标记档案: 进化

一周的视频提示: JANE, 系统发育比较


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当我在做我的博士. 在Sanger法测序并读入,用一只手的结果在键盘上并读取GATCs所读取的古天 (和去实验室在雪地上坡左右逢源), 我的目的,通过所有的苦读是为了最终得到的序列的系统发育 我正在研究反转录转座元件. 为什么我想要那个系统发育? 因为我是反转录元件的系统发育比较,在它们所在的品种. 我们试图确定这些逆转录因子是类群谱系内稳定 (他们是) 或有淫乱 水平转移发生. 我们做这些比较, 但它会一直很高兴有一个'cophylogeny重建’ 方案 :ð. 有很多时候,类似的系统发育的比较是必要的. 宿主 - 寄生虫研究, 协同进化, 等. 珍是一个软件包 (免费与注册) 使用启发式方法, “运行一个遗传算法与使用动态规划算法计算一个内部的适应度函数。” 它往往可以给你学习的cophylogeny的最佳解决方案. 简被开发的研究小组冉里伯斯金 - 哈达在哈维·穆德学院,你可以 阅读更多关于算法和方法在这里. 他们也有一个 详尽的书面教程. 在这些提示我们通常专注于网络接口的工具, 但我很喜欢这个包 (并且它是免费的) 并希望玩它, 所以今天我将带你经历一个非常快速的介绍,以下载并开始使用该工具. 快速连结: 简教程 CoPhylogeny重建 TreeMap的 (另一个cophylogeny重建软件) 的CopyCat (另一) 本书第一章对Cophylogeny和重建 Conow, 三, 外野手, 四, Ovadia, 华, & 里伯斯金 - 哈达, ř. (2010). 简: 为cophylogeny重建问题的新工具 算法分子生物学, 5 (1) 分类号: 10.1186/1748-7188-5-16

一周的视频提示: 蛋酒为假期 (或探索同源基因)


ResearchBlogging.org 谁可以抵抗尼斯杯 蛋酒 假期 (尤其是添加白兰地). 我知道我不能. 我做我的爷爷的配方,每年十二月, 考虑使用吨 糖, 鸡蛋, 鲜奶油和酒精和 1/2 & 1/2 是最轻的成分, 仅十二月.

哦, 这不是这个提示是什么, 它的同源的基因组数据库, 蛋酒. 我们已经提到 蛋酒前几次, 但只有在传递或有关 (同源? :ð) 到另一个数据库或工具. 今天, 在本赛季的最佳时机, 以为我会做介绍一个快速提示 蛋酒.

蛋酒是相同的研究小组开发出了很多其他优秀的工具,如给您带来 智能 (蛋白质结构域), (蛋白质 - 蛋白质相互作用, (蛋白质化学相互作用) , iTOL这么多. 当然,他们做一些 迷人的研究太.

蛋酒是一个相对简单的的数据库使用, 但它有一个丰富的信息,你可能想看看. 由于 全国房地产经纪人协会国家在最近的一篇文章:

同源关系最比较基因组学和宏基因组研究的基础上,适当的系统发育和功能分析是必不可少的…. 直向, 定义为通过形态的同源性, 是一个在进化生物学中的关键概念和比较基因组学等学科的基本, 宏基因组学和phylogenomics. orthology和paralogy概念, 后者被定义为同源性,通过重复, 已被用来作为基础介绍同源组群的概念: 从单一的祖先在现有的序列最后的共同祖先进化的蛋白质 (LCA的) 被比较的物种, 通过一系列的形态和重复事件. 同源组 (OGS) 已经证明有用的功能分析和同源基因的新基因组测序的注释往往具有同等功能.

蛋酒包含:

721801同源组, 涵盖共4 396 591基因…. 从 1133 物种.

关于同源组, 采用的方法和方法论的优点和缺点, 你可能想看看下面引用的文件. 他们已经包括了几个信息和有用的评论和引用.

眼下, 采取什么蛋酒可以提供快速浏览.

