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Astuce Vidéo de la semaine: JANE, comparer phylogénies


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Quand je faisais mon doctorat. dans les anciens jours du séquençage Sanger, méthode et de la lecture dans les résultats d'une main sur le clavier et la lecture des GATCs sur la lecture (et d'aller au laboratoire dans la montée de la neige dans les deux sens), mon but pour piocher à travers tout ce qui était, à terme, obtenir une phylogénie des séquences de la éléments RETROTRANSPOSON j'étudiais. Pourquoi ai-je veux que la phylogénie? Parce que je comparais la phylogénie des rétroéléments à celle de l'espèce dans laquelle ils résident. Nous avons tenté de déterminer si ces rétroéléments sont stables dans la lignée de taxons (ils sont) ou il y avait la promiscuité transfert horizontal apparaissant. Nous avons fait ces comparaisons, mais il aurait été agréable d'avoir une «reconstruction de cophylogeny’ Programme :D. Il ya souvent des moments comparaisons similaires des phylogénies sont nécessaires. Études hôte-parasite, coévolution, etc. Jane est un logiciel (gratuit avec inscription) qui utilise une approche heuristique, “l'exécution d'un algorithme génétique avec une fonction d'adaptation interne qui est évaluée en utilisant un algorithme de programmation dynamique.” Il peut souvent donner une solution optimale pour que cophylogeny vous étudiez. Jane a été développé dans le groupe de recherche de Ran Libeskind-Hadas à Harvey Mudd College et vous pouvez En savoir plus sur l'algorithme et aborder ici. Ils ont aussi une vaste tutoriel écrit. Dans ces conseils, nous nous concentrons généralement sur l'interface web à outils, mais j'ai bien aimé ce forfait (et c'est gratuit) et je voulais jouer avec elle, Donc, aujourd'hui, je vais vous guider à travers une introduction très rapide à télécharger et débutez avec l'outil. Liens rapides: Jeanne Jane Tutoriel CoPhylogeny reconstruction TreeMap (un autre logiciel de reconstruction de cophylogeny) CopyCat (encore un autre) Chapitre de livre sur Cophylogeny et reconstruction Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jeanne: un nouvel outil pour le problème de la reconstruction de cophylogeny Algorithmes pour la biologie moléculaire, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Astuce Vidéo de la semaine: Lait de poule pour les vacances (ou pour explorer les gènes orthologues)


ResearchBlogging.org Qui peut résister à une bonne tasse de lait de poule pour les vacances (surtout avec le brandy ajouté). Je sais que je ne peux pas. Je fais la recette de ma grand-papa Décembre et tous les, qu'il envisage utilise tonnes de sucre, oeufs, crème et d'alcool et que 1/2 & 1/2 est le plus léger des ingrédients, seule Décembre.

Oh, ce n'est pas ce cette astuce est d'environ, il s'agit de bases de données de groupes de gènes orthologues, lait de poule. Nous avons mentionné Lait de poule à plusieurs reprises avant, mais seulement en passant ou en relation (orthologues? :D) vers une autre base ou d'un outil. Aujourd'hui, dans un timing parfait pour la saison, pensé que je devais faire un bout rapide pour introduire lait de poule.

Lait de poule vous est présenté par le même groupe de recherche qui a développé beaucoup d'autres excellents outils tels que SMART (domaines protéiques), STRING (interactions protéine-protéine, STITCH (protéines-chimique des interactions) , itol et d'autant plus. Bien sûr, ils font un recherche fascinante trop.

Lait de poule est une base de données relativement simple à utiliser, mais il a une richesse d'information que vous pourriez vouloir vérifier. Comme le étude récente dans les Etats NAR:

Orthologues relations forment la base de génomique comparative et la plupart des études de métagénomique et sont essentiels pour phylogénétique appropriée et des analyses fonctionnelles…. Orthologie, définie comme l'homologie par l'intermédiaire de spéciation, est un concept crucial dans la biologie évolutionniste et est essentielle pour des disciplines telles que la génomique comparative, métagénomique et phylogénomique. Les concepts de orthologie et paralogie, cette dernière étant définie comme l'homologie par duplication, ont été utilisés comme une base pour introduire le concept de grappes de groupes orthologues: protéines qui ont évolué à partir d'une séquence ancestrale unique existant dans le dernier ancêtre commun (LCA) des espèces que l'on compare, à travers une série d'évènements de spéciation et la duplication. Des groupes orthologues (OG) se sont avérées utiles pour les analyses fonctionnelles et l'annotation des génomes nouvellement séquencés comme orthologues ont tendance à avoir des fonctions équivalentes.

