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Vídeo Consejo de la semana: JANE, comparando filogenias


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Cuando estaba haciendo mi doctorado. en los antiguos días de la secuenciación de Sanger y la lectura en los resultados con una mano en el teclado y la lectura de los GATCs en la lectura (y de ir al laboratorio en la cuesta arriba de la nieve en ambos sentidos), mi propósito para penosamente a través de todo lo que era para conseguir finalmente una filogenia de las secuencias de la retrotransposable elementos que estudiaba. ¿Por qué quería que la filogenia? Porque yo estaba comparando la filogenia de los retroelements a la de las especies en las que residen. Estábamos tratando de determinar si estos retroelements se mantuvieron estables dentro del linaje taxa (ellos son) o hubo promiscuo transferencia horizontal ocurren. Hicimos esas comparaciones, pero hubiera sido bueno tener una "reconstrucción cophylogeny’ programa :D. Hay muchas veces comparaciones similares de filogenias son necesarias. Estudios Huésped-Parásitos, coevolución, etc. Jane es un paquete de software (gratuita con inscripción) que utiliza un enfoque heurístico, “la ejecución de un algoritmo genético con una función de aptitud interna que se evaluó utilizando un algoritmo de programación dinámica.” A menudo puede dar una solución óptima para que cophylogeny usted está estudiando. Jane fue desarrollado en el grupo de investigación de Ran Libeskind-Hadas en Harvey Mudd College y usted puede leer más sobre el algoritmo y el enfoque aquí. También tienen un extenso tutorial escrito. En estos consejos solemos centrarnos en la interfaz web de herramientas, pero me gustó este paquete (y es gratis) y quería jugar con ella, así que hoy me voy a caminar a través de una introducción muy rápido para descargar y comenzar a utilizar el instrumento. Enlaces rápidos: Jane Jane Tutorial Reconstrucción CoPhylogeny TreeMap (otro software de reconstrucción cophylogeny) CopyCat (otro) Capítulo del libro en Cophylogeny y reconstrucción Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jane: una nueva herramienta para el problema de la reconstrucción cophylogeny Algoritmos para la Biología Molecular, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Vídeo Consejo de la semana: ponche para las fiestas (o para explorar los genes ortólogos)


ResearchBlogging.org ¿Quién puede resistirse a una buena taza de ponche de huevo para las fiestas (sobre todo con el brandy añadido). Yo sé que no puede. Yo hago la receta de mi abuelo cada mes de diciembre y, teniendo en cuenta que usa toneladas de azúcar, huevos, crema de leche y alcohol, y que 1/2 & 1/2 es el más ligero de los ingredientes, Sólo diciembre.

Oh, que no es lo que este consejo es de aproximadamente, se trata de la base de datos de grupos de ortólogos de los genes, ponche de huevo. Hemos mencionado ponche de huevo antes de que en varias ocasiones, pero sólo de pasada, o en relación (ortólogos? :D) a otra base de datos o herramientas. Hoy, en el tiempo perfecto para la temporada, pensé en hacer un consejo rápido para introducir ponche de huevo.

ponche de huevo es traído a usted por el mismo grupo de investigación que ha desarrollado un montón de otras excelentes herramientas, tales como ELEGANTE (dominios de la proteína), CADENA (interacciones proteína-proteína, STITCH (químicos interacciones proteína-) , iTOL y mucho más. Por supuesto que hacer algo investigación fascinante demasiado.

ponche de huevo es una base de datos relativamente fácil de usar, pero tiene una gran cantidad de información es posible que desee ver. A medida que el estudio reciente en Estados NAR:

Orthologous relaciones son la base de la genómica comparativa y la mayoría de los estudios de metagenómica y son esenciales para la adecuada filogenético y análisis funcionales…. Orthology, define como una homología a través de la especiación, es un concepto fundamental en la biología evolutiva y es esencial para disciplinas como la genómica comparativa, metagenómica y filogenómica. Los conceptos de orthology y paralogy, con el que se define como una homología a través de la duplicación, se han utilizado como base para introducir el concepto de grupos de grupos de ortólogos: proteínas que han evolucionado a partir de una sola secuencia ancestral existente en el último ancestro común (LCA) de las especies que están siendo comparados, a través de una serie de eventos de especiación y la duplicación. Grupos de ortólogos (OG) han demostrado su utilidad para el análisis funcional y la anotación de genomas secuenciados recientemente como orthologs tienden a tener funciones equivalentes.

ponche de huevo contiene:

721801 grupos de ortólogos, abarcando un total de 4 396 591 genes…. de 1133 especies.

