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Vídeo Consejo de la semana: base aérea de TV, y una carta de apoyo a las comunidades organismo modelo

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Primero, era un tweet de FlyBase, about their video channel. Ha sido un tiempo desde que habíamos hecho una Base aérea Consejo de la semana, así que fue una razón suficiente.

Pero también se produjo justo después de que yo estaba pensando acerca de la importancia de los organismos modelo, sobre la base de la campaña de las bases de datos organismo modelo para salvar a su financiación. Aquí está un tweet de la base de datos del genoma de la levadura (SGD) con una petición:

Pero esta carta cita la levadura, moscas, WormBase, Danza, MGI, RGD y Gene Ontology también.

mergeTengo una debilidad por los organismos modelo, no sólo debido a la enorme cantidad de gran biología que han proporcionado. Yo era un post-doctorado en el Laboratorio Jackson, y soy muy consciente de lo importante que es tener la profundidad de los especialistas en especies involucradas en la creación y el mantenimiento de los recursos que sean apropiados para su organismo. Pero es más que conocimientos institucional y de datos, por supuesto. Es también la importancia de la comunidad de investigadores que trabajan en ese organismo, apoyándolos y tener sus necesidades cubiertas en muchos aspectos con los recursos específicos de cada especie.

Así que el consejo de esta semana pone de relieve algunas de las características de las herramientas FlyBase, como una manera de recordar a la gente de la gran obra que está pasando en las bases de datos de organismos modelo (MODs).

Ahora, si no lo ha hecho, por que no firmar el carta de apoyo a estas bases de datos. Puede leer más sobre el tema más en el sitio, pero brevemente:

NHGRI / NIH ha avanzado recientemente un plan en el que los mods se integrarán en una única base de datos combinada, junto con una 30% reducción de los fondos para cada MOD (véase también éstos Naturaleza y Ciencia noticias). Aunque el aumento de la integración presentará muchas ventajas, el plan se traducirá en una pérdida de datos críticos organismos específicos. El corte financiación también paralizar funciones básicas tales como curación de la literatura de alta calidad y la anotación del genoma, degradar la utilidad de los MODs. Dado el gran número de científicos que este cambio de política afectaría y la importancia de su trabajo, esto es un motivo de preocupación extrema.

Siempre he gritado sobre la importancia de curación de alta calidad. Es tan infravalorado, but it’s only more and more crucial now that we are getting so much sequence data and we need the best existing knowledge to help guide us through it. Now is not the time to cut back on curation.

So if you have valued MOD data and community sites, please consider signing on to the letter of support.

Enlaces rápidos:

FlyBase: http://flybase.org/

Support Model Organism Databases carta: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Referencias:

Hayden, Erica Check. “Funding for model-organism databases in trouble.” Nature News. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Emperador, Jocelyn. “Funding for key data resources in jeopardy.” Ciencia 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: establishing a Gene Group resource for Drosophila melanogaster.” Los ácidos nucleicos de investigación (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/nar/gkv1046

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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, tejido- and tumor-PPI comparison, Faro, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, y más.


Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


Consejo del la Semana: FlyBase


Tengo una debilidad por Flybase. Mi doctorado. trabajo utilizado Drosophila y he utilizado especies de Drosophila a enseñar después de que. Algo sobre Dípteros la genética me fascina. FlyBase es también una de las mayores y bases de datos genética y genómica tenemos un tutorial sobre el mismo. Consejo de hoy es su 12 vídeo de un minuto de En la base aérea para Graduados. Una de las cosas que siempre cree es que las bases de datos y herramientas de análisis que en tren y nos hemos encontrado en nuestro trabajo diario son lugares excelentes para la enseñanza y el aprendizaje de la genómica para estudiantes universitarios. Un montón de datos y un montón de análisis que hacen proyectos muy interesantes y experiencias que un estudiante podría hacer.

Vídeo de hoy comienza con una especie de tonto secuencia de acción en vivo :D, pero divertido tonto, y paseos por FlyBase en un nivel introductorio. Échale un vistazo.

Tienen un canal de youtube con otros dos (y mucho más corto) vídeos sobre el uso de TermLink, un vocabulario controlado herramienta de búsqueda, y una introducción a Fast-Track, un papel comunidad curación herramienta.

 

Apuntando a nosotros en Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI ha señalado recientemente nuestro nuevo sistema de tutoriales en organismo modelo bases de datos (financiado principalmente por el NHGRI :) en su página de inicio, genome.gov. Siempre es agradable ser reconocido :D.

Y me da la oportunidad para señalar nuevamente que nos tienen, de hecho siete tutorías a disposición del público y materiales de capacitación (diapositivas, ejercicios, etc) en bases de datos organismo modelo como SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase y Danza… y un séptimo en GBrowse, un genoma navegador genérico usado por algunas de las bases de datos del genoma estos y otros.

