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금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, 같은 도구의 새로운 용도에 고정 표시기, 탐험. 심각한의 보고서 폭발 곤충. 일반적인 스프레드 시트 형식의 실수와 일부 솔루션에보기. 이 유전자 편집 유예 아니다. 그리고 더 많은.


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바이러스에 저항력이 카사바 (일부 소프트웨어는 그곳에 도착하기 위해 사용)

나는 식물 게놈 프로젝트에 많은 관심을 겪었고, 그것은 그들이 최근에 너무 많은 흥미로운 논문을 낼보고 좋았 었어요–가장 최근에 토마토 게놈 그리고 대한보다 옥수수 분석. 그것은 개인 유전체학에 대한 인간 게놈에 관한 배꼽 - 시선으로 재미만큼, 그것은 인간의 질병에 대한 의학적 치료에 도착하는 것이 중요하다–식물 게놈 프로젝트는 기본적인 영양이있는 사람들의 거대한 숫자를 도울 수. 그리고 이들은 잘 피보험자 서양인 없습니다. 나는 식물 게놈은 더 나은 재정 지원 좋겠수과 안 위협을 받고…다운.

그래서 이런 종류의 프로젝트에 몇 가지 아웃리치를 볼니까 좋네요. 내 CLCBio 뉴스 레터 좋은 이야기와 비디오에 연결된 바이러스에 저항력이 카사바 프로젝트 (VIRCA). 미국과 아프리카에서 온 팀들은 지금 큰 위협을 받고있어 공장에서 작업하고 있습니다–하지만 smallholder의 농민을위한 식품의 주요 원천이다. 몇년에서 NYT의이 문서는 전에 그 문제에 대한 몇 가지 배경 지식을 제공, 그리고 바이러스 감염의 끔찍한 결과의 사진을 보여줍니다: 아프리카에서 바이러스 맹위 카사바 식물을. 비디오에서는 이것이 기업 농업의 프로젝트 아니라는 것을 그들은 강조합니다 게요–그것은 농민을위한 자유롭게 사용할 수있을 것.

그리고 그들이 그것을 도와줄 CLCBio 소프트웨어를 사용하는 것이 언급–거의 아무도이 프로젝트에서 소프트웨어를 강조하지 않는다, 그리고 그건 날 웃게 만들어!

게놈 프로젝트가 어떻게 생겼는지 식물의 좋은 전망에 대한 동영상보기, 하지만 반드시 추가 프로젝트 세부 사항을 체크 아웃 CLCBio 페이지에서여. 그리고 이것이 바로 포맷하지 않는 경우, 너도 저쪽 비디오를 시청할 수 있습니다.

주의 비디오 도움말: MizBee Synteny 브라우저

일주일의 마지막 끝에 저는 정말 사용자 정의 GBrowse에 설정된 종이에서 데이터를 볼 수있는 기회에 대해 기쁘게 생각했다, 뿐만 아니라 우리가 직면하는 시각화를위한 최신 전략의 한계를 생각나게. 그런 경우에는 내가 원하는 것들 중 하나는 핵 유전자 모두를 시각화 수 있도록했습니다 + mitochondrial 유전자 표현 + 표현. 지금 그래픽 브라우저에서 쉽게 할 수있는 방법은 없습니다 (내가 아는 한).

기능이 많이 향상된 것에 대해 유연성을 제공합니다 향상된 시각화 전략, 현재 데이터 홍수와 그 규모 최대, 모두 필요한거야. 그래서 그룹하고 시각화에 대해 짹짹을 발견했을 때 나는 호기심을했습니다:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: # 생물 정보학에 대한 # dataviz에 Miriah 메이어의 작품을 체크 아웃, http://t.co/xo5Ei7K (통해 @ FILWD)

이번주는 메이어의 팀에 의해 제작되는 비디오 팁, 그리고 당신은 당신이 그것을 볼 수있는 페이지로 이동하려면 해당 이미지를 클릭하면.

Miriah 메이어의 그룹 재미있는 시각화 프로젝트 진행의 숫자로있다. 여기에 목록을 확인하십시오: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . The MizBee syntenic 관계를 탐구 도구는 그래픽 영화의 구체적인 초점이다, 하지만 당신은뿐만 아니라 다른 도구가 나타납니다.

근접, 크기, 오리 엔테이션과 유사성이와 시각 수 있습니다 MizBee Synteny 브라우저 도구, 그리고 비디오 브라우저와 상호 작용하고 기능과 관심 영역을 검사하는 방법을 보여줍니다.

나는 또한에 흥미가있다는 걸 MulteeSum 프로젝트. mitochondrial 프로젝트에서 해당 공간 데이터를 넣어면 궁금 해서요 (핵 대 mitochondrial) 다양한 조직이 함께 할 수. 그것은 매우 멋진 직장에서 시각 나는 비교 싶은 기능에서 얻을 수 있습니다. 자신의 논문에 나와있는 예제는 매우 뛰어난있는 플라이 배아의 표현을 보여줍니다. The Pathline 도구 그것도 다른 방법을 제공할 수있을.

