Tag Archives: la génomique comparative

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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as Docker, à explorer. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. Et plus.


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


Manioc résistant aux virus (et certains logiciels utilisés pour y arriver)

J'ai été très intéressé par les projets de génomique des plantes et ça a été génial de les voir céder si de nombreux documents intéressants récents–plus récemment sur le génome de la tomate et encore plus sur l'analyse de maïs. Autant il est amusant de nombril regard sur le génome humain pour la génomique personnelle, et il est important d'obtenir des traitements médicaux sur les maladies humaines–des projets en génomique végétale peut contribuer à un très grand nombre de personnes avec une alimentation de base. Et ce ne sont pas seulement les Occidentaux bien-assuré. Je souhaite la génomique des plantes a été mieux financés et pas sous la menace…hélas.

Donc, il est agréable de voir une certaine sensibilisation sur les projets de ce genre. Mon Bulletin CLCBio liée à une belle histoire et de la vidéo du projet manioc résistant aux virus (Vircator). Les équipes des États-Unis et l'Afrique travaillent sur une plante qui est sous la menace majeure en ce moment–mais il est une source importante de nourriture pour les petits agriculteurs. Cet article à la New York Times d'un couple d'années il ya une certaine expérience fournit sur cette question, et montre des photos du résultat terrible d'une infection par le virus: Ravages Virus plants de manioc en Afrique. Dans la vidéo, vous remarquerez que, ils soulignent que ce n'est pas un projet de l'agriculture d'entreprise–ça va être disponible gratuitement pour les agriculteurs.

Et ils mentionnent qu'ils utilisent le logiciel CLCBio pour aider à ce que–il est rare que quiconque mettre en évidence le logiciel dans ces projets, et qui m'a fait sourire!

Regardez la vidéo pour certains de belles vues sur ce que les projets de génomique des plantes ressemblent, mais assurez-vous consulter les détails du projet supplémentaires plus à la page CLCBio. Et si ce n'est pas bon format, vous pouvez regarder la vidéo là-bas aussi.

Astuce Vidéo de la semaine: MizBee synténie navigateur

Dans mon dernier conseil de la semaine j'ai été vraiment heureux de l'opportunité de voir les données d'un document mis en place dans un GBrowse personnalisée, mais il m'a aussi rappelé les limites de certaines des stratégies actuelles pour la visualisation que nous sommes confrontés. Dans ce cas, l'une des choses que je voulais était d'être capable de visualiser deux gènes nucléaires + l'expression des gènes mitochondriaux + d'expression. En ce moment il n'y a aucun moyen de le faire facilement dans un navigateur graphique (aussi loin que je sais).

Amélioration de la visualisation des stratégies qui offrent une flexibilité accrue sur les fonctions en cours de visualisation, et que l'échelle à ce déluge de données actuelles, sont tous les deux vont être nécessaires. Alors quand j'ai repéré ce tweet au sujet d'un groupe qui fait la visualisation J'ai été intrigué:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: Vérifiez travaux Miriah Meyer dans # # DataViz pour la bioinformatique, http://t.co/xo5Ei7K (via @ FILWD)

La pointe la vidéo cette semaine est produite par l'équipe Meyer, et vous pouvez cliquer sur cette image pour aller à la page où vous pouvez le voir.

Groupe Miriah Meyer a que le nombre de projets de visualisation intéressante en cours. Consultez la liste ici: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . L' MizBee outil qui explore les relations de synténie est graphiquement l'objectif spécifique du film, mais vous verrez qu'il ya d'autres outils ainsi.

Proximité, la taille, l'orientation et la similitude peut être visualisé avec le MizBee synténie navigateur outils, et la vidéo montre comment interagir avec le navigateur et d'examiner les caractéristiques et les régions d'intérêt.

Je suis également intrigué par le MulteeSum projet. Et je me demandais si mettre que les données spatiales du projet mitochondriale (nucléaires vs mitochondriale) et divers tissus qui pourrait être fait avec cette. Il pourrait obtenir à des caractéristiques que je voulais comparer visuellement à partir de ce travail très cool. L'exemple montre dans leurs journaux d'expression dans un embryon de mouche qui est très convaincante. L' Outil de PATHline peut offrir une autre façon de le faire aussi.

C'est formidable de voir ces efforts pour gérer et visualiser le volume énorme de données. Je pense que si j'étais capable de faire un autre post-doc à ce point ce serait un endroit idéal pour s'immerger dans quelque chose qui est vraiment cruciale pour l'avenir.

