الوسم المحفوظات: سرطان

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

هذا الاسبوع لدينا DNA في الاقتصاد أزعج ولعشاق الرياضة,,en,موارد البرامج الجديدة للفيروس والدهون,,en,مجموعة يدوية من الأوراق الجينوم السرطان,,en,الدخن,,en,ودي الانقراض,,en,بلدي المفضل قراءة هذا الأسبوع,,en,وكانت ورقة مراجعة البعوض وحملة الجين,,en,أنا حتى على متن الطائرة لالجينات تقود تلك الأشياء,,en,"كم هو لديك DNA وورث,,en," بواسطة,,en,mcgowankat,,en,الاقتصاد الحفلة الجينوم هنا,,en,إدخال SIB جديد,,en,V-الأنابيب و,,en,SwissLipids,,en,pic.twitter.com/hLLuyy9RMJ,,en,مجموعة رهيبة من,,en,البحث عن,,en,NatRevClinOncol,,fr,NatureRevCancer,,en,pic.twitter.com/pvbDVA0LTU,,en,األوامر الأحياء,,en,CommsBio,,la,المستقبل هو فهم,,en,من المعلوماتية الحيوية ستانفورد للندوة Microbiome,,en,pic.twitter.com/P5PM1fmSa9,,en,كريستوفر كورنو,,en,cornue,,en,الشهر القادم,,en,DARPA,,en,rwegrzyn,,pl,على موازنة,,en,السلف مع مخاوف الأمن البيولوجي "هندسة السلامة جين,,en,pic.twitter.com/sc6b2cI45b,,en (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, خروف, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, رغم أن, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


And why I want gene drive mosquitoes:

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. أيضا, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. أيضا, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ بيانات الجينوم. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


الجمعة SNPpets

This week was a busy and diverse week. From Bioinformatics as an Amusement Park, to the very serious FDA approval of 23andMe’s reports. From Lenski’s April Fool’s post to cancer databases. From diagnosing children with genomics details, to CRISPR sci-fi. We live in interesting times. But at least now we will be able to see everybody citing everybody else.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets offer a rather eclectic collection. Visualization with PanViz, LepBase for lepidopterans, a simulated data generator, and a new collection of community-curated phylogenetic estimates. But the big noise was the cancer “moonshot” data commons and the clinical trial for NCI-MATCH and precision medicine. Also newborn genome sequencing. Funniest thing: passive-aggresive bioinformatics. Coolest thing: Paul Simon and CRISPR (scroll to the bottom of the list).


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


one query type from: genomeportal.stanford.edu/pan-tcga/

نصيحة الأسبوع: The Cancer Genome Atlas Clinical Explorer

الوصول TCGA cancer data has been approached in a variety of ways. This week’s tip of the week highlights a web-based portal for improved access to the data in different ways. The Stanford Cancer Genome Atlas Clinical Explorer is aimed at helping identify clinically relevant genes in the cancer data sets.

They note that the data is available in other places and tools, from tools we’ve talked about before such as cBioPortal, UCSC مستعرض جينوم السرطان, and interacting with the StratomeX ملامح. But this portal helps peoplt to quickly focus on clinical parameters in ways that aren’t as straightforward in the other tools.

You can learn more about the project on their site from their Overview في الموقع, and you can see their publication about it (أقل من). The paper also covers some issues they had with the downloaded data that might be worth noting. And they also supplemented their analysis and information with COSMIC و TARGET (رumor alterations relevant for شركة جنرال الكتريكnomics-driven رherapy) data as well.

one query type from: genomeportal.stanford.edu/pan-tcga/

One query type from: genomeportal.stanford.edu/pan-tcga/

The interface offers several quick ways to dive into the data.

يوجد 3 main query types: genes associated with certain clinical parameters; query directly by gene/protein/miR; and a two-hit hypothesis test. The first query is the image I’ve shown here. When you get to the the results, you can explore them in more detail with sortable tabular outputs, and on gene pages tabs for copy number changes, الطفرات, and RNA-seq values.

They give you some “example queries” that you can use as a way to get started and see what’s available underneath. And although we usually like to highlight a video, the tutorial that they provide is a slide embed.

So have a look at this interface if you’d like to explore TCGA data with a handy and quick query strategy. It might offer some hunting license on genes you are interested in, or some ideas for other investigations in tumor types you study.

