Tag Archives: CRISPR

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Freitag SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, Schaf, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, obwohl, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


And why I want gene drive mosquitoes:

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Diese Woche gibt es einen tatsächlichen Aufruf zum Handeln in der Tweets,,en,wieder für den Käse und pomegranite Genom,,en,Faszinierendste Geschwätz war diese Woche das alte Pflanzengenom Material an der Unterseite,,en,Ich versuche den Leuten zu sagen, wie weit vor der Landwirtschaft in der Genomik-Anwendungen,,en,menschliche Forscher,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Ein massives neues Projekt zielt darauf ab, zu sequenzieren,,en,Pflanzengenome in,,en,Wir müssen über Gentechnik auf Diskussion über,,en,@Kommentar,,en,Intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,wurde auf eine Weise arbeiten zu visualisieren,,en,Bearbeitungen mit,,en,ggjoy,,no,und paarweise Alignments,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Wirklich–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Danach, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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This Friday includes a range of topics, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. Los geht!


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This week’s SNPpets include the highly topical human migration issues–those that weren’t prohibited by the White House, mindestens. Speaking of charged issues–the NAS releases the CRISPR-human editing report next week. Auch in dieser Woche–human food crop resources and papers. Quinoa! But one that’s truly key for science is the coffee genome, natürlich. I’ll bet a disproportionate amount of science world-wide relies on caffeinated grad students. Auch: sequencing Filbert. Not the nut. I love crowd-funded genome projects. And I added a nice graphic of clinical mutations that could be useful in public outreach situations. I’m getting more and more interested in doing that.


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This week’s SNPpets include The Economist and C&EN cover gene editing in different but useful ways, new software for metagenomics, stranded RNA-Seq, the new CDC Public Health Genomics Knowledge Base, IGB Papier, Docker getting attention in biology, FDA precision medicine workshops, a nice popular press version of the ExAc (Exome Aggregate Consortium) Geschichte, and the heresy of Keith Robison who doesn’t hate Excel enough.


Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


https://twitter.com/chris_dag/status/641672663493033984

Was ist die Antwort? (woolly mammoth ORFs)

This week’s highlighted question was interesting to me in a couple of ways. It was a good question about the recent analysis of the woolly mammoth genome, making it a nice example of post-publication discussion. But mostly I just loved the chatter about issues and challenges around extinct organisms and their sequences. We are living the in the future now. And that’s so awesome.


Biostars ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Biostars_logo Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei Biostars, die relevant für unsere Leser (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei Biostars.


Frage: Where are the mammoth’s ORFs?

Not sure if anyone from the Swedish Museum of Natural History is on this forum but does anyone know any plans to process the bam files from http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERP008929 into something we can actually use for looking at protein evolution? Might Ensembl eventualy pick up the data for their pipeline Emily_Ensembl ? and/or the NCBI ? This is not the first time journal editors allow a new genome paper without the genome in question being in any usable form for biologists

“Complete Genomes Reveal Signatures of Demographic and Genetic Declines in the Woolly Mammoth”

http://www.citeulike.org/user/cdsouthan/article/13590852

cdsouthan

I loved Emily’s explanation, and this part: “…mammoths have no active transcription…”. I thought to myself, gut, not yet. The Plan to Turn Elephants Into Woolly Mammoths Is Already Underway. George Church and CRISPR are on the way back to the future already.

Video Tipp der Woche: CRISPRdirect für Bearbeitungswerkzeuge und Off-Target-Informationen

Great RCSB PDB molecule-of-the-month page on CRISPR

Große RCSB PDB-Molekül-of-the-Monats-Seite auf CRISPR

Genome Bearbeitungsstrategien sind sicherlich ein heißes Thema in der letzten Zeit. Wir waren erstaunt über den Verkehr, die Animation des CRISPR / Cas-9-Prozess vor kurzem zog auf den Blog. Es gibt eine riesige Menge an Potenzial für neuartige Untersuchungen und Eingriffe in die menschliche Krankheitssituationen–aber ich bin schon da Anwendungen in der Landwirtschaft voran. Es gibt eine bearbeitet Raps in Kanada schon. China hat Weizen bearbeitet für Krankheitsresistenz. Es ist ein Projekt im Gange, Hörner von Rindern zu entfernen–indem lediglich schnippeln, ein bisschen von Sequenz mit Talens / ZNF Strategien. Sie haben bereits erstellt Rinder mit bearbeiteten Myostatin Auch.

