태그 아카이브: 데이터베이스

금주의 팁: FlyBase


나는 특별한 애착을 가지고 Flybase. 내 박사. 그 후 Drosophila를 사용 작업과 나는 가르 칠 Drosophila 종을 사용했습니다. 에 대해 뭔가 Dipteran 유전학은 정말 매력적. FlyBase 또한 기존의 유전 게놈 데이터베이스 중 하나입니다 우리는에 튜토리얼이있어. 오늘의 팁은 있습니다 12 의 분 분량의 비디오 졸업생 중을위한 공군 기지. 난 항상 믿었 것들 중 하나는 우리가 기차에서 우리의 일상 업무에 걸쳐 온 데이터베이스와 분석 도구 학부생을위한 게놈을 교육 및 학습을위한 훌륭한 장소입니다 것입니다. 매우 흥미로운 프로젝트 학부가 할 수있는 경험을 보이게 될 것입니다 데이터 및 분석의 많은 많은.

오늘의 동영상이 바보 라이브 액션 시퀀스의 종류로 시작합니다 :디, 하지만 재미있는 바보, 그리고 입문 수준의 FlyBase를 통해 산책. 이것 좀 봐.

그들은이 YouTube 채널 추가 둘 (그리고 훨씬 짧은) TermLink을 사용하는 방법에 대한 동영상, 통제 어휘 검색 도구, 빠른 트랙과 소개, 커뮤니티 종이 curation 도구.

 

주의 비디오 도움말: NCBI의 게놈 자원에 큰 변화


NCBI 에서 만들어진 1988 와를 유지하고 있습니다 GenBank 년간 데이터베이스. 또한 생물 학적 데이터의 여러 유형에 대한 다양한 전산 자원 및 데이터 검색 시스템을 제공합니다. 생물학이 수집하는 데이터가 변경 및 확장이 얼마나 빨리 같은 그들은 모두 너무 잘 알고. 다양한 데이터 유형에 대한 사용은 개발되었습니다대로, 그것은 분명한되고있다 정보 새로운 유형의 (이러한 확장 메타 데이터로) 수집해야, 및 처리 데이터의 새로운 방법이 필요합니다.

NCBI는 수년에 걸쳐 이러한 요구에 적응되었으며, 최근 게놈 자원을 적응되었습니다. 오늘의 팁은 이러한 변화의 일부를 기반으로합니다. 내 동영상에 초점을 맞출 것이다 “완전히 새로 디자인된 게놈 사이트”, 최근에 밖으로 압연 및 발표되었던 가장 최근의 NCBI 뉴스 레터. 나는 변화를 설명하는 간행물을 찾지 못한, 하지만 뉴스 레터 몇 가지 세부로갑니다 게놈 사이트의 상단에서 찾을 발표 (& 나는 비디오에서 연결되는) 변경 사항에 대한 세부 사항을 매우 도움이되었습니다.

당신은 이번 발표에서 볼 수 마찬가지로, the 게놈 자원 최근에받은 변경 사항이 유일한 관련 리소스 없습니다, 에 게놈 프로젝트 리소스의 재설계를 포함하여 BioProject 리소스와 창조 BioSample 리소스. 나는 그 두 리소스에 대한 세부 사항에 갈 시간이되지 않습니다하지만 내 게시물의 끝에 저는 이번 달에 핵산 연구에서 온 두 대의 최근 NCBI 출판물로 연결됩니다 – 이들은 BioProject에 대한 자세한 내용은 읽기 좋은 리소스입니다, BioSample, 그리고 전반적으로 NCBI에. 역사적인 관점에 대한 또 원래 게놈 참조에 대한 링크, 이는 액세스 현재 무료로 생물 정보학에 있으며.

