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주의 비디오 도움말: 공군 기지 TV, 및 모델 생물 공동체에 대한 지원의 편지

이번 주 비디오 팁 몇 가지 메시지가 표시되었다. 처음으로, 그것은에서 트윗이었다 FlyBase, 자신의 비디오 채널에 대한. 우리가 일을했던 이래로 동안이었다 금주의 공군 기지 팁, 그래서 그 이유의 충분했다.

그러나 그것은 또한 내가 모델 생물의 중요성에 대해 생각했다 직후했다, 자신의 자금을 저장하는 모델 생물 데이터베이스로 캠페인을 기반으로. 여기에 효모 게놈 데이터베이스에서 트윗입니다 (SGD) 항변과:

그러나이 편지는 효모를 인용, 파리, WormBase, 댄스, MGI, RGD유전자 온톨로지 뿐만 아니라.

merge나는 모델 생물에 대한 애착을 가지고, 뿐만 아니라 큰 생물학의 엄청난 양의가 제공했기 때문에. 나는 잭슨 연구소에서 박사 후 연구원이었다, 나는 그들의 유기체에 적합한 리소스를 생성 및 유지에 관련된 종 전문가의 깊이를 가지고하는 것이 얼마나 중요한의 급성 알고. 그러나 그것은 단지 제도적 지식과 데이터보다 더 많은입니다, 물론. 또한, 해당 생물에서 작동 연구자들의 커뮤니티의 중요성, 이를 지원 및 요구 종 특이 자원 여러면에서 만족 구비.

그래서 이번 주 팁은 FlyBase 도구의 일부 기능을 강조, 모델 생물 데이터베이스에서 무슨 큰 일의 사람들을 생각 나게하는 방법으로 (에서 MOD).

지금, 당신은 이미하지 않은 경우, 받는 사람에 서명 고려하시기 바랍니다 이러한 데이터베이스에 대한 지원의 편지. 당신은 사이트에서 문제에 대한 자세한을 통해 읽을 수 있습니다, 하지만 간단히:

NHGRI / NIH 최근 개조가 단일 결합베이스에 통합 될 것이다 계획 고급, 와 함께 30% 각 MOD 자금 감소 (이러한 참조 자연과학 뉴스). 증가 통합은 많은 장점을 제공되지만, 계획은 중요한 생물 특정 데이터 세트의 손실이 발생합니다. 자금 컷은 또한 고품질의 문학 큐 레이션 및 게놈 주석 같은 핵심 기능을 무력화한다, 개조의 유틸리티를 저하. 이 정책의 변화에​​ 영향을 미칠 것이라는 과학자들의 다수 그들의 작업의 중요성을 감안, 이 극단적 인 우려의 문제입니다.

난 항상 높은 품질의 큐 레이션의 중요성에 대해 소리 쳤다했다. 그것은 너무 저평가있어, 하지만 우리가 너무 많은 시퀀스 데이터를 가져 오는 것을 이제 점점 더 중요한을 그리고 우리는 그것을 통해 우리를 안내하기 위해 최선의 기존 지식이 필요. 이제 큐 레이션에 전환 할 수있는 시간이 아니다.

당신은 MOD 데이터와 커뮤니티 사이트를 평가 한 그래서 경우, 지원의 편지에 서명 고려하시기 바랍니다.

빠른 링크:

FlyBase: http://flybase.org/

지원 모델 생물 데이터베이스 편지: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

참고 문헌:

헤이든, 에리카 확인. “문제의 모델 생물 데이터베이스에 대한 자금.” 자연 뉴스. () 간접 자원부: 10.1038/nature.2016.20134

황제, 조슬린. “위험의 주요 데이터 자원에 대한 자금.” 과학 351.6268 (2016): 14-14. 간접 자원부: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, 헬렌, 외. “FlyBase: 노랑 초파리에 대한 유전자 그룹 자원을 구축.” 핵산 연구 (2015): gkv1046. 간접 자원부: 10.1093/석류 / gkv1046

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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, 조직- and tumor-PPI comparison, 비콘, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, 더.


