الوسم المحفوظات: المقارنة الجينوميات

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as عامل الميناء, لاستكشاف. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. وأكثر من ذلك.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


الفيروس مقاومة للالكسافا (وتستخدم بعض البرامج للوصول إلى هناك)

لقد كنت مهتما جدا في مشاريع الجينوم النباتية وانها كانت كبيرة لرؤيتهم تسفر عن أوراق كثيرة مثيرة للاهتمام جدا في الآونة الأخيرة–في الآونة الأخيرة على الطماطم الجينوم وأكثر من ذلك حتى في تحليل الذرة. بقدر ما انها متعة لنظرات-السرة حول الجينوم البشري لعلم الجينوم الشخصية, وأنه من المهم للحصول على العلاج الطبي على الأمراض التي تصيب الإنسان–ويمكن لمشاريع مصنع الجينوميات مساعدة أعداد هائلة من الناس مع التغذية الأساسية. وهذه ليست مجرد الغربيون جيدا المؤمن. وأود وقد تم تمويل أفضل النباتات وعلم الجينوم ليس تحت التهديد…للأسف.

لذلك فمن الجميل أن نرى بعض التوعية في مشاريع من هذا النوع. لي ربط CLCBio النشرة إلى قصة لطيفة والفيديو لمشروع الكسافا المقاومة للفيروس (VIRCA). فرق من الولايات المتحدة وافريقيا وتعمل على النبات الذي هو تحت التهديد الرئيسي في الوقت الراهن–لكن مصدرا رئيسيا للغذاء لصغار المزارعين. هذه المادة في صحيفة نيويورك تايمز من بضع سنوات قبل توفر بعض المعلومات الأساسية حول هذه المسألة, وتظهر صور من النتيجة الرهيبة للعدوى فيروس: التخريب فيروس نباتات الكسافا في أفريقيا. في شريط الفيديو فسوف نلاحظ أنها تؤكد أن هذا ليس مشروعا للزراعة الشركات–انها سوف تكون متاحة بحرية للمزارعين.

ويذكرون أنهم يستخدمون برنامج CLCBio للمساعدة في ذلك–نادرا لا أحد تسليط الضوء على البرمجيات في هذه المشاريع, وهذا جعلني أبتسم!

مشاهدة الفيديو لبعض وجهات النظر لطيف ما مصنع مشاريع الجينوم تبدو وكأنها, ولكن تأكد من اطلع على تفاصيل مشروع إضافي في أكثر من صفحة CLCBio. وإذا كان هذا لا ينسق اليمين, يمكنك مشاهدة الفيديو هناك أيضا.

تلميح فيديو للأسبوع: MizBee تصاحب جيني المستعرض

في الطرف الأخير من الأسبوع وأعرب عن سروره حقا عن فرصة لرؤية البيانات من ورقة في إعداد مخصص GBrowse, ولكنه ذكر لي أيضا من القيود المفروضة على بعض الاستراتيجيات الحالية لتصور أننا نواجه. في تلك الحالة كانت واحدة من الأشياء التي أردت أن تكون قادرا على تصور كل من الجينات النووية + التعبير مع جينات الميتوكوندريا + التعبير. الآن ليس هناك طريقة للقيام بذلك بسهولة في مستعرض رسومية (بقدر ما أعرف).

استراتيجيات تحسين التصور التي توفر مزيدا من المرونة حول ينظر الميزات, وهذا النطاق حتى طوفان البيانات الحالية, كلاهما سيكون ضروريا. حتى عندما اكتشف هذا سقسقة حول التصور المجموعة القيام أنا مفتون:

RT @ mcmahanl: RT @ chlalanne: تحقق من عمل Miriah ماير في # # dataviz عن المعلوماتية الحيوية, http://t.co/xo5Ei7K (@ عبر FILWD)

غيض الفيديو أنتجت هذا الاسبوع من قبل فريق ماير, ويمكن النقر على هذه الصورة للانتقال إلى الصفحة حيث يمكنك أن ترى.

المجموعة Miriah ماير كما فعل عدد من المشاريع المثيرة للاهتمام التصور جارية. تحقق من قائمة هنا: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/ . و MizBee الأداة التي تستكشف العلاقات syntenic بيانيا هو التركيز بشكل خاص للفيلم, ولكن سترى هناك أدوات أخرى أيضا.

قرب, حجم, ويمكن تصور التوجيه والتشابه مع MizBee تصاحب جيني المستعرض أدوات, والفيديو يوضح كيفية التفاعل مع المتصفح ودراسة الميزات والمناطق ذات الاهتمام.