변경 사항 중 일부는 매우 흥미 롭, 그것을 포함 “단일 게놈 기록 지금은 유기체를 나타내는 하나를 위해 게놈이 분리.” NCBI 뉴스 레터 의하면 “주요 개선 prokaryotic에 대한 유기체의 수준에서 더 자연스러운 조직을 포함, 진핵세포, 그리고 바이러스 genomes. 보고서는 핵 무 기나 prokaryotic 기본 genomes의 가용성에 대한 정보뿐만 아니라 organelles과 plasmids 포함. ” 메모도있다는 걸 “때문에 자연 분류 시스템 개편의, 이전 게놈 식별자가 더 이상 유효하지 않습니다. 일반적으로 이러한 게놈 식별자는 이전 시스템에 노출되지 않은 및 프로그래밍 방식의 액세스에 대한 주로 사용되었다. ” 그래서 내가이 다른 NCBI의 리소스에 위임합니다 변경하는지 궁금합니다, 뿐만 아니라 외부 리소스. 내가 아직에 대한 공지 사항을 보지 못했어요, 그래서 그냥 계속 지켜봐야만 & 자주 주위를 확인.

즐겨 팁 & 우리를 보자, 또는 NCBI, 당신이 그들의 변화를 생각하는지 알아요! :)

빠른 연결:

NCBI 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez 게놈 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

참고 문헌:

역사 참조 Entrez 게놈: Tatusova, 토니, Karsch - Mizrachi, 나, & Ostell, Kokocinski. (1999). WWW Entrez에 완료 genomes: 데이터 표현 및 분석 생물 정보학, 15 (7), 536-543 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

바렛, 토니, 클락, 사장님, GevorgyanGorelenkov, 기철, Gorelenkov, 브이, Gribov, 이봐요, E., Karsch - Mizrachi, 나, Kimelman, 엠, 프륏, 사장님, Resenchu​​k, 미국, Tatusova, 토니, Yaschenko, 이봐요, E., & Ostell, Kokocinski. (2011). NCBI에서 BioProject 및 BioSample 데이터베이스: 촉진 캡처 및 메타 데이터의 조직 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1163

세이어, 이봐요, E., 바렛, 토니, 벤슨, 디, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, 미국, Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, 디, DiCuccio, 엠, Federhen, 미국, Feolo, 엠, Fingerman, 나, 기어, 실은, Helmberg, 더블유, Kapustin, Y를, Krasnov, 미국, 촌뜨기, 디, Lipman, 디, 루, 조디악, 미치게하다, 토니, Madej, 토니, Maglott, 디, Marchler - 바우, 대답 :, 제분업자, 브이, Karsch - Mizrachi, 나, Ostell, 제이, Panchenko, 대답 :, 판티엣, 실은, 프륏, 사장님, 슐러, 샷, Sequeira, 이봐요, E., 셰리주, 미국, 셤웨이, 엠, Sirotkin, 사장님, Slotta, 디, Souvorov, 대답 :, Starchenko, 샷, Tatusova, 토니, 와그너, 실은, 왕, Y를, 윌버, 더블유, Yaschenko, 이봐요, E., & 예, Kokocinski. (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

주의 비디오 도움말: Phosida, 포스트 translational 수정 데이터베이스


소개 2 년 전에 주 팁을 했어요 Phosida (Phosida에 대한 링크). Phosida은 인산화의 데이터베이스입니다, 아세틸화, 및 N - 글리코 실화 데이터. 마지막 팁 이후, Phosida은 상당한 성장과 몇 가지 변화를 겪은있다, 훨씬 더 많은 데이터의 추가를 포함하여 (80,000 인산화, 아세틸와 N-당화 사이트에서 9 다른 종) 및 도구 (예측 및 모티프 분석). 당신이 이러한 변경 사항에 대한 자세한 내용을보실 수 있습니다 올해의 NAR 데이터베이스 문제 기사.

