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Grinstein on dataviz at VIZBI.

Video Tipp der Woche: Weave, Web-based Analysis and Visualization Environment

Auf der jüngsten Discovery On Target conference, a workshop on data and analytics for drug discovery contained several informative talks. This week’s Video Tip of the Week was inspired by the first speaker in that session, Georges Grinstein. Not only was the software he talked about something I wanted to examine right away (Weave)–his philosophy on visualization of data was so in line with my informal thoughts on the topic that I just connected with it immediately. Aber auch–stay for the “Lebenswerte” down below.

Grinstein on dataviz at VIZBI.

Grinstein on dataviz at VIZBI.

Grinstein has been working on dataviz for a long time. And he’s been working with big data since long before big data was trendy. For some of his background and philosophy, check out this talk at a VIZBI conference. Because so many of the problems are the same across big data types, the software that he’s been working on could really be useful for the new issues facing big data in biology. But I don’t know that I’ve heard about it among the genoscenti just yet. (In this talk he also covers RadViz, a radial visualization tool that some folks might find useful. It was also mentioned in the workshop.)

One of the key things that he wanted us to take away from the workshop was that we need to offer people multiple, interactive visualizations for them to get the most of out the data. This is something I’ve been looking for quite a bit. I fell in love with an early version of the Caleydo stuff for exactly this reason. But I understand that it can be tricky.

Weave, or the Web-based Analysis and Visualization Environment, gets closer to this with super responsiveness than I’ve seen elsewhere. This week’s Video Tip is a short intro to this platform, but I’ll link you below to a longer form that you should watch if you want to dive into this tool. Here you’ll see that just by dragging a CSV file in, you can then set up a scatter plot, bar chart, parallel coordinates, a color histogram, and a table. In seconds. Wirklich.

This brief intro doesn’t do full justice to this tool, natürlich. Ich schloss die Weave-users discussion group and found a recent webinar recording that you should watch. But you’ll have to grab it from the group, it doesn’t appear to be stored on a video platform site (search for the thread called IVPR Update on Weave Monday 3/23). It goes into more detail on the features, natürlich. And sharing data, and reproducibility of the visualizations with the session history options.

I downloaded the Weave Desktop and ran it on my little system. I grabbed some transcription factor score data from the ENCODE project with the UCSC Table Browser, got it in csv format, pulled it in, and within seconds was looking over all the data on the X chromosome for this TFBS I was interested in. Clicking an item in my table highlighted it in my histogram. And that was just to kick the tires. According to the video, you could have had a tile of Cytoscape (because you can integrate with Cytoscape–I didn’t get that far yet though) and checked out interaction data as well. Although I mention Cytoscape because readers here probably know it, that’s just one of the linkable tools. R is embedded, and other stats tools, and you can modify your scripts right from Weave. Some of these additional features may be part of the Analyst Workstation sub-project. I couldn’t always tell which tool had which features in my early explorations.

But if there’s one thing I’d like you to do after reading this post (if you read this far) ist look at this paper that is just out. As I was noodling on Weave, I thought to myself that it was PERFECT to create the kind of “Lebenswerte” that I want to see in more papers. Now go see Dynamic Data Visualization with Weave and Brain Choropleths. I don’t care if you aren’t interested in brain choropleths–go look at the figures. In each one, there’s a link to a Weave demo, so:

Weave demo PLOS

Click on those demos to load them. You can be interacting with the data on the brain maps, with pre-set Weave tiles of different features of the data set for you. Open the gears icons to change the settings. Now imagine this with gene expression maps in C. Eleganz Körper. Or with transcription factors and scores in mouse embryos. Or Venns with big piles of GO terms (but what I really want there is Verärgert ohnehin). Or any of a dozen other types of data we get in big data papers now that are really impossible to explore in traditional publication format. I want this for genomics papers in the future, okay?

This software has a lot of potential for analysis, Visualisierung, and sharing of data. I can’t cover it all in a brief blog post. The Weave team has thought carefully about sharing with colleagues, reusable templates, and provenance of data, and all this is built right into to this tool. If you are analyzing data for others, you can set up dashboards for them to see specific views. See their help and info docs for more details, and check out the longer videos in the forum. I think it would connect with a lot of people–and could benefit the genomics community greatly. Werfen Sie einen Blick. I think you’ll like it.