ابن مفتون أنا أيضا من قبل MulteeSum المشروع. وكنت أتساءل عما اذا كان وضع تلك البيانات المكانية من المشروع الميتوكوندريا (النووية مقابل الميتوكوندريا) ويمكن القيام به مع هذه الأنسجة المختلفة. قد تحصل على ميزات أردت أن تقارن بصريا من هذا العمل رائع جدا. على سبيل المثال في أوراقهم يظهر التعبير في جنين أن يطير مقنعة جدا. و Pathline أداة قد تقدم وسيلة أخرى للقيام بذلك أيضا.

انه لشيء رائع أن نرى هذه الجهود المبذولة لإدارة ووضع تصور لحجم هائل من البيانات. اعتقد انه اذا كنت قادرا على القيام ثيقة أخرى في مرحلة ما بعد في هذه المرحلة من شأنه أن يكون مكانا رائعا للحصول على منغمسين في شيء حاسم حقا للمستقبل.

وصلات سريعة:

مشاريع المجموعة ماير: http://www.cs.utah.edu/~miriah/projects/

MizBee على وجه التحديد: http://www.cs.utah.edu/~miriah/mizbee/Overview.html

المراجع:

ماير, م., Munzner, ت., & فيستر, H. (2009). MizBee: مستعرض متعددة النطاقات تصاحب جيني المعاملات IEEE على التصور والرسومات الكمبيوتر, 15 (6), 897-904 دوى: 10.1109/TVCG.2009.167

ماير, م., Munzner, ت., DePace, أ., & فيستر, H. (2010). MulteeSum: أداة للمقارنة المكانية والزمانية بيانات التعبير الجيني المعاملات IEEE على التصور والرسومات الكمبيوتر, 16 (6), 908-917 دوى: 10.1109/TVCG.2010.137

ماير, م., وونغ, ب., Styczynski, م., Munzner, ت., & فيستر, H. (2010). Pathline: أداة للحصول على علم الجينوم الوظيفي المقارن الكمبيوتر الرسومات المنتدى, 29 (3), 1043-1052 دوى: 10.1111/j.1467 - 8659.2009.01710.x

نصيحة الأسبوع: علم الجينوم المقارن باستخدام محطة بلازا

ResearchBlogging.orgمربع, موردا للعلم الجينوم المقارن النبات, لديه أكثر بكثير مما تراه العين في البداية. حاليا في قاعدة البيانات والأدوات والبيانات المقارنة لنحو 2 عشرات المعامل بما في ذلك الفلقة, dicots, الطحالب والطحالب. هناك بعض الأدوات واضحة والبيانات من خلال الصفحة الرئيسية, ولكنني أقترح عليك أن نلقي نظرة على وثائق و الدروس, ستجد هناك الكثير بمجرد البدء في الخوض في ذلك. في هذا غيض, انا ذاهب الى المشي على الرغم من الحصول على نسالة لعائلة من الجينات كليد محددة لتوضيح أن هناك الكثير هنا أنك قد لا ترى في البداية.

مربع: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

للعلم الجينوم المقارن العشب قد تحتاج أيضا إلى التحقق من Gramene (البرنامج التعليمي, اكتتاب) وعلم الجينوم المقارن عامة, VIEW (البرنامج التعليمي, مجانا) هو مصدر ممتاز أيضا.

هتاف, س., من اتصل, م., Sterck, L., Billiau, ك., فان Parys, ت., فان دي بير, Y., & Vandepoele, K. (2009). PLAZA: وعلم الجينوم المقارن من الموارد لدراسة الجينات وتطور الجينوم في النباتات أون لاين مصنع CELL, 21 (12), 3718-3731 دوى: 10.1105/tpc.109.071506

نصيحة الأسبوع: انتزاع (مقارنة الجينوم) إعادة النظر

لقد فعلت ذلك ل تلميح على أداة لCoGe, GeVo قبل نحو عامين ، وكان لدينا ضيف آخر من ليون حول CoGe اريك, المطور الرئيسي لل انتزاع ما يزيد قليلا عن العام الماضي. في سعينا المستمر وأحيانا للحفاظ على نصائح جديدة لدينا (ونقلها إلى SciVee), لقد قررت لإعادة النظر في CoGe واحدة من أدواتها. لقد تغيرت قليلا منذ CoGe زرنا الماضي انها (نرى بعضا من التغييرات هنا). هناك واجهة جديدة, مزيد من الوثائق والكثير من الدروس, بعض الأدوات الجديدة والترابط والجينوم الكثير. أنا ذاهب لإعطاء مقدمة موجزة لSynMap وذاهب لاستخدامها للقيام بتحليل إعادة ترتيب الجينوم (موضوعا ل نص البرنامج التعليمي في الموقع).ResearchBlogging.org

