标记档案: flybase

support_MODs

一周的视频提示: 电视空军基地, 并支持模式生物群落的一封信

本周的视频技巧是两件事情提示. 第一, it was a tweet from FlyBase, 他们的视频频道. It’s been a while since we’d done a FlyBase Tip of the Week, so that was enough of a reason.

But it also came just after I was thinking about the importance of the model organisms, based on the campaign by the model organism databases to save their funding. Here’s a tweet from the yeast genome database (新元) with a plea:

But this letter cites yeast, 苍蝇, WormBase, 舞蹈, 麦肯锡, 含RGD基因本体论 以及.

mergeI have a soft spot for model organisms, not only because of the tremendous amount of great biology they’ve provided. I was a postdoc at The Jackson Lab, and I am acutely aware of how crucial it is to have the depth of the species specialists involved in creating and maintaining the resources that are appropriate for their organism. But it’s more than just institutional knowledge and data, 当然. It’s also the importance of the community of researchers working on that organism, supporting them and having their needs met in many ways with species-specific resources.

So this week’s tip highlights some features of the FlyBase tools, as a way to remind folks of the great work that’s going on at model organism databases (MODs).

现在, if you haven’t already done so, please consider signing on to the letter of support for these databases. You can read more about the issue over at the site, but briefly:

NHGRI/NIH has recently advanced a plan in which the MODs will be integrated into a single combined database, along with a 30% reduction in funding for each MOD (see also these 自然科学 news stories). While increased integration will present many advantages, the plan will result in a loss of critical organism-specific datasets. The funding cut will also cripple core functions such as high quality literature curation and genome annotation, degrading the utility of the MODs. Given the large number of scientists that this policy change would affect and the importance of their work, this is a matter of extreme concern.

I have always shouted about the importance of high-quality curation. It’s so undervalued, but it’s only more and more crucial now that we are getting so much sequence data and we need the best existing knowledge to help guide us through it. Now is not the time to cut back on curation.

So if you have valued MOD data and community sites, please consider signing on to the letter of support.

快速链接:

FlyBase: http://flybase.org/

Support Model Organism Databases 信: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

参考文献:

海登, Erica Check. “Funding for model-organism databases in trouble.” 自然新闻. () 分类号: 10.1038/nature.2016.20134

凯撒, Jocelyn. “Funding for key data resources in jeopardy.” 科学 351.6268 (2016): 14-14. 分类号: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, 等. “FlyBase: establishing a Gene Group resource for Drosophila melanogaster.” 核酸研究 (2015): gkv1046. 分类号: 10.1093/nar/gkv1046

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

星期五SNPpets

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, 组织- and tumor-PPI comparison, 指路明灯, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, 多.


欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…


提示的周: FlyBase


我有一个情有独钟 Flybase. 我的博士. 工作果蝇和我用果蝇教后,. 一些有关 双翅目 遗传学让我着迷. 果蝇Drosophila是一个上了年纪的遗传学和基因组学数据库和 我们已经有了一个教程. 今天的小费是他们的 12 分钟的视频 空军基地在应届毕业生. 我一直都相信的事情之一是,数据库和分析工具,我们的火车上,在我们的日常工作​​中遇到基因组学本科生的教学和学习的好地方. 大量的数据和大量的分析,本科可以做的非常有趣的项目和经验.

今天的视频开始用一种愚蠢的真人动作序列 :ð, 但有趣的傻, 散步果蝇科的入门级. 检查出来.

他们有一个 YouTube频道 有两个额外的 (更短的) 视频使用TermLink, 一个控制词汇搜索工具, 并介绍了快速通道, 社区纸张策展“工具.

 

指着我们解脱出来Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI的最近指出, 我们新的设置 模式生物的教程 数据库 (资金主要由NHGRI :) 在他们的主页, genome.gov. 总是很高兴得到认可 :ð.

它使我有机会再次指出,我们确实有七公开指南和培训材料 (幻灯片, 演习, 等) 模式生物数据库,包括 新元, 含RGD, 麦肯锡, WormBase, FlyBase舞蹈… 和第七 GBrowse, 这些和其他基因组数据库的一些使用一个通用的基因组浏览器.

