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Cuál es la respuesta? (F1 de Biostars X versión Galaxy!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

La descendencia de sitio original Biostars, Galaxy Biostars sustituye a su lista de correo de soporte.

Generalmente cada semana seleccionamos a un puesto de la sitio principal Biostars, que responde a alguna pregunta u ofrece discusión de las herramientas bioinformáticas y análisis a través de muchas áreas. Pero esta semana quiero darle un vistazo a la descendencia de Biostar–Biostar Galaxy!

Lo estoy llamando la F1 de Biostars x Galaxia, en lugar de la de género “hijo de la galaxia”. Hay un mensaje sobre el sitio de soporte de la galaxia Biostar que describe una transición lejos de su tradicional base de apoyo de listas de correo a este nuevo formato. Voy a enlazar parte de eso aquí, pero es mucho lo que debe ir a leer toda la cosa por allá.

Foro: Bienvenidos a la galaxia de Biostar

Estimada Comunidad Galaxy,
Galaxy se ha asociado con Biostar para crear un foro de soporte de la galaxia del usuario en https://biostar.usegalaxy.org!

Queremos crear un espacio donde los investigadores usando Galaxia pueden reunirse y compartir tanto el asesoramiento científico y la ayuda práctica herramienta. Ya sea en usegalaxy.org, una Cloudman instancia, o cualquier otro Galaxy (público o local), si usted tiene algo que decir sobre El uso de la galaxia, este es el lugar para hacerlo!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

Jennifer Hillman Jackson

Como señalé allá, He estado usando listas de correo felizmente durante mucho tiempo porque eso es lo que teníamos. Pero creo que esta es una gran manera de hacer la transición a apoyar ahora en lugar de listas de correo electrónico. Echar un vistazo!

 

¿Cuál es la respuesta? (cómo mantenerse al día)

Esta semana es un poco diferente a la habitual “¿Cuál es la respuesta?” publicar donde destacamos una pregunta de un foro en el que nuestros lectores podrían estar interesados ​​en. Sin embargo–en este post, una de las respuestas incluye Biostar–por lo que una especie de llega de nuevo!

Stephen Turner (aka @ Genetics_blog) escribió una entrada en el blog recientemente, en respuesta a las personas que le pedían la forma en que se mantiene al día en bioinformática / genómica. Conozco a un montón de gente retweeted ese cargo en el momento, y su inclusión mismo tipo de OpenHelix llevado a un buen tráfico de este blog y los nuevos seguidores en Twitter. Y justo anoche vi esto también, que confirma mi impresión de este post:

Hay blogs, foros, búsquedas automatizadas, Gorjeo, y la literatura–por supuesto. Mucha gente puede saber acerca de algunos de estos, pero es bueno ver a alguien que reunir una colección. También es interesante ver lo similar que es mi estrategia.

Así que me pareció que esto podría ser un elemento de diversión a destacar como una buena fuente de respuestas en una serie de cosas, y una buena manera de encontrar sitios útiles y la gente a tener en cuenta en este campo. Échale un vistazo.

¿Cómo mantenerse al día en Bioinformática / Genómica

Tantos datos e información. Tienes que tener algunas de las estrategias. Y tienes que tener más de la literatura.

¿Cuál es la respuesta? (Recursos en línea de ratón)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

¿Necesitas recursos en línea para la investigación del ratón? Andrew do en Biostar pidió una lista de tales recursos y empezó con un par de docenas:

Me gustaría crear una colección de los recursos en línea más útiles para los investigadores del ratón. Aquí está mi lista hasta ahora…

Un hilo de comentarios continúa con una gran adición incluyendo muchos de María, como el explorador de recursos Ratón: http://bioit.fleming.gr/mrb/, Jax: http://informatics.jax.org/y otros que Andrew añadido a la lista.

¿Cuál es la respuesta? (Herramientas Bioinformáticas de Biostar)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Sólo hace un mes, BioStar añadido una sección de herramientas como un lugar para anunciar y actualizar nuevas y viejas herramientas de la bioinformática. Así que, en sentido, el post de hoy se está en busca de respuestas a sus preguntas :):

Hemos añadido una nueva sección en el sitio llamado ** Herramientas ** Denominamos a esta sección para anuncios relacionados con la bioinformática herramientas de software, tanto nuevos como antiguos.

Hay alrededor de 10 herramientas que se mencionan en la actualidad para diversos ámbitos de análisis. Esto encaja muy bien con una de la “obituario” sección de María, creada en Biostar de herramientas ya no son compatibles y bases de datos que se discutió anteriormente esta semana. Círculo de la vida y que todos :).

¿Cuál es la respuesta? (Secuenciación de próxima generación de NGS- cursos)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Esta pregunta se ha creado 18 meses, pero nuevas diapositivas y comentarios se han añadido y sigue siendo un excelente recurso para un curso de NGS:

Pregunta: Estoy preparando un curso de NGS: cualquier sugerencia ?