Lait de poule contient:

721801 groupes orthologues, englobant un total de 4 396 591 gènes…. à partir de 1133 espèces.

Pour plus au sujet des groupes orthologues, méthodes utilisées et les avantages et les inconvénients de la méthodologie, vous pouvez consulter le document référencé ci-dessous. Ils ont inclus plusieurs commentaires instructifs et utiles et des références.

Dès maintenant, prendre un tour rapide de ce que peut offrir le lait de poule.

Liens rapides:
lait de poule
Tutoriel STRING
Tutoriel SMART
Astuce de la semaine: itol

Powell, S., Szklarczyk, D., Trachana, K., Roth, A., Kuhn, M., Muller, J., Arnold, R., Rattei, T., Letunic, I., Doerks, T., Jensen, L., von Mering, C., & Bork, P. (2011). poule v3.0: des groupes orthologues couvrant 1133 organismes à 41 gammes taxonomiques Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1060

Examen par les pairs à nouveau…

Juste un commentaire rapide recueillies à partir d'un lien Mary m'a montré. J'ai eu ma ins courir avec examinateurs de papiers et de subventions. Certains examinateurs ont certainement un ordre du jour et, comme les humains, tous les commentaires ont des préjugés subjectifs. Je pourrais vous raconter des histoires. Mais, pour la plupart, même donné les frustrations énormes quelques, le processus d'examen ont fait mes recherches et de documents scientifiques de mieux et le resserrement.

Examen par les pairs n'est pas sans ses problèmes, il ya des blogs entiers (comme Peer-to-Peer) et les communautés en discuter. Et bien sûr,, beaucoup de recherche de qualité inférieure est publié, comme en témoigne la possiblty rdébats récents de la papier d'arsenic bactérie mangeuse. J'ai lu mon quota de recherche vraiment mauvais et les conclusions fallacieuses des revues. Mais encore une fois, c'est la somme totale du système de revue par les pairs (et la discussion subséquente, plus de recherches, publications réfutation) qui a manifestement créé d'excellents projets scientifiques et de l'avancement de notre compréhension de la biologie jusqu'ici.

Nature Precedings n'est pas une alternative par les pairs, c'est un endroit pour mettre des recherches avant la publication des revues avec comité inviter à la discussion, stimuler de nouvelles recherches et revendication de priorité. Mais j'ai vu qu'il a souligné que la partie d'une alternative. Pourtant,, c'est les papiers comme celui-ci (et deux autres du même auteur) que cela me rends compte que les pairs est un purgatoire nécessaire. Je ne vais pas passer le temps éviscération des questions de cette recherche, ils sont légion et il ne vaut pas mon temps. Je peux imaginer le lecteur occasionnel de la Nature Precedings pourriez rencontrer et de voir tous les biolingo et pensent que c'est la recherche légitime, mais vraiment cela ne me concerne pas. Mais, l'auteur de ces articles les utilise pour légitimer sa thèse principale: “génome des données s'avère fausse la théorie de l'évolution.” Il le fait dans un communiqué de presse (http: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. Je ne vais pas un lien afin de ne pas donner cette légitimité Web plus, mais vous pouvez prendre l'espace si vous voulez le voir) où il a des liens à tous les trois “les publications”:

Grâce à la génomique moderne, Dr. Senapathy et du travail de son équipe, a montré comment l'abondance et la diversité de la vie sur terre provient directement dans l'environnement prébiotique. Ils ont présenté les résultats de trois publications scientifiques dans la revue Nature Precedings: de publication 1, de publication 2, de publication 3.

La recherche montre que les données du génome modernes déracine complètement le modèle d'évolution.

Il utilise le respect bien mérité de la marque “Nature” et le tour de main à les appeler “les publications” (quand tout ce qu'ils sont pré-imprimés sans examen par les pairs ou de révision de la science) pour donner une légitimité à une conclusion de contrefaçon.

Avec tout le woo "’ dans ce monde, Je soupçonne que les pairs ou une autre solution rigoureuse (dont je n'ai pas encore vu) est plus nécessaire que jamais pour faire avancer la science.

