Tag Archives: Evolution

Video Tipp der Woche: JANE, Vergleich der Stammbäume


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Als ich tat mein Ph.D. in den alten Tagen der Sanger-Methode Sequenzierung und Lesen der Ergebnisse mit einer Hand auf der Tastatur und das Lesen der auf der Lese GATCs (und gehen in das Labor im Schnee bergauf in beide Richtungen), mein Ziel für schuften durch all das war schließlich eine Phylogenie der Sequenzen der retrotransposable Elemente Ich studierte. Warum wollte ich, dass die Phylogenie? Weil ich den Vergleich der Phylogenie der Retroelementen an, dass der Arten in dem sie wohnen. Wir versuchten zu bestimmen, ob diese Retroelemente waren innerhalb der Taxa Linie stabil (sie sind) oder es gab Promiscuous horizontalen Transfer vorkommenden. Wir haben diese Vergleiche, aber es wäre schön gewesen, eine "Rekonstruktion haben cophylogeny haben’ Programm :D. Es gibt oft ähnliche Vergleiche Phylogenien notwendig sind. Wirt-Parasit-Studien, Koevolution, usw.. Jane ist ein Softwarepaket, (kostenlos mit Anmeldung) dass eine heuristische Ansatz verwendet, “Ausführen eines genetischen Algorithmus mit einem Innenfitnessfunktion, die unter Verwendung eines dynamischen Programmieralgorithmus ausgewertet wird.” Es kann oft geben, eine optimale Lösung für diese cophylogeny Sie studieren. Jane war in der Arbeitsgruppe von Ran Libeskind-Hadas bei Harvey Mudd College-entwickelt und Sie können mehr über den Algorithmus zu lesen und hier nähern. Sie haben auch eine umfangreiches Tutorial geschrieben. In diesen Tipps konzentrieren wir uns in der Regel auf Web-Interface, um Werkzeuge, aber ich mochte dieses Paket (und es ist kostenlos) und wollte zu spielen, um mit ihm, so heute habe ich werde Sie durch eine sehr kurze Einführung zu Fuß zum Herunterladen und sich mit dem Tool gestartet. Quick Links: Jane Jane Tutorial CoPhylogeny Wiederaufbau TreeMap (ein weiterer cophylogeny Rekonstruktionssoftware) CopyCat (Noch ein weiteres) Buch Kapitel über Cophylogeny und Wiederaufbau Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jane: ein neues Werkzeug für die cophylogeny Rekonstruktionsproblem Algorithmen für Molekulare Biologie, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Video Tipp der Woche: Eierlikör für den Urlaub (oder zu erforschen orthologen Genen)


ResearchBlogging.org Wer kann da widerstehen einer guten Tasse Eierlikör für die Feiertage (vor allem mit zusätzlichen Brandy). Ich weiß, ich kann nicht. Ich mache meine Opas Rezept jedes Jahr im Dezember und, Berücksichtigung nutzt Tonnen Zucker, Eier, Sahne und Alkohol, und dass 1/2 & 1/2 ist das leichteste Zutat, Nur Dezember.

Oh, das ist nicht das, was dieser Tipp ist etwa, es geht um Datenbank von orthologen Gruppen von Genen, Eierlikör. Wir haben erwähnt, Eierlikör, bevor mehrmals, aber nur am Rande oder im Zusammenhang (orthologen? :D) zu einer anderen Datenbank oder Werkzeug. Heute, in perfektem Timing für die Saison, dachte, ich hätte eine schnelle Spitze einführen zu tun Eierlikör.

Eierlikör wird Ihnen präsentiert von der gleichen Arbeitsgruppe, dass viele andere hervorragende Werkzeuge wie entwickelt gebracht SMART (Proteindomänen), STRING (Protein-Protein-Interaktionen, STITCH (Protein-chemischen Wechselwirkungen) , iTOL und so viel mehr. Natürlich tun sie einige Faszination Forschung zu.