ResearchBlogging.org

오늘의 팁은 데이터베이스를 다시 방문하고부터 끝에 이루어졌다 검색을 다시 실행합니다 2009, 카테고리 검색 대신 단백질 검색을 사용하여이 시간.
Gnad, F., Gunawardena, 제이, & 남자, M. (2010). PHOSIDA 2011: posttranslational 수정 데이터베이스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1159

Phosida 빠른 링크: http://www.phosida.com/

배 아래는 일주일의 마지막 팁 자세한 내용의 텍스트를 찾을 수:

계속 읽기

금주의 팁: MycoCosm

MycoCosm 곰팡이 게놈 데이터베이스와 JGI에서 브라우저, 아주 많은 자원의 고향. 이번주의 팁 그들의 비디오 도움말 출신, 어떤 유용. MycoCosm 많은 곰팡이 genomes의 주석 데이터의 브라우저를 포함, KEGG 경로 데이터, synteny 데이터 및 더 많은. 그들의 목록 비디오 도움말 리소스에 대한 소개를 포함, 기능적 주석 브라우저 및 단백질 페이지 소개. 여기에 당신을 얻을 수있는 하나이다 브라우저 시작 (불행하게도, 아니 삽입 기능은 없습니다, 그래서 이미지가 여기 자습서로 이동합니다). 이러한 비디오 도움말은 우리의 평상시보다 오래 아르 5 에 이르는 분 팁 6 분 (소개) 단 이상 30 (브라우저).

금주의 팁: 도전, miRNA 표적 사이트의 데이터베이스

microRNAs 아마도 그들은 유전자 발현과 질환에 큰 영향을 미칠 같은 연구의 풍부한 원천이되었습니다. 인간 게놈은 끝났어 인코딩 수 있습니다 1,000 miRNAs 우리의 목표 유전자의 절반 이상. 그들은 일반적인 질병에 많이 연루 수 있습니다 (어느 아직 GWAS 연구에서 잡혀온 않았?). 그들은에 그것의 유일한왔다 생물학 매혹적인 영역 아르 지난 10 년. 이와 같이, 카탈로그 miRNAs 데이터베이스의 숫자가 커서. 오늘의 팁 새로운 하나입니다, 도전, 어느쪽이야? 곧 NAR 데이터베이스 월호에보고. RepTar이 작성하려고하는 틈새는 알고리즘에서 새로운 연구를 포함하여 miRNAs의 예측은보다 포괄를 얻는 것입니다. 이 새로운 연구는 더 가능한 대상 사이트는보다 이전에 생각 없습니다 제안. 문서에서 언급한 바와 같이,

최근에, miRNA 바인딩 옵션이 '중심 사이트'의 신분으로 추가 확대되었습니다, 둘 다 완벽한 종자 페어링 및 3' - 페어링 보상 대신 miRNA의 중심에 11-12 인접 쌍 따라 목표와 페어 링을 전시 부족 기능성 miRNA 표적 사이트 (4). 어떤 알고리즘 진화 보존 기준을 완화하는 동안 (5-11) 및 / 또는 제공 3' - 보상의 사이트 또한 예측 [g. (6,12,13)], 몇몇 데이터베이스는 패턴을 타겟팅 miRNA의 전체 레퍼토리의 예측을 제공합니다. 또한 날짜, 아무 데이터베이스 바이러스 miRNAs의 세포 표적의 게놈 전체의 예측을 나열. 이러한 miRNAs는 상당한 진화 절약을 부족한 그들의 목표는 반드시 evolutionarily 보존 될 것으로 예상되지 않습니다. 또한, 몇 가지 확인된 바이러스 miRNA 목표 모두 종래의 종자와 3' - 보상 바인딩 바인딩을 보였습니다 [g. (3,14)].

여기에 우리가 마우스와 인간의 유전자에 대한 게놈 와이드 miRNA 예측 대상의 데이터베이스를 제시, 우리의 새로운 목표 예측 알고리즘의 예측을 기반으로, 도전

내가 miRNA 연구자까지 예측 가치를두고 갈 게요, 하지만 난이 사이트를 소개해 줄 알았는데.

내가있을 때, 날 실험실과 연구소까지 중국으로 떨어져에서 몇 가지 다른 miRNA 사이트를 목록에 허용, 이탈리아, 이스라엘, 캐나다와 미국. 아마도 언젠가는 비교를 할거야.