Weave: http://iweave.com/

GitHub: https://github.com/WeaveTeam

Weave-users discussion: https://groups.google.com/forum/#!forum/weave-users

Weave desktop: http://info.oicweave.org/projects/weave/wiki/Installer

More videos, Weave IVPR channel: https://www.youtube.com/channel/UCXJrO9cug3c7B7eRJSwZ4vQ


Patterson, D., Hicks, T., Dufilie, A., Grinstein, G., & Plante, E. (2015). Dynamic Data Visualization with Weave and Brain Choropleths PLoS ONE, 10 (9) DOI: 10.1371/journal.pone.0139453

Daniels, K., Grinstein, G., Russell, A., & Glidden, M. (2012). Properties of normalized radial visualizations Information Visualization, 11 (4), 273-300 DOI: 10.1177/1473871612439357

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Prioritäten, wenn die Arbeitsplatz ist in Brand:

Freitag SNPpets

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  • Warten Sie, wo ist das $100 Genom genau? Ich muss einen Tweet verpasst haben irgendwo RT @deanhendrix: Wenn wir können, eine Sequenz des menschlichen Genoms für $100, warum können wir nicht offen für die Veröffentlichung $100? http://t.co/JUIg5HnZ via @ thePeerJ # # OpenAccess cmonnow [Mary]
  • RT @ Genetics_blog: NAR: Die meisten konservierten nicht-kodierenden Sequenzen sind regulatorische Bindungsstellen http://t.co/kcFwPeZ7 #Bioinformatik [Mary]
  • RT @ Bffo: Sehr cool, Zystoskop neue App Store http://t.co/u8gbLiAk #Bioinformatik [Mary]
  • Heh–Messe Punkt: RT @ Phylogenomik: Am Ende @mjpallen sagt “Radio hat neben TV überlebt” in Bezug darauf, wie traditionelle Mikrobiologie wird neben Genomik # SAMG12 überleben [Mary]
  • RT @ Mem_somerville: Suchte sich alte Geschichte, erkannte, dass Krankenschwester, Bis, Collins haben alle Motorräder. Willst du sehen, wie sie rasen. (muss ein Gen…) [Mary]
  • @ OpenHelix: RT @ genome_gov: #Mikrobiom Kartierung der menschlichen Mikrobiom produziert Einblicke, Überraschungen. http://t.co/TYiXCvgX [Mary]
  • Und dann… RT @ Matthewherper: War die menschliche Microbiome Project A Waste of Money? – Forbes http://t.co/Crb9eFzo via @ ShareThis [Mary]
  • Und dann…snorf:
  • Oooh Junge: RT @drbachinsky: Hay Festival 2012: Dull mittleren Alters Wissenschaftler sollten nicht bekommen Zuschüsse, sagt DNA-Pionier James Watson via @ Telegraph http://t.co/1iGAfFof [Mary]
  • Ich möchte Photosynthese. RT @ Argent23: Die nächste Wendung in der Geschichte Elysia. Scheint, wie >50 Algen Chloroplasten-Gene wurden in der Schlacke Genom übertragen! http://t.co/fDJ4iJYa [Mary]

Special Bonus Artikel: wenn die Wissenschaft hatte Boulevardzeitungen—Sie gehen müssen sehen, Francis Collins und Fred Sanger “Hot Pics!” http://fakescience.tumblr.com/omgscience

