Archivo de la etiqueta: genómica comparativa

SNPpets_2

Viernes SNPpets

SNPpets de esta semana incluyen una serie de cosas, de la recuperación de Pardis Sabeti de un grave accidente de tardígrado teatro genoma. Hay nuevas bases de datos y herramientas como el rastreador secuencia de OGM en la UE, to new uses of tools such as Docker, para explorar. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. Y más.


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


Resistente a los virus de yuca (y un software utilizado para llegar)

He estado muy interesado en los proyectos de genómica de plantas y ha sido genial ver a obtener documentos de interés para muchos últimamente–más recientemente en la de tomate genoma y aún más sobre maíz, el análisis. Por mucho que es divertido hasta el ombligo-la mirada sobre el genoma humano de la genómica personal, y es importante para llegar a los tratamientos médicos de enfermedades humanas–proyectos de genómica vegetal puede ayudar a un gran número de personas con nutrición básica. Y éstos no son sólo los occidentales bien asegurado. Deseo genómica de las plantas estaba mejor financiado y no está bajo amenaza…¡ay.

Así que es agradable ver a alguna actividad de comunicación en proyectos de este tipo. Mi CLCBio boletín relacionado con una bonita historia y el vídeo del proyecto resistente a los virus mandioca (VIRCA). Los equipos de los EE.UU. y África están trabajando en una planta que está bajo gran amenaza en este momento–sino que es una fuente importante de alimentos para los pequeños agricultores. Este artículo en el New York Times a partir de un par de años se presentan algunos antecedentes sobre esta cuestión, y muestra fotos del terrible resultado de una infección por el virus: Los estragos del virus a la yuca en África. En el video se le nota que subrayar que esto no es un proyecto de la agricultura corporativa–que va a estar libremente disponibles para los agricultores.

Y mencionan que el uso del software CLCBio para ayudar con eso–rara vez alguien resaltar el software en estos proyectos, y que me hizo sonreír!

Vea el video de algunas vistas de lo que los proyectos de genómica de plantas parecen, pero asegúrese de echa un vistazo a los detalles adicionales del proyecto más en la página de CLCBio. Y si esto no da formato a la derecha, se puede ver el vídeo a través de allí también.

Vídeo Consejo de la semana: MizBee Sintenía Browser

En mi último consejo de la semana yo estaba muy contento con la oportunidad de ver los datos de un documento creado en una costumbre GBrowse, pero también me recordó a las limitaciones de algunas de las estrategias actuales para la visualización de que estamos frente a. En este caso, una de las cosas que yo quería era ser capaz de visualizar tanto los genes nucleares + expresión de los genes mitocondriales + expresión. En este momento no hay forma de hacerlo fácilmente en un navegador gráfico (que yo sepa).

Mejorar las estrategias de visualización que ofrecen una mayor flexibilidad sobre las características que se está viendo, y que escala hasta el diluvio de datos actual, son a la vez va a ser necesario. Así que cuando vi este tweet de una visualización de grupo haciendo me intrigó:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: Echa un vistazo a trabajar Miriah Meyer en # # DataViz para bioinformática, http://t.co/xo5Ei7K (via @ FILWD)

La punta de vídeo se produce esta semana por el equipo de Meyer, y usted puede hacer clic en la imagen para ir a la página donde se puede ver.

Grupo Miriah Meyer tiene como número de proyectos de visualización interesante curso. Echa un vistazo a la lista aquí: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . La MizBee Herramienta que explora las relaciones syntenic gráficamente es el enfoque específico de la película, pero usted verá que hay otras herramientas, así.

Proximidad, tamaño, la orientación y la similitud se puede visualizar con la MizBee Sintenía Browser herramientas, y el video muestra la forma de interactuar con el navegador y para examinar las características y las regiones de interés.

También estoy intrigado por la MulteeSum proyecto. Y me preguntaba si la colocación de los datos espaciales del proyecto mitocondrial (nucleares vs mitocondrial) y diversos tejidos se puede hacer con este. Se podría llegar a las características que yo quería comparar visualmente de que el trabajo muy bueno. El ejemplo de sus trabajos muestra la expresión en un embrión de mosca que es muy convincente. La Pathline herramienta pueden ofrecer otra forma de hacer eso también.

