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Vídeo Consejo de la semana: Un Gusano 3D!

En esta era de grandes datos y herramientas computacionales, es fácil de generar enormes cantidades de datos y estadística texty que ofrece grandes perspectivas en la biología, y entrega conduce a diseñar experimentos en los organismos reales y las células. Sin embargo, el biólogo celular y del desarrollo en mí todavía anhela herramientas de visualización ideal para explorar los resultados, más allá de las filas y columnas y valores p. Creo que mejor visualización de la “-ómicas” los datos sigue siendo una de las necesidades insatisfechas en este campo, y yo hemos hablado de eso más de una vez, pero la más reciente aquí.

He estado manteniendo un ojo sobre los avances en la WormBase porque sabía que iban a ser el cambio a su nueva interfaz muy pronto (que está ahí ahora y usted debe ver el nuevo aspecto pulido, y eso significa que tengo que actualizar nuestro tutorial una vez que está todo estable). Así que yo estaba viendo su blog para las actualizaciones. Uno de los puestos que tenían era para un proyecto diferente, aunque, y yo estaba realmente intrigado. Estaban promocionando el navegador OpenWorm, que ofrece una representación en 3D de un gusano que se puede interactuar con. Yo estaba enganchado. Je. (Anquilostoma–conseguir que? Eh, Nevermind….)

Así que busqué en la herramienta un poco más. No hay ninguna publicación en la iteración actual (pero se hace referencia en el documento a continuación WormBase), pero yo estaba leyendo sobre algunos de los componentes y de mirar los videos en el sitio varios OpenWorm que hablar con más detalle sobre los objetivos y el proyecto. La charla muy entusiasmados por Stephen Larson comparar el gusano a Lt. Datos de Star Trek era bastante atractiva y accesible, y una hermosa demostración de la difusión pública de la ciencia compleja.

Así que, no es el teniente. WormData todavía exactamente. Pero es un buen esfuerzo y puedo ver cómo podría ser útil para visualizar datos complejos, ya que se capas en la parte de las estructuras físicas. Señales del factor de transcripción de unión. Los niveles de expresión de ARN-seq datos. La apertura de la cromatina. Modificaciones de la proteína. Todo tipo de material biológico importante, que por lo general consideramos como “pistas” en el navegador del genoma definitivamente podría estar representado aquí. Espero que se expande y que podemos hacer este tipo de cosas que para otros organismos y las células y tejidos.

Y, francamente, era divertido para conducir por. Échale un vistazo. Tome este gusano para dar una vuelta. Y de verdad–se puede girar… Parece que el futuro para mí.

Enlaces rápidos:

OpenWorm proyecto de información: http://www.openworm.org/

Código de la página del proyecto OpenWorm: http://code.google.com/p/openworm/

OpenWorm navegador 3D: http://browser.openworm.org

WormBase virtual del gusano: http://caltech.wormbase.org/virtualworm/

WormBase (nuevo sitio: http://www.wormbase.org ) y (el legado del sitio: http://legacy.wormbase.org/)

Referencia para WormBase:

Yook, K., Harris, T., Bieri, T., Cabunoc, A., Chan, J., Chen, W., Davis, P., de la Cruz, N., Duong, A., Colmillo, R., Ganesan, U., Arboleda, C., Howe, K., Kadam, S., Kishore, R., Sotavento, R., LiAkiyama, Y., Muller, H., Nakamura, C., Nash, B., Ozersky, P., Paulini, M., Raciti, D., Rangarajan, A., Schindelman, G., Shi, X., Negro, E., Ann Fuego, M., Van Auken, K., B.ng, D., B.ng, X., Williams, G., Hodgkin, J., Berriman, M., Durbin, R., Kersey, P., Spieth, J., Stein, L., & Sternberg, P. (2011). WormBase 2012: más genomas, más datos, nueva página web Nucleic Acids Research, 40 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkr954

Nueva Tutoriales en línea en FlyBase, WormBase e Informática del genoma del ratón (MGI) Recursos

tutoriales global sobre la bioinformática organismo modelo de bases de datos FlyBase, WormBase MGI y permitirá a los investigadores de forma rápida y eficaz uso de estos recursos invaluables.

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de nuevas suites tutorial sobre varios recursos como organismo modelo FlyBase, WormBase y una actualización de la Informática del genoma del ratón (MGI) base de datos. Los organismos modelos son esenciales para nuestra comprensión de la biología básica y la investigación biomédica moderna. Drosophila, C. elegans y ratones son tres muy investigado organismos modelo. FlyBase y WormBase son los principales recursos de información molecular y genética en la Drosophilidae y en Caenorhabditis elegans y especies afines, respectivamente. MGI es una serie de herramientas y bases de datos que integran la genética, la genómica y la biología del ratón de laboratorio.

Las suites tutorial, disponible para compra individual oa través de una suscripción anual a bajo precio a todos los tutoriales OpenHelix, contienen un narrada, auto-ejecución, tutorial en línea, diapositivas, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Estos tutoriales le enseñarán a los usuarios:

  • realizar rápidas búsquedas y navegar por las páginas de resumen de genes
  • ver las características genéticas en el contexto de todo el cromosoma
  • construir consultas complejas a través de diversos conjuntos de datos almacenados en FlyBase, WormBase o MGI
  • nucleótidos o aminoácidos realizar búsquedas de homología de secuencia de ácido
  • salida de datos en varios formatos, o informes de acceso de datos a gran
  • investigar muchos recursos asociados a la MGI

Para obtener más información sobre estas y otras suites tutorial visita OpenHelix.