快速连结:
蛋酒
STRING的教程
智能教程
提示的周: iTOL

鲍威尔, 学, Szklarczyk, 四, Trachana, 光, 罗斯, 答:, 库恩, 米, 穆勒, j的, 阿诺德, 河, Rattei, 吨, Letunic, 一, Doerks, 吨, 詹森, 属, 冯梅灵, 三, & 博克, P. (2011). 蛋酒V3.0: 涵盖同源组 1133 生物体 41 不同分类范围 核酸研究 分类号: 10.1093/nar/gkr1060

再次同侪审查…

只是一个快速从一个链接收集的意见玛丽表明我. 我曾与我的论文和赠款评论的运行插件. 有些评论家肯定有一个议程和, 作为人类, 所有评论有主观偏见. 我可以告诉你的故事. 但, 大部分, 甚至几个巨大的挫折, 审查过程中,它使我的研究和文件,更好和更严格的的科学.

同行评议是不是没有它的问题, 有整个Blog (像 对等) 和社区讨论. 当然, 出版了很多不合标准的研究, possiblty证明由Recent讨论的砷为食的细菌纸. 我读过我的配额非常糟糕的研究和同行评审期刊的虚假结论. 但同样, 它的同侪审查制度的总和计 (和随后的讨论中, 更多的研究, 反驳出版物) 显然迄今我们的理解创造了优良的科学和生物学的进步.

自然Precedings 是不是一个替代的同行审查, 它是一个地方,前同行评审的出版物的研究,以邀请讨论, 推动进一步的研究和要求优先权. 但我见过它指出,作为替代的一部分. 然而,, 像这样的文件 (两个由同一作者的其他) 使我意识到,同行评议是必要的炼狱. 取出内脏这项研究的问题,我不会花时间, 他们是多方面的,它不值得我的时间. 我可以想像,休闲自然Precedings的读者可能会遇到和看到所有的biolingo,并认为这是合法的研究, 但真的不关心我. 但, 这些文章的作者,用他们的合法性借给他的主要论点: “基因组数据证明虚假的进化理论。” 他在一份新闻稿中 (銈: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. 我不会的联系,不给任何网站的合法性, 但你可以利用的空间,如果你想看到它) 在那里他链接到所有三个 “出版物”:

使用现代基因组学, 博士. Senapathy和他的团队的工作, 结果显示,在地球上生活的丰富性和多样性如何的生命起源的环境直接起源于. 他们提出在三年自然Precedings科学出版物的结果: 出版 1, 出版 2, 出版 3.

研究表明,现代基因组数据完全连根拔起的演化模型.

他使​​用的品牌当之无愧的尊重 “自然” 戏法给他们打电话 “出版物” (当所有的预印本没有同行审查或审查的科学) 借给伪造的结论的合法性.

与所有的“宇’ 在这个世界上, 我会怀疑,同行评议或其他一些严格解 (我还没有看到) 更需要比以往任何时候都向前移动科学.

编辑由玛丽: 我只是看一些记者就MuckRack发现这个故事 (銈://muckrack.com / SCI ) 和他们说这里的:

客户后: 抢, 为比较基因组学套房 – 埃里克里昂

这是我们持续半规则下一篇文章 客户后系列 埃里克是从里昂, 的 在加州大学, 伯克利. 如果你是一个自由提供商, 公开的基因组学工具, 资料库或资源,并希望转达对我们的客户后的东西给用户的功能, 请随时联系wlathe的AT openhelix我们点com.

由于既为后前CoGe (编者注: 一 一周尖上GoGe) 并邀请写CoGe位. 由于大多数人都可能不熟悉COGE的, 让我先谈谈它是如何设计:

抓斗的理念和体系结构: 一次解决一个问题

CoGe比较基因组学是一个基于Web的平台和许多相互联系的网络工具包括. 整个系统挂接到一个数据库,可以存储任何版本的任何基因组装配在任何状态下,从任何有机体 (目前〜从9000〜8000生物体基因组). 对CoGe的工具是专门做每一个任务 (克. 搜索和显示有关的基因组信息, 两个基因组进行比较,并产生同线dotplots, 搜索类似的基因组序列中的任何数量的, 管理的基因名单, 等), 并连在一起的. 这意味着,没有预定义的分析工作流程. 相反, 人们开始探索的兴趣基因组, 比较它自己想要什么, 查找感兴趣, 探索的, 发现别的东西, 探索的, 等) 人们在世界任何地方可以通过点击一个网页的几个按钮计算密集的分析, 并让我们的服务器上的任何危机的基因组,我们目前在我们的系统装走 . 由于每个工具是基于网络的, 链接用于移动工具的工具,它创建了一个简单的方法来保存为今后的工作分析或发送给同事. 这也有利益,作为我们开发新的工具来解决一个具体问题, 我们可以概括的解决方案, 并插入到CoGe的数据库,并连接到它的预先存在的工具集. 总体, 这使得一个简单的方法,为我们扩大CoGe的功能.