Es genial ver a estos esfuerzos para gestionar y visualizar el enorme volumen de datos. Creo que si yo era capaz de hacer otro post-doc en este punto que sería un gran lugar para sumergirse en algo que es realmente crucial para el futuro.

Enlaces rápidos:

Proyectos de Meyer grupo: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

MizBee específicamente: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

Referencias:

Meyer, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2009). MizBee: Un navegador Sintenía multiescala IEEE Transactions on Visualization y Computación Gráfica, 15 (6), 897-904 DOI: 10.1109/TVCG.2009.167

Meyer, M., Munzner, T., DePace, A., & Pfister, H. (2010). MulteeSum: Una herramienta para la información comparativa expresión espacial y temporal Gene IEEE Transactions on Visualization y Computación Gráfica, 16 (6), 908-917 DOI: 10.1109/TVCG.2010.137

Meyer, M., Wong, B., Styczynski, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2010). Pathline: Una Herramienta Para comparativo de Genómica Funcional Computer Graphics Foro, 29 (3), 1043-1052 DOI: 10.1111/j.1467-8659.2009.01710.x

Consejo del la Semana: Planta de la genómica comparativa con Plaza

ResearchBlogging.orgPlaza, un recurso para la genómica comparativa de plantas, tiene mucho más de lo que parece en un primer momento. En la actualidad la base de datos cuenta con herramientas comparativas y datos de casi 2 docena de plantas monocotiledóneas como, dicotiledóneas, musgos y algas. Hay algunas herramientas evidente y los datos de la página de inicio, pero te sugiero que eche un vistazo a la Documentación y tutoriales, usted encontrará allí es mucho más una vez que comience profundizar en ella. En este consejo, Voy a caminar, aunque conseguir la filogenia de una familia de genes de un clado específico para ilustrar que hay mucho aquí que no se puede ver a primera vista.

Plaza: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

Para la genómica comparativa de la hierba es posible que también desee comprobar hacia fuera Gramene (tutorial, suscripción) y en general de la genómica comparativa, VER (tutorial, libre) es un excelente recurso también.

Aplausos, S., De llamadas, M., Sterck, L., Billiau, K., Van Parys, T., Van de pares, Y., & Vandepoele, K. (2009). PLAZA: Un recurso de genómica comparativa para el Estudio de genes y la evolución del genoma de las plantas LA LÍNEA DE CÉLULAS VEGETALES, 21 (12), 3718-3731 DOI: 10.1105/tpc.109.071506

Consejo del la Semana: CoGe (La comparación de genomas) revisado

Hice un Coge la punta de la herramienta de, Gevo hace unos dos años y hemos tenido una invitado post sobre COGE de Eric Lyons, el desarrollador principal de CoGe poco más de un año atrás. En nuestra búsqueda constante y ocasionalmente para mantener frescos nuestros consejos (y pasar a SciVee), He decidido volver a COGE y una de sus herramientas. COGE ha cambiado un poco desde la última vez que visitó (ver algunos de los cambios aquí). Hay una nueva interfaz, más documentación y tutoriales muchos más, nuevas herramientas y las interconexiones y genomas mucho más. Me voy a dar una breve introducción a SynMap y va a usar para hacer un análisis de reordenación del genoma (un objeto de una tutorial de texto en el sitio).ResearchBlogging.org

El algoritmo seleccionado en el ejemplo es CUOTA-ALIGN que es objeto de un reciente trabajo, “Detección synteny bloques de comparaciones por pares a través del genoma entero de programación” en BMC Bioinformatics. Como la conclusión de papel los estados:

La CUOTA-ALIGN pantallas algoritmo de un conjunto de bloques de synteny retener sólo aquellos compatibles con un usuario determinado la relación entre dos genomas ploidía. Estos bloques, a su vez, puede ser utilizado para otros análisis posteriores, tales como la identificación de cierto orthologous regiones en las comparaciones interespecíficas.