الخوارزمية مختارة في مثال على ذلك هو نظام الحصص ALIGN الذي هو موضوع ورقة حديثة, “فرز كتل تصاحب جيني في الجينوم البشرى comparisions من خلال البرمجة صحيحا” BMC في المعلوماتية الحيوية. كما تنص ورقة الختام:

حصة - ALIGN شاشات الخوارزمية مجموعة من القطع تصاحب جيني للاحتفاظ فقط تلك المتوافقة مع مستخدم محدد الصيغة الصبغية العلاقة بين اثنين من الجينومات. هذه الكتل, بدوره, يمكن استخدامها لتحليل المصب إضافية مثل تحديد المناطق orthologous الحقيقية في مقارنات بين الأنواع.

وكما هو مذكور, وسترى في هذا غيض, “تم دمج الحصص ALIGN البرنامج أيضا باعتبارها عنصرا رئيسيا في SynMap http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, تقدم سهولة الوصول إلى الآلاف من الجينوم لغير المبرمجين.
مسحة, ه., ليون, E., بيدرسن, ب., Schnable, ج., باترسون, أ., & Freeling, M. (2011). فرز كتل تصاحب جيني الجينوم البشرى في مقارنات من خلال البرمجة صحيحا BMC المعلوماتية الحيوية, 12 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-12-102

نصيحة الأسبوع: نقطة مؤامرات, تصاحب جيني في فيستا

وقد أضاف VISTA عددا من الميزات الجديدة إلى مواردها العظيمة الجينوميات المقارنة, قطع نقطة ومتصفح تصاحب جيني. فهي ممتازة ميزات وإضافات, ولكنها ليست حتى الآن من السهل العثور على الصفحة الرئيسية. نصيحة اليوم انا ذاهب الى تبين لكم أين هم ، وإلقاء نظرة سريعة على ما يفعلونه. إذا كنت تريد أن تبدو في علم الجينوم المقارن وتصاحب جيني, فأنت تريد أن تحقق من هذه الميزة. أنها ترتبط من ويندوز فيستا نقطة (وأضاف في أوائل العام الماضي), الذي يمكنك معرفة المزيد عنها في فتح وصول البرنامج التعليمي هنا. لمعرفة المزيد عن ما يفعلونه ، وكيفية استخدامها, افحص ترتبط VISTA قسم المساعدة هنا.

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • لم أتمكن من معرفة جزء الفولكلور, ولكن هذه الواجهة سهلة صغيرة تسمى Matrix2png تأخذ القوائم وجعل رسم تخطيطي لمصفوفة, بدا قليلا من المفيد لي: RT @ pleonard: أتساءل عما إذا كان الكتاب من البرامج التصور لتسلسل بروتين يعرف أن يوم واحد يمكن استخدامه في الفولكلور الدنماركي? http://bit.ly/e9HS5v [ماري]
  • UGene: http://ugene.unipro.ru/index.html وقد أفرج عنهما مؤخرا نسخة جديدة, ويبدو لطيفا جدا.. خليفة تافيرنا? [جون, from last week’s SNPpets comments]
  • برنامج جديد لعلم الجينوم المقارن: وPHAST RPHAST. [تراي]
  • أحب هذه الصور: RT @ HHMINEWS: ايفان ايشلر: تطور الجينوم البشري بوصفه مغامرة فيلم الحركة والاثارة مع حوادث السيارات متعددة: http://ow.ly/3Oocv تلميح إلى قبعة @ WudIzThePoint [ماري]
  • iPlant الاعلان–رائع جدا. كما لاحظ انهم يبحثون عن مهندسي البرمجيات لمشاريعهم: RT @ plantdisease: InTheNews: شراكة قوية جديدة في علوم النبات http://bit.ly/gJ3PTh [ماري]
  • التحرك نحو دمج الجينوم في الرعاية الصحية: RT @ € الجينات: الجمع بين أدف المعلوماتية, علم الجينوم, تشاور, تظهر الخطوة 1 إلى المؤتمر الوطني العراقي الجينوم في الرعاية الصحية الروتينية http://bit.ly/gYtNHl قبعة غيض كيث غريمالدي [ماري]
  • من BIO SmartBrief, مقال عن باستخدام علم الجينوم من مسببات مرض السل إلى تحديد مسارات للمضادات الحيوية للمرضى الفردية على أمل زيادة فعالية العلاجات & انخفاض حدوث المقاومة الجرثومية للمخدرات. كيف هو أن تبرد? [جنيفر]
  • الجينوميات CSI: RT @ EricTopol: الأول “الجزيئية التشريح” باستخدام تسلسل الجينوم لتأسيس سبب الوفاة http://bit.ly/ffzPBN [ماري]

