الوسم المحفوظات: التعبير

نصيحة الأسبوع: الإنسان الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression جمعيات, SNPxGE2


نصيحة اليوم هو على قاعدة بيانات جديدة استنادا إلى بيانات من ورقة واحدة مثيرة للاهتمام, SNPxGE2. مع دراسة جمعية نطاق واسع من هاب ماب البيانات (269 الأفراد, 4 السكان, أكثر من 500K النيوكلوتايد وملامح التعبير 15K), و بحث ذكرت:

وتوقع حسابيا الإنسان الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression جمعيات, هذا هو, والفرق المشاركة في التعبير بين 2 ويرتبط الجينات مع التركيب الوراثي لSNP.

ويتم تنظيم هذه البيانات في قاعدة بيانات قابلة للبحث بسهولة ودعا SNPxGE2. كما جاء في ورقة فقط من أصل 2 منذ أشهر, انها قاعدة بيانات واعدة. انها مثيرة للاهتمام ومفيدة كما هو, لكن أستطيع أن أرى المزيد من البيانات التي تضاف على مر الزمن.

ذات صلة:

SNPxGE2
هاب ماب
غيض من أسبوع على SNPexp (العلاقة بين تعدد الأشكال والتعبير)
كاذبة المادة اكتشاف قيم

وانغ, Y., جوزيف, س., ليو, عاشرا, كيلي, م., & Rekaya, R. (2011). SNPxGE2: قاعدة بيانات لجمعيات الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression الإنسان المعلوماتية الحيوية, 28 (3), 403-410 دوى: 10.1093/bioinformatics/btr663

الجمعة SNPets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم للتمتع الخاص بك…

نصيحة الأسبوع: يلقي ظلالا والعثور على الجينات الخاصة بك!

تلميح اليوم هو على مورد اسمه سحر, التي تقف على "نمط محدد المسلسل التعبير المستويات". إدخال مجموعة صغيرة من الجينات أسماء. ومحرك البحث الإملائي تحليل قواعد البيانات التي تم جمعها من التعبير GEO, ArrayExpress, SMD, الخ. واقول لكم قواعد البيانات التي هي أكبر قدر من المعلومات عن الجينات الخاصة بك. فإنه سيعود أيضا قائمة من جينات أخرى مماثلة مع التشكيلات التعبير. و spell_logo.jpgالنتائج ربط المنشورات الأصلية وملخصات الجينات في SGD, ويقدم لك قائمة المصطلحات تتجاوز التمثيل. لقد وجدت من خلال موجة من SGD التعبير اتصال (مورد رائع في حد ذاته), وأعجب ما رأيت. بالإضافة إلى اسم 'الإملائي’ هو نوع من المناسب لجميع القديسين, الذي يقترب بسرعة. قراءة المزيد حول الموارد هنا, المشار إليها أيضا أدناه والتي.

مرجع:
M. A. هيبس, D. C. هيس, C. L. مايرز, C. Huttenhower, K. لى, و. G. Troyanskaya (2007). استكشاف المناظر الطبيعية وظيفية في التعبير الجيني: توجه بحثا عن خلاصات ميكروأري كبيرة المعلوماتية الحيوية, 23 (20), 2692-2699 دوى: 10.1093/bioinformatics/btm403

نصيحة الأسبوع: أعربت يغلب الجينات

هكذا, دعونا نقول لكم حاجة للعثور على الجينات التي ليست فقط للغاية وأعرب في نسيج نوع من الفائدة, لكنه أعرب عن يغلب في هذا النسيج (لم يبد كبير في الأنسجة الأخرى). يوجد, كما هو الحال مع أي سؤال, عدة طرق لتذهب عنه, ولكن في تلميح اليوم من الأسبوع, انا ذاهب الى تبين لكم كيف نفعل ذلك باستخدام الجينات فارز. هذا هو أداة جلبت لك من قبل نفس الاشخاص الذين يقومون UCSC متصفح الجينوم (الذهبي الدرب). الغرض الأساسي من هذه الأداة هو اتخاذ الجينات في المصالح وفرز الجينات الأخرى (يمكن أن تكون تلك التي تمت تصفيتها لفرز) في الجينوم على أساس نوع من التشابه (اسم, GO حيث, التعبير, بروتين التشابه, الخ). ما نحن بصدد استخدامه في هذا غيض هي مختلفة قليلا لأننا لم يكن لديك جينات الفائدة, نحن نبحث عن جينات للاهتمام. هناك مجانا البرنامج التعليمي والتدريب على الأدوات UCSC بما في ذلك الجينات فارز (UCSC موضوعات متقدمة, تحميل وعرض الشرائح / قراءة “الجينات فارز” المقطع والقيام تمارين للموضوعات متقدمة). تعرف طرق أخرى للقيام بذلك? توحي لهم في هذه التعليقات!

ألن أطلس الدماغ, بواسطة Duex

معهد الين لSceince الدماغ هو المؤسسة العظيمة التي تأسست للتو تحت 5 منذ سنوات مع 100 مليون المال البذور من الملياردير بول ألين (من Microsoft الشهرة). والغرض من ذلك هو,

… مكرسة لإجراء البحوث الأساسية المبتكرة على الدماغ والاكتشافات لتوزيع الباحثين في جميع أنحاء العالم. من خلال جهودها, ويهدف المعهد الى تعزيز فهم جديد لأمراض الدماغ واضطرابات.

وتنشر نتيجة لهذا البحث من خلال بعض أدوات ممتازة في ألن أطلس الدماغ. هذا البحث يركز على وأداة للدماغ الفأر وتحديد الجينات التي يتم التعبير عنها في أجزاء مختلفة من الدماغ.

جيد, كان أعلنت مؤخرا انه ليس فقط لأنها تخطط لتوسيع نطاق هذه الخريطة الحبل الشوكي والفأر آخر أطلس للتنمية الدماغ من الجنين إلى الماوس الكبار, وقد أطلقت مشروعا لأنهم لا أطلس مماثل لدماغ الإنسان. هذا ومن المتوقع ان يستغرق المشروع أربع سنوات.

ضريبة, و “الدماغ المستكشف” الأداة بارد فقط. خبرتي لا الماوس أو علوم الدماغ, لكني أحب التجول حول الدماغ بقدر الرجل القادم :).

سنقوم تبقي لكم ما يصل إلى التاريخ على التقدم :).