Tag Archives: vergleichende Genomik

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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as Docker, zu erforschen. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. Und mehr.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


Virusresistente Maniok (und einige Software verwendet, um dorthin zu gelangen)

Ich bin sehr interessiert in Pflanzengenomik Projekte und es war toll zu sehen, sie liefern so viele interessante Papiere in letzter Zeit–zuletzt auf die Tomaten-Genom und noch mehr auf Mais-Analyse. So sehr es macht Spaß, Nabel-Blick über das menschliche Genom für persönliche Genomik, und es ist wichtig, um medizinische Behandlungen auf menschliche Krankheiten zu erhalten–Pflanzengenomik Projekte können große Zahl von Menschen mit Grundnahrungsmitteln zu helfen. Und das sind nicht nur die gut versicherten Westler. Ich wünsche Pflanzengenomik besser finanziert wurde und nicht bedroht…nach unten.

Also ist es schön, etwas über Outreach-Projekte dieser Art sehen. Meine CLCBio Newsletter in Verbindung mit einer netten Geschichte und Video der Virus-resistente Cassava Projekt (VIRCA). Teams aus den USA und Afrika sind auf einer Pflanze, ist das Arbeiten unter großer Bedrohung gerade jetzt–sondern ist eine wichtige Quelle von Nahrung für Kleinbauern. Dieser Artikel in der NYT von ein paar Jahren bietet einige Hintergrundinformationen zu dieser Frage, und zeigt Fotos von dem schrecklichen Ergebnis einer Virus-Infektion: Virus Zahn Maniok in Afrika. In dem Video werden Sie merken, dass sie betonen, dass dies nicht ist ein Projekt des Unternehmens der Landwirtschaft–es wird frei zugänglich sein für Landwirte.

Und sie erwähnen, dass sie die CLCBio Software verwenden, um dabei zu helfen–selten jemand zu markieren, die Software in diesen Projekten, und das machte mich zum Lächeln!

Sehen Sie das Video für ein paar schöne Ansichten darüber, was Pflanzengenomik Projekte aussehen, aber sicher sein, Besuche die zusätzliche Details des Projekts über an der Seite CLCBio. Und wenn dies nicht formatieren rechts, Sie können das Video zu sehen drüben.

Video Tipp der Woche: MizBee Syntenie Browser

In meinem letzten Tipp der Woche war ich wirklich über die Möglichkeit, die Daten aus einem Papier in einem benutzerdefinierten GBrowse gesetzt sehen uns, aber auch erinnerte mich an die Grenzen der einige aktuelle Strategien zur Visualisierung, dass wir vor. In diesem Fall eines der Dinge, die ich wollte, war in der Lage sein, sowohl nukleare Gene visualisieren + Ausdruck mit mitochondrialen Genen + Ausdruck. Im Moment gibt es keine Möglichkeit, das wohl in einem grafischen Browser (soweit ich weiß,).

Verbesserte Visualisierung Strategien, die eine erhöhte Flexibilität zu den Funktionen für die Anzeige zu bieten, und dieser Größenordnung bis zu den aktuellen Datenflut, sind beide gehen als notwendig. Also, wenn ich diesen Tweet über eine Gruppe zu tun Visualisierung entdeckte ich war fasziniert:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: Check out Miriah Meyer die Arbeit in # DataViz für # Bioinformatik, http://t.co/xo5Ei7K (via @ FILWD)

Die Video-Tipp dieser Woche von der Meyer-Team produziert wird, und Sie können auf das Bild klicken, um zur Seite zu gehen, wo Sie es sehen können.

Miriah Meyer Gruppe hat als viele interessante Visualisierung Projekte auf den Weg. Schauen Sie sich die Liste hier: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . Das MizBee Werkzeug, das syntenischen Beziehungen erforscht grafisch ist der spezifische Fokus des Films, aber du wirst sehen, es gibt andere Werkzeuge sowie.

Nähe, Größe, Orientierung und Ähnlichkeit mit dem visualisiert werden MizBee Syntenie Browser Werkzeuge, und das Video zeigt, wie man mit dem Browser interagieren und auf Funktionen und Regionen von Interesse zu untersuchen.

Ich bin auch durch die fasziniert MulteeSum Projekt. Und ich frage mich, ob Putting, die räumliche Daten aus der mitochondrialen Projekt (Atom vs mitochondriale) und verschiedenen Geweben konnte mit diesem getan werden. Es mag auf den Funktionen, die ich wollte zu vergleichen visuell bekommen von diesem sehr kühlen Arbeit. Das Beispiel in ihren Papieren zeigt die Expression in eine Fliege Embryo, der sehr überzeugend ist. Das Pathline Werkzeug kann eine weitere Möglichkeit, das zu tun, bieten.

Es ist großartig, diese Bemühungen zu verwalten und zu visualisieren die enorme Menge von Daten zu sehen. Ich denke, wenn ich in der Lage zu einem anderen post-doc an dieser Stelle, dass ein großartiger Ort, um in etwas eintauchen, die wirklich entscheidend ist für die Zukunft sein würde war.