CircuitsDB, 어느 제니퍼어요 주의 큰 끝에 입문서.

miRBase, 이는 우리가 에 대한 입문서 전체 길이.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, 그들은 주석 트랙을 가지고 UCSC 게놈 브라우저
miRNA2Disease
PuTmiR (전사 요인과 관련하여)
microRNAdb:

이 목록은 몇 가지 다른 사람을 잡으려고: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

Elefant, 북아 일, 버거, 대답 :, Shein, 반장님, Hofree, 엠, Margalit, 반장님, & Altuvia, Y. (2010). 도전: 의 데이터베이스 호스트 및 바이러스 miRNAs의 세포 표적 예측 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1233

새로운 NCBI 이미지 데이터베이스

메리 최근 논문을 올렸어 에 대해 우리가 놓친 어떤 때 데이터 마이닝 서류: 인물과 피겨 전설.

입력 NCBI 이미지 데이터베이스. 바로이 새로운 데이터베이스가 이상 포함 3 전체 텍스트 리소스에서 발견되는 만 이미지 (나. PubMed 중앙) NCBI에서. 그래서, 내가 검색을 했어 “drosophila의 phylogeny” 그리고 좋은 이미지와 인물을 발견. 그 결과는 그림을 당겨하지 않습니다, 뿐만 아니라 그림의 전설. 내가 잊어 버렸다고 200 검색 결과. 검색 결과 피겨 제목에 링크가 그림에 직접 데려다. 아래는 전설이 전체 텍스트에 대한 링크를 볼 수 있습니다. 그것은 위대한 시작 검색 인물과 피겨 전설에.

이와 함께, PubMed 검색 결과 지금은 개선됩니다 이 데이터베이스에서 이미지와 (면, 기억, 문서 전체 텍스트 리소스에 있습니다.. 하지만 시간의 경과에 연구가 많이와 출판

NIH의 자금이 그들이되지 않습니다 간다?). 예를 들어, 이 신문에 추상로 이동 “비교 toxicogenomics 데이터베이스에 대한 화학 유전자 - 질병 네트워크의 텍스트 마이닝 및 수동 curation.” 아래로 스크롤 조금, 이 논문의 수치를 나타납니다, 어느되었습니다 가지고 NCBI 이미지 데이터베이스에 입금. 당신은 모든 숫자 또는 서류에 대한 링크로 바로 이동할 수 있습니다.

물론 이죠, 명시된 바와 같이, 모든 기사는 데이터베이스에서 이미지를 가지고되지 않습니다, 단지 그 PubMed 중앙에 입금. 저널하지 않기 때문에 당신은 당신의 검색 많이 본 이미지 스트립이되지 않습니다 찾을 수 없습니다 예치 . 하지만 함께 3 매일 PMC 갈 만 이미지와 더 많은 저널 기사, 이 데이터베이스 및 PubMed의 기능은 매우 유용하다는 것을 증명 수도.

Hattip: APD에 CTD :)

금요일 SNPets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

금주의 팁: 갤럭시 소개

우리는 있었 팁 지난 주 게놈 변환에 은하계를 사용하여 좌표. 내가 원하는 이번주는 당신을 소개 은하 인터페이스. 이 screencast 실제로 은하의 개발자 중 하나에 의해 수행되었다이며 빠르게 소개 인터페이스. 저희는 현재이 도구에 더 이상 소개 갤럭시와 함께 노력하고 있습니다, 하지만 난 당신이 여기에 그것의 맛을 줘야 할 것 같아서. 은하계가 우수한 분석 도구입니다. 그것은 데이터베이스 아니에요, 아니라 도구를 사용하면 다른 소스에서 얻을 수있는 데이터를 분석하고 당신의 작업 흐름과 분석 및 협업을 도와 다른 많은 도구를 저장할 수. (왼쪽에있는 동영상이로드되지 않는 경우, 동영상을 보려면 링크를 시도).

http://usegalaxy.org/

새로운 ASTD에 대한 업데이트된 온라인 자습서, Entrez 단백질 및 MMDB

ASTD에 대한 종합적인 튜토리얼, 단백질을 입력하세요, 그리고 MMDB 데이터베이스는 신속하고 연구를 활성화 효과적으로 이러한 귀중한 유사 리소스를 사용.

