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Astuce Vidéo de la semaine: FlyBase TV, and a letter of support for model organism communities

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Première, il était un tweet de FlyBase, about their video channel. Ça a été un moment depuis que nous avions fait une Airbase Conseil de la semaine, donc ça a été une raison suffisante.

Mais il est également venu juste après que je pensais à l'importance des organismes modèles, sur la base de la campagne par les bases de données d'organismes modèles pour sauver leur financement. Voici un tweet de la base de données du génome de la levure (SGD) avec un plaidoyer:

Mais cette lettre cite la levure, vole, WormBase, Danse, MGI, RGD et Gene Ontology ainsi.

mergeJ'ai un faible pour les organismes modèles, non seulement en raison de la quantité énorme de grande biologie qu'ils ont fourni. J'étais un postdoc au laboratoire Jackson, et je suis parfaitement conscient de l'importance cruciale est d'avoir la profondeur des spécialistes des espèces impliquées dans la création et le maintien des ressources qui sont appropriées pour leur organisme. Mais il est plus que de simples connaissances institutionnelles et les données, bien sûr. Il est également l'importance de la communauté des chercheurs travaillant sur cet organisme, les soutenir et ayant leurs besoins satisfaits à bien des égards avec des ressources spécifiques aux espèces.

Donc, la pointe de cette semaine met en évidence certaines caractéristiques des outils de FlyBase, comme un moyen de rappeler aux gens du grand travail qui est en cours au modèle des bases de données de l'organisme (MODs).

Maintenant, si vous ne l'avez pas déjà fait, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre de soutien à ces bases de données. Vous pouvez en savoir plus sur la question plus sur le site, mais brièvement:

NHGRI / NIH a récemment avancé un plan dans lequel les MODs seront intégrées dans une base de données combinée unique, ainsi qu'un 30% réduction du financement pour chaque MOD (voir également Nature et Science reportages). Alors que l'intégration accrue présentera de nombreux avantages, le plan se traduira par une perte d'ensembles de données spécifiques à l'organisme critiques. La coupe de financement sera également paralyser les fonctions de base telles que la littérature de haute qualité curation et annotation du génome, dégrader l'utilité des MODs. Étant donné le grand nombre de scientifiques que ce changement de politique aurait une incidence et l'importance de leur travail, ceci est une question extrêmement préoccupante.

J'ai toujours crié sur l'importance de curation de haute qualité. Il est tellement sous-évalué, mais il est seulement de plus en plus crucial maintenant que nous obtenons des données de séquence tant et nous avons besoin des meilleures connaissances existantes pour nous guider à travers elle. Maintenant, est pas le moment de réduire les curation.

Donc, si vous avez évalué les données MOD et les sites communautaires, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre d'appui.

Liens rapides:

FlyBase: http://flybase.org/

Modèle de soutien Organism Bases de données lettre: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Références:

Hayden, Erica Check. “Le financement des bases de données modèle-organismes en difficulté.” Nature Nouvelles. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Kaiser, Jocelyn. “Le financement des ressources de données clés en danger.” Science 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: établir une ressource Gene groupe pour Drosophila melanogaster.” Nucleic Acids Research (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/grenade / gkv1046

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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, tissus- and tumor-PPI comparison, Balise, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, et plus.


Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


Astuce de la semaine: FlyBase


J'ai un petit faible pour FlyBase. Mon doctorat. travail utilisé chez la drosophile et j'ai utilisé espèces de drosophiles à enseigner après que. Quelque chose au sujet Diptère génétique me fascine. FlyBase est également l'une des plus anciennes de la génétique et bases de données génomiques et nous avons un tutoriel sur l'. Pointe d'aujourd'hui est leur 12 vidéo d'une minute de Base aérienne pour les moins de diplômés. Une des choses que j'ai toujours cru que les bases de données et des outils d'analyse que nous formons sur et viennent à travers dans notre travail quotidien sont d'excellents endroits pour enseigner et apprendre la génomique pour étudiants. Beaucoup de données et beaucoup d'analyse qui font des projets très intéressants et les expériences qui pourraient faire un premier cycle.

Vidéo d'aujourd'hui commence avec un peu ridicule live-action de la séquence :D, idiot mais amusant, et des promenades à travers FlyBase sur un niveau d'introduction. Check it out.

Ils ont une youtube channel avec deux autres (et beaucoup plus court) vidéos sur l'utilisation de TermLink, un outil de vocabulaire contrôlé de recherche, et une introduction à Fast-Track, un outil de curation communauté papier.

 

Nous faisant remarquer au Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI a récemment souligné notre nouvel ensemble de tutoriels sur l'organisme modèle bases de données (financé principalement par NHGRI :) sur leur page d'accueil, genome.gov. Toujours agréable d'être reconnu :D.

Et cela me donne l'occasion de signaler à nouveau que nous avons en effet sept tutoriels disponibles publiquement et matériels de formation (diapositives, exercices, etc) sur les bases de données, y compris l'organisme modèle SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase et Danse… et un septième GBrowse, un navigateur génome générique utilisé par certaines des bases de données du génome et d'autres.

