الوسم المحفوظات: F - SNP

الحصول على معلومات حول النيوكلوتايد

كان هذا السؤال في حين يعود BIOSTAR, طرق للحصول على معلومات حول قائمة النيوكلوتايد. انها حصلت لي التفكير, ما هي الطرق المختلفة للحصول على ملف من المعلومات حول قائمة من تعدد الأشكال (أفترض أي مهارات البرمجة, الاستعلام بسيطة على شبكة الإنترنت أو غيرها)? وطريقة واضحة بالنسبة لي هو UCSC الجدول المستعرض. لنا البرنامج التعليمي (مجانا) له ممارسة هذا النوع من يفعل ذلك بالضبط. السؤال, لجينة معينة العثور على بيانات حول جميع النيوكلوتايد المشروح لهذه المنطقة, الإجابة ببساطة.

ما الطرق الأخرى هناك? تبين أن هناك عدد غير قليل, لقد بدأت لسردها هنا. كل هذه لقد استعملت “عقارب الساعة” في الإنسان والاستعلام بلدي وانسحبت قائمة من المعلومات حول تعدد الأشكال في تلك المنطقة. ولا سيما في النظام:

UCSC الجدول المستعرض (العديد من الأنواع): انظر (البرنامج التعليمي - مجانا)
الجينوم البديل ملقم (GVS, الإنسان فقط): فوق “اسم الجين” > حدد السكان & المعلمات > حدد “عرض موجز SNP” > إضافة أو إزالة أعمدة من البيانات اللازمة. (البرنامج التعليمي – اكتتاب)
Ensembl BioMart (العديد من الأنواع): اختيار قاعدة البيانات (Ensembl البديل) > اختيار مجموعة البيانات (العاقل وطي dbSNP 132) > اختيار مرشح (كروموسوم وبدء / نهاية الزوج قاعدة) > اختيار سمات (اسم, ساحل, الخ). (البرنامج التعليمي- اكتتاب)
أصناف (الإنسان): اختيار الجينات > اكتب في اسم الجين > فوق بحث (a غيض من الفيديو بلوق)
F - SNP (الإنسان): فوق بحث > اختر “الاستعلام عن طريق الجينات” > اكتب في “عقارب الساعة” > تقدم (a غيض من الفيديو بلوق)
dbSNP بالطبع (العديد من الأنواع): اختيار قاعدة الحزب الوطني الاسكتلندي > اختر حدود (كروموسوم & موقع) > فوق بحث (البرنامج التعليمي – اكتتاب)
SNPVar (مختلف): في هذه التعليقات أدناه, جلين تفاصيل كيفية الحصول على قائمة باستخدام هذه الميزة NCBI. المزيد هنا حول النيوكلوتايد gettings في جين في NCBI.

أي واحد اخترت سوف يعتمد على ما تريد (نوع? البيانات?) أو شكل ما تحتاج. المفضلة لا تزال مستعرض الجدول, لكن هذا تفضيل شخصي.

هل لديك قواعد البيانات أو أدوات لهدم قائمة من تعدد الأشكال والبيانات في الجين? يرجى ذكر لهم في التعليقات أدناه. لأغراضنا لهذه القائمة, دعونا العصا مع شبكة الإنترنت واجهات أو استفسارات بسيطة. ويمكن أن تكون متخصصة من قبل الأنواع, أو حسب نوع (الأمراض المتصلة?) أو عن طريق التخصص الأخرى مثل ذات الصلة من جانب الطريق. سوف أضع لها هنا في هذه القائمة.

للاستعلام SQL أو واجهة برمجة, قد ترغب في استكشاف الارتباط بيوستار أعلاه, هناك الكثير من الأجوبة عن ذلك هناك أيضا!

 

نصيحة الأسبوع: PolyPhen

هناك العديد من الطرق التي يمكن استخدامها للتنبؤ إذا معينة غير مؤذية هو مرادف SNP; نخل و PolyPhen, من بين أمور أخرى. والتي سوف تستخدم واحدة إلى أن تصل إلى الباحث الفرد ونقاط القوة والضعف للتنبؤ, على الرغم من ذكر اثنين القيام بعمل جيد جدا. وسوف يكون تلميح اليوم على شبكة الإنترنت واجهة من PolyPhen 2 استضافت في سونيايف مختبر *. العديد من الأدوات وقواعد البيانات استخدام PolyPhen للمساعدة في توقع تأثير وظيفي من SNP nonsynonymous بما في ذلك Polydome, F - SNP (الذي لقد فعلت تلميح قبل يوم), معهد علوم الصحة البيئية النيوكلوتايد و SeattleSNPs (التي لدينا مجانا الدروس على), SeattleSeq وأكثر. وسوف تلميح اليوم التركيز على مجرد استخدام واجهة الويب, ولكن يمكنك دائما تحميل البرنامج ودمجه النحو الذي تراه مناسبا أو استخدام إحدى قواعد البيانات. جنبا إلى جنب مع نخل, يمكن القول انها واحدة من المسببات الأكثر استخداما هناك.

من قسم المساعدة في وقت سابق وصف PolyPhen:

PolyPhen (=بوليmorphism فينوotyping) هو أداة التلقائي للتنبؤ التأثير المحتمل لاستبدال حمض أميني على بنية ووظيفة البروتين البشري. ويستند هذا التوقع على التجريبية مباشرة القواعد التي يتم تطبيقها على التسلسل, النشوء والتطور والمعلومات الهيكلية التي تميز الاستبدال

لمعرفة المزيد حول كيفية يعمل PolyPhen, يمكنك عرض هذه الصفحة, أو يمكنك قراءة بعض المراجع. القادمة غيض أفعل (أوائل فبراير) سيكون على نخل.

الأداة التي قد لا يعرف: F - SNP

نذهب من خلال الآلاف من الموارد المتاحة على الانترنت وقواعد البيانات في سعينا للقيام الدروس وجدنا الكثير من الموارد التي هي كبيرة ولكن لأسباب واحد أو أكثر ، أو أننا لا نستطيع ان نفعل تعليمي لل. ومع ذلك فهي موارد كبيرة. هكذا, نقوم أحيانا “نصيحة الأسبوع” على بعض, ولكن حتى هذه ليست كافية على الأقل لمسة على جميع الموارد كبيرة هناك, حتى أنا في بعض الأحيان نحن ذاهبون لإعطاء سريع “يصرخ” لبعض هذه الموارد في بعض الأحيان.

حتى اليوم ، فإنه من F - SNP.

مواصلة القراءة