크:

nucleotid.es: HTTP를://nucleotid.es

고정 표시기: HTTP를://www.docker.com

참고 문헌 (이 경우 슬라이드 데크):



이 게시물에서 그리고 다른 유용한 및 관련 항목:

게놈 어셈블러에 대한 선택 프로세스 자동화, JGI 과학 하이라이트. October 17, 2014. http://jgi.doe.gov/automating-selection-process-genome-assembler/

Veras의 A., 파블로 드 Sá, 바스코 제베, 아르투르 실바, 롬멜 라모스, 생물 과학 연구소, 연방 대학 파라, 베들레헴, 파라 & 브라질 (2013). AutoAssemblyD: 여러 게놈 조립을위한 그래픽 사용자 인터페이스 시스템, 바이오, 9 (16) 840-841. 간접 자원부: HTTP를://dx.doi.org/10.6026/97320630009840

Hildebrandt A. K., 디. Stockel, 없음. M. 어부, 패. 드 라 가르, Kokocinski. 크루거, S. 니켈, M. Rottig, C 조. 날카로운, M. 슈만, 피. 티엘 & H.-P. Lenhof & (2014). ballaxy: 구조 생물 정보학에 대한 웹 서비스, 생물 정보학, 31 (1) 121-122. 간접 자원부: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu574

답변은 무엇입니까? (Biostars의 F1 갤럭시 버전하기 x!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

원래 Biostars 사이트의 자손, 갤럭시 Biostars은 지원 메일 링리스트를 대체.

일반적으로 각 주에 우리는에서 포스트를 강조 주요 Biostars 사이트, 몇 가지 질문에 대답이나 생물 정보학 도구의 설명을 제공하거나 다양한 무대를 통해 분석하는. 그러나 이번 주 나는 당신에게 바이오 스타 (Biostar)의 자손을 살펴주고 싶어–바이오 스타 (Biostar) 갤럭시!

나는 그것을 Biostars x의 F1 전화 해요 은하, 오히려 젠더보다 “갤럭시의 아들”. 이 새로운 형식으로 떨어져 전통적인 메일 링리스트 기반 지원에서 전환을 설명하는 갤럭시 바이오 스타 (Biostar) 지원 사이트에서 게시물을 통해이있다. 여기 그 부분을 연결합니다, 하지만 그래서 당신은 거기 전체를​​ 읽어 가야한다 길어.

포럼: 갤럭시 바이오 스타 (Biostar)에 오신 것을 환영합니다

친애하는 갤럭시 커뮤니티,
갤럭시는 갤럭시 사용자 지원 포럼을 만드는 바이오 스타 (Biostar)와 협력하고있다 은 https://biostar.usegalaxy.org!

우리는 연구자가 사용하는 공간을 만들려면 은하 함께 모여 과학적인 조언과 실용적인 도구의 도움을 모두 공유 할 수 있습니다. 에 대한 여부 usegalaxy.org, a Cloudman 예, 또는 다른 은하 (공개 또는 지역), 당신에 대해 할 말이있는 경우 갤럭시를 사용하여, 이 그것을 할 수있는 장소입니다!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

제니퍼 힐만 잭슨

나는 거기 언급 한 바와 같이, 즉 우리가 가진 무엇 때문에 오랫동안 행복하게 메일 링리스트를 사용하고있다. 그러나 나는이 대신 이메일 목록의 지금 지원하기 위해 전환 할 수있는 좋은 방법이라고 생각. 확인해!

 

주의 비디오 도움말: 질병과 관련된 유전자의 목록

나는 푸에르토 바라 스 나는 현재, EMBO 게놈 워크숍에서 칠레. 워크숍은 대학원 학생들을 위해 주로하고 강사는, 대부분, 보크 그룹의 졸업생. 나는 게놈 데이터베이스에 대한 자습서를 준.

어쨌든, 워크숍의 마지막 이틀 도전, 팀에 3-4 강사의 조언, 학생들은 간질과 관련된 유전자의 목록을 개발한다. 명백하게, 이 간단한 작업이 될 수 있습니다, 단지로 이동 OMIM 또는 GENECARDS 그리고 목록을 잡아. 그러나이 문제는 그 뒤에 가서 사용할 수있는 데이터를 사용하여 예측을 만들 것을 요구. 우리 팀이 시도, 내 제안에, 그들은 개별적으로 또는 단지 정상 집단 역학에 뛰어 가지고 올 수있는 것보다 더 창조적 인 솔루션을 보장하기 위해 몇 가지 브레인 스토밍 기법. 그것은 작동하는 것 같았다, 그들의 솔루션은 매우 창조적이며 우리는 어떻게 작동하는지 오늘 발견 할 것이다.

그 말을 내 먼 길이었다, 그 과정에서 우리는 유전자 질병 정보의 많은 데이터베이스를 통해 온. 당신은에서 쥐의 유전자 질환 협회의 비디오를 찾을 수 위 RGD, 종종 인간 유전자 질환 연관성을 조사 물론 사용.

당신은 유사한 목록을 찾기 위해 몇 가지 훌륭한 데이터베이스 및 자원 목록 이하를 찾을 것입니다:

유전자 협회의 데이터베이스 http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

질병 HTTP를://diseases.jensenlab.org /

GeneCards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

여러 NCBI 자원 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

질병 및 표현형에 대한 UCSC 게놈 브라우저의 트랙 HTTP를://genome.ucsc.edu

확실 해요 여러 사람이 있습니다, 만약 당신이 목록에서 즐겨 찾기를하지 않은 경우, 의견을주세요.

