Tag Archives: Galaxie

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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include a dinoflagellate genome; artificial base pairs in use; the relative joy of entrepreneurship graphed; versteckt Galaxy Features; free image resources from NIH; new and updated tools for various purposes–wie immer; a trait-matching challenge; and veterans who continue to do service by offering their DNA to researchers. Oddest thing: an ear built with van Gogh’s DNA. Und mehr….


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Freitag SNPpets

Diese Woche SNPpets gehören ein Flybook aus FlyBase; tiefe Gedanken auf der Wolke; “Sequenz Medical Phänotypen” Software; DNA.land Relaunch; Referenzgenome info; aktualisiert Feature in Exac; Rechts betrachten “Geheimnis DNA-Computer-Quellcode” und geheime DNA zur Kunst Diebe zu vereiteln; Kaninchen Turds an Galaxy (wirklich); schlechte Dokumentation Verhalten. Auch gute Kommunikation Verhalten für genetische Berater. Und mehr….


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Freitag SNPpets

Everybody was full of vim and vigor this week, and a lot of great things were going around. Oddest thing was “fitbit cages for laboratory mice”. But I can see the value. Most heated post will probably be “Myths of Bioinformatics Software.” Other things included recommended data repositories from @PLOS journals, sequencing kids’ Genome, non-coding variants affecting drug activity, a new LD tool, DNA contamination issues, cancer data challenge, microbial databases (einschließlich IMG that we love), Galaxy Gespräche, und mehr.


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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include mining disease genes with PPI and co-regulation networks, DNA and the law, great posts on germline genetic engineering moratorium discussions, a bioinformatics “middle class”, new human genome assembly models, und mehr….


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Video Tipp der Woche: Genome Monteure und #Docker

Im vergangenen Herbst gab es einen tip ich auf Docker tat, die ausgehend wurde zu holen eine Menge Geschwätz um die genoscenti. Es begann, wie eine gute Lösung für einige der Probleme der Reproduzierbarkeit aussehen und Wiederverwendung von Software in der Genomik–containerize es. Box it up, geben Sie es ab. Es gibt sicherlich eine Menge Interesse und Attraktivität in der Gemeinschaft, aber es gibt noch einige Fragen im Zusammenhang mit Ausrollen Docker überall zu lösen. Allerdings, Mein Eindruck ist, dass die Docker Team und Gemeinschaft scheint interessiert und bei der Weiterentwicklung der Werkzeuge aktiv, im Großen und Ganzen sinnvoll wie möglich zu sein.

Also, wenn Sie diese tweet rollte durch die #Bioinformatik twitter Spalte auf meinem Tweetdeck, Ich war aufgeregt, diesen Vortrag von Michael Barton sehen (die das Beste twitter Griff auf dem Gebiet hat: @ Bioinformatik). Es ist ein hervorragendes Beispiel dafür, wie Docker können auf einige der Probleme in der Bioinformatik Werkzeug Raum ausgerichtet sein. Es ist nicht die einzige Option,, oder natürlich. Einige Ressourcen wie Workflow Galaxy können andere Funktionen der Genomik Forscher decken’ Bedürfnisse. Aber als eine allgemeine Lösung für die Probleme des Vergleichens Software und Verteilen komplette Arbeitsbehältern, Docker scheint die Entwicklung in eine sehr nützliche Strategie.

Hier ist das Video:

Auch wenn diese länger als unsere typischen ist “Tipps”, Ich würde empfehlen, dass Sie einige Zeit zu schnitzen, um zu sehen, wenn Sie neu in der Idee der Docker sind. Falls Sie keine Zeit haben, jetzt für das Gespräch, Hier ist eine Zusammenfassung. Das erste 10 Minuten, es gibt eine einfache Einführung für Nicht-Genomsequenzierungs nerds, was jetzt ist wie. Dann beschreibt Michael, wie die Assembler Literatur Werke–mit Abschluss Behauptungen über die “besser” Assembler als jeder neue Papier kommt. Dies schließt ein Beispiel der Art von Problemen, die Monteure versuchen, mit unterschiedlichen Strategien bewältigen.

Etwa 14min, wir beginnen, was es heißt, die Forscher, die einige Assembler-Software zugreifen muss sein Aussehen. Dann beschreibt er, wie verschiedene Laborgruppen–wie Ferninseln–kann sofort liefern ihre Sequenzdaten um heute. Aber das Biologen sind wie “Hafenarbeiter für Daten”: sie zu entladen haben, auspacken, installieren, versuchen, alle die passenden Stücke zusammen zu bekommen, um es in einem neuen Labor arbeiten. Wir tun “Stückgut” Wissenschaft jetzt. Das war wirklich ein tolles Beurteilung der Stand der Dinge, Ich dachte,.

