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주의 비디오 도움말: JANE, 계통 발생을 비교


내용을 표시 할 수 없습니다. 어도비 플래시가 필요합니다.
내 박사 학위를 수행 할 때. 생어 방법 시퀀싱 및 키보드에서 한 손으로 결과에 읽기, 읽기에 GATCs을 읽는 고대 일 (그리고 눈 오르막에서 실험실로가는 두 가지 방법), 모든 것을 통해 강타에 대한 내 목적은 결국의 시퀀스의 계통 발생을 얻을 수 있었다 내가 공부 retrotransposable 요소. 왜 내가 원하는 않았다 계통 발생? 나는 그들이 거주하고있는 종의에 retroelements의 계통 발생을 비교했기 때문에. 우리는이 retroelements는 분류군의 혈통 내에서 안정 여부를 확인하려고 시도했다 (그들은) 또는 무차별가 있었다 수평 이동 발생. 우리는 그 비교를 한, 하지만 'cophylogeny 재건을 가지고 좋았을 텐데’ 프로그램 :디. 이 자주 배 계통의 유사한 비교가 필요합니다. 호스트 - 기생충 연구, 공진화, 등등. 제인은 소프트웨어 패키지 (등록 무료) 즉 경험적 접근 방법을 사용, “동적 프로그래밍 알고리즘을 사용하여 평가되어 내부 휘트니스 함수와 유전 알고리즘을 실행.” 그것은 종종 당신이 공부하고 그 cophylogeny을위한 최적의 솔루션을 제공 할 수 있습니다. 제인은 하비 머드 대학에서 란 리베 스킨 - Hadas의 연구 그룹에서 개발하고 수행 할 수 있습니다 알고리즘에 대한 자세한 내용을 여기에 접근. 또한이 광범위한 작성 자습서. 이 끝에서 우리는 일반적으로 도구 웹 인터페이스에 초점을, 하지만이 패키지를 좋아 (그리고 그것은 무료입니다) 그것으로 놀러 원, 그래서 오늘은 다운로드에 매우 빠른 소개를 통해 당신을 걸을거야, 그리고 도구를 사용하여 시작. 빠른 연결: 계집애 제인 자습서 CoPhylogeny 재구성 트리 맵 (다른 cophylogeny 재구성 소프트웨어) 정수 복사 (또 다른) 책 Cophylogeny에 장 및 재건 Conow, C., 야수, 디, Ovadia, Y를, & 리베 스킨 - Hadas, 연구. (2010). 계집애: cophylogeny 재건 문제에 대한 새로운 도구 분자 생물학을위한 알고리즘, 5 (1) 간접 자원부: 10.1186/1748-7188-5-16

주의 비디오 도움말: 휴가를위한 달걀 술 (또는 orthologous 유전자를 탐험하기)


ResearchBlogging.org 누가의 멋진 컵 견딜 수있는 에그농 휴가를위한 (특히 추가 브랜디와 함께). 나는 할 수 없다 는거 안다. 나는 매년 12 월 제 할아버지의 요리법을 만들고, 그것을 고려하면 t를 사용 설탕, 달걀, 무거운 크림과 알코올 및 그 1/2 & 1/2 가벼운 재료이다, 단 December.

오, 그래서이 팁은 무슨 아닌가요, 그것은 유전자의 orthologous 그룹의 데이터베이스에 관한, 달걀 술. 우리는 언급했습니다 몇 번 전 달걀 술, 하지만 언뜻 또는 관계 (orthologous? :디) 다른 데이터베이스 또는 도구. 오늘, 시즌 완벽한 타이밍에, 제가 소개 빠른 팁을 할 줄 알았는데 달걀 술.

달걀 술들은 다음과 같은 다른 우수한 도구를 많이 개발 같은 연구 그룹에 의해 귀하에게 가져온 것입니다 스마트 (단백질 도메인), 현악 (단백질 - 단백질 상호 작용, 꿰매다 (단백질 화학 상호 작용) , iTOL훨씬 더. 물론 그들이 어떤 일을 너무 매혹적인 연구.

