الوسم المحفوظات: القاعدة الجوية

support_MODs

تلميح فيديو للأسبوع: قاعدة جوية التلفزيون, ورسالة دعم للمجتمعات نموذج حي

This week’s video tip was prompted by a couple of things. الأول, كان سقسقة من القاعدة الجوية, about their video channel. انها كانت فترة من الوقت منذ أن كنا قد فعلت قاعدة جوية نصيحة الأسبوع, لذلك كان كافيا لسبب.

لكنها جاءت أيضا بعد وأنا أفكر في أهمية الكائنات النموذجية, بناء على الحملة التي تقوم بها قواعد بيانات نموذج حي لإنقاذ تمويلها. وهنا سقسقة من قاعدة البيانات الخميرة الجينوم (SGD) مع نداء:

ولكن هذه الرسالة يستشهد الخميرة, الذباب, WormBase, رقص, كونكورد, RGD و أنتولوجيا الجينات كذلك.

mergeلدي بقعة لينة للكائنات نموذج, ليس فقط بسبب الكم الهائل من الأحياء الكبير الذي فرنا. كنت مرحلة ما بعد الدكتوراه في مختبر جاكسون, وأنا أدرك تماما مدى أهمية هو أن يكون عمق المتخصصين الأنواع المعنية في إنشاء والمحافظة على الموارد المناسبة لكائن من. لكنه أكثر من مجرد المعرفة المؤسسية والبيانات, بالطبع. انها أيضا على أهمية المجتمع من الباحثين العاملين في هذا الحي, دعم لهم وجود احتياجاتهم اجتمعت في نواح كثيرة مع الموارد الأنواع محدد.

ذلك غيض هذا الأسبوع يسلط الضوء على بعض ملامح أدوات FlyBase, باعتبارها وسيلة لتذكير الناس من العمل العظيم الذي يجري في قواعد البيانات كائن نموذج (وزارة الدفاع).

الآن, إذا لم تكن قد فعلت ذلك, يرجى النظر في التوقيع على ل رسالة دعم لقواعد البيانات هذه. يمكنك قراءة المزيد حول هذه القضية في أكثر من موقع, ولكن لفترة وجيزة:

NHGRI / المعاهد الوطنية للصحة قد تقدمت مؤخرا خطة التي سوف يتم دمج وزارة الدفاع في قاعدة بيانات مشتركة واحدة, جنبا إلى جنب مع 30% انخفاض في التمويل لكل وزارة الدفاع (انظر أيضا هذه طبيعة و العلم الأخبار). في حين زيادة التكامل سيقدم العديد من المزايا, والخطة يؤدي إلى خسارة من مجموعات البيانات الكائنات محددة الحرجة. وخفض التمويل أيضا يشل الوظائف الأساسية مثل جودة عالية كرأيشن الأدب والشرح الجينوم, المهينة فائدة من وزارة الدفاع. نظرا للعدد الكبير من العلماء أن هذا التغيير في السياسة من شأنه أن يؤثر وأهمية عملهم, هذا هو مدعاة للقلق الشديد.

لقد صاح دائما عن أهمية كرأيشن ذات جودة عالية. انها مقومة بأقل من قيمتها حتى, ولكن هذا فقط أكثر وأكثر أهمية الآن أننا نحصل على الكثير من البيانات تسلسل ونحن بحاجة إلى أفضل المعارف المتاحة للمساعدة في توجيه لنا من خلال ذلك. الآن ليس الوقت المناسب لخفض كرأيشن.

حتى إذا كان لديك قيمة بيانات وزارة الدفاع ومواقع المجتمع, يرجى النظر في التوقيع على الرسالة من الدعم.

وصلات سريعة:

القاعدة الجوية: http://flybase.org/

دعم نموذج قواعد بيانات الكائن الحي خطاب: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

المراجع:

هايدن, إيريكا تحقق. “تمويل لقواعد بيانات النموذج الحي في ورطة.” طبيعة الأخبار. () دوى: 10.1038/nature.2016.20134

قيصر, جوسلين. “تمويل موارد البيانات الرئيسية في خطر.” العلم 351.6268 (2016): 14-14. دوى: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, هيلين, وآخرون. “القاعدة الجوية: إنشاء مورد جين المجموعة لذبابة الفاكهة.” الأحماض النووية البحثية (2015): gkv1046. دوى: 10.1093/الرمان / gkv1046

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, الأنسجة- and tumor-PPI comparison, منارة, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, وأكثر.