Modifier par Mary: J'étais juste en regardant quelques journalistes découvrir cette histoire sur MuckRack (http://muckrack.com / sci ) et voici ce qu'ils ont dit:

Guest Post: Prenez, La Suite pour la génomique comparative – Eric Lyons

Ce message suivant dans notre poursuite semi-régulière Invité Message séries est de Eric Lyons, des Prenez à l'Université de Californie, Berkeley. Si vous êtes un fournisseur d'une société libre, disposition du public d'outils de génomique, base de données ou de ressources et tient à transmettre quelque chose aux utilisateurs sur notre fonctionnalité après invités, S'il vous plaît, n'hésitez pas à nous contacter à wlathe AT openhelix DOT com.

Merci à la fois pour le poste avant la COGE (Note aux rédacteurs: une astuce de la semaine sur Goge) et l'invitation d'écrire un peu sur COGE. Comme la plupart des gens ne sont probablement pas familiers avec COGE, laissez-moi commencer par la façon dont elle est conçue:

Prenez la philosophie et l'architecture: Résoudre un problème une fois

COGE est une plate-forme Web pour la génomique comparative et se compose de nombreuses interconnectés outils Web. L'ensemble du système est relié à une base de données qui permet de stocker toute version d'un génome dans un état d'assemblage à partir de n'importe quel organisme (actuellement ~ 9000 ~ 8000 génomes de organismes). Chacun des outils de COGE est conçu pour faire une tâche (g. recherche et afficher des informations sur un génome, comparer deux génomes et de générer dotplots synténiques, Rechercher n'importe quel nombre de génomes d'séquence similaire, gérer une liste de gènes, etc), et sont reliés les uns aux autres. Cela signifie qu'il n'ya pas de flux de travail d'analyse prédéfinie. Au lieu de cela, les gens peuvent commencer à explorer le génome d'intérêt, le comparer à ce qu'ils veulent, trouver quelque chose d'intéressant, explorer cette, trouver autre chose, explorer cette, etc) Les gens partout dans le monde peut effectuer des analyses de calculs intenses en cliquant sur quelques boutons sur une page web, et de laisser nos serveurs crunch loin sur ce que les génomes que nous avons actuellement chargés dans notre système . Étant donné que chaque outil est basé sur le Web, liens sont utilisés pour déplacer d'un outil à qui crée un moyen facile d'enregistrer une analyse pour les travaux futurs ou pour envoyer à un collègue. Cela a aussi l'avantage que nous développons de nouveaux outils pour résoudre un problème spécifique, on peut généraliser la solution, et branchez-le dans la base COGE et le connecter à son ensemble d'outils pré-existants. Globalement, cela permet une manière facile pour nous d'étendre les fonctionnalités du COGE.

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Astuce de la semaine: Genomicus et évolution du génome


ResearchBlogging.orgLa pointe d'aujourd'hui est le Genomicus. Genomicus est un excellent outil pour visualiser la duplication des gènes, synténie et évolution du génome. Les interfaces de recherche et d'affichage sont assez simples, et il ya beaucoup de fonctionnalités (Affichage des informations gène ancestral, Liens vers des ressources, différentes vues des phylogénies, etc) dans l'outil. Cette vidéo est seulement une courte introduction. Vous pouvez plonger plus profondément dans l'outil avec l'aide et la documentation, y compris une 11 vidéo d'une minute.

Il ya aussi une récents (accès à l'avance) papier dans le journal “Bio-informatique” qui vous donnera beaucoup plus de détails sur la manière dont la base de données et un outil qui fonctionne et ce qui est là.

Muffato, M., Louis, A., Poisnel, C., & Roest Crollius, H. (2010). Genomicus: une base de données et un navigateur d'étudier la synténie de gènes dans les génomes modernes et ancestrales Bio-informatique DOI: 10.1093/bioinformatics/btq079

Vous noterez également aujourd'hui la vidéo est un Embed SciVee. Nous essayons une nouvelle façon d'envoyer et de partager nos conseils. SciVee nous permet non seulement post sur notre blog, mais pour vous faire partager la pointe avec les autres et aussi pour les scientifiques dans la communauté SciVee pour voir les astuces. Ceci est seulement un test. Nous allons travailler avec cela pour les deux prochaines semaines pour trouver la meilleure façon d'envoyer et de partager. Finalement, dès, nous espérons partager ces sur Facebook et Youtube a également. Si la vidéo n'est pas de haute qualité suffisante pour vous (SciVee et d'autres sites de partage vidéo, par nécessité de réduire la taille, vous pouvez essayer l'ensemble du mpeg4 une version de cette lien.