그것은 데이터의 엄청난 볼륨을 관리 및 시각화 이러한 노력을 만나서 정말 반가워요. 나는 미래를위한 정말 중요한 뭔가에 열중 얻을 수있는 좋은 장소가 될 것입니다이 시점에서 또 다른 포스트 의사를 할 수있다면 내 생각.

빠른 링크:

메이어의 그룹 프로젝트: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

특히 MizBee: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

참고 문헌:

메이어, 엠, Munzner, 토니, & 피스터, H 조. (2009). MizBee: Multiscale의 Synteny 브라우저 시각화 및 컴퓨터 그래픽에 IEEE 거래, 15 (6), 897-904 간접 자원부: 10.1109/TVCG.2009.167

메이어, 엠, Munzner, 토니, DePace, 대답 :, & 피스터, H 조. (2010). MulteeSum: 비교 공간적 및 시간적 유전자 발현 데이터에 대한 도구 시각화 및 컴퓨터 그래픽에 IEEE 거래, 16 (6), 908-917 간접 자원부: 10.1109/TVCG.2010.137

메이어, 엠, 웡, B를, Styczynski, 엠, Munzner, 토니, & 피스터, H 조. (2010). Pathline: 비교 기능 지노 믹스위한 도구 컴퓨터 그래픽 포럼, 29 (3), 1043-1052 간접 자원부: 10.1111/j.1467 - 8659.2009.01710.x

금주의 팁: 플라자를 사용하여 플랜트 비교 유전체학

ResearchBlogging.org광장, 식물 비교 유전체학을위한 자원, 이상의 많은 처음에는 눈에 보이는가. 현재 데이터베이스는 거의위한 비교 도구와 데이터가 2 monocots 포함하여 다스 식물, dicots, 모세스 및 조류. 홈페이지에서 몇 가지 명백한 도구와 자료가 있습니다, 하지만 난 당신이 한 번 보시기 바랍니다 문서자습서, 당신은 많은 당신이 그것에 delving 시작 한 번 더 있습니다 찾을 수있을. 이 도움말에, 난 당신이 처음 볼 수도 많은이 여기있다는 것을 설명하기 위해 특정 clade에서 유전자 가족의 phylogeny을 받고 있지만 걸어서 갈 거예요.

광장: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

잔디 비교 유전체학을 위해 당신은 또한 체크 아웃 원하는 것일 수도 Gramene (튜토리얼, 회원 가입) 일반 비교 유전체학을위한, 보기 (튜토리얼, 무료) 훌륭한 자원 또한.

건배, 미국, 벨, 엠, Sterck, 실은, Billiau, 사장님, 반 Parys, 토니, 밴 드 피어, Y를, & Vandepoele, C 조. (2009). 플라자: 식물의 유전자와 게놈의 진화를 연구하기 위해 비교 지노 믹스 자원 식물 세포 온라인, 21 (12), 3718-3731 간접 자원부: 10.1105/tpc.109.071506

금주의 팁: 잡아 (비교 genomes) revisited

난 해냈어 CoGe의 도구를 팁을, GeVo 2 년 전에 우리는 a를 했어 에릭 리용에서 CoGe에 대한 손님 포스트, 의 리드 개발자 잡아 그냥여 년 전. 도움말 신선한 유지하기위한 지속 및 비정기 탐구에 (그들로 이동 SciVee), 나는 CoGe 및 도구 중 하나를 다시 방문하기로 결정했습니다. 우리가 마지막으로 방문한 이후 CoGe 조금 변경되었습니다 (의 일부를 참조하십시오 여기서 변경). 새로운 인터페이스가 있습니다, 더 많은 문서와 더 많은 튜토리얼, 몇몇 새로운 도구와 interconnections과 많은 genomes. 나는 SynMap에 대한 간략한 소개를주기 위하여려고하고 게놈 재 배열 분석을 수행하기 위해 그것을 사용하는거야 (의 주제 텍스트 튜토리얼 현장에서).ResearchBlogging.org

예제에서 선택한 알고리즘은 최근 논문의 대상이되는 할당량 정렬됩니다, “정수 프로그래밍을 통해 pairwise 게놈 comparisions의 synteny 블록을 검사” BMC 생물 정보학의. 종이 결론 상태로:

지정한 사용자와 두 genomes 사이 ploidy 관계를 이러한 호환을 유지하기 위해 알고리즘 화면에게 synteny 블록의 집합을 정렬 - 할당량. 이러한 블록, 차례로, 이러한 이종 간의 비교에서 진정한 orthologous 지역을 식별하는 추가로 스트림 분석에 사용할 수 있습니다.