Eierlikör ist ein relativ einfacher zu verwendende Datenbank, aber es hat eine Fülle von Informationen, die Sie prüfen wollen, könnte. Wie der kürzlich erschienenen Arbeit in NAR Staaten:

Orthologen Beziehungen bilden die Grundlage der meisten vergleichenden genomischen und metagenomische Studien und sind für die ordnungsgemäße phylogenetische und funktionelle Analysen notwendig…. Orthologie, definiert als Homologie über Artbildung, ist ein wichtiges Konzept in der Evolutionsbiologie und ist für Disziplinen wie vergleichende Genomik wesentliche, Metagenomik und Phylogenomik. Die Konzepte der Orthologie und paralogy, wobei letztere als Homologie via Vervielfältigung definiert, haben als Grundlage verwendet worden, um das Konzept der Cluster von orthologen Gruppen einführen: Proteine, die von einem einzigen Vorfahren Abfolge bestehenden in den letzten gemeinsamen Vorfahren entwickelt haben (LCA) der Arten, die verglichen werden, durch eine Reihe von Artbildung und Vervielfältigung Veranstaltungen. Orthologen Gruppen (OGs) Bewährt haben für funktionelle Analysen und die Annotation von neu sequenzierten Genomen als Orthologe neigen dazu äquivalente Funktionen.

Eierlikör enthält:

721801 orthologen Gruppen, umfasst insgesamt 4 396 591 Gene…. von 1133 Arten.

Weitere Informationen über orthologen Gruppen, verwendeten Methoden und Vor-und Nachteile der Methodik, möchten Sie vielleicht überprüfen Sie das Papier auf das unten verwiesen. Sie haben mehrere informative und hilfreiche Bewertungen und Referenzen enthalten.

Im Moment, eine kurze Tour, was Eierlikör bieten.

Quick Links:
Eierlikör
STRING Tutorial
SMART-Tutorial
Tipp der Woche: iTOL

Powell, S., Szklarczyk, D., Trachana, K., Roth, A., Kuhn, M., Muller, J., Arnold, R., Rattei, T., Letunic, I., Doerks, T., Jensen, L., von Mering, C., & Bork, P. (2011). Eggnog v3.0: orthologen Gruppen für 1133 Organismen 41 unterschiedlichen taxonomischen reicht Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1060

Peer-Review wieder…

Nur eine kurze Bemerkung über einen Link sammelte Maria zeigte mir. Ich habe meinen Lauf Ins Rezensenten von Papieren und Stipendien. Einige Rezensenten haben definitiv eine Agenda und, als Menschen, Alle Bewertungen haben subjektive Verzerrungen. Ich könnte Ihnen Geschichten. Aber, zumeist, auch bei den wenigen großen Enttäuschungen, den Review-Prozess habe meine Forschung und Papiere besser und dichter der Wissenschaft gemacht.

Peer-Review ist nicht ohne Probleme, gibt es ganze Blogs (wie Peer-to-Peer) und Gemeinden diskutieren sie. Und natürlich, eine Menge minderwertiger Forschungsergebnisse veröffentlicht, als possiblty durch die r belegteuere Diskussion der Arsen-fressende Bakterien Papier. Ich habe meine Quote von wirklich schlechten Forschung und falsche Schlüsse aus peer-reviewed Zeitschriften lesen. Aber wieder, es ist die Summe des Peer-Review-System (und der anschließenden Diskussion, mehr Forschung, Widerlegung Publikationen) das scheint sich exzellente Wissenschaft und die Weiterentwicklung unseres Verständnisses der Biologie bisher erstellt.

Natur Precedings ist keine Alternative peer-review, es ist ein Ort der Forschung vor peer-reviewed Veröffentlichung gestellt, die Diskussion einladen, Sporn weitere Forschung und eine Priorität in Anspruch. Aber ich gesehen habe darauf hingewiesen, die als Teil einer alternativen. Doch, es Papiere wie diese (und zwei weitere vom gleichen Autor) die machen mir klar, dass Peer-Review ist eine notwendige Fegefeuer. Ich werde nicht die Zeit verbringen Ausnehmen der Probleme dieser Forschung, sie sind Legion, und es ist meine Zeit nicht wert. Ich kann mir vorstellen den flüchtigen Leser der Natur Precedings könnte über sie kommen und sehen alle biolingo und finde es legitim Forschung, aber wirklich, dass geht mich nichts an. Aber, der Verfasser dieser Artikel nutzt sie, um Legitimität zu seiner Hauptthese verleihen: “Genom-Daten als falsch erweist der Evolutionstheorie.” Er tut dies in einer Pressemitteilung (http: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. Ich will nicht so wie Link nicht auf diese nicht mehr Web Legitimität geben, aber man kann den Raum aus, wenn Sie es sehen wollen) wo er für alle drei Verbindungen “Veröffentlichungen”:

Mit modernen Genomik, Dr. Senapathy und sein Team die Arbeit, zeigte, wie die Fülle und Vielfalt des Lebens auf der Erde direkt ihren Ursprung in der präbiotischen Umwelt. Sie haben die Ergebnisse in drei wissenschaftlichen Publikationen in Nature Precedings vorgestellt: Veröffentlichung 1, Veröffentlichung 2, Veröffentlichung 3.

Die Forschung zeigt, dass die moderne Genom-Daten komplett entwurzelt die Evolution-Modell.

Er nutzt den wohlverdienten Respekt der Marke “Nature” und die Fingerfertigkeit zu nennen “Veröffentlichungen” (wenn alles, was sie sind Pre-Prints ohne Peer-Review oder Überprüfung der Wissenschaft) zur Legitimierung eines gefälschten Abschluss verleihen.

Mit all den "woo’ in dieser Welt, Ich würde vermuten, dass Peer-Review oder eine andere rigorose Lösung (die ich noch nicht gesehen) ist mehr denn je notwendig, um die Wissenschaft voranzubringen.

Bearbeiten von Mary: Ich war nur gerade einige Journalisten entdecken diese Geschichte auf MuckRack (http://muckrack.com / sci ) und hier ist, was sie sagten,:

Guest Post: Greifen, Die Suite für Comparative Genomics – Eric Lyons

Die nächste Stelle in unserer fortschreitenden semi-reguläre Gastbeitrag Serie von Eric Lyons, von Greifen an der Universität von Kalifornien, Berkeley. Sie sind Anbieter eines kostenlosen, öffentlich zugänglich Genomik Werkzeug, Datenbank oder eine Ressource und möchte etwas zu den Benutzern unserer Bewertung der Post Feature vermitteln, wenden Sie sich bitte an uns wlathe Kontakt AT openhelix DOT com.

Dank sowohl für die vor COGE Beitrag (Anm. d. Red.: ein Tipp der Woche auf Göge) und die Einladung, ein bisschen über COGE schreiben. Da die meisten Menschen sind wahrscheinlich nicht vertraut mit coge, Lassen Sie mich mit, wie es soll beginnen:

Schnappen Sie die Philosophie und Architektur: Lösen Sie ein Problem einmal

COGE ist eine web-basierte Plattform für vergleichende Genomik und besteht aus vielen miteinander verbundenen Web-basierten Tools. Das gesamte System ist bis zu einer Datenbank, die eine beliebige Version von einem Genom in einem Zustand der Montage speichern können aus einem beliebigen Organismus süchtig (derzeit ~ 9000 Genome von Organismen ~ 8000). Jeder von COGE-Tools ist so konzipiert, um eine Aufgabe zu tun (g. Suche und Anzeige von Informationen über das Genom, Vergleich zweier Genome und erzeugen syntenischen dotplots, Suche eine beliebige Anzahl von Genomen für ähnliche Sequenz, Verwalten einer Liste von Genen, usw.), und sind miteinander verbunden. Dies bedeutet, dass es keine vordefinierten Workflow-Analyse. Stattdessen, Menschen können zu erforschen anzufangen einem Genom von Interesse, vergleichen Sie es mit, was sie wollen, finden etwas Interessantes, zu erkunden, die, Suche nach etwas anderem, zu erkunden, die, usw.) Menschen überall auf der Welt können rechenintensive Analysen, indem Sie ein paar Tasten auf einer Web-Seite führen, und lassen unseren Servern entfernt crunch welchem ​​Genome haben wir derzeit in unserem System geladen . Da jedes Tool ist webbasiert, Links werden verwendet, um von Werkzeug zu Werkzeug zu bewegen, die eine einfache Möglichkeit, eine Analyse für die künftige Arbeit zu speichern oder an einen Kollegen senden schafft. Dies hat auch den Vorteil, dass wir neue Instrumente entwickeln, um ein bestimmtes Problem zu lösen, können wir verallgemeinern die Lösung, und stecken Sie es in COGE Datenbank und verbinden Sie es mit ihrer bereits vorhandenen Tool-Set. Gesamt-, Dies ermöglicht eine einfache Möglichkeit für uns, COGE die Funktionalität erweitern.