Échales un vistazo (y rellene la nueva encuesta a la izquierda :D.

Consejo del la Semana: La conversión de coordenadas del genoma

galaxylift_thumbDe vez en cuando se nos pregunta cómo convertir las coordenadas genómico a partir de un conjunto de principios para una posterior, o incluso entre los genomas. Hay varios sitios en línea para hacer esto. En este consejo de la semana, Me voy a presentar a Herramienta galaxia Liftover y señalar también que UCSC Genome Browser y Flybase contar con herramientas similares (al igual que los demás estoy seguro de, sabes de algún?). Con esta herramienta, usted puede tomar sus datos y convertirlos fácilmente en coordenadas de un posterior montaje. IVA, Galaxy es una herramienta de análisis de gran.

Consejo del la Semana: Modelo de tutorías organismo de base de datos

gbrowsePor la punta de la semana actual, nos gustaría señalar una serie de nuevas (libre para) tutoriales sobre los recursos modelo de base de datos de organismo. Estos siete tutoriales (incluye un tutorial en flash de películas, diapositivas para descargar, ejercicios y apuntes) fueron financiados en parte por una subvención del NHGRI. Acabamos de poner un Comunicado de prensa sobre este, pero pensé que el Consejo de la semana sería un gran lugar para presentar a estos tutoriales. Nosotros tienen siete tutoriales que son (o pronto lo estará) a disposición del público (Este enlace le llevará a una lista y enlaces a todos estos tutoriales). Los primeros cuatro son disponibles en GBrowse, WormBase, RGD (Base de datos del genoma de rata) y MGI (Genoma del ratón Informática. GBrowse (el tutorial relacionado con este), fue desarrollado por la Base de Datos de organismo modelo genérico (GMOD) proyecto y es una gran herramienta para desarrollar navegadores genoma para el modelo y los organismos de investigación. Muchas bases de datos de organismos modelo de uso de recursos GMOD total o parcialmente, incluyendo muchos de los que tenemos aquí en tutoriales. Otros tres se viene muy pronto en Danza (Pez cebra), FlyBase (Drosophila) y SGD (levadura). Échales un vistazo :).

Tutoriales gratis en bases de datos Modelo Genómica organismo liberado por OpenHelix

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad gratuita de suites tutorial sobre bases de datos de organismo modelo y los recursos utilizados ampliamente en la investigación. Las suites tutorial disponible en primer lugar se GBrowse, Base de datos del genoma de rata (RGD), Genoma del ratón Informática (MGI), y WormBase. Que se añadirán en las próximas semanas son la Red de Información de pez cebra (Danza), FlyBase y Saccharomyces (Levadura) Base de datos del genoma (SGD).

Las suites tutorial, financiado en parte por una subvención del National Human Genome Research Institute de los Institutos Nacionales de Salud, incluyen una carrera de auto, tutorial narrado la introducción de los recursos y la forma de utilizar sus características y funciones. Cada suite también incluye diapositivas de PowerPoint, folletos, y ejercicios que se pueden utilizar como referencia o para entrenar a otros.

Uno de los tutoriales disponibles en primer lugar se encuentra en GBrowse, desarrollado por la base de datos de organismo modelo genérico (GMOD) proyecto, una popular herramienta utilizada por los investigadores para desarrollar navegadores genoma de organismos modelo, especies de interés, y temas específicos. Al aprender a utilizar esta "genérico" genoma navegador, usted puede aprovechar ese conocimiento para el uso de decenas de recursos que se dedican a una amplia gama de áreas de investigación.

"El GBrowse OpenHelix tutorial de usuario es muy bien hecho y será un excelente recurso para las comunidades de investigación que utilizan muchos GBrowse para visualizar los datos genómicos,", Dijo Dave Clements, del Centro Nacional de Síntesis Evolutiva que dirige el servicio de asistencia GMOD.

Organismos modelo, como la levadura, del ratón, rata, moscas, y muchos otros, han sido utilizados por los investigadores para ampliar nuestra comprensión de la biología y para evaluar la eficacia y seguridad de los tratamientos antes de ir al ensayo en humanos. Muchos de los genomas de estos organismos han sido completamente secuenciados, dar a la comunidad científica una visión aún mayor en los organismos y su relación con la biología humana. Los datos del genoma ya está disponible y puede consultarse en las bases de datos en línea a disposición del público y los recursos.

Puede ver los tutoriales en el organismo modelo http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix ofrece más de 60 otras suites tutorial de una serie de bases de datos genómicas y de los recursos a través de un individuo, grupo, o suscripción institucional. Para más información se puede encontrar en www.openhelix.com.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona el conocimiento de la genómica que necesita cuando lo necesita. OpenHelix ofrece en línea de auto-ejecutar los tutoriales y en el lugar de entrenamiento para instituciones y empresas en el libre más potentes y populares, basado en la web, de acceso público bioinformática recursos. Además, OpenHelix es contratado por los proveedores de recursos para proporcionar amplia, formación a largo plazo y programas de extensión.