Video Tipp der Woche: GenomeSpace, ein Integrator von Integratoren

Kürzlich, der Broad Institute angekündigt ein neues Tool: GenomeSpace. Als ich das erste sah es an, zugegebenermaßen ein sehr flüchtiger Blick, Ich war nicht sicher, wie es wäre viel anders als ein Integrator von Tools wie Galaxy oder Genmuster. Offensichtlich, dass flüchtiger Blick war auf den ersten Blick falsch, da beide Galaxy und GenePattern in ihrer Liste der sind Werkzeuge, die unterstützt werden. Also, was ist GenomeSpace? Nun, Sie können die Antwort lesen Sie hier auf ihre “Was ist GenomeSpace” Seite :). Im Grunde, GenomeSpace hat mehrere Funktionen. Als hier beschriebenen, “GenomeSpace unterstützt verschiedene Methoden der Bioinformatik, alles integriert, um leichte Zugänglichkeit ermöglichen, einfache Konvertierung, und reibungslosen Austausch.” Es ist ein Raum (dadurch, dass jede Ausweitung Amazon-Cloud) Das erlaubt Ihnen, Ihre Dateien zu speichern und, wichtiger, GenomeSpace ermöglicht es Ihnen, diese Dateien nahtlos zwischen den Werkzeugen bis hin zu komplexen vervollständigen, oder einfach, Analysen. Erreicht wird dies durch die automatische Umwandlung von Dateiformaten und ermöglicht dem Benutzer, deren Konten bei den Werkzeugen Wert auf ihr Konto bei GenomeSpace, Dadurch sollen die Notwendigkeit, in mehrfach anmelden, wenn Sie mehr als ein Werkzeug.

Um eine gute Vorstellung davon, was GenomeSpace Möglicherweise können Sie für einen Forscher zu tun bekommen, Besuche die Rezepte auf der Website. Als Anton Staaten:

GenomeSpace ist eine Integration von Integratoren,"Said Nekrutenko. "Der Nutzen für den Anwender ist, dass dies zusammen bringt unverwechselbare Sammlung von Funktionalitäten, die von einzelnen Werkzeugen angeboten."

Die Seite ist neu, und nur in der Beta. Sie erst vor kurzem aus ihrer Registrierung invite-only-Bühne eröffnet. Als solche, Es gibt einige Fehler und einige Funktionen, die nicht ganz voll ausgelastet. Zum Beispiel, Das Galaxy und UCSC Table Browser-Integration ist mit den Test-Versionen dieser Tools während der Beta. So, zum Beispiel, Ihr Konto bei Galaxy werden nicht anerkannt, wenn sie versuchen, dieses Konto mit GenomeSpace verlinkt werden. Ich musste einen neuen Test auf der Website zu erstellen. Und, wenn Sie gehen auf die öffentliche Version der Tabelle Browser, es wird anders aussehen (keine Verbindung zu GenomeSpace, da es auf dem Testgelände). Derzeit sind sieben Werkzeuge, mehr zu kommen.

All das beiseite, es ist definitiv ein Tool zum kennen lernen. Und mit diesem Gedanken, wir einen kurzen einleitenden Spin mit mir in dieser Woche die Spitze Video um eine Vorstellung davon, was Sie vielleicht in der Lage sein zu tun bekommen.

Quick Links:

UCSC Table Browser (OH-Tutorial)
Galaxy (OH-Tutorial)
Cytoscape (OH-Tutorial)

Broad Institute


Was ist die Antwort? Cytoscape Plug-Ins

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Frage der Woche:

Cytoscape Plug-in zum Abrufen von Protein-Protein-Wechselwirkungen

Ich möchte herausfinden, alle Interaktionen innerhalb einer Gruppe von rund 200 Menschliche Proteine. Die Kennungen ich verwenden können, sind gene_name, Uniprot_accession und Uniprot_Ids. Bisher habe ich versucht, zwei Plugins nämlich. MIMI und APID2NET.

MIMI scheint nicht zu akzeptieren 200 Proteine ​​in einem Rutsch, so habe ich die Netze verschmelzen. APID2NET zeigt zu viele Knoten ohne Interaktionen. Die STRING DB zeigt ziemlich viele Interaktionen, für die MIMI/APID2NET nicht melden, nichts.

Ich habe versucht, die STRING-Plugin zu, aber es sieht aus wie eine ID zu einem Zeitpunkt annehmen kann. Bin ich etwas fehlt hier?

Kann jemand empfehlen, ein paar gute und problemlose weniger plugins / Tricks PPIs importieren. Ich habe anschließend ein Bingo-Analyse zu tun.