Quick-Links:

Meyer die Gruppe Projekte: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

MizBee speziell: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

Referenzen:

Meyer, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2009). MizBee: Ein Multiscale Syntenie Browser IEEE Transactions on Visualization und Computergrafik, 15 (6), 897-904 DOI: 10.1109/TVCG.2009.167

Meyer, M., Munzner, T., DePace, A., & Pfister, H. (2010). MulteeSum: Ein Werkzeug für Vergleichende Räumliche und zeitliche Genexpression Daten IEEE Transactions on Visualization und Computergrafik, 16 (6), 908-917 DOI: 10.1109/TVCG.2010.137

Meyer, M., Wong, B., Styczynski, M., Munzner, T., & Pfister, H. (2010). Pathline: Ein Werkzeug für Vergleichende Functional Genomics Computer Graphics Forum, 29 (3), 1043-1052 DOI: 10.1111/j.1467-8659.2009.01710.x

Tipp der Woche: Anlage vergleichende Genomik mit Plaza

ResearchBlogging.orgQuadrat, eine Ressource für den Anlagenbau vergleichende Genomik, hat viel mehr als das Auge sieht auf den ersten. Derzeit die Datenbank vergleichende Werkzeuge und Daten für fast 2 Dutzend Anlagen einschließlich Monokotyledonen, Dikotyledonen, Moose und Algen. Es gibt einige offensichtliche Werkzeuge und Daten von der Homepage, aber ich schlage vor, Sie nehmen einen Blick auf die Dokumentation und Tutorials, Sie finden es viel mehr, wenn Sie beginnen in sie einzutauchen. In diesem Tipp, Ich werde aber immer Phylogenie einer Genfamilie von einem bestimmten Stamm zu veranschaulichen, dass es hier viel zu Fuß, die Sie vielleicht gar nicht erst sehen.

Quadrat: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

Für Gras vergleichende Genomik könnten Sie auch prüfen wollen, Gramene (Tutorial, Abo) und für allgemeine vergleichende Genomik, VIEW (Tutorial, frei) ist eine hervorragende Ressource auch.

Prost, S., Bel, M., Sterck, L., Billiau, K., Van Parys, T., Van de Peer, Y., & Vandepoele, C. (2009). PLAZA: A Comparative Genomics Ressource zu Gene und Genome Evolution in Plants Study The Plant Cell ONLINE, 21 (12), 3718-3731 DOI: 10.1105/tpc.109.071506

Tipp der Woche: Greifen (Vergleich von Genomen) revisited

Ich habe eine Tipp COGE das Werkzeug, Gevo vor etwa zwei Jahren und wir hatten eine Gast-Beitrag über COGE von Eric Lyons, der führende Entwickler von Greifen etwas mehr als vor einem Jahr. In unserer laufenden und gelegentliche Suche, um unsere Tipps frische (und verschieben Sie sie in Langlebigkeit beeinflusst durch RNA-Editierung von bestimmten genetischen Varianten, die ein Rückgrat haben Arsen), Ich habe beschlossen, COGE und eines ihrer Werkzeuge überdenken. COGE hat ein bisschen verändert, seit wir zuletzt besuchten sie (einige der Änderungen hier). Es ist eine neue Schnittstelle, Weitere Dokumentation und viele weitere Tutorials, einige neue Tools und Zusammenhänge und vieles mehr Genome. Ich werde eine kurze Einführung in SynMap zu geben und es zu benutzen, um eine Umlagerung Genom-Analyse zu tun (Gegenstand einer Text-Tutorial auf der Baustelle).ResearchBlogging.org

Der Algorithmus in dem gewählten Beispiel ist QUOTA-ALIGN, die Gegenstand einer kürzlich erschienenen Arbeit, “Screening Syntenie Blöcke in paarweisen Vergleiche Genom durch Integer-Programmierung” in BMC Bioinformatics. Wie die Zeitung Abschluss Staaten:

Die QUOTA-ALIGN-Algorithmus Bildschirmen eine Reihe von Syntenie Blöcke nur behalten die mit einer vom Benutzer festgelegten Ploidie Beziehung zwischen zwei Genomen. Diese Blöcke, wiederum, kann für weitere Downstream-Analysen wie die Identifizierung wahr orthologen Regionen in interspezifischen Vergleich herangezogen werden.