Para más información sobre los grupos de ortólogos, métodos utilizados y los pros y los contras de la metodología, es posible que desee revisar el documento hace referencia a continuación. Se han incluido varias revisiones informativas y útiles y referencias.

Ahora mismo, un recorrido rápido de lo que puede ofrecer el ponche de huevo.

Enlaces rápidos:
ponche de huevo
CADENA tutorial
Tutorial SMART
Consejo del la Semana: iTOL

Powell, S., Szklarczyk, D., Trachana, K., Roth, A., Kuhn, M., Muller, J., Arnold, R., Rattei, T., Letunic, I., Doerks, T., Jensen, L., von Mering, C., & Bork, P. (2011). rompope v3.0: orthologous grupos que cubren 1133 los organismos de 41 diferentes rangos taxonómicos Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1060

La revisión por pares de nuevo…

Sólo un breve comentario recogido de un enlace de María me mostró. He tenido mis altercados con los revisores de los trabajos y subvenciones. Algunos críticos sin duda tienen una agenda y, como seres humanos, todas las opiniones tienen sesgos subjetivos. Podría contar historias. Sin embargo,, en la mayor parte, incluso teniendo en cuenta las frustraciones enormes pocos, el proceso de revisión han hecho mis investigaciones y trabajos científicos una mejor y más fuerte.

La revisión por pares no está exenta de problemas es, Hay blogs enteros (como Peer-to-Peer) y las comunidades que discutir. Y, por supuesto, una gran cantidad de investigación se publica deficiente, possiblty como lo demuestra el rn los últimos análisis del papel de las bacterias se alimentan de arsénico. He leído mi cuota de la investigación muy mal y conclusiones falsas a partir de revistas. Pero, de nuevo, es la suma total del sistema de revisión por pares (y el debate posterior, más investigación, publicaciones refutación) que, evidentemente, ha creado la excelencia científica y el avance de nuestra comprensión de la biología hasta la fecha.

Naturaleza Precedings no es una alternativa de revisión por pares, es un lugar para poner la investigación antes de la publicación revisada por pares para invitar a la discusión, Para estimular aún más la investigación y la reivindicación de prioridad. Pero he visto que ha señalado como parte de una alternativa. Todavía, que los papeles de esta (y otros dos del mismo autor) Eso me doy cuenta de que la revisión por pares es un purgatorio necesario. No voy a pasar el tiempo destripando los temas de esta investigación, son legión y no vale la pena mi tiempo. Me puedo imaginar el lector casual de la Naturaleza Precedings podría llegar a través de ella y ver todas las biolingo y creo que es una investigación legítima, pero en realidad eso no me preocupa. Sin embargo,, el autor de estos artículos los utiliza para dar legitimidad a su tesis principal: “datos del genoma resulta falsa la teoría de la evolución.” Lo hace en un comunicado de prensa (http: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. No voy a vincular a fin de no dar esa legitimidad web más, pero usted puede tomar el espacio si usted quiere ver) donde los enlaces a los tres “publicaciones”:

Utilizando la genómica moderna, Dr.. Senapathy y su equipo de trabajo, mostró cómo la abundancia y diversidad de vida en la Tierra se originó directamente en el entorno prebiótico. Se han presentado los resultados en tres publicaciones de carácter científico Precedings: publicación 1, publicación 2, publicación 3.

La investigación muestra que los datos del genoma completamente moderna arranca el modelo de evolución.

Él usa el respeto merecido de la marca “Naturaleza” y el juego de manos para llamar “publicaciones” (cuando todo lo que se pre-imprime sin revisión por pares o revisión de la ciencia) para dar legitimidad a la conclusión de la falsificación.

Con todo el woo '’ en este mundo, Sospecho que de revisión por pares o alguna otra solución rigurosa (que todavía no he visto) es más necesario que nunca para mover hacia adelante la ciencia.