Check them out (et de remplir le nouveau sondage à la gauche :D.

Astuce de la semaine: Conversion de coordonnées génome

galaxylift_thumbRégulièrement nous recevons demandé comment convertir les coordonnées génomiques à partir d'une précédente assemblée pour un autre plus tard, ou même entre les génomes. Il ya plusieurs endroits en ligne pour ce faire. Dans cette astuce de la semaine, Je vais vous présenter au Galaxy outil de seuil de chargement et de souligner aussi que UCSC Genome Browser et FlyBase disposent d'outils similaires (comme les autres, je suis sûr, connaissez des?). Avec cet outil, vous pouvez prendre vos coordonnées et facilement les convertir en coordonnées d'un montage ultérieur. Btw, Galaxy est un outil d'analyse de grande.

Astuce de la semaine: Tutoriels organisme modèle Base de données

gbrowsePour l'extrémité de la semaine aujourd'hui, nous aimerions souligner un certain nombre de nouvelles (libre à vous) tutoriels sur les ressources organisme modèle base de données. Ces sept tutoriels (comprennent tutoriel animation flash, diapositives pour le téléchargement, exercices et des documents) ont été partiellement financée par une subvention du NHGRI. Nous venons de mettre un communiqué de presse sur ce, mais je pensais que l'astuce de la semaine serait un endroit idéal pour vous initier à ces tutoriels. Nous ont sept tutoriels qui sont (ou le seront bientôt) disposition du public (Ce lien vous mènera à une liste et des liens vers tous ces tutoriels). Les quatre premiers sont disponibles sur le GBrowse, WormBase, RGD (Rat Genome Database) et MGI (Informatique de génome de souris. GBrowse (le tutoriel ici liée à), a été développé par la base de données organisme modèle générique (GMOD) projet et est un excellent outil pour développer des navigateurs génome pour le modèle et les organismes de recherche. Beaucoup de bases de données organisme modèle d'utiliser les ressources gmod en totalité ou en partie, y compris beaucoup de ceux que nous avons ici des tutoriels sur. Trois autres seront à venir très prochainement sur Danse (Le poisson zèbre), FlyBase (Drosophila) et SGD (levures). Check them out :).

Tutoriels gratuits sur bases de données génomiques organisme modèle Libéré par OpenHelix

OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité gratuite des suites tutoriel sur les bases de données et des ressources organisme modèle largement utilisé dans la recherche. Les suites sont disponibles premier tutoriel GBrowse, Rat Genome Database (RGD), Informatique de génome de souris (MGI), et WormBase. Pour être ajouté dans les prochaines semaines sont Zebrafish Information Network (Danse), FlyBase et Saccharomyces (Levures) Base de données du génome (SGD).

Les suites tutoriel, financé en partie par une subvention du National Human Genome Research Institute des National Institutes of Health, comprennent une course auto, tutorial narré l'introduction de la ressource et comment utiliser ses fonctionnalités et fonctions. Chaque suite comprend également des diapositives PowerPoint, documents, et des exercices qui peuvent être utilisés à titre de référence ou pour d'autres formations.

Un des tutoriels disponibles premières est Gbrowse, développé par la base de données organisme modèle générique (GMOD) projet de, un outil couramment utilisé par les chercheurs pour développer des navigateurs du génome d'organismes modèles pour, espèces d'intérêt, et des sujets particuliers. En apprenant à utiliser ce navigateur "générique" du génome, vous pouvez exploiter ces connaissances pour utiliser des dizaines de ressources consacrées à un large éventail de domaines de recherche.

"Le didacticiel utilisateur OpenHelix Gbrowse est très bien fait et sera une excellente ressource pour les nombreuses communautés de recherche qui utilisent Gbrowse de visualiser les données génomiques,», A déclaré Dave Clements du Centre national de synthèse évolutive qui dirige le bureau d'aide gmod.

Organismes modèles, telle que la levure, la souris, rat, vole, et bien d'autres, ont longtemps été utilisés par les chercheurs d'élargir notre compréhension de la biologie et à évaluer l'efficacité et la sécurité des thérapies avant d'aller au procès de l'homme. La plupart des génomes de ces organismes ont été entièrement séquencé, donnant à la communauté scientifique un aperçu encore plus grande dans les organismes et leur relation à la biologie humaine. Les données du génome est maintenant disponible et consultable sur la disposition du public des bases de données en ligne et des ressources.

Vous pouvez consulter les tutoriels organisme modèle au http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix fournit plus de 60 suites tutoriel d'autres sur un certain nombre de bases de données génomiques et des ressources par le biais d'un individu, groupe, ou de souscription institutionnelle. De plus amples informations peuvent être trouvées à www.openhelix.com.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit les connaissances de la génomique vous avez besoin quand vous en avez besoin. OpenHelix offre en ligne auto-run tutoriels et formation sur site pour les institutions et les entreprises sur la libre circulation des plus puissants et populaires, basé sur le Web, accessibles au public des ressources bio-informatique. En outre, OpenHelix est contractée par les fournisseurs de ressources pour fournir globale, formation à long terme et des programmes de sensibilisation.