Liens rapides:

Des projets de groupe Meyer: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

MizBee spécifiquement: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

Références:

Meyer, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2009). MizBee: Un navigateur multi synténie IEEE Transactions on Visualization et infographie, 15 (6), 897-904 DOI: 10.1109/TVCG.2009.167

Meyer, M., Munzner, T., DePace, A., & Pfister, H. (2010). MulteeSum: Un outil pour comparatives spatiales et temporelles données d'expression génique IEEE Transactions on Visualization et infographie, 16 (6), 908-917 DOI: 10.1109/TVCG.2010.137

Meyer, M., Wong, B., Styczynski, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2010). PATHline: Un outil pour la génomique fonctionnelle comparative Computer Graphics Forum, 29 (3), 1043-1052 DOI: 10.1111/j.1467-8659.2009.01710.x

Astuce de la semaine: La génomique végétale comparative utilisant Plaza

ResearchBlogging.orgPlace, une ressource pour la génomique végétale comparative, a beaucoup plus que rencontre l'oeil au premier abord. Actuellement la base de données dispose d'outils de comparaison et les données de près 2 douzaine de plantes monocotylédones dont, dicotylédones, les mousses et les algues. Il ya quelques outils évidents et les données de la page d'accueil, mais je vous suggère de jeter un oeil à la documentation et tutoriaux, vous trouverez qu'il ya beaucoup plus de fois que vous commencez plonger dans l'. Dans cette astuce, Je vais marcher bien faire la phylogénie d'une famille de gènes d'un clade spécifiques pour illustrer qu'il ya beaucoup de choses ici que vous ne pourriez pas voir au premier abord.

Place: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

Pour la génomique comparative d'herbe, vous pouvez également consulter GRAMENE (tutoriel, Abonnement) et pour la génomique comparative générale, VUE (tutoriel, libre) est une excellente ressource aussi.

A bientôt, S., Bel, M., Sterck, L., Billiau, K., Van Parys, T., Les pairs, Y., & Vandepoele, C. (2009). PLAZA: Une ressource de génomique comparative pour l'étude des gènes et évolution du génome des plantes LES CELLULES VEGETALES EN LIGNE, 21 (12), 3718-3731 DOI: 10.1105/tpc.109.071506

Astuce de la semaine: Prenez (génomes comparant) revisité

J'ai fait un astuce sur l'outil de COGE, Gevo ya environ deux ans et nous avons eu une Invité Message au sujet du COGE Eric Lyons, le principal développeur de la Prenez peu plus d'un an. Dans notre quête permanente et occasionnelle pour garder nos conseils fraîche (et de les déplacer à SciVee), J'ai décidé de revisiter COGE et un de leurs outils. COGE a un peu changé depuis notre dernière visite il (voir quelques-uns des changements ici). Il ya une nouvelle interface, plus de documentation et de nombreux tutoriels plus, quelques nouveaux outils et des interconnexions et des génomes beaucoup plus. Je vais vous donner une brève introduction à SynMap et va l'utiliser pour faire une analyse des réarrangements du génome (un sujet d'une didacticiel textuel sur le site).ResearchBlogging.org

L'algorithme choisi dans l'exemple est CONTINGENT-ALIGN qui fait l'objet d'une étude récente, “Dépistage des blocs de synténie de Comparaisons par paires génome entier grâce à la programmation” dans BMC Bioinformatics. Comme la conclusion du papier états:

Le quota ALIGN écrans algorithme un ensemble de blocs de synténie de ne retenir que celles qui sont compatibles avec un utilisateur spécifié relation ploïdie entre deux génomes. Ces blocs, à son tour, peut être utilisé pour d'autres analyses en aval tels que l'identification réelle des régions orthologues dans les comparaisons interspécifiques.

Et comme mentionné, et vous verrez dans cette astuce, “QUOTA-ALIGN programme est également intégré comme une composante majeure dans SynMap http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl WebCite, offrant un accès plus facile à des milliers de génomes pour les non-programmeurs.
Tang, H., Lyons, E., Pedersen, B., Schnable, J., Paterson, A., & Freeling, M. (2011). Dépistage des blocs de synténie dans les comparaisons par paires génome entier grâce à la programmation BMC Bioinformatics, 12 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-12-102

Astuce de la semaine: Parcelles Dot, Synténie à VISTA

VISTA a ajouté quelques nouvelles fonctionnalités à leur grande ressource génomique comparative, dot plots et le navigateur synténie. Ils sont d'excellentes caractéristiques et des ajouts, mais ils ne sont pas encore facile à trouver depuis la page d'accueil. pointe d'aujourd'hui je vais vous montrer où ils sont et de prendre un coup d'oeil à ce qu'ils font. Si vous voulez regarder la génomique comparative et synténie, vous aurez envie de voir cette présentation. Ils liées à Vista-Point (qui a été ajouté en début d'année dernière), que vous pouvez en apprendre davantage sur la libre accès tutoriel ici. Pour en savoir plus sur ce qu'ils font et comment les utiliser, consultez le section d'aide sur VISTA lien ici.