RGD에 대한 참조:
Laulederkind S.J.F., 맨 G.T., 왕 S.J., 스미스 J.R., 라 T.F., Nigam는 R., 페트리 V., J. 뇌교, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). 쥐 게놈 데이터베이스 2013–데이터, 도구 및 사용자, 생물 정보학에 브리핑, 14 (4) 520-526. 간접 자원부:

주의 비디오 도움말: MetaPhlAn 갤럭시

CPB는 갤럭시를 사용하여 2 부터 갤럭시 프로젝트Vimeo.

로드 및 사용하여 데이터 유형과의 OpenHelix 갤럭시 자습서 갤럭시 인터페이스 및 사용에 익숙한 얻기위한.

메타 지노믹스 분석은 시간에 조금 어려운 수, 하지만 도구의 좋은 숫자 분석 연구를 지원하기 위해 거기 밖으로. 통합 미생물 Genomes JGI에서는 다음과 같은 몇 가지 훌륭한 도구가에서 그림 / 입방 미터IMG HMP M. (OpenHelix 튜토리얼) 나는 당신이 체크 아웃 제안 다른 훌륭한 도구가 있습니다. QIIME 훌륭한 도구도 있습니다.

그러나 위는 자체 메타 지노믹스의 자습서가 아닙니다, 오히려 그것은 데이터를로드 및 데이터 유형에 대한 갤럭시 인터페이스를 사용하는 방법에 대한 몇 가지 짧은 스크린 캐스트의. 왜? metagenomic 분석을 위해 사용하는 도구의 또 다른 훌륭한 세트이기 때문에 MetaPhlAn 하버드 Huttenhower 실험실에서.

MetaPhlan 도구를 다운로드하고 '오프라인'을 사용할 수 있습니다, 그러나 또한이 좋음 도구 갤럭시 인터페이스. 당신은을 통해 자신을 걸 으면 자신의 사이트에 MetaPhlAn 자습서, 자신의 갤럭시 모듈 하나를 포함, 갤럭시 위에 익숙해 후, 즉, 일부 우수한 메타 지노믹스 분석을 시작하는 데 도움이해야합니다.

이들의 느낌과 다른 도구와 워크 플로우를 얻으려면, 당신은 수르야 사하구에서 설정이 우수한 슬라이드를 탐색 할 수 있습니다, 코넬 대학에서 연구원, 작년부터.

빠른 연결:

은하

니콜라 Segata, 레비 Waldron에서, ANNALISA Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, 올리비에 Jousson & 커티스 Huttenhower (2012). 독특한 clade의 특정 마커 유전자를 사용하여 Metagenomic 미생물 군집 프로파일 자연 방법 (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

주의 비디오 도움말: 가족 게놈 데이터 세트 TrioVis

난 항상 데이터를 시각화하는 새로운 전략에 관심이 있어요. 그래서 가족 게놈 데이터를 분석하는 데 도움이되는 도구에 대한 논의를봤을 때, 나는 모습을 가지고 갔다. TrioVis 좋은 시각화 부모와 자식 트리오 데이터 세트를 탐험 필터링 전략을 제공하는 새로운 소프트웨어 도구입니다. 가족이 그들의 아이에 영향을 미칠 수 있습니다에 uncharacterized 의료 상황에 대한 정보를 구할 때 이러한 데이터 세트는 점차 일반화 될 것이다. 그러나 그들은 널리 많은 연구 상황에서 이미 사용중인.

TrioVis 일반에 의존 VCF 또는 변형 통화 형식 시퀀싱 데이터에서 생성되는 파일. 당신은 그들이에서 수행 정보의 유형에서 볼 수있다 1000 Genomes 프로젝트 사이트. 이러한 파일은 트리오 상황에서 각 부모와 자식에 대해 생성됩니다, 그리고 그들은 이러한 방식으로 TrioVis과 시각화:

사용자 인터페이스는 다섯 가지 섹션으로 구성: 기본 테이블 (무화과. 1A), 글로벌 변형 카운트 막대 그래프 (무화과. 1B 조), 변형 주파수 슬라이더 (무화과. 1C 조), 범위 슬라이더 (무화과. 1디) 와 히스토그램 뷰에게 (무화과. 1이메일). 각 섹션 트리오 데이터의 특정 측면에 초점을 맞추고 임계 값을 보정하기 위해 특정 대화 형 기능을 제공합니다. 아버지, 엄마와 아이가 녹색 색으로 구분됩니다, 오렌지와 블루, 각각.

당신은 자신의 목표와 전략에 대한 자세한 내용은 용지를 읽을 수 있습니다. 그들은 또한 몇 가지를 가리 1000 게놈 프로젝트의 샘플 데이터는 자신의 도구를 실행하는 데 사용할 수.

그러나 나는 또한 그들의 추상에 자신의 도구 오른쪽의 스크린 캐스트를 퍼팅 TrioVis 사람을 칭찬 할. 그래서 자신의 비디오를 당신이주의 이번주의 팁으로 보려는 것입니다:

TrioVis 부터 료 사카이Vimeo.

지금 사용하는 웹 인터페이스가 없습니다, 그러나 나는 그들이이 점을 통합하려는 자신의 논문에서 발견 은하. 나는 그들의 부분에 또 다른 좋은 아이디어라고 생각합니다.

자신은 가족 트리오 데이터 세트를 탐험 찾을 그렇다면, TrioVis의 모습을 고려.

이 문서와 리소스에 내 관심을 그리기 저스틴 존슨 모자 팁.

빠른 링크:

TrioVis 소프트웨어: https://bitbucket.org/biovizleuven/triovis/wiki/Home

TrioVis 비디오: http://vimeo.com/user6757771/triovis

참조:

사카이, 기철, Sifrim, 대답 :, Vande Moere, 대답 :, & Aerts, Kokocinski. (2013). TrioVis: 부모 - 자식 트리오의 게놈 변형을 필터링 시각화 방법 생물 정보학 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/btt267