Um diese Arbeit zu begleiten, neue Software-Tools wurden entwickelt, um Design-Zielsequenzen zu helfen und zu evaluieren Off-Target-Situationen. Beide TALEN Ziel Software-Tools existieren, und CRISPR Werkzeuge existieren. Zu diesem Beitrag werde ich auf die sich nur einer der CRISPR Tools, aber ich werde ein paar andere auch Liste. Einige Websites haben beide Optionen in ihren Software-Tools integriert. Einige werden eine kleine Auswahl an Arten haben, einige haben größeren Sets. So Teil der Auswahl eines Werkzeugs über die es unterstützt Genome fragen. Künftig Tipps kann man einige der anderen erkunden. Es gibt so etwas wie eine Flut dieser Werkzeuge kommen zusammen, und ich werde auch weiterhin um sie zu erkunden.

Diese Woche im Fokus ist CRISPRdirect. Eine japanische Gruppe hat dieses Tool zum Erzeugen einer Führungssequenz und zur Bewertung von potenziellen Off-Target Aktivitäten erstellt. Das Einführungsvideo (mit Musik, und mit englischen Anmerkungen, um die Funktionen zu vermitteln) geben Ihnen einen Überblick über die Funktionen.

Es scheint eine einfach zu bedienende Oberfläche sein, mit effektiven Organisation der Ergebnisse. Sie haben eine schöne Reihe von Arten zu untersuchen,–nicht nur ein Teil der Säugergenomen, aber Fisch, Huhn, Wurm, Pflanzen, und Hefe zu. Es gibt eine grafische Anzeige-Komponente und eine einfache Exportoption sowie.

Also habe ich über ein paar Werkzeuge in meiner Suche kommen, aber wenn Sie Favoriten zögern Sie nicht, um sie unten in den Kommentaren hinzufügen. Ich werde auch weiterhin in dieser Werkzeuge und werden versuchen, andere in der Zukunft hervorheben.

Quick-Link:

CRISPRdirect: http://crispr.dbcls.jp/

Ein paar Links zu anderen Tools, die ich habe in gesucht:

E-TALEN: http://www.e-talen.org/E-TALEN/

E-CRISP: http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

TAL-Effektor Nucleotide Targeter 2.0: https://tale-nt.cac.cornell.edu/

Prognose: http://baolab.bme.gatech.edu/Research/BioinformaticTools/prognos.html

ZiFiT Targeter Software (SPRACHEN / ZNF / CRISPR Unterstützung): http://zifit.partners.org/ZiFiT/

Cosmides: https://crispr.bme.gatech.edu/

CRISPY (spezifisch für CHO-Zellen): http://staff.biosustain.dtu.dk/laeb/crispy/

Referenz:

Naito Y., C. Hymne, H. Anleihe & C. Ui-Tei (2014). CRISPRdirect: Software für die Gestaltung CRISPR / Cas Führer RNA mit reduzierten Off-Target-Websites, Bioinformatik, DOI: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu743

Genome Editing mit CRISPR-Cas9, nette Animation

Habe ich diesen über meinen Twitter-Feed den anderen Tag kommen, und als ein netter Freitagnachmittag Umleitung I posted es Google . Ich war überrascht, wie beliebt es war. Also dachte ich,–Hey, Ich habe einen Blog zu. Sagen wir es dort…. Also schnappen Sie etwas Kaffee und beobachten, eine schöne sanfte Weise Ihre Montag den Weg zu bringen.

Diese Animation zeigt die CRISPR-Cas9 Verfahren für die Genom Bearbeitung - eine leistungsstarke neue Technologie mit vielen Anwendungen in der biomedizinischen Forschung, darunter das Potenzial, menschliche genetische Krankheit zu behandeln. Feng Zhang, führend in der Entwicklung dieser Technologie, ist ein Mitglied der Fakultät am MIT, ein Ermittler am McGovern Institut für Hirnforschung, und ein Kernelement des Broad Institute. Weitere Informationen sind auf Prof gefunden werden. Zhang-Website unter http://zlab.mit.edu .

Bilder und Filmmaterial mit freundlicher Genehmigung von Sputnik Trick, Broad Institute des MIT und Harvard, Justin Knight and Pond5.

Das Publikationen Seite am Zhang Labor hat einige schöne Beispiele für CRISPR, einschließlich Knockin maus mit Krebs Modellierungsanwendungen. Ich habe Sinn, um das zu bekommen, aber nicht über ein Abonnement zu Zelle haben, damit war praktisch.

Referenz:
Platt R., Sidi Chen, Yang Zhou, Michael J. Acht, Lukasz Swiech, Hannah R. Kempton, James E. Dahlman, Oren Parnas, Thomas M. Eisenhaure, Marko Jovanovic & Daniel B. Graham & (2014). CRISPR-Cas9 Knockin-Mäuse für Genome Editing und Krebs Modeling, Zelle, 159 (2) 440-455. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.014