Editar por María: Yo estaba viendo algunos periodistas descubrir esta historia en MuckRack (http://muckrack.com / ciencia ) y esto es lo que dijo:

Invitado Mensaje: CoGe, La suite de Genómica Comparada – Eric Lyons

Este mensaje siguiente en nuestra continua semi-regular Invitado series post es de Eric Lyons, de CoGe en la Universidad de California, Berkeley. Si usted es un proveedor de una sociedad libre, herramienta genómica a disposición del público, base de datos o de los recursos y me gustaría transmitir algo a los usuarios de nuestra función de puesto de invitado, por favor no dude en contactar con nosotros en wlathe openhelix EN PUNTO com.

Gracias tanto para el puesto antes de COGE (Nota de los editores: una punta de la semana en Goge) y la invitación a escribir un poco acerca COGE. Como la mayoría de la gente probablemente no están familiarizados con COGE, Permítanme comenzar con la forma en que está diseñado:

Coge la arquitectura y la filosofía: Resolver un problema de una vez

Coge es una plataforma basada en web para la genómica comparativa y se compone de muchas interconectadas herramientas basadas en web. Todo el sistema está conectado a una base de datos que puede almacenar cualquier versión de cualquier genoma en cualquier estado de reunión de cualquier organismo (Actualmente ~ 9000 ~ 8000 genomas de los organismos). Cada una de las herramientas COGE está diseñado para realizar una tarea (g. buscar y mostrar información sobre el genoma, comparar dos genomas y generar gráficas de puntos syntenic, buscar cualquier número de genomas de secuencia similar, administrar una lista de genes, etc.), y están vinculados el uno al otro. Esto significa que no hay flujo de trabajo de análisis predefinidas. En lugar, la gente puede comenzar a explorar el genoma de interés, compararlo con lo que ellos quieren, encontrar algo interesante, explorar que, encontrar otra cosa, explorar que, etc.) Personas en todo el mundo puede realizar un análisis computacional intenso, haga clic en algunos botones en una página web, y dejar que nuestros servidores crisis lejos de lo que los genomas que hemos cargado en nuestro sistema . Dado que cada herramienta está basado en web, enlaces se utilizan para mover de una herramienta a la que se crea una manera fácil de ahorrar un análisis para el trabajo futuro o para enviar a un colega. Esto también tiene la ventaja de que a medida que desarrollamos nuevas herramientas para resolver un problema específico, se puede generalizar la solución, y conectarlo a la base de datos COGE y conectarlo a su conjunto de herramientas pre-existentes. Total, Esto permite una manera fácil para nosotros para ampliar la funcionalidad del COGE.

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Consejo del la Semana: Genomicus y evolución del genoma


ResearchBlogging.orgPunta de hoy en día está en Genomicus. Genomicus es una gran herramienta para visualizar la duplicación de genes, synteny y evolución del genoma. Las interfaces de búsqueda y de visualización son bastante sencillos, y hay un montón de grandes características (Visualización de la información gen ancestral, enlaces a recursos, diferentes puntos de vista de las filogenias, etc) en la herramienta. Este vídeo es sólo una breve introducción. Se puede profundizar en la herramienta con la ayuda y la documentación, incluyendo un 11 vídeo de un minuto.

También hay un reciente (avanzar en el acceso) artículo en la revista “Bioinformática” que le dará mucha más información sobre cómo la base de datos y la herramienta que funciona y lo que hay.

Muffato, M., Louis, A., Poisnel, C., & Roest Crollius, H. (2010). Genomicus: una base de datos y un navegador para el estudio de genes en los genomas de synteny moderno y ancestral Bioinformática DOI: 10.1093/bioinformatics/btq079

También se dará cuenta hoy en día el vídeo es una incrustar SciVee. Estamos probando una nueva forma de publicar y compartir nuestros consejos. SciVee nos permite no sólo publicar en nuestro blog, pero para que usted pueda compartir la punta con los demás y también para los científicos en la comunidad SciVee para ver las puntas de. Esta es sólo una prueba. Vamos a trabajar con esto por el próximo par de semanas para encontrar la mejor manera de publicar y compartir. Eventualmente, pronto, Esperamos compartir estas en Facebook y Youtube también. Si el vídeo no es la calidad lo suficientemente alta para usted (SciVee y otros sitios para compartir videos por la necesidad de reducir el tamaño, usted puede probar todo el mpeg4 una versión de este enlace.