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Tipp der Woche: Genomicus und Genomevolution


ResearchBlogging.orgDer heutige Tipp ist auf Genomicus. Genomicus ist ein großartiges Werkzeug, um Gen-Duplikation visualisieren, Syntenie und Genom-Evolution. Die Such-und Display-Schnittstellen sind recht einfach, und es gibt viele tolle Funktionen (Betrachten Ur-Gen Informationen, Links aus, um Ressourcen, verschiedene Ansichten Phylogenien, usw.) in das Werkzeug. Dieses Video ist nur eine kurze Einführung. Sie können tiefer in das Werkzeug mit der Hilfe und Dokumentation, einschließlich einer 11 minütiges Video.

Es gibt auch eine kürzlich (Voraus Zugang) in der Zeitschrift “Bioinformatik” das wird Ihnen viel näher, wie die Datenbank-und Tool funktioniert und was es.

Muffato, M., Louis, A., Poisnel, C., & Roest Crollius, H. (2010). Genomicus: eine Datenbank und einen Browser, um Gen Syntenie in modernen und Vorfahren Genome Studie Bioinformatik DOI: 10.1093/bioinformatics/btq079

Sie werden bemerken, auch heute das Video ist ein SciVee einbetten. Wir versuchen einen neuen Weg zu veröffentlichen und teilen Sie unsere Tipps. SciVee ermöglicht es uns, nicht nur auf unseren Blog-Post, aber für Sie an der Spitze mit anderen zu teilen und auch für die Wissenschaftler in der SciVee Gemeinschaft zur Ansicht der Spitzen. Dies ist nur ein Test. Wir werden mit diesem zu arbeiten für die nächsten paar Wochen, um den besten Weg zur Post finden und teilen. Schließlich, bald, Wir hoffen, diese auf Facebook und Youtube teilen auch. Wenn das Video nicht hoch genug Qualität für Sie (SciVee und anderen Video-Sharing-Websites durch die Notwendigkeit verkleinern, Sie können versuchen, die gesamte mpeg4 Version eine dieser Link.

Alles Gute zum Geburtstag Charles

Internationale Darwin Day Foundation.

Kann nicht lassen den Tag vergehen, ohne anzuerkennen, dem 200. Jahrestag des Tages, wurde Charles Darwin geboren. Wohl eine der brillantesten Wissenschaftler jemals Gnade dieses Planeten. Ich habe zu stimme Razib, Ich habe vor kurzem Origin of the Species gelesen und wie jedes Mal, wenn ich ihn gelesen habe (4th jetzt denke ich,), Ich bin, wie erstaunlich scharfsinnig und weitsichtig war der Mann geschlagen.

Obwohl ich weiß, es war fiktionalisiert und es gibt natürlich einige Spitzfindigkeiten mit der Darstellung, Ich genoss den neuen Film, Schöpfung, über das Schreiben dieses Buches. Wenn überhaupt, es ist mir angespornt, um mehr über den Mann und sein Leben und lesen Voyage of the Beagle. WHich, überraschend, da habe ich Lesen Sie andere wie Descent of Man, Variation unter Domestikation, und Expression of Emotions, Ich habe noch nie gelesen.

In dem Film, Darwin sagt, seine Kinder, Besonders seine Tochter, verschiedene Geschichten über seine Reise und Abenteuer als Gutenachtgeschichten. Hören diese und beobachten die Nachstellungen interessierte ich mich in der Lektüre des Buches. Und ich habe eine vage Vorstellung davon, Umschreiben es als Kinder-Erlebnis-Buch, Ich glaube, meine Tochter würde es wie. Ich werde einfach Kreide, dass bis zu einer von denen “in die Zukunft” Projekte (oder vielleicht hat jemand schon hat es?)