그리고 언급했듯이, 그리고 당신은이 제보를 볼 수, “QUOTA-ALIGN 프로그램은 SynMap의 주요 구성 요소로 통합되어 http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, 비 - 프로그래머를위한 genomes 수천 쉽게 액세스를 제공합니다.
꽝하고 울리게하다, 반장님, 리용, 이봐요, E., 페더슨, B를, Schnable, 제이, 패터슨, 대답 :, & 프릴링, M. (2011). 정수 프로그래밍을 통해 pairwise 게놈 비교에서 synteny 블록을 검사 BMC는 생물 정보학, 12 (1) 간접 자원부: 10.1186/1471-2105-12-102

금주의 팁: 도트 음모, 비스타 Synteny

비스타는 새로운 기능 몇 가지를 추가했습니다 그들의 위대한 비교 유전체학 리소스, 플롯과 synteny 브라우저를 점. 그들은 우수한 기능 및 추가 아르, 하지만 그들은 아직 홈페이지에서 쉽게 찾을 수 없습니다. 오늘의 팁 나는 그들이 어디에 그들이 할 일을 좀 빨리 봐 보여줄거야. 당신은 비교 유전체학과 synteny를보고 싶다면, 이 기능을 확인하려는 거예요. 그들은 비스타 포인트에서 링크 (어떤 일찍 작년 추가되었습니다), 당신에 대한 자세한 내용에서 배울 수있는 오픈 액세스는 여기에 튜토리얼. 에 그들이 무엇을 어떻게이를 사용하는 방법에 대한 자세한 내용을 보려면, 체크 아웃 비스타의 도움말 섹션을 여기에 연결된.

금요일 SNPpets

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  • 난 민속 부분을 알아낼 수 없습니다, 하지만이 쉽고 간단한 인터페이스는 전화 Matrix2png 목록을 취하고 매트릭스 다이어그램을 만들, 조금 나에게 유용 보았다: 실시간 @ pleonard: 단백질 시퀀싱을위한 시각화 소프트웨어의 작성자는 알고 원더면 그것은 일일 덴마크어 민속에서 사용 될? http://bit.ly/e9HS5v [메리]
  • UGene: http://ugene.unipro.ru/index.html 그들은 최근에 새 버전을 릴리스했습니다, 그리고 그것은 아주 좋은 보인다.. 의 후속 taverna? [, from last week’s SNPpets comments]
  • 비교 유전체학을위한 새로운 소프트웨어: PHAST과 RPHAST. [삼점의 카드]
  • 해당 이미지 좋던데: 실시간 @ HHMINEWS: 에반 Eichler: 여러 개의 자동차와 액션 어드벤처 영화로 진화 인간 게놈이 충돌: http://ow.ly/3Oocv 팁을가있다 @ WudIzThePoint [메리]
  • iPlant 발표–아주 멋져요. 또한 그들이 찾고있는 참고 소프트웨어 엔지니어 그들의 프로젝트에 대해: 실시간 @ plantdisease: InTheNews: 식물 과학의 강력한 새로운 제휴 http://bit.ly/gJ3PTh [메리]
  • 건강에 게놈 통합 향하고있다: 실시간 @ eurogene: 교수실의 정보학를 결합, 게놈, 상의, 일상적인 건강 관리에 포함 게놈에 1 단계 등장 http://bit.ly/gYtNHl 모자 팁 키이스의 그리 말 디 [메리]
  • 바이오에서 SmartBrief, 기사에 결핵의 병원균의 게놈을 사용하는 항생제의 과정을 결정하는 트리 트먼트의 증가 효과 기대의 개별 환자에 대한 & 미생물 약제 내성의 발생 감소. 얼마나 멋있니? [제니퍼]
  • 과학 수사대의 게놈: 실시간 @ EricTopol: 처음으로 “분자 부검” 전체 게놈 시퀀싱을 사용하여 사망 원인을 수립 http://bit.ly/ffzPBN [메리]

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  • NWChem 고성능 전산 화학은 최근 오픈 소스 간 용. (하프 타임 GenomeWeb) [제니퍼]
  • DIYGenomics 과 관련된 아이폰 애플 리케이션 그것은 소비자 게놈 수집을 비교. [메리]
  • A BridgeDB에 포​​스터, 아이디 전환을위한 자원. 모자 끝에 크리스 Evelo. [메리]
  • Sanger는 인간 게놈에서 개인 게놈에 대한 아주 좋은 사이트 및 일반적인 배경을 하셨읍니다, 일반 대중에와 교사에 주로 겨냥. http://www.yourgenome.org/ [메리]
  • 단백질 phylogenies 및 구조 예측을 구축하기위한 멋진 phylogenetic 분석 사이트: PhyloBuilder [삼점의 카드]
  • 유선 잡지는 재미 갤럭시 팀에서 일부 metagenomics에 걸릴했다. [메리]
  • 통한의 짹짹: 실시간 @ dgmacarthur: 50% 영국의 응답자는 무료 유전자 검사를 받아 겠지, 하지만 단지 5% 현재 DTC는 가격에 관심: http://bit.ly/b7tDvx [메리]
  • 나는 완전히 놓친 세계 통계의 날. 아니 불꽃놀이. 아니 케이크. Nuthin '. 한숨. [메리]

금주의 팁: 미생물 데이터베이스를 비교


몇 주 전에 주석기 비교 부탁 그림 (통합 미생물 Genomes)UCSC 미생물 게놈 브라우저. 내가 탐험했습니다 & 이후 그때 생각 & 오늘의 팁 이들이 자원을 아주 간단히 비교를 해 드리겠 오전 & 이 게시물의 텍스트 여기에 다른 리소스에 대한 비교를 확장거야.

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