달걀 술 사용이 비교적 간단 데이터베이스입니다, 하지만 당신이 체크 아웃 원하는 것일 수도 풍부한 정보를 가지고. 으로 NAR 주에서 최근 종이:

Orthologous 관계는 대부분의 비교 게놈과 metagenomic 연구의 기초를 형성하고 적절한 phylogenetic 및 기능 분석에 필수적인…. Orthology, speciation를 통해 상동으로 정의, 진화 생물학의 중요한 개념과 같은 비교 유전체학 등 분야에 대한 필수입니다, metagenomics 및 phylogenomics. orthology 및 paralogy의 개념, 복제를 통해 상동으로 정의되는 후자와 함께, orthologous 그룹의 클러스터의 개념을 소개하는 기초로 사용되었습니다: 마지막 공통 조상에서 기존의 하나의 조상에서 진화 순서가 단백질 (LCA) 비교되는 종, speciation과 중복 이벤트 시리즈를 통해. Orthologous 그룹 (OGs) 기능 분석에 유용하게 입증 orthologs로 새로 순서가 게놈의 주석 동등한 기능을 가지고하는 경향이있다.

달걀 술을 포함:

721801 orthologous 그룹, 4 396 591 유전자 총을 포함…. 부터 1133 종.

orthologous 그룹에 대한 자세한 내용은, 사용 방법 및 프로와 방법론의 죄수, 당신은 아래에서 언급한 논문을 체크 아웃 수도 있습니다. 그들은 몇 가지 유익하고 도움이 검토하고 참조를 포함시켰습니다.

지금, 달걀 술가 제공할 수있는 무엇을 간략히 둘러보기.

빠른 연결:
달걀 술
STRING 자습서
스마트 가이드
금주의 팁: iTOL

파월, 미국, Szklarczyk, 디, Trachana, 사장님, 로스, 대답 :, Kuhn, 엠, 뮬러, 제이, 아놀드, 기철, Rattei, 토니, Letunic, 나, Doerks, 토니, 젠슨, 실은, 폰 Mering, C., & 유머, 피. (2011). 3.0을 에그농: 커버 orthologous 그룹 1133 생물에 41 다른 taxonomic 범위 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1060

다시 피어 리뷰…

그냥 링크에서 모여 간단한 댓글 마리아 보여줬. 나는 신문과 보조금의 검토 자와 제 실행 기능이 있었. 어떤 리뷰어는 확실히 목적을 가지고 있으며, 인간으로, 모든 리뷰는 주관적인 편견을 가지고. 당신에게 이야기를 알 수. 하지만, 대부분, 심지어는 몇 가지 큰 좌절감에게 주어진, 검토 과정 내 연구와 논문 나은 엄격한 과학을 만들었습니다.

피어 리뷰에요 문제없이되지 않습니다, 전체 블로그가 없습니다 (같은 피어 - 투 - 피어) 그리고 커뮤니티를 토론. 그리고 물론, 표준 연구의 많은 게시, possiblty R에 의해 입증로비소 먹는 박테리아 용지 ecent 토론. 나는 동료가 검토한 저널에서 정말 나쁜 연구 가짜 결론 내 할당량을 읽었어요. 다시 한 번, 그것은 피어 리뷰 시스템의 합계 - 총의 (그리고 이후 논의, 더 많은 연구, 반대 간행물) 그것은 분명 지금까지 생물학의 우리의 이해 우수 과학 발전을 만들었습니다.

자연 Precedings 피어 - 검토 대체하지 않습니다, 그것은 토론을 초대 피어 - 검토 출간되기 전에 연구를 놓을 곳의, 추가 연구와 주장 우선 순위를 평. 하지만 내가 본 그것은 대안의 일환으로 지적. 아직, 이런식으로 신문 (같은 저자가 다른 두) 그 날 피어 리뷰가 필요 고난임을 깨닫게. 이 연구의 문제를 eviscerating 시간을 보낼 수 없습니다, 그들은 레기온하고 내 시간을 가치가 없어. 나는 자연 Precedings의 부담 독자가 가로질러 와서 모든 biolingo을보고 그것이 합법적인 연구의 생각할 수도 있겠지만 상상할 수, 하지만 실제로는 그게 문제가되지 않습니다. 하지만, 이 기사의 저자는 그의 주요 논문에 합법성을 빌려 그들을 사용하여: “게놈 데이터는 진화의 거짓 이론을 증명한다.” 그는 보도 자료에서이 작업을 수행합니다 (HTTP를: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. 이 더 이상 웹 합법성을 포기하지 않도록 연결되지 않습니다, 당신이 그것을보고 싶어한다면 당신은 공간을 내줄 수있다) 그는 세에 대한 링크가 어디 “출판물”:

