الوسم المحفوظات: المجرة

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include a dinoflagellate genome; artificial base pairs in use; the relative joy of entrepreneurship graphed; مخفي المجرة ملامح; free image resources from NIH; new and updated tools for various purposes–كما هو الحال دائما; a trait-matching challenge; and veterans who continue to do service by offering their DNA to researchers. Oddest thing: an ear built with van Gogh’s DNA. وأكثر من ذلك….


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include a FlyBook from القاعدة الجوية; deep thoughts on the cloud; “Sequence to Medical Phenotypes” البرمجيات; DNA.land relaunching; reference genomes info; updated feature in ExAC; legal looking at “secret DNA computer source code” and secret DNA to thwart art theives; Rabbit Turds at المجرة (حقا); bad documentation behavior. Also good communication behavior for genetic counselors. وأكثر من ذلك….


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

الجمعة SNPpets

Everybody was full of vim and vigor this week, and a lot of great things were going around. Oddest thing was “fitbit cages for laboratory mice”. But I can see the value. Most heated post will probably be “Myths of Bioinformatics Software.” Other things included recommended data repositories from @PLOS journals, sequencing kids’ الجينوم, non-coding variants affecting drug activity, a new LD tool, DNA contamination issues, cancer data challenge, microbial databases (بما في ذلك IMG that we love), المجرة محادثات, وأكثر.


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


 

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include mining disease genes with PPI and co-regulation networks, DNA and the law, great posts on germline genetic engineering moratorium discussions, a bioinformatics “middle class”, new human genome assembly models, وأكثر….


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

تلميح فيديو للأسبوع: المجمعات الجينوم و#Docker

في الخريف الماضي كان هناك تلميح فعلت على عامل الميناء, والتي كانت قد بدأت لالتقاط الكثير من الثرثرة حول genoscenti. انها بداية لتبدو وكأنها حلا جيدا لبعض المشاكل من استنساخ وإعادة استخدام البرمجيات في علم الجينوم–التحوية ذلك. مربع عنه, تسليم تشغيله. هناك بالتأكيد الكثير من الاهتمام والطعن في المجتمع, لكن لا تزال هناك بعض القضايا التي يتعين حلها مع طرح عامل الميناء في كل مكان. ومع ذلك, انطباعي هو أن فريق عامل الميناء والمجتمع يبدو مهتما ونشط في تطوير الأدوات لتكون مفيدة أوسع نطاق ممكن.

لذلك عندما توالت هذه التغريدة من خلال #المعلوماتية الحيوية العمود تويتر على بلدي تويتدك, كنت متشوقة لرؤية هذا الكلام من قبل مايكل بارتون (الذي لديه أفضل مؤشر تويتر في مجال: @ المعلوماتية الحيوية). انه مثال رائع لكيفية عامل الميناء يمكن أن تستهدف بعض المشاكل في الفضاء المعلوماتية الحيوية أداة. انها ليست الخيار الوحيد, أو سير. بعض الموارد مثل سير العمل المجرة يمكن أن تغطي الميزات الأخرى من علم الجينوم الباحثين’ الاحتياجات. ولكن كما حل عام لمشاكل مقارنة البرمجيات وتوزيع حاويات عمل كاملة, عامل الميناء يبدو النامية في استراتيجية مفيدة للغاية.

وهنا يكمن الفيديو:

على الرغم من أن هذا هو أطول من لدينا نموذجية “نصائح”, ويهمني ان ننصح استقطاع بعض الوقت لمشاهدة إذا كنت جديدا على فكرة عامل الميناء. في حال لم يكن لديك الوقت الآن للحديث, وهنا ملخص. للمرة الأولى 10 دقائق, هناك مقدمة لطيف لالمهووسين غير علم الجينوم، حول ما تسلسل يشبه الآن. ثم مايكل يصف كيف يعمل الأدب المجمع–مع الانتهاء من الادعاءات حول “أفضل” المجمع كما تأتي كل ورقة جديدة على طول. وهذا يشمل عينة من أنواع المشاكل التي المجمعات تحاول معالجة مع استراتيجيات مختلفة.