오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…


금주의 팁: FlyBase


나는 특별한 애착을 가지고 Flybase. 내 박사. 그 후 Drosophila를 사용 작업과 나는 가르 칠 Drosophila 종을 사용했습니다. 에 대해 뭔가 Dipteran 유전학은 정말 매력적. FlyBase 또한 기존의 유전 게놈 데이터베이스 중 하나입니다 우리는에 튜토리얼이있어. 오늘의 팁은 있습니다 12 의 분 분량의 비디오 졸업생 중을위한 공군 기지. 난 항상 믿었 것들 중 하나는 우리가 기차에서 우리의 일상 업무에 걸쳐 온 데이터베이스와 분석 도구 학부생을위한 게놈을 교육 및 학습을위한 훌륭한 장소입니다 것입니다. 매우 흥미로운 프로젝트 학부가 할 수있는 경험을 보이게 될 것입니다 데이터 및 분석의 많은 많은.

오늘의 동영상이 바보 라이브 액션 시퀀스의 종류로 시작합니다 :디, 하지만 재미있는 바보, 그리고 입문 수준의 FlyBase를 통해 산책. 이것 좀 봐.

그들은이 YouTube 채널 추가 둘 (그리고 훨씬 짧은) TermLink을 사용하는 방법에 대한 동영상, 통제 어휘 검색 도구, 빠른 트랙과 소개, 커뮤니티 종이 curation 도구.

 

Genome.gov에서 우리를 지적 :)

ohonnhgripageNHGRI는 최근 지적 우리의 새로운 세트 모델 생물에 대한 튜토리얼 데이터베이스 (NHGRI에 의해 주로 투자 :) 그들의 홈 페이지에, genome.gov. 항상 인식 반가워요 :디.

그리고 그것은 내게 또 우리가 정말 일곱 공개적으로 사용 가능한 자습서 및 교육 자료가 있나요 것을 지적 수있는 기회를 제공합니다 (슬라이드, 연습 문제, 등등) 모델 생물을 포함하여 데이터베이스에 SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase댄스… 과에 일곱째 GBrowse, 이들과 다른 게놈 데이터베이스의 일부로 사용하는 일반적인 게놈 브라우저.

그들을 체크 아웃 (그리고 왼쪽에있는 새로운 설문 조사를 작성 :디.

금주의 팁: 변환의 게놈 좌표

galaxylift_thumb모든 너무 자주 우리는 게놈 나중에 이전 어셈블리에서 사용한 좌표를 변환하는 방법 부탁 좀, genomes 심지어 사이에. 이 작업을 수행하는 방법에는 여러 온라인 위치가있다. 주의이 끝에, 내가 당신을 소개하는거야 갤럭시의 Liftover 도구 그리고 너무 지적 UCSC 게놈 브라우저 Flybase 비슷한 도구를 가지고 (타인을 확실 해요, 어떤 알고?). 이 도구를, 당신의 좌표를 취할 수 쉽게 그들을 변환하기 어셈블리의 좌표. 부가 가치세, 갤럭시는 훌륭한 분석 도구입니다.

금주의 팁: 모델 생물체 데이터베이스 자습서

gbrowse주 끝 오늘은, 우리는 새로운 다수를 지적하고 싶습니다 (당신에게 무료로) 모델 생물 데이터베이스 자원에 튜토리얼. 이들 일곱 자습서 (플래시 등이 영화 입문서, 다운로드를위한 슬라이드, 연습과 유인물) 일부 NHGRI의 부여에 의해 자금되었습니다. 우린 그냥 끄다 이 일에 보도 자료, 하지만 전 주의 팁이 튜토리얼을 소개하는 좋은 장소가 될 거라고 생각. 우리 아르 일곱 튜토리얼을 가지고 (혹은 곧 올거에요) 공개 (이 링크는 이러한 모든 자습서에 목록과 링크로 이동). 첫 번째 넷을 사용할 수 있습니다 GBrowse, WormBase, RGD (쥐 게놈 데이터베이스) 및 MGI (마우스 게놈 정보학. GBrowse (여기에 링크된 튜토리얼), 일반 모델 생물체 데이터베이스에 의해 개발되었습니다 (GMOD) 프로젝트 및 모델과 연구 생물에 대한 게놈 브라우저를 개발할 수있는 훌륭한 도구입니다. 많은 모델 유기체 데이터베이스에서 리소스를 사용 GMOD 전체 또는 일부를, 우리가 여기에 대한 자습서를 가지고있는 것들 중 많은 것들을 포함하여. 세 가지가 더 조만간에 올 것이다 댄스 (Zebrafish), FlyBase (Drosophila) 및 SGD (누룩). 그들을 체크 아웃 :).