Joyeux anniversaire Charles

International de Darwin Day Foundation.

Impossible de laisser les jours passent sans reconnaître le 200e anniversaire de la journée de Charles Darwin est né. Sans doute l'un des scientifiques les plus brillants jamais à la grâce de cette planète. Je dois d'accord avec Razib, J'ai récemment relu origine des espèces, et comme chaque fois que je l'ai lu (4e maintenant je pense), Je suis frappé de voir combien étonnamment perspicace et visionnaire de l'homme a été.

Même si je sais qu'il a été romancée et il ya bien sûr quelques arguties avec la représentation, J'ai apprécié le nouveau film, Création, A propos de l'écriture de ce livre. Si quelque chose, c'est moi, sous l'impulsion d'en apprendre davantage sur l'homme et de sa vie et de lire Voyage du Beagle. Quels, surprenant puisque j'ai Lire d'autres comme Descent of Man, Variation dans la domestication, et l'expression des émotions, Je n'ai jamais lu.

Dans le film, Darwin raconte à ses enfants, particulier sa fille, histoires différentes sur son voyage et d'aventures que des histoires au coucher. L'écoute des personnes et à regarder les reconstitutions m'a intéressé à la lecture du livre. Et j'ai une vague idée de réécrire le livre d'aventures pour enfants, Je pense que ma fille ne serait-il comme. Je vais juste la craie que jusqu'à un de ces “à l'avenir” des projets (ou peut-être que quelqu'un a déjà fait?)

RetroDogs

nr_Bassett-DachshundJ'ai eu un Basset Hound grandir. Son nom était inutile, Inutile S. Grognement. Eh bien, En fait, il a été officiellement Ulysses S. Grant parce que le Kennel Club américain n'accepterait pas S Useless. Grunt comme un nom comme ils estimaient qu'il était trop humiliant. Pas sûr, si ils estiment qu'il est humiliant pour le chien ou le président, mais ce n'est ni ici ni là est-il?

Alors,vous demandez, ce qui m'a fait penser à ce chien long passé sucré qui a trébuché sur son oreille trop longtemps avec ses jambes trop courtes? Il s'avère qu'ils ont découvert ce qui cause génétique il y avait pour ces jambes courtes dans les bassets (et teckels et autres races).

Comme l'affirme le communiqué de presse du NHGRI:

Dans une étude publiée dans l'édition en ligne avant de la revue Science, les chercheurs dirigé par le NHGRI Elaine Ostrander, Ph.D., Les échantillons d'ADN à partir examinés 835 chiens, y compris les 95 avec des jambes courtes. Leur étude de plus de 40,000 marqueurs de la variation de l'ADN découvert une signature génétique exclusif à pattes courtes races. Grâce à un séquençage d'ADN de suivi et les analyses computationnelles, les chercheurs ont déterminé les chiens’ membres disproportionnée courts peuvent être attribués à un seul événement mutationnel dans le génome canin – une insertion d'ADN – qui a eu lieu tôt dans l'évolution des chiens domestiques.

L'insertion se révèle être une retrogene, ce qui bien sûr je trouve également intéressant que j'ai étudié les éléments retrotransposable. La transcriptase inverse est cette habitude de renverser l'ARN transcrit en ADN, qui peuvent obtenir réinséré retour dans le génome (donc pseudogènes traitées bien sûr).

L'étude est intéressante pour deux raisons (autres que parce que j'ai eu un Basset Hound et a étudié l'évolution de la rétroéléments ;), il nous donne un indice supplémentaire sur les événements évolutifs qui conduisent à de grands changements dans la morphologie et le rôle de la rétrotranscription et il nous donne un indice sur d'éventuelles conditions humaines.

Pour plus au sujet du génome de chien, vous pouvez lire notre slusieurs messages sur le génome canin, aller à NCBI chez le chien génome site (ou UCSC ou Ensembl et d'autres navigateurs) et lire l'article (a besoin d'un abonnement de parcours, c'est dans Science). C'est une lecture intéressante à ce jour (Je veux trouver un peu de temps pour le lire plus en détail, Inutile sans doute pas à la hauteur de son nom.. il n'a pas vraiment, même alors, :D).