检查出来 (并填写新的民意调查,左 :ð.

提示的周: 基因组坐标转换

galaxylift_thumb几乎每隔一段时间,我们被问到如何转换从早期组装基因组到后一个坐标, 甚至在基因组. 有几个地方要做到这一点在线. 在这一周的小费, 我会向你介绍 银河Liftover工具 并指出这太 UCSC基因组浏览器 Flybase 也有类似的工具 (像别人一样,我敢肯定, 知道有什么?). 有了这个工具, 你可以把你的坐标,​​并轻松地将它们转换为坐标,稍后大会. 增值税, 银河是一个伟大的分析工具.

提示的周: 模式生物数据库教程

gbrowse对于本周的今天, 我们想指出一个新的数 (免费给您) 教程模式生物数据库资源. 这七个教程 (包括闪光灯电影教程, 幻灯片下载, 练习和讲义) 被部分经费由NHGRI资助. 我们只是提出了一个 本新闻稿, 但我以为本周的将是一个好地方给你介绍这些教程. 我们 有七教程是 (或将) 公开 (此链接将带您到一个列表,并链接到所有这些教程). 前四个可用上 GBrowse, WormBase, 含RGD (大鼠基因组数据库) 和 麦肯锡 (小鼠基因组信息学. GBrowse (与这里的教程), 是由通用模式生物资料库 (全球媒体点播) 项目,是一个伟大的工具来开发的模型和研究生物的基因组浏览器. 许多模式生物利用全球媒体点播资源数据库的全部或部分, 包括我们对这里的许多教程. 三是未来更将很快上 舞蹈 (斑马鱼), FlyBase (果蝇) 和 新元 (酵母). 检查出来 :).

对模式生物基因组数据库的OpenHelix发布免费教程

OpenHelix今天宣布对模式生物数据库和广泛的资源用于研究的教程免费提供套房. 第一个教程套房可用GBrowse, 大鼠基因组数据库 (含RGD), 小鼠基因组信息学 (麦肯锡), 和WormBase. 要在未来几周内添加的斑马鱼信息网 (舞蹈), FlyBase和酿酒 (酵母) 基因组数据库 (新元).

本教程套房, 部分资金由美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所的赠款, 包括自我运行, 解说的教程,介绍资源,以及如何使用其功能和职能. 每个套件还包括PowerPoint幻灯片, 讲义, 可作参考或用于培训他人的演习.

其中一个可用的第一个教程是关于GBrowse, 开发的通用模式生物数据库 (全球媒体点播) 项目, 研究人员使用一种流行的工具,发展模式生物的基因组浏览器, 种利益, 特定主题. 通过学习如何使用这个“通用”的基因组浏览器, 你可以充分利用这些知识来使用专门的研究领域的广泛资源的几十.

“OpenHelix GBrowse用户教程做得非常好,许多研究使用GBrowse基因组数据的可视化社区将是一个极好的资源,“戴夫说,克莱门茨的国家进化综合中心运行GMOD帮助台.

模式生物, 如酵母, 鼠标, 大鼠, 苍蝇, 和许多其他, 研究人员,以扩大我们理解生物学和疗法的有效性和安全性评估人体试验之前早已习惯. 这些微生物的基因组中的许多人都被完全测序, 科学界给予更大的洞察到生物体及其与人类生物学. 基因组数据,现在可以公开在网上提供数据库和资源搜索.

您可以查看模式生物教程 銈://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix提供超过 60 其他教程套房在一个基因组数据库和资源的数量,通过个人, 组, 或机构认购. 进一步的信息可以发现在www.openhelix.com.

关于OpenHelix
OpenHelix, 有限责任公司, (www.openhelix.com) 提供基因组学知识,你需要的时候你需要它. OpenHelix提供网上自学教程运行和现场培训的机构和企业的最强大和最流行的免费, 基于网络, 公开访问的生物信息学资源. 此外, OpenHelix资源提供者签订合约,提供全面的, 长期的培训和推广计划.