¿Como elegir una plataforma de base de datos del genoma

Yo estaba leyendo un boletín que recibo de Biotécnicas, y sus WebWatch a menudo tiene algunos artículos de la diversión. (Es posible que necesite obtener un acceso libre para ver la WebWatch.) Esta semana se refirieron a la MaizeGDB base de datos en el puesto Espectacular Base. A pesar de que había sido consciente de MaizeGDB antes, fue un buen recordatorio para ir y echar un vistazo para ver qué hay de nuevo.

Cuando fui allí estaba intrigado por el nuevo navegador que está a punto de lanzar (a mediados de octubre). El enlace dice “muy pronto” y yo fuimos a ver la información que.

Actualmente ese vínculo llega a una página que describe su traslado a una secuencia más centrada en la representación de sus datos. Fue una mirada fascinante a su proceso de decisión de trasladarse a una plataforma nueva del navegador y lo que decidió hacer. Para los frikis de base de datos como yo, ver su ranking de la importancia de diversas características fue muy convincente.

Y lo que decidió? GBrowse!

Tenemos un tutorial disponible en GBrowse. Por lo general, hacemos clases particulares en sitios específicos, pero a medida que seguía viendo GBrowse una y otra vez en diferentes sitios que hemos creado un tutorial para que. Me ayuda a comprender el navegador básico que subyace en mi visita a cualquier sitio que se emplea. A pesar de que las envolturas y los tipos de datos pueden variar en diferentes lugares, entender cómo funciona lo hace mucho más fácil de usar en cualquier sitio nuevo que utiliza. HapMap, MGI, WormBase, FlyBase, TAIR, Genoma personal de Watson, y un montón de otros sitios utilizar el software GBrowse.

Mirando hacia el futuro para comprobar la versión GBrowse MaizeGDB cuando se lance!

Nueva Tutoriales en línea en FlyBase, WormBase e Informática del genoma del ratón (MGI) Recursos

tutoriales global sobre la bioinformática organismo modelo de bases de datos FlyBase, WormBase MGI y permitirá a los investigadores de forma rápida y eficaz uso de estos recursos invaluables.

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de nuevas suites tutorial sobre varios recursos como organismo modelo FlyBase, WormBase y una actualización de la Informática del genoma del ratón (MGI) base de datos. Los organismos modelos son esenciales para nuestra comprensión de la biología básica y la investigación biomédica moderna. Drosophila, C. elegans y ratones son tres muy investigado organismos modelo. FlyBase y WormBase son los principales recursos de información molecular y genética en la Drosophilidae y en Caenorhabditis elegans y especies afines, respectivamente. MGI es una serie de herramientas y bases de datos que integran la genética, la genómica y la biología del ratón de laboratorio.

Las suites tutorial, disponible para compra individual oa través de una suscripción anual a bajo precio a todos los tutoriales OpenHelix, contienen un narrada, auto-ejecución, tutorial en línea, diapositivas, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Estos tutoriales le enseñarán a los usuarios:

  • realizar rápidas búsquedas y navegar por las páginas de resumen de genes
  • ver las características genéticas en el contexto de todo el cromosoma
  • construir consultas complejas a través de diversos conjuntos de datos almacenados en FlyBase, WormBase o MGI
  • nucleótidos o aminoácidos realizar búsquedas de homología de secuencia de ácido
  • salida de datos en varios formatos, o informes de acceso de datos a gran
  • investigar muchos recursos asociados a la MGI

Para obtener más información sobre estas y otras suites tutorial visita OpenHelix.

Las moscas encontrar

Finalmente llegué a la lectura del mes pasado Papel de la naturaleza en la secuencia genómica de 12 Drosophila especies. Además de ser la investigación genómica (que es mi campo ahora :), que también está estudiando 12 de las decenas de especies de par I estudiado durante mi doctorado. (aunque yo sólo estaba viendo la evolución de la R1 & Retroposones R2 en artrópodos).Interesante trabajo, y yo podría ir a más en profundidad más adelante (lo que significa la genómica, y no significa para los estudios evolutivos).

Pero yo llegué a pensar, dónde voy a ir a navegar y buscar los datos de la secuencia genómica de éstos 12 especies ( hey, Puede ser que quiera volver a crear mi trabajo, pesar de que el laboratorio de Eickbush ya tiene.. y extendida). Por supuesto que son los dos navegadores mencionados en el documento ;-), Flybase y UCSC Genome Browser, aunque UCSC no incluye D. willistoni mientras escribo esto. Revisé los otros dos principales navegadores generales del genoma, en contraposición a especies o taxones específico: Ensembl y MapViewer del NCBI. Seguir leyendo