继续阅读

提示的周: Genomicus和基因组进化


ResearchBlogging.org今天的尖端 Genomicus. Genomicus是一个伟大的工具,以可视化基因重复, 共线性和基因组进化. 搜索和显示接口是相当简单, 有很多强大的功能 (查看祖先的基因信息, 链接,以资源, 系统发育的不同意见, 等) 在工具. 这个视频只是一个简短的介绍. 您可以深入到更深的帮助和文档的工具, 包括 11 分钟的视频.

还有一个 最近 (提前访问) 纸杂志 “生物信息学” 这会给你一个数据库和工具如何工作的更多细节,有什么.

Muffato, 米, 路易, 答:, Poisnel, 三, & Roest Crollius, ħ. (2010). Genomicus: 一个数据库和一个浏览器,在现代和祖先的基因组研究的基因共线性 生物信息学 分类号: 10.1093/bioinformatics/btq079

您还会注意到,今天的视频是一个SciVee嵌入. 我们正在尝试一种新的方式发布和共享的秘诀. SciVee允许我们不仅张贴在我们的博客, 但你与他人分享提示,也为科学家在SciVee社会,以查看提示. 这仅仅是一个测试. 我们将在未来几个星期工作,以找到最好的方式发布和共享,这. 最终, 很快, 我们希望在Facebook和YouTube分享这些也. 如果视频是不是足够高的质量,为您 (SciVee和其他视频共享网站的必要性减少尺寸, 你可以尝试整个MPEG4版本A这 链接.

快乐生日查尔斯

国际达尔文日基金会.

不能让一天不承认的查尔斯达尔文诞生的那一天诞辰200周年. 无疑最杰出的科学家之一,以往的宽限期这个星球. 我要 同意与Razib, 我刚刚重读物种的起源,像每次我读过它 (4TH现在我觉得), 我深刻的印象如何惊人的洞察力和先见之明的人.

虽然我知道这是虚构的,当然有一些狡辩的写照, 我很喜欢新的影片, 创造, 关于这本书的写作. 如果有什么, 它促使我更多地了解该名男子和他的生活和阅读的小猎犬号航海. 这, 令人惊讶的,因为我 阅读他人 就像人类的由来, 下驯化的更改, 和表达情绪活动, 我从来没有看过.

在电影, 达尔文告诉他的孩子, 特别是他的女儿, 关于他的航行和冒险不同的故事,睡前故事. 听和看的重演,我在读这本书感兴趣. 我有一个模糊的想法重写它作为一个孩子的冒险书, 我觉得我的女儿想. 我将只是粉笔,其中之一 “在未来” 项目 (也许有人已经没有?)

RetroDogs

nr_Bassett-Dachshund我有一个巴吉度成长. 他的名字是没有用的, 无用S. 地面. 嗯, 实际上它是正式 尤利西斯S. 津贴 因为美国养犬俱乐部将不会接受无用S. 作为名称咕噜他们觉得这是太贬低. 不知道他们认为这是贬低的狗或向总统, 但这既不是在这里也有?

因此,,你问, 是什么使我这个长期传递甜蜜的狗绊倒它太长耳朵与它的太觉得腿短? 这 原来,他们发现有什么遗传病因是那些腿短 巴吉度猎犬在 (和腊肠犬和其他品种).

由于NHGRI的新闻稿国:

在推进科学杂志网络版上发表的一项研究, 由NHGRI的伊莱恩领导的研究人员奥斯特兰德, 博士, 研究DNA样本 835 狗, 包括 95 腿短. 他们的调查多 40,000 发现的DNA变异的遗传标记签名独家短腿品种. 通过后续的DNA测序和计算分析, 研究人员确定了狗’ 不成比例四肢短小,可以追溯到一突变事件的犬基因组 – 一种DNA插入 – 在发生的早期演化的家犬.