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • الصحة العامة في عصر الجينوم, تقرير صادر عن مؤسسة PHG, خارج. يمكنك الوصول إليه في مواقعهم هنا. [ماري]
  • و 23andme بيع يستمر حتى عيد الميلاد–كما عاب ستوفير - التخزين? [ماري] (جيد, لقد منحنا بعض عيد الميلاد هذا العام :D) [تراي]
  • سقسقة هذا الأسبوع هو المفضل من @ genetics_blog: الفن التجريدي مع PubMed2Wordle http://goo.gl/fb/RNOEh
  • الكثير من اللغط يدور حول سقسقة ، هذه اللعبة الجينوميات المقارنة: Phylo. [ماري]
  • قهقه [ماري]:
  • أسبوع من ويكي? ماري يذكر الفرص WikiGene في وقت سابق من هذا الاسبوع, لقد حصلت على زوجين من الإعلانات ذات الصلة ويكي البريد الإلكتروني, ومسألة طبيعة أن أذهب هذا الاسبوع وقد مقالا بعنوان “لا راحة للالحيوي الويكي” [جنيفر]
  • فاتني نيويورك فرقة مسرح استوديو تصوير للتشغيل 51, مسرحية عن روزاليند فرانكلين, لها العلم وكفاحها (وصف الطبيعة في هذه المقالة, يتطلب اشتراك أو دفع). نأمل أن يتم اختيار المسرحية من قبل المسارح الأخرى, أحدهما بالقرب مني. [جنيفر]
  • ماري & تلقيت كلا من إعلانات الافراج عن النسخة 2.0 البرنامج المساعد Cytoscape GeneMANIA للتنبؤ وظائف الجينات. يمكنك أن تقرأ حول هذا الموضوع هنا. [جنيفر]
  • و 10,000 مشروع الجينوم (G10K) تعلن اختيار من هو أول 101 نوع. انتقل إلى موقع G10K, انقر على مربع الإنجازات على الحق لرؤية قائمة. أنا متأكدة تماما من انها المرة الأولى التي شاهدتها على الاطلاق الأنواع “وتشانغ الدنيس”. وما هو Coqui? أعرف الكوالا. بارد. [ماري]
  • شيء للنظر: “هي المرأة مفتاح التنمية المستدامة?” [جنيفر]

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • NWChem للذهب عالية الأداء الكيمياء الحاسوبية مؤخرا المصدر المفتوح. (HT GenomeWeb) [جنيفر]
  • DIYGenomics يتصل an فون التطبيق الذي يقارن مجموعات المستهلكين الجينوميات. [ماري]
  • A ملصق عن BridgeDB, مصدر للتحويلات معرف. تلميح إلى قبعة كريس Evelo. [ماري]
  • وقد فعلت سانجر موقع لطيفة جدا لعلم الجينوم الشخصية وخلفية عامة عن الجينوم البشري, تهدف الى حد كبير في الرأي العام وعلى المعلمين. http://www.yourgenome.org/ [ماري]
  • موقع لطيفة تحليل النشوء والتطور لبناء البروتين والتنبؤات phylogenies هيكل: PhyloBuilder [تراي]
  • سلكي وكان مجلة متعة تأخذ على بعض metagenomics من فريق غالاكسي. [ماري]
  • عبر سقسقة: RT @ Dgmacarthur: 50% من المجيبين في المملكة المتحدة اتخاذ الاختبارات الجينية مجانا, ولكن فقط 5% المهتمة بأسعار DTC الحالي: http://bit.ly/b7tDvx [ماري]
  • فاتني تماما اليوم العالمي للإحصاء. لا مفرقعات. أي كعكة. Nuthin '. تنهد. [ماري]

نصيحة الأسبوع: المقارنة بين قواعد البيانات الميكروبية


قبل بضعة أسابيع سأل المعلق لي للمقارنة IMG (خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة) إلى متصفح الجينوم UCSC الميكروبية. لقد تم استكشاف & التفكير منذ ذلك الحين & ذاهب لإعطاء مقارنة موجزة جدا من تلك الموارد اثنين في تلميح اليوم & انا توسيع بالمقارنة مع غيرها من الموارد هنا في هذا النص من آخر.

مواصلة القراءة