현대 유전체학을 사용하여, 박사. Senapathy와 그의 팀의 작품, 지구상에서 생명의 풍부한 다양성은 prebiotic 환경에서 직접 유래하는 방법 보여주었다. 그들은 자연 Precedings 세 과학 출판물에 결과를 발표했습니다: 출판물 1, 출판물 2, 출판물 3.

연구는 현대 게놈 데이터가 완전히 진화 모델을 uproots 것을​​ 보여줍니다.

그는 브랜드의 잘 자격이 존경을 사용하여 “자연” 그리고 손의 sleight 그들 전화 “출판물” (그들은 과학의없이 피어 리뷰 혹은 검토를 사전에 인쇄하는 경우 모든) 위조 결론에 합법성을 빌려.

모든 '우랑’ 이 세상에서, 그 피어 - 검토하거나 다른 엄격한 솔루션을 의심 하겠어 (아직 보지 못했있는) 앞으로도 과학을 이동하는 이상이 필요합니다.

메리에 의해 수정: 전 그냥 기자가 MuckRack이 기사를 발견보고 있었 (HTTP를://muckrack.com / 문화 ) 그리고 여기에 그들이 말했어요:

손님 포스트: 잡아, 비교 유전체학을위한 스위트 룸 – 에릭 라이 언스

우리의 지속적인 세미 정기적으로이 다음 게시물 손님 포스트 시리즈 에릭 라이 언스 출신, 의 잡아 캘리포니아 대학, 버클리. 당신은 무료로 제공하는 경우, 공개 게놈 도구를 사용할 수, 데이터베이스 또는 리소스와 손님 게시 기능을 사용자에게 뭔가를 전달하고 싶습니다, wlathe는 AT의 openhelix에 않아서 co.kr로 문의 주시기 바랍니다.

이전 CoGe 게시물 둘 주셔서 감사합니다 (편집자 참고 사항: a GoGe에 일주일의 끝) 그리고 초대 CoGe에 대해 조금 작성. 대부분의 사람들은 아마 CoGe에 익숙하지 않은 때문에, 내가 그것이 설계 방법으로 함께 시작합시다:

피크는 건축과 철학: 한 문제를 해결

CoGe은 비교 유전체학을위한 웹 기반 플랫폼과 많은 연관 웹 기반 도구로 구성되어 있습니다. 전체 시스템은 모든 유기체에서 어셈블리의 모든 상태에서 모든 게놈의 모든 버전을 저장할 수있는 데이터베이스에 매여있다 (부터 현재 ~ 9000 genomes ~ 8000 생물). CoGe의 도구 각각 하나의 작업을 할 수 있도록 설계되었습니다 (g. 게놈에 대한 검색 및 표시 정보, 이 genomes을 비교하고 syntenic dotplots를 생성, 비슷한 순서에 대한 genomes의 수를 검색, 유전자의 목록을 관리할 수, 등등), 서로 연결된. 이것은 미리 정의된 분석 워크플로우가 아무 의미 없다. 대신, 사람들이 관심의 게놈을 탐험하실 수 있습니다, 그들이 원하는 그것을 비교, 나올 법한 재미있는, 그 탐험, 또 뭔가를 찾는, 그 탐험, 등등) 세계의 모든 사람들이 웹 페이지에 몇 가지 버튼을 클릭하여 계산 강력한 분석을 수행할 수 있습니다, 그리고 어떤 genomes 저희는 현재 시스템에로드 거리에 대한 서버의 위기를두고 . 각 도구는 웹 기반이기 때문에, 링크 또는 향후 작품에 대한 분석을 저장 친구에게 보내기하는 쉬운 방법을 생성 도구를 도구에서 이동하는 데 사용됩니다. 이것은 또한 이익을 가지고 우리가 특정 문제를 해결하기 위해 새로운 도구를 개발로, 우리가 해결책을 일반화 할 수, 그리고 CoGe의 데이터베이스에 연결하고 기존의 도구에 연결 설정. 전반적인, 이 CoGe의 기능을 확장 우릴 위해 쉬운 방법을 허용.