시애틀, 웨스턴 오스트 레일 리아 September 24, 2008 — OpenHelix 오늘은 대체 접합과 성적 다양성에 대한 새로운 입문서 스위트의 가용성을 발표했다 (ASTD) 데이터베이스, Entrez 단백질 및 분자 모델링 데이터베이스 (MMDB). ASTD 유럽​​ 생물 정보학 연구소입니다 (EIB) 대체 스플 라이스 이벤트 및 성적 인간을위한 자원, 마우스, 및 쥐 시스템. 단백질을 입력하십시오 생명 공학 정보를위한 국립 센터에서 가져 왔어요 단백질 정보의 포괄적인 데이터베이스입니다 (NCBI). MMDB 구조와 기능을 여러 단백질에 대해 배울 데 사용할 수있는 상세한 주석과 세 차원 단백질 구조의 광범위한 컬렉션을 포함하는 다른 NCBI 자원입니다. 함께이 세 자습서 연구원에게 3 차원 단백질 구조 사본에서 자신의 연구를 수행하는 자원의 우수한 세트를 제공.

튜토리얼 스위트, 단일 구입 또는 모든 OpenHelix 자습서에 저가 연간 구독를 통해 사용할 수, narrated을 포함, 자동 실행, 온라인 튜토리얼, 전체 스크립트와 슬라이드, 유인물과 연습. 자습서와 함께, 연구자들은 빠르고 효과적으로 배울 수 있고 효율적으로 이러한 리소스를 사용하여. 이 튜토리얼은 사용자가 가르쳐 줄거야:

ASTD

  • 신속하고 고급 검색을 수행하도록
  • 유전자 및 성적 증명서 보고서 페이지를 이동할 수
  • 인트론 / 엑손의 경계와 가능성이 규제 단백질 결합 사이트를 예측하는
  • 검색을 수동으로 큐레이터 데이터가 다른 접합에 관한

단백질을 입력하세요

  • 많은 사용 가능한 도구와 옵션을 활용하여 기본 및 고급 검색을 수행하도록
  • 단백질 레코드를 이해하고 악용 당신이 제공하는 많은 내부 및 외부 링크
  • 데이터베이스의 NCBI 네트워크에서 제공하는 자원 중 일부를 탐험, 등 “내 NCBI”

MMDB

  • 모두 기본 및 고급 쿼리 기법을 사용 MMDB를 검색하는
  • 당신이 얻을 상세한 결과를 이해하는
  • 시각화하고 조작하는 구조를 NCBI의 Cn3D 구조적 뷰어를 사용하여
  • 위치와 구조적으로 정렬 homologs를 보려면

이들 및 기타 자습서 스위트룸에 대한 자세한 내용을 찾으려면 방문 OpenHelix 자습서 카탈로그OpenHelix 또는 방문 OpenHelix 블로그 게놈에 최신 정보.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, 당신은 당신이 그것을 필요로 할 때 필요한 유전체학 지식을 제공합니다. OpenHelix은 현재 온라인자가 실행 자습서 및 기관 및 기업에 대한 현장 교육을 제공하는 가장 강력하고 인기있는 무료, 기반 웹, 공개적으로 액세스할 생물 정보학 자원. 또한, OpenHelix가 제공하는 포괄적인 리소스 공급자에 의해 계약을 체결합니다, 장기 교육 및 아웃리치 프로그램.

ZFIN에 새로운 온라인 자습서, SGD, PlantGDB은과 자원을 GBrowse

모델 유기체 데이터베이스 ZFIN에 대한 포괄적인 튜토리얼, SGD과 PlantGDB과 GBrowse, 모델 생물 게놈 브라우저, 연구자들은 신속하고 효과적으로 이러한 귀중한 자원을 사용하도록 설정.