OpenHelix로 출시된 모델 생물체 게놈 데이터베이스에 무료 자습서

OpenHelix 연구에서 널리 사용 모델 생물 데이터베이스 및 리소스에 대한 튜토리얼 스위트룸 무료 가용성을 오늘 발표. 사용 가능한 첫 번째 자습서 스위트 GBrowse 아르, 쥐 게놈 데이터베이스 (RGD), 마우스 게놈 정보학 (MGI), 그리고 WormBase. 앞으로 몇 주 안에 추가하려면 Zebrafish 정보 네트워크 아르 (댄스), FlyBase와 Saccharomyces (누룩) 게놈 데이터베이스 (SGD).

튜토리얼 스위트, 미 국립 보건원의 국립 인간 게놈 연구소에서 교부금에 의해 부분적으로 기금, 자체 실행을 포함, narrated 리소스를 소개 자습서 및 그 기능과 함수를 사용하는. 각 제품군은 또한 파워 포인트 슬라이드를 포함, 유인물, 및 참조 또는 훈련 다른 사람에 사용할 수 연습 문제.

사용 가능한 첫 번째 자습서 중 하나는 GBrowse에, 일반 모델 생물체 데이터베이스에 의해 개발된 (GMOD) 프로젝트, 모델 생물에 대한 게놈 브라우저를 개발하기 위해 연구자가 사용하는 인기있는 도구, 관심 종, 특히 주제. 이 "일반"게놈 브라우저를 사용하는 방법을 학습함으로써, 당신은 지식이 연구 분야의 다양한 헌신적인 자원의 수십를 사용하는 것을 활용할 수.

"OpenHelix의 GBrowse 사용자 튜토리얼은 아주 잘 수행하고 게놈 데이터를 시각화하는 GBrowse를 사용하여 많은 연구 커뮤니티에 대한 훌륭한 자원한다,"GMOD 헬프 데스크를 운영 국립 진화 합성 센터의 데이브 클레멘츠는 말했다.

모델 생물, 효모 등, 마우스, 쥐, 파리, 그리고 많은 다른, 긴 생물학 우리의 이해를 확장하고, 인간의 재판을 진행하기 전에 요법의 효과 및 안전성을 평가하기위한 연구자에 의해 사용되었습니다. 이러한 생물의 genomes 많은 완전 합성했습니다, 생물과 인간의 생물들의 관계에 과학적인 지역 사회에게 더욱 통찰력을 제공. 게놈 데이터는 현재 사용 가능하며 공개적으로 사용 가능한 온라인 데이터베이스 및 리소스에서 검색할 수있다.

당신의 모델 생물 자습서를 볼 수 있습니다 HTTP를://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix은 이상 제공 60 개인을 통해 게놈 데이터베이스와 자원의 여러 다른 튜토리얼 제품군, 그룹, 또는 기관 가입. 더 자세한 정보는 www.openhelix.com에서 찾을 수 있습니다.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (www.openhelix.com) 당신은 당신이 그것을 필요로 할 때 필요한 유전체학 지식을 제공합니다. OpenHelix가 온라인자가 실행 자습서 및 기관 및 기업에 대한 현장 교육을 제공하는 가장 강력하고 인기있는 무료, 기반 웹, 공개적으로 액세스할 생물 정보학 자원. 또한, OpenHelix가 제공하는 포괄적인 리소스 공급자에 의해 계약을 체결합니다, 장기 교육 및 아웃리치 프로그램.

어떻게 게놈 데이터베이스 플랫폼을 선택할

내가 어디서 가져 뉴스 레터를 읽고 있었어 Biotechniques, 그들의 WebWatch 종종 재미 항목을 가지고. (당신은 WebWatch을 보시려면 로그인을 무료로받을 필요가 있습니다.) 이번 주 그들은 함 MaizeGDB 게시물에 데이터베이스 Amaizing 자료. 내가 전에 MaizeGDB 알고 있었다지만, 그것은 위에 가서 봐야 뭐 새로운 볼 수있는 좋은 알림했다.

내가 저기 갔을 때 나는 그들이 발사하려는 새 브라우저에 관심이 있었어요 (10 월 중순). 링크가 말합니다 “출시예정” 그리고 정보를 확인하러갔습니다 없습니다.

현재 링크가 자신의 데이터보다 순서 중심의 표현에 자신의 행동을 설명하는 페이지로 나가. 그것은 그들이하기로 결정 무엇을 그들의 의사 결정 과정에서 매혹적인 표정이 새 브라우저 플랫폼으로 이동하는 것이었다. 나 같은 데이터베이스 괴짜 위해, 다양한 기능의 중요성에 그들의 순위를보고 매우 뛰어난했습니다.