Vielen Dank im Voraus


Obwohl die meisten Menschen in dieser Arena sind vertraut mit Cytoscape, es kann schwierig sein zu wissen, welche spezifischen Plug-Ins ist vielleicht das beste für einen bestimmten Zweck. Eine der coolen Dinge über ein Forum wie BioStar ist, dass es eine Reihe von Leuten, die viel Erfahrung mit den Werkzeugen aus so vielen verschiedenen Projekten, die oft jemand hat ein bisschen von Leitlinien für die Dinge, die hatten (oder nicht) Arbeit.

In diesem Fall, dass jemand bot einen Vorschlag, dass die Rechnung genau zu passen schien! Schauen Sie sich die Antworten, und beachten Sie die ausgewählten () Antwort zu sehen, die es. Es ist ein Werkzeug, das ich in der Vergangenheit aufgefallen, weil es das erste Bioinformatik-Tool, das ich gesehen hatte, war das kam aus Kuba und ich dachte, das war cool–BisoGenet.

Aber wenn Sie andere Vorschläge haben, können Sie auch ihnen am BioStar.

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Guest Post: iRefWeb - Andrei Turinsky

Die nächste Stelle in unserer fortschreitenden semi-reguläre Gastbeitrag Serie von Andrei Turinsky, einer der Entwickler von iRefWeb. Sie sind Anbieter eines kostenlosen, öffentlich zugänglich Genomik Werkzeug, Datenbank oder eine Ressource und möchte etwas zu den Benutzern unserer Bewertung der Post Feature vermitteln, Bitte zögern Sie nicht uns bei wlathe AT openhelix DOT com oder kontaktieren das Kontaktformular (write 'Gast-Beitrag’ als Schlagwort). Wir begrüßen Einführungen in die eigene Seite, Informationen über Updates, Highlights der wenig bekannten Edelsteine ​​oder Meinung Stücke über den Stand der Genomforschung und Datenbanken.

Was ist iRefWeb?

Protein-Protein-Wechselwirkungen (PPI) sind zu einem wichtigen Werkzeug in der biomedizinischen Forschung. Doch die PPI-Daten für einen bestimmten Organismus neigen dazu, über eine Reihe von verschiedenen Datenbanken verteilt werden. Vergleich und Integration von Informationen über Datenbanken PPI bleibt eine anspruchsvolle Aufgabe.

iRefWeb (Turner et al. (2010) Database, Flug. 2010, Article ID baq023.) ist ein Web-Interface zu einer breiten integrierten Landschaft von Protein-Protein-Wechselwirkungen (EPI). Für ein gegebenes Gen oder Protein, Sie können auf alle PPI Aufzeichnungen und Protein-Komplexe, konsolidiert nicht redundant aus zehn großen öffentlichen Datenbanken: BIND, BIOGRID, CORUM, DIP, IntAct, HPRD, MINT, USWIRKUNGEN, MPPI und OPHID. iRefWeb stellt auch verschiedene Nachweise, Ihnen helfen zu beurteilen, die Zuverlässigkeit einer Interaktion. Vielseitige Suchfilter können Sie die PPI mit einem bestimmten Maß an Unterstützung abrufen. Andere Funktionen erleichtern die Analyse möglicher Unstimmigkeiten über PPI-Daten und die Prüfung der PPI Statistiken. Datenkonsolidierung Verfahren effektiv kombiniert redundante Datensätze mit Hilfe der iRefIndex Prozess (Razick et al (2008) BMC Bioinformatics 9, 405.).

Abbildung 1: Die iRefIndex Prozess aggregiert 916,059 PPI Originaldaten aus-Source-Datenbanken, 75% davon waren überflüssig. Die Konsolidierung fusionierte die redundante EPI, Verringerung ihrer Anzahl vierfacher (orange). Nur 232,612 EPI waren nicht-redundanten (blau)