Wenn Sie in Ordnung mit den anderen Stücke sind, Sie können rund 16min überspringen, wo wir mit einem speziellen Beispiel für die Vorteile der Hafenarbeiter für diese Art der Forschung kennen. Michael geht weiter zu beschreiben, wie Docker hat ihm geholfen, ein System zu bauen zum Katalog und bewerten verschiedene Monteure. Er entwickelte das Projekt mit dem Namen nucleotid.es (ausgeprägt wie “Nukleotide”), die er fährt fort zu beschreiben,. Es bietet Informationen über verschiedene Monteure, die in Containern, die leicht zugänglich und zu verwenden, um verschiedene Software vergleichen sind gesetzt worden. Es gibt Beispiele von Benchmarks, aber Sie können diese Container für den eigenen Montagezwecken auch. Sie können die Website für weitere Informationen und eine Menge Daten über die Assembler-Vergleiche, die sie bereits haben erkunden. Eine gute Übersicht über die Gründe, dies zu tun kann auch in der Blog-Post über dort zu finden: Warum Gebrauch Behälter für wissenschaftliche Software?

Um ca. 25min, einige der Einschränkungen und Probleme, die sie festgestellt werden. Fitting Docker in bestehende Infrastruktur, und Anreize für Entwickler Docker Container erstellen, können Themen sein. Aber die Ergebnisse–eine bessere Strategie als traditionelle Publikations Reproduzierbarkeit, mit anhaltenden Zugriff auf die Software, und die “Deduplizierung der Qual” scheint zu sein, eine Untersuchung wert, sicher. deduplication_of_agony Dann beschreibt Barton, was die Pipeline könnte wie für Forscher mit einigen neuen Sequenz aussehen–Sie können die Daten aus einer Vielzahl von Assembler verwenden, um Entscheidungen über das weitere Vorgehen machen, anstatt sichten Papiere oder einfach nur mit, was das Labor nebenan tat. Und wenn Sie einen neuen Assembler haben, Sie können diese Einstellung für das Benchmarking es zu nutzen.

Also, wenn Sie schon über Docker worden hören, und sind besorgt über den Zugang und die Reproduzierbarkeit Fragen rund um Genomdaten und Software gewesen, Schauen Sie sich dieses Video. Es stellt schön die Probleme, die wir, und eine mögliche Lösung, mit einem konkreten Beispiel. Möglicherweise gibt es andere nützliche Methoden sowie sein–wie die eine zentrale Portal für Anwendungen auf mehrere Tools zugreifen, wie AutoAsssemblyD beschrieben–aber das ist wirklich für eine andere Teilmenge der Benutzer. Aber für das allgemeinere Problem der Software Vergleiche, Benchmarking, und den Zugang zu der Bioinformatik, Docker scheint eine nützliche Strategie bieten. Und ich habe eine schnelle PubMed überprüfen, ob Docker ist durch die traditionelle Publikationssystem sickert noch, und festgestellt, dass es. Ich fand, dass ballaxy (“ein Galaxy-basierten Workflow-Toolkit für strukturelle Bioinformatik”) als Docker Bild angeboten, was bedeutet, dass mit einem Gespür für Docker Zukunft kann wirklich nützlich für Users sein ziemlich schnell….

Quick-Links:

nucleotid.es: http://nucleotid.es

Docker: http://www.docker.com

Referenzen (und in diesem Fall wird der Gleitboden):



Und andere nützliche und zugehörige Artikel von diesem Posten:

Die Automatisierung der Auswahlprozess für eine Genom Assembler, JGI Wissenschaft Höhepunkte. Oktober 17, 2014. http://jgi.doe.gov/automating-selection-process-genome-assembler/

Veras A., Pablo de Sá, Vasco Azevedo, Artur Silva, Rommel Ramos, Institut für Biologische Wissenschaften, Federal University Pará, Bethlehem, Para & Brasilien (2013). AutoAssemblyD: eine grafische Benutzeroberfläche für mehrere Genom Monteure, Bioinformation, 9 (16) 840-841. DOI: http://dx.doi.org/10.6026/97320630009840

Hildebrandt A.K., D. Stockel, N. M. Fischer, L. de la Garza, J. Kruger, S. Nickels, M. Rottig, C. Scharfe, M. Schumann, P. Thiel & H.-P. Lenhof & (2014). ballaxy: Web-Services für die strukturelle Bioinformatik, Bioinformatik, 31 (1) 121-122. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu574

Was ist die Antwort? (F1 Biostars x Galaxy Version!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

Nachkommen der ursprünglichen Biostars Website, Galaxy Biostars ihre Unterstützung Mailing-Liste ersetzt.