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • Je ne pouvais pas comprendre la partie du folklore, mais cette interface pratique peu appelé Matrix2png prend des listes et de faire un diagramme matriciel, l'air un peu utile pour moi: RT @ Pleonard: Je me demande si les auteurs de logiciels de visualisation pour le séquençage des protéines savais que ça allait un jour être utilisé sur le folklore danois? http://bit.ly/e9HS5v [Mary]
  • UGene: http://ugene.unipro.ru/index.html Ils ont récemment publié une nouvelle version, et il est très joli.. le successeur de taverne? [John, from last week’s SNPpets comments]
  • Un nouveau logiciel pour la génomique comparative: PHAST et RPHAST. [Trey]
  • Coups de cette imagerie: RT @ HHMINEWS: Evan Eichler: Le génome humain en évolution comme un film d'action-aventure avec la voiture de plusieurs accidents: http://ow.ly/3Oocv pointe a pour @ WudIzThePoint [Mary]
  • annonce iPlant–très cool. A noter également qu'ils sont à la recherche de ingénieurs en logiciel pour leurs projets: RT @ Plantdisease: ACTUALIT É: Un partenariat nouveau et puissant dans la science des plantes http://bit.ly/gJ3PTh [Mary]
  • Vers l'intégration de la génomique en soins de santé: RT @ Eurogene: La combinaison de l'informatique adv, génomique, consultation, Emerge 1ère étape pour inc génomique dans les soins de santé de routine http://bit.ly/gYtNHl Grimaldi Hat Keith pointe [Mary]
  • Du BIO SmartBrief, un article sur aide de la génomique des agents pathogènes la tuberculose afin de déterminer les cours d'antibiotiques pour chaque patient dans l'espoir d'accroître l'efficacité des traitements & occurrence la baisse de la résistance aux médicaments microbienne. C'est pas cool ça? [Jennifer]
  • génomique CSI: RT @ EricTopol: Première “autopsie moléculaire” utilisant séquençage complet du génome pour établir la cause de la mort http://bit.ly/ffzPBN [Mary]

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Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

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Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Durant la semaine, nous rencontrons beaucoup de liens et de lire que nous estimons intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • NWChem pour la haute performance chimie computationnelle a récemment fait l'Open Source. (HT Genomeweb) [Jennifer]
  • DIYGenomics concerne une iPhone app qui compare les collections du consommateur en génomique. [Mary]
  • Une affiche sur BridgeDB, une ressource pour les conversions ID. Astuce doit Chris Evelo. [Mary]
  • Sanger a fait un très beau site pour la génomique personnelle et d'ordre général sur le génome humain, visant essentiellement le grand public et aux enseignants. http://www.yourgenome.org/ [Mary]
  • Nice, le site analyse phylogénétique pour la construction de phylogénies protéines et prédictions de structure: PhyloBuilder [Trey]
  • Wired le magazine avait un plaisir de prendre sur certains métagénomique de l'équipe de Galaxy. [Mary]
  • Via Twitter: RT @ Dgmacarthur: 50% des personnes interrogées au Royaume-Uni prendrait gratuitement des tests génétiques, mais seulement 5% intéressés aux prix actuels du DTC: http://bit.ly/b7tDvx [Mary]
  • J'ai complètement raté Statistiques de la Journée mondiale. Pas de feux d'artifice. Pas de gâteau. Nuthin '. Soupir. [Mary]

Astuce de la semaine: Comparaison des bases de données microbienne


Il ya quelques semaines Un commentateur m'a demandé de comparer IMG (Génomes microbiens intégré) à l' Navigateur UCSC du génome microbien. J'ai été d'explorer & depuis lors, la pensée & vais donner une comparaison très brève de ces deux ressources dans la pointe d'aujourd'hui & Je vais élargir la comparaison à d'autres ressources ici dans le texte de ce message.

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