계속 읽기

금주의 팁: Genomicus와 게놈 진화


ResearchBlogging.org오늘의 팁은은 계속된다 Genomicus. Genomicus는 유전자 중복을 시각화하는 훌륭한 도구입니다, synteny와 게놈 진화. 검색 및 디스플레이 인터페이스는 꽤 수월 아르, 훌륭한 기능이 있 (조상의 유전자 정보를 확인하는, 리소스에 대한 링크 아웃, phylogenies의 다른 조회, 등등) 도구. 이 비디오는 아주 짧은 소개입니다. 당신은 도움말 및 설명서와 도구에 대해 깊이 탐구 수 있습니다, 포함 11 분 동영상.

도있다 최근 (사전 액세스) 저널 신문 “생물 정보학” 그게 당신에게 어떻게 데이터베이스 및 도구를 작품에 대한 더 많은 정보를 제공하고 무슨이 없습니다.

Muffato, 엠, 루이, 대답 :, Poisnel, C., & Roest Crollius, H 조. (2010). Genomicus: 데이터베이스와 브라우저가 현대적이고 조상 genomes의 유전자 synteny를 공부 생물 정보학 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/btq079

당신은 또한 동영상 SciVee가 삽입됩니다 오늘 통지합니다. 우리는 게시하고 공유할 도움말을하는 새로운 방법을 밖으로하고있다. SciVee은 우리의 블로그에 게시할 수있게 해준다, 하지만 당신은 SciVee 커뮤니티의 과학자들은 또한 도움말을 볼 수 있도록 다른 사람과 팁을 공유하는. 이것은 테스트입니다. 우리는 게시하는 가장 좋은 방법 및 공유를 찾을 앞으로 몇 주 동안 이런 일을합니다. 결국, 곧, 우리는 페이스 북과 YouTube에서에도 이들을 공유할 수 있도록 노력하겠습니다. 동영상이 당신을 위해 충분히 높은 품질을하지 않으면 (SciVee과 필요성에 의해 다른 동영상 공유 사이트는 크기를 줄입니다, 당신은 전체의 MPEG4 버전을 밖으로 시도할 수이 링크.

생일 축하 찰스

국제 다윈 일 재단.

찰스 다윈이 태어난 오늘의 200 주년을 인정하지 않고하여 날이 갈 순 없어. 가장 빛나는 과학자 확실하게 누구도이 행성을 은혜로. 그럴 필요가 Razib 동의, 난 그냥 최근 종의 기원을 다시 읽어 모든 시간처럼 그것을 읽었어요 (4일 지금은 생각), 나는 놀랍도록 통찰력과 미리 아는 사람이 얼마나 사로 잡이다.

내가 알고 있지만 그것은 소설이고 묘사 몇 가지 quibbles 물론있다, 나는 새 영화를 즐길, 창작, 해당 도서의 작성에 대해. 만약에, 그것은 남자와 그의 인생에 대한 자세한 내용과 비글의 항해를 읽을 날을 가했다의. 어떤, 난 이해가 안가 놀랍게도 이후 다른 사람을 읽고 남자의 하강과 같은, 가축에 따라 변동, 그리고 감정 표현, 내가 읽은 없으니까.

영화, 다윈은 그의 아이를 알려줍니다, 특히 그의 딸이, 잠자리에서 말해주는 이야기로 자신의 항해와 모험에 대한 다른 이야기. 들에게 듣기와 재연을 보는 것은이 책을 읽고 내게 관심이있어. 그리고 어린이의 모험 책으로 다시 작성에 대한 막연한 생각이있어, 내 딸이 그것을 할 것 같은데요. 난 그냥 분필 거라고까지 그 중 하나 “앞으로” 프로젝트 (아니면 다른 누군가가 이미 한?)