حول 14min, نبدأ أن ننظر إلى ما يشبه أن يكون الباحث الذي يحتاج للوصول إلى بعض البرمجيات المجمع. ثم يصف جماعات مختبر كيف مختلفة–مثل الجزر النائية–يمكن أن السفينة على الفور بيانات تسلسلها حول اليوم. ولكن هذا علماء الأحياء هي مثل “عمال الشحن والتفريغ للبيانات”: لديهم لتفريغ, فضا, تثبيت, محاولة للحصول على جميع القطع الصحيحة معا لتجعل من العمل في المختبر الجديد. نقوم به “كسر السائبة” العلم الآن. وكان ذلك تقييم رائع حقا للدولة من اللعب, فكرت.

إذا كنت موافق مع قطع أخرى, يمكنك تخطي إلى حوالي 16min, حيث نصل ​​الى معرفة حول مثال معينة من فوائد عامل الميناء لهذا النوع من الأبحاث. مايكل يمضي لوصف كيف ساعد عامل الميناء له لبناء نظام لفهرسة وتقييم مختلف المجمعات. طور مشروع يسمى nucleotid.es (واضح تماما كما “النيوكليوتيدات”), الذي يذهب إلى وصف. ويقدم تفاصيل حول مختلف المجمعات, التي وضعت في حاويات والتي يسهل الوصول إليها واستخدامها لمقارنة برامج مختلفة. وهناك أمثلة من المعايير, ولكن يمكنك أيضا استخدام هذه الحاويات لأغراض التجميع الخاصة بك. يمكنك استكشاف الموقع لمزيد من التفاصيل والكثير من البيانات على مقارنات المجمع أن لديهم بالفعل. لمحة جيدة من الأسباب للقيام بذلك يمكن العثور عليها أيضا في بلوق وظيفة هناك: لماذا حاويات استخدام لبرامج العلمي?

في حوالي 25min, بعض المعوقات والمشاكل التي لاحظوا. عامل الميناء المناسب في البنية التحتية القائمة, وتحفيز المطورين لإنشاء حاويات عامل الميناء, يمكن أن تكون القضايا. ولكن النتائج–وجود استراتيجية أفضل من نشر التقليدي للاستنساخ, بعد الوصول المستمر لبرنامج, و “إلغاء البيانات المكررة من العذاب” يبدو أن قيمتها التحقيق, بالتأكيد. deduplication_of_agony ثم يصف بارتون ما خط الأنابيب يمكن أن تبدو وكأنها لباحث مع بعض تسلسل جديد–يمكنك استخدام البيانات من مجموعة متنوعة من المجمعات لاتخاذ قرارات بشأن كيفية المضي قدما, بدلا من غربلة أوراق أو مجرد استخدام ما فعله المعمل المجاور. وإذا كان لديك المجمع الجديد, يمكنك استخدام هذا الإعداد لقياس أنها كذلك.

حتى إذا كنت قد سمعت عن عامل الميناء, وكانت تشعر بالقلق إزاء وصول واستنساخ القضايا حول البيانات والبرمجيات علم الجينوم, إلقاء نظرة على هذا الفيديو. ويعرض بشكل رائع المشاكل التي نواجهها, وأحد الحلول الممكنة, مع مثال ملموس. قد تكون هناك طرق أخرى مفيدة كذلك–مثل تقديم بوابة مركزية للاستخدامات للوصول إلى أدوات متعددة, مثل وصفه AutoAsssemblyD–ولكن هذا حقا لمجموعة فرعية مختلفة من المستخدمين. ولكن بالنسبة للمشكلة أكثر عمومية من المقارنات البرمجيات, المقارنة, والوصول إلى أدوات المعلوماتية الحيوية, عامل الميناء يبدو لتقديم استراتيجية مفيدة. ولقد فعلت ذلك لمجلات سريع تحقق لمعرفة ما إذا كان عامل الميناء والراشحة من خلال نظام نشر التقليدي بعد, وجدت أنه من. لقد وجدت أن ballaxy (“a المجرة-أدوات العمل القائمة على المعلوماتية الحيوية الهيكلية”) وتقدم كصورة عامل الميناء, وهو ما يعني أن وجود قبضة عامل الميناء للمضي قدما قد يكون حقا مفيدة لمستخدمي البرمجيات بسرعة إلى حد ما….