Comment choisir une plate-forme de bases de données du génome

Je lisais une lettre d'information que je reçois de Biotechniques, et de leurs WebWatch a souvent des articles amusants. (Vous pouvez avoir besoin d'obtenir une inscription gratuite pour voir le WebWatch.) Cette semaine, ils font référence aux MaizeGDB base de données dans le poste INCROYABLE base. Même si j'avais été au courant de MaizeGDB avant, C'était un rappel agréable d'y aller et ont un oeil pour voir ce qui est nouveau.

Quand je suis allé là-bas j'ai été intrigué par le nouveau navigateur qu'ils sont sur le point de lancement (à la mi-Octobre). Le lien dit “bientôt” et je suis allé vérifier les informations qu'il.

Actuellement ce lien mène à une page qui décrit leur passage à plus d'une séquence centrée sur la représentation de leurs données. C'était un regard fascinant sur leur processus de décision de passer à une plate-forme nouveau navigateur et ce qu'ils ont décidé de faire. Pour les geeks comme moi base de données, voir leur classement de l'importance des différentes fonctions est très convaincante.

Et ce qu'ils ont décidé? GBrowse!

Nous avons un tutoriel disponible le GBrowse. Habituellement, nous ne tutoriels sur des sites spécifiques, mais comme nous voyais GBrowse encore et sur différents sites que nous avons créé un tutoriel pour que les. Il m'aide à comprendre le navigateur sous-jacente de base quand je visite un site qui emploie. Même si les emballages et les types de données peuvent varier sur différents sites, comprendre comment il fonctionne, il est beaucoup plus facile à utiliser à tout nouveau site qui l'utilise. HapMap, MGI, WormBase, FlyBase, TAIR, Génome personnelle de Watson, et une tas d'autres sites utiliser le logiciel GBrowse.

Au plaisir de vérifier la version GBrowse MaizeGDB quand il lance!

De nouveaux didacticiels en ligne sur FlyBase, WormBase et de l'informatique génome de la souris (MGI) Ressources

tutoriaux complets sur les bases de données bioinformatiques organisme modèle FlyBase, WormBase et MGI permettre aux chercheurs d'utiliser rapidement et efficacement ces ressources précieuses.

OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité de nouvelles suites tutoriel sur plusieurs ressources organisme modèle, y compris FlyBase, WormBase et une mise à jour sur le génome de souris informatique (MGI) base de données. Organismes modèles font partie intégrante de notre compréhension de la biologie fondamentale et la recherche biomédicale moderne. Drosophila, C. elegans et la souris sont trois organismes modèles très recherchés. FlyBase et WormBase sont des ressources primaires pour informations moléculaires et génétiques sur la Drosophilidae et Caenorhabditis elegans et les espèces apparentées, respectivement. MGI est une série d'outils et de bases de données qui intègrent la génétique, génomique et la biologie de la souris de laboratoire.

Les suites tutoriel, disponibles à l'achat unique ou par le biais d'un abonnement à bas prix par an pour tous les tutoriels OpenHelix, contiennent une narration, auto-run, tutoriel en ligne, diapositives, documents et d'exercices. Avec les tutoriels, les chercheurs peuvent rapidement apprendre à utiliser efficacement ces ressources. Ces tutoriels vous enseignera aux utilisateurs de:

  • effectuer des recherches et naviguer rapide des pages de résumé du gène
  • voir les caractéristiques génétiques dans le contexte de la totalité du chromosome
  • construire des requêtes complexes à travers différents jeux de données stockées dans FlyBase, WormBase ou MGI
  • effectuer des nucléotides ou d'acides aminés recherches d'homologie de séquence d'acide
  • données de sortie dans des formats différents, ou l'accès large des rapports de données
  • enquêter sur de nombreuses ressources liés à la MGI

Pour en savoir plus sur ces et d'autres suites tutoriel visite OpenHelix.

Trouver Mouches

J'ai finalement eu le temps de lire le mois dernier de Article paru dans Nature sur la séquence génomique de 12 Espèces de drosophiles. En plus d'être la recherche en génomique (qui est mon domaine maintenant :), elle cherche aussi à 12 des dizaines d'espèces couple, je étudié pour mon doctorat. (si je ne faisais que regarder l'évolution de la R1 & Rétroposons R2 chez les arthropodes).Intéressant papier, et je pourrais y entrer plus en profondeur plus tard, (ce que la génomique signifie et ne signifie pas pour les études évolutives).

Mais je ne me mets à penser, où pourrais-je aller à parcourir et rechercher des données de séquences génomiques de ces 12 espèces ( Hey, Je pourrais avoir besoin de recréer mon travail, si le laboratoire a déjà Eickbush.. et étendu). Bien sûr il ya les deux navigateurs mentionnés dans le document ;-), FlyBase et UCSC Genome Browser, si UCSC ne comprend pas D. willistoni pendant que j'écris ceci. J'ai vérifié les deux autres grands navigateurs du génome générales, par rapport à espèces ou taux spécifique: Ensembl et NCBI MapViewer. Continuer la lecture