如何选择一个基因组数据库平台

我正在看我从通讯 生物技术, 和他们的 WebWatch 经常有一些有趣的物品. (您可能需要获得一个免费登录看WebWatch.) 这个星期,他们提到 MaizeGDB 数据库在后 Amaizing基地. 虽然我已经意识到以前的MaizeGDB, 这是一个很好的提醒,我们过去看看,看看有什么新的.

当我到那边去,我感兴趣的是新的浏览器,他们即将推出 (在十月中旬). 说该链接 “即将推出” 和我去看看那里的资料.

目前该链接的网页去描述其移动到更多的序列为中心的数据表示. 这是在其决策过程迷人的外观转移到一个新的浏览器平台,他们决定做什么. 像我这样的数据库怪才, 看到他们对不同功能的重要性排名是非常引人注目.

他们决定什么? GBrowse!

我们有一个 教程提供 在GBrowse. 通常我们在特定网站教程, 但我们总是看到在不同的地点GBrowse遍地我们创造了该教程. 它帮助我了解底层基本的浏览器,当我访问任何网站,它采用. 尽管包装材料和数据类型会有所不同在不同的地点, 了解它的工作原理使得它更容易在任何新的网站,用它来使用. HapMap项目, 麦肯锡, WormBase, FlyBase, t空气, 沃森的个人基因组, 和 一大堆其他网站 使用GBrowse软件.

展望检查出MaizeGDB GBrowse版本推出时,!

新的网上教程上FlyBase, WormBase和小鼠基因组信息学 (麦肯锡) 资源

对模式生物的生物信息学数据库FlyBase综合教程, WormBase和麦肯锡全球研究院的研究人员能够迅速和有效地利用这些宝贵资源.

OpenHelix 今天宣布几种模式生物资源,包括FlyBase新教程套房可用性, WormBase和对小鼠基因组信息的更新 (麦肯锡) 数据库. 模式生物是必不可少的基础生物学和现代生物医学科研的认识. 果蝇, ç. 线虫和小鼠研究模式生物三个高度. FlyBaseWormBase 对于分子和遗传上的果蝇和线虫的信息和相关物种的主要资源, 分别. 麦肯锡 是一套工具和数据库集成的一系列遗传学, 基因组学和生物学的实验小鼠.

本教程套房, 适用于单一购买或通过一个低价格每年订阅所有OpenHelix教程, 包含一个叙述, 自营, 在线教程, 幻灯片, 讲义和练习. 随着教程, 研究人员可以很快学会有效地使用这些资源. 这些教程将教用户:

  • 进行快速搜索和导航基因摘要页面
  • 浏览整个范围内的染色体中遗传特征
  • 构建跨各种数据存储在FlyBase套​​复杂的查询, WormBase或最低收入保障
  • 执行核苷酸或者氨基酸序列的同源性搜索
  • 各种格式输出数据, 或访问大量数据的报告
  • 调查与最低收入保障有关的许多相关资源

要了解有关这些和其他教程套房详情,请访问 OpenHelix.

发现苍蝇

我终于抽时间去阅读上个月的 大自然文件的基因组序列 12 果蝇物种. 除了作为基因组研究 (这是我上场吧 :), 这也是看 12 几十个品种的我 我的博士研究. (虽然我只在看R1的进化 & 在节肢动物R2的逆转座子).有趣的论文, 和我可能会更深入到它后面 (基因组学是什么意思,并不意味着进化研究).

但我没有去思考, 在那里我会去浏览和搜索这些基因组序列数据 12 物种 ( 嘿, 我可能想再现我的工作, 虽然Eickbush实验室已经如此。. 和扩展). 当然也有两个浏览器的文件中提到 ;-), FlybaseUCSC基因组浏览器, 但不包括UCSC的 ð. willistoni 我写这篇文章. 我检查了另外两个大将军基因组浏览器, 相对于 物种 具体: EnsemblNCBI的服务器MapViewer. 继续阅读