وصلات سريعة:

nucleotid.es: المتشعب://nucleotid.es

عامل الميناء: المتشعب://www.docker.com

المراجع (وفي هذه الحالة سطح الشريحة):



وغيرها من المواد المفيدة وذات الصلة من هذا المنصب:

أتمتة عملية الاختيار لالجينوم مجمع, JGI العلوم ويبرز. أكتوبر 17, 2014. http://jgi.doe.gov/automating-selection-process-genome-assembler/

فيراس A., بابلو دي سا, فاسكو أزيفيدو, ارتور سيلفا, رومل راموس, معهد العلوم البيولوجية, الجامعة الاتحادية بارا, بيت لحم, الفقرة & البرازيل (2013). AutoAssemblyD: نظام واجهة المستخدم الرسومية لعدة المجمعات الجينوم, Bioinformation, 9 (16) 840-841. دوى: المتشعب://dx.doi.org/10.6026/97320630009840

هيلدبراندت A. K., D. Stockel, N. M. صياد سمك, L. دي لا غارزا, J. كروجر, S. النيكل, M. Rottig, C. حاد, M. شومان, ف. تيل & H.-P. Lenhof & (2014). ballaxy: خدمات الشبكة للالمعلوماتية الحيوية الهيكلية, المعلوماتية الحيوية, 31 (1) 121-122. دوى: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu574

ما هو الجواب? (F1 من Biostars X الإصدار غالاكسي!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

نسل موقع Biostars الأصلي, المجرة Biostars يستبدل دعم قائمة البريدية الخاصة بهم.

عموما كل أسبوع نسلط الضوء على آخر من موقع Biostars الرئيسية, الذي يجيب بعض سؤال أو يقدم مناقشة أدوات المعلوماتية الحيوية أو يحلل عبر العديد من الساحات. ولكن هذا الأسبوع وأنا أريد أن أقدم لكم نظرة على نسل بيوستار–بيوستار غالاكسي!

ادعو عليه F1 من Biostars س المجرة, بدلا من النوع الاجتماعي “ابن غالاكسي”. هناك آخر في أكثر من موقع دعم غالاكسي بيوستار التي تصف التحول بعيدا عن دعمهم التقليدي بريدية، قائمة على أساس أن هذا الشكل الجديد. أنا ربط جزء من ذلك هنا, ولكن من فترة طويلة يجب عليك ان تذهب قراءة كل شيء هناك.

المنتدى: مرحبا بكم في غالاكسي بيوستار

عزيزي غالاكسي الجماعة,
وقد تعاونت المجرة مع بيوستار لإنشاء منتدى الدعم العضو غالاكسي في HTTPS://biostar.usegalaxy.org!

نحن نريد لخلق مساحة حيث استخدام الباحثين المجرة يمكن أن تأتي معا وتبادل كل من المشورة العلمية والعملية أداة مساعدة. سواء على usegalaxy.org, a Cloudman مثل, أو أي مجرة ​​أخرى (جمهور أو محلي), إذا كان لديك شيء لتقوله عن باستخدام غالاكسي, هذا هو المكان المناسب للقيام بذلك!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

جنيفر هيلمان جاكسون

وأنا لاحظت هناك, لقد تم استخدام القوائم البريدية بسعادة لفترة طويلة لأن هذا هو ما كان لدينا. ولكن أعتقد أن هذا هو وسيلة رائعة للانتقال إلى دعم الآن بدلا من قوائم البريد الإلكتروني. الذهاب التحقق من ذلك!