 

ربط سريع:

Stanford-TCGA-CE: http://genomeportal.stanford.edu/pan-tcga

مرجع:
لي, ه., Palm, ج., Grimes, س., & لها, H. (2015). The Cancer Genome Atlas Clinical Explorer: a web and mobile interface for identifying clinical–genomic driver associations الجينوم الطب, 7 (1) دوى: 10.1186/s13073-015-0226-3

Comparison of cancer genomics tools, via: Swiss Med Wkly. 2015;145:w14183

تلميح فيديو للأسبوع: UCSC Xena System for functional and cancer genomics

When we go out and do workshops, we get a lot of requests from researchers who would like some guidance on cancer genomics tools. Our particular mission has been to aim more broadly at tools that are of wide interest and not to focus on a particular disease or condition area. But certainly the cancer genomics arena is going to be one of the ones that’s got so much opportunity for great bioinformatics-based outcomes in the near term. So I keep an eye out for tools researchers may want to explore.

عندما “علم الجينوم” twitter column in my Tweetdeck dropped this new mini-review of cancer genomics tools on my desktop, I went to look right away: Data mining The Cancer Genome Atlas in the era of precision cancer medicine. TCGA is the focus of the data source they are talking about, but the tools included may have more data sets and wider utility, بالطبع. Most of the tools described were familiar to me (cBioPortal, GDAC Firehose, UCSC مستعرض جينوم السرطان, canEvolve), but a couple of them were new. I had never explored the ProGeneV2 tools before. و UZH Cancer Browser was also new to me.

Comparison of cancer genomics tools, via: Swiss Med Wkly. 2015;145:w14183

Comparison of cancer genomics tools, من خلال: Swiss Med Wkly. 2015;145:w14183

One thing that’s very helpful to me is the kind of table they provided as Table 2. It’s a comparison of the main tools they are discussing, with different features of each compared. That’s handy for choosing the tool to spend time on, depending on your own research needs.

But they also referred to another tool that was new to me, Xena. “The UCSC cancer browser will be updated in the future, with the new Xena platform for visualisation and integration with Galaxy“. I can never resist new genomics visualization tools, and as a giant fan of المجرة, I certainly need to know more about this.

So I went to look around for some information on it, and their introductory video is this week’s Tip of the Week.

So Xena is designed to let you combine your own data with large public resource collection data, without leaving your firewall or without being too onerous to pull down all the public data and manage it locally. You can explore functional genomics data and related phenotype and clinical data. It uses the “محاور” strategy that is becoming increasingly adopted as a way to integrate across data collections. We were just talking about hubs in another recent tip if these are new to you. It supports a wide range of data types to examine and visualize. If you want to go deeper, there’s a lot more information over at the Xena homepage. They have documentation, presentation slides, and a step-by-step demo available from a recent workshop.

Certainly one of the key features appears to be that you can integrate your own research data–which might be subject to strict privacy regulations–on your own computer with all the other key information from public data providers. Increasingly researchers I talk to at workshops need this aspect very much.

So try out Xena, and explore the other tools in the cancer genomics space, to see what’s right for your research.


Hat tip to Oscar:

And you can follow Xena on twitter for news and updates: https://twitter.com/UCSCXena

وصلات سريعة:

Xena: http://xena.ucsc.edu/

المراجع:

كلاين, م., Craft, ب., Swatloski, ت., جولدمان, م., لكن, س., هاوسلر, د., & تشو, J. (2013). Exploring TCGA Pan-Cancer Data at the UCSC Cancer Genomics Browser تقارير علمية, 3 دوى: 10.1038/srep02652

Cheng PF, Dummer R, & Levesque MP (2015). Data mining The Cancer Genome Atlas in the era of precision cancer medicine. Swiss Med Wkly. (145) : 10.4414/smw.2015.14183

Biostars

ما هو الرد? (cancer data visualization tools)

This week’s highlighted question was less of a question than a notice about a new tool. And because I’m always interested in exploring new visualization tools, I was interested to have a look. وبالإضافة إلى ذلك, we are frequently asked about tools specific for cancer genomics, and I like to be able to tell people about what I’ve found.


Biostars هو موقع لطرح, الإجابة ومناقشة المسائل والقضايا المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء Biostars_logo المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في Biostars التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). Thursdays we will be highlighting one of those items or discussions here in this thread. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في في Biostars.


So here’s this week’s highlighted question (جيد, the question mark was edited out later, but this is what it said when I grabbed it):

أداة: A new tool for cancer researcher developed by UCSC?