插入原来是一retrogene, 这当然我也觉得有趣,我学retrotransposable元素. 逆转录有这样的RNA反转录成DNA的习惯,可以得到重新插入到基因组回 (因此 加工假 当然).

这项研究的原因有两个有趣的 (除了因为我有一个巴吉度,并研究了反转录因子的演化 ;), 它给我们一个大的变化,导致在形态和retrotranscription作用进一步进化事件的线索和它给我们一个可能的人类条件线索.

如需更多关于狗的基因组, 你可以阅读我们的S关于狗的基因组everal职位, 去 NCBI的家狗的基因组 网站 (或 UCSC的Ensembl 和其他浏览器) 和 读报纸 (当然需要一个订阅, 它在科学). 这是一个有趣的阅读至今 (我想找到一些时间来读它更充分, 也许没用不辜负他的名字。. 他并没有真正即使在当时 :ð).

古老的基因组: 尼安德特人

因此,, 昨天是 200周年纪念达尔文诞辰. 大量的庆祝活动和全国公共广播电台当天报道,包括周围几个这样的公告 UCSC的浏览器宣布他们v200th 提前一天的代码,以配合 (他们无法抗拒的巧合 :)). 这是中肯的另一项公告宣布,研究人员是在 马克斯普朗克进化人类学研究所 完成了对尼安德特人基因组序列草图. 由于只有约 63% 基因组实际上是覆盖 (3.7 涵盖亿个基点 3.2 亿碱基的基因组, 与重复), 当一个人宣布一 “草案” 可有点乱, 所以该名男子的是谁写的200周年 “人类的演化, 和选择性别的关系” 是一个很好的任何时间. 而且我们正在学习一些事情,比如, 尼安德特人的可能有体能的语言, 但作为成年人无法忍受牛奶 (不同意他们的消化). 这是一个草案,预计研究将在本月底发布年. 我们将报告当然,, 并链接到任何浏览器,他们可能会成立 :ð. 古老的基因组 是教我们一些东西.

说到这, 在探索馆, 在我美丽的城市优秀的科学博物馆, 有一个伟大的展览 (现场和网上) “如何知道的事情’ 如何科学著作. 这个展览是专门对人类和尼安德特人的DNA的起源 并在显着位置马克斯普朗克研究数据.

生日快乐夹头!

NHGRI询问有关今天是达尔文….和猜测的答案是什么? :)

你可以去这里专门的庆祝活动页面: 銈://genome.gov/27529500

如果它不工作,这里可以启动视频:

darwin_nhgri

我最喜欢的视频部分是当张国荣比泽克需要我们从达尔文–>软件, 当然. 后来,他还谈到了重要的进化概念是如何为我们诠释了健康和疾病. 我的意思, 我知道你们得到这个–但我认为这是一块,使有关的人要否认演变及其相关今日我最疯狂的.

他们无法发现至少有 1 女子采访, 虽然? 我看见他们在后台….我知道他们在那里…

探险出版

一个新的开放存取期刊, 在生态学和进化思想, 有, 好, 开. 它的出版在皇后大学在加拿大.

“因此,?” 你问, “有很多期刊的起步所有的时间”.

这一个是不同的. 这是试行了很多东西 (确定, 所以似乎是一个与模型试验近来很多期刊). 标的物是不是研究本身, 但想法. 到过我的生态和进化的会议和讨论,分享, 我可以看到这个杂志本身就打开了一些非常可爱的讨论.

正如鲍勃奥哈拉解释, 还有一些有趣的审查过程这里发生过的实验. 作者支付表达自己的思想出版, 评论者支付, 评论者是匿名的,他们没有获得发布为姊妹篇的文章的意见. 鲍勃我们已经讨论了所有关于听到一位不愿透露姓名的利弊问题 (它们是有效的), 但是这可能在这种情况下工作. 我也同意与Bob点一, 这种结构 (评论发表他们的意见) 的确会增加讨论, 但我也希望看到一个更广泛的讨论,一些机制. 现在由于它的设计, 这将是喜欢看电视的卫生政策专家们争论的细节问题, 我的猜测是信息, 但我想看到一些机制,允许更广泛地讨论的文章. 东西 像公共科学图书馆 有, 我认为这实际上是在一家杂志这样的好想法.

嗯, 我们将看到. 现在那里没有什么,但社论. 虽然我会看.

先端有: 鹌鹑