Génomes antique: Néandertal

Alors, Hier, c'était le 200e anniversaire de la naissance de Darwin. Beaucoup de festivités et d'histoires NPR entourant ce jour-là, y compris quelques annonces, comme UCSC annonçant leur navigateur v200th Code un jour plus tôt de manière à coïncider (ils ne pouvaient pas résister à la coïncidence :)). Une autre annonce qui a été à propos a été l'annonce que des chercheurs de l' Institut Max Planck d'anthropologie évolutive ont a terminé la séquence préliminaire du génome de Neandertal. Comme seulement 63% du génome est effectivement couverte (3.7 milliards bps couverte du 3.2 milliards pb du génome, avec des duplications), quand on annonce un “projet” peut être un peu arbitraire, de sorte que le 200e anniversaire de la de l'homme qui a écrit “The Descent of Man, et la sélection liée au sexe” est aussi bon moment que tout. Et nous apprenons quelques petites choses comme des, Neandertal a pu avoir la capacité physique pour la langue, mais ne pouvait pas supporter le lait que les adultes (pas d'accord avec leur digestion). Il est prévu un projet et la recherche seront publiés à la fin de cette année. Nous allons rendre compte que bien sûr, et un lien vers tous les navigateurs qu'ils pourraient être mise en place :D. Génomes antique nous apprennent certaines choses.

Parlant de ce qui, l'Exploratorium, un musée des sciences excellent dans ma ville équitable, a une grande exposition (sur le site et en ligne) sur la façon dont «nous savons que les choses’ et comment fonctionne la science. Cette exposition est spécialement sur les origines de l'être humain et l'ADN de Néandertal et la recherche au Max-Planck figure en bonne place.

Chuck Joyeux anniversaire!

NHGRI demande si Darwin est d'actualité….et devinez quelle est la réponse? :)

Vous pouvez aller ici pour une page consacrée à la fête: http://genome.gov/27529500

Vous pouvez lancer la vidéo il si elle ne fonctionne pas ici:

darwin_nhgri

Ma partie préférée de la vidéo est quand Leslie Biesecker nous emmène de Darwin–>logiciel, bien sûr. Plus tard, il parle aussi de la façon dont les concepts évolutifs importants sont à notre interprétation de la santé et de la maladie. Je veux dire, Je sais que vous les gars se présente–mais je pense que c'est le morceau qui rend fous moi des gens qui veulent nier l'évolution et sa pertinence aujourd'hui.

Impossible qu'ils ont trouvé au moins 1 femme à l'entrevue, si? Je les ai vus à l'arrière-plan….Je sais qu'ils étaient là…

Aventures dans l'édition

Une revue à accès ouvert de nouvelles, Idées en écologie et évolution, a, ainsi, ouverts. Il est publié au Collège de la Reine au Canada.

“Alors?” vous demandez, “il ya beaucoup de revues en place à partir de tous les temps”.

Celui-ci est différente. C'est expérimenter beaucoup de choses (ok, de sorte qu'il semble y avoir beaucoup de journaux expérimentent avec le modèle dernièrement). Le sujet n'est pas la recherche en soi, mais des idées. Ayant été de ma part de conférences écologie et l'évolution et la discussion, Je peux voir ce journal s'est ouverte à des discussions tout à fait charmant.

Comme l'a expliqué Bob O'hara, il ya des expériences intéressantes sur le processus d'examen va ici aussi. Auteurs payer pour obtenir leurs idées publié, examinateurs sont payés, examinateurs ne sont pas anonymes et ils obtiennent de publier leurs opinions de l'article comme un document d'accompagnement. Bob aborde les questions que nous avons tous entendu parler des avantages de l'anonymat (et ils sont ceux valables), mais cela pourrait fonctionner dans ce cas. Je souscris également à Bob sur un point, cette structure (examinateurs publier leurs points de vue) va en effet augmenter de discussion, mais je voudrais aussi, comme de voir un mécanisme pour une discussion plus large. Comme il est conçu aujourd'hui, ce sera comme regarder la télévision experts soutenant les subtilités de la politique de santé, qui je pense est informative, mais je voudrais voir un mécanisme qui permet une discussion plus large de l'article. Quelque chose comme PLoS a, qui, je pense serait effectivement mieux travailler dans un journal d'idées comme celle-ci.

Eh bien, nous allons voir. En ce moment il n'y a rien là, mais la rédaction. Je serai bien regarder.

pointe a: Coturnix