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Viele Protein Ressourcen haben vor kurzem angekündigten Updates

PDB Struktur 3RG9

 

 

 

 

In unserem Streben der up-to-date-Tutorials, Ich habe das Nachverfolgen von Änderungen, die auf Ressourcen vollziehen und der Planung unserer entsprechend aktualisiert. Protein Ressourcen sind vor allem würde mich von Ärger fern halten in diesem Sommer, weil ihre Entwickler und Kuratoren beschäftigt gewesen! Ich habe eine kurze Zusammenfassung nachfolgend zusammengestellt, und würden uns freuen, Kommentare zu anderen Ressourcen, die Sie kennen, oder wollen zu prahlen! :)

  • I featured die ExPASy Liste der Proteom-Tools in einem Vergangenheit Spitze. Ab Dienstag ist diese Liste nicht mehr gehalten up-to-date, aber die ExPASy Ressource hat sich über das erweitert worden “nur” eine Proteomik-Ressource und ist jetzt der neue SIB Bioinformatics Resource Portal. Nach seinen Entwicklern, das Portal:

    “bietet Zugang zu wissenschaftlichen Datenbanken und Software-Tools in verschiedenen Bereichen der Lebenswissenschaften, einschließlich der Proteomforschung, Genomik, Phylogenie, Systembiologie, Populationsgenetik, Transcriptomics etc.. … Auf diesem Portal finden Sie Informationen aus vielen verschiedenen SIB Gruppen sowie externen Institutionen.”

    Und keine Angst, es ist immer noch ein up-to-date Liste der Proteomik-Tools gefunden hier.

  • Ich erwähnte in meinem Tipp letzte Woche, dass NCBI ist MMDB unterzogen wurde, ein Update & Ich werde die Aktualisierung unser Tutorial auf bald.
  • NCI / Nature Pathway Interaction Database, oder PID, hatte ein Update 14. Juni, dass neue und aktualisierte Informationen der Signalwege schließt.
  • PROSITE hatte ein Update 21. Juni, die Release- 20.73, und umfasst nun 1618 Dokumentation Einträge, 1308 Muster, 936 Profile und 925 ProRules.
  • Das RCSB PDB Ressource hat angekündigt, Updates für ihre Browse Database-Funktion, erweiterte Sequenz-Displays von Struktur Übersichtsseiten und die PDB-101 pädagogische Ressource verfügbar ab Tafel Logos auf PDB Seiten. Für weitere Details zur Verwendung von PDB, entnehmen Sie bitte unserem frei PDB Einführungstutorial gesponsert von der RCSB.
  • STRING ist 9.0 Freigabe ist ab sofort verfügbar, und wir zu nichts zu suchen müssen wir in update unser Tutorial infolge.
  • UniProt ein Update 28. Juni, die enthalten ein großes Update bei vielen Bakterien und Archaea Type II Toxin-Antitoxin-Module, wie beschrieben hier.

Genießen Sie alle neuen Informationen – Ich weiß, ich werde! :)

GlycoSuiteDB wieder online

Bei einer bisherigen Ausbildung wurde ich an einen Wissenschaftler zu Ressourcen für Proteinmodifikationen reden–speziell Glykane. Es gibt spezielle Herausforderungen und Komplexitäten zum Studium dieser Rückstände und ich versuchte, ihn auf Ressourcen zu lenken, dass vielleicht einige Informationen bieten. Und dann gerade letzte Woche bekam ich feststellen, dass GlycoSuite ist wieder online. Also dachte ich, möchte ich erwähnen, dass heute:

Von der Swiss-Flash Mailing-Liste auf 5/29/09:

ExPASy
GlycoSuiteDB ist wieder online
Von Christine Hoogland

Das Schweizerische Institut für Bioinformatik freut sich, den Relaunch von GlycoSuiteDB ankündigen, ein Produkt von Tyria Diagnostics Ltd (früher Proteome Systems Ltd). Dank dieser Zusammenarbeit der Glykan-Datenbank ist in Open-Access auf dem ExPASy Website.

GlycoSuiteDB ist eine kuratierte und kommentierte Glykan Datenbank. Das aktuelle Release 8.0 enthält 9436 Einträge, Quellen aus 864 Referenzen. Der Inhalt der Datenbank wurde als transkribiert wird aber wieder ausbauen. Die Datenbank ist nun von einer neuen URL verfügbar. Im kommenden Jahr wird die Datenbank durch kollaboratives Arbeiten mit glycobiologists einschließlich Prof entwickeln. N. Packer, der GlycoSuiteDB Projekt initiiert. Die Datenbank ist nun von einer neuen URL verfügbar, Sie sind herzlich eingeladen, Ihre Lesezeichen und Websites entsprechend aktualisieren:
http://glycosuitedb.expasy.org/

So gehen bis gezuckerte bekommen!