Y como se mencionó, y verás en este consejo, “CUOTA-ALIGN programa también se integra como un componente importante en SynMap http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl WebCite, ofrecer un acceso más fácil a miles de genomas para los no programadores.
Espiga, H., Lyons, E., Pedersen, B., Schnable, J., Paterson, A., & Freeling, AbT.l. (2011). Detección bloques de synteny en las comparaciones por pares a través del genoma entero de programación BMC Bioinformatics, 12 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-12-102

Consejo del la Semana: Diagramas de puntos, Sintenia en VISTA

VISTA ha añadido un par de nuevas características a sus grandes recursos de la genómica comparativa, punto de parcelas y el navegador de synteny. Son excelentes características y adiciones, pero todavía no son fáciles de encontrar en la página principal. Hoy consejo que te voy a mostrar dónde están y tener un rápido vistazo a lo que hacen. Si desea ver la genómica comparativa y synteny, usted querrá ver esta función. Se unieron a Vista-Point (que se añadió a principios del año pasado), que se puede aprender más acerca de la de acceso libre tutorial aquí. Para aprender más sobre lo que hacen y cómo usarlos, echa un vistazo a la Sección VISTA ayuda vinculada aquí.

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • Yo no podía entender por parte del folclore, pero este pequeño y práctico interfaz llamada Matrix2png toma una lista y haga un diagrama de matriz, parecía un poco útil para mí: RT @ Pleonard: Me pregunto si los autores de software de visualización para la secuenciación de proteínas sabía que algún día ser utilizadas en el folklore danés? http://bit.ly/e9HS5v [María]
  • UGene: http://ugene.unipro.ru/index.html Recientemente han lanzado una nueva versión, y se ve muy bien.. el sucesor de taberna? [Juan, from last week’s SNPpets comments]
  • Nuevo software para la genómica comparativa: PHAST y RPHAST. [Trey]
  • Me encantó esta imagen: RT @ HHMINEWS: Evan Eichler: El genoma humano en evolución, como una película de acción-aventura con múltiples accidentes automovilísticos: http://ow.ly/3Oocv Sombrero de punta a @ WudIzThePoint [María]
  • iplant anuncio–muy bueno. También tenga en cuenta que están buscando ingenieros de software para sus proyectos: RT @ Plantdisease: Enlasnoticias: Una sociedad nueva y poderosa ciencia de las plantas http://bit.ly/gJ3PTh [María]
  • Avanzar hacia la integración de la genómica en la salud: RT @ € gen: La combinación de la informática adv, genómica, consulta, eMERGE primero paso para inc genómica en la asistencia sanitaria ordinaria http://bit.ly/gYtNHl Sombrero de punta Keith Grimaldi [María]
  • BIO SmartBrief, un artículo sobre utilizando la genómica de los patógenos de tuberculosis para determinar cursos de antibióticos para los pacientes individuales con la esperanza de mejorar la eficacia de los tratamientos & disminuyendo la aparición de resistencia microbiana de drogas. ¿No es genial? [Jennifer]
  • CSI genómica: RT @ EricTopol: Primero “autopsia molecular” utilizando la secuenciación del genoma completo para establecer la causa de la muerte http://bit.ly/ffzPBN [María]

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • NWChem de alto rendimiento Química Computacional ha pasado recientemente de código abierto. (HT GenomeWeb) [Jennifer]
  • DIYGenomics relata un aplicación para el iPhone que compara las colecciones de los consumidores genómica. [María]
  • A cartel en BridgeDB, un recurso para la conversión de ID. Sombrero de punta a Chris Evelo. [María]
  • Sanger ha hecho un sitio muy agradable para la genómica personal y general sobre el genoma humano, dirigidas principalmente al público en general y a los profesores. http://www.yourgenome.org/ [María]
  • Niza filogenético análisis in situ para la construcción de filogenias de proteínas y estructura de las predicciones: PhyloBuilder [Trey]
  • Con conexión de cable la revista se hayan divertido tomar algunas metagenómica del equipo Galaxy. [María]
  • A través de Twitter: RT @ Dgmacarthur: 50% de los encuestados del Reino Unido que tome las pruebas genéticas libre, pero sólo 5% interesados ​​a los precios actuales DTC: http://bit.ly/b7tDvx [María]
  • Estoy totalmente perdido Día Mundial de la Estadística. No hay fuegos artificiales. Sin pastel. Nuthin '. Suspiro. [María]

Consejo del la Semana: Comparar bases de datos microbiana


Hace unas semanas Un comentarista me pidió que compararan IMG (Genomas microbianos integrado) a la Microbiana UCSC Genome Browser. He estado explorando & pensando desde entonces & voy a hacer una comparación muy breve de los dos recursos en la punta de hoy & Voy a ampliar la comparación con otros recursos aquí en el texto de este post.

Seguir leyendo