الوسم المحفوظات: DAVID

ما هو الرد? (الجين رقم التحويل)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

سؤال هذا الاسبوع أبرزت:

ما هو جيد “الجينات أداة تحويل معرف

هذا هو السؤال الأكبر سنا, من 2 منذ سنوات, لكن لا يزال ذات الصلة والأجوبة المفيدة لا يزال الى حد بعيد والكامل للموارد مثل DAVID, BioDBnet, BioMart وغيرها.

التحقق من ذلك. أيضا, قد ترغب في الإطلاع على ممارسة الثالثة من البرنامج التعليمي لدينا المتقدم UCSC . ممارسة:

“من قائمة الجينات UCSC, إضافة رموز الجينات وGO معرفات للحصول على معلومات إضافية حول مجموعة الجينات. مكافأة خطوة: إضافة ذهاب شروط.”

يمشي من خلال الطريقة التي قد تكون قادرة على القيام بذلك مع متصفح الجدول UCSC مع بعض التعديلات البسيطة.

نصيحة الأسبوع: أولويات الجينات

أنواع كثيرة من التجارب اليوم عودة قوائم كبيرة من الجينات, جمعية الدراسات, صفائف التعبير, التحليل والربط أكثر. الباحث يحتاج إلى تحديد أي من تلك الجينات هي الأكثر أهمية واعدة وبالتالي فإن الخطوة التالية في التحليل هو تحديد الأولويات القائمة وايجاد طريقة للقيام بذلك.

هناك الكثير من الأساليب والأدوات اللازمة لتحديد الأولويات على قائمة من الجينات والحصول على التعامل مع الأداة التي يمكن استخدامها قليلا من مهمة شاقة. و الجين أولويات البوابة ممتازة من الموارد لإيجاد الأداة المناسبة. انها أكثر قليلا من مجرد قاعدة من قواعد البيانات أو أدوات. انها قائمة محدثة بانتظام مع معلومات مفصلة حول الأدوات (يوجد 25 في هذه اللحظة), احصائيات حول ما مصادر البيانات من الأدوات, النواتج والمراجع. هناك أيضا أداة بحث لطيف للعثور على الأداة أن معظم يناسب احتياجاتك.

وسوف يعرض تلميح اليوم في الموقع وإجراء بحث سريع. نصائح قد تكون في المستقبل تسليط الضوء على بعض من هذه الأدوات.

التحديث: بسبب الصعوبات التقنية سواء في التسجيل أو / تحميل معالجة الصوت لا يعمل. أنا أحاول حل هذه. في هذه الأثناء, يمكنك الحصول على لمحة الأساسية يراقب, ولكن سوف أحصل على نسخة جديدة تصل بأسرع ما أنا قادرة على إصلاح هذه.

الجين المحولات معرف مقارنة

من MOLGEN HUM - بلادي قائمة بريدية النشرة الإخبارية اليوم أنا رصدت مقارنة مثيرة للاهتمام. حصلنا على الكثير من الأسئلة حول كيفية تحويل معرفات أو كيفية التحرك أفضل من مصدر بيانات واحد إلى آخر. قمنا ببعض الاستكشافات ذلك في الماضي (MatchMiner مثال واحد). ليس هذا هو النوع من الشيء مثير أن يحصل نشرت في الأدب بشكل عام, ولكن الشيء الجميل حقا لنظام الأدب غير الرسمية في العالم الإخبارية / التدوين / الخ.

دييغو فوريرو, محررا من MOLGEN - HUM, وقد مقارنة بين المجتمعين العديد من الأدوات: Babelomics, استنساخ / معرف المحول, DAVID, ز:التعريف, MatchMiner. بدأ مع قائمة 100 Ensembl معرفات واختبار لهم على كل من الأدوات للحصول على التسميات الرسمية HUGO. (انه لا نلاحظ أن هناك الكثير من التحويلات الأخرى أيضا ممكنة, Ensembl, HGNC, EntrezGene, RefSeq, UniGene, لكن Ensembl–>وكان أداء الاختبار HGNC). كان هناك تجربة ثانية على [أفمتريإكس] معرفات لرموز HUGO جدا. كما يتم توفير المراجع لأدوات.

تتوفر البيانات على Scribd ويمكنك تحميل البرنامج بنفسك. يمكنك الوصول إلى معرفات واختبار أدوات أخرى أيضا. هنا عينة من نتائج:

id_converter

في هذه التجربة لم Babelomics أفضل في هذا الاختبار. الآن–لدي سؤال منفصل: هل هم على حق? لمجرد ان البرنامج يوفر ومعرف لا يعني أنه أعطى حق واحد. هذه مشكلة رأيت مرارا وتكرارا في هذا المجال. في تجربتي يحتاج معظم الاشياء ليتم فحصها من قبل البشر. أتذكر جلسة واحدة كنت في وشخص كان يصف هذه الأداة الجديدة التي تمثل المتغيرات لصق. كنا جميعا معجبة, وبدا أنها كبيرة, ورفعت يدي ثم أن نسأل: “ولكن هل هم على حق?” وقال المطور أداة, “لا أعرف.”

لا يزال, بل هو ممارسة مفيدة لمقارنة هذه الأدوات. ومن قائمة كبيرة إلى مرجعية. ولكن نأخذ ذلك في الاعتبار.

فوريرو أداة لتحويل معرف الارتباط المقارنة المباشرة: http://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html

نصيحة الأسبوع: قائمة الجينات وDAVID

david_tip.jpgهذا الاسبوع ابن العودة إلى ممارسة حيث ألقي نظرة على الأدوات التي تحلل قوائم الجينات. كما كان من قبل, ابن اتخاذ هذا قائمة من الجينات أنا خلقت منذ بعض الوقت. ولدت على أنها قائمة “المرض” جينات من UniProt. اليوم أنا أخذ تلك القائمة إلى مورد آخر: DAVID. ديفيد هو اسم المؤسف أن لهذا البحث, لكنها تقف على: Database لل Annotation, فيوisualization فيمدمج Discovery.

أود أن أقول إنني أعجب حقا مع سرعة, سهولة, ونتائج هذا الجهد. أنه تم الرفع بسهولة, الكشف عن تلقائيا الخيارات الأنواع, سارعت إلى تعيين الإنسان بوصفه المحور, عرضت 3 أزرار خيار عرض مفيد فعلا بسرعة, وقدمت الانتاج بالمعلومات التي قد تكون مفيدة حقا في استكشاف مزيد من قائمتي. كان لي اختيار واحد فقط من الخيارات الممكنة مع الإعدادات الافتراضية. هناك الكثير يمكنك القيام به مع ديفيد ، ونحن تغطي أكثر من ذلك من خلال موقعنا البرنامج التعليمي الكامل. لكن هذا الفيلم بداية سريعة تظهر لك شيئا من هذه العملية والنتيجة.

الاستشهاد لديفيد:

DAVID: قاعدة بيانات عن التعليق, تصور, والمتكاملة ديسكفري

استعرضها دنيس جلين, JR, براد شيرمان T, دوغلاس وHosack, يونيو يانغ, وي غاو, H كليفورد لين,2 وريتشارد وLempicki. الجينوم بيول. 2003; 4(9): R60.

http://david.abcc.ncifcrf.gov/