Feliz cumpleaños Charles

Internacional Día de la Fundación Darwin.

No podemos dejar que pase el día sin reconocer el 200 aniversario del día Charles Darwin nació. Podría decirse que uno de los científicos más brillantes de la gracia de este planeta. Tengo que de acuerdo con Razib, Hace poco releí origen de las especies y que cada vez que lo he leído (4ª ahora creo que), Me llama la atención la manera tan sorprendente perceptivo y profético el hombre era.

Aunque sé que era ficción y no hay, por supuesto, algunos problemillas con la representación, Disfruté de la nueva película, Creación, sobre la escritura de ese libro. Si hay algo que, que me ha impulsado a aprender más sobre el hombre y su vida y leer Viaje del Beagle. ¿Qué, es sorprendente que desde que he leer a otros como origen del hombre, Variación en la domesticación, y expresión de las emociones, Nunca he leído.

En la película, Darwin dice a sus hijos, especialmente a su hija, historias diferentes sobre su viaje y aventuras como cuentos para dormir. Escuchando y viendo las representaciones de la me interesó en la lectura del libro. Y tengo una vaga idea de volver a escribir como libro de aventuras para niños, Creo que mi hija iba a gustar. Voy sólo con tiza que hasta uno de esos “en el futuro” proyectos (o tal vez alguien ya lo hizo?)

RetroDogs

nr_Bassett-DachshundTuve un Basset Hound creciendo. Su nombre era inútil, Inútil S. Gruñido. Bueno, en realidad fue formalmente Ulises S. Conceder porque los EE.UU. Kennel Club no acepta S Inútil. Gruñir como un nombre, ya que consideraban que era demasiado degradante. No estoy seguro si ellos sentían que era degradante para el perro o el presidente, pero eso no viene al caso es?

Así que,pedir, lo que me hizo pensar en que el perro dulce largo pasado que se tropezó con las orejas demasiado largas, con sus piernas demasiado cortas? Lo Resulta que se enteraron de lo que causa genética no había para los patas cortas en Basset Hounds (y Dachshunds y otras razas).

Como la prensa del NHGRI Estados liberación:

En un estudio publicado en la edición en línea anticipada de la revista Science, los investigadores dirigidos por Elaine Ostrander del NHGRI, Ph.D., examinaron muestras de ADN de 835 perros, incluso 95 con las piernas cortas. Su estudio de más de 40,000 marcadores de variación del ADN descubrió una característica genética exclusiva de las razas de patas cortas. A través de la secuenciación del ADN de seguimiento y análisis computacional, los investigadores determinaron que los perros’ extremidades desproporcionadamente cortas se puede remontar a un evento mutacional del genoma canino – Inserción de ADN – que se produjeron temprano en la evolución de los perros domésticos.

La inserción resulta ser un retrogene, que, por supuesto, también me parece interesante en el que he estudiado los elementos retrotransposable. Transcriptasa inversa tiene el hábito de invertir en la transcripción de ARN del ADN que puede conseguir reinsertarse de nuevo en el genoma (por lo tanto pseudogenes procesados por supuesto).

El estudio es interesante por dos razones: (que no porque tenía un Basset Hound y estudió la evolución de los retroelementos ;), que nos da una pista más en los eventos evolutivos que llevan a grandes cambios en la morfología y la función de retrotranscripción y nos da una pista sobre los posibles condiciones humanas.

Para más información sobre el genoma del perro, usted puede leer nuestro sMensajes arios sobre el genoma del perro, ir a Casa NCBI genoma del perro sitio (o UCSC o Ensembl y otros navegadores) y leer el periódico (necesita una suscripción, por supuesto,, es en la ciencia). Es una lectura interesante hasta el momento (Quiero encontrar algo de tiempo para leerlo con más detalle, tal vez inútil, no está a la altura de su nombre.. que en realidad no, incluso después :D).