Generell jeder Woche stellen wir einen Beitrag aus dem Haupt Biostars Website, die einige Frage beantwortet oder Angebote Diskussion der Bioinformatik oder Analysen in vielen Arenen. Aber in dieser Woche möchte ich Ihnen einen Blick auf die Nachkommen von Biostar geben–Biostar Galaxy!

Ich rufe sie die F1 des Biostars x Galaxy, eher als die geschlechtsspezifische “Sohn von Galaxy”. Es gibt einen Beitrag über im Galaxy Biostar Support-Website, die einen Übergang beschreibt aus ihren traditionellen Mailing-Liste basierend Unterstützung dieses neue Format. Ich werde Teil davon hier verlinken, aber es ist lang, so sollten Sie gehen, lesen Sie die ganze Sache dort.

Forum: Willkommen bei Galaxy Biostar

Sehr geehrte Galaxy Gemeinschaft,
Galaxy hat sich mit Biostar zusammengetan, um ein Galaxy User-Support-Forum auf erstellen https://biostar.usegalaxy.org!

Wir wollen einen Raum, in dem die Forscher mit Hilfe erstellen Galaxy zusammen kommen und gemeinsam sowohl der wissenschaftlichen Beratung und praktische Hilfe Hilfe. Ob auf usegalaxy.org, ein Cloudman Beispiel, oder jede andere Galaxie (Öffentlichkeit oder lokal), wenn Sie etwas zu sagen haben Mit Galaxy, dies ist der Ort, es zu tun!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

Jennifer Hillman Jackson

Als ich dort festgestellt, Ich habe mit Mailinglisten gerne für eine lange Zeit, denn das ist, was wir hatten. Aber ich denke, das ist eine gute Möglichkeit, den Übergang jetzt statt der E-Mail-Listen zu unterstützen. Go check it out!

 

Video Tipp der Woche: Liste von Genen, die mit einer Krankheit

Ich bin derzeit in Puerto Varas, Chile bei einem EMBO-Workshop Genomics. Der Workshop ist vor allem für Studenten und Absolventen die Lehrer sind, zumeist, Alumni der Bork-Gruppe. Ich habe ein Tutorial über Genomik Datenbanken.

Sowieso, die letzten beiden Tage des Workshops ist eine Herausforderung, in Teams von 3-4 von einem Lehrer empfohlen, Schüler sind, um eine Liste von Genen, die mit Epilepsie zu entwickeln. Offensichtlich, könnte dies eine triviale Aufgabe sein, gerade zu gehen OMIM oder Genecards und ergreifen Sie eine Liste. Aber diese Herausforderung verlangt von ihnen, dahinter gehen und die verfügbaren Daten und Vorhersagen. Mein Team versucht, auf meine Anregung, einige Brainstorming-Techniken, um eine kreative Lösung zu gewährleisten, als sie tun konnte, einzeln oder nur Springen in normale Gruppendynamik. Es schien zu funktionieren, Ihre Lösung war sehr kreativ und wir werden herausfinden, wie das funktioniert heute.

Das war meine Art zu sagen, lange, in dem Prozess, den wir in vielen Datenbanken der Gen-Krankheit Informationen kamen. oben werden Sie ein Video von Ratten-Gen-Krankheit Verbände aus finden RGD, oft selbstverständlich verwendet werden, um menschliche Gen-Krankheit Verbände untersuchen.

Nachfolgend finden Sie eine Liste von einigen ausgezeichneten Datenbanken und Ressourcen zu finden, um ähnliche Listen finden:

Gene Verband Database http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

Krankheiten http://diseases.jensenlab.org /

Genecards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

Mehrere NCBI Ressourcen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

UCSC Genome Browser Spuren für Krankheit und Phänotyp http://genome.ucsc.edu

Es gibt einige andere, die ich bin sicher,, Wenn Sie einen Lieblings auf dieser Liste haben nicht, bitte kommentieren.

Referenz für RGD:
Laulederkind S.J.F., Hayman G.T., S. J. Wang, J. R. Smith, Lowry T.F., Nigam R., Petri V., J. Pons, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). Der Rat Genome Database 2013–Daten, Werkzeuge und Benutzer, Briefings in Bioinformatics, 14 (4) 520-526. DOI:

Video Tipp der Woche: MetaPhlAn und Galaxy

CPB Mit Galaxy 2 von Galaxy-Projekt auf Vimeo.

zum Laden und Verwenden von Datentypen und die OpenHelix Galaxy Tutorial für immer mit Galaxy-Schnittstelle und Anwendung vertraut.