RetroDogs

nr_Bassett-DachshundIch hatte einen Basset Hound aufwachsen. Sein Name war nutzlos, Nutzlos S. Ground. Nun, eigentlich war es offiziell Ulysses S. Grant weil die US-Kennel Club nicht akzeptieren würde Useless S. Grunt als Name, als sie fühlte, war es zu erniedrigend. Nicht sicher, ob sie meinten, es war, den Hund oder den Präsidenten erniedrigend, aber das ist weder hier noch dort ist es?

So,Sie fragen, was mich denken, dass langfristig weitergegeben süßen Hund, der über sie zu lange Ohren ist mit seiner zu kurzen Beine gestolpert? Es stellt sich heraus, dass sie herausfanden, was genetische Ursache gab es für die kurzen Beine in Basset Hounds (und Dackel und andere Rassen).

Als NHGRI Pressemitteilung Staaten:

In einer Studie im Voraus online-Ausgabe der Zeitschrift Science veröffentlicht, die Forscher um Elaine Ostrander NHGRI geführt, Ph.D., untersuchten DNA-Proben von 835 Hunde, einschließlich 95 mit kurzen Beinen. Deren Umfrage unter mehr als 40,000 Marker der DNA-Variation entdeckt eine genetische Signatur exklusiv für kurzbeinige Rassen. Durch Follow-up-DNA-Sequenzierung und Computer-Analysen, Die Forscher bestimmten die Hunde’ unverhältnismäßig kurzen Gliedmaßen können zu einem Mutationsereignis in das Hunde-Genom zurückgeführt werden – DNA-Insertion – aufgetretenen früh in der Evolution von Haushunden.

Das Einsetzen entpuppt sich als retrogene werden, was ich natürlich auch interessant, dass ich retrotransposable Elemente untersucht. Reverse Transkriptase hat diese Angewohnheit, reverse Transkription RNA in DNA, die zurück in das Genom wieder eingesetzt bekommen (daher verarbeitet Pseudogene natürlich).

Die Studie ist aus zwei Gründen interessant (außer, weil ich hatte einen Basset Hound und studierte die Entwicklung der Retroelementen ;), Er gibt uns eine weitere Spur in evolutionärer Ereignisse, die zu großen Veränderungen in der Morphologie und der Rolle der retrotranscription führen, und es gibt uns einen Hinweis zu möglichen menschlichen Bedingungen.

Weitere Informationen über Hundegenom, können Sie unsere siele Beiträge über den Hund Genom, gehen Sie zu NCBI ist Hundegenom Hause Site (oder UCSC oder Ensembl und andere Browser) und Zeitung lesen (muss ein Abonnement natürlich, es ist in der Wissenschaft). Es ist eine interessante Lektüre so weit (Ich will etwas Zeit, um es vollständig gelesen zu finden, vielleicht Useless nicht leben bis zu seinem Namen.. er nicht wirklich selbst dann :D).

Alte Genome: Neandertaler

So, gestern war der 200Jubiläum von Darwins Geburt. Viele Feste und NPR Geschichten rund um diesen Tag mit ein paar Ansagen wie UCSC Bekanntgabe ihrer v200th Browser Code einen Tag zu früh, um zusammen (sie konnte nicht widerstehen, den Zufall :)). Eine weitere Ankündigung, dass apropos war die Ankündigung, dass Forscher an der Max-Planck-Institut für evolutionäre Anthropologie haben beendete den Entwurf Sequenz des Neandertaler-Genoms. Da nur etwa 63% des Genoms ist tatsächlich abgedeckt (3.7 Milliarden bps der abgedeckten 3.2 Milliarden bp Genom, mit Verdoppelungen), wenn man kündigt eine “Entwurf” kann ein wenig willkürlich, so den 200. Jahrestag der des Mannes, der schrieb “The Descent of Man, und die Auswahl in Bezug auf Sex” ist ein guter Zeitpunkt, als jeder. Und wir lernen ein paar Dinge, wie, Neandertalers hätten möglicherweise dazu geführt körperliche Fähigkeit zur Sprache, aber konnte es nicht ertragen Milch als Erwachsene (nicht mit ihrer Verdauung einverstanden). Es wird erwartet, einen Entwurf und Forschung an der Ende dieses Jahres veröffentlicht werden. Wir werden uns auf, dass natürlich berichten, und Link zu einem Browser sie auch sein mögen Einrichtung :D. Alte Genome lehren uns einige Dinge.