La primera respuesta (con 22 los votos!) es un tesoro de material, junto con algunos excelentes recursos de otras respuestas. ¿Quieres saber más sobre el análisis de los datos de NGS?… aquí tienes.

¿Cuál es la respuesta? (Gene ID de conversión)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Pregunta destacado de esta semana:

¿Qué es una buena “Identificación de genes herramienta de conversión de

Esta es una pregunta más, de 2 años, pero sigue siendo pertinente y las respuestas todavía bastante servicial y lleno de recursos, tales como DAVID, BioDBnet, BioMart y otros.

Échale un vistazo. También, posible que desee revisar la tercer ejercicio de nuestra UCSC Tutorial Avanzado . El ejercicio:

“De una lista de los genes de la UCSC, añadir símbolos de genes y GO identificadores para obtener información adicional sobre el conjunto de genes. Paso de bonificación: añadir los términos de GO.”

Camina a través de cómo usted podría ser capaz de hacer esto con el Explorador de tablas UCSC, con algunas modificaciones simples.

Biostar, se trasladó

Estamos aquí, en el amor OpenHelix Biostar. Si usted no ha notado, se destaca una respuesta de Biostar, todos los jueves en nuestro “¿Cuál es la respuesta” hilo. Para los nuevos en Biostar, una rápida introducción: Biostar es una Q&Un sitio para la bioinformática y la genómica o la, como se describe en el La página de:

De este sitio de enfoque es bioinformática, genómica computacional y análisis de datos biológicos.

Bueno, que no es particularmente descriptiva, pero sigue leyendo y te darás cuenta de que BioStar es una excelente pregunta y la respuesta del sitio. Las preguntas y respuestas pueden ser muy detalladas y complejas, o como se dice en la página sobre, “Ninguna pregunta es demasiado trivial o demasiado “novato”. Hemos encontrado una gran cantidad de uso y un montón de buenas respuestas (y las preguntas). María y I son tanto allí (María es un moderador) y cada semana que buscar en el sitio de preguntas y respuestas que son particularmente útiles para nuestros lectores.

Pero eso es BioStar describiendo no era el título de este post (y hemos hecho que antes de :), sino para recordar a la gente que BioStar se ha trasladado a su propia casa. Lo que solía ser alojados en StackExchange, pero por diversas razones (historial de debate si desea sumergirse) se tomó la decisión de migrar BioStar a un nuevo sitio. Que la migración se llevó a cabo este fin de semana, a http://www.biostars.org. Es un sitio agradable con todas las nuevas funciones y características que recuerdan, algunas cosas que cambiaron (reputación se calcula de forma diferente). Un movimiento suave y feliz. Su dirección de edad deben redirigir a la nueva, pero si no lo hace, lo tienes aquí. Felicitaciones a la comunidad en Biostars a un nuevo sitio y comenzar a.

 

¿Cuál es la respuesta? Lípido-proteína de unión de bases de datos o una herramienta?

 

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la la comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Pregunta destacado de esta semana:

¿Cómo identificar la región de unión de lípidos (los residuos de aminoácidos) en la proteína? Todas las herramientas especializadas en línea / comercial no.

La primera respuesta comienza:

Usted puede intentar CGdb - una base de datos de la membrana de proteína / lípidos interacciones. También puede probar el algoritmo de predicción de los lípidos sitios de unión a través de tres dimensiones los datos estructurales, descrito por Scott, et al.

Y luego continúa con más de leer y una descripción. Hay (en este momento) otra respuesta con PFAM.

¿Cuál es la respuesta? bases de datos de SNPs enfermedad

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de thecommunity y les resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Esta semana cuestión es la búsqueda de las bases de datos causal SNPS '’ para las enfermedades. Como las respuestas señalan, la palabra 'causal’ se debe utilizar con dudas cuando se habla de SNPs. Dicho esto, las respuestas dio algunas buenas sugerencias a esta pregunta perenne pregunta, aquí está la primera (los demás son tan útiles, así revíselos out):

Base de datos de mutaciones de genes humanos

http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

Suscripción de pago para obtener información al día. De otra manera menos hasta al día la versión pública de la base de datos está disponible gratuitamente sólo para usuarios registrados de las instituciones académicas / organizaciones sin fines de lucro.

¿Cuál es la respuesta? Alternativas a la galaxia

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Pregunta destacado de esta semana es

¿Cuáles son los “alternativas a los Galaxy para envolver una herramienta de línea de comandos en la interfaz gráfica?

O en otras palabras, lo que los sistemas de flujo de trabajo están ahí fuera, además de Galaxia (una gran herramienta, pero a veces la gente necesita algo diferente :). Las respuestas a esta pregunta le ayudará a ambos bioinformáticos que crean herramientas y biólogos que los utilizan, dando las alternativas anteriores para hacer esto si es necesario y los sistemas de flujo de trabajo de este último otro para probar.

Varios Se destacaron las Taberna, Yabi y Knime y un lista fue proporcionada por wikipedia. Echa un vistazo a las respuestas para ver más ejemplos.