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


نصيحة الأسبوع: القاعدة الجوية


لدي نقطة ضعف تجاه القاعدة الجوية. بلدي دكتوراه. العمل المستخدمة ذبابة الفاكهة ولقد استعملت الأنواع ذبابة الفاكهة لتعليم بعد ذلك. شيئا عن Dipteran علم الوراثة تدهشني. FlyBase هي أيضا واحدة من أقدم علم الوراثة علم الجينوم وقواعد البيانات و ونحن قد حصلت على البرنامج التعليمي على ذلك. تلميح اليوم هو من 12 دقيقة الفيديو من وبموجب القاعدة الجوية لصواريخ غراد. واحدة من الأشياء التي يعتقد دائما هو أن قواعد البيانات وأدوات التحليل ونحن على القطار وتأتي عبر في عملنا اليومي هي أماكن ممتازة للتعليم والتعلم للطلاب الجامعيين الجينوميات. الكثير من البيانات وتحليل الكثير من المشاريع التي من شأنها أن تجعل مثيرة للاهتمام للغاية والخبرات التي يمكن أن تفعل الجامعي.

فيديو اليوم يبدأ مع نوع من تسلسل حية للعمل سخيف :D, ولكن متعة سخيفة, والمشي من خلال FlyBase على المستوى التمهيدي. التحقق من ذلك.

لديهم قناة يوتيوب مع اثنين إضافية (وأقصر بكثير) أشرطة الفيديو على استخدام TermLink, بحث مفردات قياسية أداة, ومقدمة لمسار سريع, ورقة curation المجتمع أداة.

 

مشيرا لنا بها في Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI أشار مؤخرا لدينا مجموعة جديدة من دروس حول نموذج الكائن قواعد البيانات (تمول أساسا من NHGRI :) على صفحة وطنهم, genome.gov. لطيفة دائما أن يكون معترف بها :D.

ويتيح لي الفرصة للإشارة مرة أخرى إلى أن لدينا بالفعل seven الدروس متاحة للجمهور والمواد التدريبية (الشرائح, التمارين, الخ) على قواعد البيانات بما في ذلك النموذج الحي SGD, RGD, كونكورد, WormBase, القاعدة الجوية و رقص… والسابع عن GBrowse, مستعرض الجينوم عام يستخدم من قبل بعض قواعد بيانات الجينوم هذه وغيرها.

التحقق منها (وملء استطلاع جديد لليسار :D.

نصيحة الأسبوع: تحويل الإحداثيات الجينوم

galaxylift_thumbكل ذلك في كثير من الأحيان الحصول على طلبنا كيفية تحويل الاحداثيات الجينومية من التجمع في وقت سابق إلى واحد في وقت لاحق, أو حتى بين الجينوم. هناك عدة مواقع على الانترنت للقيام بذلك. في هذا غيض من الأسبوع, انا ذاهب الى أن أعرض لكم مجرة أداة Liftover ونشير أيضا إلى أن UCSC متصفح الجينوم و القاعدة الجوية وأدوات مماثلة (كما يفعل غيرهم أنا متأكد, تعرف أي?). مع هذه الأداة, يمكنك أن تأخذ إحداثيات الخاص وتحويل بسهولة إلى إحداثيات التجمع في وقت لاحق. راجع للشغل, المجرة هي أداة تحليل عظيم.

نصيحة الأسبوع: دروس نموذجية الكائنات قاعدة البيانات

gbrowseلغيض من الأسبوع اليوم, نود أن نشير إلى عدد من جديد (لك مجانا) الدروس على نموذج قاعدة بيانات الموارد الحي. هذه الدروس seven (وتشمل فلاش تعليمي فيلم, لتحميل الشرائح, التمارين والنشرات) وكانت تمول جزئيا من منحة NHGRI. وضعنا للتو بإجراء بيان صحفي حول هذا, ولكن اعتقد ان نصيحة الأسبوع ستكون مكانا رائعا لأعرض لكم لهذه الدروس. نحن لدي سبعة الدروس التي (أو سيتم قريبا) متاحة للجمهور (هذا الرابط يأخذك إلى قائمة وصلات لجميع هذه الدروس). الأربعة الأولى المتوفرة على GBrowse, WormBase, RGD (قاعدة بيانات الجينوم الفئران) و كونكورد (الماوس الجينوم المعلوماتية. GBrowse (البرنامج التعليمي يرتبط هنا), تم تطويره من قبل قاعدة بيانات نموذج الكائنات عام (GMOD) والمشروع هو أداة عظيمة لتطوير المتصفحات الجينوم لنموذج الكائنات والبحوث. العديد من قواعد البيانات النموذج الحي في استخدام الموارد GMOD كامل أو جزئي, بما في ذلك العديد من تلك الدروس لدينا هنا. وسوف تكون أكثر ثلاثة قريبا جدا على رقص (الزرد), القاعدة الجوية (ذبابة الفاكهة) و SGD (خميرة). التحقق منها :).