Metagenomics Analyse kann manchmal ein bisschen einschüchternd, aber es gibt eine ganze Reihe von Tools gibt, die einen Forscher bei der Analyse unterstützen. Integrierte mikrobielle Genome bei JGI hat einige hervorragende Werkzeuge wie IMG / M und IMG HMP M. (OpenHelix Tutorial) Es gibt auch andere hervorragende Werkzeuge, die ich schlage vor, Sie überprüfen. QIIME ist ein ausgezeichnetes Werkzeug auch.

Aber die oben ist nicht per se eine Metagenom-Tutorial, sondern es ist eine kurze Screencast, wie die Galaxy-Schnittstelle für das Laden von Daten und Datentypen verwenden. Warum? Da eine weitere hervorragende Reihe von Tools für Metagenom-Analyse zu verwenden ist MetaPhlAn aus dem Labor in Harvard Huttenhower.

Die MetaPhlan Tools können heruntergeladen und verwendet werden "offline" werden, aber sie haben auch eine ausgezeichnete Galaxy Schnittstelle zu den Werkzeugen. Wenn Sie sich zu Fuß durch die MetaPhlAn Tutorials auf ihrer Website, einschließlich ihrer Galaxy-Modul ein, nachdem Sie sich mit Galaxy über vertraut, das sollte helfen, auf einige hervorragende Metagenom-Analyse beginnen.

Um ein Gefühl für diese und andere Tools und Workflows erhalten, Sie wollen vielleicht diese ausgezeichnete Folie aus Surya Saha gesetzt durchsuchen, Research Associate an der Cornell University, aus dem letzten Jahr.

Quick Links:

Galaxy

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Metagenom-mikrobiellen Gemeinschaft Profilerstellung mit einzigartigen Clade-spezifischer Marker-Gene Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Video Tipp der Woche: Triovis für Familien Genom Datensätze

Ich bin immer wieder in neue Strategien interessiert, Daten zu visualisieren. Also, wenn ich sah, Diskussion über ein Werkzeug zur Analyse Familie genomischen Daten, Ich ging, um einen Blick haben. Triovis ist eine neue Software-Tool, das schöne Visualisierung und Filterung Strategien für die Erkundung Eltern und Kind Trio Datensätzen bietet. Diese Datensätze werden immer häufiger als Familien aus suchen Informationen für uncharakterisierte medizinischen Situationen, die Auswirkungen auf ihre Kinder. Aber sie werden häufig bereits in vielen Situationen eingesetzt Forschung.

Triovis beruht auf der gemeinsamen VCF oder Variant Anruf Format Dateien, die von Sequenzdaten generiert werden. Sie können einen Blick auf die Arten von Informationen haben, die sie tragen bei der 1000 Genome-Projekt Site. Diese Dateien werden für jedes Elternteil und das Kind in einem Trio Situation geschaffen, und dann sind visualisiert Triovis auf diese Weise:

Die Benutzeroberfläche besteht aus fünf Abschnitten: die Haupttabelle (Feige. 1Ein), die globale Variante zählen Balkendiagramme (Feige. 1B), die Variante Frequenz Schieberegler (Feige. 1C), die Abdeckung Schieber (Feige. 1D) und das Histogramm Ansicht (Feige. 1E). Jeder Abschnitt konzentriert sich auf einen bestimmten Aspekt des Trios Daten und bietet spezielle interaktive Features, um die Schwellenwerte zu kalibrieren. Vater, Mutter und Kind sind farblich gekennzeichnet in grün, orange und blau, bzw..

Sie können das Papier für weitere Details über ihre Ziele und Strategien lesen. Sie gelten auch für irgendwann 1000 Genome Projekt Beispieldaten können Sie nutzen, um ihre Tool ausführen.

Aber ich möchte auch die Triovis Leute für die Umsetzung einen Screencast von ihr Werkzeug rechts in ihrer abstrakten loben. So ihr Video ist, was ich möchte, dass Sie als dieser Woche Tipp der Woche ansehen:

Triovis von Ryo Sakai auf Vimeo.

Im Moment gibt es keine Web-Oberfläche zu bedienen, aber ich merkte in ihrem Papier, dass sie diese in die Integration planen Galaxy. Ich denke, das ist eine andere große Idee ihrerseits.

Also, wenn Sie sich die Erkundung Familie Trio Datensätze, Sehen Sie einen Blick auf Triovis.

Hutspitze zu Justin Johnson für meine Aufmerksamkeit auf dieses Papier und Ressourcen.

Quick-Links:

Triovis Software: https://bitbucket.org/biovizleuven/triovis/wiki/Home

Triovis Video: http://vimeo.com/user6757771/triovis

Referenz:

Harz, R., Sifrim, A., Vande Moere, A., & Aerts, J. (2013). Triovis: eine Visualisierung Ansatz zur Filterung von genomischen Varianten von Eltern-Kind-Trios Bioinformatik DOI: 10.1093/bioinformatics/btt267