标记档案: 比较基因组学

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星期五SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as 泊坞窗, 探索. Reports of a serious 高炉 bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. 而更多的.


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病毒,抗木薯 (和一些软件的使用,到那里)

我一直很感兴趣,植物基因组项目,它已经很高兴地看到他们带来这么多有趣的论文,最近–最近上 番茄的基因组 甚至更多 玉米分析. 一样,因为它是有趣的个人基因组人类基因组肚脐睐, 重要的是去治疗人类疾病–植物基因组学的项目,可以帮助大量的人的基本营养. 和这些不只是保险的西方人. 我想更好地资助植物基因组学和 不会受到威胁…向下.

所以很高兴看到对这类项目的一些宣传. 我的 CLCBio通讯链接到一个美好的故事和视频 抗病毒木薯项目 (VIRCA). 来自美国和非洲的团队下工作的主要威胁,现在这是一种植物–但它是一个小农的主要食物源. 这在纽约时报文章从几年前就这一问题提供一些背景, 并显示感染了病毒的可怕结果的照片: 病毒肆虐非洲木薯植物. 在视频中,你会注意到,他们强调,这不是一个企业的农业项目–这将是为农民免费提供.

他们提到,他们使用CLCBio的软件,以帮助–很少有没有人在这些项目突出软件, 我微笑!

基因组项目看起来像什么植物的一些很好的意见,看视频, 但一定要 检查出额外的项目细节 超过在CLCBio页. 如果不格式化的权利, 在那里你可以观看过的视频.

一周的视频提示: MizBee共线性浏览器

我在一周的最后提示,我真的很高兴有机会看到从纸质数据设置一个自定义GBrowse, 但它也提醒目前一些策略的局限性,我们正面临的可视化. 在这种情况下,我想的事情之一是能够以可视化核基因 + 与线粒体基因的表达 + 表达. 现在有没有办法做一个图形浏览器,可以轻松地 (据我所知).

改进的可视化策略,提供更多的灵活性正在浏览的功能, 和规模达目前的数据洪水, 都是必要的. 所以,当我发现这对一组做可视化的鸣叫我很好奇:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: 退房Miriah迈耶的生物信息学##DataViz公司的工作, http://t.co/xo5Ei7K (经@ FILWD)

这周是由迈耶团队产生的视频提示, 您可以单击该图像到页面,在那里你可以看到它.

Miriah梅耶的研究小组有一些有趣的可视化项目正在进行. 这里列表: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . 该 MizBee 探讨同线关系的工具,以图形,是电影的具体重点, 但你会看到有其他工具,以及.

接近, 大小, 方向和相似性,可以与可视化 MizBee共线性浏览器 工具, 视频显示如何与浏览器和审查功能和地区的利益.

我也好奇的 MulteeSum项目. 我在想,如果从线粒体项目空间数据 (核与线粒体) 各种组织可以做这. 它可能会在功能,我想比较直观,非常酷的工作. 在其论文中的例子显示了在果蝇胚胎,这是非常吸引人的表达. 该 Pathline工具 可能提供了另一种方式来做到这一点.

我们很高兴地看到这些管理和可视化的数据量很大的努力. 我想如果我是能够做到这一点,这将是一个伟大的地方,沉浸得到的东西,为未来的真正关键另一个博士后.

快速链接:

迈耶的集团项目: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

MizBee专门: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

参考文献:

迈耶, 米, Munzner, 吨, & 普菲斯特, ħ. (2009). MizBee: 多尺度共线性浏览器 IEEE可视化和计算机图形学, 15 (6), 897-904 分类号: 10.1109/TVCG.2009.167

迈耶, 米, Munzner, 吨, DePace, 答:, & 普菲斯特, ħ. (2010). MulteeSum: 比较的空间和时间的基因表达数据的工具 IEEE可视化和计算机图形学, 16 (6), 908-917 分类号: 10.1109/TVCG.2010.137

迈耶, 米, 黄, 二, Styczynski, 米, Munzner, 吨, & 普菲斯特, ħ. (2010). Pathline: 比较功能基因组学的工具 计算机图形学论坛, 29 (3), 1043-1052 分类号: 10.1111/j.1467 - 8659.2009.01710.x

提示的周: 使用广场的植物比较基因组学

ResearchBlogging.org广场, 植物比较基因组学的资源, 已大大超过满足眼. 目前,数据库比较工具和数据,近 2 十几个植物包括单子叶植物, 双子叶植物, 苔藓和藻类. 有一些明显的工具和网页的数据, 但我建议你看一下在 文档教程, 你会发现有很多,一旦你开始钻研它. 在此提示, 我会走,虽然从一个特定的分支系统发育的基因家族的说明,这里有很多,起初你可能看不到.