دروس حول قواعد بيانات الجينوم النموذجي الكائنات التي الاصدار OpenHelix

OpenHelix اليوم عن توافر حرية أجنحة التعليمي على قواعد بيانات النموذج الحي والموارد المستخدمة على نطاق واسع في مجال الأبحاث. الأجنحة التعليمي أول المتاحة هي GBrowse, قاعدة بيانات الجينوم الفئران (RGD), الماوس الجينوم المعلوماتية (كونكورد), وWormBase. تضاف في الأسابيع المقبلة هي اسماك الزرد شبكة المعلومات (رقص), وFlyBase السكيراء (خميرة) قاعدة بيانات الجينوم (SGD).

البرنامج التعليمي أجنحة, تمول جزئيا من قبل منحة من المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشرية في المعاهد الوطنية للصحة, وتشمل سلسلة النفس, وروى تعليمي تقديم الموارد، وكيفية استخدام ميزة وظائفها. كل جناح يضم أيضا شرائح PowerPoint, الصدقات, والتمارين التي يمكن استخدامها كمرجع أو لتدريب الآخرين.

واحد من الدروس الأولى المتاحة على GBrowse, التي وضعتها قاعدة بيانات نموذج الكائن عام (GMOD) مشروع, أداة شعبية تستخدم من قبل الباحثين لتطوير برامج التصفح الجينوم للكائنات نموذج, نوع من الاهتمام, وموضوعات خاصة. من خلال تعلم كيفية استخدام هذه "عامة" متصفح الجينوم, يمكنك ضغط لتلك المعرفة لاستخدام العشرات من الموارد المخصصة لمجموعة واسعة من المجالات البحثية.

"هو جيد جدا القيام به للمستخدم GBrowse OpenHelix التعليمي، وسوف تكون موردا ممتازا للمجتمعات المحلية العديد من الأبحاث التي تستخدم GBrowse لتصور البيانات الجينية,"وقال ديف كليمنتس للمركز الوطني التجميعي التطوري الذي يدير مكتب المساعدة GMOD.

نموذج الكائنات, مثل الخميرة, الماوس, نصيحة, الذباب, وغيرها الكثير, لطالما استخدمت من قبل الباحثين لتوسيع فهمنا لعلم الأحياء وإلى تقييم فعالية وسلامة من العلاجات قبل أن يذهب إلى التجربة البشرية. وقد تم العديد من العوامل الوراثية من هذه الكائنات التسلسل تماما, منح المجتمع العلمي بصيرة أكبر في الكائنات الحية وعلاقتها البيولوجيا البشرية. بيانات الجينوم هو متاح الآن وقابلة للبحث في قواعد البيانات على الانترنت متاحة للجمهور والموارد.

يمكنك عرض الدروس النموذجي الكائن في المتشعب://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. يوفر أكثر من OpenHelix 60 أجنحة أخرى على البرنامج التعليمي عددا من قواعد البيانات الجينومية والموارد من خلال الفرد, مجموعة, أو الاشتراك المؤسسية. ويمكن الاطلاع على مزيد من المعلومات في www.openhelix.com.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (www.openhelix.com) يوفر المعرفة الجينوميات تحتاج إليه عند الحاجة إليها. OpenHelix يتيح تشغيل الذاتي عبر الإنترنت الدروس والتدريب في موقع للمؤسسات والشركات على الخطوط الأكثر نفوذا وشعبية, على شبكة الإنترنت, المعلوماتية الحيوية الموارد المتاحة للجمهور. وبالإضافة إلى ذلك, وقد تم التعاقد مع OpenHelix من قبل مقدمي الموارد لتوفير معلومات شاملة, على المدى الطويل برامج التدريب والتوعية.

كيفية اختيار قاعدة بيانات الجينوم منصة

كنت أقرأ نشرة أحصل من التقانات الحيوية, وعلى WebWatch وغالبا ما بعض البنود متعة. (قد تحتاج إلى الحصول على الدخول مجانا لرؤية WebWatch.) هذا الاسبوع وأشاروا إلى MaizeGDB قاعدة البيانات في آخر Amaizing قاعدة. على الرغم من أن الأول كان على علم قبل MaizeGDB, كان تذكيرا لطيفة لتتجاوز وإلقاء نظرة لنرى ما الجديد.

عندما ذهبت إلى هناك وأنا مفتون بها المتصفح الجديدة التي هي على وشك إطلاق (في منتصف أكتوبر). يقول الارتباط “قريبا” وذهبت للتحقق من المعلومات هناك.

التي تصل حاليا يذهب إلى صفحة تصف انتقالهم إلى تمثيل أكثر من تسلسل المرتكزة على البيانات الخاصة بهم. كانت نظرة رائعة في عملية اتخاذ القرار من أجل الانتقال إلى منصة جديدة للمتصفح وماذا قررت أن تفعل. قاعدة بيانات لالمهوسون مثلي, رؤية ترتيبها لأهمية ميزات مختلفة ومقنعة جدا.

وماذا قرروا? GBrowse!