Und wie bereits erwähnt, und du wirst in diesem Tipp finden, “QUOTA-ALIGN-Programm ist auch als Hauptkomponente in SynMap integriert http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, bietet einen leichteren Zugang zu Tausenden von Genomen für Nicht-Programmierer.
Tang, H., Lyons, E., Pedersen, B., Schnable, J., Paterson, A., & Freeling, M. (2011). Screening Syntenie Blöcke in paarweisen Vergleiche Genom durch Integer-Programmierung BMC Bioinformatics, 12 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-12-102

Tipp der Woche: Dot Plots, Syntenie bei VISTA

VISTA hat ein paar neue Funktionen hinzugefügt ihre große vergleichende Genomik Ressource, Dot-Plots und Syntenie Browser. Sie sind ausgezeichnete Funktionen und Erweiterungen, aber sie sind noch nicht leicht von der Homepage zu finden. Der heutige Tipp ich werde Ihnen zeigen, wo sie sind und werfen Sie einen Blick an, was sie tun soll. Wenn Sie auf vergleichende Genomik und Syntenie Blick, Sie prüfen wollen, diese Funktion. Sie verbanden von Vista-Punkt (welches Anfang des letzten Jahres hinzugefügt), denen Sie mehr über die Open-Access-Tutorial hier. Um mehr zu erfahren über das, was sie tun und wie sie verwendet werden, Schau im VISTA Hilfe-Sektion hier verlinkten.

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • Ich konnte nicht herausfinden, die Folklore Teil, aber dieses handliche kleine Schnittstelle namens Matrix2png nimmt Listen und eine Matrix-Diagramm, sah ein bisschen nützlich für mich: RT @ Pleonard: Wonder, wenn Autoren von Visualisierungs-Software für Proteinsequenzierung wusste, dass es eines Tages auf den dänischen Folklore verwendet werden? http://bit.ly/e9HS5v [Mary]
  • Ugene: http://ugene.unipro.ru/index.html Sie haben vor kurzem eine neue Version veröffentlicht, und es sieht sehr schön aus.. Nachfolger von Taverne? [John, from last week’s SNPpets comments]
  • Neue Software für vergleichende Genomik: PHAST und RPHAST. [Trey]
  • Liebte dieses Bildmaterial: RT @HHMINEWS: Evan Eichler: Die sich entwickelnde menschliche Genom als ein Action-Adventure Film mit mehreren Autounfällen: http://ow.ly/3Oocv hat tip to @ WudIzThePoint [Mary]
  • iPlant Ankündigung–sehr cool. Beachten Sie auch, sie suchen Software-Ingenieure für ihre Projekte: RT @ Plantdisease: InTheNews: Eine leistungsstarke neue Partnerschaft in Plant Science http://bit.ly/gJ3PTh [Mary]
  • Auf dem Weg zur Integration der Genomik in Gesundheitswesen: RT @ Eurogene: Die Kombination adv Informatik, Genomik, Beratung, Emerge 1. Schritt zur genomischen inc. in routinemäßige http://bit.ly/gYtNHl Keith Grimaldi Line-Typ [Mary]
  • Von BIO SmartBrief, einen Artikel über mit Genomik der Tuberkulose-Erreger, Kurse von Antibiotika zu bestimmen für den einzelnen Patienten in der Hoffnung, Erhöhung der Effektivität der Behandlungen & abnehmender Auftreten von Resistenzen gegen antimikrobielle Arzneimittel. Wie cool ist das? [Jennifer]
  • CSI Genomik: RT @ EricTopol: Erste “molekulare Autopsie” mit Sequenzierung ganzer Genome, um die Todesursache festzustellen http://bit.ly/ffzPBN [Mary]

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • NWChem für High-Performance Computational Chemistry hat kürzlich Open Source gegangen. (HT GenomeWeb) [Jennifer]
  • DIYGenomics betrifft eine iPhone App daß vergleicht Verbraucher Genomik Sammlungen. [Mary]
  • Ein Poster auf BridgeDB, eine Ressource für ID Konvertierungen. Hat tip to Chris Evelo. [Mary]
  • Sanger hat eine sehr schöne Website für persönliche Genomik und allgemeine Hintergrundinformationen über das menschliche Genom getan, Ziel weitgehend an die breite Öffentlichkeit und an Lehrer. http://www.yourgenome.org/ [Mary]
  • Nizza phylogenetische Analyse vor Ort für den Bau Protein Phylogenien und Struktur Vorhersagen: PhyloBuilder [Trey]
  • Verdrahtet Magazin hatte Spaß auf einige Metagenomik nehmen aus der Galaxy-Team. [Mary]
  • Via tweet: RT @ Dgmacarthur: 50% der Befragten in Großbritannien würde frei Gentests, aber nur 5% Interesse an aktuellen DTC Preise: http://bit.ly/b7tDvx [Mary]
  • Ich völlig verfehlt World Statistics Day. Kein Feuerwerk. Kein Kuchen. Nuthin '. Seufzer. [Mary]

Tipp der Woche: Vergleicht Mikrobielle Datenbanken


Vor ein paar Wochen ein Kommentator fragte mich, zu vergleichen IMG (Integrierte mikrobielle Genome) zum UCSC mikrobiellen Genoms Browser. Ich habe zu erforschen & Denken seitdem & werde eine sehr kurze Vergleich dieser beiden Mittel in der heutigen Trinkgeld zu geben & Ich werde den Vergleich zu anderen Ressourcen erweitern hier im Text von diesem Post.

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