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Quelle est la réponse? (F1 de Biostars X version Galaxy!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

Descendants de place Biostars originale, Galaxy Biostars remplace leur soutien liste de diffusion.

En général, chaque semaine, nous mettons un poste de la site principal Biostars, qui répond à une certaine question ou offre discussion d'outils bio-informatiques ou des analyses dans de nombreux domaines. Mais cette semaine, je tiens à vous donner un look à la progéniture de Biostar–Biostar Galaxy!

J'appelle cela la F1 de Biostars x Galaxy, plutôt que la sexuée “fils de Galaxy”. Il ya un poste sur le site de support Galaxy Biostar qui décrit une transition loin de leur mailing-list soutien traditionnel à base de ce nouveau format. Je vais lier partie de cela ici, mais c'est long si vous devriez aller lire le tout là-bas.

Forum: Bienvenue sur Galaxy Biostar

Chère communauté Galaxy,
Galaxy a fait équipe avec Biostar pour créer un forum de support utilisateur Galaxy à https://biostar.usegalaxy.org!

Nous voulons créer un espace où les chercheurs utilisant Galaxy peuvent se réunir et de partager à la fois des conseils scientifique et pratique de l'aide de l'outil. Que ce soit sur usegalaxy.org, une Cloudman exemple, ou toute autre galaxie (public ou local), si vous avez quelque chose à dire au sujet de Utilisation de la galaxie, c'est l'endroit pour le faire!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

Jennifer Hillman Jackson

Comme je l'ai signalé plus, Je me sers de listes de diffusion heureusement pour longtemps parce que c'est ce que nous avions. Mais je pense que c'est une excellente façon de passer à soutenir maintenant au lieu de listes de courriel. Allez le vérifier!

 

Quelle est la réponse? (comment se tenir au courant)

Cette semaine est un peu différent de l'habituel “Quelle est la réponse?” afficher dans des endroits nous mettons en évidence une question d'un forum que nos lecteurs pourraient être intéressés à. Cependant–dans ce message, l'une des réponses comprend Biostar–de sorte qu'il sorte de revient autour!

Stephen Turner (alias @ Genetics_blog) a écrit un billet de blog récemment en réponse à des gens qui lui demandaient comment il se tient au courant en bioinformatique / génomique. Je sais que beaucoup de personnes retweeté ce poste au moment, et son inclusion type même de OpenHelix conduit à une certaine bonne circulation à ce blog et de nouveaux adeptes de Twitter. Et hier soir, j'ai vu cela aussi bien, confirmant mon impression de ce post:

Il ya des blogs, forums, recherches automatisées, Twitter, et de la littérature–bien sûr. Beaucoup de gens pourraient connaître quelques-unes de ces, mais il est agréable de voir quelqu'un monter une collection. Il est également intéressant de voir comment il est similaire à ma stratégie.

Donc, il semblait que cela pourrait être un élément de plaisir à mettre en évidence comme une bonne source de réponses sur un certain nombre de choses, et un bon moyen pour trouver des sites utiles et les gens d'être conscient de dans ce domaine. Check it out.

Comment se tenir au courant en matière de bioinformatique / génomique

Tellement de données et d'information. Tu dois avoir des stratégies. Et vous devez avoir plus de la littérature.

Quelle est la réponse? (Des ressources en ligne de la souris)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Besoin de ressources en ligne pour la recherche de la souris? Andrew Su Biostar a demandé une liste de ces ressources et a commencé avec une douzaine de couple:

Je voudrais créer une collection de ressources les plus utiles en ligne pour les chercheurs de la souris. Voici ma liste à ce jour…

Un fil de commentaire se poursuit avec un certain excellent ajout dont un grand nombre de Marie comme le navigateur de ressources de la souris: http://bioit.fleming.gr/mrb/, Jax: http://informatics.jax.org/et d'autres qui Andrew ajouté à la liste.

Quelle est la réponse? (Bioinformatique Outils sur Biostar)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Juste il ya un mois, BioStar ajouté une section outil comme un endroit pour annoncer et mettre à jour les nouveaux et anciens outils bioinformatiques. Alors, dans un sens, post d'aujourd'hui est des réponses à la recherche de vos questions :):

Nous venons d'ajouter une nouvelle section sur le site appelé ** ** Outils Nous désignons cette section pour les annonces concernant la bio-informatique des outils logiciels, à la fois nouvelle et ancienne.

Il ya environ 10 outils énumérés actuellement dans divers domaines de l'analyse. Cette concorde bien avec un l' “nécrologie” la section Mary créé à Biostar pour les outils ne sont plus pris en charge et de bases de données, elle discuté plus tôt cette semaine. Cercle de la vie et tout ce qui :).

Quelle est la réponse? (Séquençage de prochaine génération des END- cours)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Cette question a été créé 18 mois, mais de nouvelles diapositives et les commentaires ont été ajoutés et est toujours une excellente ressource pour un cours sur END:

Question: Je prépare un cours sur END: toute suggestion ?