Another tool XENA that comes to the world of Bioinforamatics designed by UCSC. I am not sure if people are aware of it. It is developed recently and I got the notification last evening. Seems to be having a lot of potential for both data visualization and also producing quality images for publication. The paper is not yet out but the mention of the tool was done last year when the update paper of the UCSC Cancer Genomics browser was made for 2015.

The tool has got data from both TCGA and ICGC and is a powerful resource not only for public data comparing and viewing but also one can upload its own data or download the tool locally to a desktop app version and visualize it. The tool is available at the below link

http://xena.ucsc.edu/

The technical doc is هنا . Am sure it will be a great resource for the researchers and bioinformaticians across the globe. For analysis it also integrates the galaxy as well and if you format your data in a version as mentioned in help docs one can view their data as well. Enjoy and appreciate the work. Hope people would like it.

P.S:

I am not involved in the work. I liked the tool a lot so thought of informing it to the community

vchris_ngs

It also generated a bit of discussion about the challenges of developing visualizations. تذهب ننظر لها.

تلميح فيديو للأسبوع: COSMIC, كتالوج الجسدية الطفرات في السرطان

عندما نفعل ورش عمل في المراكز الطبية, أحد الأسئلة الأكثر شيوعا أحصل هو حول تحديد موارد جيدة للبيانات السرطان. وتحدثنا عن بعض المشاريع الكبيرة, مثل ICGC. لقد تحدثنا عن سبل مجموعات البيانات تطبق, وكان مثالا واحدا على ذلك في السرطان, باستخدام بيانات من أطلس الجينوم للسرطان. للمضي قدما, القدرة على تسلسل بسرعة وضعها الطبيعي مقابل أزواج الورم يجب أن تساعدنا على فهم أكثر بسرعة والأورام المستهدفة. وهذا من شأنه أن يؤدي إلى حالات أخرى من الخيوط الجديدة كليا في بعض الحالات.

ولكن واحدة من الأدوات الصلبة حقا أنني أحب أن أكون متأكدا من تسليط الضوء على الناس هو COSMIC جمع. انها ليست جديدة–انها كانت موجودة لمدة عشر سنوات الآن. ولكن انها واحدة من تلك الأنواع من الموارد البيانات الأساسية أن الناس حقا تحتاج لمعرفته حول. تجربتهم الطويلة, من كرأيشن جودة عالية, وتكيفها لتدفقات جديدة من وحدات التخزين البيانات وأنواع البيانات, جعلها مصدرا قيما للمعلومات حقا.

قراءة ورقة التحديث في ل 2015 NAR قاعدة بيانات القضية, أردت أن أذهب مرارا وتحديث ذاكرتي من السمات كنت أعرف, واستكشاف بعض من أحدث الميزات جدا. هناك فعلا بعض العمق الشديد بشأن هناك, وأنا لا يمكن أن أتطرق إلى كل من الجوانب التي لديهم في بلوق وظيفة مثل هذه. ولكن اكتشفت أيضا أنها قد قدمت مؤخرا عددا من أشرطة الفيديو لمساعدة الناس على التعلم عن مختلف الأدوات والخيارات.

للتلميح فيديو للأسبوع هذا الأسبوع, سوف تشمل على “نظرة عامة” قطعة. ولكن عليك أن تتحقق من الصفحة التعليمية الخاصة لمزيد من الموضوعات وكذلك.

واحد الميزة التي لم أكن أدرك هو أنها توفر كان متصفح الجينوم باستخدام JBrowse الإطار. وهناك شريط فيديو منفصل مع بعض التوجيهات حول كيفية استخدام تلك.

قسم من الاتجاهات المستقبلية في ورقة يجعل من الواضح انهم يستعدون لتكون قادرة على التعامل مع البيانات الواردة في هذا الموضوع. وهم تقييم أدوات جديدة والتحليلات التي قد يكون من المناسب. لكنها تلتزم الحفاظ على تركيزها القوي على كرأيشن–وهو الموسيقى إلى أذني. أعتقد أن مقومة بأقل من قيمتها ناحية جودة كرأيشن في وقت واحد من قبل المستخدمين النهائيين (وللأسف من قبل الممولين), في حين يجري حاسما تماما لمعالجة جميع البيانات الكبيرة الذي سيأتي. حتى الحصول على دراية COSMIC لعلم الجينوم السرطان البيانات. وسوف يكون من المفيد لك الوقت.