RetroDogs

nr_Bassett-Dachshund내가 성장 배셋 사냥개 있었. 그의 이름은 쓸모가 없었습니다, 쓸모 S. 바닥. 음, 실제로 공식적으로했다 율리시즈 S. 부여 미국 켄넬 클럽은 소용 S를 받아들이지 않아서. 이름으로 툴툴 거리는 소리들이 너무 비열하다는 느꼈어요로. 무슨 말인지 모르겠 그들은 개 또는 대통령에게 비열하다는 듯이 느껴졌다면, 하지만 그것도 둘 다 여기에있다 그것?

그래서,물어, 내게는 너무 짧은 다리의과 너무 긴 귀가있어 걸려 넘어 그 긴 전달 달콤한 개를 생각했다? 그건 그들은 그 짧은 다리에 있었는지 원인 유전자가 알아낸 사실이 밝혀졌 바셋 저희 독자에 (그리고 Dachshunds 및 기타 품종).

NHGRI의 보도 상태로:

저널의 사전 온라인 판 사이언스에 발표된 연구에서, NHGRI의 일레인 Ostrander가 이끄는 연구진, 박사, 검사 DNA 샘플에서 835 개, 포함 95 짧은 다리. 더 이상 그들의 설문 조사 40,000 DNA가 유사 표식 유전자 서명을 짧은 다리 품종에 단독으로 밝혀. 후속의 DNA 시퀀싱 및 전산 분석을 통해, 연구자들은 개를 결정’ 불균형 짧은 팔다리는 개과의 게놈에 한 mutational 이벤트에 추적될 수 – DNA를 삽입 – 그게 국내 개들이의 진화에 초기 발생.

삽입 retrogene로 밝혀지, 어느 물론 나 또한 그런 걸 내가 retrotransposable 요소를 공부 흥미로운 발견. transcriptase는 게놈로 다시 다시 삽입 할 수의 DNA로 알 엔 해석을 반대로이 버릇이 역 (금후 처리 pseudogenes 물론).

이번 연구는 두 가지 이유 때문에 흥미 롭 (난 배셋 사냥개를 않았기 때문에 공부 retroelements의 발전 이외의 ;), 그것은 우리에게 형태에 큰 변화와 retrotranscription의 역할로 이어질 진화 이벤트로 추가 실마리를 제공하고 그것이 우리에게 가능한 인간의 조건에 실마리를 제공합니다.

강아지에 대한 자세한 게놈을 보려면, 당신은 우리의 글을 읽을 수 있습니다개 게놈에 대한 everal 게시물, 로 이동 NCBI의 개 게놈 홈 사이트 (또는 UCSC 또는 Ensembl 및 기타 브라우저) 및 신문을 읽고 (물론 가입을 필요로, 그것은 과학에있어). 그것은 흥미가 지금까지 읽을 수있어 (좀 더 완벽하게 그것을 읽을 시간을 찾고 싶어요, 어쩌면 쓸모없는 그의 이름에 살고 있지 않습니다.. 그는 정말 그렇다하더라도 안 :디).

고대 Genomes: 네안데르탈인

그래서, 어제는 살 200다윈의 탄생 주년. 축제와 같은 몇 가지 공지 사항을 포함 그날 주변 NPR의 이야기를 많이 UCSC들은 v200th 브라우저 발표 너무 일찍으로 맞춰 하루 코드 (그들은 우연을 이​​기지 못했지 :)). 참시기 적절한 말이라고 또 다른 발표가 발표했다는 연구원 진화 인류학을위한 맥스 플랑크 연구소 있다 네안데르탈인 게놈의 초안 시퀀스를 완료. 이후에만 약 63% 게놈 실제로 적용입니다 (3.7 의 적용 억 bps 3.2 억 혈압의 게놈, duplications과), 하나는 발표 “초안” 조금은 임의의 수, 누가 쓴 사람의 만도 200 주년 “사람의 하강, 섹스 관련 및 선택” 어느만큼 좋​​은 시간입니다. 그리고 우리는 같은 몇 가지를 배우는, 네안데르탈인가 언어에 대한 실제 능력을 들었을 거예요, 하지만 성인 우유를 참을 수 없습니다 (그들의 소화에 동의하지 않았어). 이것은 초안을 예정이다 연구 년이 말에 출판될 것이다. 우리는 물론 거기에 다시 연락 드리겠습니다, 및 기타 브라우저에 링크들이 설정 수도 :디. 고대 genomes 우리에게 뭔가를 가르치고 아르.