广场: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

草比较基因组学,你可能也想看看 Gramene (教程, 订阅) 和一般的比较基因组学, 查看 (教程, 免费) 是一个很好的资源也.

干杯, 学, 贝尔, 米, Sterck, 属, Billiau, 光, 凡帕瑞, 吨, 同行, 华, & Vandepoele, ç. (2009). 广场: 一个研究基因在植物基因组进化的比较基因组学资源 植物细胞在线, 21 (12), 3718-3731 分类号: 10.1105/tpc.109.071506

提示的周: 抢 (比较基因组) 重新

我做了 CoGe的工具提示, Gevo公司 大约两年前,我们曾经经历过 从Eric里昂访客发表关于CoGe, 导致开发商 短短一年多前. 在我们正在进行的和偶尔的任务,以保持新鲜的秘诀 (并将其移动到 SciVee), 我决定重新CoGe和他们的工具之一. CoGe已经改变了一点,因为我们上次访问 (看到一些 变化在这里). 有一个新的接口, 更多的文档和更多的教程, 一些新的工具和互连和有更多的基因组. 我要给简要介绍SynMap的,并打算用它做一个基因组重排分析 (一个主题 文字教程 在现场).ResearchBlogging.org

在这个例子中选择的算法是配额对齐,这是最近的一篇论文的题目, “筛选通过在成对的基因组comparisions的同线性整数规划块” BMC生物信息学. 由于纸的结论国家:

配额对齐算法屏幕的共线性块设置为与指定的用户,只保留那些兼容的两个基因组之间的关系套数. 这些块, 反过来又, 可用于种间比较,找出真正的同源地区,如额外的下游分析.

并如上所述, 你会看到在这个技巧, “配额ALIGN程序也被整合为主要成分的SynMap http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, 对于非程序员提供更容易获得数以千计的基因组.
唐, 阁下, 里昂, 大肠杆菌, 佩德森, 二, 施纳博教授, j的, 百德新, 答:, & Freeling, M. (2011). 筛选通过在成对的基因组比较的共线性块整数规划 BMC的生物信息学, 12 (1) 分类号: 10.1186/1471-2105-12-102

提示的周: 情节点, 共线性在Vista

Vista已经增加了几个新的特点 到了自己的比较基因组学的重要资源, 点图和同线性浏览器. 他们都是优秀的功能和补充, 但他们还没有很容易找到的网页. 今天的小费,我要告诉你他们在哪里,看看他们做什么快速查看. 如果你想看看比较基因组学和同线性, 你会想看看这个功能. 他们从Vista点链接 (这是去年年初增加), 你可以了解更多有关 开放访问的教程在这里. 要了解他们做什么,以及如何使用它们更多, 检查出 Vista帮助部分链接在这里.

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  • NWChem 用于高性能计算化学最近才开放源码. (羟色胺 GenomeWeb) [詹妮弗]
  • DIYGenomics 涉及一 iPhone应用程序 比较基因组学的消费者集合. [玛丽]
  • 海报上BridgeDB, 转换为资源的ID. 提示要帽子 克里斯Evelo. [玛丽]
  • 桑格做了非常好的个人网站上基因组学在人类基因组和一般背景, 目的主要是在公众和教师. http://www.yourgenome.org/ [玛丽]
  • 尼斯建筑结构预测蛋白质的系统发育和系统发育分析网站: PhyloBuilder [三分球]
  • 有线 杂志有一个有趣的一些宏基因组学从银河队. [玛丽]
  • 通过鸣叫: 逆转录 @ dgmacarthur: 50% 英国受访者会采取免费基因检测, 但只 5% 目前DTC的价格感兴趣: http://bit.ly/b7tDvx [玛丽]
  • 我完全错过 世界统计日. 没有烟花. 没有蛋糕. Nuthin'. 叹息. [玛丽]

提示的周: 微生物数据库的比较


几个星期前 评论者问我一个比较 IMG (综合微生物基因组)UCSC的微生物基因组浏览器. 我一直在探索 & 自那时以来思考 & 我要去给一个非常简短的两种资源在今天的小费比较 & 我会扩大到其他资源的比较在这里这个帖子的文字.

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