ربط سريع:

COSMIC: http://cancer.sanger.ac.uk/

مرجع:

فوربس وس. ع., D. بيير, ف. Gunasekaran, K. ليونج, N. Bindal, H. Boutselakis, M. شيء, S. بامفورد, C. كول, S. جناح & C. و. الشطكوك لعبة & (2014). COSMIC: استكشاف المعرفة في العالم من الطفرات الجسدية في سرطان البشري, أبحاث الأحماض النووية, 43 (D1) D805-D811. دوى: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1075

ما هو الرد? (الاختلافات في البيانات سرطان)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة ومناقشة المسائل والقضايا المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك العناصر أو المناقشات هنا في هذا الموضوع. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

سؤال هذا الأسبوع يسلط الضوء على قضايا البيانات سرطان, ومنذ فعلت قاعدة بيانات السرطان “نصيحة الأسبوع” التي حصلت على بعض الاهتمام لائق, ظننت أنني كنت أبقى مع الموضوع. ربما بعض الباحثين الذين هم أكثر دراية مجموعات البيانات السرطان سيكون لديك بعض الأفكار.

سؤال: cBio البوابة مقابل. Oncomine: الفرق في عينات وبيانات التعبير

كنت أبحث عن مستويات التعبير عن اثنين من الجينات المسؤولة عن سرطان المبيض المصلي البيانات من أطلس جينوم السرطان عبر بوابة CBio. واستنادا إلى عتبة Z-Score لل 2.0, لقد وجدت النسبة المئوية التالية من العينات (الحالات) لديهم مستويات التعبير تتأثر (أعلى أو لأسفل)

تعيين حالة: الأورام مع البيانات مرنا (اجيلنت ميكروأري): جميع العينات مع البيانات التعبير مرنا (489 عينات) CCNE1 – 11% CDK12 – 7%

لنفس البيانات في Oncomine (أنا باستخدام نسخة مجانية):

أطلس جينوم السرطان المبيض (517 عينات <- هذا الرقم هو أعلى من ما يتم نشره في أطلس جينوم السرطان المنشور سرطان المبيض) يتم توفير البيانات التعبير كما سجل متوسط ​​كثافة-2 ويظهر في Oncomine أن ارتفاع مستوى التعبير عن CCNE1 وCDK12 مستوى التعبير يرتبط مع مختلف الدرجات – على سبيل المثال الصف 3 ورم (درجة 3 (431 عينات) وارتفاع مستوى التعبير عن الجينات على حد سواء.

لقد لاحظت أيضا أن ورقة العمل 517 تم تعيين العينات وأي ورقة أسوشيتد 2011/03/24. وأنا أتساءل إذا كانت البيانات reffering إلى هذه الورقة على أطلس جينوم السرطان المبيض سرطان البينات.. http://www.nature.com/nature/journal/v474/n7353/full/nature10166.html

وأنا أتساءل لماذا هذا التناقض أو أنا في عداد المفقودين شيء هنا.

PS. لقد نشرت هذا السؤال على كل من Oncomine وقائمة cBio, ولكنها لم تتلق أي ردود حتى الآن. وأنا أتساءل عما اذا كان أي شخص هنا مع تجربة على واحدة من منصة يمكن أن توفر البصيرة لهذا.

والمسألة الأخرى التي كانت مهتمة لي مشكلة الدعم. هذا هو المهرة فائقة مستخدم يحاول جاهدا أن تفعل ذلك الحق–الاتصال فرق الدعم من المواقع, والحصول على أي رد. أعتقد أن هذا هو واحد من أكثر الأمور المحبطة حول هذه الساحة. والموارد الجيدة لدعم بعض المشروعات المستخدم. بعضها لا. ولكن إذا كان المستخدمون الذكية لا يمكن معرفة ما يحدث مع بيانات موقعك, الموارد الخاصة بك ليست مفيدة كما كنت أعتقد أنه من. وأود أن كان بقيمة مزيد من الدعم. ولكن إذا كنت تعرف ما الأمر–يذهب أكثر ويوفر جوابا.