Apropos, das Exploratorium, ein hervorragendes wissenschaftliches Museum in meiner schönen Stadt, hat eine große Ausstellung (vor Ort und online) auf das "Wie wir wissen, was’ und wie Wissenschaft funktioniert. Diese Ausstellung ist speziell auf die Ursprünge des Menschen und Neandertaler-DNA und die Forschung am Max-Planck prominent.

Alles Gute zum Geburtstag Chuck!

NHGRI fragt, ob Darwin ist heute relevant….und erraten, was die Antwort ist? :)

Sie können sich hier für eine Seite gewidmet, um die Feierlichkeiten: http://genome.gov/27529500

Sie können das Video dort starten, wenn es hier nicht funktioniert:

darwin_nhgri

Mein Lieblings-Teil des Videos ist, wenn Leslie Biesecker führt uns von Darwin–>Software, natürlich. Später spricht er auch darüber, wie wichtig evolutionäre Konzepte sind auf unsere Interpretation von Gesundheit und Krankheit. Ich meine,, Ich weiß, euch zu diesem–aber ich denke, es ist das Stück, das mir verrücktesten macht über die Menschen, die Evolution und ihre Bedeutung heute leugnen wollen.

Hätten sie nicht wenigstens gefunden 1 Frau zu interviewen, obwohl? Ich sah sie in den Hintergrund….Ich weiß, sie waren da…

Adventures im Verlagswesen

Ein neues Open-Access-Zeitschrift, Ideen in Ecology and Evolution, hat, gut, eröffnet. Es ist an der Queen `s College in Kanada veröffentlicht.

“So?” Sie fragen, “Es gibt viele Zeitschriften bis die jederzeit beginnen”.

Dies ist anders. Es ist mit einer Menge von Dingen zu experimentieren (ok, so scheint es eine Menge Zeitschriften Experimentieren mit dem Modell in letzter Zeit werden). Der Gegenstand ist nicht die Forschung per se, aber Ideen. Nachdem auf meinen Anteil an Ökologie und Evolution Konferenzen und diskutiert worden, Ich sehe diese Zeitschrift hat sich geöffnet, einige sehr schöne Gespräche.

Wie von Bob O'hara erklärt, gibt es einige interessante Review-Prozess Experimenten geht hier auch. Autoren zahlen, um ihre Ideen veröffentlicht, Gutachter bezahlt werden, Rezensenten sind nicht anonym, und sie werden ihre Ansichten des Artikels als Pendant zu veröffentlichen. Bob diskutiert die Themen, die wir alle über die Vor-der Anonymität habe gehört, (und sie sind auch gültige), aber dies könnte in diesem Fall der Arbeit. Ich stimme auch mit Bob auf einen Punkt, diese Struktur (Rezensenten veröffentlichen ihre Ansichten) wird in der Tat erhöhen Diskussion, aber ich würde auch gerne einen Mechanismus für eine breitere Diskussion siehe. Wie ist es nun ausgelegt, es wird wie vor dem Fernseher Experten streiten die Feinheiten der Gesundheitspolitik werden, die ich schätze, ist informativ, aber ich möchte einen Mechanismus, dass eine breitere Diskussion des Artikels erlaubt sehen. Etwas wie PLoS hat, was meiner Meinung nach wäre eigentlich besser in einer Zeitschrift für Ideen wie diese.

Nun, wir werden sehen. Im Moment gibt es nichts gibt, aber die Redaktion. Ich werde aber beobachten.

hat tip: Coturnix