 

تلميح فيديو للأسبوع: قائمة من الجينات المرتبطة بمرض

أنا حاليا في بويرتو فاراس, تشيلي في ورشة عمل الجينوميات EMBO. ورشة العمل هو أساسا لطلاب غراد والمدربين و, بالنسبة للجزء الاكبر, الخريجين من مجموعة بورك. أعطى البرنامج التعليمي على قواعد بيانات الجينوم.

على أي حال, في اليومين الأخيرين من ورشة العمل هو تحد, في فرق 3-4 نصح مدرب, الطلاب لوضع قائمة من الجينات المرتبطة الصرع. بوضوح, وهذا يمكن أن يكون مهمة تافهة, اذهبوا الى OMIM أو GENECARDS والاستيلاء على قائمة. ولكن هذا التحدي يتطلب منها أن تذهب وراء ذلك واستخدام البيانات المتاحة وجعل التوقعات. حاول فريقي, على اقتراحي, بعض تقنيات العصف الذهني لضمان التوصل إلى حل أكثر إبداعا مما كان يمكن أن نخرج بشكل فردي أو مجرد القفز في ديناميات الجماعة العادية. يبدو للعمل, وكان الحل قدراتهم الإبداعية تماما وسنجد اليوم كيف أن عملت.

كان ذلك طريقي طويلة من القول, في عملية وصلنا عبر العديد من قواعد البيانات من المعلومات الجينات المرض. أعلاه ستجد شريط فيديو لجمعيات أمراض الجينات الفئران من RGD, غالبا ما تستخدم بالطبع للتحقيق في الجمعيات المرض الجينات البشرية.

أدناه سوف تجد لائحة لبعض قواعد البيانات وموارد ممتازة للعثور على قوائم مماثلة:

قاعدة بيانات جمعية الجينات http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

الأمراض المتشعب://diseases.jensenlab.org /

GeneCards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

العديد من الموارد NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

UCSC متصفح الجينوم المسارات للمرض والنمط الظاهري المتشعب://genome.ucsc.edu

وهناك العديد من الآخرين أنا متأكد, إذا كان لديك وجهة مفضلة ليس على هذه القائمة, يرجى التعليق.

مرجعية لRGD:
Laulederkind S.J.F., هايمان G.T., وانغ S.J., سميث J.R., لوري T.F., نيجام R., بتري V., J. بونس, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). قاعدة بيانات الجينوم الجرذ 2013–البيانات, أدوات والمستخدمين, إحاطات في المعلوماتية الحيوية, 14 (4) 520-526. دوى:

تلميح فيديو للأسبوع: MetaPhlAn وغالاكسي

CPB طريق غالاكسي 2 من مشروع المجرة على فيميو.

لتحميل واستخدام أنواع البيانات و OpenHelix غالاكسي البرنامج التعليمي للحصول على دراية واجهة الاستخدام غالاكسي و.

يمكن أن يكون تحليل Metagenomics شاقة بعض الشيء في بعض الأحيان, ولكن هناك عدد لا بأس به من الأدوات هناك لمساعدة الباحث في تحليل. خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة في JGI لديها بعض أدوات ممتازة مثل IMG / M و IMG HMP M. (OpenHelix البرنامج التعليمي) وهناك غيرها من الأدوات الممتازة التي أقترح عليك تحقق من. QIIME هو أداة ممتازة أيضا.

ولكن ما سبق ليس في حد ذاته تعليمي metagenomics, بل هو بعض سكرينكست قصيرة عن كيفية استخدام واجهة غالاكسي لتحميل البيانات وأنواع البيانات. لماذا? لأن مجموعة ممتازة من أدوات أخرى لاستخدامها لتحليل metagenomic هو MetaPhlAn من المختبر Huttenhower في جامعة هارفارد.

أدوات MetaPhlan يمكن تحميلها واستخدامها 'حاليا', ولكن لديهم أيضا ممتازة واجهة المجرة إلى الأدوات. إذا كنت تمشي نفسك من خلال دروس MetaPhlAn على موقعهم, بما في ذلك على غالاكسي وحدة واحدة, بعد تعريف نفسك مع غالاكسي أعلاه, التي ينبغي أن تساعدك على البدء في تحليل بعض metagenomics ممتازة.