Tipp der Woche: ViralZone bei ExPASy

viralzone_tip Für heutige Tipp Ich werde mit dem Thema weiterhin fing ich gestern – Erhalt Schweinegrippe Informationen. Es gibt viele wunderbare virale Ressourcen, die öffentlich zugänglich sind. Ich im Zusammenhang mit NCBI Influenza Virus Ressourcen in gestrigen Beitrag, und Sie können beobachten letzten Tipps, die Trey hat Tipps für die Viral Bioinformatics Resource Center getan (VBRC) hier und hier. Aber für die heutige Spitze habe ich Sie herzlich zu der Einführung ViralZone, , das bei der ExPASy Proteomics Server. ViralZone wird durch die erzeugte Schweizerische Institut für Bioinformatik (SIB) und bietet eine wirklich klar, kurze Einführung, um einen Virus, sowie Links zu verschiedenen Informationen.

Tipp der Woche: Sammlung von Tools Proteomics bei ExPASy, einschließlich Radar

Ich habe darüber gebloggt ExPASy in der Vergangenheit, und heute ist mein Tipp ist an diesem wundervollen Ort bezogen. In der Spitze werde ich kurz eine Einführung in ein Liste der Proteom-Tools dass eine breite Palette von Funktionen, die Sie benötigen, um Ihre Lieblings-Sequenz oder Sequenzen anwenden können, und zeigen ein solches Werkzeug. Diese Werkzeuge sind sowohl von der ExPASy Team und von anderen Anbietern. Jedes Werkzeug wird beschrieben und Verweise darauf sind vorgesehen. Die Werkzeuge sind in Kategorien von Funktionen zur Vereinfachung der Durchsicht der Liste organisiert. Ich verfügen über eine Wiederholung Finder namens Radar.

Wenn Sie eine finden Sie lieben (oder kann nicht leben ohne) in dieser Liste Bitte lassen Sie uns wissen,! Glückliche Proteomik Ihnen!

Nachholen von Newsletters: Biocurator & SwissProt Updates

Time to ReadOh, ich wissen dass ich sollte lesen Sie alle Newsletter, die ich bekomme, wenn sie frisch und neu sind, aber in der Hitze und Eile des Lebens Ich weiß nicht immer, was ich. So gestern Abend, während mein Mann war am Golf League & meine Tochter war "Nintendo-Ing ', Ich habe gelesen. Und einige von dem, was ich las, war so cool ich musste einfach kommen über die Peinlichkeit zugeben meine Lektüre zurück-log, um das Wort zu verbreiten. Das erste Bit ist eigentlich nicht so alt – Die E-Mail war von Montag. Es wurde aus den Biocurator der Mailingliste & kündigte die Bildung der Internationale Gesellschaft für Biocuration (ISB) und dass die nächste Internationale Biocurator Meeting findet im Frühjahr nehmen 2009 in Deutschland unter der Spitze der Internationalen Gesellschaft Biocuration. Sie können die vollständige Ankündigung hier.

GermanyIch finde das wirklich spannend aus vielen Gründen. Erste, Ich besuchte sowohl die Erste und Zweite Internationale Biocurator Meetings und ich kann Ihnen nicht sagen, wie gut dieser Sitzungen wurden – nur massiv kühlen Austausch von Ideen – so die Idee, nach Deutschland zu gehen, um die dritte Teilnahme macht mich schwindlig. Zweite, Ich bin wirklich über die Fachgesellschaft begeistert. Ich war ein biocurator seit Jahren und halte mich immer noch als "Teil des Teams’ (Ich arbeite hart jeden Tag versuchen, die Menschen über die unglaublichen Ressourcen biocurators lehren machen & Sie regelmäßig Feedback senden & Fehlerberichte an Datenbanken). Ich bin so stolz auf die Karriere, dass ich die Förderung einer meiner Cousins, unsere Reihen zu verstärken. Mit einer professionellen Gesellschaft, unsere eigenen Call erhöhen den Beruf sogar noch höher, in meiner bescheidenen Meinung nach. Dritte, die Gesellschaft wird in Genf der Schweiz werden, wo die UniProt/Swiss-Prot Gruppe wird wesentliche Unterstützung. Warum ist das interessant? Nun, abgesehen von der Tatsache, dass ich denke, dass die Gruppe bei der Swiss-Prot tut einen guten Job, es ist auch ein großer Vorsprung in der zweiten Nachricht, dass möchte ich Ihre Aufmerksamkeit lenken.

ExPASy CelebrationDieser ist ein bisschen älter – tatsächlich von einem Swiss-Flash bulletinvom April 21, 2008. Es gab im 15. Jahr-Feier der ExPASy, und ExPASy ist mit einer Feier Nutzerbefragung. Nun, wenn du liebst ExPASy wie ich es tue (sie sind meine erste Quelle für die herauszufinden, Enzymnomenklatur & Ich habe über ihre gebloggt Protein Spotlight & kommentiert ihre Swiss Quiz in der Vergangenheit) Bitte achten Sie darauf, mit ihnen durch das Ausfüllen feiern ihren Nutzerbefragung, die ist noch offen.