시애틀, 웨스턴 오스트 레일 리아 September 15, 2008 — OpenHelix 오늘 포함한 여러 모델 생물 자원에 대한 새로운 입문서 스위트의 가용성을 발표했다 Zebrafish 정보 네트워크 (댄스), Saccharomyces 게놈 데이터베이스 (SGD) 그리고 식물 게놈 데이터베이스 (PlantGDB) 그리고 GBrowse 또한 자습서를 사용하여 게놈 브라우저. 이들 네 자습서 지금도 MGI에 대한 튜토리얼이 포함되어 있습니다 OpenHelix의 모델 생물 데이터베이스 훈련을 확장 (마우스), FlyBase (drosophila), Gramene (풀밭), RGD (쥐), WormBase 이상이 곧 와서. 모델 생물은 기본적인 생물학과 현대 바이오 메디컬 연구 대한 우리의 이해에 통합되어. ZFIN 데이터의 모음입니다, 도구, 그리고 zebrafish에 자원 (Danio rerio의), 발달 생물학과 유전 연구 및 SGD에 대한 인기있는 모델을 따르는 데이터의 모음입니다, 도구와 분석 중심으로 Saccharomyces cerevisiae가, 일반적으로 베이커로 알려진’ 또는 효모가 신진. PlantGDB 식물 비교 유전체학에 대한 기본 리소스입니다.

또한, OpenHelix가에 튜토리얼이 추가되었습니다 GBrowse, 당신은 주석 데이터와 함께 게놈 시퀀스를 탐험 수 있도록하는 웹 응용 프로그램. GBrowse 빠르게 모델 생물 데이터베이스 사이에서 선택의 게놈 브라우저를지고있다, 브라우저가 있기 때문에 둘 다 아직 보편적인 정의.

튜토리얼 스위트, 단일 구입 또는 모든 OpenHelix 자습서에 저가 연간 구독를 통해 사용할 수, narrated을 포함, 자동 실행, 온라인 튜토리얼, 슬라이드, 유인물과 연습. 자습서와 함께, 연구자들은 빠르고 효과적으로 배울 수 있고 효율적으로 이러한 리소스를 사용하여. 이 튜토리얼은 사용자가 가르쳐 줄거야:

댄스

  • 효과적인 검색을 수행하고 표시를 이해
  • 다각적인 검색어를 사용 고급 검색에 액세스하려면
  • 유전자와 마커의 다양한 데이터베이스를 사용하는, 표현 데이터, 돌연변이 유전자형 / 표현형 세부 정보, 온톨로지, 더
  • ZFIN과 관련된 많은 관련 자료를 조사

SGD

  • SGD 사이트를 탐색, 기초 및 고급 검색 옵션을 찾으십시오, 추가 검색 도구에 액세스하려면 사이트의지도를 사용하여
  • 두 가지 기본 SGD 빠른 및 텍스트 검색 유형을 수행하고 표시를 이해
  • 다양한 도구에서 SGD 로커스 페이지 및 액세스 데이터를 이동할 수, 탭, 및 링크
  • SGD과 관련된 많은 관련 자료를 조사

PlantGDB

  • 빠른 검색을 수행하고 시퀀스 페이지를 탐색
  • 당신의 선택의 여러 식물 종에 걸쳐 폭발 검색을 수행할 수
  • 엑손 / 인트론 유전자 예측 및 시퀀스 정렬을 만들 수
  • 많은 데이터 세트에서 높은 다양한 정보를 표시하는 테이블을 구성하는
  • GBrowse

  • GBrowse의 기본 레이아웃 및 검색 방법
  • 어떻게 게놈 시퀀스에 묶여 상세한 주석 데이터에 액세스
  • 방법을 선택하고 트랙을 사용하여 주석을 사용자 정의
  • 방법을 업로드하고 자신만의 데이터베이스 또는 기타 외부 데이터 원본을 통합
  • 모델 생물 데이터베이스에서 다른 GBrowse 설치의 둘러보기

이들 및 기타 자습서 스위트룸에 대한 자세한 내용을 찾으려면 방문 OpenHelix 자습서 카탈로그OpenHelix 또는 방문 OpenHelix 블로그 게놈에 최신 정보.