Genomas antiguos: Neanderthal

Así que, Ayer fue el 200º aniversario del nacimiento de Darwin. Muchas fiestas e historias NPR rodean ese día incluyendo algunos anuncios como el UCSC anunciar su navegador v200th código de un día de anticipación a fin de coincidir (que no pudo resistir la coincidencia :)). Otro anuncio que fue a propósito fue el anuncio de que los investigadores de la Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva tener terminado el proyecto de secuencia del genoma del Neandertal. Ya que sólo 63% del genoma es realmente cubiertos (3.7 millones de bps cubierta de la 3.2 mil millones de pares de bases del genoma, con duplicaciones), cuando se anuncia una “borrador” puede ser un poco arbitrario, por lo que el 200 aniversario de la del hombre que escribió “El origen del hombre, y la selección en relación al sexo” es un momento tan bueno como cualquier otro. Y estamos aprendiendo algunas cosas como, Neanderthal pudo haber tenido la capacidad física para el lenguaje, pero no podía soportar la leche en la edad adulta (no estaba de acuerdo con su digestión). Se espera un proyecto de investigación y se publicará a finales de este año. Informaremos acerca de que, por supuesto,, y enlace a cualquier navegador que podría ser la creación de :D. Genomas antiguos nos están enseñando algunas cosas.

Hablando de lo cual, el Exploratorium, un museo de la ciencia excelente en mi hermosa ciudad, tiene una gran exposición (en el sitio y en línea) en el cómo 'sabemos que las cosas’ y cómo funciona la ciencia. Esta exposición es específicamente sobre los orígenes del ser humano y el ADN neandertal y la investigación en el Max Planck ocupa un lugar destacado.

Chuck Feliz Cumpleaños!

NHGRI pregunta si Darwin es relevante hoy en día….y ¿adivinen cuál es la respuesta? :)

Usted puede venir aquí para una página dedicada a las fiestas: http://genome.gov/27529500

Puede iniciar el vídeo que si no funciona aquí:

darwin_nhgri

Mi parte favorita del video es cuando Leslie Biesecker nos lleva de Darwin–>de software, por supuesto. Más tarde él también habla de cómo importantes conceptos evolutivos están a nuestra interpretación de la salud y la enfermedad. Me refiero a, Sé que ustedes se esta–pero creo que es la pieza que hace más loca me acerca la gente que quiere negar la evolución y su actualidad.

¿No podían haber encontrado al menos 1 mujer a la entrevista, aunque? Los vi en el fondo….Yo sé que estaban allí…

Aventuras en la publicación de

Una nueva revista de acceso abierto, Ideas en Ecología y Evolución, ha, así, abierto. Se publica en la Universidad de Queen en Canadá.

“Así que?” pedir, “hay un montón de revistas de puesta en marcha todo el tiempo”.

Este es diferente. Es experimentar con un montón de cosas (ok, por lo que parece ser un montón de revistas de la experimentación con el modelo últimamente). El tema no es la investigación per se, pero las ideas. Al haber estado en mi parte de las conferencias de la ecología y la evolución y el debate, Puedo ver esta revista se ha abierto a algunas discusiones bastante bonito.

Como lo explica Bob O'hara, hay algunos experimentos interesante revisión proceso en marcha también en este caso. Autores pagar para obtener sus ideas publicadas, revisores se les paga, revisores no son anónimos y se ponen a publicar sus puntos de vista de este artículo como una pieza de acompañamiento. Bob discute los temas que todos hemos oído acerca de las ventajas del anonimato (y son los válidos), pero esto podría funcionar en este caso. También estoy de acuerdo con Bob en un punto, esta estructura (revisores publicar sus puntos de vista) de hecho aumentará el debate, pero yo también le gustaría ver algún mecanismo para un debate más amplio. Ya que está diseñado ahora, será como ver la televisión los expertos argumentando los puntos más finos de la política de salud, que creo que es de carácter informativo, pero me gustaría ver algún mecanismo que permita una discusión más amplia del artículo. Algo como PLoS ha, que creo que realmente iba a funcionar mejor en una revista de las ideas como esta.

Bueno, vamos a ver. En este momento no hay nada allí, pero la editorial. Voy a estar mirando si.

punta ha: Coturnix