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Freitag SNPpets

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  • Ein Plugin für wordcloud Cytoscape wird nun aus dem Labor zur Verfügung Gary Bader. Lesen Sie eine Beschreibung von ihm und laden Sie es auf diese Seite. [Jennifer]
  • Undergraduate Guide to R von Trevor Martin; hat tip to Storey Lab für die. [Mary]
  • Cool Ressource, hat tip to James: “Gerade entdeckt MorphBank, eine Datenbank der Creative Commons lizenzierte Bilder von biologischen Proben: http://www.morphbank.net” [Mary]
  • Klinische Studien für “Pingelig Essen bei Erwachsenen” (ADF) – Lesen Sie eine Beschreibung und füllen Sie die Umfrage, Sie sind 18+ Jahre alt, ein “wählerischer Esser”, und treffen Sie andere Kriterien. [Jennifer]
  • GenAge: Alternde Gen-Datenbank. Gefunden via Tweet von dieser attilacsordas, deren Code wurde offenbar bei der Durchführung dieser beteiligt. (Ich wette, dass wird noch heißer als ein Thema, wenn sich Boomer ihre Genome sequenziert…) [Mary]

I ♥ Freundes

OK, Ich weiß, sie sind nicht die sexy Grafiken in der Biologie–ja, Sie 3D-Proteinstruktur Geeks haben, dass sich. Sie sind eine ziemlich geradlinige Darstellung der Zahlen von Elementen in einer Gruppe und die Überlappung. Aber ich habe immer gefunden, sie wirklich schnell geholfen ich versuche, Ergebnisse der Listen von Dingen, die ich auf gearbeitet haben könnten, zu beurteilen bin.

So bequem genug Ich habe eine Bekanntmachung über ein neues Werkzeug Venn heute–und es ist ein Cytoscape Plug-in. Das ist ein Beispiel für eine der Komponenten, die sich auf der rechten. Und ich zufällig auf das Update zu arbeiten für unsere Cytoscape Tutorial diese Woche (Abo), so werde ich in der Lage sein, um es in unserem Tutorial hinzufügen. Sowieso, hier ist der Hinweis, wie es in der gesamten kam Cystoscape-announce Mailing-Liste:

Cytoscape Plugin für Venn-Diagramm, Version 0.2 ist erschienen.

Das Plugin bietet ein Diagramm anzeigen und eine Detailansicht für den Vergleich von zwei vor vier Cytoscape Gruppen zu einem Zeitpunkt.

Projekt-Website http://www.dishevelled.org / Venn-cytoscape-plugin

Downloads http://sourceforge.net / projects / zerzaust / files / Venn-cytoscape-plugin

Screencast http://www.youtube.com / watch?v = UtoW0nVwOV4

Dieses Plugin ist für Cytoscape Version 2.7.0 nur, eine inkompatible Änderung wurde in Version 2.8.0 Cytoscape-beta gemacht, die nicht behoben wurde oder um noch gearbeitet.


Und sie bieten sogar einen Screencast auf sie. Schauen Sie sich die interaktive Kapazität des–ein Segment Ihrer Venn wird wieder in Ihrem Netzwerk / Weg Fenster hervorgehoben. Wie nifty. Made my Morgen!

Gibt es noch andere Venn Tools gibt, die Menschen und verwenden wie?

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  • Eine kubanische Bioinformatik-Gruppe kündigt Updates für ihre Cytoscape Plug-in. “Ein neues Update von SysBiomics Datenbank ist fertig. SysBiomics enthält die Daten Fütterung BisoGenet Netzwerk Bauprozess; es war mit zuletzt Versionen von Protein-Protein Interaktionen Quellen aktualisiert (DIP, BIOGRID, HPRD, MINT und intakt), GO und KEGG Datenbanken sowie die neuesten Informationen über Gene eine Proteine ​​bilden Entrez Gene und UniProt.” Bioinformatik-Gruppe http://bio.cigb.edu.cu / Cool–Ich denke, das ist das erste Tool, das ich wissen aus Kuba. [Mary]
  • “Im Oktober ist “Nature Genetics”, und just in time für Kuchen-Herstellung: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …aber wo ist das Gen, das den Arzt fernhält?” [Trey, via a colleague’s email :) ]
  • Cool neuen Standort auf der Geschichte der Impfstoffe. Hat Spitze zu Tara auf Ätiologie. [Mary]
  • RT @ Kshameer: RT: @ Suganthibala: 200 exomes resequenced, finden viele seltene nonsyn SNPs http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #Genomik # Bioinformatik [Mary]