그리고 그들이 무슨 결정? GBrowse!

우리가 사용 가능한 튜토리얼 GBrowse에. 보통 우리가 특정 사이트에 튜토리얼을, 우리가 다른 사이트에 GBrowse을 계속해서보고 보관 그러나 우리는 그 튜토리얼을 만들. 내가 그것을 고용하는 사이트를 방문할 때 절 기본 기본 브라우저를 이해하는 데 도움이됩니다. wrappings 및 데이터 형식은 다른 사이트에서 달라집니다하더라도, 그것이 어떻게 작동하는지 이해하는 것은 그것을 사용하는 새로운 사이트에서 사용하는 것이 훨씬 더 쉬워집니다. HapMap, MGI, WormBase, FlyBase, 테어, 왓슨의 개인 게놈, 그리고 다른 사이트의 모든것 GBrowse 소프트웨어를 사용.

그것이 시작되면 MaizeGDB의 GBrowse 버전을 체크 아웃 기대!

FlyBase에 새로운 온라인 자습서, WormBase와 마우스 게놈 정보학 (MGI) 자원

모델 유기체의 생물 정보학에 대한 종합 자습서 FlyBase를 데이터베이스, WormBase과 MGI는 신속하고 연구를 활성화 효과적으로 이러한 귀중한 자원을 사용.

OpenHelix 오늘 FlyBase 포함한 여러 모델 생물 자원에 대한 새로운 튜토리얼 제품군의 가용성을 발표했다, WormBase 마우스 게놈 정보학에 대한 업데이트 (MGI) 데이터베이스. 모델 생물은 기본적인 생물학과 현대 바이오 메디컬 연구 대한 우리의 이해에 통합되어. Drosophila, C 조. 엘레간스와 생쥐는 세 높은 연구 모델 생물 아르. FlyBaseWormBase Drosophilidae에서 분자 및 유전자 정보와 Caenorhabditis의 엘레간스 및 관련 종에 대한 기본 리소스입니다, 각각. MGI 도구 및 데이터베이스의 연속입니다 통합 유전학, 실험실 마우스 유전체학 및 생물.

튜토리얼 스위트, 단일 구입 또는 모든 OpenHelix 자습서에 저가 연간 구독를 통해 사용할 수, narrated을 포함, 자동 실행, 온라인 튜토리얼, 슬라이드, 유인물과 연습. 자습서와 함께, 연구자들은 빠르고 효과적으로 배울 수 있고 효율적으로 이러한 리소스를 사용하여. 이 자습서는 사용자를 가르쳐 것입니다:

  • 빠른 검색을 수행하고 유전자 요약 페이지를 탐색
  • 전체 염색체의 컨텍스트 내에서 유전자 기능을 탐색
  • FlyBase 내에 저장된 데이터의 다양한 세트를 통해 복잡한 쿼리를 만들, WormBase 또는 MGI
  • 뉴클레오 티드 또는 아미노산 서열의 상동 검색을 수행
  • 다양한 형식의 출력 데이터, 또는 큰 데이터 리포트에 액세스
  • MGI과 관련된 많은 관련 자료를 조사

이들 및 기타 자습서 스위트 대한 자세한 내용을 알아보려면 방문 OpenHelix.

파리 찾기

드디어 지난 달에 읽기 근처 의 게놈 시퀀스에서 자연 용지 12 Drosophila 종. 게놈 연구되고 이외에 (이것은 이제 내 분야입니다 :), 그것은 또한보고있다 12 핀셋으로 수종 I 내 박사 공부를. (난 단지 R1의 발전에서 찾고 있지만 & arthropods에서 R2의 retroposons).재미있는 종이, 그리고 나중에 깊이 더 들어갈 수도 있습니다 (게놈 무엇이 수단과 진화 연구를위한 것은 아닙니다).

하지만 생각하는 거죠, 어디이에 대한 게놈 시퀀스 데이터를 검색 및 검색에가는 것이 12 종 ( 안녕하세요, 내 작품을 다시 되살릴 필요가 있습니다, Eickbush 연구소는 이미 불구하고.. 및 확장). 물론 신문에서 언급한 두 브라우저있다 ;-), FlybaseUCSC 게놈 브라우저, UCSC는 포함되지 않습니다 불구하고 디. willistoni 이 쓰기로. 나는 다른 두 주요 일반 게놈 브라우저 확인, 로 반대 또는 구체적인: EnsemblNCBI의 MapViewer. 계속 읽기