La première réponse (avec 22 jusqu'à votes!) est un trésor de matériel, avec quelques excellentes ressources de réponses d'autres. Vous voulez en savoir plus sur l'analyse des données de l'END?… ici vous allez.

Quelle est la réponse? (Gene ID de conversion)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question ont souligné cette semaine:

Qu'est-ce qu'un bon “outil de conversion génique ID

Ceci est une ancienne question, à partir de 2 ans, mais toujours pertinentes et les réponses encore très serviable et plein de ressources telles que DAVID, BioDBnet, BioMart et d'autres.

Check it out. Aussi, voudrez peut-être pas de consulter la troisième exercice de notre UCSC Tutorial avancée . L'exercice:

“Partir d'une liste de gènes UCSC, ajouter des symboles de gènes et GO ID pour obtenir des informations supplémentaires sur l'ensemble des gènes. Étape de bonus: ajouter termes GO.”

Promenades à travers la façon dont vous pourriez être en mesure de le faire avec le navigateur de table UCSC avec quelques modifications simples.

Biostar, déplacé

Nous avons ici à l'amour OpenHelix Biostar. Si vous n'avez pas remarqué, nous mettons en évidence une réponse de Biostar tous les jeudis dans notre “Quelle est la réponse” thread. Pour ceux qui découvrent Biostar, une intro rapide: Biostar est une Q&Un site pour la bioinformatique et la génomique ou, comme décrit sur la sujet de la page:

L'accent mis par ce site bioinformatique, génomique de calcul et l'analyse des données biologiques.

Eh bien, ce n'est pas particulièrement descriptif, mais continuez à lire et vous verrez que Biostar est une excellente question et le site réponse. Les questions et les réponses peuvent être très détaillées et complexes, ou comme ils disent sur la page sur, “Aucune question n'est trop insignifiant ou trop “Débutant”. Nous avons trouvé beaucoup d'utilisation et beaucoup de bonnes réponses (et des questions). Mary et Moi-même sommes tant il (Marie est un modérateur) et chaque semaine nous chercher sur le site pour les questions et les réponses qui sont particulièrement utiles pour nos lecteurs.

Mais c'est BioStar décrivant n'était pas le titre de ce post (et nous l'avons fait avant :), mais pour rappeler aux gens que BioStar a déménagé à son propre domicile. Il se trouvait autrefois au StackExchange, mais pour des raisons diverses (historique de la discussion si vous voulez plonger) la décision a été prise de migrer BioStar vers un nouveau site. Cette migration a eu lieu la semaine dernière, à http://www.biostars.org. C'est un beau site nouveau avec toutes les fonctions et les caractéristiques dont vous vous souvenez, quelques petites choses ont changé (la réputation est calculé différemment). Un déménagement sans heurt et heureux. Votre ancienne adresse URL doit rediriger vers le nouveau, mais si ce n'est pas le, vous avez ici. Félicitations à la communauté au Biostars à un nouveau site et commencer à.

 

Quelle est la réponse? Base de données des protéines lipides contraignant ou un outil?

 

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de la communauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question ont souligné cette semaine:

Comment identifier la région liaison aux lipides (résidus d'acides aminés) dans la protéine? Tous les outils spécialisés en ligne / commercial est là.

La première réponse commence:

Vous pouvez essayer CGdb - une base de données de la membrane protéine / lipide interactions. Vous pouvez aussi essayer l'algorithme prédictif de lipides sites de liaison utilisant trois dimensions des données structurelles, décrite par Scott, et al.

Et puis continue avec plus de lire et d'une certaine description. Il ya (à ce moment) une autre réponse à l'aide PFAM.

Quelle est la réponse? bases de données de SNP maladies

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de thecommunity et trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Cette semaine question est à la recherche pour les bases de données de SNP «causale’ pour les maladies. Comme les réponses soulignent, le mot "cause à effet’ doit être utilisé avec hésitation quand on parle de SNP. Cela dit, les réponses ont donné quelques bonnes suggestions à cette question perpétuellement demandé, voici la première (d'autres sont aussi utiles, de sorte ous les vérifiert):

Base de données humaines de mutation génique

http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

L'abonnement payant pour les mises à jour des informations. Sinon moins la mise à jour version publique de la base de données est librement accessible seulement aux utilisateurs enregistrés auprès d'institutions académiques / organismes sans but lucratif.

Quelle est la réponse? Alternatives à la Galaxie

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question de ressortir de cette semaine est

Quelles sont les “alternatives aux Galaxy pour l'emballage d'un outil ligne de commande dans l'interface graphique?

Ou en d'autres termes, Quels sont les systèmes de workflow sont là-bas, en plus de Galaxy (un excellent outil, mais parfois les gens ont besoin quelque chose de différent :). Les réponses à cette question aideront les bioinformaticiens qui créent des outils et des biologistes qui les utilisent, donnant les alternatives anciens pour faire cela s'il le faut et les derniers systèmes workflow d'autres pour essayer.

Plusieurs ont été soulignés notamment Taverne, Yabi et Knime et une liste a été fournie par Wikipedia. Consultez les réponses pour d'autres exemples.