تلميح فيديو للأسبوع: بلدي جينوم السرطان

computer_docهناك الكثير من الموارد قاعدة بيانات السرطان هناك. معظم من هم الذي ركزنا عليه كانت أنواع مستودع البيانات. TCGA, ICGC, CaBIG, COSMIC, سرطان الجينوم منضدة, UCSC متصفح الجينوم السرطان, وبالطبع مستودعات كبيرة مثل GEO. وسوف يقوم الباحثون أن هذه المصادر من البيانات لتحديد التعديلات الرئيسية في الخلايا السرطانية والأنسجة, وتقييم التغييرات مع الظروف العلاج. ولكن هذه هي ربما لم يكن الأماكن الأكثر فائدة بالنسبة للأطباء واجهت مع عينة محددة, أو للمرضى في محاولة لفهم أوضاعهم. كما يصبح أكثر وأكثر ورم البيانات أخذ العينات المتوفرة, والوصول مباشرة ومحددة للتنفيذ لقطعة من المعلومات ستكون حاسمة.

ويهدف الموقع MyCancerGenome لخدمة هذه الغاية للتنفيذ من الطيف البيانات. فقد تطور هذا الوضع لفترة من الوقت, ولكن القصة التي حدثت مؤخرا في صحيفة نيويورك تايمز ذكرني منه: الاختلافات في جين, وأدوات يمكن العثور عليها. لذلك لهذا الأسبوع تلميح فيديو للأسبوع, أنا تجلب لك نظرة على بلدي السرطان موارد الجينوم. لديهم شريط فيديو مقدمة لطيفة التي سوف تشمل هنا. وهو يسلط الضوء الميزات التي أنا لم يكن قادرا على الوصول إلى–الجزء الذي يربط بين سجلات المرضى + الطفرات + صفحات مفصلة كرت عن الطفرات والدراسات ذات الصلة. وصول الجمهور إلى أن الجزء الأخير, ولكنك لن تكون قادرا على رؤية جزء الإلكترونية السجل الصحي من الجانب العامة.

أوراق يخرجون التي تصف ترسب المعلومات في موقع MyCancerGenome. يمكنك معرفة المزيد عن فلسفة واستراتيجية حول فهرسة الطفرات الجسدية التي هي ذات الصلة سريريا في ورقة الأخيرة حول DIRECT (DNA mutation فيnventory إلى Rوefine Enhance CANCER Treatment) مشروع. علامة تبويب في ذلك الموقع يظهر لك البيانات الأولية المرتبطة بذلك, من سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة (NSCLC) الطفرات في مستقبلات عامل نمو البشرة (EFGR). وكما أكثر من هذه البيانات تأتي جنبا إلى جنب سنرى أن تنمو, بالطبع. يبدو خطوة جيدة في الطب متعدية. حتى يكون لها نظرة على المعلومات المفيدة والمرتكزة على الأدلة حول الاختلافات المحددة المرتبطة بالسرطان قيامهم بجمع.

ميزة أخرى هو خيار البحث للعثور على التجارب السريرية–عن مرض أو عن طريق الجينات. أنا لا أعتقد أنني قد رأيت البحث عن الجينات المحددة لهذا النوع من المعلومات قبل. هذا يمكن أن يكون مفيدا للأشخاص الذين يحتاجون إلى الوصول إلى خيارات العلاج الجديدة إذا كان لديهم بيانات محددة حول تحور الأورام الخاصة بهم.

إلقاء نظرة على صفحتي في جينوم السرطان, ونفكر إلى أين نحن ذاهبون مع هذه البيانات. آمل أن البيانات الجينوميات السرطان الجديدة سوف تساعد حقا استراتيجيات العلاج المناسب والفعال محرك.

ربط سريع:

موقعي الجينوم السرطان: http://www.mycancergenome.org/

صحيفة نيويورك تايمز المادة: الاختلافات في جين, وأدوات يمكن العثور عليها

المراجع:

سوانتون, C. (2012). بلدي جينوم السرطان: بوابة الجينوميات والسريرية موحد محاكمة مجلة لانسيت الأورام, 13 (7), 668-669 دوى: 10.1016/S1470-2045(12)70312-1

يه, P., تشن, ه., اندروز, ج., ناصر, ر., باو, دبليو., & قرن, L. (2013). جرد الحمض النووي للطفرات الجينية لصقل وتعزيز معالجة السرطان (مباشرة): A الكتالوج من الطفرات السرطان ذات الصلة سريريا لتمكين الجينوم الموجه العلاج المضادة للسرطان أبحاث السرطان السريرية, 19 (7), 1894-1901 دوى: 10.1158/1078-0432.CCR-12 حتي 1894

بلدي جينوم السرطان. 2013. http://www.mycancergenome.org (الوصول 4/30/2013).