لدينا يتوفر البرنامج التعليمي على GBrowse. وعادة ما نقوم به الدروس على مواقع محددة, ولكن كما احتفظنا GBrowse رؤية أكثر وأكثر في مواقع مختلفة أنشأنا لهذا البرنامج التعليمي. أنه يساعدني على فهم المتصفح الأساسية الكامنة عند زيارة أي موقع كان أن توظف. حتى وإن كان على الأغلفة وتختلف أنواع البيانات في مواقع مختلفة, فهم كيف يعمل يجعل من الاسهل بكثير لاستخدامها في أي موقع جديد يستخدم ذلك. هاب ماب, كونكورد, WormBase, القاعدة الجوية, طير, واتسون الجينوم الشخصية, و كلها حفنة من المواقع الأخرى استخدام البرنامج GBrowse.

نتطلع الى التحقق من الإصدار GBrowse MaizeGDB عندما تطلق!

دروس جديدة على الانترنت FlyBase, WormBase والفأر الجينوم المعلوماتية (كونكورد) موارد

دروس شاملة على نموذج كائن قواعد البيانات المعلوماتية الحيوية FlyBase, WormBase MGI وتمكين الباحثين من سرعة وفعالية استخدام هذه الموارد لا تقدر بثمن.

OpenHelix أعلنت اليوم عن توافر الأجنحة التعليمي الجديد على العديد من الموارد بما في ذلك النموذج الحي FlyBase, WormBase واستكمالا للمعلوماتية الجينوم ماوس (كونكورد) قاعدة البيانات. نموذج الكائنات هي جزء لا يتجزأ في فهمنا للبيولوجيا الأساسية والبحوث الطبية الحيوية الحديثة. ذبابة الفاكهة, C. ايليجانس والفئران ثلاثة كائنات نموذج بحث للغاية. القاعدة الجوية و WormBase هي الموارد الأولية للحصول على معلومات الجزيئية والجينية في Drosophilidae وايليجانس انواع معينة والأنواع ذات الصلة, على التوالي. كونكورد هو عبارة عن سلسلة من الأدوات وقواعد البيانات التي تعمل على دمج علم الوراثة, علم الجينوم والبيولوجيا للفأرة مختبر.

البرنامج التعليمي أجنحة, متوفرة للشراء واحدة أو عن طريق الاشتراك السنوي بأسعار منخفضة لجميع الدروس OpenHelix, تحتوي على روى, تشغيل الذاتي, البرنامج التعليمي على الانترنت, الشرائح, النشرات والتمارين. مع الدروس, يمكن للباحثين يتعلم بسرعة على نحو فعال واستخدام هذه الموارد بكفاءة. وسوف تدرس هذه الدروس للمستخدمين:

  • إجراء عمليات البحث السريعة والتنقل بين الصفحات ملخص الجين
  • استعرض الصفات الوراثية ضمن سياق كروموسوم كامل
  • بناء الاستعلامات المعقدة عبر مجموعات مختلفة من البيانات المخزنة داخل FlyBase, WormBase أو MGI
  • أداء النوكليوتيدات أو حمض أميني تفتيش تسلسل تناظر
  • إخراج البيانات في أشكال مختلفة, أو الوصول إلى البيانات الكبيرة التقارير
  • التحقيق في العديد من الموارد ذات الصلة المرتبطة MGI

لمعرفة المزيد حول هذه وغيرها من الأجنحة تعليمي زيارة OpenHelix.

العثور على الذباب

حصلت أخيرا في جميع أنحاء لقراءة الشهر الماضي ورقة الطبيعة على تسلسل الجينوم لل 12 أنواع ذبابة الفاكهة. بالإضافة إلى كونها بحوث الجينوم (الذي هو مجال عملي الآن :), انها تبحث أيضا في 12 من بضع عشرات الأنواع أنا درس للدكتوراه بلدي. (وإن كنت تبحث فقط في تطور R1 & retroposons R2 في المفصليات).ورقة مثيرة للاهتمام, وربما أذهب إليه أكثر تعمقا في وقت لاحق (ما يعني وعلم الجينوم لا يعني للدراسات التطورية).

ولكن لم أحصل على التفكير, حيث لن أذهب إلى استعراض البيانات والبحث في تسلسل الجيني لهذه 12 نوع ( مهلا, ربما أريد لإعادة عملي, على الرغم من أن المختبر Eickbush بالفعل.. ومددت). بالطبع هناك متصفحات المذكورين في ورقة ;-), القاعدة الجوية و UCSC متصفح الجينوم, على الرغم من UCSC لا يشمل D. willistoni وأنا أكتب هذا. راجعت وهما أهم المتصفحات الأخرى الجينوم العام, في مقابل نوع أو معدل محدد: Ensembl و NCBI في MapViewer. مواصلة القراءة