للحصول على المظهر من هذه الأدوات وغيرها من وسير العمل, قد ترغب في تصفح من خلال هذه الشريحة الممتازة تعيين من [سورا ساها, باحث مشارك في جامعة كورنيل, عن العام الماضي.

روابط سريعة:

المجرة

نقولا Segata, ليفي والدرون, أناليزا Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, أوليفييه Jousson & كورتيس Huttenhower (2012). Metagenomic التنميط المجتمع الميكروبية باستخدام فريدة من نوعها الجينات علامة كليد محددة طبيعة أساليب (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

تلميح فيديو للأسبوع: TrioVis لمجموعات البيانات الجينوم الأسرة

أنا أهتم دائما في استراتيجيات جديدة لتصور البيانات. لذلك عندما رأيت نقاش حول أداة للمساعدة في تحليل بيانات الجينوم الأسرة, ذهبت لالقاء نظرة. TrioVis هو أداة البرمجيات الجديدة التي تقدم التصور لطيفة واستراتيجيات الترشيح لاستكشاف الوالدين ومجموعات البيانات الثلاثي الطفل. وهذه مجموعات البيانات أصبحت شائعة على نحو متزايد في الوقت الذي تسعى الأسر من المعلومات عن الحالات الطبية uncharacterized التي يمكن أن تؤثر على أطفالهم. ولكن يتم استخدامها على نطاق واسع بالفعل في كثير من الحالات البحوث.

TrioVis يعتمد على الشائعة VCF أو متغير تنسيق اتصل الملفات التي يتم إنشاؤها من تسلسل البيانات. يمكنك إلقاء نظرة على أنواع المعلومات التي تحملها في 1000 مشروع الجينوم موقع. يتم إنشاء هذه الملفات لكل من الوالدين والطفل في حالة الثلاثي, ومن ثم فهي تصور مع TrioVis بهذه الطريقة:

تتكون واجهة المستخدم من خمسة أقسام: الجدول الرئيسي (تين. 1A), المتغير العد الرسوم البيانية العالمية (تين. 1B), المتزلجون تردد متغير (تين. 1C), المتزلجون التغطية (تين. 1D) وعرض الرسم البياني (تين. 1E). ويركز كل قسم على جانب محدد من البيانات الثلاثي ويوفر ميزات تفاعلية محددة لمعايرة عتبات. الأب, الأم والطفل هي مرمزة باللون الأخضر, البرتقالي والأزرق, على التوالي.

يمكنك قراءة ورقة للحصول على مزيد من التفاصيل حول أهدافها واستراتيجياتها. كما أنها تشير إلى بعض 1000 الجينوم البيانات عينة المشروع يمكن أن تستخدمه لتشغيل أداتهم.

ولكن أريد أيضا أن أثني على الناس TrioVis لوضع سكرينكست من أداة حقهم في خلاصة بهم. حتى الفيديو الخاصة بهم هو ما أود لك لعرض وتلميح هذا الأسبوع من الأسبوع:

TrioVis من ريو ساكاي على فيميو.

الحق الآن ليس هناك واجهة ويب لاستخدام, لكني لاحظت في ورقتهم أنها تخطط لدمج هذا في المجرة. أعتقد أن هذا فكرة أخرى عظيمة من جانبهم.

حتى إذا كنت تجد نفسك استكشاف مجموعات البيانات الثلاثي الأسرة, تنظر نظرة على TrioVis.

غيض قبعة لجاستن جونسون لرسم انتباهي إلى هذه الورقة والموارد.

وصلات سريعة:

TrioVis البرمجيات: https://bitbucket.org/biovizleuven/triovis/wiki/Home

TrioVis الفيديو: http://vimeo.com/user6757771/triovis

مرجع:

ساكاي, ر., Sifrim, أ., فاندي موير, أ., & Aerts, J. (2013). TrioVis: نهج التصور لتصفية المتغيرات الجينية من ثلاثيات بين الوالدين والطفل المعلوماتية الحيوية دوى: 10.1093/bioinformatics/btt267