의 말하는 것은 어떤, Exploratorium, 내 공정한 도시에서 우수 과학 박물관, 멋진 전시회를 여는데 (사이트 및 온라인에) '하는 방법에 우리는 세상을 알고’ 과학 작동 방식. 이 전시는 인간과 네안데르탈인 DNA의 기원에 특별히입니다 그리고 맥스 플랑크의 연구는 눈에 띄게 피규어.

생일 척!

다윈 오늘 관련있다면 NHGRI는 묻습니다….그리고 내 대답은 무엇입니까 것? :)

당신은 축제를 위해 지어진 페이지를 보시려면 여기를 갈 수: HTTP를://genome.gov/27529500

여기서 작동하지 않을 경우 당신은 거기에 동영상을 시작할 수 있습니다:

darwin_nhgri

레슬리 Biesecker은 다윈에서 우리를 필요하면 비디오의 가장 좋아하는 부분입니다–>소프트웨어, 물론. 그는 또한 중요한 진화의 개념은 건강과 질병의 우리의 해석 방법에 대한 이야기​​ 이후에. 내 말은, 난 너희들이 테잎의 내용을 알고–하지만 난 그게 진화론과 관련 오늘을 거부하려는 사람은 나를 미친 만드는 작품이라고 생각.

그들은 적어도 못 찾았어요 1 면접에 여인, 그래도? 나는 배경에서 그들을 보았다….나는 그들이 거기 있었다는 걸 알아…

출판사에서 모험

새로운 오픈 액세스 저널, 생태와 진화의 아이디어, 있다, 음, 오픈. 이것은 캐나다에서 여왕의 대학에서 출판의.

“그래서?” 물어, “항상 시작까지 저널 많이있다”.

이것은 다른. 그것은 많은 것들을 실험의 (확인, 그래서 최근 모델과 실험 저널이 많이있을 것). 주제는 라기보다는 연구하지 않습니다, 하지만 아이디어. 생태학과 진화 회의 및 토론의 내 공유 있었다는것, 이 저널은 몇 가지 매우 좋은 논의 자체를 열어 볼 수 있습니다.

마찬가지로 밥 오하라에 의해 설명, 여기도 무슨 몇 가지 흥미로운 검토 과정 실험있다. 저자는 자신의 아이디어가 게시하려면 지불, 리뷰어 지급, 리뷰어은 익명으로하지 않으며 그들은 동반자 조각 같은 기사들의 의견을 게시에 도착. 밥이 우리 모두가 익명의 전문가에 대한 소문은 들었지만 문제에 대해 설명합니다 (그리고 그들은 유효한 것들입니다), 그러나 이것은이 사건에서 일할 수 있습니다. 나는 또한 한 지점에 밥 동의, 이 구조 (자신의 의견을 게시 리뷰어) 실제로 토론을 증가, 하지만 너무 광범위한 토론을위한 몇 가지 메커니즘을보고 싶습니다. 그것은 지금 설계대로, 그것은 건강 정책의 미세한 포인트를 논쟁 보는 드라마 들이나 같은 것입니다, 어느 제가 추측 유익한입니다, 하지만 문서의 광범위한 논의를 수있는 몇 가지 메커니즘을보고 싶습니다. 뭔가 PLoS처럼 있다, 어떤 내 생각은 실제로 이런 아이디어의 일기에 더 효과적.

음, 나중에 보자. 지금 당장 아무것도하지만 사설이 없습니다. 그래도 지켜볼 게요.

팁했습니다: Coturnix